Made available in DSpace on 2016-06-02T20:20:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 3280.pdf: 5102569 bytes, checksum: f511b08e43998ea79e0f9b0ac5ed969b (MD5) Previous issue date: 2010-08-06 / Universidade Federal de Sao Carlos / Population genetic parameters and genetic relatedness estimates were carried out for Roseate Spoonbill (Platalea ajaja), Wood Stork (Mycteria americana) and Great Egret (Ardea alba egretta) reproductive colonies in Amapa, Pantanal and Rio Grande do Sul (RS), Brazil. Microsatellite genotypes were used to investigate kinship patterns between nestlings sampled inside the same nests, using a variety of analytical approaches. Unrelated nestling-pairs were observed in Roseate Spoonbill nests (6.12% of analyzed nests) and in Wood Stork nests (11.34%); half-siblings were present in Roseate Spoonbill nests as well (1.36%). Only full-siblings were detected inside Great Egret nests. Conspecific brood parasitism (CBP) and extra-pair paternity were proposed to account for the presence of unrelated nestmates and half-siblings, respectively, in Roseate Spoonbill and Wood Stork nests. Those results suggest the occurrence of a mating system different than genetic monogamy in natural populations of those waterbirds. Genetic relatedness was also investigated for adults and offspring, as well as for supposed siblings in Roseate Spoonbill families kept in three zoological facilities in the U.S. Paternity and maternity allocation analyses through maximum-likelihood revealed that errors were present in zoo‟s studbooks in relation to the familial records. We also identified mating between related individuals that were not detected previously by zookeepers. Population genetic parameters were also estimated and demographic processes were assessed for Great Egret reproductive colonies in the Pantanal and Rio Grande do Su, Brazil. Bayesian clustering analyses, assignment tests, analysis of molecular variance, F-statistics estimates, allelic frequency distribution and the G-W index revealed that: i) Pantanal reproductive colonies are genetically differentiated from Rio Grande do Sul colonies; ii) an IBD-like pattern alone cannot explain that differentiation; and iii) genetic signal of a reduction of population size was present for two colonies in the Pantanal and one in Rio Grande do Sul. Results were discussed considering a metapopulation dynamic and also considering that populations from both Brazilian regions represent distinct units and deserve to be treated separately when planning and carrying out conservation and management programs that aim to preserve the species‟ genetic diversity. / Estudos de genética de populações e de parentesco genético foram desenvolvidos em colhereiro (Platalea ajaja), cabeça-seca (Mycteria americana) e garça-branca-grande (Ardea alba egretta), de colônias reprodutivas do Amapá, Pantanal e Rio Grande do Sul (RS), Brasil. Genótipos em locos de microssatélites foram utilizados para se investigar os padrões de relacionamento entre ninhegos amostrados dentro dos mesmos ninhos com diferentes metodologias de análise. Pares de ninhegos não-relacionados foram encontrados nos ninhos de colhereiro (6,12% dos pares analisados) e de cabeça-seca (11,34%); meio-irmãos foram observados nos ninhos de colhereiro (1,36%). Em garça branca grande foi detectada apenas a presença de irmãos-completos dentro dos ninhos. Parasitismo de ninho intraespecífico e paternidade extra-par podem explicar a presença de ninhegos não-relacionados e meio-irmãos nos ninhos de colhereiro e cabeça-seca, o que indica a presença de um sistema de acasalamento diferente da monogamia genética nas populações naturais dessas espécies. Relações de parentesco entre adultos e filhotes e entre supostos irmãos foram determinadas em famílias de colhereiro de três zoológicos dos EUA. Análises de atribuição de maternidade e paternidade por máxima verossimilhança revelaram erros nos registros dos zoológicos quanto às relações progenitor-progênie e identificaram acasalamentos entre indivíduos aparentados que não tinham sido registrados. Parâmetros genético-populacionais e processos demográficos foram investigados em populações de garça-branca-grande do Pantanal e do Rio Grande do Sul. Análises Bayesianas, testes de alocação de indivíduos, análises de variância molecular, estimativa de estatísticas F, exame da distribuição das freqüências alélicas e cálculo do índice de G-W permitiram identificar que: i) há diferenciação genética significativa entre colônias reprodutivas do Pantanal e do Rio Grande do Sul; ii) o padrão de isolamento pela distância não explica essa diferenciação; e iii) duas populações no Pantanal e uma população no RS apresentaram sinais genéticos de redução demográfica. Os resultados foram discutidos considerando que as populações de garça-branca-grande localizadas no Pantanal e no Rio Grande do Sul são unidades populacionais independentes e devem se tratar separadamente no planejamento e desenvolvimento de programas de manejo para a conservação da diversidade genética total da espécie.