La transitine et la nestine sont des protéines présentes dans les cellules précurseurs des tissus musculaires et nerveux des oiseaux et des mammifères, respectivement. Elles sont des protéines des filaments intermédiaires (Fis) de la classe VI. En plus d'un domaine en hélice alpha typique des Fis, la transitine est caractérisée par sa longue extrémité Cterminale contenant un domaine unique (domaine HR) composé de plus de 50 répétitions d'heptades de type LQVEHGD. La nestine possède aussi un domaine répété C-terminal mais constitué de répétitions d'un motif de 11 acides aminés. Le premier objectif du projet a été d'étudier la relation phylogénétique entre la transitine et la nestine par l'analyse de la structure des gènes, de la synténie et de la phylogénie. Cette étude a permis d'établir que la classe VI des Fis est composée de 2 protéines : la nestine et la synémine. En effet, nos analyses suggèrent que la tanabine des amphibiens et la transitine aviaire sont les orthologues de la nestine des mammifères. Malgré cette relation d'homologie, les domaines répétés C-terminaux de la transitine et la nestine ne possèdent aucune identité de séquence. Des analyses in silico ont démontré que le domaine HR de la transitine pourrait avoir une activité ATPase. À cet effet, nous avons confirmé que ce domaine chez la transitine possède une activité ATPase et GTPase in vitro alors que le domaine C-terminal répété de la nestine n'en possède pas. De plus, le domaine HR aviaire est conservé chez les mammifères dans un gène n'appartenant pas à la famille des Fis. Le deuxième objectif du projet a été de comprendre le rôle de la transitine en identifiant d'abord ses partenaires d'interaction dans les cellules myogéniques aviaires. Ces études ont démontré que la transitine se lie à la vimentine/desmine via son domaine en hélice alpha et aussi via son domaine HR. La présence de seulement 4 répétitions de ce domaine est suffisante pour établir cette liaison et pour permettre l'activité ATPase et GTPase de ce motif in vitro. Le domaine HR de la transitine pourrait donc être un nouveau module d'interaction pour les Fis de classe III. Ces observations, ajoutées au patron d'expression de la transitine durant la myogenèse, suggèrent: que la transitine, via son domaine HR pourrait être impliquée dans la restructuration du réseau de Fis d'une forme étendue riche en vimentine à une forme structurée composée de desmine. / Transitin and nestin are type VI IF proteins expressed in precursors cells of muscular and nervous tissues of avian and mammal embryos, respectively. Transitin possesses, in addition to an IF-typical rod domain, an unique motif (HR domain) in its tail domain containing more than 50 repeats of the consensus sequence LQVEHGD. Nestin has also a C-terminal repeated domain consisting of repetition of an 11 amino acid motif. In order to study the evolution of type VI IFs, gene structure, synteny and phylogeny analysis were made. These studies suggest that the type VI IFs group is composed of 2 proteins: synemin and nestin. In fact, our results propose that amphibian tanabin and avian transitin would be orthologue versions of mammalian nestin. Despite this homology, transitin and nestin share no sequence identity in their C-terminal repeated motif and the HR domain of transitin shows an ATPase and GTPase activity whereas, nestin tail does not display this activity in vitro. Moreover, the avian HR domain is conserved in mammals in an hypothetical gene that is not part of the IF familly. To approach the question of the function of transitin, its interactive partners were isolated in myogenic cells. Transitin interacts with the type III IF proteins, vimentin and desmin with its IF core domain and with its HR domain. Only four repeats of the HR domain are required to allow this interaction and to enable the ATPase and GTPase activities of this motif in vitro. The HR domain could constitute a second IF-interactive module that may be implicated in the reorganization of the IF network from an extended vimentin-rich network in myoblast to a longitudinally oriented filamentous structure in myotube.

