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Caracterização de Mutantes de Xanthomonas citri Gerados por Disrupção Gênica Randômica Usando Transposon / Characterization of Xanthomonas citri mutants generated by random gene disruption using transposon

Julio Cesar Levano Garcia 06 February 2003 (has links)
Xanthomonas axonopodis pv citri (Xac), uma bactéria gram negativa, é a causadora da doença Cancro Cítrico que ocasiona enormes prejuizo na citricultura brasileira. Com o seqüenciamento do genoma deste patógeno foram encontradas inúmeras sequências codificadores com funções desconhecidas. Assim com a finalidade de estudos funcionais do genoma de Xac, foram gerados mutantes randômicos usando o transposon EZ::TN, que induziu disrupção aleatoria de seus genes com o intuito de avaliar que genes inativados afetam a patogenicidade da bactéria. Para o mapeamento do local de inserção do transposon foi desenvolvida uma metodologia baseada na técnica de PCR touchdown utizando oligonucleotídeos semidegenerados. A confiabilidade deste novo método foi comprovada através do mapeamento por Southem blot de alguns mutantes. Conseguiu-se mapear 90 mutantes randômicos com este método. Os testes de patogenicidade em citros mostraram mutantes com sua patogenicidade afetada observando-se variações nos sintomas da doença. Mutantes interessantes contendo uma ORF hipotética inativada ou tendo uma inserção num espaço intergênico foram achadas, sendo também detectados alguns mutantes com nocaute de genes nos seus plasmídeos pXac33 e pXac66. / Xanthomonas axonopodis pv citri (Xac), a gram-negative bacteria, is the causer of the Citrus Canker disease that produces enormous losses to the brazilian citrus sector. Many coding sequences with unknown functions were found in the genome sequence of this pathogen. Therefore, with the goal of functional studies of Xac\'s genome, random mutants using the EZ::TN transposon, have been generated, which carry aleatory disruptions of their genes, with the aim of evaluating inactived genes that potentially affect bacterial pathogenicity. A method based in the PCR touchdown technique using semidegenerate primers was developed for the mapping of the transposon insertion site. The reliability of this new method was tested by means of mapping some mutants using Southern blot. Ninety random mutants were mapped with this method. The pathogenicity tests in citrus showed mutants with their pathogenicity affected and variations in the disease symptoms were observed. Interesting mutants containing an inactive hypothetical ORF or with an insertion in intergenic regions have been found, and also some mutants with inactivated genes in their plasmids pXac33 and pXac66 were detected.
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Estudo da fauna fitonematológica na Mata Atlântica do estado de São Paulo e na Floresta Amazônica do estado do Mato Grosso / Study of the plant parasitic nematode fauna in the Atlantic Forest from São Paulo state and the Amazon Forest from Mato Grosso state, Brazil

Rosangela Aparecida da Silva 04 April 2008 (has links)
Realizou-se estudo da fauna de fitonematóides em dois municípios do estado de São Paulo (Pariquera-Açu e Cananéia) sob domínio da Mata Atlântica e dois do estado do Mato Grosso (Nova Maringá e Guarantã do Norte) sob domínio da Floresta Amazônica, com o objetivo de conhecer a diversidade de fitonematóides desses biomas e avaliar o efeito do uso agrícola do solo sobre a comunidade de fitonematóides. Para tanto, foram efetuadas amostragens em áreas de vegetação primária e em áreas próximas cultivadas. Para cada amostra, foram extraídos os nematóides de 200 cm³ de solo e em 10 gramas de raízes pela técnica de peneiramento combinada com flutuação em centrífuga com solução de sacarose. Em seguida, os espécimes foram mortos pelo calor e fixados em formalina. Os nematóides foram posteriormente quantificados, para determinação da abundância de cada táxon, sendo as identificações taxonômicas realizadas com base em características morfológicas e morfométricas. Os dados foram analisados com base na abundância, freqüência e índices de similaridade (Jaccard e Bray e Curtis). Assinalaram-se 34 gêneros e as identificações específicas foram efetuadas para 22 táxons. Para a espécie Aorolaimus banoae foram apresentadas novas