Submitted by Milena Dias (milena.dias@ufpe.br) on 2015-03-12T17:45:21Z No. of bitstreams: 2 Dissertação Rafael Medeiros.pdf: 841724 bytes, checksum: 770fac09975639de3352fde1d0ea2ec3 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-12T17:45:21Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação Rafael Medeiros.pdf: 841724 bytes, checksum: 770fac09975639de3352fde1d0ea2ec3 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2013 / CAPES / As Leishmanioses são uma antropozoonose com ampla distribuição geográfica e ocorrência em torno de 88 países. Na Leishmaniose visceral americana (LVA), os cães domésticos são considerados os principais reservatórios da L. infantum no ambiente domiciliar. Diferentes perfis epidemiológicos da Leishmaniose Tegumentar Americana (LTA) têm sido caracterizados pela presença de casos humanos em áreas de colonizações antigas, sugerindo uma antropozoonose entre os animais domésticos por demonstrarem lesões tegumentares causadas pela Leishmania (Vianna) braziliensis. O diagnóstico das leishmanioses pode ser realizado através de métodos clínicos, epidemiológicos, parasitológicos, imunológicos e moleculares. Em áreas endêmicas o diagnóstico clínico e epidemiológico dessas zoonoses é dificultado pela similaridade clínica com outras doenças, tornando a utilização de exames laboratoriais de suma importância para confirmação diagnóstica. Em virtude da necessidade de diagnóstico especifico das leishmanioses na espécie canina, este trabalho tem como objetivo a utilização da PCR-RFLP, tendo como alvo o espaçador interno transcrito (ITS-1), para diferenciação das espécies de Leishmania em cães provenientes da Região Metropolitana do Recife. Foram coletadas 40 amostras de soro e medula de cães, 30 machos e 10 fêmeas, com idades entre 2 e 7 anos , que apresentaram suspeita clinica de leishmaniose quando atendidos no Hospital Veterinário da UFRPE. Foram realizados os testes diagnósticos de exame direto em medula e Reação indireta de imunoflorescência tanto para LTA quanto LVA. Além disso foi realizado a PCR-RFLP nas amostras de soro e urina para a pesquisa de L. infantum e L. (viannia) braziliensis. Dos 40 cães pesquisados 23 foram positivos para L.infantum e 17 foram negativos para as duas espécies pesquisadas. Quando comparado com os testes diagnósticos convencionais , 3 dos 23 cães foram positivos apenas na técnica molecular. Portanto, a ITS1-PCR RFLP pode ser uma importante ferramenta para o diagnostico e caracterização da leishmaniose canina em uma determinada região.

Abstract We designed a 16S rRNA gene PCR-RFLP scheme to identify all currently described Bartonella spp. The 16S rRNA genes of all Bartonella spp. were in-silico analyzed in order to design a RFLP technique able to discriminate among different species. The restriction enzymes selected were MaeIII, MseI, Sau96I, BsaAI, DrdI, FokI, BssHII, BstUI, AluI, TspDTI and HphI which, according to a decision-making tree, facilitated the differentiation of all the currently described species of Bartonella.The technique was experimentally tested in different species of Bartonella, including human pathogenic B. bacilliformis and B. henselae with a 100% of concordance with the in-silico predicted patterns.This novel RFLP assay could be used to identify both human and non-human pathogenic Bartonella in diagnostic, phylogenetic and epidemiologic studies.

