Orientador: Adriane Pinto Wasko / Banca: Claudio Oliveira / Banca: Lucia Giuliano Caetano / Resumo: Grande parte do genoma dos eucariotos é composta de múltiplas cópias de DNA, conhecidas como DNAs repetitivos, cuja função em relação à manutenção, estrutura e funcionamento do genoma ainda precisa ser melhor investigada. Os DNAs repetitivos classificados como elementos transponíveis vêm sendo considerados como um dos principais representantes do genoma de vertebrados e, de maneira particular, os peixes têm chamado atenção em relação à grande diversidade de classes destes elementos encontradas em seus genomas. Visando ampliar os dados acerca de elementos transponíveis em peixes, o presente trabalho teve como objetivos o isolamento e a caracterização de retrotransposons da família Rex em duas espécies de Characidae - Brycon amazonicus e B. orbignyanus - e realizar inferências acerca de sua organização e dinâmica evolutiva. Desta forma, amostras de DNA foram utilizadas em PCR (Polymerase Chain Reaction) para amplificar segmentos dos retroelementos Rex1, Rex3 e Rex6 e os fragmentos obtidos foram clonados e sequenciados. Adicionalmente, estes segmentos de DNA foram utilizados como sondas em experimentos de hibridação in situ visando identificar a localização cromossômica destes retrotransposons. A identificação de elementos Rex em B. cephalus e B. orbignyanus demonstrou a presença destes retrotransposons não-LTR (Long Terminal Repetition) em um maior número de espécies de Characiformes e, especificamente, no grupo Characidae. Os segmentos analisados de Rex1 e Rex3 correspondem aos domínios codificantes 3-7 e 1, 2, 2A, A e B do gene da transcriptase reversa (RT), respectivamente. O fragmento de DNA relativo ao retroelemento Rex6 isolado codifica a porção C-terminal de uma endonuclease. Comparações entre sequências nucleotídicas de diferentes espécies de peixes... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: A huge part of the eukaryote genome is constituted by multiple DNA copies, known as repetitive DNAs, which role regarding to the maintenance, structure, and function of the genome needs to be better understandable. The repetitive DNAs that are classified as transposable elements have been considered one of the main parts of the vertebrate genome and, particularly, fishes have gain attention due to the presence of many different classes of these elements in their genomes. In order to improve data on fish transposable elements, the present work intent to isolate and characterize retrotransposons of the Rex family in two Characidae species - Brycon amazonicus and B. orbignyanus - and infer on the organization and evolutionary dynamics of these elements. Therefore, DNA samples were used on PCR (Polymerase Chain Reaction) in order to amplify segments of the Rex1, Rex3, and Rex6 elements, and the obtained fragments were cloned and sequenced. Additionally, these DNA segments were used as probes throughout in situ hybridization procedures to identify the chromosome localization of these retrotransposons. The identification of Rex elements in B. cephalus e B. orbignyanus evidenced the presence of these non-LTR (Long Terminal Repetition) retrotransposons in a large number of Characiformes species and, specifically, in Characidae. The analyzed fragments of Rex1 and Rex3 correspond to the coding domains 3-7 and 1, 2, 2A, A and B of the reverse transcriptase (RT) gene, respectively. The DNA segment correlated to the Rex6 element codifies a C-terminal portion of an endonuclease. Nucleotide sequence comparisons among different fish species showed that these regions are highly conserved in diverse groups. Although the obtained data for B. amazonicus seemed to point to a higher similarity between Rex1 and Rex3 of... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: José Carlos Pansonato Alves / Banca: Orlando Moreira Filho / Banca: Patrícia Elda Sobrinho / Resumo: O mapeamento cromossômico de sítios de DNA repetitivo vem sendo realizado em vários estudos citogenéticos em peixes e tem permitido uma melhor caracterização da biodiversidade e evolução genômica da ictiofauna Neotropical. Dentre as diversas espécies de peixes distribuídas nesta importante área geográfica, podemos destacar o gênero Moenkhausia, um dos mais especiosos grupos de peixes da família Characidae. Do ponto de vista citogenético, este gênero demonstra variação do número diploide de 48 a 50 cromossomos, bem como a presença de microcromossomos B descritos para diferentes espécies/populações. No entanto, estudos citogenéticos de espécies