características morfológicas e morfométricas. Observou-se que, com a retirada da vegetação primária e a implantação dos cultivos de plantas perenes ou anuais, houve intenso processo de redução da diversidade de fitonematóides e da introdução de novos táxons, o que resultou em baixa similaridade entre os locais de vegetação primária e aqueles cultivados, demostrando-se elevada influência da atividade agrícola sobre a comunidade de fitonematóides. / A study about plant parasitic nematode fauna was conducted in two municipalities from São Paulo State (Pariquera-Açu and Cananéia in the Atlantic Forest) and two from Mato Grosso State (Nova Maringá and Guarantã do Norte in the Amazon Forest), Brazil. The aims of this study were to evaluate the diversity of plant-parasitic nematode fauna in locations of primary and to evaluate the effect of agricultural land use on the plant parasitic nematode communities. Nematodes were extracted from 200 cm³ of soil and 10 grams of roots by a sieving and sugar flotations technique and fixed with formalin. Nematodes were counted for determination of abundances of each taxon and the taxonomic identification was based on morphological and morphometric features. The following variables were obtained: abundance, frequency and similarity indexes (Jaccard and Bray e Curtis). A total number of 34 genera were recorded and 22 taxons were identified at species level. Concerning Aorolaimus banoae species, new morphological and morphometric features were presented. It was observed that, after removal of primary vegetation and implantation of perennial or annual crops, occurred a conspicuous reduction of plant parasitic nematode diversity, associated with introduction of exotic species, resulting in low similarity between location of primary vegetation and the cultivated ones. The results demonstrated that the agricultural practices affect strongly the plant parasitic nematode communities.
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Avaliação da capacidade reprodutiva de populações de Pratylenchus spp. frente a diferentes espécies vegetais / Reproductive fitness of Pratylenchus spp. populations in different plant species

Mauro Ferreira Bonfim Junior 03 February 2010 (has links)
Os nematoides que atualmente tem sido classificados como P. coffeae, demonstram ampla variabilidade morfológica, molecular e quanto à reação à diferentes hospedeiros. Por conseguinte, é essencial que se identifique corretamente as espécies e que se conheça a capacidade de parasitismo em alguns hospedeiros, para que se possa estabelecer medidas de controle e estimar eventuais riscos da entrada de um patógeno em uma área com hospedeiro suscetível. Neste sentido, a presente pesquisa propõe, numa primeira parte, uma medida de controle de P. jaehni (K5), que é muito agressivo à cafeeiro arábico, baseada no uso de plantas má hospedeiras. Na segunda parte deste trabalho é realizada uma caracterização da reação de diferentes espécies vegetais à quatro populações de Pratylenchus spp. Em virtude do exposto, este estudo objetivou avaliar a reação de diferentes cultivares de feijoeiro comum frente à P. jaehni (K5), visando seu possível uso no manejo de áreas cafeeiras infestadas e caracterizar a reação de diferentes espécies vegetais de importância econômica (café, porta-enxertos cítricos, banana e sorgo) frente à quatro populações de Pratylenchus spp. As populações inciais utilizadas nos experimentos variaram entre 180 e 200 nematóides. Em todos os experimentos, os nematóides foram extraídos das raízes pelo método de Coolen e D´Herde (1972) e, eventualmente, do substrato pelo método de Jenkins (1964). Foram realizados três ensaios: i) o primeiro com feijoeiro comum, onde todas as cultivares utilizadas foram resistentes à P. jaehni (K5), inclusive na réplica; ii) o segundo com porta-enxertos cítricos, no qual somente o limão-cravo foi hospedeiro de P. jaehni (K5); iii) o terceiro, no qual foi utilizado café, limão-cravo, banana e sorgo para o conhecimento das respectivas reações frente à 4 populações de Pratylenchus spp. Neste último experimento ocorreu uma reação hospedeira diferenciada para cada população. De acordo com os resultados, concluise que as cultivares de feijoeiro comum utilizadas apresentam potencial de uso em áreas cafeeiras infestadas por P. jaehni (K5), em