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:20:34Z (GMT). No. of bitstreams: 1 4932.pdf: 1990172 bytes, checksum: 7025c9dd589a8c2a6771bc24539895b5 (MD5) Previous issue date: 2013-03-05 / Universidade Federal de Sao Carlos / The genetic diversity of the cattle egret (Bubulcus ibis) was analyzed to investigate reproductive behavior and characterize Brazilian populations of the species. Genotypes at seven microsatellite loci were used to investigate the occurrence of more than one female laying eggs in the same nest, characterizing the occurrence of multiple maternity. DNA was extracted from swabs collected from the outer surface of eggs and sexed; males were excluded. Forty-eight clutches from two breeding seasons (2010 and 2011) were genetically analyzed. Thirty-nine eggs laid by a second or third female were recorded. In five nests, the first egg of the clutch was from a different female, the laying happening prior to that of the incubating female. Suggesting nest takeover by another pair of egrets that kept the pre-existing eggs together with its own clutch. In the other 43 nests, the hypothesis of brood parasitism was posed to explain why one or two additional females were found laying eggs in a nest. A 463-bp fragment of the mitochondrial DNA control region Domain I was amplified for 148 individuals from seven Brazilian populations to investigate genetic-population and demographic parameters. Genetic diversity indices, the population structure tests Fst and AMOVA, a haplotype network, mismatch distribution and neutrality tests (Tajima s D, Fu s Fs, Fu and Li s D* and F*, Ramos-Onsins and Rozas R2) revealed the following: i) a high level of diversity was recorded for the cattle egret in Brazil in comparison to other closely related species studied in the country; ii) genetic diversity levels determined for the Brazilian regions are similar; iii) genetic structuring was not observed between the seven studied populations; and iv) the different tests performed to determine demographic expansion revealed no significant results. This is the first genetic characterization study for Bubulcus ibis to date and the findings indicate a high degree of plasticity in reproductive behavior and confirm a marked dispersion behavior of the species, leading to the homogenization of Brazilian populations. / A diversidade genética da garça-vaqueira (Bubulcus ibis) foi utilizada para se investigar o comportamento reprodutivo e para se caracterizar populações brasileiras da espécie. Genótipos em locos de microssatélites foram utilizados na detecção da presença de mais de uma fêmea ovipositando em um mesmo ninho, o que pode caracterizar a ocorrência de maternidade múltipla. O DNA extraído dos swabs coletados na superfície externa dos ovos foi sexado e eventuais amostras de machos foram excluídas. Quarenta e oito ninhadas, de duas temporadas reprodutivas (2010 e 2011) foram analisadas geneticamente. Foram registrados 39 ovos ovipositados por uma segunda ou terceira fêmea. Em 33 ninhos foram encontrados genótipos distintos de duas fêmeas e em seis ninhos genótipos de três fêmeas. Em cinco ninhos o primeiro ovo na sequência de oviposição mostrou-se ser de uma fêmea diferente, tendo a oviposição acontecido previamente àquela da fêmea incubante. Esse achado foi explicado supondo a tomada de ninho por um segundo casal de garças, com a manutenção do ovo pré-existente juntamente com os da própria ninhada. Nos outros 43 ninhos, a presença das fêmeas extras foi explicada hipotetizando a ocorrência de parasitismo de ninho intraespecífico. Um fragmento de 463 pb do Domínio I da região controladora do DNA mitocondrial foi amplificado para 148 indivíduos para a investigação de parâmetros genéticopopulacionais e processos demográficos nas sete populações estudadas. A estimativa de índices de diversidade genética, testes de estruturação populacional Fst e AMOVA, a construção de uma rede de relação entre haplótipos, a análise de mudanças no tamanho populacional pela mismatch distribution e a realização de testes de neutralidade (D de Tajima, Fs de Fu, D* e F* de Fu e Li, R2 de Ramos-Onsins e Rozas) permitiram identificar: i) um nível alto de diversidade genética para B. ibis no Brasil, quando comparado a espécies proximamente relacionadas estudadas no país; ii) níveis semelhantes de diversidade genética determinados para as regiões brasileiras; iii) ausência de estruturação genética entre as sete populações estudadas; e iv) ausência de sinais de expansão demográfica pelos testes realizados. Os resultados aqui apresentados são os primeiros resultados genéticos na espécie até o momento e apontam para uma alta plasticidade no comportamento reprodutivo e confirmam a dispersão bastante acentuada da espécie, levando a homogeneização das populações brasileiras.