de Moenkhausia coletadas em riachos de cabeceira da bacia Amazônica e bacia do Alto rio Paraguai ainda são incipientes, bem como os estudos relativos à distribuição de DNAs repetitivos nos genomas de diferentes espécies de Moenkhausia. Neste sentido, o presente trabalho teve como objetivo a caracterização cariotípica de Moenkhausia cosmops, M. cf. forestii, M. cf. nigromarginata, M. oligolepis e Moenkhausia sp. coletadas em diferentes rios e riachos de cabeceira da bacia Amazônica e bacia do Alto rio Paraguai. Todas as espécies foram analisadas através de técnicas citogenéticas clássicas (coloração com Giemsa, localização das RONs pela impregnação por Nitrato de Prata e bandamento C) e molecular (hibridação in situ fluorescente com sondas de DNAr 5S e 18S, histona H1, snDNA U2 e sequências teloméricas (TTAGGG)n). Todas as espécies/populações analisadas apresentaram 2n=50 cromossomos, porém com fórmulas cariotípicas distintas entre elas. O bandamento C revelou um padrão de bandas heterocromáticas similar entre essas espécies, exceto em M. cf. nigromarginata. A impregnação por Nitrato de Prata evidenciou Ag-RONs simples em todas as espécies analisadas. A FISH utilizando o DNAr 18S como sonda confirmou os resultados obtidos com o Nitrato de Prata e... / Abstract: The cytogenetic mapping of repetitive DNA has been applied in several studies in fish, which allowed a better characterization about the biodiversity and genomic evolution of Neotropical ichthyofauna. Among the several fish species living in this area, the genus Moenkhausia, one of the specious groups inside Characidae, is remarkable. From a cytogenetic point of view, this genus show variations in diploid numbers of 48 to 50 chromosomes, as well as the occurrence of B chromosomes in different species/populations. However, cytogenetic studies in Moenkhausia collected at different rivers from the Amazon and Upper Paraguay River basins are scarce, as well as studies investigating the chromosomal distribution of repetitive DNAs in different species. In this sense, the present study aimed to characterize the karyotypes of Moenkhausia cosmops, M. cf. forestii, M. cf. nigromarginata, M. oligolepis and Moenkhausia sp. collected at different sites in the Amazon and Upper Paraguay River basins. All species were analyzed using classical (conventional staining with Giemsa, localization of NORs by impregnation with Silver nitrate and C-banding) and molecular (fluorescent in situ hybridization with 5S and 18S rDNA, H1 histone, U2 snDNA and telomeric sequences (TTAGGG)n probes). All the herein analyzed species showed 2n=50 chromosomes, with different karyotype formulas. C-banding evidenced similar patterns of heterochromatin distribution in all species, except in M. cf. nigromarginata. Silver nitrate staining evidenced simple Ag-NORs in all species and FISH with 18S rDNA probes confirmed these results e revealed additional sites in M. oligolepis. The 5S rDNA was interstitially located in multiple sites in all species. Notably, both ribosomal sites were found in synteny in one population of M. oligolepis. The H1 histone sites were co-located in a single pair with 18S rDNA and the U2 snDNA was located at multiple sites in all species. Additionally, the ... / Mestre

Resumo: Foram analisadas citogeneticamente quatro espécies de peixes do gênero Gymnotus, G. sylvius, G. pantherinus, G. inaequilabiatus e G. cf. carapo de componentes de diferentes bacias hidrográficas brasileiras, com o uso de técnicas citogenéticas básicas (coloração com Giemsa, localização das RONs pela marcação com nitrato de Prata e bandamento C) e citomoleculares (coloração com os fluorocromos base-específicos CMA3 e DAPI, hibridação in fluorescente situ (FISH) com sondas de DNAr 18S e 5S, sonda teloméricas (TTAGGG)n e sonda obtida do cromossomo portador das RONs de G. carapo da bacia Amazônica por Fluorescence Activated Cell Sorting (FACS) e caracterização e organização genômica do DNAr 5S). G. sylvius apresentou número diplóide de 40 cromossomos (22m+12sm+6st); G. pantherinus apresentou número diplóide de 52 cromossomos (32m+18sm+2st) e G. inaequilabiatus (42m+10sm+2a) e G. cf. carapo (38m+12sm+4st) apresentaram 54 cromossomos. O bandamento C evidenciou a marcação de pequenos blocos centroméricos em todos os cromossomos de todas as espécies, sendo, porém, detectadas algumas marcações intersticiais em G. sylvius e grandes blocos intersticiais nos cromossomos de G. inaequilabiatus, G. cf. carapo e G. pantherinus. As RONs foram identificadas em apenas um par cromossômico nas quatro espécies e foram coincidentes com a hibridação fluorescente in situ realizada com a sonda para DNAr 18S e a coloração com o fluorocromo CMA3. A hibridação com a sonda para DNAr 5S revelou marcações em até dezessete pares de cromossomos em G. inaequilabiatus e em até quinze pares em G. cf. carapo; dois pares cromossômicos em G. pantherinus e um par em G. sylvius. A hibridação com a sonda para a sequência telomérica (TTAGGG)n revelou marcações nos telômeros de todos os cromossomos dos representantes destas quatro espécies, além de blocos intersticiais no primeiro... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Four fish species of the genus Gymnotus comprised by G. sylvius, G. pantherinus, G. inaequilabiatus and G. cf. carapo from different Brazilian hydrographic basins were analyzed using classic cytogenetic (coloration with Giemsa, localization of NORs for silver nitrate marking and C-banding) and molecular cytogenetic techniques with base-specific fluorochrome DAPI and CMA3, fluorescence in situ hybridization (FISH) with probes consisting of 18S and 5S rDNA, telomeric sequences (TTAGGG)n and whole chromosome prepared by Fluorescence Activated Cell Sorting (FACS) of the NOR chromosome, obtained of G. carapo from Amazon basin, as well as a characterization and genomic organization of 5S rDNA. G. sylvius presented a diploid number of 40 chromosomes (22m+12sm+6st); G. pantherinus presented a karyotype with 52 chromosomes (32m+18sm+2st) and G. inaequilabiatus (42m+10sm+2a) and G. cf. carapo (38m+12sm+4st) presented 54 chromosomes. All the species presented the constitutive heterochromatin located in the centromeric region of all chromosomes. Besides that, some interstitial marks were detected in G. sylvius and large interstitial blocks were identified at the chromosomes of G. inaequilabiatus, G. cf. carapo and G. pantherinus. NORs were identified in only one chromosome pair in all species and were coincident with the in situ hybridization using probes of 18S rDNA and the fluorochrome CMA3. FISH using the probes of 5S rDNA revealed marks up to seventeen chromosome pairs in G. inaequilabiatus and up to fifteen pairs in G. cf. carapo, two chromosome pairs in G. pantherinus and one pair in G. sylvius. The telomeric probes were localized at the telomeres of all chromosomes in the four species, as well as interstitial telomeric sequence in the first metacentric pair in G. sylvius and along the NORs in G. inaequilabiatus and G. cf. carapo. The amplification, cloning, sequencing and in situ hybridization... (Complete abstract click electronic access below) / Orientador: Fausto Foresti / Coorientador: José Carlos Pansonato Alves / Banca: Daniela Cristina Ferreira / Banca: Orlando Moreira Filho / Mestre

Orientador: Fausto Foresti / Coorientador: José Carlos Pansonato Alves / Banca: Teruo Hashimoto / Banca: Marcelo Ricardo Vicari / Resumo: Complexos de espécies crípticas são grupos de espécies estreitamente relacionadas, dificilmente distinguíveis por características morfológicas. Estes complexos são conhecidos em uma significativa variedade de organismos, principalmente plantas, insetos, fungos e peixes. Em peixes, complexos de espécies já foram identificados para representantes de diferentes ordens, como Characiformes, Gymnotiformes e Synbranchiformes. No presente estudo, foram analisadas amostras de S. marmoratus coletadas em oito localidades brasileiras distintas com o uso de técnicas citogenéticas clássicas (coloração convencional com Giemsa, localização das regiões organizadoras de nucléolo pela marcação com nitrato de Prata - AgNO3 e bandamento C) e moleculares (hibridação in situ fluorescente com sondas de DNAr 5S e 18S, DNAhis H3, elemento transponível Rex3 e sondas teloméricas). Além disso, análises moleculares foram realizadas utilizando dados de sequências de três genes mitocondriais (Citocromo B - CytB, Citocromo oxidase 1 - COI e DNAr 16S) de indivíduos com cariótipo conhecido. Considerando as amostras analisadas, números diploides distintos foram encontrados (42, 44 e 46 cromossomos) que, combinados com as fórmulas cariotípicas, resultam na distinção de cinco cariomorfos em S. marmoratus. A análise filogenética realizada confirma o status de complexo de espécies e revela que eventos múltiplos, possivelmente bidirecionais, seriam responsáveis pelo surgimento da variabilidade cariotípica neste grupo. O mapeamento físico do DNAr 5S revela que estes sítios se mantiveram conservados durante a história evolutiva de Synbranchus, enquanto que, de forma oposta, os sítios para DNAr 18S estão distribuídos