Le sujet de cette thèse concerne l'étude de l'alignement de molécules linéaires et asymétriques engendré par une impulsion laser intense. Dans le cas d'une impulsion courte par rapport à la rotation moléculaire, l'alignement créé est périodique après l'extinction du champ. Nous étudions théoriquement et expérimentalement les effets d'intensité, de température et de polarisation du champ électrique sur l'alignement produit. Pour des champs polarisés linéairement, l'interaction conduit à l'alignement de l'axe le plus polarisable de la molécule. Si le champ est polarisé elliptiquement, l'impulsion peut engendrer un alignement simultané des trois axes principaux d'inertie d'une molécule asymétrique. Cet alignement peut être caractérisé expérimentalement à l'aide de techniques pompe-sonde qui exploitent les propriétés optiques du milieu. Elles nécessitent l'utilisation d'une deuxième impulsion de faible intensité décalée temporellement. Trois techniques ont été exploitées au cours de cette thèse. La première technique mesure une dépolarisation due à la biréfringence du milieu lorsque les molécules sont alignées. La seconde s'appuie sur la défocalisation de l'impulsion sur un gradient d'indice créé suite à la variation spatiale de l'alignement vis-à-vis du profil spatial du champ. La dernière passe par la création d'un réseau d'indice à l'intersection de deux impulsions intenses, qui va provoquer la diffraction de l'impulsion sonde. Ces trois techniques ont été utilisées pour caractériser l'alignement de la molécule linéaire CO2 et nous montrons que l'alignement 3-D d'une molécule asymétrique comme l'éthylène peut être mesuré à l'aide de la technique de biréfringence.

Cette thèse propose une nouvelle approche de découverte de signatures de familles de protéines. Etant donné un échantillon (non-aligné) de séquences appartenant à une famille structurelle ou fonctionnelle de protéines, cette approche infère des automates fini s non déterministes (NFA) caractérisant la famille.<br>Un nouveau type d'alignement multiple nommé PLMA est introduit afin de mettre en valeur les similarités partielles et locales significativement similaires. A partir de ces informations, les modèles de type NFA sont produits par un procédé relevant du domaine de l'inférence grammaticale. Les modèles NFA, présentés ici sous le nom de Protomates, sont des modèles graphiques discrets de forte expressivité, ce qui les distingue des modèles statistiques de type profils HMM ou des motifs de type Prosite.<br>Les expériences menées sur différentes familles biologiques dont les MIP et les TNF, montrent un succès sur des données réelles.

L'alignement de molécules linéaires est induit efficacement par des impulsions laser intenses polarisées linéairement. Si ces impulsions sont de courtes durées par rapport à la rotation des molécules, un alignement périodique apparaît après l'extinction du champ. Ce manuscrit présente trois méthodes permettant de le quantifier à l'aide de la grandeur sans pour autant détruire les molécules ni modifier l'alignement initial. Elles nécessitent une impulsion de faible intensité décalée temporellement dont les caractéristiques vont être modifiées par les propriétés optiques du milieu liées à l'alignement moléculaire. La première technique mesure une dépolarisation due à la biréfringence du milieu. La seconde s'appuie sur la défocalisation qui s'explique par une variation spatiale de l'alignement, donc un gradient de l'indice de réfraction. La dernière passe par la création d'un réseau d'indice à l'intersection de deux impulsions intenses, qui va provoquer la diffraction de la sonde.

Ce travail présente les résultats d'une série de recherches consacrées au développement d'une nouvelle famille d'outils d'exploration textométrique intertextuelle. De nombreuses méthodes de statistique textuelle ont été articulées et adaptées au cadre multilingue : la méthode des segments répétés, les spécificités, la topographie bi-textuelle, les cooccurrences multiples, l'analyse factorielle des correspondances, la classification automatique, etc. L'utilisation de chaque méthode dans le contexte multilingue est illustrée par des exemples d'applications concrètes, accompagnés d'échantillons de ressources traductionnelles obtenues à partir du corpus parallèle français/anglais de la Convention de sauvegarde des Droits de l'Homme. Les perspectives ouvertes par cette approche offrent aux traducteurs, enseignants en langues étrangères, terminologues, lexicographes, etc., des moyens automatisés pour explorer la structure des équivalences lexicales dans les corpus de traduction.

