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Localização colaborativa em robótica de enxame. / Collaborative localization in swarm robotics.Alan Oliveira de Sá 26 May 2015 (has links)
Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro / Diversas das possíveis aplicações da robótica de enxame demandam que cada robô seja capaz de estimar a sua posição. A informação de localização dos robôs é necessária, por exemplo, para que cada elemento do enxame possa se posicionar dentro de uma formatura de robôs pré-definida. Da mesma forma, quando os robôs atuam como
sensores móveis, a informação de posição é necessária para que seja possível identificar o local dos eventos medidos. Em virtude do tamanho, custo e energia dos dispositivos, bem como limitações impostas pelo ambiente de operação, a solução mais evidente, i.e.
utilizar um Sistema de Posicionamento Global (GPS), torna-se muitas vezes inviável. O método proposto neste trabalho permite que as posições absolutas de um conjunto de nós desconhecidos sejam estimadas, com base nas coordenadas de um conjunto de nós de
referência e nas medidas de distância tomadas entre os nós da rede. A solução é obtida por meio de uma estratégia de processamento distribuído, onde cada nó desconhecido estima sua própria posição e ajuda os seus vizinhos a calcular as suas respectivas coordenadas.
A solução conta com um novo método denominado Multi-hop Collaborative Min-Max Localization (MCMM), ora proposto com o objetivo de melhorar a qualidade da posição inicial dos nós desconhecidos em caso de falhas durante o reconhecimento dos nós de referência. O refinamento das posições é feito com base nos algoritmos de busca por retrocesso (BSA) e de otimização por enxame de partículas (PSO), cujos desempenhos são comparados. Para compor a função objetivo, é introduzido um novo método para o cálculo do fator de confiança dos nós da rede, o Fator de Confiança pela Área Min-Max (MMA-CF), o qual é comparado com o Fator de Confiança por Saltos às Referências (HTA-CF), previamente existente. Com base no método de localização proposto, foram desenvolvidos quatro algoritmos, os quais são avaliados por meio de simulações realizadas
no MATLABr e experimentos conduzidos em enxames de robôs do tipo Kilobot. O desempenho dos algoritmos é avaliado em problemas com diferentes topologias, quantidades de nós e proporção de nós de referência. O desempenho dos algoritmos é também comparado com o de outros algoritmos de localização, tendo apresentado resultados 40% a 51% melhores. Os resultados das simulações e dos experimentos demonstram a eficácia do método proposto. / Many applications of Swarm Robotic Systems (SRSs) require that a robot is able to discover its position. The location information of the robots is required, for example, to allow them to be correctly positioned within a predefined swarm formation. Similarly,
when the robots act as mobile sensors, the position information is needed to allow the identification of the location of the measured events. Due to the size, cost and energy source restrictions of these devices, or even limitations imposed by the operating environment,
the straightforward solution, i.e. the use of a Global Positioning System (GPS), is often not feasible. The method proposed in this work allows the estimation of the absolute positions of a set of unknown nodes, based on the coordinates of a set of reference nodes and the distances measured between nodes. The solution is achieved by means of a distributed processing strategy, where each unknown node estimates its own position and helps its neighbors to compute their respective coordinates. The solution makes use of a new method called Multi-hop Collaborative Min-Max Localization (MCMM), herein
proposed, aiming to improve the quality of the initial positions estimated by the unknown nodes in case of failure during the recognition of the reference nodes. The positions refinement
is achieved based on the Backtracking Search Optimization Algorithm (BSA) and the Particle Swarm Optimization (PSO), whose performances are compared. To compose the objective function, a new method to compute the confidence factor of the network nodes is introduced, the Min-max Area Confidence Factor (MMA-CF), which is compared with the existing Hops to Anchor Confidence Factor (HTA-CF). Based on the proposed localization method, four algorithms were developed and further evaluated through a set of simulations in MATLABr and experiments in swarms of type Kilobot robots. The
performance of the algorithms is evaluated on problems with different topologies, quantities of nodes and proportion of reference nodes. The performance of the algorithms is also compared with the performance of other localization algorithms, showing improvements between 40% to 51%. The simulations and experiments outcomes demonstrate the
effectiveness of the proposed method.