Geotrichum candidum est une levure couramment utilisée comme ferment d'affinage pour la fabrication des fromages à croûte fleurie et à croûte lavée. Cette espèce, pour laquelle très peu d'études génétiques ont été réalisées, présente un intérêt technologique pour les industries fromagères et productrices de ferments. Les membres de l'espèce arborent une diversité de propriétés morphologiques et physiologiques qui sont souche-dépendantes. Afin d'exploiter cette diversité de façon optimale et de fabriquer industriellement des fromages affinés en surface à saveur et à texture plus traditionnelles, il est donc impératif de pouvoir identifier les souches de G. candidum et de les caractériser. Il existe actuellement un débat concernant l'utilisation de la région ITS de l'ADN ribosomique, tel un code-barres, pour l'affiliation des mycètes. Il était donc important de déterminer si les bases du DNA barcoding s'appliquaient à G. candidum. Le premier objectif a été d'augmenter l'information phylogénétique pour cette espèce en séquençant pour la première fois la région complète du 18S-ITS1-5.8S-ITS2-26S de l'ADNr et ce pour 18 souches. Des hétérogénéités intra-espèce et intra-génomique inhabituelles au niveau de l'ADNr ont été révélées amenant un questionnement sur la robustesse de cette région pour l'affiliation des isolats de cette espèce. Les résultats obtenus suggèrent que les techniques de profilage des communautés de mycètes basées sur l'ADNr doivent être utilisées avec précaution. La diversité des propriétés technologiques des souches de G. candium nécessite une méthode de génotypage discriminante générant des profils génétiques fiables pour la caractérisation des souches. Le premier schéma de Multilocus Sequence Typing (MLST) a donc été développé avec 18 souches en identifiant, puis séquençant au complet, six nouveaux gènes domestiques. Le schéma fut ensuite validé sur 22 souches supplémentaires. Le MLST a permis de révéler au sein de l'espèce G. candidum l'existence probable d'une sous-espèce. Les résultats de l'ADNr et du MLST combinés aux résultats publiés sur la plasticité du génome de G. candidum et la variabilité morphologique des souches révèlent la fragilité des frontières entourant cette espèce. L'affiliation des isolats à cette espèce est un véritable défi phylogénétique qui nous rappelle que finalement les frontières des espèces ne sont pas hermétiques et que la nature ne fait pas de "sauts" dans son processus d'évolution.

La structure phylogéographique et l’histoire postglaciaire du sapin baumier (Abies balsamea), ont été étudiées en utilisant l’ADN mitochondrial (ADNmt) et l’ADN chloroplastique (ADNcp). La différenciation génétique entre populations est ainsi apparue importante pour l’ADNmt (dispersé par les graines) et pour l’ADNcp (dispersé par le pollen puis par les graines), impliquant donc un flux de gènes par le pollen plus restreint chez le sapin baumier que celui habituellement observé chez d’autres conifères boréaux. Cette faible dispersion du pollen est supposée due aux propriétés structurales et la faible production de pollen, mais aussi à la récurrence des épidémies de tordeuse du bourgeon de l’épinette limitant les efforts reproductifs du sapin baumier. Par ailleurs, les polymorphismes de l’ADNmt et de l’ADNcp sont apparus géographiquement structurés, mettant en évidence une concordance incomplète d’au moins cinq lignées chloroplastiques et cinq lignées mitochondriales, résultante des flux de gènes chloroplastiques en place depuis l’Holocène. Enfin, de nouvelles combinaisons de génomes cytoplasmiques ont été observées permettant la détection de plusieurs cas de capture de génome cytoplasmique. L’étude de l’étendue et de la direction de l’introgression cytoplasmique est utile pour comprendre la dynamique des zones hybrides entre espèces interfécondes. L’introgression cytoplasmique entre Abies lasiocarpa x Abies balsamea a été caractérisée en utilisant des marqueurs de l’ADNmt et de l’ADNcp. L’utilisation des données génétiques et paléobotaniques a permis de définir la dynamique de la zone hybride en évaluant la concordance entre les localisations actuelle et historique de la zone hybride. Les flux de gènes de l’ADNcp sont apparus plus importants que ceux de l’ADNmt et la distribution géographique des mitotypes était plus concordante avec la répartition des espèces. Ces évidences génétiques, en accord avec un modèle de zone hybride stable, ont été confirmées par la chronologie de colonisation postglaciaire dérivée de données fossiles publiées, contrastant avec les attendus d’un scénario de zone hybride mobile et les observations habituellement faites chez les conifères. Enfin, bien que les flux de gènes interspécifiques de l’ADNcp semblent principalement conditionnés par les vents d’ouest dominants, des facteurs non-neutres pourraient aussi jouer un rôle dans le maintien de cette zone hybride stable.

