The amount of biomedical information that is disseminated over the Web increases every day. This rich resource is used to find solutions to challenges across the life sciences. The Semantic Web for life sciences shows promise for effectively and efficiently locating, integrating, querying and inferring related information that is needed in daily biomedical research. One of the key technologies in the Semantic Web is ontologies, which furnish the semantics of the Semantic Web. A large number of biomedical ontologies have been developed. Many of these ontologies contain overlapping information, but it is unlikely that eventually there will be one single set of standard ontologies to which everyone will conform. Therefore, applications often need to deal with multiple overlapping ontologies, but the heterogeneity of ontologies hampers interoperability between different ontologies. Aligning ontologies, i.e. identifying relationships between different ontologies, aims to overcome this problem. A number of ontology alignment systems have been developed. In these systems various techniques and ideas have been proposed to facilitate identification of alignments between ontologies. However, there still is a range of issues to be addressed when we have alignment problems at hand. The work in this thesis contributes to three different aspects of identification of high quality alignments: 1) Ontology alignment strategies and systems. We surveyed the existing ontology alignment systems, and proposed a general ontology alignment framework. Most existing systems can be seen as instantiations of the framework. Also, we developed a system for aligning biomedical ontologies (SAMBO) according to this framework. We implemented various alignment strategies in the system. 2) Evaluation of ontology alignment strategies. We developed and implemented the KitAMO framework for comparative evaluation of different alignment strategies, and we evaluated different alignment strategies using the implementation. 3) Recommending optimal alignment strategies for different applications. We proposed a method for making recommendations.

Module extraction is an important reasoning task, aiding in the design, reuse and maintenance of ontologies. Reasoning services such as subsumption testing and MinA extraction have been shown to bene t from module extraction methods. Though various syntactic traversal-based module extraction algorithms exist for extracting modules, many only consider the subsumee of a subsumption statement as a selection criterion for reducing the axioms in the module. In this dissertation we extend the bottom-up reachability-based module extraction heuristic for the inexpressive Description Logic EL, by introducing a top-down version of the heuristic which utilises the subsumer of a subsumption statement as a selection criterion to minimize the number of axioms in a module. Then a combined bidirectional heuristic is introduced which uses both operands of a subsumption statement in order to extract very small modules. We then investigate the relationship between MinA extraction and bidirectional reachabilitybased module extraction. We provide empirical evidence that bidirectional reachability-based module extraction for subsumption entailments in EL provides a signi cant reduction in the size of modules for almost no additional costs in the running time of the original algorithms. / Computer Science / M. Sc. (Computer Science)

Com o advento da Internet, novas tecnologias de Geoprocessamento têm sido criadas para tratar, trocar, disponibilizar e acessar informações e dados espaciais como as Infraestruturas de Dados Espaciais, os Geobrowsers e os Serviços de Informações Geográficas. O número de aplicações que lida com atributos espaciais não somente cresceu como também se diversificou, no entanto problemas de interoperabilidade semântica ainda limitam a evolução nessa área. Ontologias formalizam o conhecimento necessário para organizar e permitir o uso de dados de diferentes fontes, pois são modelos de referência robustos devido à sua expressividade e capacidade de serem compartilhados pela internet. Nesta tese, ontologias foram desenvolvidas para aumentar a interoperabilidade semântica em sistemas de apoio à logística humanitária que utilizam serviços de informações geográficas. A aplicação de logística humanitária estudada foi a operação de bancos de alimentos. O conhecimento relativo aos processos logísticos, problemas logísticos de bancos de alimentos e serviços de informações geográficas úteis para os métodos de solução desses problemas foram formalizados em uma rede de ontologias. O número de serviços de informações geográficas disponíveis ainda é pequeno, mas a composição de serviços de informações geográficas em cadeias, formando novos serviços, abre uma perspectiva para que operações espaciais, não fiquem mais restritas às soluções proprietárias e possam ser melhor exploradas. As ontologias propostas neste trabalho podem ser usadas como base para o desenvolvimento de sistemas em que serviços de informações geográficas podem ser acoplados, na medida em que forem sendo disponibilizados. / With the advent of Internet, new technologies from GIS field have been created to access and exchange spatial data and information, such as Spatial Data Infrastructures, Geobrowsers and Geographic Information Services. The number of applications dealing with spatial attributes is growing and is also diversifying. However semantic interoperability problems still limit progress in this area. Ontologies formalize the knowledge necessary to organize and allow the use of data from different sources due to its expressiveness and ability to be shared over the Internet. In this thesis, ontologies have been developed to increase the semantic interoperability of humanitarian logistics support systems that use geographic information services. The application of humanitarian logistics operation studied was the food banks operation. The knowledge on logistics processes, logistics problems of food banks and geographic information services useful for the methods for solving these problems have been formalized into a network of ontologies. The number of geographical information services available is still small, but the composition of geographic information services in chains, creating new services, opens a perspective for new methods of spatial operations, which are not limited to proprietary solutions form GIS softwares available in the market. The ontologies proposed in this thesis can be used as a basis for developing systems in which geographic information services can be coupled, as it becomes available.