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Maximiza??o da penetra??o da gera??o distribu?da atrav?s do algoritmo de otimiza??o nuvem de part?culasPires, Bezaliel Albuquerque da Silva 03 August 2011 (has links)
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Previous issue date: 2011-08-03 / This work develops a methodology for defining the maximum active power being injected into predefined nodes in the studied distribution networks, considering the possibility of multiple accesses of generating units. The definition of these maximum values is obtained from an optimization study, in which further losses should not exceed those of the base case, i.e., without the presence of distributed generation. The restrictions on the loading of the branches and voltages of the system are respected. To face the problem it is proposed an algorithm, which is based on the numerical method called particle swarm optimization, applied to the study of AC conventional load flow and optimal load flow for maximizing the penetration of distributed generation. Alternatively, the Newton-Raphson method was incorporated to resolution of the load flow. The computer program is performed with the SCILAB software. The proposed algorithm is tested with the data from the IEEE network with 14 nodes and from another network, this one from the Rio Grande do Norte State, at a high voltage (69 kV), with 25 nodes. The algorithm defines allowed values of nominal active power of distributed generation, in percentage terms relative to the demand of the network, from reference values / Neste trabalho, prop?e-se uma metodologia para defini??o dos valores m?ximos de pot?ncia ativa a serem injetados em barras pr?-definidas das redes de distribui??o estudadas, considerando a possibilidade de m?ltiplos acessos de unidades geradoras. A defini??o desses valores m?ximos se obt?m a partir de um estudo de otimiza??o, no qual as novas perdas n?o superam as do caso base, ou seja, sem a presen?a da gera??o distribu?da. No estudo atendem-se as restri??es de carregamentos nos ramos e tens?es do sistema. Para tratar o problema, prop?e-se um algoritmo baseado no m?todo num?rico de otimiza??o nuvem de part?culas, ou particle swarm optimization PSO, aplicado ao estudo de fluxo de carga convencional CA e ao fluxo de carga ?timo para maximiza??o da penetra??o da gera??o distribu?da. Tamb?m se incorporou o m?todo de Newton-Raphson, como alternativa, para a resolu??o do fluxo de carga. Realiza-se a programa??o computacional no software SCILAB. Testa-se o algoritmo proposto com os dados da rede IEEE-14 barras e de uma rede de distribui??o em alta tens?o (69 kV) do Estado do Rio Grande do Norte, com 25 barras. O algoritmo determina valores permitidos de pot?ncia ativa nominal de gera??o distribu?da, em termos percentuais relativos ? demanda da rede, a partir de valores de refer?ncia
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Projeto de Redes Ópticas de Alta Capacidade Utilizando Técnicas de Otimização BioinspiradasCHAVES, Daniel Augusto Ribeiro 24 February 2012 (has links)
Submitted by Eduarda Figueiredo (eduarda.ffigueiredo@ufpe.br) on 2015-03-06T13:44:05Z
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Previous issue date: 2012-02-24 / CNPq e CAPES / Nesta Tese são propostas diversas estratégias para projetar redes ópticas WDM de forma otimizada. As redes são consideradas com tráfego dinâmico e penalizadas pelas penalidades da camada física. As estratégias propostas lidam com os principais elementos que afetam a relação custo desempenho em uma rede óptica: o algoritmo de roteamento e atribuição de comprimentos de onda (RWA), a colocação de regeneradores (RP), a atribuição de regeneradores (RA), o projeto da topologia física da rede (PTD) e o dimensionamento dos dispositivos ópticos (DDO) que serão instalados na rede. Esses problemas são tratados tanto de forma separada quanto de forma integrada na Tese. Para o RWA, é proposta uma metodologia para se projetar algoritmos heurísticos de roteamento que têm como objetivo o aumento no desempenho da rede e que levam em conta as penalidades da camada física. Para a solução do RP são propostos algoritmos heurísticos e metaheurísticos para o projeto de redes ópticas translúcidas, considerando simultaneamente a otimização dos custos de capital (CapEx)
e operacional (OpEx) e do desempenho da rede. O problema de PTD é tratado em conjunto com o DDO também de forma mutiobjetiva, considerando a otimização simultânea do CapEx e do desempenho (probabilidade de bloqueio). Um algoritmo multiobjetivo para realização da expansão de topologia (i.e. adição de novos enlaces a uma rede já existente) também é proposto. Além disso, são resolvidos conjuntamente os problemas de PTD, RP e RWA de forma mutiobjetiva considerando a otimização simultânea de CapEx e desempenho da rede. As otimizações das soluções são feitas
utilizando as seguintes estratégias metaheuristicas propostas na área de inteligência computacional: Particle Swarm Optimization (PSO) e Non-dominated Sorting Genetic Algorithm II (NSGA-II).