L'inventaire de champignons ophiostomatoïdes isolés de quatre espèces de scolytes de l'écorce {Dryocoetes affaber, Ips borealis, I. perturbatus et Polygraphus rufipennis) récoltés dans des bûches d'épinette blanche, a été réalisé au Québec. Ces champignons ont été classés à l'aide de marqueurs moléculaires (PCR-RFLP-rDNA) et d'analyses phylogénétiques sur les gènes de PADNr et de la (3-tubuline. Un total de 23 taxa de champignons ophiostomatoïdes ont été répertoriés, dont 13 ne semblant pas avoir de description dans la documentation scientifique. Par ailleurs, il semble y avoir une différentiation des communautés fongiques selon l'espèce de scolyte d'où elles proviennent. Finalement, l'initiation de la caractérisation d'une nouvelle espèce de Leptographium, a été effectuée à l'aide d'analyses phylogénétiques et moléculaires sur les gènes de l'ADNr, de la P-tubuline, de l'actine et du facteur d'élongation — la. Grâce à ces analyses, nous avons pu obtenir des indices sur la phylogénie et l'évolution de cette nouvelle espèce. / A survey of ophiostomatoid fungi isolated from four bark beetle species (Dryocoetes affaber, Ips borealis, I. perturbatus and Polygraphus rufipennis) collected in white spruce logs, was carried out in the province of Québec. These fungi were classified by means of molecular markers (PCR-RFLP-rDNA) and phylogenetic analyses on the rDNA and ptubulin genes. A total of 23 ophiostomatoid fungi were listed, among which 13 do not seem to have been described in the scientific literature. Moreover, the fungal community seemed to be differentiated according to the bark beetle species from which fungi were collected. Finally, the characterization of a new Leptographium species was initiated with the aid of phylogenetic and molecular analyses of the rDNA, P-tubulin, actin and elongation factor — la genes. By using these analyses, we were able to acquire indications on the phylogeny and evolution of this new Leptographium species.

Les récents progrès en génomique ont conforté la complexité de l’origine des algues; d’un point de vue de la phylogénie des hôtes de l’endosymbiose, les algues forment un groupe évolutif polyphylétique. Les algues vertes forment deux embranchements majeurs : les Streptophyta et les Chlorophyta. Les chlorophytes comprennent la majorité des algues vertes connues et se regroupent en quatre classes. La première, les Prasinophyceae, occupe la position la plus basale, tandis que l’ordre d’embranchement des trois autres classes (Ulvophyceae, Trebouxiophyceae et Chlorophyceae) demeure encore incertain. Pour clarifier les relations évolutives chez les Clorophyceae, huit génomes chloroplastiques appartenant à la lignée des Chlamydomonadales, lignée majeure des Chlorophyceae, ont été séquencés et analysés. Des études phylogénétiques ont confirmé les classifications préétablies et de nouveaux clades se sont vus formés. Les génomes de ces algues chlorophycéennes ont révélé une architecture conservée avec un certain nombre de caractères spécifiques à la classe des Chlamydomonadales. L’analyse de leurs caractères moléculaires a révélé des génomes marqués par la réduction ou le réarrangement de leur répertoire génomique comparativement aux génomes chloroplastiques des algues vertes plus ancestrales. / Recent advances in genome sequencing and analysis have reinforced the complexity of the origin of the green algae. From the point of view of a host endosymbiotic phylogeny, green algae form a polyphyletic evolutionary group. Green algae form two major branches : the Streptophyta and Chlorophyta. Chlorophytes include the majority of green algae known and they are grouped into four classes. The first, that of Prasinophyceae, occupies the most basal position, while the branching order of the other three classes (Ulvophyceae, Trebouxiophycea and Chlorophyceae) remain uncertain. To clarify the evolutionary relationships amongst Chlorophyceae, eight chloroplast genomes belonging to the lineage of Chlamydomonadales, a major clade of Chlorophyceae were sequenced and analyzed. Phylogenetic studies have confirmed the pre-established classifications and new clades were seen to be formed. The genomes of these chlorophyll algae were revealed to be conserved with a number of specific architectural characters of the Chlamydomonadales class. Analysis of their molecular characteristics revealed a genome marked by the reduction or rearrangement of their genomic repertory compared to chloroplast genomes of the ancestral green algae.

