La diversité d’une espèce est représentée par la somme de la diversité de chacun des individus qui la compose. Elle peut être observée à différentes échelles : individuelle, organique, tissulaire, cellulaire, génomique, génique, ou bien à l’échelle de la base nucléotidique. L’étude de la diversité d’une espèce est importante pour mieux la comprendre et nous permettre de retracer son histoire évolutive, de la comparer avec d’autres espèces notamment entre espèces sauvages et cultivées. Nous nous intéressons aux processus de domestication, et particulièrement à leurs impacts sur la structure du pan-génome. Le pan-génome est divisé en trois compartiments : (i) le core-génome qui contient tous les gènes présents chez tous les individus de l’espèce ; (ii) le génome dispensable qui contient l’ensemble des gènes qui sont absents chez au moins un individu ; (iii) et enfin le génome individu-spécifique qui contient les gènes présents uniquement chez un individu.L’objectif de ce travail de thèse était de mettre au point une nouvelle méthode d’analyse pan-génomique applicable sur un grand nombre d’individus. Pour cela, nous avons travaillé sur un jeu de données de reséquençage massif du riz Africain cultivé O. glaberrima et de son ancêtre sauvage O. barthii. Dans un premier temps nous avons vérifié l’existence d’une structure pan-génomique sur notre modèle. Pour cela nous avons travaillé à petite échelle avec trois accessions de l’espèce cultivée. Elles ont d’abord été séquencées, assemblées, annotées puis nous avons cherché à détecter des séquences spécifiques à chacune de ces accessions.Dans un second temps nous avons mis au point notre méthode en travaillant avec près de 200 génomes des deux espèces.Ces génomes ont été séquencés grâce aux technologies NGS puis directement mappés sur un génome de référence externe, celui du riz Asiatique. Nous avons alors appliqué notre méthode d’analyse pan-génomique basée sur la déviation de la profondeur deséquençage pour chaque gène. Nous avons ensuite comparé les enrichissement d’ontologies par compartiments et par espèce dans le but d’identifier des différences liées aux processus de domestication. Enfin, nous avons étudié plus précisément les appartenances pan-génomiques des membres de famille de gènes.Parce que le pan-génome de l’espèce cultivé est plus petit que le core-génome de l’espèce sauvage nous avons confirmé la perte de diversité en terme de présence/ absence de gènes chez le riz Africain au cours du processus de domestication. Curieusement nous avons aussi mis en avant l’augmentation du nombre de gènes dispensable chez l’espèce cultivée par rapport à son relatif sauvage.Ainsi, malgré une forte réduction du pan-génome de l’espèce cultivé lors de la « première » sélection, les 1000 générations de processus de domestication ont suffit à réintroduire une forme de diversité à travers l’augmentation du nombre de gènes dispensables.Afin d’automatiser une grande partie des manipulations d’analyses de données NGS nous avons aussi développé un outil de génération de pipelines d’analyses. De part sa généricité et sa robustesse il pourra être utilisé dans différents domaines, pour plu-sieurs types de données. Grâce aux nombreux logiciels qui y sont intégrés et de par le suivi que l’équipe de développement entend poursuivre, il pourra être utilisé dans la caractérisation de plus en plus de choses. Par exemple les variations structurales, les associations génotypes-phénotypes, l’épigénétique et pourquoi pas la métagénomique.Ce travail a permis la mise au point d’une nouvelle méthode d’analyse des données pan-génomiques rapide de par sa vision globale plutôt que via des comparaisons deux-à-deux. Cette méthode s’adresse aux génomes grands et complexes comme ceux des plantes, mais aussi aux jeux de données massifs. / Species diversity is represented by the sum of the diversity of each of the individuals composing it. It can be seen at differents cales: individual, organic, tissular, cellular, genomic, gene, and even nucleotic. The study of the diversity of species is important to better understand and allow tracking its evolutionary history, comparing it to other species, in particular wild to cultivated. We focused on the domestication, and particularly its impact on the pan-genome structure.The pan-genome is divided into three compartments: (i) the core-genome containing all the genes present in all individuals of the species; (ii) the dispensable genome containing all genes absent in at least one individual; (iii) and finally the individual-specific genome containing genes present only in one individual.The objective of this thesis was to develop a new method for pan-genomic analysis that can apply to a large number of indi-viduals. For this, we worked on a massive resequencing data set of cultivated African rice O. glaberrima and of its wild ancestor O. barthii. At first we checked the existence of a pan-genomic structure on our model. For this we worked on a small scale, with three accessions of cultivated species. They were sequenced, assembled, annotated then analyzed to detect specific sequences for each accession.Secondly we developed our approach working with nearly 200 genomes of both species. These genomes were sequenced using Illumina technology and mapped to the external reference genome, of the Asian rice. We applied our pan-genomic method analysis based on the deviation of the depth of sequencing for each gene. We then compared the ontology enrichment compartments and species in order to identify differences related to the domestication process. Finally, we looked specifically to pan-genomic genes belonging to gene family. Because the pan-genome of the cultivated species is smaller than the core-genome of the wild one, we confirmed the loss ofdiversity in terms of presence/ absence of genes in African rice during the domestication process. Curiously we have also high lighted the increase in the number of dispensable genes in the crop from its wild relative. Thus, despite a sharp reduction of the pan-genomeof the species cultivated in the “first” selection, the 1,000 generations of domestication process were enough to reintroduce a formof diversity through increasing the number of dispensable genes.To automate much of the data analysis of NGS manipulations we have also developed a tool to generate analysis pipelines.Due to its generic and robustness it can be used in different areas, for several types of data. With many softwares integrated and by monitoring that the development team will continue, it may be used in the characterization of more and more things. For example,structural variations, genotype-phenotype associations, epigenetics and metagenomics. This work enabled the development of a new analytical method for rapid genome-wide data through its global vision ratherthan through two by two comparisons. This method is for large and complex genomes such as those of plants, but also to massivedata sets.