consórcio ou em áreas de renovação de cafezal, e que as populações de Pratylenchus spp. são capazes de se reproduzir de forma diferenciada frente às espécies vegetais testadas. / Nematode populations that have been classified as P. coffeae show wide morphological, molecular and host range variability. Therefore, is essential the correct identification of the species and the knowledge about its parasitism capacity on some hosts, to ensure appropriate control measures and to estimate the entry risks of a pathogen in an area with susceptible host. In this sense, the present research report, firstly, propose a control measure of P. jaehni (K5), which is very aggressive to the arabic coffee, based on the use of poor host plants. In the second part, was carried out a host status evaluation of different plant species to four populations of Pratylenchus spp. In this context, were evaluated the reaction of different common bean cultivars to P. jaehni (K5), for its possible use in management of coffee areas infested with this nematode, and characterized the response of different economic important plant species (coffee, citrus rootstocks, banana and sorghum) to four populations of Pratylenchus spp (IB01P, IB02P, K5 e C1). The initial population used in experiments ranged between 180 and 200 nematodes. In all experiments, nematodes were extracted from roots by Coolen e D\'Herde´s method (1972) and eventually from the substrate by Jenkins´ method (1964). Three assays were conducted and results was as following: i) in the first one, with common bean, all tested cultivars were resistant to P. jaehni (K5), including the replica; ii) in the second one, with rootstocks, only rangpur lime was a good host of P. jaehni (K5); iii) in the third one, in which was used coffee, rangpur lime, banana and grain sorghum, was observed a differential host reaction for each nematode population evaluated. According to the present results, we suggest that common bean cultivars tested have great potential for use, or in intercropping or in crop rotation, in coffee areas infested by P. jaehni (K5) and populations of Pratylenchus spp. have different reproductive fitness in the plants species tested.
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Purificação parcial de frações de Saccharomyces cerevisiae indutoras de resitência contra antracnose e avaliação de agentes bióticos (S. cerevisiae e Agro-Mos®) e abiótico (Bion®) na indução de resistência contra inseto (Tuta absoluta x tomateiro), nematóide (Meloidogyne incognita x pepineiro e organismo não alvo (Bradyrhizobium elkanii x soja) / Partial purification of fractions of Saccharomyces cerevisiae inducing resistance in cucumber plants against anthracnose and evaluation of biotic (S. cerevisiae and Agro-Mos®) and biotic (Bion®) agents in the resistance induction against insect (Tuta absoluta x tomato plants), nematode (Meloidogyne incognita x cucumber plants) and non-target organism (Bradyrhizobium elkanii x soybean plants)

Nivea Maria Tonucci Zanardo 27 August 2009 (has links)
Na indução de resistência a planta possui mecanismos de defesa físicos e químicos para impedir a entrada e o desenvolvimento de patógenos e parasitas, incluindo fungos, bactérias, vírus, nematóides e até insetos. Estes mecanismos são ativados por infecções prévias ou pelo tratamento com agentes indutores (eliciadores) bióticos ou abióticos. Entre os agentes indutores bióticos, destaca-se a S. cerevisiae, que além da importância biotecnológica, tem demonstrado em estudos prévios potencial para o controle de doenças em várias plantas de importância econômica. Produtos à base de S. cerevisiae, como por exemplo o Agro-Mos® (carboidratos da parede celular da levedura) estão disponíveis no mercado, mas não como indutores de resistência. Já o indutor químico registrado como Bion® vem sendo comercializado e utilizado na indução de resistência em diversas espécies de plantas contra vários patógenos. Os objetivos deste trabalho foram purificar parcialmente frações de S. cerevisiae indutoras de resistência em pepineiro contra antracnose, causada por Colletotrichum lagenarium, e avaliar o efeito do extrato bruto autoclavado de S. cerevisiae, Agro-Mos® e Bion® na indução de resistência contra o inseto T. absoluta em tomateiro, o nematóide M. incognita em pepineiro, como