Les algues vertes sont divisées en cInq classes: Charophyceae, Prasinophyceae, Ulvophyceae, Trebouxiophyceae et Chlorophyceae. Afin de résoudre le positionnement phylogénétique de la classe Ulvophyceae au sein des ces multiples lignées et d'acquérir de l' information sur les tendances évolutives de 'ses génomes d'organites, j ' ai séquencé les ADN chloroplastiques (ADN cp) et ADN mitochondriaux (ADNmt) des ulvophytes basales Pseudendoclonium akinetum et Oltmannsiellopsis viridis, effectué des analyses génomiques comparatives détaillées d'ADNcp et ADNmt de chlorophytes, et réalisé des analyses phylogénétiques approfondies dérivées de ces organites. Les analyses comparatives de génomes d'organites ont révélé que leur architecture est très fluide chez les Chlorophyta et démontre une grande variabilité de structure, d' ordre génique, de contenu génique, intronique et en éléments répétés, et ont également fourni des évidences indiscutables du transfert intracellulaire, interorganite d'éléments génétiques dans les cellules d'ulvophytes. De plus, les analyses phylogénétiques des données structurales et moléculaires dérivées de ces organites supportent fortement l'affiliation entre Ulvophyceae et Chlorophyceae.

Tableau d’honneur de la Faculté des études supérieures et postdoctorales, 2007-2008. / La complexité des classifications morphologiques du genre Picea et leur manque de cohérence ont justifié le besoin de l'estimation d'une phylogénie moléculaire représentative de l'histoire biogéographique de ce genre coniférien circumpolaire. Les essais d'estimation phylogénétique pour trois loci du génome nucléaire ont révélé la présence de polymorphismes intraspécifiques et trans-spécifiques partagés entre trois espèces distinctes du genre Picea. La période de divergence entre les trois espèces a été estimée à 13 à 20 millions d'années (mA) et les temps de coalescence des allèles étaient de l'ordre de 10 à 18 mA, ce qui implique que les polymorphismes puissent être partagés depuis l'ancêtre commun aux trois espèces. La fixation des polymorphismes aurait été retardée par de grandes tailles historiques de population, estimées à plus de 100 000 individus. Ces résultats suggèrent que les polymorphismes trans-spécifiques partagés peuvent être fréquents pour les loci nucléaires de plantes et qu'ils peuvent contribuer significativement à la diversité allélique, surtout chez les plantes anémophiles et allogames possédant de grands effectifs de population. Ces polymorphismes appellent à la prudence quant à l'utilisation de gènes nucléaires pour estimer les phylogénies de tels groupes de plantes. Les efforts d'estimation phylogénétique subséquents se sont donc portés sur les régions des génomes cytoplasmiques haploïdes, dont les séquences sont plus conservées que celles du génome nucléaire. La phylogénie des Picea a été estimée suite au séquençage de trois régions du génome chloroplastique, transmis paternellement, ainsi qu'une région du génome mitochondrial, transmis maternellement. Des différences significatives ont été observées entre les phylogénies chloroplastiques, et entre les phylogénies chloroplastiques et la phylogénie mitochondriale. Aucune des phylogénies ne correspondait aux classifications actuelles. La phylogénie mitochondriale était géographiquement plus structurée que les phylogénies chloroplastiques. Sur l'arbre mitochondrial, la plupart des taxons nord-américains formaient un groupe monophylétique. La cohérence géographique des divers regroupements nord-américains et asiatiques sur cet arbre indique que des phénomènes de spéciation de nature géographique se soient produits. Les incompatibilités entre les phylogénies d'organelles suggéraient l'occurrence de transferts latéraux anciens du génome chloroplastique entre les lignées mitochondriales. Les incompatibilités entre les partitions chloroplastiques suggéraient en outre la présence de recombinaison présumément liée à l'évolution réticulée ancienne. Les marqueurs chloroplastiques seraient donc de moindre valeur phylogénétique et phylogéographique que les marqueurs mitochondriaux pour les genres ayant une transmission paternelle du génome chloroplastique, tel que chez les Pinaceae. / Complex morphological classifications for the genus Picea, a circumpolar conifer genus, and the lack of coherence among them indicated the need to estimate a molecular phylogeny representative of the biogeographical history of the whole genus. Preliminary tests for three nuclear loci revealed the presence of intraspecific as well as trans-specific shared polymorphisms among three distantly related species in the genus. The divergence