En dépit des efforts destinés à accroitre la maturité de la profession dans le domaine de la gestion de projet, le taux d'échec des projets d'affaires (par opposition aux projets techniques) reste élevé. On s'est aperçu que les standards actuels en matière de gestion de projet ne prenaient pas en compte les contraintes liées au contexte d'exécution des projets, et que de ce fait, la gestion de projets d'affaires n'avait pas été étudiée en profondeur. L'objectif de ce travail de recherche transdisciplinaire est donc d'abord d'obtenir une meilleure compréhension du sujet en essayant de comprendre pourquoi l'échec d'un projet d'affaires est considéré comme un échec du point de vue de l'organisation, puis de formaliser la connaissance acquise dans un format qui permette par la suite de l'enrichir et de l'appliquer. En nous appuyant sur le modèle des systèmes ouverts, trois études de cas ont été conduites, avec pour objectif d'étudier l'effet modérateur des différents types de structures des organisations et des systèmes d'information pour la gestion de projet sur la relation causale entre la compétence en gestion de projet et le succès des projets d'affaires. Il résulte de ce travail que le succès des projets d'affaires devrait être mesuré en termes de réalisation des objectifs du projet mais aussi de l'organisation. Ce travail a également permis d'identifier les composants essentiels de la gestion de projets d'affaires : (1) "Compétences de base pour la gestion de projet "; (2) "Gestion intégrée de programme" et (3) "Système d'information intégré pour la gestion de projet". Dans les trois études de cas, il apparait également de manière déterminante que les facteurs d'ordre organisationnel ont un impact significatif sur la réussite du projet. Une théorie est proposée, qui postule qu'un projet d'affaires a de grandes chances d'échouer s'il n'est pas géré comme une partie intégrante de l'entreprise, en le traitant comme une opération courante au sein de l'entreprise. Cela signifie que la manière dont les projets d'affaires sont gérés aujourd'hui devrait être revue. Le rôle de l'informatique dans l'assistance à la gestion de ces projets devrait également être revu. Et il faudrait sans doute aussi faire une plus grande différence entre les projets d'affaires et les projets " traditionnels " plus techniques. D'autre part, la formalisation de la connaissance acquise au cours de ces études de cas a été effectuée en développant un modèle de domaine à l'aide du langage de modélisation UML. Et l'approche de modélisation du domaine a été élaborée en modifiant l'étape de conceptualisation dans le processus traditionnel d'ingénierie d'ontologie. En prenant comme point de départ le cadre théorique qui prend en compte l'essentiel des composants de la gestion de projets d'affaires, le modèle a été construit en quatre étapes : (1) définition de la portée du travail en développant chaque composant à partir des normes en vigueur ; (2) intégration de ces développements en réutilisant les travaux réalisés et proposés par d'autres chercheurs ; (3) développement et (4) évaluation des spécifications UML décrivant aussi bien les aspects structurels que dynamiques du sujet traité. Le fait d'avoir réussi à développer un modèle du domaine et à montrer de quelle manière il pouvait être mis en œuvre directement pour développer un système d'information pour la gestion de projet ainsi que des ontologies portant sur les connaissances liées à la gestion de projet a montré que l'approche consistant à construire une base sémantique commune permettant de travailler à la modélisation de systèmes applicatifs et d'ontologies est à la fois réalisable et valide. De plus, le modèle de domaine proposé peut servir de socle permettant d'accumuler progressivement la connaissance du domaine, dans la mesure où l'approche de modélisation a pris en compte la possibilité d'intégrer des travaux et propositions antérieurs. Ce résultat ouvre de nouvelles perspectives de développement de logiciels s'appuyant sur un modèle de domaine qui est directement issu de travaux de recherch

