Thesis (Ph. D.)--University of Texas at Austin, 2004. / Supervisor: Robert K. Jansen. Vita. Includes bibliographical references. Also available from UMI.

Thesis (Ph. D.)--Ohio State University, 2006. / Full text release at OhioLINK's ETD Center delayed at author's request

Not available / text

Thesis (Ph. D.)--University of Florida, 2003. / Includes bibliographical references (p. 433-443). Also available via the World Wide Web.

O gênero pantropical Passiflora L. possui cerca de 520 espécies que apresentam grande diversidade de caracteres florais e foliares, o que contribui para a complexidade taxonômica do grupo. A atual revisão infragenérica do gênero baseia-se em dados morfológicos e ecológicos e divide Passiflora em quatro subgêneros. Os espaçadores internos transcritos do DNA ribossomal nuclear (ITS1 e ITS2) são utilizados em estudos filogenéticos em grupos vegetais desde a década de 1990 e se tornaram um dos marcadores mais utilizados para estas inferências. Em Passiflora, foram conduzidos estudos com diferentes abordagens utilizando estas regiões, demonstrando a contribuição deste marcador para estudos evolutivos em espécies do gênero. Muitos estudos têm sido realizados em grupos vegetais considerando o uso da estrutura secundária das regiões ITS para aprimorar os alinhamentos das sequências e, consequentemente, possibilitando uma melhor inferência filogenética. Porém, a conservação das estruturas secundárias sugere a existência de uma pressão seletiva para que estas estruturas se mantenham preservadas, o que pode comprometer as inferências filogenéticas. Além da utilidade em estudos filogenéticos de plantas, as sequências dos ITS também apresentam potencial para ser usado como DNA barcoding em diferentes grupos vegetais. Para avaliar o uso potencial das estruturas secundárias das sequências de ITS1 e ITS2 para incrementar os alinhamentos destas sequências para estudos evolutivos em espécies de Passiflora e determinar sua capacidade em distinguir espécies do gênero, foram analisadas 222 espécies dos quatro subgêneros de Passiflora. As análises de modelagem mostraram que as regiões de ITS1 e ITS2 estão sob pressão seletiva para manter suas estruturas secundárias e que a conservação de motivos específicos pode aprimorar os alinhamentos de Passiflora e, consequentemente, as análises filogenéticas neste gênero. Nossos resultados também mostraram o potencial destas sequências como DNA barcoding, uma vez que elas foram capazes de distinguir mais 50% das espécies dos subgêneros, diferentemente de outros marcadores. Como em outros estudos envolvendo ITS, aqui também foi demonstrada a utilidade deste marcador nas análises evolutivas envolvendo espécies de Passiflora. / Pantropical genus Passiflora L. comprises about 520 species that exhibit great diversity of flower and leaf characters, which contributes to the taxonomic complexity of the group. The current infrageneric classification of the genus is based on morphological and ecological data and divided Passiflora in four subgenera. The nuclear ribosomal DNA internal transcribed spacers (ITS1 and ITS2) are used for phylogenetic studies in plant groups since the 1990s and became one of the most used markers for these inferences. In Passiflora, several studies were conducted with different approaches using these regions, demonstrating the contribution of this marker for evolutionary studies in the genus. Many studies have been carried out on plant groups considering the use of the secondary structure of ITS region to improve alignments of sequences and consequently providing better phylogenetic inference. However, secondary structures conservation suggests the existence of a selective pressure for these structures remain preserved, which can compromise phylogenetic inferences. Besides the use in phylogenetic studies of plants, the sequences of ITS also have potential to be used as DNA barcoding in different plant groups. To evaluate the potential use of ITS1 and ITS2 secondary structures to improve alignments of these sequences for evolutionary studies in Passiflora species and determine the effectiveness of these sequences to distinguish species from genus, 222 species from all four Passiflora subgenera were analyzed. Secondary structure analysis shown that ITS1 and ITS2 regions are under selective constrains to maintain their secondary structures and also specific conserved motifs could be useful to improve Passiflora alignments, and consequently the phylogenetic analysis of this genus. Our results also demonstrate the potential use of ITS1 and ITS2 sequences for DNA barcoding studies, as well as those sequences were able to distinguish more than 50% of species, differently of other markers. As in other studies involving this marker, here was also demonstrated the utility of ITS in evolutionary analyzes involving Passiflora species.

