Analisou-se 54 amostras de vírus da raiva isoladas de diferentes espécies animais e de seres humanos do Estado do Maranhão, inicialmente pelas técnicas tradicionais de imunofluorescência direta (IFD) e de inoculação intracerebral em camundongos (ICC), com o objetivo de realizar um estudo de epidemiologia da doença. No reteste, todas as amostras foram positivas na IFD e 19 resultaram negativas à ICC. O comportamento biológico dos isolados foi estudado em camundongos, revelando um período de incubação entre 7 e 17 dias, com sinais clínicos variados e duração média de 4 dias. Para a avaliação da patogenicidade, foram selecionadas cinco amostras do estudo, oriundas de diferentes espécies, como vírus de desafio nos camundongos imunizados com uma vacina comercial de vírus inativado. Os resultados do desafio indicaram que a proteção conferida pela vacina foi baixa para todas as amostras. A presença de anticorpos no soro dos camundongos vacinados foi demonstrada em diferentes períodos de vacinação. A tipificação antigênica de quatro amostras de vírus foi realizada pela imunofluorescência indireta (IFI) utilizando um painel de anticorpos monoclonais (MAbs) procedentes do Canadian Food and Inspection Agency, Ottawa, Canadá, identificando o perfil correspondente à variante de morcego hematófago Desmodus rotundus. Na caracterização genética com base nos genes que codificam a glicoproteína G e nucleoproteína N, observou-se que os isolados foram divididos em dois grupos genéticos independentes associados a ciclos endêmicos distintos. Esses resultados permitem concluir que no Estado do Maranhão circulam pelo menos duas variantes do vírus da raiva, mantidas por carnívoros terrestres e morcegos hematófagos. Destaca-se que houve variação regional entre as amostras isoladas em diferentes áreas geográficas. Além disso, foram constatados hospedeiros inesperados nos clados formados. Também, não houve variação temporal nas amostras pesquisadas. / Fifty four rabies virus samples isolated from different animal species and humans, diagnosed positive by means of the direct fluorescent antibody test (dFA) and mouse inoculation test (MIT) in the State of Maranhão were selected for an epidemiologic study. In the retest, all these samples were dFA-positive, but 19 were negative by the MIT. The biologic behavior of these samples was assessed in mice by intracerebral inoculation and the incubation period was between 7 and 17 days, showing varied clinical signs with an average duration of 4 days. For the evaluation of the pathogenicity, five rabies viruses isolated from different species were selected, and used as the challenge viruses to be inoculated into mice been vaccinated previously with an inactivated commercial rabies vaccine. The results of the challenge experiments indicated low protection of the vaccine against the challenge viruses. The presence of rabies antibody was demonstrated in the sera of vaccinated mice taken at different intervals after vaccination. The antigenic typing was performed in four samples by using the indirect fluorescent antibody test (IFI) with a panel of monoclonal antibodies (MAbs) provided by the Canadian Food and Inspection Agency, Ottawa, Canada, and the profile identified was closely related to that of the Desmodus rotundus vampire bat. The genetic characterization based on genes coding the glycoprotein G and nucleoprotein N genes indicated that isolates were divided into two independent genetic groups associated to distinct endemic cycles. With the results obtained, we conclude that in the State of Maranhão there are circulating at least two distinct variants of rabies viruses, maintained by terrestrial carnivores and vampire bats. Regional variation among the isolates taken from different geographic areas has been found. And the rabies virus isolates grouped into clades were associated with unusual host species and no temporal variation was observed among the isolates.