Orientador: Tânia Regina de Luca / Banca: Sérgio Augusto Queiroz Norte / Banca: Ana Luiza Martins / Resumo: Durante o período de publicação da revista Em Guarda (1941-1946) o panamericanismo apresentou-se como tema privilegiado nas relações diplomáticas entre os Estados Unidos e a América Latina. No decorrer de suas páginas, os norteamericanos apareciam como modelo de sociedade - político, cultural e sociedade - enquanto aos latino-americanos cabia o papel de fornecer matérias-primas para a fabricação de produtos voltados à guerra. Editada pela agência comandada por Nelson Rockefeller, Em Guarda constitui-se em importante documentação na apreensão de uma certa idéia de pan-americanismo defendida pelo governo Roosevelt a partir de 1933. Discutir as estratégias adotadas pelo semanário na construção do discurso de união interamericana sob a ótica dos Estados Unidos é premissa primordial da presente dissertação / Abstract: During the period of publication in the magazine Em Guarda (1941-1946) the Pan- Americanism was presented as a theme in privileged diplomatic relations between the United States and Latin America. Throughout its pages, the North Americans appeared as a model of society - political, cultural and economic - as the Latin American was the role of providing raw materials for the manufacture of products geared to war. Edited by the agency commanded by Nelson Rockefeller, Em Guarda constituted is itself an important documentation in seizing a certain idea of pan- Americanism Roosevelt advocated by the government from 1933. Discuss the strategies adopted by the construction of weekly speech inter union from the perspective of the United States is paramount premise of these dissertation / Mestre

Dans les années 1870, le système des boarding et residential schools (pensionnats hors réserve) fut implanté aux États-Unis et au Canada pour les populations indiennes. Ce système, instauré sur le modèle des écoles missionnaires, avait pour but de civiliser les Indiens par l’éducation et de les assimiler aux sociétés américaine et canadienne, proposant ainsi une solution au problème Indien. Ces pensionnats avaient un programme très particulier qui consistait à enseigner aux jeunes Indiens l’anglais, ainsi que la pratique de travaux manuels pour leur permettre, par la suite, de trouver un emploi et de s’intégrer à la société de leur pays. Ces instituts reposaient sur le fait que les jeunes Indiens pouvaient être civilisés et éduqués s’ils étaient emmenés loin de leur famille ainsi que de leur réserve (symboles de leurs traditions qu’ils devaient oublier afin d’être mieux assimilés). Il s’agira d’une part, de comparer ces deux systèmes et de dégager les facteurs motivant le système d’éducation (les enjeux économiques, politiques et institutionnels), tant du côté Indien que des gouvernements respectifs, et d’autre part, d’établir les bilans de l’assimilation par l’éducation. Contrairement à ce que beaucoup croient, les systèmes de pensionnats hors réserve n’eurent pas que des effets négatifs sur les populations indiennes. Parmi les aspects positifs se trouvent l’apparition du mouvement pan-indien depuis les années 1960 et la création de centres universitaires tribaux qui contribuent aujourd’hui à une retribalisation. Comment la transition des pensionnats aux centres universitaires tribaux s’est-elle faite et qu’implique-t-elle ? / The boarding and residential school systems were set up for the Indians in the 1870s in the United States and Canada. These systems based on the missionary education, were aimed at civilizing the Indians through education and assimilating them to the American and Canadian societies, thus offering a solution to the ever present “Indian problem”. These boarding schools had a very specific curriculum in which the young Indians were taught the English language as well manual training to allow them to find a job and to be integrated in the society of their country later on. These schools were based on the fact that the young Indians could be civilized and educated on the condition that they should be taken away from their family as well as their reservation (centers of their traditions they had to forget, to be assimilated faster). This dissertation will deal with the comparison of the two systems and help underlying the factors that have motivated these educational systems (the economic, political and institutional stakes), on the one hand, and on the other hand, with the consequences of the assimilation through education. Contrary to what most people think, the outcomes of the boarding school systems were not detrimental to Indians. Among the positive aspects one can find the emergence of pan-indianism, since the 1960s, and the creation of Tribal colleges which contribute today to a retribalization. How was the transition from boarding schools to tribal colleges made and what does it imply?