Submitted by Hiolanda Rêgo (hiolandar@gmail.com) on 2013-06-10T20:55:35Z No. of bitstreams: 1 Dissertação_ICS_ Ana Carolina Arraes.pdf: 1876812 bytes, checksum: c4740a70b3675be50d2ebafeb0ba8fe3 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-06-10T20:55:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação_ICS_ Ana Carolina Arraes.pdf: 1876812 bytes, checksum: c4740a70b3675be50d2ebafeb0ba8fe3 (MD5) / CAPES / A incidência de candidemia tem aumentado nos últimos anos e o espectro das espécies de Candida tem mudado com a emergência das espécies não-albicans e com o aumento da resistência antifúngica. A técnica de PCR associada à análise dos polimorfismos de fragmentos de restrição (PCR-RFLP) e AP-PCR são exemplos de técnicas moleculares utilizadas para a detecção da variabilidade genética desses micro-organismos. O objetivo deste trabalho foi caracterizar molecularmente Candida spp. clinicamente importantes. Foram estudadas 82 leveduras do gênero Candida, 73 isolados clínicos e nove cepas padrão de referência da “American Type Culture Collection” (ATCC). O DNA genômico foi extraído através de lise mecânica/química e fenol-clorofórmio. Após amplificação com iniciadores ITS1 e ITS4, os produtos da PCR foram digeridos com as enzimas DdeI, HaeIII, BfaI e MspI. Outra amplificação foi realizada com o iniciador arbitrário AP-4. A identificação fenotípica revelou a frequência de 38% de C. parapsilosis, 33% de C. albicans, 27,5% de C. tropicalis e 1,5% de C. guilliermondii. Após amplificação, foi possível identificar e diferenciar as espécies C. lusitaniae, C. guilliermondii, C. famata e C. glabrata. A diferenciação entre C. albicans, C. dubliniensis C. tropicalis, C. krusei e C. parapsilosis não foi bem evidenciada com as enzimas DdeI e HaeIII. Porém, MspI conseguiu diferenciar C. tropicalis, C. krusei, C. parapsilosis, C. glabrata, C. guilliermondii, C. lusitaniae e C. famata, juntamente com BfaI que separou C. albicans de C. dubliniensis. Já a técnica de AP-PCR com o iniciador AP-4, possibilitou a distinção das nove espécies cepas padrão ATCC de Candida, pois todas apresentaram perfis de amplificação com número, intensidade e tamanho de banda específico, onde cada espécie foi alocada em grupo distinto e a relação de similaridade variou de 38-69%, ratificando o poder de diferenciação das espécies. As técnicas moleculares foram reprodutíveis e relativamente rápidas, de fácil interpretação e podem ser aplicadas na identificação de espécies clinicamente importantes de Candida para auxílio no diagnóstico mais rápido e tratamento mais eficiente. / Salvador

The brown trout (Salmo trutta) is an ecologically, economically, aesthetically fish species whose poor conservation status in the European countries calls for further attention and action. The continuing erosion of the genetic resources of brown trout populations by human activities calls for strategies to reverse the current trend. We studied a genetic diversity of population of brown trout in the territory of Czech R. and in Slovakia using genetic markers. In the fragments of mitochondrial DNA (gen for ND-5/6) and nuclear DNA (gen for LDH1) amplified through PCR the differences were searched with the use of RFLP. In tested populations seven haplotypes were founded, four haplotypes were represented in almost of all populations. The ``Danubian haplotypes{\crqq} were strictly confined to the Danubian and Vistula drainages, the ``Atlantic haplotypes{\crqq} dominated in all populations, most of the total molecular variance (72 %) was attributed to differences within populations. Two alleles at LDHC1٭ - the ancestral ٭100 and ٭90 (at a high frequency) were revealed. This genotypic replacement is considered to be due to anthropogenic activities.

This diploma thesis is concerned about the PCR-RFLP method for identification of yeasts genus Saccharomyces from leaves, grapes and must of white wine. The thesis describes an obtaining of pure cultures of yeasts, isolation DNA and amplification of specific segments of DNA using PCR method. Splitting of this segments by restriction endonukleases and a detection of final fragments by zone electrophoresis are mentioned too. Length of fragments and numbers of restriction fragments, which are characteristic of every species, enable a determination of microorganisms and their inclusion into the system. The basic informations on yeasts and molecular methods for their identification are named in the theoretical part of the thesis. The main part of the thesis deals with the processing of grapes of grape-wine and the manufacturing of white wine.