The shift towards global networking brings with it many opportunities and challenges. In this paper, we discuss key technologies in achieving global semantic interoperability among heterogeneous information systems, including both traditional and web data sources. In particular, we focus on the importance of this capability and technologies we have designed to overcome ontological heterogeneity, a common type of disparity in financial information systems. Our approach to representing and reasoning with ontological heterogeneities in data sources is an extension of the Context Interchange (COIN) framework, a mediator-based approach for achieving semantic interoperability among heterogeneous sources and receivers. We also analyze the issue of ontological heterogeneity in the context of source-selection, and offer a declarative solution that combines symbolic solvers and mixed integer programming techniques in a constraint logic-programming framework. Finally, we discuss how these techniques can be coupled with emerging Semantic Web related technologies and standards such as Web-Services, DAML+OIL, and RuleML, to offer scalable solutions for global semantic interoperability. We believe that the synergy of database integration and Semantic Web research can make significant contributions to the financial knowledge integration problem, which has implications in financial services, and many other e-business tasks. / Singapore-MIT Alliance (SMA)

Reproduction de : Thèse de doctorat : Sûreté de logiciel et calcul à haute performance : Toulouse, INPT : 2007. / Titre provenant de l'écran-titre. Bibliogr. 88 réf.

Thèse de doctorat : Informatique : Nancy 1 : 2009. / Titre provenant de l'écran-titre.