O gênero pantropical Passiflora L. possui cerca de 520 espécies que apresentam grande diversidade de caracteres florais e foliares, o que contribui para a complexidade taxonômica do grupo. A atual revisão infragenérica do gênero baseia-se em dados morfológicos e ecológicos e divide Passiflora em quatro subgêneros. Os espaçadores internos transcritos do DNA ribossomal nuclear (ITS1 e ITS2) são utilizados em estudos filogenéticos em grupos vegetais desde a década de 1990 e se tornaram um dos marcadores mais utilizados para estas inferências. Em Passiflora, foram conduzidos estudos com diferentes abordagens utilizando estas regiões, demonstrando a contribuição deste marcador para estudos evolutivos em espécies do gênero. Muitos estudos têm sido realizados em grupos vegetais considerando o uso da estrutura secundária das regiões ITS para aprimorar os alinhamentos das sequências e, consequentemente, possibilitando uma melhor inferência filogenética. Porém, a conservação das estruturas secundárias sugere a existência de uma pressão seletiva para que estas estruturas se mantenham preservadas, o que pode comprometer as inferências filogenéticas. Além da utilidade em estudos filogenéticos de plantas, as sequências dos ITS também apresentam potencial para ser usado como DNA barcoding em diferentes grupos vegetais. Para avaliar o uso potencial das estruturas secundárias das sequências de ITS1 e ITS2 para incrementar os alinhamentos destas sequências para estudos evolutivos em espécies de Passiflora e determinar sua capacidade em distinguir espécies do gênero, foram analisadas 222 espécies dos quatro subgêneros de Passiflora. As análises de modelagem mostraram que as regiões de ITS1 e ITS2 estão sob pressão seletiva para manter suas estruturas secundárias e que a conservação de motivos específicos pode aprimorar os alinhamentos de Passiflora e, consequentemente, as análises filogenéticas neste gênero. Nossos resultados também mostraram o potencial destas sequências como DNA barcoding, uma vez que elas foram capazes de distinguir mais 50% das espécies dos subgêneros, diferentemente de outros marcadores. Como em outros estudos envolvendo ITS, aqui também foi demonstrada a utilidade deste marcador nas análises evolutivas envolvendo espécies de Passiflora. / Pantropical genus Passiflora L. comprises about 520 species that exhibit great diversity of flower and leaf characters, which contributes to the taxonomic complexity of the group. The current infrageneric classification of the genus is based on morphological and ecological data and divided Passiflora in four subgenera. The nuclear ribosomal DNA internal transcribed spacers (ITS1 and ITS2) are used for phylogenetic studies in plant groups since the 1990s and became one of the most used markers for these inferences. In Passiflora, several studies were conducted with different approaches using these regions, demonstrating the contribution of this marker for evolutionary studies in the genus. Many studies have been carried out on plant groups considering the use of the secondary structure of ITS region to improve alignments of sequences and consequently providing better phylogenetic inference. However, secondary structures conservation suggests the existence of a selective pressure for these structures remain preserved, which can compromise phylogenetic inferences. Besides the use in phylogenetic studies of plants, the sequences of ITS also have potential to be used as DNA barcoding in different plant groups. To evaluate the potential use of ITS1 and ITS2 secondary structures to improve alignments of these sequences for evolutionary studies in Passiflora species and determine the effectiveness of these sequences to distinguish species from genus, 222 species from all four Passiflora subgenera were analyzed. Secondary structure analysis shown that ITS1 and ITS2 regions are under selective constrains to maintain their secondary structures and also specific conserved motifs could be useful to improve Passiflora alignments, and consequently the phylogenetic analysis of this genus. Our results also demonstrate the potential use of ITS1 and ITS2 sequences for DNA barcoding studies, as well as those sequences were able to distinguish more than 50% of species, differently of other markers. As in other studies involving this marker, here was also demonstrated the utility of ITS in evolutionary analyzes involving Passiflora species.