Orientador: Fernando Roberto Martins / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-24T17:42:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Ferreira_FelipeSegala_D.pdf: 1109220 bytes, checksum: c13d224cfe2b3873bccb4577f6d3a4b2 (MD5) Previous issue date: 2014 / Resumo: As plantas trepadeiras ocupam um lugar de destaque em muitas florestas tropicais não apenas como elemento constitutivo, mas como um grupo de espécies que é capaz de conduzir a organização das comunidades florestais ao longo do tempo. Por sua vez, as sinúsias de trepadeiras respondem às mudanças temporais ecológicas e ambientais decorrentes das alterações na estrutura das florestas. Nas florestas tropicais em sucessão secundária, os processos ecológicos responsáveis pela organização das sinúsias de trepadeiras estão relacionados às mudanças que ocorrem na estrutura arbórea ao longo do tempo, uma vez que as trepadeiras estão associadas fisicamente às árvores. Meu objetivo foi investigar os processos e padrões relacionados com a organização e a estrutura de comunidades de trepadeiras em diferentes estádios sucessionais, e relacioná-los com a disponibilidade de recursos limitantes, como suportes e luz, em escala local e regional. Para tanto, utilizei uma cronossequência formada por quatro florestas, sendo três restauradas em tempos diferentes e um remanescente com floresta natural madura. No capítulo 1, quantifiquei alguns parâmetros ecológicos das sinúsias de trepadeiras entre as florestas e encontrei diferenças significativas. No capítulo 2, pude demonstrar como que a organização filogenética de cada comunidade em cada fragmento florestal, i.e. em escala local, foi relacionada à variação na disponibilidade de recursos. No capítulo 3 discuti como a variação de luz entre os fragmentos florestais, i.e. em escala regional, influenciaria a organização filogenética e funcional das comunidades de trepadeiras / Abstract: Climbing plants occupy a prominent place in many tropical forests not only as a constituent element, but also as a group of species that is able to lead the organization of forest communities over time. In turn, the climbing plants of synusiae respond to ecological and environmental changes resulting from alterations in the temporal structure of forests. During secondary succession of tropical forests, the ecological processes responsible for the organization of communities of climbing plants are related to changes in the tree structure over time, since climbing plants are physically attached to the trees. My goal was to investigate, in local and regional scale, the processes and patterns related to the organization and structure of communities of climbing plants in different successional stages, and relate them to the availability of limiting resources, such as light and supports. For this, I used a chronosequence comprised of four forests, three forests restored at different times and a remnant mature natural forest. In Chapter 1, I computed some ecological parameters about climbing plants communities and compared between the forests. In Chapter 2, I demonstrated how the phylogenetic organization of each community in each forestal fragment, i.e. on a local scale, was related to changes in resource availability. In Chapter 3, I discussed how the light variation between forestal fragments, i.e. at the regional scale, would influence the phylogenetic and functional organization of communities of climbing plants / Doutorado / Biologia Vegetal / Doutor em Biologia Vegetal

Orientador: Fernando Roberto Martins / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-23T19:52:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Aranha_BrunoAlmozara_D.pdf: 8398241 bytes, checksum: a8e23c2280a43031a00dfd7ff7df0dd3 (MD5) Previous issue date: 2013 / Resumo: Investigamos o padrão filogenético de comunidades silvestres do cerrado sensu lato. No primeiro capítulo utilizamos o padrão filogenético para investigar se há maior influência do tipo de solo ou do regime de fogo sobre a organização de algumas comunidades silvestres do cerrado. No município de Itirapina, estados de São Paulo amostraram espécies silvestres de cinco comunidades de cerrado com diferentes fitofisionomias, classificadas em protegidas e desprotegidas do fogo em solos arenosos e solo argiloso. Levantamos os dados florísticos de cerrados da região de Itirapina para compor um pool de espécies silvestres e construir a mega-árvore filogenética. Com dados da espessura da casca para todas as espécies do pool, calculamos se esse atributo ecológico ligado à tolerância ao fogo é convergente ou filogeneticamente conservado. Testamos se a distribuição dos valores da espessura de casca nas espécies amostradas nas cinco comunidades é independente da proteção contra o fogo e do tipo de solo e se nas comunidades de solo arenoso é independente da proteção contra o fogo. Por fim, calculamos o padrão filogenético das comunidades e a distância filogenética entre elas. Encontramos que a espessura de casca é um atributo convergente e que a distribuição de seus valores é mais dependente do tipo de solo do que da proteção contra o fogo. As comunidades silvestres apresentaram padrão filogenético aleatório, mas a comunidade sobre o solo argiloso foi a única que apresentou uma distância filogenética significativamente maior do que as demais comunidades. Concluímos que o solo é um filtro ambiental importante na organização de comunidades silvestres locais do cerrado. Dado que espécies silvestres do cerrado evoluíram in situ sob a pressão de incêndios recorrentes, especulamos que provavelmente o solo teve um papel muito importante para a evolução de espécies pré-adaptadas. No segundo capítulo investigamos o padrão filogenético de comunidades silvestres em todo o território do cerrado no Brasil. Avaliamos o papel da heterogeneidade ambiental na distribuição atual da flora em províncias florísticas para inferir sobre a evolução e a manutenção da diversidade do cerrado. Construímos um banco de dados com 142 comunidades silvestres de cerrado sensu lato, localizadas em todas as províncias florísticas. Calculamos o padrão filogenético das comunidades silvestres do cerrado em duas escalas espaciais: considerando apenas as comunidades localizadas em cada província florística; e considerando todo o domínio. Em todas as situações o padrão filogenético do cerrado foi aleatório, e os índices filogenéticos não se correlacionaram com as variáveis ambientais, mas apenas com as espaciais. Concluímos que processos biogeográficos estocásticos, como a história biogeográfica e a migração, foram mais importantes na diversificação e na distribuição atual das espécies silvestres do cerrado do que a heterogeneidade ambiental. Os dois capítulos evidenciaram que o padrão filogenético das comunidades silvestres do cerrado é aleatório, e atribuímos esse padrão a pré-adaptações ligadas ao escleromorfismo pré-existente nas linhagens ancestrais da flora do cerrado / Abstract: We investigated the phylogenetically pattern of cerrado sensu lato woody communities. In the first chapiter we used the phylogenetic pattern to investigate whether the influence of soil type or fire regime prevails on assembly of some woody cerrado communities. In the municipality of Itirapina, state of São Paulo, we sampled cerrado woody species from five communities with distinct phytophisiognomies, classified in protected and unprotected from fire, and in sand soil and clay soil. We looked for floristic data from Itirapina cerrado to bild regional woody species pool and constructed the phylogenetic mega-tree. With bark thickness for all species pool, we evaluated whether this ecological trait related with fire resistence was phylogenetically convergent or conserved. We tested if the bark thickness values distribution in the woody cerrado species from the five sampled communities was independent of fire protection and soil type. And regarding only sand soil communities, we tested, again, if bark thickness values distribution was independent from fire protection. Finelly, we calculated the communities phylogenetically pattern and the phylogenetic distance between them. We found that bark thickness was a convergent trait and their values distribution was dependent of soil type rather than fire protection. The phylogenetic pattern of cerrado communities was random, but the community with clay soil was the only who showed a greater and significant phylogenetic distance comparing with the others cerrado communities. We concluded that soil type was an important environment filter acting in the assembly of cerrado woody communities. Given that cerrado species evolved in situ under recurrent fire pression, we speculated that the soil plobably had an important role for the evolution of pré-adapted lineages. In the second chapter we investigated the phylogenetic pattern of wood cerrado communities over the whole cerrado domais in Brazil. We evaluated the role of environmental heterogeneity in the actual distribution of cerrado woody flora in floristic provinces with the aim to infer about the evolution and maintenance of cerrado diversity. We bild a data bank with 142 woody cerrado communities located in all floristic provinces. We calculated the community phylogenetic pattern in two spatial scales: province scale and domain scale. In all scales the phylogenetic pattern was random, and the phylogenetic indexes were not correlated with environmental variables, but only with spatial variables. We conclude that stochastic biogeographical processes, such as bigeographic history and migration, were more important in the diversification and distribution of cerrado woody species than environmental heterogeneity. The two chapters highlight that the cerrado woody communities phylogenetic patterns is random, and we attributed this pattern to pre-adaptations related with scleromorphism pre-exisitent in the ancestral lineages of cerrado flora / Doutorado / Biologia Vegetal / Doutor em Biologia Vegetal

The Carex nardina complex is a group of one to three species (C. nardina, C. hepburnii, C. stantonensis) and six taxa of unispicate sedges (Cyperaceae), the taxonomy of which has been controversial since the 1800s. As initial DNA phylogenies suggested that the complex was nested within Carex section Filifoliae and sister to C. elynoides, a species often confused with C. nardina and sympatric with it in the western North American Cordillera, analyses were conducted to determine whether C. hepburnii, C. stantonensis and other infraspecific taxa could be the result of hybridization. Morphometric and molecular analyses found no substantial evidence for hybridization and supported the recognition of no taxon beyond C. nardina. Consequently, this study concludes that the complex comprises a single variable species, Carex nardina, distributed throughout arctic North America south through the western Cordillera to New Mexico with a minor portion of its range in northeastern Russia, northwestern Scandinavia and Iceland.

Dados da Organização Mundial da Saúde (OMS) mostram que a raiva é um problema de saúde pública podendo acarretar sérios prejuízos ambientais e econômicos, a despeito da existência de vacinas eficazes de uso humano e veterinário. Segundo seu último informe, estima-se que no mundo em torno de 55.000 pessoas por ano morrem de raiva. O cão permanece como principal transmissor da raiva para o homem e também como principal vítima da doença. Nos países que conseguiram controlar a raiva em animais domésticos, o vírus se mantém circulante na natureza por meio dos animais silvestres, sendo os morcegos apontados como a segunda espécie transmissora da raiva a humanos. Os Lyssavirus têm sido detectados em morcegos, em diversos continentes, sendo identificados como transmissor em dez das onze espécies de Lyssavirus. Fósseis de morcego mostram sua presença há 50 milhões de anos. Mas somente em 1911, Carini relacionou pela primeira vez a raiva aos morcegos, levantando a hipótese destes serem os transmissores da doença a outros animais. Há registros de que o vírus da raiva foi isolado em pelo menos 41 das 167 espécies de morcegos brasileiras, sendo que a maioria dessas espécies está relacionada a atividades humanas com a presença destes animais próximos ao local de trabalho e moradia das pessoas. Os morcegos hematófagos Desmodus rotundus são encontrados do norte do México até a costa norte do Chile, região central da Argentina e costa do Uruguai e com exceção do Chile. Esta espécie de morcego tem sido apontada como reservatório natural do vírus da raiva nesta região. Alguns pesquisadores observaram que a raiva em morcegos não hematófagos precede a raiva bovina e em animais de estimação, sugerindo que os morcegos não hematófagos podem ser o elo entre a raiva silvestre e a raiva urbana e o fato de se detectar a variante mantida por morcegos hematófagos Desmodus rotundus em cães e gatos mostra que o papel deste morcego no ciclo da raiva não está limitado à raiva silvestre. As características dos Lyssavirus adaptados a morcegos têm mostrado diferenças quando comparadas à raiva relacionada aos carnívoros, confirmando a necessidade do desenvolvimento de metodologias que permitam estudos complementares mais precisos a respeito da biologia e epidemiologia da raiva em quirópteros. A escassez de dados na literatura, até o momento, a respeito do genoma completo da variante do vírus da raiva mantida por populações de morcegos hematófagos Desmodus rotundus, deixa uma lacuna no entendimento da epidemiologia molecular deste vírus. A importância epidemiológica desta espécie na transmissão da raiva é inquestionável. Neste estudo foi sequenciado e analisado, o genoma da variante do vírus da raiva mantido por populações de morcego hematófago Desmodus rotundus isolado de um morcego hematófago Desmodus rotundus. A amostra, procedente de área endêmica no Estado de São Paulo, foi filogeneticamente comparada com o genoma da amostra padrão para a espécie viral 1 - Rabies virus e outras amostras pertencentes ao ciclo aéreo ou terrestre de transmissão, disponíveis no GenBank, identificando possíveis padrões de diferenciação, próprios do ciclo aéreo, e em alguns casos relacionados somente à variante estudada. / Data from the World Health Organization (WHO) show that rabies is a public health problem which can cause serious environmental and economic damage, despite the existence of effective vaccines for human and veterinary use. According to WHO latest report, estimated that worldwide around 55,000 people per year died of rabies. The dog remains the main transmitter of rabies to humans as well as the main victim of the disease. In countries that were successful in controlling rabies in domestic animals, the virus is still circulating in nature by wild animals and the bats are seen as the second species transmitting rabies to humans. The Lyssavirus have been detected in bats in several continents and is identified as a transmitter in ten of eleven species of Lyssavirus. Bat fossils show their presence for 50 million years. But only in 1911, in the first time Carini related to rabies at bats, raising the possibility of these being the transmitters of the disease to other animals. Reports show that the Rabies virus was isolated in at least 41 of the 167 species of bats in Brazil, with the majority of these species is related to human activities with the animals living near the local job and houses of people. The vampire bat Desmodus rotundus is found from northern Mexico to northern Chile coast, central coast of Argentina and Uruguay and with the exception of Chile. This bat species has been identified as a natural reservoir of the Rabies virus in this region. Some researchers observed that rabies into non-hematophagous bats precedes the bovine rabies and in pets, suggesting that the non-hematophagous bats may be the link between wildlife rabies and urban rabies and the fact that detect the variant maintained by vampire bats Desmodus rotundus in dogs and cats shows that the role of bat rabies in the cycle is not limited to wildlife rabies. The characteristics of Lyssavirus bat adapted have been shown differences when compared to rabies related to the carnivores, confirming the need to develop methods that enable more accurate follow-up studies about the biology and epidemiology of rabies in bats. The paucity of data in the literature to date about the complete genome of the Rabies virus variant maintained by populations of vampire bats Desmodus rotundus leaves a gap in understanding the molecular epidemiology of this virus and the epidemiological importance of this species in the transmission of Rabies virus is unquestionable. In this study we sequenced and analyzed the genome of the Rabies virus variant maintained by populations of bat Desmodus rotundus isolated from a bat Desmodus rotundus. The sample, coming from an endemic area in São Paulo, was phylogenetically compared with the genome of the standard sample for spcies 1 - Rabies virus and other samples belonging to the Terrestrial and Aerial cycles of transmission, available in GenBank, to identify possible patterns of differentiating themselves Aerial cycle and in some cases linked only to variant studied.