L'interaction entre un échantillon moléculaire gazeux et une impulsion laser ultra-brève intense conduit, après le passage de l'impulsion, à des réalignements transitoires et périodiques des molécules. Cette thèse se rapporte à la mesure et aux applications liées à cet effet. Le degré d'alignement moléculaire est déterminé à travers la variation d'indice de réfraction induite par le réarrangement des dipôles moléculaires. Une technique d'imagerie bidimensionnelle permettant de mesurer sur une base monocoup l'alignement des molécules est reportée dans ce manuscrit. L'alignement est ensuite utilisé comme un outil de mesure pour évaluer des quantités physiques, difficilement accessibles par d'autres méthodes. La "technique de défocalisation croisée" a été tout d'abord employée pour mesurer les probabilités d'ionisation de gaz atomiques et moléculaires en régime femtoseconde. La "technique de polarisation 1D" a été ensuite appliquée pour obtenir une mesure de l'indice Kerr électronique calibré à travers l'alignement moléculaire. Il a été trouvé que l'effet Kerr électronique produit une variation d'indice qui change de signe aux alentours des 30 TW.cm-2 pour les principaux gaz qui constituent l'atmosphère. Cet effet a été interprété de manière phénoménologique par des termes Kerr d'ordres supérieurs (de n4 à n10). L'impact important de ces résultats sur la compréhension du mécanisme de filamentation est discuté.

J'ai mis au point une méthodologie pour annoter les superfamilles d'enzymes, en décrire l'histoire et les replacer dans l'évolution de leurs voies métaboliques. J'en ai étudié trois : (1) les amidohydrolases cycliques, dont les DHOases (dihydroorotases, biosynthèse des pyrimidines), pour lesquelles j'ai proposé une nouvelle classification. L'arbre phylogénétique inclut les dihydropyrimidinases (DHPases) et allantoïnases (ALNases) qui ont des réactions similaires dans d'autres voies (dégradation des pyrimidines et des purines respectivement). (2) L'étude de la superfamille des DHODases (qui suivent les DHOases) montre une phylogénie semblable aux DHOases, avec également des enzymes d'autres voies, dont les DHPDases (qui suivent les DHPases). De cette observation est né le concept de module réactionnel, qui correspond à la conservation de l'enchaînement de réactions semblables dans différentes voies métaboliques. Cela a été utilisé lors de (3) l'étude des carbamoyltransférases (TCases) qui incluent les ATCases (précédant les DHOases). J'ai d'abord montré l'existence d'une nouvelle TCase potentiellement impliquée dans la dégradation des purines et lui ai proposé un nouveau rôle en utilisant le concept de module réactionnel (enchaînement avec l'ALNase). Dans ces trois grandes familles j'ai aussi mis en évidence trois groupes de paralogues non identifiés qui se retrouvent pourtant dans un même contexte génétique appelé " Yge " et qui formeraient donc un module réactionnel constitutif d'une nouvelle voie hypothétique. Appliqué à diverses voies, le concept de modules réactionnels refléterait donc les voies métaboliques ancestrales dont ils seraient les éléments de base.