também, verificar o efeito destes agentes na interação simbiótica entre soja e B. elkanii. Os resultados mostraram que o extrato bruto aquoso de S. cerevisiae autoclavado por 4 h foi o mais efetivo na redução da antracnose. Dessa maneira, o mesmo foi submetido à precipitação etanólica e o sobrenadante da precipitação foi fracionado utilizando-se Cromatografia de Troca Aniônica - CTA. Obtiveram-se quatro picos, sendo que os picos I (frações não ligada à resina DEAE-celulose) e II (frações ligadas à resina DEAE-celulose) foram os mais efetivos na proteção de plântulas de pepineiro reduzindo a severidade de antracnose em 80% e 72%, respectivamente. A aplicação foliar do extrato bruto aquoso de S. cerevisiae, Agro-Mos® e Bion® não afetou o desenvolvimento do inseto em tomateiro, como também, não interferiu significativamente na multiplicação do nematóide em raízes de pepineiro. Na interação simbiótica da soja com B. elkanii, os agentes testados não afetaram a nodulação por B. elkanii em raízes e o desenvolvimento vegetativo das plantas. Porém, a aplicação foliar do extrato bruto autoclavado de S. cerevisiae aumentou a quantidade de nitrogênio total da parte aérea das plantas. Finalmente, conclui-se que frações de S. cerevisiae induziram resistência em pepineiro contra C. lagenarium. Por sua vez, os agentes testados são foram eficientes no controle do inseto herbívoro e do nematóide e não demonstraram efeito negativo na interação soja - rizóbio. / In the resistance induction, the plant has physical and chemical defense mechanisms to avoid the entrance and the development of pathogens and parasites, including fungi, bacteria, virus, nematodes and even insects. These mechanisms are activated by previous infections or by the treatment with biotic and abiotic inducer agents. Among the biotic agents there is S. cerevisiae, that besides the biotechnological importance, was shown in previous studies to control diseases in several plants of economical importance. Products made of S. cerevisiae, as for exemple, the Agro-Mos® (formulated with carbohydrates from the cellular wall of the yeast) are available in the market, but not resistance inducers. The chemical inducer known as Bion® is already marketed and used to induced resistance in several plant species against several pathogens. The objectives of this work were to partially purify fractions of S. cerevisiae able to induce resistance in cucumber against anthracnose, caused by Colletotrichum lagenarium, and also evaluate the effect of the autoclaved crude aqueous extract from S. cerevisiae, Agro-Mos® and Bion® in the resistance induction against the insect T. absoluta in tomato plants, the nematode M. incognita in cucumber plants, as well as to verify the effect of the agents in the symbiotic interaction envolving soybean and B. elkanii. The results showed that the crude aqueous extract of S. cerevisiae autoclaved for 4 h was the most effective out in the reduction of cucumber anthracnose. Thus, the same extract was submitted to ethanolic precipitation and the obtained supernatant was fractioned by using Anion Exchange Chromatography - AEC. For peaks were obtained and peak I (non-adsorbed fraction to DEAE-Cellulose) and II (fraction adsorbed to DEAE-Cellulose) were the most effective out in the protection of the cucumber seedling by reducing anthracnose severity in 81% and 72% ,respectively. The application of the autoclaved extract of S. cerevisiae, Agro-Mos® and Bion® did not affect the development of the insect in tomato plants as well as did not interfere significantly in the multiplication of the nematode in cucumber roots. In the symbiotic interaction of soybean and B. elkanii, the tested agents did not affect the formation of nodules in soybean roots and the vegetative development of the plants. However, the foliar application of the autoclaved crude extract of S. cerevisiae significantly increased the amount of total nitrogen in the aerial part of the plants. Finally, it is concluded that the fractions (peaks I and II) of S. cerevisiae induced resistance of the cucumber plants. However the tested agents were not efficient in the control of the herbivore insect and the nematode and did not exhibit negative effects in the symbiotic interaction soybean and rhizobium.

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