O gênero pantropical Passiflora L. possui cerca de 520 espécies que apresentam grande diversidade de caracteres florais e foliares, o que contribui para a complexidade taxonômica do grupo. A atual revisão infragenérica do gênero baseia-se em dados morfológicos e ecológicos e divide Passiflora em quatro subgêneros. Os espaçadores internos transcritos do DNA ribossomal nuclear (ITS1 e ITS2) são utilizados em estudos filogenéticos em grupos vegetais desde a década de 1990 e se tornaram um dos marcadores mais utilizados para estas inferências. Em Passiflora, foram conduzidos estudos com diferentes abordagens utilizando estas regiões, demonstrando a contribuição deste marcador para estudos evolutivos em espécies do gênero. Muitos estudos têm sido realizados em grupos vegetais considerando o uso da estrutura secundária das regiões ITS para aprimorar os alinhamentos das sequências e, consequentemente, possibilitando uma melhor inferência filogenética. Porém, a conservação das estruturas secundárias sugere a existência de uma pressão seletiva para que estas estruturas se mantenham preservadas, o que pode comprometer as inferências filogenéticas. Além da utilidade em estudos filogenéticos de plantas, as sequências dos ITS também apresentam potencial para ser usado como DNA barcoding em diferentes grupos vegetais. Para avaliar o uso potencial das estruturas secundárias das sequências de ITS1 e ITS2 para incrementar os alinhamentos destas sequências para estudos evolutivos em espécies de Passiflora e determinar sua capacidade em distinguir espécies do gênero, foram analisadas 222 espécies dos quatro subgêneros de Passiflora. As análises de modelagem mostraram que as regiões de ITS1 e ITS2 estão sob pressão seletiva para manter suas estruturas secundárias e que a conservação de motivos específicos pode aprimorar os alinhamentos de Passiflora e, consequentemente, as análises filogenéticas neste gênero. Nossos resultados também mostraram o potencial destas sequências como DNA barcoding, uma vez que elas foram capazes de distinguir mais 50% das espécies dos subgêneros, diferentemente de outros marcadores. Como em outros estudos envolvendo ITS, aqui também foi demonstrada a utilidade deste marcador nas análises evolutivas envolvendo espécies de Passiflora. / Pantropical genus Passiflora L. comprises about 520 species that exhibit great diversity of flower and leaf characters, which contributes to the taxonomic complexity of the group. The current infrageneric classification of the genus is based on morphological and ecological data and divided Passiflora in four subgenera. The nuclear ribosomal DNA internal transcribed spacers (ITS1 and ITS2) are used for phylogenetic studies in plant groups since the 1990s and became one of the most used markers for these inferences. In Passiflora, several studies were conducted with different approaches using these regions, demonstrating the contribution of this marker for evolutionary studies in the genus. Many studies have been carried out on plant groups considering the use of the secondary structure of ITS region to improve alignments of sequences and consequently providing better phylogenetic inference. However, secondary structures conservation suggests the existence of a selective pressure for these structures remain preserved, which can compromise phylogenetic inferences. Besides the use in phylogenetic studies of plants, the sequences of ITS also have potential to be used as DNA barcoding in different plant groups. To evaluate the potential use of ITS1 and ITS2 secondary structures to improve alignments of these sequences for evolutionary studies in Passiflora species and determine the effectiveness of these sequences to distinguish species from genus, 222 species from all four Passiflora subgenera were analyzed. Secondary structure analysis shown that ITS1 and ITS2 regions are under selective constrains to maintain their secondary structures and also specific conserved motifs could be useful to improve Passiflora alignments, and consequently the phylogenetic analysis of this genus. Our results also demonstrate the potential use of ITS1 and ITS2 sequences for DNA barcoding studies, as well as those sequences were able to distinguish more than 50% of species, differently of other markers. As in other studies involving this marker, here was also demonstrated the utility of ITS in evolutionary analyzes involving Passiflora species.

Orientador: Marcelo Carnier Dornelas / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-22T02:41:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Cutri_Lucas_D.pdf: 2714790 bytes, checksum: 166e8f9c13b78486aa747c098642efc0 (MD5) Previous issue date: 2013 / Resumo: O gênero Passiflora é representado por lianas e pequenos arbustos que totalizam cerca de 600 espécies. As flores deste gênero possuem uma série de inovações fisiológicas e morfológicas, que possibilitam a adaptação a diferentes tipos de polinizadores. Os compostos voláteis que compõem o aroma destas flores contribuem para o sucesso reprodutivo destas espécies, uma vez que atuam na atração de polinizadores específicos. Os constituintes voláteis emitidos pelas flores são em sua grande maioria lipofílicos com baixo peso molecular e pertencem a diferentes classes de metabólitos vegetais. O objetivo deste trabalho foi analisar os componentes voláteis presentes no aroma de três espécies de Passiflora com diferentes síndromes de polinização: melitofilia, ornitofilia e quiropterofilia (Passiflora edulis, P. coccinea e P. mucronata, respectivamente). As análises foram realizadas utilizando técnicas de micro extração em fase sólida (SPME) associada à cromatografia gasosa e espectrometria de massas (GC-MS). Os resultados sugerem diferenças no padrão de substâncias voláteis detectas no "headspace" floral das espécies P. edulis e P. coccinea e P. mucronata. P. aedulis possui como componentes voláteis majoritários os benzenóides metoxilados provenientes da via dos fenilpropanóides; P. coccinea possui principalmente terpenóides e P. mucronata possui terpenóides, alcanos, derivado de ácido graxo e substância contendo enxofre. No banco de etiquetas de seqüências expressas (ESTs) de tecidos reprodutivos de P. edulis (PASSIOMA) foram encontradas seqüências similares a genes relacionados à via de biosbiossíntese de componentes voláteis. Destes, PePAL e PeOMT, potencialmente envolvidos na produção de benzenóides metoxilados, que também são encontrados em outras espécies vegetais polinizadas por insetos, tiveram seus padrões de expressão analisados em tecidos de flores de P. edulis por RT-PCR quantitativa ou semi-quantitativa e por hibridização in situ. Os resultados sugerem que a via de fenilpropanóides está ativa em tecidos florais de P. edulis potencialmente envolvidos na emissão de voláteis, especialmente no tecido epitelial da corona, o qual apresenta características ultraestruturais de células secretoras. O trabalho corrobora com a observação de diferença no padrão de componentes voláteis em flores de Passiflora, e apresenta dois genes candidatos envolvidos na produção de uma classe de metabolitos especializados em P. edulis / Abstract: The genus Passiflora comprises more than 600 species of lianas and small shrubs. The typical flowers of Passiflora congregate a series of morphological and physiologic innovations that allow adaptation to a number of pollinating agents. The volatile compounds present in the flower scent ("headspace") are important features to the effective reproduction of plant species since they act in the attraction of the correct pollinating agent. These compounds emitted by flowers are basically of low-molecular weight, mostly lipophilic and are represented by very different chemical classes. The aim of this work was the analysis of the volatile compounds present in the floral "headspace" of three different Passiflora species pollinated by bees, hummingbirds and bats (Passiflora edulis, P. coccinea and P. mucronata, respectively). Solid phase micro extraction (SPME) coupled to GC-MS analysis was the analytical tool in that study. The results showed different patterns of volatile compounds in the floral "headspace" of P. edulis, P. coccinea and P. mucronata. The "headspace" of P. edulis contained phenylproanoids mostly represented by methylated benzenes, P. coccinea, terpenes and P. mucronata terpenes, alkanes, fatty acid derivative, and sulphur-containing compounds. Genes potentially involved with the synthesis of key enzymes of volatile compounds pathways were identified in an Expressed Sequence Tag (EST) database obtained from reproductive tissues of P. edulis (PASSIOMA). Among these PePAL and PeOMT possibly involved with the production of methylated benzenes that acting in the insect attraction in different plant species. PePAL and PeOMT had their expression patterns analyzed by quantitative and semi-quantitative RT-PCR as well as by in situ hybridization. This approach confirmed that the phenylpropanoid pathway is active in flowers of P. edulis, especially in the epithelial tissue in corona filaments that has ultra-structural features of secretor cells. This work emphasizes the chemical differences in scent flower among Passiflora species, and shows two genes potentially involved in scent flowers production in P. edulis / Doutorado / Biologia Vegetal / Doutor em Biologia Vegetal

Thesis (M. Sc.)--University of Canterbury, 2007. / Typescript (photocopy). Includes bibliographical references (leaves 80-86). Also available via the World Wide Web.

The residue of passion fruit, the peel represents 90% of the total weight of fresh fruit, which is wasted during the passion fruit processing. This waste can be recycled with the recovery of bioactive substances and pectin that have added value. These compounds have applicability in the food, pharmaceutical, chemical and cosmetic industries. In this context, the aim of this study was to extract bioactive compounds and pectin of passion fruit peel. The extractions were carried out using the Pressurised Solvent Extraction (PSE) and Ultrasound-Assisted Extraction (UAE). The PSE process conditions were: pressure (10342-11721 kPa), temperature (80 ÂC), rinse (5 min), extraction time of each cycle (10 min) and purge (200s). And UAE process conditions were: ultrasonic bath at ultrasonic frequency (40 kHz), actual power (135 W), power density (112 500 W/m3) and extraction time in each cycle (10 min). All extractions were performed three times sequentially, yielding three cycles of extraction for each sample. The solvents employed were: hexane, water, methanol solutions/water and ethanol/water in the proportions of 80:20, 70:30, 60:40 e 50:50 (v/v), respectively. The pectin extraction was performed sequentially after the phenolic compounds extraction, using an aqueous solution of citric acid 1%. The pectin extraction were performed following the same parameters employed in the UAE and PSE. The analytical determinations performed in the present study were: mass yield of the extracts, total sugars, determination of the content of total polyphenols, identification and quantification of compounds and characterization of pectin polymer. The results obtained showed that the extraction technique that highlighted was the PSE, it presented a fast and simple methodology. The most suitable type of solvent is ethanol because it has low toxicity to consumer. And the ratio 60:40 (v/v) proved promising, because afforded a yield of 36% total extract, an antioxidant content of 466 mg/100g of passion fruit peel, a content of 157mg luteolin /100g of passion fruit peel and 244 mg isoorientin/100g of passion fruit peel. The extracted pectin yield was 16g/100g for both the PSE and the UAE. The pectin characterization shows that the pectin structure has basically galactose and galacturonic acid. / O resÃduo do maracujÃ, a casca, representa 90% do peso total da fruta fresca, que à desperdiÃado durante o beneficiamento do maracujÃ. Esse resÃduo pode ser aproveitado com a recuperaÃÃo das substÃncias bioativas e pectina, que possuem valor agregado. Estes compostos possuem aplicabilidades nas indÃstrias de alimentos, farmacÃuticas, quÃmicas e cosmÃticas. Diante do exposto, o objetivo do trabalho foi extrair compostos bioativos e pectina da casca de maracujÃ. As extraÃÃes foram realizadas utilizando a tÃcnica de extraÃÃo com solvente pressurizado (ESP) e extraÃÃo assistida por ultrassom (EAU). As condiÃÃes de processo para a ESP foram: pressÃo de 10342-11721 kPa; temperatura de 80ÂC; enxague de 5 min; tempo de extraÃÃo de 10 min em cada ciclo e purga de 200s. E para a EAU as condiÃÃes de processo foram: banho de ultrassom na frequÃncia ultrassÃnica de 40 kHz, potÃncia real de 135 W, densidade de potÃncia de 112500 W/m3 e tempo de extraÃÃo de 10 min em cada ciclo. Todas as extraÃÃes foram realizadas sequencialmente por trÃs vezes, gerando trÃs ciclos de extraÃÃes para cada amostra. Os solventes utilizados foram: hexano, Ãgua, soluÃÃes de metanol/Ãgua e etanol/Ãgua, nas proporÃÃes de 80:20, 70:30, 60:40 e 50:50 (v/v), respectivamente. A extraÃÃo de pectina foi realizada sequencialmente apÃs a extraÃÃo dos compostos fenÃlicos, utilizando uma soluÃÃo aquosa de Ãcido cÃtrico 1%. As extraÃÃes da pectina foram realizadas seguindo as mesmas condiÃÃes de processo utilizadas na EAU e na ESP. As determinaÃÃes analÃticas realizadas no presente estudo foram: rendimento em massa dos extratos, aÃÃcares totais, determinaÃÃo do teor de polifenÃis totais, identificaÃÃo e quantificaÃÃo dos compostos e caracterizaÃÃo do polÃmero pÃctico. Os resultados apontam que a tÃcnica de extraÃÃo que se destacou foi a ESP, pois apresentou uma metodologia rÃpida e simples. O tipo de solvente mais indicado à o etanol, pois possui menor toxicidade ao consumidor. E a proporÃÃo 60:40 (v/v) revelou-se promissora, pois proporcionou um rendimento de extrato total de 36%, um teor de antioxidante de 466 mg/100g de casca de maracujÃ, um teor de 157 mg de luteolina/100g de amostra e 244 mg de isoorientina/100g de amostra. O rendimento de pectina extraÃda foi de 16g/ 100g de amostra tanto na ESP como para a EAU. A caracterizaÃÃo da pectina aponta que a estrutura pÃctica possui basicamente galactose e Ãcido galacturÃnico.