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Les canaux semi-circulaires présentent un grand intérêt dans l'évolution. Des travaux récents ont montré que pour certains caractères, le génome humain est plus étroitement lié à celui du bonobo ou du chimpanzé que ces derniers entre eux. Dans ce contexte, il est important de comprendre le degré auquel les différences morphologiques et structurales entre ces trois espèces, reflètent les connaissances phylogéniques actuelles. Cette étude vise à comparer la variabilité anatomique des canaux semi-circulaires à partir de 260 examens tomodensitométriques d'homo sapiens, pan paniscus et pan troglodytes existants. Nous appliquons un modèle mathématique valide avec des examens micro tomodensitométriques et une quantification de l'erreur de mesure. Principalement, nous trouvons que les humains et les bonobos partagent plus de similarités entre eux qu'avec les chimpanzés par rapport a l'orientation tridimensionnelle de leurs canaux semi-circulaires, un résultat qui ne cadre pas avec les connaissances phylogénétiques actuelles. Une première hypothèse consiste en une évolution convergente dans laquelle les bonobos et les humains produisent indépendamment, des phénotypes semblables, peut-être en réponse aux pressions de sélection similaires éventuellement associées à des adaptations posturales. Une deuxième explication possible et plus parcimonieuse, c'est que la morphologie labyrinthique partagée entre le bonobo et l'homme représente la condition ancestrale à partir de laquelle les chimpanzés se sont déviés par la suite. La symétrie remarquable des CSC est le deuxième résultat majeur de cette étude pour ses implications dans la taphonomie. Il a le potentiel pour enquêter sur les fossiles altérés, déduire la probabilité de déformation post-mortem qui peut conduire à des difficultés dans la compréhension de la variation taxonomique, des relations phylogénétiques et de la morphologie fonctionnelle. / For some traits, the human genome is more closely related to either the bonobo or the chimpanzee genome than these are to each other. Therefore, it becomes crucial to understand whether morphological differences between humans, chimpanzees and bonobos reflect the well known phylogeny. Here we investigate intra and extra labyrinthine semicircular canals morphology using 260 computed tomography scans of homo sapiens, pan paniscus and pan troglodytes. We apply a mathematical model validated with micro-computed tomography scans and measurement error quantification. We find striking differences between, on the one hand, humans and bonobos and, on the other hand, chimpanzees concerning the 3D orientation of their semicircular canals. This finding does not fit with the phylogenetic knowledge. The first hypothesis is convergent evolution in which bonobos and humans produce independently similar phenotypes possibly in response to similar selection pressure maybe associated with postural adaptations. A second possible and more parsimonious explanation is that the bonobo-human labyrinthine shared morphology represents the ancestral condition with chimpanzees being subsequently derived. The remarkable symmetry of the SCC is the second major result of this study for its implications in taphonomy. It has the potential to investigate altered fossil, inferring the probability of post-mortem deformation which can lead to difficulties in understanding taxonomic variation, phylogenetic relationships, and functional morphology.