time between species was estimated at 13 to 20 million years (my), and allele coalescence times in the order of 10 to 18 my, which implies the sharing of polymorphisms since common ancestry. Large historical population sizes in excess of 100 000 would have delayed the fixation of polymorphisms. These results suggest that transspecies shared polymorphisms might be frequent at plant nuclear gene loci, contributing significantly to allelic diversity. This trend is more likely in plants characterized by ecological and life-history determinants favoring large population sizes, such as an outcrossing mating system, wind pollination, and a dominant position in ecosystems. These polymorphisms also call for caution in estimating congeneric species phylogenies from nuclear gene sequences in such plant groups. Subsequent efforts in estimating the biogeographical history of the genus Picea were directed at organelle DNA regions, which are more conserved than nuclear DNA at the sequence level. Distinct phylogenies of Picea were obtained by sequencing three regions from the paternally inherited chloroplast genome (trnK, rbcL, and trriTLF), and the intron 2 of the maternally transmitted mitochondrial gene nadl. Significant differences were found between chloroplastic partitions, and between the cpDNA and mtDNA phylogenies. None of the phylogenies matched current classifications. The mtDNA phylogeny was geographically more structured than the cpDNA phylogenies. Most North American taxa formed a monophyletic group on the mtDNA tree with coherent geographical clustering, indicating geographic speciation by range fragmentation or by dispersal and isolation. Similar patterns, also found among Asian taxa, likely represent a major trend in the Pinaceae. Incongruences between organelle phylogenies also indicated ancient lateral transfers of the chloroplast genome between mtDNA lineages. Incongruences between cpDNA partitions further suggested heterologous recombination presumably linked to ancient reticulate evolution. These results indicate the reduced value of cpDNA as a phylogenetic and phylogeographical marker in genera with paternal transmission of the chloroplast genome such as in the Pinaceae.

Tableau d’honneur de la Faculté des études supérieures et postdoctorales, 2009-2010 / Les poissons de la famille Salmonidae ont posé de nombreuses difficultés aux systématiciens qui ont tenté d'élucider leurs relations évolutives. Plusieurs ambiguïtés persistent à tous les niveaux de la phylogénie de cette famille et un portrait phylogénétique exhaustif comprenant de nombreux représentants de Salmonidae n'a toujours pas été obtenu. Différentes causes ont été suggérées pour expliquer les difficultés à obtenir un consensus phylogénétique, mais la portion relativement restreinte des taxons échantillonnée jusqu'ici pour effectuer les inferences milite en faveur de cette nouvelle stratégie. Dans le cadre de ce projet de maîtrise, des séquences mitochondriales (gènes cytochrome b et cytochrome c oxydase I; 2403 pb) et des AFLP (3304 loci) ont été produits afin de conduire des analyses phylogénétiques sur 107 taxons représentant une portion importante de la biodiversité spécifique de la famille. Afin de vérifier la congruence et la robustesse des différents signaux, de diminuer l'influence d'erreurs stochastiques et d'évaluer l'apport de l'échantillonnage des taxons sur la phylogénie, une supermatrice comprenant l'ensemble des séquences mitochondriales et nucléaires disponibles sur GenBank a été élaborée à partir de ce vecteur de taxons, constituant ainsi le plus grand nombre d'évidences (taxons et caractères) ayant été amenées dans un cadre phylogénétique jusqu'à ce jour. Cette stratégie a permis d'améliorer la résolution phylogénétique par l'augmentation du signal historique et la détection de biais systématiques, mettant en évidence certaines des difficultés biologiques (par ex.: hybridation, radiations) et méthodologiques ayant mené aux nombreuses contradictions entre les hypothèses phylogénétiques précédentes. En plus d'offrir un portrait qui fait plus que doubler le nombre d'espèces incluses dans la phylogénie et d'avoir inféré avec robustesse la séquence évolutive des genres de Salmoninae, la reconstruction temporelle de l'évolution et des taux de diversification obtenue par l'enracinement de l'arbre phylogénétique avec le groupe Esociformes et l'inclusion de cinq points de calibration fossile témoigne de l'ampleur temporelle de l'évolution dans Salmonidae et demande de considérer une nouvelle hypothèse pour l'enracinement de la famille et la séquence évolutive de ses sous-familles.