de maneira polimórfica, com variações intrapopulacionais significativas, indicando que mecanismos evolutivos distintos estão agindo sobre a dispersão destas sequências. O mapeamento de ... / Abstract: Cryptic species complex are groups of species straightly related but hardly distinguished by morphological traits. These complexes are known to occur in a great variety of organisms, mainly plants, insects, yeasts and also fishes. Considering the fish group, species complex had already been identified in representatives from different orders, such as Characiformes, Gymnotiformes e Synbranchiformes. In the present study, samples of S. marmoratus collected at eight different Brazilian sites were analyzed, using classical cytogenetic techniques (conventional staining with Giemsa, localization of nucleolar organizer regions with Silver nitrate staining - AgNO3 and C-banding) and molecular (Fluorescence in situ hybridization with 5S and 18S rDNA, H3 DNAhis, transposable element Rex3 and telomeric probes). Besides that, molecular analyses were carried out using sequence data from three mitochondrial genes (Cytochrome B - CytB, Cytochrome oxidase 1 - COI and 16S) obtained for each individual with known karyotype. Considering the analyzed samples, distinct diploid numbers were found (42, 44 and 46 chromosomes) and, associated with karyotype formulae, resulted in the distinction of five karyomorphs in S. marmoratus. The phylogenetic analyses confirmed the status of a species complex and revealed that multiple and, possibly bidirectional events were responsible the karyotypic variability found in this group. The physical mapping of 5S rDNA reveals that these sites kept conserved during the evolutionary history of Synbranchus, contrary to 18S rDNA sites which are distributed in a polymorphic way, with sigficant intrapopulational variability, indicating that distinct evolutionary mechanisms may be acting upon the dispersion of these sequences. The mapping of H3 hisDNA revealed a dispersed pattern of distribution of these sites on the genome of all karyomorphs, frequently found as little clusters accumulated ... / Mestre

Orientador: Cesar Martins / Banca: Luciana Bolsoni / Banca: Maeli Del Paiva / Resumo: O genoma dos organismos eucariotos apresenta-se organizado em seqüências simples e repetidas. As seqüências repetidas de DNA estão presentes em centenas a milhares de cópias dispersas ou agrupadas no genoma e localizam-se preferencialmente em regiões heterocromáticas, desempenhando papel relevante na organização do genoma desses organismos. Nesse sentido, a realização de estudos genéticos básicos sobre a organização genômica dessas seqüências repetidas é fundamental para uma melhor compreensão do seu papel biológico assim como o entendimento de sua dinâmica evolutiva entre os diversos grupos de vertebrados. Os Cichlidae constituem uma das mais especiosas famílias de peixes, com cerca de 3.000 espécies distribuídas pela América Central e do Sul, África, e sudeste da Índia. Este grupo passou por um rápido e extenso processo de radiação adaptativa ao longo dos tempos, constituindo-se em importantes entidades biológicas para a realização de estudos evolutivos. Dentre os Cichlidae, as espécies do gênero Cichla (tucunarés), com distribuição exclusiva na América do Sul, apresentam grande importância ecológica e econômica. No entanto, estudos genéticos envolvendo espécies desse gênero são ainda escassos. Assim, o presente trabalho teve por objetivo isolar e caracterizar seqüências repetidas de DNA no genoma de Cichla kelberi. Elementos repetidos de DNA foram isolados por PCR (elementos Rex1, Rex3, Rex6 e Tc1) e digestão enzimática (elemento Tuc), seqüenciados e mapeados cromossomicamente por FISH para o estudo de seu padrão de distribuição no genoma. O elemento Tuc apresentou elevada similaridade com seqüências do gene da transcriptase reversa de Oryzias melastigma, o que sugere tratar-se de um elemento retrotransponível. Análises comparativas do elemento Tuc a bancos de sequência mostraram alta similaridade... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The genome of eucaryote organisms is organized into single and repetitive sequences. The repetitive DNA sequences are represented by hundreds to thousands of dispersed or tandem-arrayed copies preferentially localized on the heterochromatic regions, having important function on the genome organization of the organisms. Therefore, the development of basic genetic studies about the genome organization of these repetitive sequences are fundamental to a better comprehension of their biologic role and the understanding of their evolutionary dinamics. The Cichlidae are one of the most diverse fish families, having about 3.000 species distributed around Central and South America, Africa and Southeast India. This group underwent a large and rapid process of adaptative radiation, becoming an important biological model. Among the Cichlidae, the species of the genera Cichla (tucunarés), with exclusive distribution in South America, have a significative economic and ecologic importance. However genetic studies on species of this genera are scarce. Therefore, this work had the aim to isolate and characterize repetitive DNA sequences of the genome of Cichla kelberi. Repetitive DNA sequences were isolated using PCR (elements Rex1, Rex3, Rex6 and Tc1) and restriction digestion (element Tuc), sequenced and their genome distribution determined by FISH. The Tuc element showed high similarity to sequences of reverse transcriptase gene of the fish Oryzias melastigma, which suggests that such element correspond to an retrotransposon element. Comparative analysis of the Tuc element to DNA sequence data bank showed high similarity with repetitive sequences in the genome of several vertebrates, including fishes, amphibians and mammals. Results of FISH showed an accumulation of obtained elements preferentially in centromeres of all chromosomes of the complement, and few telomeric blocks in some... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Claudio de Oliveira / Banca: Ricardo Benine / Banca: Alexandre Wagner / Banca: Daniela Calcanotto / Banca: Anderson Luis Alves / Resumen: Fue realizado el análisis morfométrico, merístico, morfológico y filogenético del caballo de mar Hippocampus reidi (Ginsburg 1933) (Teleostei: Syngnathidae) de la costa nororiental de Venezuela, mediante la aplicación de técnicas de taxonomía convencional y molecular utilizando fragmentos secuenciados de los genes Citocromo Oxidasa I y Citocromo B como marcadores genéticos. Los resultados indican que no es posible identificar las diferentes entidades taxonómicas de la región caribeña venezolana con base solamente en un solo tipo de caracteres, por lo que es necesario utilizar información merística, morfológica y morfométrica de forma conjunta para la identificación de las mismas, lográndose identificar las variables longitud del rostro (SnL), ancho del cuerpo en la región torácica (TW9), longitud de la cabeza (HL), altura de la coroneta (CH), número de espinas supra oculares (ES) y posición de los anillos prominentes en vista dorsal, como caracteres diagnósticos a nivel específico. La aplicación de las técnicas moleculares fue de suma utilidad en la correcta identificación y separación de los individuos de las dos especies, resaltando la importancia e utilidad de los genes Citocromo Oxidasa I y Citocromo B como marcadores moleculares para estas especies. Adicionalmente, fue realizado un análisis genético poblacional bajo el enfoque filogeográfico, con la especie Hippocampus reidi que resultó ser la más abundante en las regiones de muestreo, con la finalidad de comparar la diversidad genética, con base en la información obtenida de secuencias del gen Citocromo B del ADN mitocondrial, para determinar la estructura geográfica y proponer una hipótesis filogeográfica que establezca las relaciones entre y dentro de las poblaciones del Mar Caribe (Laguna de la Restinga, Laguna de las Marites, Golfo de Cariaco y Golfo de Venezuela) y la localidad de Natal... (Resumen completo clicar acceso eletrônico abajo) / Abstract: Morphometric, meristic, morphological and phylogenetic analysis from the seahorse Hippocampus reidi (Ginsburg 1933) (Teleostei: Syngnathidae) from the northeastern coast of Venezuela was performed, through the application of techniques using conventional and molecular taxonomy from the sequenced fragments of genes Cytochrome Oxidase I and Cytochrome B as genetic markers. The results indicate that it is not possible to identify the different taxa of Venezuelan Caribbean region, based only on a single type of characters, so it is necessary to use information meristic, morphological and morphometric together to identify them, achieving identify the variables snout length (SnL), body width in the thoracic region (TW9), head length (HL), height of the coronet (CH), number of supra oculars spines (ES) and prominent position of the rings in dorsal view, as diagnostic features at specific level. The application of molecular techniques was very useful in the correct identification and