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Aplicação da otimização por enxame de partículas com topologia "multi-ring" na estimação de parâmetros de linhas de transmissão / Aplication of particle swarm optimization with “multi-ring” topology in the estimation of transmission line parametersArruda, Sérgio Alexandre Martins 03 November 2015 (has links)
Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-01-29T07:12:20Z
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Previous issue date: 2015-11-03 / Present world demands high availability of electricity for various equipment, in a context in
which dominates the intensive use of technology. The electricity is transported from generation
centers to consumers through Transmission Lines (TLs), which in Brazil have significant
dimensions, given the continental size of the country, his predominantly hydro power plant
generation, located long distances from major centers consumption.
To ensure compliance of this high demand, often the electric power companies overload these
TLs, generating undesirable effects, such as the formation of arrow in the conductors, for example.
Monitoring of TL operating conditions is key part, therefore, to ensure system availability
and security.
This work aims in this context to present a method to assist in the monitoring of three-phase
TLs of simple circuit based on measurement of electric and magnetic fields of the line and in
application of an optimization procedure based on Particle Swarm Optimization metaheuristic,
with a topology denominated Multi-Ring, to estimate simultaneously the values of current,
voltage, cable-ground clearance of conductors and distance between phases, in a cross section
of the line, assisting electric power companies and the National Electric System Operator (ONS)
in the monitoring task.
The good results achieved, combined with its simplicity of implementation compared to other
methods and its robustness, indicate their suitability for estimating these parameters. Associated
with this, the reasonably low times obtained in the execution make it promising for use by the
electric power company and by the system operator as an auxiliary tool in monitoring TLs. / O mundo atual demanda alta disponibilidade de energia elétrica para equipamentos diversos, em
um contexto em que predomina o uso intensivo de tecnologia. A energia elétrica é transportada
dos centros de geração até os consumidores por meio de Linhas de Transmissão (LTs), que
no Brasil possuem significativas dimensões, dados o tamanho continental do país e a matriz
de geração predominantemente hídrica e localizada a longas distâncias dos grandes centros de
consumo.
Para assegurar o atendimento dessa alta demanda, muitas vezes as concessionárias do sistema
elétrico sobrecarregam essas LTs, gerando efeitos indesejáveis como a formação de flecha nos
condutores, por exemplo. O monitoramento das condições de operação da LT é peça chave,
portanto, para garantir a disponibilidade e segurança do sistema.
Este trabalho visa, nesse contexto, apresentar um método que auxilie no monitoramento de
LTs trifásicas de circuito simples, com base na medição dos campos elétrico e magnético gerados
pela linha e na aplicação de um procedimento de otimização baseado na metaheurística
de Otimização por Enxame de Partículas (do inglês, Particle Swarm Optimization), com uma
topologia denominada Multi-Ring, para estimar simultaneamente os valores da corrente, tensão,
altura cabo-solo dos condutores e distância entre fases, em uma seção transversal da linha,
podendo auxiliar as concessionárias e o Operador Nacional do Sistema Elétrico (ONS) na tarefa
de monitoramento.
Os bons resultados alcançados, aliados à maior simplicidade de implementação em relação a
outros métodos e à sua robustez, indicam sua adequação para a estimação desses parâmetros.