This thesis deals with the identification of wine yeasts isolated from the grape must using PCR-RFLP method. The yeasts were isolated from Pinot Noir grape variety must. Grapes were grown and produced in accordance with the requirements placed on organic and integrated farming. Samples were processed in the laboratory, where pure cultures of individual yeast were obtained. A commercial kit was used for yeast DNA isolation. Obtained DNA was used for further analysis. Using the polymerase chain reaction and the primers ITS1 and ITS4 a specific segment of 5.8S rDNA-ITS region was amplified. The PCR products were then detected by electrophoresis in an agarose gel, and after a subsequent purification, three restriction enzymes: HaeIII, HinfI and HhaI were subjected to restriction analysis. The DNA was digested to fragments specific for yeast species and they were detected by agarose electrophoresis. Similarity of these isolates was compared using BioNumerics program and the result is dendrogram of genetic similarity of isolated yeast. The basic chemical analysis of samples must was also performed.

The aim of this work was to isolate the Saccharomyces cerevisiae yeast from the surface of wine grapes of the Malverina and Sauvignon varieties. Isolated yeasts were identified by the PCR-RFLP method. 5,8S ITS rDNA was amplified using PCR and restricition endonucleases HaeIII, HhaI, HinfI and TaqI were used for the restriction analysis which followed. The results were processed by UPGMA cluster analysis using the BioNumerics programme. The dominant genus on the surface of the Malverina variety grapes was Brettanomyces/Dekkera, while on the surface of the Sauvignon grapes we found mainly yeasts of the Pichia genus. The Saccharomyces cerevisiae species was not isolated from any of the two grape varieties.

As leucemias constituem o câncer mais comum da infância, representando 30% de todas as neoplasias infantis. Dentre elas, a leucemia linfoblástica aguda (LLA) é a mais freqüente, atingindo 75% dos casos pediátricos de leucemias. A ocorrência da LLA tem sido relacionada com a exposição a alguns fatores ambientais (químico, físico e biológicos) e maternos (uso de drogas e dieta) tanto no desenvolvimento intra-útero como após o nascimento. No entanto, o processo de leucemogênese, particularmente com relação à importância da susceptibilidade genética herdade e fatores ambientais, ainda não foi elucidado. As enzimas do citocromo P450 (CYP), assim como outras enzimas das fases I e II do metabolismo estão envolvidas na biotransformação de uma variedade de xenobióticos presentes na alimentação, no cigarro, nas drogas, nas bebidas alcoólicas e nos poluentes ambientais. Polimorfismos em genes responsáveis por codificar essas enzimas de metabolismo têm sido associados com um aumento na susceptibilidade a diferentes tipos de câncer e a doenças hematológicas em adultos e crianças. Similarmente, a capacidade diferencial de crianças portadoras de leucemia aguda para metabolizar carcinógenos e drogas quimioterápicas, a qual é influenciada pelos polimorfismos dos genes que codificam enzimas de metabolização, podem modificar a resposta à terapia. Sendo assim, é importante a realização de investigações epidemiológicas moleculares em crianças portadoras de leucemia, pois estes estudos poderão fornecer informações sobre a etiologia e os mecanismos que levam a esta doença, e sobre as respostas adversas ou inadequadas a certos agentes terapêuticos, com o intuito de buscar tratamentos mais específicos e eficazes. O presente trabalho teve por objetivo estimar a freqüência dos polimorfismos dos genes CYP2D6, EPHX1, MPO (responsáveis pelo metabolismo de xenobióticos) e TS (associado à síntese de DNA) e investigar a associação destes polimorfismos com o efeito do tratamento quimioterápico. Foram genotipados através da técnica de PCR-RFLP 132 pacientes portadores de LLA e 300 indivíduos controles. Analisando o gene CYP2D6 foi observada uma prevalência significante do alelo CYP2D6*3 no grupo dos pacientes. Em relação ao gene EPHX1, o alelo polimórfico *2 foi mais freqüente no grupo de indivíduos controles, assim como a repetição tripla (3R) do gene TS. O genótipo heterozigoto para o gene TS e o homozigoto selvagem para o gene MPO foram mais freqüentes em indivíduos do sexo feminino, sugerindo uma associação destes genótipos com o sexo. Não foi encontrada nenhuma associação dos polimorfismos estudados com a resposta ao tratamento quimioterápico. Com base nestes dados, é possível sugerir uma