separation of individuals of both species, highlighting the importance and usefulness of the genes Cytochrome Oxidase I and Cytochrome B as molecular markers. Additionally, we carried out a population genetic analysis under the phylogeographic approach, with the species Hippocampus reidi, that was the most abundant in the sampling regions, in order to compare the genetic diversity based on information obtained from the Cytochrome B gene mitochondrial DNA sequences to determine the geographical structure and propose a phylogeographic hypotheses in order to establish the relationship between and within populations of the Caribbean Sea (Laguna de la Restinga, Laguna de las Marites, Cariaco Gulf and Gulf of Venezuela) and the locality of Natal, Brazil, located in the Western Atlantic Ocean. The results of nucleotide diversity and haplotype diversity, together with the presence of several unique haplotypes in each... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Cesar Martins / Resumo: Cromossomos B são elementos supranumerários presentes em diversos grupos taxonômicos. Sua composição heterocromática está ligada a grande quantidade de sequências repetitivas que possuem. Sua origem está relacionada ao conjunto cromossômico A, sendo um mosaico de sequências deste. O primeiro relato de cromossomos B em ciclídeos africanos foi na espécie Astatotilapia latifasciata, que pode carregar 0, 1 ou 2 cromossomos B. Estudos citogenéticos clássicos encontraram alta carga de elementos repetitivos no cromossomo B da espécie. Portanto, o estudo dos elementos repetitivos presentes no cromossomo B de A. latifasciata pode elucidar sua origem e manutenção no genoma. Os resultados utilizando dados de sequenciamento de nova geração, mapeamento por hibridização fluorescente in situ (FISH) e PCR em tempo real mostraram vários elementos com maior número de cópias no cromossomo B de A. latifasciata. Transposons de DNA, como Tc1-Mariner, e retrotransposons, como os membros da família Bel/Pao e Gypsy, foram encontrados expandidos no cromossomo B. Com o sequenciamento em larga escala de RNA (RNA-seq), foi avaliada a transcrição diferencial entre indivíduos sem cromossomos B (B-) e com esses (B+). Mesmo alguns elementos apresentando expressão diferencial entre os grupos, elementos expandidos no B permanecem com expressão constante. A presença de sequências repetitivas expandidas no cromossomo B e seu perfil transcricional traz informações sobre sua composição e dinâmica. / Mestre

Resumo: O presente trabalho teve como objetivo principal ampliar o conhecimento sobre a estrutura genética e obter informações para a conservação de pacu (Piaractus mesopotamicus Holmberg, 1887), provenientes de populações selvagens dos rios da Bacia do Alto Paraguai. Esta espécie possui grande valor comercial e imenso potencial para exploração em pisciculturas. Os marcadores moleculares do tipo microssatélite utilizados neste estudo, resultaram em muitas informações sobre a estrutura populacional desta espécie, permitindo uma possível caracterização dos bancos genéticos para esta espécie. Exemplares provenientes de nove sub-bacias do Pantanal Matogrossense foram coletados para a realização da extração de DNA visando à análise do material genômico. Para isto, foram retirados pequenos fragmentos de nadadeira de cada indivíduo. A amplificação dos locos microssatélites foi realizada num termociclador de PCR utilizando oligonucleotídeos marcados com fluorescência, conforme descrito na literatura. A genotipagem foi realizada no seqüenciador automático MegaBACETM 1000 (Amersham Biosciences), pertencente ao Centro de Estudos do Genoma Humano da Universidade de São Paulo. Os tamanhos dos alelos obtidos foram organizados para a montagem das matrizes de dados que foram submetidas aos programas computacionais para verificar a variabilidade genética nas populações. Os parâmetros que permitiram a determinação da diversidade genética intra e interpopulacional foram o número de alelos por loco, riqueza alélica, heterozigosidade observada e esperada, equilíbrio de Hardy Weinberg, índices Fst e Rst, análise de variância molecular (AMOVA), índice de fixação, desequilíbrio de ligacão e o número de migrantes. Também foi feita uma análise bayesiana para verificar a estrutura populacional e um dendrograma foi gerado a partir da matriz de distância baseada... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: This work aimed to obtain information about the genetic structure of pacu (Piaractus mesopotamicus Holmberg, 1887), from wild populations of Alto Paraguai Basin Rivers. This specie has a greatly commercial importance, with huge potential for hatcheries. The pacu has a wide distribution in the Prata Basin, formed by Paraguay, Paraná and Uruguay rivers and their tributaries Microsatellites markers offer relevant information about this specie, allowing the characterization of genetic stocks. Individuals from nine sampling sites in the Pantanal Matogrossense were analysed in this study. DNA extraction methods did not required killing the samples, we used fin clippings from each individual. The amplification of microsatellites loci was carried out via polymerase chain reaction (PCR) using oligonucleotide marked with fluorescent labels. The amplified fragments were analysed on the automatic DNA sequencer MegaBACETM 1000 (Amersham Biosciences), belonged to Centro de Estudos do Genoma Humano from Universidade de São Paulo. Allele sizes were organized in an input file that was submitted statistical analysis to verify the genetic variability of populations. The parameters used to estimate the genetic diversity intra and interpoulation were number of allele per locus, allele richness, observed and expected heterozygosities, Hardy Weinberg equilibrium, molecular variance analyses (AMOVA), fixation index, linkage disequilibrium and gene flow. Bayesian estimates were used to verify the populacional structure and a dendogram was calculated by the distances matrix based on chord distances values. The results showed no population structuring and intense gene flow. The most probable causes are the hight migratory capacityof this fish and the climatic and geographic characteristics of the Pantanal Matogrossense. / Orientador: Fausto Foresti / Coorientador: Daniela Calcagnotto / Banca: Alexandre Wagner Silva Hilsdorf / Banca: Emiko Kawakami de Resende / Banca: Jeffrey Frederico Lui / Banca: Claudio de Oliveira / Doutor

Orientador: Claudio de Oliveira / Banca: Luiz Henrique Garcia Pereira / Banca: Gleisy Semencio Avelino / Resumo: A subfamília Corydoradinae possui um total de 183 espécies válidas, incluindo os gêneros Aspidoras, Brochis, Scleromystax e Corydoras, o maior entre os Siluriformes e muito conhecido em aquariofilia. Os Callichthyidae apresentam uma ampla distribuição geográfica, ocorrendo desde rios da vertente do Pacífico, no Panamá, até a bacia do rio da Prata, no leste da Argentina e, além disto, ocorrem em vários ambientes, incluindo grandes rios de água rápida e bem oxigenada até pequenos riachos de água quase parada e estagnada, e mesmo poças de água ácida no interior de florestas. Considerando o uso promissor do DNA barcode para a identificação de espécies, o presente trabalho testou a hipótese de que é possível identificar molecularmente as espécies de um grupo especioso de peixes, no caso a subfamília Corydoradinae, utilizando a técnica de DNA barcoding e, os dados gerados foram disponibilizados ao banco de dados internacional. Sequências parciais do COI foram obtidas para 610 espécimes, representando 94 espécies. Um total de 80 espécies (85%) foi discriminado corretamente com o DNA barcoding, sendo que a maioria das espécies exibiu baixas distâncias genéticas intraespecíficas, cerca de 30 vezes menor que a distância entre espécies congenéricas. Sete pares de espécies apresentaram divergência menor que 2% entre elas, o que pode estar relacionado com à grande similaridade morfológica e, portanto a difícil identificação em nível de espécie. Este estudo evidenciou que as espécies da subfamília Corydoradinae analisadas, puderam ser identificadas de forma eficiente através da utilização do barcode gerando dados que podem fornecer subsídios para estudos posteriores desta fauna / Abstract: The subfamily Corydoradinae with a total of 183 valid species, and includes, among Aspidoras, Brochis and Scleromystax, the genus Corydoras, the largest among the Siluriformes and very well known in the aquarium hobby. Callichthyidae have a wide geographical distribution, occurring from rivers of the Pacific slope, in Panama, to the basin of the La Plata River in eastern Argentina. Considering the promising use of DNA barcode to species identification, the present study aimed to test the hypothesis that it is possible to molecularly identify the species of Corydoradinae, using the technique of DNA barcoding and with the data generated to create a database to allow molecular identification of the specimens studied. Partial sequences of COI were obtained for 610 specimens, representing 94 species. A total of 80 species (85%) were discriminated correctly with DNA barcoding, and most species exhibited low intra-specific genetic distances, approximately 30 times smaller than the distance between congeneric species. Seven pairs of species showed less than 2% divergence between them, due to a relevant morphological similarity and therefore difficult to identify to species level. This study showed that the species of the subfamily Corydoradinae analyzed, could be identified efficiently by using barcode generating data that can provide information for further studies of this fauna / Mestre