Associado a isso, os tempos razoavelmente baixos obtidos na execução o tornam promissor
para aplicação por concessionárias e pelo operador do sistema como ferramenta auxiliar no
monitoramento de LTs.
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Comparação de abordagens MOPSO no planejamento da operação de sistemas hidrotérmicos / Comparing MOPSO approaches for hydrothermal systems operation planningSilva, Jonathan Cardoso 26 February 2014 (has links)
Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2015-01-27T14:37:37Z
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Previous issue date: 2014-02-26 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The operation planning of hydrothermal systems is a complex, dynamic, stochastic,
nonlinear and interconnected problem. In this study, we consider that this problem must
tackle two objectives simultaneously: minimize thermoelectric generation (by maximizing
the use of hydroelectric plants) and maximize water reservoirs’ level of hydroelectric
plants. This dissertation presents the application of some multiobjective meta-heuristics,
using a set of eight actual plants from Brazilian interconnected system in three periods of
medium-term planning. The algorithms used were of two types: those based on particle
swarms (MOPSO , MOPSO-TVAC , SMPSO, MOPSO-CDR and MOPSO-DFR) and
evolutionary algorithms (SPEA2 and MOEAD/DRA). The results from previous studies,
made with single objective techniques, were inserted in the initial population of the
algorithms and compared with those simulations with normal initialization. We observed
that MOPSO-CDR outperformed the other algorithms in the test scenarios while, in some
cases, MOPSO has also generated competitive results. / O problema do planejamento da operação de sistemas hidrotérmicos é complexo, dinâmico,
estocástico, interconectado e não linear. Este problema é tratado de modo atender a
dois objetivos simultaneamente: maximizar a geração elétrica nas usinas hidrelétricas (ou
minimizar o custo com a complementação da geração por termelétricas) e maximizar o nível
dos reservatórios de água das hidrelétricas. Este trabalho apresenta a aplicação de algumas
meta-heurísticas multiobjetivo a este problema, utilizando um conjunto de oito usinas reais
do Sistema Interligado Nacional em três períodos de planejamento de médio prazo. Os
algoritmos utilizados foram de dois tipos: os baseadas em enxames de partículas (MOPSO,
MOPSO-TVAC,SMPSO, MOPSO-CDR e MOPSO-DFR) e os algoritmos evolucionários
(SPEA2 e MOEAD/DRA). Foram realizados testes com a inserção de resultados de estudos
anteriores com técnicas de único objetivo na população inicial dos algoritmos e comparados
com os testes com inicialização normal. Observou-se que o algoritmo MOPSO-CDR obtém
os melhores resultados nos cenários de testes utilizados, competindo em alguns casos com
os resultados do MOPSO.
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Otimização de sistemas hidrotérmicos de geração por meio de meta-heurísticas baseadas em enxame de partículas / Optimization of hydrothermal generating systems by means of particle swarm based meta-heuristicsDeus, Guilherme Resende 02 February 2016 (has links)
Submitted by Cássia Santos (cassia.bcufg@gmail.com) on 2017-07-03T12:59:51Z
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Previous issue date: 2016-02-02 / The objective of this work is to find reasonable solutions to the problem of optimization of hydrothermal generating systems by means of metaheuristics based on particle swarms. The proposed problem is complex, dynamic, nonlinear and presents some stochastic variables. The study consisted of the implementation of particle swarm algorithms, more specifically the variants of the Particle Swarm Optimization (PSO) algorithm: LSSPSO, ABeePSO and KFPSO. The algorithms were run in a mill simulator containing data from eight National Interconnected System mills during the five year period. The results were compared with the studies using the Nonlinear Programming (NLP) algorithm, and it was concluded that although the presented meta-heuristics were able to obtain a Final Storage Energy value equal to NLP, they did not have a generation cost Equivalent to or less than the Nonlinear Programming method. / O trabalho objetiva encontrar soluções razoáveis para o problema de otimização de sistemas hidrotérmicos de geração por meio de meta-heurísiticas baseadas em enxame de partículas. O problema proposto é complexo, dinâmico, não linear e apresenta algumas variáveis estocásticas. O estudo consistiu na implementação de algoritmos baseados em enxame de partículas, mais especificamente das variantes do algoritmo Particle Swarm Optimization (PSO): LSSPSO, ABeePSO
e KFPSO. Os algoritmos foram executados em um simulador de usinas que contém dados de oito usinas do Sistema Interligado Nacional durante o período de cinco anos. Os resultados foram comparados com os estudos que utilizam o algoritmo de Programação Não-Linear (PNL), e conclui-se que apesar de as meta-heurísticas apresentadas conseguirem obter um valor de Energia Armazenada Final igual ao PNL, não obtiveram um custo de geração equivalente ou inferior ao método de Programação Não-Linear.
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Controle pid fuzzy adaptativo com estabilidade robusta por enxame de partículas multiobjetivoCosta, Edson Bruno Marques 22 February 2016 (has links)
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Previous issue date: 2016-02-22 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / An adaptive fuzzy digital PID controller design methodology via multiobjective particle swarm optimization (MOPSO) based on robust stability criterion, is proposed. The plant to be controlled is modelled considering a Takagi-Sugeno (TS) fuzzy structure from input-output experimental data, by using the fuzzy C-Means clustering algorithm (antecedent parameters estimation) and fuzzy recursive least squares algorithm (consequent parameters estimation), respectively. An adaptation mechanism was formulated as a MOPSO problem for online tuning of the fuzzy digital PID controller parameters based on the fuzzy model parameters obtained recursively and the gain and phase margins specifications. Computational results for adaptive fuzzy digital PID control of a thermal plant with time varying delay is presented to illustrate the efficiency and applicability of the proposed methodology. / Nesta dissertação é proposta uma metodologia para controle PID fuzzy adaptativo com estabilidade robusta por enxame de partículas multiobjetivo, para sistemas dinâmicos não-lineares, com atraso puro de tempo. Uma estrutura de modelo fuzzy Takagi-Sugeno é definida para representação de sistemas dinâmicos não-lineares, com atraso puro de tempo, no domínio do tempo discreto. Os parâmetros do modelo fuzzy são estimados recursivamente a partir de dados experimentais, utilizando a técnica de agrupamento fuzzy C-Means (estimação do antecedente) e mínimos quadrados recursivos fuzzy (estimação do consequente). Uma estrutura de controle PID digital fuzzy Takagi-Sugeno é definida utilizando a estratégia de compensação paralela e distribuída. Um mecanismo de adaptação é formulado como um problema de otimização por enxame de partículas multiobjetivo, para ajuste online dos parâmetros do controlador fuzzy Takagi-Sugeno baseado em critério de estabilidade robusta (especificações de margem de ganho e fase). Resultados experimentais para controle PID fuzzy adaptativo baseado em critério de estabilidade robusta de um sistema térmico com atraso puro de tempo variante é apresentado para ilustrar a eficiência e aplicabilidade da metodologia proposta.