Le genre Fraxinus comprend environ 45 espèces d’arbres et d’arbustes de zones tempérées, colonisant des habitats variés de l’hémisphère Nord. Une diversité intraspécifique et interspécifique élevée justifiait le besoin de l'estimation d'une phylogénie moléculaire permettant de mieux reconstituer et interpréter l'histoire biogéographique de ce genre d’angiospermes circumpolaires, et ce à l’échelle générique, mais aussi à l’échelle spécifique en Europe. L’étude de la diversité génétique des séquences du génome chloroplastique n’a pas permis de distinguer les différentes espèces du genre, particulièrement lorsque ces espèces étaient phylogénétiquement proches, en raison de taux de divergence particulièrement bas. Toutefois, certaines sections taxonomiques du genre ont pu être identifiées convenablement grâce à ces séquences d’ADN chloroplastique. Ces résultats montrent que l’utilisation de régions du génome chloroplastique comme code-barre moléculaire, en dépit de bons résultats dans plusieurs genres non ligneux, ne pourrait être une solution universelle pour l’estimation de la biodiversité et la reconnaissance taxonomique chez les arbres. Les efforts subséquents se sont donc portés sur l’identification et l’utilisation de régions du génome nucléaire pour l’estimation de la phylogénie du genre. Les sections précédemment décrites dans la littérature ont été retrouvées, et les espèces n’ayant pu être attribuées à un groupe taxonomique (incertae sedis) ont été assignées de manière robuste à la section Melioides. Certaines espèces de la section Melioides semblaient avoir échangé des gènes récemment ou avoir radié, formant une polytomie dans l’ensemble des jeux de données. À partir de cette phylogénie ont été inférés trois évènements de dispersions intercontinentales, deux de l’Amérique du Nord vers l’Asie, et un de l’Asie vers l’Amérique du Nord. L’évolution de la section Fraxinus, qui se retrouve principalement en Eurasie, a ensuite été étudiée et datée, afin de déterminer si des facteurs géologiques ou climatiques passés pouvaient être responsables de la structure de la diversité génétique actuellement observée. Une incongruence topologique majeure a été détectée entre les phylogénies découlant de différentes régions du génome nucléaire, mettant en évidence une évolution réticulée ancienne entre F. angustifolia et F. mandshurica. La mise en place de l’Himalaya et les changements climatiques de la fin du Tertiaire pourraient expliquer les évènements de spéciation dans la section, alors que le réchauffement climatique intervenu durant le Miocène pourrait avoir offert les conditions climatiques nécessaires au rapprochement des distributions naturelles et à l’évolution réticulée observée entre F. angustifolia et F. mandshurica. L’ensemble de nos résultats confirme le rôle important joué par l’hybridation naturelle et l’évolution réticulée ancienne, apportant un éclairage nouveau sur l’influence majeure qu’ont eu les changements environnementaux sur la mise en place de la diversité génétique et taxonomique actuelle dans le genre Fraxinus. / The genus Fraxinus contains about 45 species of temperate trees and shrubs colonizing various habitats in the Northern hemisphere. A great intraspecific and interspecific diversity indicated the need to estimate a molecular phylogeny in order to reconstruct and interpret the biogeographic history of this circumpolar angiosperm tree genus, both at the generic and the specific scale in Europe. The study of cpDNA diversity did not allow to distinguish among the different species of the genus, particularly when these species were closely related, due to very low divergence rates at the nucleotide level. However, some taxonomical sections of the genus could be recognised. These results show that the use of cpDNA regions as a molecular barcode cannot be a universal answer for the estimation of forest tree biodiversity, despite the good discrimination and results obtained with herbaceous plants. Thus, subsequent efforts at estimating the phylogeny of the genus were thus directed towards nuclear regions. The sections previously described were retrieved, and species that could not be attributed to a taxonomic group (incertae sedis) were assigned with confidence to the section Melioides. Some species of the section Melioides appeared to have exchanged genes recently or having radiated, forming a polytomy in all datasets. According to this phylogeny, three dispersal events were inferred, two from North America to Asia, the last from Asia to