Ο Παγκόσμιος Ιστός έχει αλλάξει τον τρόπο που οι άνθρωποι επικοινωνούν μεταξύ τους καθώς και τον τρόπο με τον οποίο οι επιχειρήσεις διευθύνονται. Ως επέκταση του παγκόσμιου ιστού εμφανίζεται ο Σημασιολογικός Ιστός. Ο Σημασιολογικός Ιστός είναι ειδικότερα, ένας Ιστός από πληροφορίες που είναι δυνατό να διαβαστούν από τις μηχανές και η έννοια των οποίων είναι σαφώς καθορισμένη από πρότυπα. Στόχος της διπλωματική αυτής είναι η επέκταση και η εμβάθυνση σε θεμελιώδεις έννοιες του Σημασιολογικού Ιστού και η σύνδεση του με τις ΤΠΕ στην εκπαίδευση. Στα παρακάτω κεφάλαια προσεγγίζεται αναλυτικά η έννοια του Σημασιολογικού Ιστού, καθώς επίσης και οι βασικές γλώσσες σήμανσης του οι οποίες είναι: 1. Η γλώσσα σήμανσης XML, μια γλώσσα που επιτρέπει τη γραφή δομημένων εγγράφων ιστού με ένα καθορισμένο από το χρήστη λεξιλόγιο. 2. Tο Resource Description Framework (RDF) που είναι ένα πλαίσιο για την αντιπροσώπευση των πληροφοριών στον Παγκόσμιο Ιστό, όπου αναλύονται οι βασικές έννοιες που χρησιμοποιεί όπως το γραφικό μοντέλο δεδομένων, λεξιλόγιο βασισμένο στο URI, τύποι δεδομένων κ.α. 3. Το λεξιλόγιο καθορισμού του RDF (RDF Schema), που καθορίζει τις κλάσεις και τις ιδιότητες που μπορούν να χρησιμοποιηθούν για να περιγράψουν κλάσεις, ιδιότητες και άλλες πηγές. Σε επόμενο κεφάλαιο εισάγουμε στον αναγνώστη τον όρο της οντολογίας. Αναλύουμε το τι είναι οντολογία, τις κύριες λειτουργίες των οντολογιών, και προτείνεται ένα περίγραμμα για την κατασκευή των οντολογιών. Ξεχωριστή αναφορά γίνεται στο Ontology Inference Layer OIL που είναι μια πρόταση για ένα βασισμένο στον Ιστό στρώμα αντιπροσώπευσης και συμπεράσματος των οντολογιών. Επίσης γίνεται αναφορά στη βασική ιδέα σχεδιασμού του OIL που είναι το onion model του. Ακολούθως, αναλύουμε τον τρόπο με τον οποίο συντάσσεται μια οντολογία στη γλώσσα OIL. Ως συνέχεια του παραπάνω εμφανίζεται η DAML+OIL, που είναι μια σημασιολογική γλώσσα για τις πηγές του Ιστού. Στηρίζεται στα πρότυπα του W3C όπως το RDF και το RDF Schema, και επεκτείνει αυτές τις γλώσσες με ακόμα πιο πλούσιες αρχές διαμόρφωσης. Στη συνέχεια προσεγγίζουμε εκτενώς την Web Ontology Language OWL που είναι μια σημασιολογική γλώσσα σήμανσης για την έκδοση και τη διανομή των οντολογιών στον Παγκόσμιο Ιστό. Η σύνδεση του σημασιολογικού ιστού με την εκπαίδευση είναι το θέμα που αναλύεται παρακάτω με τίτλο Εκπαιδευτικός Σημασιολογικός Ιστός και γίνεται εκτενής αναφορά στις προκλήσεις και τις προοπτικές που διαφαίνονται. Η σύνδεση αυτή γίνεται με το προσαρμοστικό WBES. Ακόμα, εξετάζουμε μερικά σενάρια εφαρμογής του εκπαιδευτικού Σημασιολογικού Ιστού όπως την βασισμένη στη σημασιολογία αναζήτηση για εκπαιδευτικό περιεχόμενο, την περιήγηση στη γνώση ή «προσωπικές πύλες», τα βασισμένα στη σημασιολογία μαθήματα και τις εκπαιδευτικές υπηρεσίες σημασιολογικού ιστού. Τέλος, αναφέρουμε με συντομία εφαρμογές εκπαίδευσης βασισμένες σε οντολογίες όπως το πρόγραμμα CIPHER, το πρόγραμμα Connexions κ.α. / -

- / -

Vegetation mapping is often considered the process of identifying landscape patterns of individuals or clusters of species or life forms (LF). At the landscape scale, the larger pattern represented by individuals or clusters represents the conceptualization of "vegetation mapping" and can be used as a building block to describe an ecosystem. To represent these building blocks or LF a "common entity (CE)" concept is introduced to represent the components of Formations as described by the National Vegetation Classification (NVC) system. The NVC has established protocols to consistently represent plant communities and promote coordinated management, particularly across jurisdictional boundaries. However, it is not a universal standard and the methods of producing detailed maps of vegetation CE from very high spatial resolution (VHR) remote sensing data are important research questions.This research addressed how best to understand and represent plant cover in arid regions, the most effective methods of mapping vegetation cover using high spatial resolution data, how to assess the accuracy of these maps, and their value in establishing more standardized mapping protocols across ecosystems. Utilizing VHR products from the IKONOS and QuickBird sensors the study focused on the Coronado National Memorial and Chiricahua National Monument in Arizona and Los Ajos and Pinacate - Grand Desierto Biosphere Reserves in México. Individual CE were semi-automatically mapped incorporating spectral, textural and geostatistical variables. The results were evaluated across sensors, study sites, and input variables. In addition, multiple methods of acquiring field data for accuracy assessment were evaluated and then an evaluation was made of a semi-automatic determination of Formation based on CE.The results of the study suggest consistency across study sites using the IKONOSdata. A comparison between VHR products from the same place is feasible but sensor spectral differences may affect which derived bands would improve classification. CE classification procedures were not significantly different across sensors. The overall accuracy obtained for each Park was 59.5% for Chiricahua using QuickBird and 51.9% using IKONOS; at Pinacate 70.0% using IKONOS, and 55.9% for Ajos. Incorporating the geostatistical semi-variogram variables improved CE accuracy for some CE but not all.