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SISTEMA DE DETECÇÃO DE INTRUSOS EM ATAQUES ORIUNDOS DE BOTNETS UTILIZANDO MÉTODO DE DETECÇÃO HÍBRIDO / Intrusion Detection System in Attacks Coming from Botnets Using Method Hybrid DetectionCUNHA NETO, Raimundo Pereira da 28 July 2011 (has links)
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Previous issue date: 2011-07-28 / The defense mechanisms expansion for cyber-attacks combat led to the malware evolution,
which have become more structured to break these new safety barriers. Among the numerous
malware, Botnet has become the biggest cyber threat due to its ability of controlling, the
potentiality of making distributed attacks and because of the existing structure of control. The
intrusion detection and prevention has had an increasingly important role in network
computer security. In an intrusion detection system, information about the current situation
and knowledge about the attacks contribute to the effectiveness of security process against
this new cyber threat. The proposed solution presents an Intrusion Detection System (IDS)
model which aims to expand Botnet detectors through active objects system by proposing a
technology with collect by sensors, preprocessing filter and detection based on signature and
anomaly, supported by the artificial intelligence method Particle Swarm Optimization (PSO)
and Artificial Neural Networks. / A ampliação dos mecanismos de defesas no uso do combate de ataques ocasionou a evolução
dos malwares, que se tornaram cada vez mais estruturados para o rompimento destas novas
barreiras de segurança. Dentre os inúmeros malwares, a Botnet tornou-se uma grande ameaça
cibernética, pela capacidade de controle e da potencialidade de ataques distribuídos e da
estrutura de controle existente. A detecção e a prevenção de intrusão desempenham um papel
cada vez mais importante na segurança de redes de computadores. Em um sistema de
detecção de intrusão, as informações sobre a situação atual e os conhecimentos sobre os
ataques tornam mais eficazes o processo de segurança diante desta nova ameaça
cibernética. A solução proposta apresenta um modelo de Sistema de Detecção de Intrusos
(IDS) que visa na ampliação de detectores de Botnet através da utilização de sistemas objetos
ativos, propondo uma tecnologia de coleta por sensores, filtro de pré-processamento e
detecção baseada em assinatura e anomalia, auxiliado pelo método de inteligência artificial
Otimização de Enxame da Partícula (PSO) e Redes Neurais Artificiais.
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Otimização metaheurística de linhas de transmissão pela avaliação do vetor de poynting utilizando o método dos elementos de contornoOliveira, Lucas Vitor Fonseca de 30 March 2012 (has links)
Submitted by Renata Lopes (renatasil82@gmail.com) on 2016-05-31T15:07:36Z
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Previous issue date: 2012-03-30 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Com a abertura legal do setor elétrico brasileiro na década de 90 para investimentos privados, em especial com a implantação sistemática de leilões para definição dos concessionários de transmissão, diversos estudos foram efetuados com o objetivo de viabilizar projetos de linha de transmissão de modo a concorrem nesses leilões. Grandes transmissoras, como Furnas, Chesf e Eletronorte promoveram pesquisas em consórcio com empresas construtoras de linhas e fabricante de ferragens e isoladores, com o objetivo de desenvolverem projetos com baixa relação Reais/MW transmitido. Neste cenário, muitos projetos de linhas de potência natural elevada foram idealizados e implantados, e como fruto desses projetos, publicações foram realizadas descrevendo os resultados obtidos. Todavia, apesar da quantidade, qualidade e riqueza das informações publicadas, a descrição do processo de otimização dos parâmetros elétricos da linha, em especial da impedância característica, não receberam destaque, sendo muita das vezes suprimida nos artigos. Neste sentido, este trabalho propõe a investigação de um método inovador de otimização da capacidade de transmissão de linhas de potência natural elevada, através da análise indireta dos efeitos da variação do posicionamento dos cabos condutores no feixe sobre a impedância característica da linha, por meio de uma abordagem original que utiliza basicamente o vetor de Poynting como função objetivo do Método de Otimização por Enxame de Partículas, sendo os campos elétricos e magnéticos necessários para definição do vetor de Poynting calculados por meio do Método dos Elementos de Contorno. O método foi validado utilizando como exemplos a otimização das configurações de feixes da linha de 500 kV Interligação Norte/SUL III – Trecho 2 e Linha de 500 kV Presidente Dutra / Teresina / Sobral / Fortaleza. Foram encontrados ganhos na capacidade de transmissão de 7% e 22% respectivamente devido à redução da impedância característica calculada após a otimização através da rotina Line Constants do programa ATP/EMTP, e comparando-a com os valores originais. / With the legal opening for private investments in the Brazilian energy sector in the 90's, in particular the systematic implementation of auctions for defining power transmission concessions, several studies were made with the aim of developing transmission line projects in order to compete in these auctions. Major transmission companies such as Furnas, Eletronorte and CHESF promoted consortium research with line builders and hardware and insulators manufacturers, in order to develop projects with low cost/MW transmitted. In this scenario, many projects of high surge-impedance loading lines were developed and implemented, and as a result of these projects, publications were made describing the results. However, despite the quantity, quality and resourcefulness of published information, the descriptions of the optimization process of electrical line parameters, especially regarding characteristic impedance, were not given prominence, being often suppressed from the articles. Thus, this study proposes the investigation of a method for optimizing the transmission capacity of high surge-impedance loading lines, varying the power cables in the bundle, indirectly reducing its characteristic impedance through an original approach that uses basically the Poynting's vector as objective function of the Particle Swarm Optimization method.The electric and magnetic fields needed for defining the Poynting vector were calculated using the Boundary Element Method. The method was validated through the optimization of bundle configuration, using as a model the characteristics of the 500 kV line North / South Interconnection III - Segment 2 and the 500 kV line Presidente Dutra / Teresina / Sobral / Fortaleza. It was found transmission capacity gains of 7% and 22% respectively, by reducing the characteristic impedance, which was calculated after the optimization using the EMTP/ATP Line Constants Program, comparing it with the original values.