Analisou-se 54 amostras de vírus da raiva isoladas de diferentes espécies animais e de seres humanos do Estado do Maranhão, inicialmente pelas técnicas tradicionais de imunofluorescência direta (IFD) e de inoculação intracerebral em camundongos (ICC), com o objetivo de realizar um estudo de epidemiologia da doença. No reteste, todas as amostras foram positivas na IFD e 19 resultaram negativas à ICC. O comportamento biológico dos isolados foi estudado em camundongos, revelando um período de incubação entre 7 e 17 dias, com sinais clínicos variados e duração média de 4 dias. Para a avaliação da patogenicidade, foram selecionadas cinco amostras do estudo, oriundas de diferentes espécies, como vírus de desafio nos camundongos imunizados com uma vacina comercial de vírus inativado. Os resultados do desafio indicaram que a proteção conferida pela vacina foi baixa para todas as amostras. A presença de anticorpos no soro dos camundongos vacinados foi demonstrada em diferentes períodos de vacinação. A tipificação antigênica de quatro amostras de vírus foi realizada pela imunofluorescência indireta (IFI) utilizando um painel de anticorpos monoclonais (MAbs) procedentes do Canadian Food and Inspection Agency, Ottawa, Canadá, identificando o perfil correspondente à variante de morcego hematófago Desmodus rotundus. Na caracterização genética com base nos genes que codificam a glicoproteína G e nucleoproteína N, observou-se que os isolados foram divididos em dois grupos genéticos independentes associados a ciclos endêmicos distintos. Esses resultados permitem concluir que no Estado do Maranhão circulam pelo menos duas variantes do vírus da raiva, mantidas por carnívoros terrestres e morcegos hematófagos. Destaca-se que houve variação regional entre as amostras isoladas em diferentes áreas geográficas. Além disso, foram constatados hospedeiros inesperados nos clados formados. Também, não houve variação temporal nas amostras pesquisadas. / Fifty four rabies virus samples isolated from different animal species and humans, diagnosed positive by means of the direct fluorescent antibody test (dFA) and mouse inoculation test (MIT) in the State of Maranhão were selected for an epidemiologic study. In the retest, all these samples were dFA-positive, but 19 were negative by the MIT. The biologic behavior of these samples was assessed in mice by intracerebral inoculation and the incubation period was between 7 and 17 days, showing varied clinical signs with an average duration of 4 days. For the evaluation of the pathogenicity, five rabies viruses isolated from different species were selected, and used as the challenge viruses to be inoculated into mice been vaccinated previously with an inactivated commercial rabies vaccine. The results of the challenge experiments indicated low protection of the vaccine against the challenge viruses. The presence of rabies antibody was demonstrated in the sera of vaccinated mice taken at different intervals after vaccination. The antigenic typing was performed in four samples by using the indirect fluorescent antibody test (IFI) with a panel of monoclonal antibodies (MAbs) provided by the Canadian Food and Inspection Agency, Ottawa, Canada, and the profile identified was closely related to that of the Desmodus rotundus vampire bat. The genetic characterization based on genes coding the glycoprotein G and nucleoprotein N genes indicated that isolates were divided into two independent genetic groups associated to distinct endemic cycles. With the results obtained, we conclude that in the State of Maranhão there are circulating at least two distinct variants of rabies viruses, maintained by terrestrial carnivores and vampire bats. Regional variation among the isolates taken from different geographic areas has been found. And the rabies virus isolates grouped into clades were associated with unusual host species and no temporal variation was observed among the isolates.

京都大学 / 0048 / 新制・課程博士 / 博士(医学) / 甲第20989号 / 医博第4335号 / 新制||医||1027(附属図書館) / 京都大学大学院医学研究科医学専攻 / (主査)教授 朝長 啓造, 教授 松田 文彦, 教授 小柳 義夫 / 学位規則第4条第1項該当 / Doctor of Medical Science / Kyoto University / DFAM

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The genus Tsuga is comprised of eight extant species found in North America and East Asia and four species represented by fossils from Europe and Japan. This study presents the first phylogenetic analysis based on structural, biochemical, and molecular sequence data. Characters obtained from published and unpublished literature were combined with new morphological characters from seeds, seedlings, and leaf cuticle material. Results from parsimony analyses of these characters differed from the published molecular based phylogeny. The non-molecular based phylogeny resolves two separate clades, a North American and an Asian, but did not group the western North American species, as in the molecular based analysis. Character states were traced on the trees to interpret character evolution. The combined analysis resulted in a phylogeny that differed from the previously published molecular tree by resolving a clade between T. caroliniana and T. diversifolia and placing T. dumosa outside of the Asian clade.

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