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Le vide, de part sa nature et le rôle qu'il joue dans la description des phénomènes de infiniment petit comme ceux de infiniment grand, sert de fil conducteur pour introduire les différents travaux expérimentaux présentés dans ce manuscrit. En partant de infiniment petit, la préparation à la recherche de nouvelle physique au-delà du modèle standard de physique des particules est exposée avec le prototypage d'un calorimètre à argon liquide pour l'expérience ATLAS. Puis la recherche de supersymétrie avec violation de la R-parité auprès du détecteur ALEPH est présentée. Le modèle standard de la cosmologie est ensuite détaillé avec l'apparition de la mystérieuse énergie noire qui est à l'origine de l'accélération actuelle de notre univers. Cette accélération peut être mesurée grâce aux observations de supernovæ du sondage SNLS qui est présenté avec ses différentes phases : recherche des supernovæs puis mesure des paramètres cosmologiques et du taux d'explosion des supernovæ de type Ia.

Cette thèse présente une étude expérimentale de la relation entre l'annotation des formes et des fonctions prosodiques en anglais britannique. Elle porte essentiellement sur le rôle de l'intonation dans la communication orale et le codage de cette contribution dans un système d'annotation. Elle se divise en deux grandes parties : une partie théorique proposant une revue de lecture analytique des principaux ouvrages portant sur l'intonation et faisant le point sur la façon dont la question de la relation forme/sens a été abordée dans le passé et une partie expérimentale décrivant la nouvelle méthodologie développée pour étudier cette thématique et les résultats obtenus. Cette méthodologie est basée sur le traitement automatique des données par l'intermédiaire de scripts, sur l'étude de deux grands corpus oraux (EUROM1 et Aix-MARSEC) et sur une procédure d'analyse par synthèse permettant de tester différentes théories de l'intonation et de les évaluer.

Ce travail de thèse s'inscrit à l'intersection des deux domaines de recherche que sont l'extraction des connaissances dans les données (ECD) et de l'ingénierie des connaissances. Plus précisément, en nous appuyant sur la combinaison des travaux menés, d'une part sur l'alignement des ontologies, et d'autre part sur la fouille de règles d'association, nous proposons une nouvelle méthode d'alignement d'ontologies associées à des corpus textuels (taxonomies, hiérarchies documentaires, thésaurus, répertoires ou catalogues Web), appelée AROMA (\emph{Association Rule Matching Approach}).<br /><br />Dans la littérature, la plupart des travaux traitant des méthodes d'alignement d'ontologies ou de schémas s'appuient sur une définition intentionnelle des schémas et utilisent des relations basées sur des mesures de similarité qui ont la particularité d'être symétriques (équivalences). Afin d'améliorer les méthodes d'alignement, et en nous inspirant des travaux sur la découverte de règles d'association, des mesures de qualité associées, et sur l'analyse statistique implicative, nous proposons de découvrir des appariements asymétriques (implications) entre ontologies. Ainsi, la contribution principale de cette thèse concerne la conception d'une méthode d'alignement extensionnelle et orientée basée sur la découverte des implications significatives entre deux hiérarchies plantées dans un corpus textuel.<br />Notre méthode d'alignement se décompose en trois phases successives. La phase de prétraitement permet de préparer les ontologies à l'alignement en les redéfinissant sur un ensemble commun de termes extraits des textes et sélectionnés statistiquement. La phase de fouille extrait un alignement implicatif entre hiérarchies. La dernière phase de post-traitement des résultats permet de produire des alignements consistants et minimaux (selon un critère de redondance).<br /><br />Les principaux apports de cette thèse sont : (1) Une modélisation de l'alignement étendue pour la prise en compte de l'implication. Nous définissons les notions de fermeture et couverture d'un alignement permettant de formaliser la redondance et la consistance d'un alignement. Nous étudions également la symétricité et les cardinalités d'un alignement. (2) La réalisation de la méthode AROMA et d'une interface d'aide à la validation d'alignements. (3) Une extension d'un modèle d'évaluation sémantique pour la prise en compte de la présence d'implications dans un alignement. (4) L'étude du comportement et de la performance d'AROMA sur différents types de jeux de tests (annuaires Web, catalogues et ontologies au format OWL) avec une sélection de six mesures de qualité.<br /><br />Les résultats obtenus sont prometteurs car ils montrent la complémentarité de notre méthode avec les approches existantes.