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Combining approaches for predicting genomic evolution / Combinaison d'approches pour résoudre le problème du réarrangement de génomesAlkindy, Bassam 17 December 2015 (has links)
En bio-informatique, comprendre comment les molécules d’ADN ont évolué au cours du temps reste un problème ouvert etcomplexe. Des algorithmes ont été proposés pour résoudre ce problème, mais ils se limitent soit à l’évolution d’un caractèredonné (par exemple, un nucléotide précis), ou se focalisent a contrario sur de gros génomes nucléaires (plusieurs milliardsde paires de base), ces derniers ayant connus de multiples événements de recombinaison – le problème étant NP completquand on considère l’ensemble de toutes les opérations possibles sur ces séquences, aucune solution n’existe à l’heureactuelle. Dans cette thèse, nous nous attaquons au problème de reconstruction des séquences ADN ancestrales en nousfocalisant sur des chaînes nucléotidiques de taille intermédiaire, et ayant connu assez peu de recombinaison au coursdu temps : les génomes de chloroplastes. Nous montrons qu’à cette échelle le problème de la reconstruction d’ancêtrespeut être résolu, même quand on considère l’ensemble de tous les génomes chloroplastiques complets actuellementdisponibles. Nous nous concentrons plus précisément sur l’ordre et le contenu ancestral en gènes, ainsi que sur lesproblèmes techniques que cette reconstruction soulève dans le cas des chloroplastes. Nous montrons comment obtenirune prédiction des séquences codantes d’une qualité telle qu’elle permette ladite reconstruction, puis comment obtenir unarbre phylogénétique en accord avec le plus grand nombre possible de gènes, sur lesquels nous pouvons ensuite appuyernotre remontée dans le temps – cette dernière étant en cours de finalisation. Ces méthodes, combinant l’utilisation d’outilsdéjà disponibles (dont la qualité a été évaluée) à du calcul haute performance, de l’intelligence artificielle et de la biostatistique,ont été appliquées à une collection de plus de 450 génomes chloroplastiques. / In Bioinformatics, understanding how DNA molecules have evolved over time remains an open and complex problem.Algorithms have been proposed to solve this problem, but they are limited either to the evolution of a given character (forexample, a specific nucleotide), or conversely focus on large nuclear genomes (several billion base pairs ), the latter havingknown multiple recombination events - the problem is NP complete when you consider the set of all possible operationson these sequences, no solution exists at present. In this thesis, we tackle the problem of reconstruction of ancestral DNAsequences by focusing on the nucleotide chains of intermediate size, and have experienced relatively little recombinationover time: chloroplast genomes. We show that at this level the problem of the reconstruction of ancestors can be resolved,even when you consider the set of all complete chloroplast genomes currently available. We focus specifically on the orderand ancestral gene content, as well as the technical problems this raises reconstruction in the case of chloroplasts. Weshow how to obtain a prediction of the coding sequences of a quality such as to allow said reconstruction and how toobtain a phylogenetic tree in agreement with the largest number of genes, on which we can then support our back in time- the latter being finalized. These methods, combining the use of tools already available (the quality of which has beenassessed) in high performance computing, artificial intelligence and bio-statistics were applied to a collection of more than450 chloroplast genomes.
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