published_or_final_version / Social Work / Master / Master of Social Work

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In this thesis I present the first gravitational lensing results from the Southern Cosmology Survey (SCS). I provide a preliminary study of an automated pipeline analysis of a large survey, in preparation for larger surveys. Future large-area sky surveys, such as Pan-STARRS-1 (PS1), have similar characteristics to the SCS data and will require full automation of the processing. Therefore, this data set provides an ideal test case to highlight the problems which will be faced by such surveys. To analyse the large SCS dataset, I develop an automated weak lensing pipeline based on the KSB. This pipeline has been rigorously verified using simulations and data which I detail here. Results are shown from a weak lensing analysis of 152 optically-selected clusters in 56 square degrees. I fit universal Navarro, Frenk and White (NFW) profiles to measure cluster masses, and use the relatively large area of the survey to test the universal shape of cluster profiles using stacking of the tangential shears. I present the first lensing mass measurements of Sunyaev-Zel’dovich (SZ) selected clusters. It has been long thought that SZ surveys would be a powerful way to detect galaxy clusters for cosmological studies. Simulations show that the SZ detection is independent of redshift and that the threshold corresponds very closely to a threshold in mass. It was, however, not guaranteed that the first blind SZ experiments would detect mass. Using optical imaging from the SCS, I present lensing masses for three clusters selected by their SZ emission in the South Pole Telescope survey (SPT). I confirm that the SZ selection procedure is successful in detecting mass concentrations and find that the SZ clusters have amongst the largest masses, as high as 15x1014M . Consequently I can confirm that the first installment of SZ detections has detected large mass concentrations. Using the best fit masses for all the clusters, I analytically calculate the expected SZ integrated Y parameter. Finally, the scaling relation of Reyes et al. (2008) of lensing Mlens 200 against optical L200 is tested over the redshift range z = 0:1 - 0:3 and extended to z = 0:3 - 0:8. While there is some discrepancy in the lower redshift-range, we agree with Reyes et al (2008) in the higherredshift sample if we assume no evolution of the scaling relation. To test the tangential shear profile of these clusters, 98 clusters are stacked. We find that by allowing the model to vary from an NFW, a very good fit can be found with a higher normalisation of the shears and a lower concentration. This study supports that of Mandelbaum et al. (2008) who show that that massive halos have a lower concentration than expected. Like the SCS, new large area surveys such as PS1 are not very deep, and it is crucial to understand not only how to analyse this size of dataset, but also the sort of results one could expect to achieve. I show in this thesis that 2D mass reconstructions can be done on data of this quality, and large galaxy clusters successfully reconstructed. With a number density of n ~ 9 it is possible to detect the most massive clusters with lensing, but it is difficult. With the lower number density of n ~ 6 or lower expected from PS1 it will prove very difficult to detect individual clusters. However, PS1 will survey a massive area, and so the stacking analysis should work extremely well, and it should be possible to further test the shape of the cluster profiles with stacking as I demonstrated here with the smaller SCS dataset.

This thesis discusses the ways in which Bret Easton Ellis uses Hamlet and Peter Pan as sources in his novel Lunar Park.

Memoria para optar al título de Ingeniero en Alimentos / No autorizada por el autor para ser publicada a texto completo en el Portal de Tesis Electrónicas / En los últimos años la empresa BredenMaster Chile S.A., industria panadera, ha experimentado un considerable incremento en el volumen de sus operaciones, debido al aumento de la cartera de clientes y al constante desarrollo de nuevos productos. El objetivo principal del presente trabajo fue la determinación de los rendimientos óptimos para las líneas productivas de la industria panadera. Para lograr este objetivo se debió: registrar y estandarizar los datos operacionales reales de cada uno de los procesos y creación de la correspondiente base de datos, diseñar balances de material para cada uno de los productos de la línea con mayor desviación en sus operaciones y en los resultados productivos esperados, identificar el origen de las desviaciones entre los datos reales y los predichos por el balance de material, implementar mejoras en los procesos a modo de optimizar los rendimientos. Para determinar los rendimientos se requirió cumplir con una serie de etapas (conocimiento de los procesos productivos, formulación y base de datos de productos, diseño de plantillas de registro de procesos y productos intermedios). Además se sensibilizó y actualizó a los operarios, principales protagonistas del sistema, de los cambios por generar y sus beneficiosas consecuencias en los procesos. Como resultado de la optimización de los rendimientos productivos: Se disminuyeron las desviaciones en las cantidades de materias primas entregadas a producción y en los productos terminados, debido a la aplicación de rendimientos reales. Se actualizaron las bases de datos para cada uno de los productos, generando además documentación específica y seleccionada para el personal de la planta. Se aplicaron acciones correctivas a los procesos intermedios, logrando así una disminución en los costos de materias primas y operacionales de la empresa, dado por la mejora en la documentación de los productos y en la optimización de los procesos, logrando una disminución de las mermas generadas. Se logró la unificación y utilización óptima de los materiales de envase para los productos intermedios y terminados.