North America. The evolution of the section Fraxinus, which is mainly found in Eurasia, was further investigated and the phylogeny dated, in order to determine associations between past geological and climatic changes and the extant genetic diversity. A major incongruence was detected between tree topologies derived from different regions of the nuclear genome, indicating ancient reticulate evolution between F. angustifolia and F. mandshurica. The Himalaya uplift and climatic changes observed during the end of Tertiary could explain the speciation events in the section, whereas the warmer climate during the Miocene could have provided favourable conditions for expanding natural ranges, favouring reticulate evolution between F. angustifolia and F. mandshurica. All these results confirm the key role of natural hybridization and ancient reticulate evolution, highlighting the major influence of environmental changes on structuring the present taxonomical and genetic diversity of the genus Fraxinus.

Plusieurs fonctions ont été attribuées aux rêves. Les revues de documentation existantes qui abordent les théories de la fonction des rêves ne sont pas exhaustives et sont souvent peu critiques. L'introduction de la présente thèse comble ce manque dans la documentation scientifique en offrant une revue critique des théories contemporaines de la fonction des rêves. À la lumière de cette introduction, il apparaît que les théories existantes présentent toutes des limites importantes. Le premier chapitre de cette thèse est un article présentant une nouvelle théorie de la fonction des rêves : la théorie de préactivation des sentiments par les rêves, ou Feeling Priming Theory (FPT). Selon la FPT, la fonction du rêve est de favoriser la motivation à éviter les événements anticipés aversifs et à approcher les événements anticipés gratifiants. Plus précisément, il est suggéré qu'une composante des émotions anticipées – les sentiments anticipés (anticipated feelings) – est reproduite dans les rêves. Au réveil et durant la journée, ces sentiments anticipés demeureraient (pré)activés en mémoire. Conséquemment, les émotions anticipées exerceraient une plus grande influence sur les comportements d'évitement et d'approche, à la fois directement, mais surtout indirectement par le biais des sentiments vécus par anticipation (anticipatory feelings; c.-à-d., les sentiments de peur ou d'espoir/de désir). Le deuxième chapitre de cette thèse est un article présentant le développement et l'utilisation d'un protocole visant à tester des hypothèses de la FPT. Soixante-quatre participants ont rempli un journal de bord à la maison pendant une période comprenant deux jours pour lesquels au moins un rêve était rappelé. Les données ont été recueillies immédiatement après le lever, après la routine du lever et avant la routine du coucher. Les participants ont rapporté les événements qu'ils anticipent, leur degré de peur et de désir face aux événements anticipés, leur contrôle perçu sur les événements anticipés, leurs comportements et leurs décisions par rapport aux événements anticipés, la mesure dans laquelle ils ont pensé aux événements anticipés, et finalement, la similitude entre leurs sentiments anticipés (anticipated feelings) et leurs sentiments vécus en rêve (dream feelings). Les résultats montrent que la peur ressentie envers un événement anticipé aversif prédit positivement la probabilité que le sentiment anticipé négatif associé à cet événement soit reproduit dans un rêve. Ressentir ce sentiment négatif dans un rêve prédit positivement la peur ressentie envers l'événement anticipé aversif le jour suivant, qui à son tour prédit positivement la survenue d'un comportement d'évitement. Les résultats suggèrent également que le désir ressenti envers un événement anticipé gratifiant prédit positivement la probabilité que le sentiment anticipé positif associé à cet événement soit reproduit dans un rêve. Cependant, ressentir ce sentiment positif dans un rêve ne prédit pas le désir ressenti envers cet événement anticipé gratifiant le jour suivant. Dans l'ensemble, les résultats de l'étude de validation appuient partiellement la FPT. La conclusion de la présente thèse expose les forces et les limites de la théorie développée et de l'étude de validation. À la lumière de ces forces et limites, des pistes de recherche futures sont proposées. Plus spécifiquement, il est suggéré que la FPT pourra servir d'ancrage pour le développement d'une théorie cognitive de la production des rêves. Des suggestions sont