associação destes polimorfismos com a susceptibilidade ao desenvolvimento da LLA, destacando a importância da sua determinação para o prognóstico bem como para o caráter preventivo relacionado ao risco aumentado de doenças associadas à exposição ambiental. / The leukemias are the most common type of cancer in children, representing above 30% of all the pediatric malignancies. Among them, the acute lymphoblastic leukemia (ALL) is the most frequent, with a percentage of 75% of the total pediatric cases of leukemia. Its occurrence is closely related to the exposure to chemical, physical and biological environmental factors and so maternal factors either, such as drugs, alcohol even in the uterine phase or after birth. Despite all the investigations made until now, little is known about the leucemogenous process, in particular about the importance of herdable genetic susceptibility and environmental factors. The citochrome P450 enzymes, as well as other phase I and II enzymes are involved on the biotransformation process of a huge variety of xenobiotics on food, smoke, alcohol, drugs and chemical poluents. Polymorphisms on these genes have been associated to the increased susceptibility to different kind of adult cancers and hematological diseases in adults and child. Similarly, the differential capacity of children with ALL to metabolize carcinogen compounds and chemotherapy drugs, witch is influenced by polymorphisms on genes that encode metabolizing enzymes, can modify the individual risk of relapse and therapy response. Thus, molecular epidemiological investigations in children with acute leukemia became so important to help clinicians answer questions about the etiology and the right mechanisms that induce this malignance and about the adverse responses to therapy found in huge number of patients, trying to reach more specific treatments. So, the present study objective is to evaluate the polymorphism frequency on the following genes CYP2D6, EPHX1 and MPO (xenobiotic metabolizing genes) and TS gene (DNA synthesis) in patients with ALL and in controls individuals. We analyzed 132 patients and 300 health controls by PCR-RFLP technique. The CYP2D6*3 variant was more frequent on the case group. The EPHX1*2 and the triple repeat (3R) of TS gene were more frequent on the control group. The heterozygous genotype for the TS gene and the homozygous for the MPO gene were more prevalent on the female group, suggesting an association of these polymorphisms with the gender. We did not find any association with the studied polymorphisms and the response to therapy. Beyond these data, is it possible to suggest an association of these polymorphisms and the leukemia development susceptibility, emphasizing the importance of the polymorphism determination for prognosis and for the prevention, related to the increased risk of the diseases related to environmental exposure.

Na medicina legal a identificação de produtos de origem animal vem atingindo grande importância. A grande maioria das amostras encontradas na cena do crime são fragmentos de tecido não facilmente degradável, entre estes o tecido ósseo. Por ter sua estrutura composta por uma matriz mineral o osso preserva sua característica morfológica e material genético viável. Os objetivos do presente trabalho foram: caracterizar morfologicamente o tecido íntegro, agregando assim mais informações a respeito da espécie animal, e verificar se os dados da literatura quanto à identificação genética são confiáveis e passíveis de reprodução. Para isso foram utilizados 10 fêmures de espécies diferentes. Este material foi descarnado e teve suas características morfológicas avaliadas. Após realizar a diferenciação macroscópica, o material foi serrado em sua porção diafisária, de onde retiramos um fragmento para avaliação histológica e outro para estudo do material genético. Os métodos de avaliação histológica foram baseados na morfologia do sistema harvesiano, na disposição destes na superfície de corte, conformação do canal de Havers e nas características dos osteócitos. As características morfométricas foram baseadas apenas na área do canal haversiano e no diâmetro do Sistema Harvesiano (osteon). A avaliação genética teve como objeto de estudo o citocromo B, localizado no DNA mitocondrial, que é encontrado em maior quantidade que o DNA nuclear, além de possuir herança materna que lhe confere grande especificidade quanto à espécie animal. Utilizando um par de primers que seleciona uma porção de 358 pares de bases e três enzimas de restrição, HinfI, AluI e Hae III, foi possível identificar geneticamente as 10 espécies estudadas. Este estudo revelou que a metodologia de identificação animal por morfologia macroscópica, microscópica e genética podem ser reproduzidas e são de grande importância dentro da medicina legal. Entretanto, o método genético mostrou-se mais eficiente e confiável quando dispomos de fragmentos ósseos muito reduzidos. / In Legal Medicine, the identification of products from animals has been reaching a great importance. The great majority of samples that have been founded in a crime scene are pieces of tissues that are not easily destroyed, between them, the bone tissue. Because of their structure, composed by a mineral matrix, bone preserves morphologic characteristics and viable genetic materials. The objective of the present work had been: to characterize morphologically the complete tissue, thus adding more information regarding the animal species and the verification concerning the information in literature about the genetic identification, if they are trustworthy and available to reproduction. For this 10 femur of different species had been used. This material was picked the flesh off and its morphologic characteristics had been evaluated. After to carry through the macrocospic differentiation, the material was sawed in its diafisary portion, where we remove a piece for histologic evaluation and another one for genetic material study. The methods of histologic evaluation had been based on the morphology of the harvesian system, in the disposal of these in the cut surface, conformation of the Havers canal and in the characteristics of the osteocitos. The morphometric characteristics had been based only on the area of the haversiano canal and on the diameter of the Harvesiano System (osteon). The genetic evaluation had as study object the citocromo B, located in the mitochondrial DNA, which is better founded than the nuclear DNA, besides possessing mother inheritance that confers a great especify about animal specie. Using a pair of primers that selects a portion of 358 pairs of bases and three enzymes of restriction, HinfI, AluI and Hae III, it was possible to identify genetically the 10 studied species. This study disclosed that the methodology of animal identification for macrocospic, microscopical and genetic morphology can be reproduced and it has a great importance inside of the medical jurisprudence. However, the genetic method revealed more efficient and trustworthy when the work involves the use of very reduced bone pieces

Toxoplasma gondii é um protozoário formador de cistos capaz de infectar diversas espécies de aves e mamíferos domésticos e selvagens, incluindo o homem. Apesar de evidências sorológicas da infecção por T. gondii em animais selvagens, pouco se sabe sobre o papel da vida selvagem na cadeia epidemiológica e tampouco a susceptibilidade das variadas espécies a este parasito. O presente trabalho consistiu no isolamento e caracterização genotípica de T. gondii de tecidos de animais selvagens, de vida livre e de cativeiro, provenientes de diversas localidades do Brasil e na detecção sorológica de anticorpos contra o parasito nas amostras em que foi possível obter o soro. A sorologia foi realizada em 54 amostras de soros de aves e mamíferos de várias espécies por meio do Teste de Aglutinação Modificado (MAT). Deste total, 18 amostras (cinco de aves e 13 de mamíferos) foram positivas para anticorpos anti-T. gondii. Para o isolamento do parasito foi realizado o bioensaio em camundongos. Homogenados de coração e cérebro de cada um dos animais foram submetidos à digestão péptica e inoculados em grupos de cinco camundongos. Tecidos dos camundongos que vinham à óbito eram examinados para constatar a presença de formas de T. gondii. Seis semanas após inoculação, foi colhido sangue dos camundongos para a realização de testes sorológicos (MAT) para detecção de anticorpos anti-T. gondii e dois meses após a inoculação estes animais foram submetidos à eutanásia para a procura por cistos teciduais do parasito. Por meio desta prova biológica foi possível isolar T. gondii em 18 animais selvagens (16 de diversas espécies de mamíferos e duas de aves) provenientes de diferentes localidades. T. gondii foi isolado em uma coruja-buraqueira (Athene cunicularia), um pica-pau-de-banda-branca (Dryocopus lineatus), um gato-do-mato-pequeno (Leopardus tigrinus), um lobo-guará (Chrysocyon brachyurus), uma mucura (Didelphis marsupialis), uma paca (Cuniculus paca), três queixadas (Tayassu pecari), uma raposa-do-campo (Pseudalopex etulus), três tamanduás-mirim (Tamandua tetradactyla), três tatus-galinha (Dasypus novemcinctus) e dois tatuspeba (Eufractus sexcinctus). Dezesseis dos 18 isolados obtidos foram letais para 100% dos camundongos infectados. O isolado de um tatu-peba não causou mortalidade em camundongos e o isolado da coruja-buraqueira causou 50% de mortalidade. A caracterização genotípica dos isolados foi realizada pela técnica de PCR/RFLP utilizando 12 marcadores genotípicos. As amostras primárias dos tecidos provenientes dos animais selvagens que foram positivas na PCR de triagem também foram submetidas à caracterização genotípica. Por meio da PCR/RFLP foi possível obter o genótipo completo de 22 amostras, 15 delas provenientes de isolados e sete de amostras primárias de tecidos. Dos 18 isolados obtidos através do bioensaio, em três (tatu-peba, coruja-buraqueira e mucura) não foi possível obter a caracterização completa de todos os 12 marcadores utilizados. Pela análise das 22 amostras caracterizadas foram observados 17 genótipos diferentes, sendo que 13 deles são inéditos. A mortalidade de camundongos infectados foi comparada com a ocorrência dos diferentes alelos no marcador CS3 nos 15 genótipos provenientes de isolados, dos quais, sete apresentaram o alelo tipo I, seis o alelo tipo II e os alelos u-1 e u-3 foram encontrados em um isolado cada. Todos os isolados apresentaram 100% de mortalidade para os camundongos infectados. / Toxoplasma gondii is an intracellular protozoan parasite that infects almost all warmblooded animals, including humans. Although studies indicate that wild animals are frequently positive for antibodies anti-T. gondii, the role of wild life in the epidemiology of this parasite is not well understood nor the susceptibility of different wild species. The present study aimed to isolate T. gondii from free-living and captive wild birds and mammals from different locations from Brazil, to perform the genotipic characterization of T. gondii found in the analyzed tissue samples and to detect aintibodies anti-T. gondii in samples which were possible to obtain the serum. Serology was performed in 54 serum samples from different species of wild birds and mammals by the Modified Agglutination Test (MAT). From this total, 18 samples (five from birds and 13 from mammals) were seropositive for antibodies anti-T. gondii. For the isolation of the parasite, mice bioassay was performed. Brain and heart homogenates were submitted to peptic digestion and were inoculated in groups of five mice per animal sampled. Tissues of mice that died were examined for the presence of T. gondii. Mice were bled six weeks post-inoculation, and their sera were tested for anti-T. gondii antibodies by MAT. Surviving mice were euthanized two months after the inoculation and their brains were examined for the presence of T.gondii tissue cysts. T. gondii was isolated in 18 wild animals (16 from different species of mammals and two from birds) from different locations. T. gondii was isolated from one burrowing owl (Athene cunicularia), one lineated woodpecker (Dryocopus lienatus), three collared anteater (Tamandua tetradactyla), one hoary fox (Pseudalopex vetulus), one maned wolf (Chrysocyon brachyurus), one oncilla (Leopardus tigrinus), one opossum (Didelphis marsupialis), one paca (Cuniculus paca), three nine-banded armadillo (Dasypus novemcinctus), two six-banded armadillo (Euphractus sexcincticus) and three white-lipped peccary (Tayassu pecari). Sixteen of the 18 isolates were lethal to 100% of inoculated mice. The genotypic characterization was performed using 12 PCR-restriction fragment length polymorphism (RFLP) Primary tissue samples which were positive in a trial PCR were also submitted to genotypic characterization. It was possible, by PCR/RFLP, to obtain the complete genotype of 22 samples, 15 from isolates and seven from primary tissue samples. It was not possible to accomplish the complete genotypic characterization in three isolates; one burrowing owl, one opossum and one sixbanded armadillo. In this 22 samples characterized, a total of 17 different genotypes were found with 13 of them described for the first time. Mortality of infected mice was compared between the different alleles of the marker CS3 in the 15 genotypes originated from isolates, which seven were type I, six were type II and alleles u-1 and u-3 were found in one isolate each. All the isolates presented 100% of mortality in infected mice.