Made available in DSpace on 2014-12-17T15:36:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 JoseTAXL_Parte 1.pdf: 5097640 bytes, checksum: 87d585113062c0aafaeaea6c8b1525d6 (MD5) Previous issue date: 2008-07-04 / The present study investigated the reproductive dynamics and parasitism of four species of marine fishes: serra Spanish mackerel, Scomberomorus brasiliensis, Atlantic leatherjacks, Oligoplites saurus and O. palometa,, and Atlantic bumper, C. chrysurus, during the period of August, 2005 to July, 2007, in the coastal waters of Southwest Atlantic Ocean, Brazil. The collected fish samples were measured, weighed, dissected, the gonads were weighed and examined to separate the sex. The gonadosomatic index (GSI), fecundity, type of spawning, the breeding season, the macro and microscopic characterization of the gonads were determined. The ectoparasites from the branchial chambers and bucal cavity of the fish were collected, measured, weighed and identified. The sex ratio of the study fish species were approximately 1M:1F, however, there was a predominance of males of O. palometa (3M:2F). The GSI of fishes varied according to their reproductive cycle and the stage of gonadal maturation. The highest values of GSI and the spawning period coincided with the rainy period of the region. The females presented total spawning and the fecundity was positively correlated with the weight of the ovary and the body. Four stages of development of the gonads immature, maturing, mature and spent were identified macroscopically and histological analyses of ovaries revealed the different phases of oocyte development. Three species of isopod parasites were identified in the study fishes: Livoneca redmmanni, Rocinela signata and Cimothoa spinipalpa. The first two species occurred in the branchial cavities of C. chrysurus and S. brasiliensis. The isopod C.spinipalpa (a new species) was registered for the first time in the bucal cavity of O. saurus and O. palometa. The parasitic isopods preferred the branchial chambers and the bucal cavity of the host fishes as these were protected microhabitats. The isopods parasitized the immature, maturing and mature fishes. The prevalence of infection of isopods in the hosts varied from 16 to 21%, though in O. palometa it was 60%. In the rainy period the highest isopod parasitic occurrence was registered, however, this did not prejudice the normal reproductive cycle of the host fish. / O presente trabalho investigou a din?mica reprodutiva e parasit?ria de quatro esp?cies de peixes marinhos: serra, Scomberomorus brasiliensis, tibiros, Oligoplites saurus e O. palometa e palombeta, Chloroscombrus chrysurus, durante os messes de agosto de 2005 a julho de 2007, nas ?guas costeiras do Sudoeste do Oceano Atl?ntico, Brasil. Os peixes foram medidos, pesados, dissecados, as g?nadas pesadas e examinadas para separa??o do sexo. Foram avaliados o ?ndice gonadossom?tica (IGS), fecundidade, tipo e ?poca de desova e a caracteriza??o macro e microsc?pica do desenvolvimento das g?nadas dos peixes. Os ectoparasitos da c?mara branquial e cavidade bucal dos peixes foram coletados, medidos, pesados e identificados. A propor??o sexual dos peixes estudados foram aproximadamente 1M:1F, enquanto ocorreu um predom?nio de machos de O. palometa (3:2). Os peixes apresentaram IGS variando de acordo com seu ciclo reprodutivo e seu est?dio de matura??o gonadal. Os maiores valores de IGS e a ?poca reprodutiva coincidiram com per?odo das chuvas da regi?o. As f?meas apresentaram desova total e fecundidade com correla??o positiva para o peso das g?nadas e do corpo. Quatro est?dios de desenvolvimento das g?nadas foram identificados macroscopicamente: imaturo, em matura??o, maduros e esgotados, e os estudos microsc?picos mostraram o desenvolvimento ovocit?rio dentro de cada est?dio. Tr?s esp?cies de parasitos isopodos foram identificadas nas quatro esp?cies de peixes: Livoneca redmmanni, Rocinela signata e Cimothoa spinipalpa. As primeiras duas esp?cies ocorreram na cavidade branquial de C. chrysurus e S. brasiliensis. Parasitismo por isopodo C.spinipalpa, (uma esp?cie nova) foi registrado na cavidade bucal de O. saurus e O. palometa. O micro-h?bitat preferido pelos parasitos is?podos foram ? c?mara branquial e a cavidade bucal do hospedeiro, ?reas mais protegidas. Os isopodos parasitaram os peixes nos est?dios imaturo, em matura??o e maduros. A preval?ncia de infec??o de isopodos nos hospedeiros variou de 16 a 21%, enquanto que em O. palometa foi de 60%. No per?odo das chuvas foi registrada a maior ocorr?ncia de parasitismo por isopodos, porem, o parasitismo n?o prejudicou o ciclo reprodutivo normal dos hospedeiros.