également offertes pour une étude en laboratoire visant à répliquer, dans un milieu contrôlé, le protocole utilisé pour l'étude de validation. Finalement, la possibilité de développer un nouveau traitement psychologique pour les cauchemars chroniques sur la base de la FPT est abordée. En résumé, cette thèse est un apport majeur à la documentation scientifique sur les rêves. Elle comporte une revue critique des théories contemporaines de la fonction des rêves, propose une nouvelle théorie de la fonction des rêves qui constitue une alternative aux théories de la régulation émotionnelle par les rêves, rapporte les résultats d'une étude visant à tester les principales hypothèses de la théorie proposée, et démontre la pertinence des travaux menés pour le développement de projets de recherche théorique, empirique, et clinique. / Several functions have been attributed to dreaming. Existing literature reviews on the theories of the function of dreaming are not exhaustive and contain few criticisms. The introduction of this thesis fills this gap in the literature by offering a critical review of contemporary theories of the function of dreaming. In light of this introduction, all existing theories present important limitations. The first chapter of this thesis is an article presenting a new theory of the function of dreaming: the Feeling Priming Theory (FTP). According to the FPT, the function of dreaming is to favor the motivation to avoid aversive anticipated events and to approach gratifying anticipated events. More specifically, it is suggested that a component of anticipated emotions – anticipated feelings – is reproduced in dreams. Upon awakening and during the day, these anticipated feelings would remain (pre)activated (primed) in memory. Consequently, anticipated emotions would exert a greater influence on avoidance and approach behaviors, mainly through an increase in the intensity of anticipatory feelings (i.e., feelings of fear or hope/desire). The second chapter of this thesis is an article presenting the development and use of a protocol aimed at testing hypotheses from the FPT. Sixty-four participants completed a logbook at home for a period that included two days with dream recall. Data were collected after waking up, after the morning routine, and before the bedtime routine. Participants reported their anticipated events, their degree of fear, desire and control over the anticipated events, the behaviors and decisions they adopted in relation to the anticipated events, the extent to which they thought about the anticipated events, and the similarity between their anticipated feelings and their dream feelings. The hypotheses were tested using linear and binary logistic mixed models. Fear toward an aversive anticipated event positively predicts the probability that the negative anticipated feeling associated with this anticipated event be reproduced in a dream. Experiencing this negative feeling in a dream positively predicts fear toward the aversive anticipated event on the next day, which in turn positively predicts the occurrence of an avoidance behavior. Furthermore, desire toward a gratifying anticipated event positively predicts the probability that the positive anticipated feeling associated with this anticipated event be reproduced in a dream. However, experiencing this positive feeling in a dream does not predict desire toward the gratifying anticipated event on the next day. Overall, the results from the validation study support part of the FPT. The conclusion of this thesis reviews the strengths and limitations of the proposed theory and the validation study. In the light of these strengths and limitations, potential avenues of research are explored. It is suggested that the FPT could serve as a basis for the development of a cognitive theory of dream production. Moreover, the empirical study could be replicated in a laboratory setting, which would allow to test the FPT in a controlled environment. Finally, the possibility of developing a new psychological treatment for nightmares based on the FPT is discussed. In summary, this thesis constitutes a major contribution to the dream literature. It presents a critical review of contemporary theories of the function of dreaming, proposes the FPT as an alternative to emotion regulation theories of dreaming, reports the results of an empirical study aimed at testing several hypotheses from the FPT, and demonstrates the relevance of this work for future theoretical, empirical, and clinical research.