Orientador: Cesar Martins / Banca: Eliana Feldberg / Banca: André laforga Vanzela / Banca: Lígia Souza Lima Silveira da Mota / Banca: Marcelo Ricardo Vicari / Resumo: Este trabalho teve por objetivo analisar citogeneticamente espécies da família Cichlidae de diferentes origens. Foram feitas análises de uma espécie asiática, de 22 africanas e 30 neotropicais. O número diplóide na família variou de 2n=40 a 2n=60. Os sítios de genes de RNAr 18S variaram de 2 a 9 cromossomos portadores, com sítios terminais para os africanos e em apenas um grande par cromossômico em posição intersticial ou terminal para a maioria dos neotropicais. A hibridação do gene RNAr 5S marcou sítios múltiplos em regiões intersticiais e centroméricas em duas espécies africanas, enquanto que nos ciclídeos neotropicais marcou de um a dois pares, sempre em posição intersticial. Em Haplocromis obliquidens foram encontrados um a dois grandes cromossomos metacêntricos supernumerários e heterocromáticos em 39,6% da população, tanto em fêmea quanto em macho. Este cromossomo B apresentou sítios múltiplos de hibridação de DNAr 18S e sinais leves na região centromérica do DNA satélite centromérico SATA. Sequências repetitivas inseridas em BACs hibridaram de forma difusa por toda a extensão do elemento supernumerário. Esse cromossomo B pode ter se originado a partir de um isocromossomo, ou por acúmulo de DNA repetitivo num pequeno proto-cromossomo B. Em Metriaclima lombardoi um grande cromossomo B metacêntricoe heterocromático foi detectado em 50% das fêmeas e em nenhum macho. Este elemento não apresentou sinais de hibridação de DNAr 18S, porém DNAs repetitivos inseridos em BACs hibridaram nos braços menores do primeiro par do complemento A, fortemente na região centromérica, e de forma difusa ao longo do cromossomo B. Hipotetizamos que este cromossomo B pode ter se originado a partir de um fragmento do primeiro par do complemento A, tendo acumulado DNAs repetitivos como consequência da ausência de recombinação. Sugerimos também que a origem... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: This work had the aim of cytogenetic analyses of Cichlidae species from diverse origin. It was analyzed one asian, 22 african and 30 neotropical species. The diploid number ranged between 2n=40 and 2n=60 chromosomes. The 18S rRNA gene sites varied from two to nine bearer chromosomes, in terminal position for the africans ones, and just in one large chromosome pair, in interstitial or terminal position, for the majority of the neotropical ones. The hybridization with 5S rRNA genes labeled multiple sites in two African species, in centromeric and interstitial position, whereas in the Neotropical cichlids it labeled interstitially in one to two pairs of chromosomes. In Haplochromis obliquidens it was found one or two metacentric supernumerary heterochromatic chromosome(s) in 39,6% of the population including males as well as females. This B chromosome showed multiple hybridization sites of 18S rDNA and the SATA centrometromeric satellite DNA slightly labeled in the cetromeric region, while BAC-clone enriched of repeated sequences hybridized scattered along the B chromosome. This B chromosome could have originated from an isochromosome or by accumulation of repetitive DNA in a small proto-B chromosome. In Metriaclima lombardoi a large heterochromatic metacentric B chromosome was detected in 50% of females and none males. This element did not show signals of hybridization of 18S rDNA but BAC-clone enriched of repeated DNAs hybridized in the small arms of first pair of complement, strongly in the centromeric region, and scattered along the B chromosome. We hypothesized that this B chromosome could have originated from a fragment of the A complement, and had acumulated repetitive DNAs as consequence of absence of recombination. We also suggest that the origin of this B from the first chromosome pair could be driving the bearer individuals to present female characteristics independently... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor