Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Geociências, 2013. / Submitted by Jaqueline Ferreira de Souza (jaquefs.braz@gmail.com) on 2014-03-24T12:20:04Z No. of bitstreams: 1 2013_MarcosVitorDumontJunior.pdf: 1395128 bytes, checksum: a52ab6efb916c235370d1cfda91bac30 (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2014-03-24T12:24:07Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2013_MarcosVitorDumontJunior.pdf: 1395128 bytes, checksum: a52ab6efb916c235370d1cfda91bac30 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-03-24T12:24:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2013_MarcosVitorDumontJunior.pdf: 1395128 bytes, checksum: a52ab6efb916c235370d1cfda91bac30 (MD5) / A família Podocnemidae é representada hoje por oito espécies viventes distribuídas na América do Sul e em Madagascar. A família também possui um rico registro fóssil, encontrado em quase todo o hemisfério sul, com uma grande variedade de formas e tamanhos, assim como uma história paleobiogeográfica complexa. Aqui nós descrevemos uma nova espécie de Podocnemidae fóssil do Mioceno-Plioceno da Formação Solimões do Brasil, Podocnemis manchineri sp. nov., baseada em um casco quase completo, uma carapaça e plastrão fragmentários e uma carapaça fragmentária, compreendendo três diferentes indivíduos. Nós analisamos esse novo táxon e outros cinco táxons conhecidos apenas por material pós-craniano em uma análise de parcimônia usando uma matriz de caracteres extraída da literatura, além de novos caracteres criados nesse estudo baseados na observação da carapaça e plastrão de vários podocnemídeos viventes e extintos. Os resultados indicam que P. manchineri está aninhada dentro do gênero Podocnemis. Nossa análise também valida a posição de outros táxons baseados em carapaças como membros do gênero Podocnemis (e. g. P. negrii¸ P. medemi e P. pritchardi), que têm sido referidos como incertae sedis dentro de Podocnemidae em outros estudos. Além disso, essa análise resolveu o táxon Stupendemys geographicus como mais relacionado ao clado que inclui Bairdemys que o clado que inclui Peltocephalus, dentro de Erymnochelyinae. Adicionalmente, pela primeira vez táxons fósseis foram recuperados (Kenyemys, apenas conhecido por cascos, e Turkanemys) entre a associação comum de Erymnochelys e Peltocephalus, constante em análises filogenéticas com base em dados morfológicos. Comparações morfológicas de material fragmentário da Formação Solimões sugerem que pelo menos um terceiro táxon de Podoncmidae fóssil poderia estar presente na Amazônia Sul-ocidental. Os resultados do presente trabalho foram submetidos ao Journal of Systematic Paleontology, apresentamos aqui o trabalho na forma em que foi submetido ao periódico.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Botânica, 2016. / Submitted by Raquel Almeida (raquel.df13@gmail.com) on 2017-06-28T19:44:07Z No. of bitstreams: 1 2016_AmandadosSantosLimaMarinho.pdf: 2787192 bytes, checksum: 2b8b45aa09206ab5a48796f2b6f506a3 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2017-08-12T00:09:37Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_AmandadosSantosLimaMarinho.pdf: 2787192 bytes, checksum: 2b8b45aa09206ab5a48796f2b6f506a3 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-12T00:09:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_AmandadosSantosLimaMarinho.pdf: 2787192 bytes, checksum: 2b8b45aa09206ab5a48796f2b6f506a3 (MD5) Previous issue date: 2017-08-11 / Espécies bipolares são aquelas que possuem ocorrência disjunta, são encontradas em áreas temperadas de altas latitudes do Hemisfério Norte e do Hemisfério Sul, frequentemente sem presença nas regiões intermediárias. Polytrichaceae é uma família de musgos acrocárpicos e Polytrichum seção Juniperifolia Brid. possui três espécies bipolares: Polytrichum piliferum Hedw, Polytrichum juniperinum Hedw. e Polytrichum strictum Menzies ex Brid. O objetivo do presente trabalho foi verificar a bipolaridade das três espécies de Polytrichum seção Juniperifolia que ocorrem na Antártica, utilizando caracteres morfológicos e moleculares. Os dados morfológicos tradicionalmente utilizados para separar as espécies foram reavalidados e outras ferramentas como a Microscopia Eletrônica de Varredura e a morfometria foram utilizadas de forma a testar novos caracteres morfológicos. A reconstrução filogenética de Polytrichaceae foi feita utilizando o marcador trnL-F e árvores filogenéticas de inferência bayesiana e verossimilhança foram apresentadas. Verificou-se que P. piliferum, P. juniperinum e P. strictum apresentam pequenas diferenças morfológicas entre os espécimes que ocorrem na região norte e na região sul, entretanto as pequenas diferenças são incapazes de separar morfologicamente os espécimes dos dois hemisférios. Na análise molecular verificou-se que os espécimes de P. piliferum são monofiléticos, corroborando a bipolaridade da espécie. P. juniperinum e P. strictum são espécies similares morfologicamente, considerando que as características morfológicas utilizadas para separá-las se sobrepõem e novos caracteres morfológicos não foram encontrados. No entanto, as análises moleculares demonstram que embora próximas geneticamente tratam-se de duas espécies diferentes, sugerindo que P.strictum possa ser uma espécie críptica. As espécies Polytrichum juniperinum e P. strictum são monofiléticas e podem ser consideradas bipolares. Desta maneira as espécies de Polytrichum seção Juniperifolia que ocorrem na Antártica são bipolares. / Bipolar species are possessed disjunct distribution, with occurence in regions temperates at high latitudes of the North Hemisphere and of the South Hemisphere, frequently absent in intermediate regions. The Polytrichaceae are a family of the acrocarpous mosses and Polytrichum sect. Juniperifolia Brid. possessed three bipolar species: Polytrichum piliferum Hedw, Polytrichum juniperinum Hedw. and Polytrichum strictum Menzies ex Brid. In this study we aim verify bipolarity of the tree species of Polytrichum sect. Juniperifolia that occur in Antarctic, utilizing morphological and molecular characters. The morphological data traditionally used to separate the species were reassessed and the others instruments as the Scanning Electron Microscopy (SEM) and morphometry were utilized to evaluate unused morphological characters. The phylogenetic reconstruction of Polytrichaceae were made using the marker trnL-F and the phylogenetic trees of bayesian analysis and likelihood analyses were presented. It was verified that P. piliferum, P. juniperinum and P. strictum present small differences morphological between the specimens that occur in northern region and southern region, however the small differences are inefficient to separate morphologically the specimens of the both hemispheres. It was verified in molecular analysis that the specimens of P. piliferum are monophyletic, corroborating bipolarity of specie. P. juniperinum and P. strictum are species morphologically similars, whereas the morphological characters used to separate them overlap and unused morphological characters weren't found. Nevertheless, the molecular analysis demonstrated which though genetically similars they are diferents species, suggesting that P. strictum can be cryptic specie. The species Polytrichum juniperinum e P. strictum are monophyletic, proving the bipolaty of both species. Thus the species of the Polytrichum sect. Juniperifolia that occur in Antarctic are bipolar.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Biologia Celular, Programa de Pós-Graduação em Biologia Molecular, 2015. / Submitted by Ana Cristina Barbosa da Silva (annabds@hotmail.com) on 2015-05-27T17:43:38Z No. of bitstreams: 1 2015_AlineBelmokdeAraujoDias.pdf: 3511355 bytes, checksum: 20e2b74a889a5764dd2f96f6be017da4 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2015-05-27T20:29:18Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2015_AlineBelmokdeAraujoDias.pdf: 3511355 bytes, checksum: 20e2b74a889a5764dd2f96f6be017da4 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-05-27T20:29:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015_AlineBelmokdeAraujoDias.pdf: 3511355 bytes, checksum: 20e2b74a889a5764dd2f96f6be017da4 (MD5) / Há quase 25 anos foi proposto que os procariotos poderiam ser divididos em dois domínios distintos: Bacteria e Archaea. As archaeas foram inicialmente associadas apenas a ambientes extremos, mas com o aumento do uso de abordagens moleculares, membros deste domínio passaram a ser detectados em diversos habitats do nosso planeta, evidenciando sua ubiquidade. Além disso, posteriormente foram identificadas archaeas com metabolismos de importância ecológica que antes acreditavam-se estar restritos a bactérias, como a oxidação de amônia. Apesar dos avanços trazidos pelas técnicas moleculares, a obtenção de cultivos laboratoriais ainda é imprescindível para a compreensão de vários aspectos da biologia dos microrganismos. No Brasil, ainda são escassos os estudos sobre Archaea nos diferentes ambientes naturais. O Cerrado é um extenso e importante bioma de nosso país, mas pouco se sabe sobre a comunidade de archaeas nos solos de suas diferentes fitofisionomias. Além disso, queimadas são eventos ecológicos importantes no Cerrado e não existem estudos sobre o seu efeito na população de archaeas de solos deste ambiente. Assim, este trabalho teve como objetivo avaliar e comparar a comunidade de Archaea em solos de Cerrado sensu stricto que não sofrem queimadas há anos e solos de áreas queimadas bienalmente, além da detecção de archaeas com potencial para oxidação de amônia nestes solos. Outro objetivo do trabalho foi a obtenção de culturas de archaeas provenientes do solo deste bioma. Amostras de solo coletadas em triplicata foram submetidas à extração de DNA total, que foi utilizado em ensaios de PCR com os iniciadores específicos para os genes rRNA 16S e amoA de Archaea. Os resultados obtidos revelaram que a grande maioria das sequências obtidas pertence aos grupos I.1b e I.1c do filo Thaumarcheota. No entanto, apesar das semelhanças encontradas nas análises realizadas, as amostras de solo da área protegida do fogo apresentaram maior abundância de thaumarchaeotas do grupo I.1c, enquanto o solo da área queimada apresentou mais sequências do grupo I.1b. Análises do gene amoA, amplificado em todas as amostras, indicaram archaeas com o potencial para a oxidação de amônia possivelmente não descritas anteriormente ocorrendo nos solos de Cerrado. Para o estabelecimento do cultivo de archaeas do solo de Cerrado, meios de cultura foram confeccionados a partir de um coado de solo e suplementados com agentes antimicrobianos. Após vários repiques, o DNA das colônias observadas foi extraído e amplificado com iniciadores para os domínios Archaea e Bacteria. A análise das sequências obtidas indicou uma cocultura entre uma bactéria do gênero Novosphingobium e uma archaea do grupo I.1c de Thaumarchaeota, que ainda não apresenta qualquer representante cultivado descrito na literatura. / It has been almost 25 years since the proposal that divided prokaryotes in two different domains: Bacteria and Archaea. The archaea were initially associated exclusively with extreme environments, but the increasing utilization of molecular approaches revealed that members of this domain were ubiquitous and could be detected in different environments on Earth. Furthermore, metabolisms of ecologic importance that were thought to be restricted to bacteria were later detected in archaea, such as the ability to oxidize ammonia. This fact highlights that, despite the advances brought by molecular approaches, cultivation of microorganisms in laboratory is still essential for understanding many aspects of their biology. Currently, there are very few studies about Archaea in the natural environments of Brazil. The Brazilian savanna, known as Cerrado, is an extensive and important biome of our country, but little is known about the Archaea community in soils of its different phytophysiognomies. Furthermore, fires are important ecological events in Cerrado and there are no studies about its effects on the Archaea populations in soils. Therefore, this study aimed to evaluate and compare the archaea community of Cerrado sensu stricto soils of an area that has long been protected from fire and another that has been submitted to biennial prescribed fires. It also aimed to detect archaea with the potential for ammonia oxidation in these soils. Another objective of this study was the establishment of archaea from Cerrado soils in culture. Soil samples were submitted to DNA extraction, which was used for PCR essays with specific primers for Archaea rRNA 16s and amoA genes. Results showed that most of the sequences obtained were from I.1b e I.1c groups of Thaumarchaeota. Despite the similarities found in the analysis, samples from the protected site showed higher abundance of I.1c thaumarchaeotes, while in samples from the frequently burned site more sequences from group I.1b were detected. Analysis of the amoA gene, which was amplified from all samples, showed that there are possibly previously undescribed archaea with ammonia oxidation potential in Cerrado soils. For the establishment of archaea cultures, culture media were made from soil filtrates and supplemented with antimicrobial agents. After several transfers, DNA extracted from the obtained colonies was used for PCR essays with specific primers for Archaea and Bacteria domains. The sequences obtained revealed a coculture between a bacteria of Novosphingobium genus and an archaea from group I.1c of Thaumarchaeota, a group that so far does not have any cultured representative described in the literature.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Biologia, Pós-Graduação em Biologia Microbiana, 2017. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2017-05-09T18:52:49Z No. of bitstreams: 1 2017_FlavianeBeatrizMarcelinoLara.pdf: 1346461 bytes, checksum: 01583701368e9d7b308ba6cc5d1928e1 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2017-05-16T19:46:51Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2017_FlavianeBeatrizMarcelinoLara.pdf: 1346461 bytes, checksum: 01583701368e9d7b308ba6cc5d1928e1 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-16T19:46:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017_FlavianeBeatrizMarcelinoLara.pdf: 1346461 bytes, checksum: 01583701368e9d7b308ba6cc5d1928e1 (MD5) Previous issue date: 2017-05-16 / Escherichia coli uropatogênica (UPEC) é marcada pela sua versatilidade genética, sendo capaz de causar infecções em diferentes níveis do trato urinário bem como sepse urinária. Este estudo teve por objetivo estudar cepas de E. coli isoladas de casos de infecção do trato urinário (ITU) e sepse urinária (SU) atendidos no Hospital Regional de Ceilândia do Distrito Federal. A presença de 15 preditores genéticos de 3 patotipos de E. coli (UPEC, EAEC e MNEC) foi testada em 401 cepas. Análises filogenéticas baseadas na determinação de filogrupos e de tipos de sequências (sequence type – ST) foram realizadas. Os preditores moleculares de UPEC foram detectados em mais de 70% das cepas. Preditores moleculares de EAEC (aatA e aggR) foram detectados em apenas 2,4% (9/377) das cepas envolvendo dois casos de cistite e um de sepse urinária (SU). Marcadores de UPEC foram estatisticamente associados a diferentes aspectos epidemiológicos e analíticos da uropatogênese. Os marcadores fyuA (sistema sideróforo), chuA (sistema sideróforo), vat (toxina vacuolizante) e pic (mucinase) foram estatisticamente associados (p < 0,05) aos casos de infecção adquiridos na comunidade. Cepas positivas para csgA (fímbria curli), chuA (sistema sideróforo) ou ag43 (adesina de agregação) mostraram associação estatística com os casos de SU. Cepas positivas para pap (pilus associado a pielonefrite) foram associadas a piúria (p = 0,000) e a presença de muco nas amostras de urina (p = 0,003). Cepas com genótipo fyuA-pap-csgA (p = 0,020) ou pap-csgA-ag43 (p = 0,000) foram associadas a casos de SU e predominantes no filogrupo D. Análises filogenéticas mostraram que duas das três cepas híbridas EAEC/UPEC estudadas foram posicionadas em um clado característico de cepas de UPEC compartilhado por cepas de filogrupo D e ST3 (filogrupo D-ST3). A outra cepa EAEC/UPEC foi classificada como filogrupo A-ST478 e posicionada em um clado distinto juntamente com uma cepa comensal. Nossos resultados endossam a heterogeneidade genética de cepas uropatogênicas mostrando padrões moleculares especificos associados a casos de SU (cepas de filogrupo D e genótipo fyuA-pap-csgA ou pap-csgA-ag43), como também a participação de cepas híbridas EAEC/UPEC de linhagens extraintestinais (filogrupo D-ST3) e intestinais (filogrupo A-ST478) como uropatógenos. / Uropathogenic Escherichia coli (UPEC) is marked by its genetic diversity and is responsible for infections in different levels of the urinary tract as well as urinary sepsis. This work aimed to study E. coli strains isolated from cases of urinary tract infections (UTI) and urosepsis that were attended in the Hospital Regional de Ceilândia in the Brazilian Federal District. Four hundred one strains were tested for the presence of 15 genetic predictors of 3 E. coli pathotypes (UPEC, EAEC and MNEC). Phylogenetic analysis based on the determination of phylogroups and sequence type (ST) were carried out. UPEC genetic predictors were detected in more than 70% of the strains. EAEC molecular predictors (aatA and aggR) were detected in only 2.4% (9/377) of the strains that were recovered from two cases of UTI and from one case of US. UPEC markers were statistically associated with distinct epidemiologic and analytic aspects of the uropathogenesis. The markers fyuA (siderophore system), chuA (siderophore system), vat (vacuolating toxin) and pic (mucinase) were statistically associated (p < 0.05) with community-onset infections. Strains positive for csgA (curli fimbria), chuA (siderophore system) or ag43 (aggregation adhesin) were associated with urosepsis cases. pap-positive strains were associated with pyuria (p = 0.000) and the presence of mucous in urine samples (p = 0.003). Strains displaying the genotype fyuA-pap-csgA (p = 0,020) or pap-csgA-ag43 (p = 0.000) were associated with urosepsis cases and were predominant in phylogroup D. Phylogenetic analysis show that two of out three studied hybrid EAEC/UPEC strains were positioned on a characteristic clade of UPEC strains that was shared by strains with phylogroup D and ST3 (phylogroup D-ST3). Another EAEC/UPEC strain was classified as phylogroup A-ST478 and was positioned on a different clade along with a commensal strain. Our findings endorse the genetic heterogeneity displayed by uropathogenic strains showing specific molecular pattern associated with urosepsis cases (strains displaying phylogroup D and genotype fyuA-pap-csgA or pap-csgA-ag43) as well as the participation of hybrid EAEC/UPEC strains from both extraintestinal (phygroup D-ST3) and intestinal lineages as uropathogens.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Botânica, Programa de Pós-Graduação em Botânica, 2017. / Submitted by Raquel Almeida (raquel.df13@gmail.com) on 2017-06-29T20:34:50Z No. of bitstreams: 1 2016_AllanLaidAlkimimFaria.pdf: 2365940 bytes, checksum: 5e315448f7e365841fefb439b9b9318c (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2017-08-03T21:41:57Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_AllanLaidAlkimimFaria.pdf: 2365940 bytes, checksum: 5e315448f7e365841fefb439b9b9318c (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-03T21:41:57Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_AllanLaidAlkimimFaria.pdf: 2365940 bytes, checksum: 5e315448f7e365841fefb439b9b9318c (MD5) Previous issue date: 2017-08-03 / As ilhas oceânicas são formadas por vulcanismo e não estão conectadas ao continente. São importantes pois tratam-se de verdadeiros laboratórios e testemunhos bioevolutivos, bem como para estudos em ecologia e evolução, pontes de distribuição de muitas espécies e, em geral, com grande incidência de endemismos. Trindade é uma ilha oceânica brasileira localizada a cerca de 1.100 Km da cidade de Vitória (ES), erguida há aproximadamente 3 milhões de anos por vulcanismo na zona abissal do Atlântico. A flora da ilha é composta por 113 espécies vasculares e 32 espécies de briófitas. As populações de Campylopus (Bryophyta) e Cyathea (Monilophyta) da Ilha da Trindade apresentaram diferenças morfológicas quando comparados com seus pares continentais. Essa última era tida como espécie distinta das do continente e endêmica da Ilha, no entanto foi sinonimizada com C. delgadii Sternb. O objetivo desse trabalho é estudar as populações de Campylopus e Cyathea da Ilha da Trindade a fim de melhor entender a utilidade taxonômica das variações morfológicas encontradas entre as populações insulares e seus pares continentais. Para tanto a tese está subdividida em dois capítulos. O primeiro aborda a filogenia molecular de Campylopus Brid. da Ilha da Trindade baseada em Inferências filogenéticas dos espaçadores nucleares ribossômicos internos e três marcadores plastídiais, que mostram que as populações de Campylopus pilifer da ilha estão agrupadas com C. introflexus e as C. fragilliformis está agrupada com a espécies de C. occultus. A re-investigação de caracteres morfológicos confirma que as populações da Ilha da Trindade pertencem a estas espécies. Com base em relações filogenéticas, tanto C. introflexus e C. occultus provavelmente chegaram a Ilha da Trindade orinudos da América do Sul. O segundo capítulo refere-se à Cyathea Sm. A espécie insular possui pequenas diferenças morfológicas no indúsio e indumento, no entanto, essas distinções morfológicas que ocorrem nos táxons têm sido consideradas insignificantes no nível de endemismo. As inferências filogenéticas de três marcadores plastídiais junto com as análises morfométricas, observações dos esporos em microscopia eletrônica de varredura e características morfológicas mostram que são consistentes com o reconhecimento de uma única espécie. Porém, os espécimes do litoral e as do interior do Brasil apresentaram variações quanto às diferenças morfológicas. / Oceanic islands are formed by volcanism and are not connected to the mainland. They are important because they represent real laboratories and bioevolutive testimonies and also for studies in ecology and evolution, distribution of bridges and present many species with high rates of endemism. Trindade is a Brazilian oceanic island located about 1,100 km from the city of Vitória (ES), originated around 3 million years ago in the abyssal zone of the Atlantic. The flora of the island consists of 113 vascular species and 32 species of bryophytes. Populations of Campylopus (Bryophyta) and Cyathea (Monilophyta) from Trindade Island presented morphological differences when compared with their continental peers. The latter was regarded as a distinct species from the continent and endemic to the island, however, it was synonymized with C. delgadii Sternb. The aim of this work was to study populations of Campylopus and Cyathea from Trindade Island in order to better understand the taxonomic utility of morphological variations found between island populations and their continental peers and identify which populations of the continent are providing diaspores to Trindade. Therefore, the thesis is divided into two chapters. The first deals with the molecular phylogeny of Campylopus Brid. from Trindade Island based on phylogenetic inferences of internal ribosomal nuclear and three plastid markers, which show that the populations of Campylopus pilifer from island are grouped with C. introflexus, and C. fragilliformis is grouped with the species C. occultus. A reinvestigation of morphological characters confirms that the populations from Trindade Island belong to these species. Based on phylogenetic relationships, both C. introflexus and C. occultus probably reached Trindade from continental South America. The second chapter refers to Cyathea Sm. The island specimen has small morphological differences in indusium and indument, however, these morphological differences that occur in taxa have been considered insignificant in terms of endemism. Phylogenetic inference from three plastid markers along with the morphometric analysis, observations of spores in scanning electron microscopy and morphological characteristics show that these features are consistent with the recognition of a single species. However, specimen from the coast and the interior of Brazil showed variations in the morphological differences.

Dados da Organização Mundial da Saúde (OMS) mostram que a raiva é um problema de saúde pública podendo acarretar sérios prejuízos ambientais e econômicos, a despeito da existência de vacinas eficazes de uso humano e veterinário. Segundo seu último informe, estima-se que no mundo em torno de 55.000 pessoas por ano morrem de raiva. O cão permanece como principal transmissor da raiva para o homem e também como principal vítima da doença. Nos países que conseguiram controlar a raiva em animais domésticos, o vírus se mantém circulante na natureza por meio dos animais silvestres, sendo os morcegos apontados como a segunda espécie transmissora da raiva a humanos. Os Lyssavirus têm sido detectados em morcegos, em diversos continentes, sendo identificados como transmissor em dez das onze espécies de Lyssavirus. Fósseis de morcego mostram sua presença há 50 milhões de anos. Mas somente em 1911, Carini relacionou pela primeira vez a raiva aos morcegos, levantando a hipótese destes serem os transmissores da doença a outros animais. Há registros de que o vírus da raiva foi isolado em pelo menos 41 das 167 espécies de morcegos brasileiras, sendo que a maioria dessas espécies está relacionada a atividades humanas com a presença destes animais próximos ao local de trabalho e moradia das pessoas. Os morcegos hematófagos Desmodus rotundus são encontrados do norte do México até a costa norte do Chile, região central da Argentina e costa do Uruguai e com exceção do Chile. Esta espécie de morcego tem sido apontada como reservatório natural do vírus da raiva nesta região. Alguns pesquisadores observaram que a raiva em morcegos não hematófagos precede a raiva bovina e em animais de estimação, sugerindo que os morcegos não hematófagos podem ser o elo entre a raiva silvestre e a raiva urbana e o fato de se detectar a variante mantida por morcegos hematófagos Desmodus rotundus em cães e gatos mostra que o papel deste morcego no ciclo da raiva não está limitado à raiva silvestre. As características dos Lyssavirus adaptados a morcegos têm mostrado diferenças quando comparadas à raiva relacionada aos carnívoros, confirmando a necessidade do desenvolvimento de metodologias que permitam estudos complementares mais precisos a respeito da biologia e epidemiologia da raiva em quirópteros. A escassez de dados na literatura, até o momento, a respeito do genoma completo da variante do vírus da raiva mantida por populações de morcegos hematófagos Desmodus rotundus, deixa uma lacuna no entendimento da epidemiologia molecular deste vírus. A importância epidemiológica desta espécie na transmissão da raiva é inquestionável. Neste estudo foi sequenciado e analisado, o genoma da variante do vírus da raiva mantido por populações de morcego hematófago Desmodus rotundus isolado de um morcego hematófago Desmodus rotundus. A amostra, procedente de área endêmica no Estado de São Paulo, foi filogeneticamente comparada com o genoma da amostra padrão para a espécie viral 1 - Rabies virus e outras amostras pertencentes ao ciclo aéreo ou terrestre de transmissão, disponíveis no GenBank, identificando possíveis padrões de diferenciação, próprios do ciclo aéreo, e em alguns casos relacionados somente à variante estudada. / Data from the World Health Organization (WHO) show that rabies is a public health problem which can cause serious environmental and economic damage, despite the existence of effective vaccines for human and veterinary use. According to WHO latest report, estimated that worldwide around 55,000 people per year died of rabies. The dog remains the main transmitter of rabies to humans as well as the main victim of the disease. In countries that were successful in controlling rabies in domestic animals, the virus is still circulating in nature by wild animals and the bats are seen as the second species transmitting rabies to humans. The Lyssavirus have been detected in bats in several continents and is identified as a transmitter in ten of eleven species of Lyssavirus. Bat fossils show their presence for 50 million years. But only in 1911, in the first time Carini related to rabies at bats, raising the possibility of these being the transmitters of the disease to other animals. Reports show that the Rabies virus was isolated in at least 41 of the 167 species of bats in Brazil, with the majority of these species is related to human activities with the animals living near the local job and houses of people. The vampire bat Desmodus rotundus is found from northern Mexico to northern Chile coast, central coast of Argentina and Uruguay and with the exception of Chile. This bat species has been identified as a natural reservoir of the Rabies virus in this region. Some researchers observed that rabies into non-hematophagous bats precedes the bovine rabies and in pets, suggesting that the non-hematophagous bats may be the link between wildlife rabies and urban rabies and the fact that detect the variant maintained by vampire bats Desmodus rotundus in dogs and cats shows that the role of bat rabies in the cycle is not limited to wildlife rabies. The characteristics of Lyssavirus bat adapted have been shown differences when compared to rabies related to the carnivores, confirming the need to develop methods that enable more accurate follow-up studies about the biology and epidemiology of rabies in bats. The paucity of data in the literature to date about the complete genome of the Rabies virus variant maintained by populations of vampire bats Desmodus rotundus leaves a gap in understanding the molecular epidemiology of this virus and the epidemiological importance of this species in the transmission of Rabies virus is unquestionable. In this study we sequenced and analyzed the genome of the Rabies virus variant maintained by populations of bat Desmodus rotundus isolated from a bat Desmodus rotundus. The sample, coming from an endemic area in São Paulo, was phylogenetically compared with the genome of the standard sample for spcies 1 - Rabies virus and other samples belonging to the Terrestrial and Aerial cycles of transmission, available in GenBank, to identify possible patterns of differentiating themselves Aerial cycle and in some cases linked only to variant studied.

Dados da Organização Mundial da Saúde (OMS) mostram que a raiva é um problema de saúde pública podendo acarretar sérios prejuízos ambientais e econômicos, a despeito da existência de vacinas eficazes de uso humano e veterinário. Segundo seu último informe, estima-se que no mundo em torno de 55.000 pessoas por ano morrem de raiva. O cão permanece como principal transmissor da raiva para o homem e também como principal vítima da doença. Nos países que conseguiram controlar a raiva em animais domésticos, o vírus se mantém circulante na natureza por meio dos animais silvestres, sendo os morcegos apontados como a segunda espécie transmissora da raiva a humanos. Os Lyssavirus têm sido detectados em morcegos, em diversos continentes, sendo identificados como transmissor em dez das onze espécies de Lyssavirus. Fósseis de morcego mostram sua presença há 50 milhões de anos. Mas somente em 1911, Carini relacionou pela primeira vez a raiva aos morcegos, levantando a hipótese destes serem os transmissores da doença a outros animais. Há registros de que o vírus da raiva foi isolado em pelo menos 41 das 167 espécies de morcegos brasileiras, sendo que a maioria dessas espécies está relacionada a atividades humanas com a presença destes animais próximos ao local de trabalho e moradia das pessoas. Os morcegos hematófagos Desmodus rotundus são encontrados do norte do México até a costa norte do Chile, região central da Argentina e costa do Uruguai e com exceção do Chile. Esta espécie de morcego tem sido apontada como reservatório natural do vírus da raiva nesta região. Alguns pesquisadores observaram que a raiva em morcegos não hematófagos precede a raiva bovina e em animais de estimação, sugerindo que os morcegos não hematófagos podem ser o elo entre a raiva silvestre e a raiva urbana e o fato de se detectar a variante mantida por morcegos hematófagos Desmodus rotundus em cães e gatos mostra que o papel deste morcego no ciclo da raiva não está limitado à raiva silvestre. As características dos Lyssavirus adaptados a morcegos têm mostrado diferenças quando comparadas à raiva relacionada aos carnívoros, confirmando a necessidade do desenvolvimento de metodologias que permitam estudos complementares mais precisos a respeito da biologia e epidemiologia da raiva em quirópteros. A escassez de dados na literatura, até o momento, a respeito do genoma completo da variante do vírus da raiva mantida por populações de morcegos hematófagos Desmodus rotundus, deixa uma lacuna no entendimento da epidemiologia molecular deste vírus. A importância epidemiológica desta espécie na transmissão da raiva é inquestionável. Neste estudo foi sequenciado e analisado, o genoma da variante do vírus da raiva mantido por populações de morcego hematófago Desmodus rotundus isolado de um morcego hematófago Desmodus rotundus. A amostra, procedente de área endêmica no Estado de São Paulo, foi filogeneticamente comparada com o genoma da amostra padrão para a espécie viral 1 - Rabies virus e outras amostras pertencentes ao ciclo aéreo ou terrestre de transmissão, disponíveis no GenBank, identificando possíveis padrões de diferenciação, próprios do ciclo aéreo, e em alguns casos relacionados somente à variante estudada. / Data from the World Health Organization (WHO) show that rabies is a public health problem which can cause serious environmental and economic damage, despite the existence of effective vaccines for human and veterinary use. According to WHO latest report, estimated that worldwide around 55,000 people per year died of rabies. The dog remains the main transmitter of rabies to humans as well as the main victim of the disease. In countries that were successful in controlling rabies in domestic animals, the virus is still circulating in nature by wild animals and the bats are seen as the second species transmitting rabies to humans. The Lyssavirus have been detected in bats in several continents and is identified as a transmitter in ten of eleven species of Lyssavirus. Bat fossils show their presence for 50 million years. But only in 1911, in the first time Carini related to rabies at bats, raising the possibility of these being the transmitters of the disease to other animals. Reports show that the Rabies virus was isolated in at least 41 of the 167 species of bats in Brazil, with the majority of these species is related to human activities with the animals living near the local job and houses of people. The vampire bat Desmodus rotundus is found from northern Mexico to northern Chile coast, central coast of Argentina and Uruguay and with the exception of Chile. This bat species has been identified as a natural reservoir of the Rabies virus in this region. Some researchers observed that rabies into non-hematophagous bats precedes the bovine rabies and in pets, suggesting that the non-hematophagous bats may be the link between wildlife rabies and urban rabies and the fact that detect the variant maintained by vampire bats Desmodus rotundus in dogs and cats shows that the role of bat rabies in the cycle is not limited to wildlife rabies. The characteristics of Lyssavirus bat adapted have been shown differences when compared to rabies related to the carnivores, confirming the need to develop methods that enable more accurate follow-up studies about the biology and epidemiology of rabies in bats. The paucity of data in the literature to date about the complete genome of the Rabies virus variant maintained by populations of vampire bats Desmodus rotundus leaves a gap in understanding the molecular epidemiology of this virus and the epidemiological importance of this species in the transmission of Rabies virus is unquestionable. In this study we sequenced and analyzed the genome of the Rabies virus variant maintained by populations of bat Desmodus rotundus isolated from a bat Desmodus rotundus. The sample, coming from an endemic area in São Paulo, was phylogenetically compared with the genome of the standard sample for spcies 1 - Rabies virus and other samples belonging to the Terrestrial and Aerial cycles of transmission, available in GenBank, to identify possible patterns of differentiating themselves Aerial cycle and in some cases linked only to variant studied.

Nós isolamos e seqüenciamos genes que codificam Catepsina L-like em diversos isolados de T.rangeli de humano, mamíferos silvestres e Rhodnius spp., do centro e sul da América. Análises filogenéticas de seqüências que codificam a proteína madura de T. rangeli, outras espécies de Trypanosoma e Leishmania e duas espécies de bodonídeos, posicionaram T.rangeli próximo a T.cruzi de acordo com a ordem de divergência determinada em filogenias baseadas em SSUrDNA. Uma análise de 17 seqüências do domínio catalítico de CatL-like de isolados representativos da diversidade filogenética e distribuição geográfica de T. rangeli, apoiaram as mesmas linhagens filogenéticas previamente definidas. Seqüências do gene CatL-like também foram usados para padronizar ensaios de PCR para diagnóstico de T. cruzi e T. rangeli. Além disso, um método de genotipagem por PCR multiplex segregou os isolados de T. rangeli nas principais linhagens previamente estabelecidas. Este é o primeiro estudo usando um gene codificador de proteína para comparar isolados de T. rangeli de linhagens distintas. / We have isolated and sequenced genes encoding cathepsin L-like (CatL-like) cysteine proteases from isolates of T. rangeli from human, wild mammals and Rhodnius spp., from Central and South America. Phylogenetic analysis of sequences encoding the mature CatL-like enzymes from T. rangeli (Rangelipain), other Trypanosoma and Leishmania species, and two species of bodonids, positioned T. rangeli closest to T. cruzi corroborating the same order of divergence showed in phylogenies based on SSU rDNA. Analysis of 17 sequences of the catalytic domains of CatL-like genes isolates representative of the phylogenetic diversity and geographical range of T.rangeli supported previously defined phylogenetic lineages. Sequences of CatL-like genes were used to standardize PCR assays for the diagnosis of T. rangeli and T. cruzi, and a genotyping method of multiplex-PCR distributed of isolates of T. rangeli in the major phylogenetic lineages previously established. This is the first study using protein-encoding genes to compare isolates from T. rangeli of distinct lineages.

Nós isolamos e seqüenciamos genes que codificam Catepsina L-like em diversos isolados de T.rangeli de humano, mamíferos silvestres e Rhodnius spp., do centro e sul da América. Análises filogenéticas de seqüências que codificam a proteína madura de T. rangeli, outras espécies de Trypanosoma e Leishmania e duas espécies de bodonídeos, posicionaram T.rangeli próximo a T.cruzi de acordo com a ordem de divergência determinada em filogenias baseadas em SSUrDNA. Uma análise de 17 seqüências do domínio catalítico de CatL-like de isolados representativos da diversidade filogenética e distribuição geográfica de T. rangeli, apoiaram as mesmas linhagens filogenéticas previamente definidas. Seqüências do gene CatL-like também foram usados para padronizar ensaios de PCR para diagnóstico de T. cruzi e T. rangeli. Além disso, um método de genotipagem por PCR multiplex segregou os isolados de T. rangeli nas principais linhagens previamente estabelecidas. Este é o primeiro estudo usando um gene codificador de proteína para comparar isolados de T. rangeli de linhagens distintas. / We have isolated and sequenced genes encoding cathepsin L-like (CatL-like) cysteine proteases from isolates of T. rangeli from human, wild mammals and Rhodnius spp., from Central and South America. Phylogenetic analysis of sequences encoding the mature CatL-like enzymes from T. rangeli (Rangelipain), other Trypanosoma and Leishmania species, and two species of bodonids, positioned T. rangeli closest to T. cruzi corroborating the same order of divergence showed in phylogenies based on SSU rDNA. Analysis of 17 sequences of the catalytic domains of CatL-like genes isolates representative of the phylogenetic diversity and geographical range of T.rangeli supported previously defined phylogenetic lineages. Sequences of CatL-like genes were used to standardize PCR assays for the diagnosis of T. rangeli and T. cruzi, and a genotyping method of multiplex-PCR distributed of isolates of T. rangeli in the major phylogenetic lineages previously established. This is the first study using protein-encoding genes to compare isolates from T. rangeli of distinct lineages.

O Vírus Respiratório Sincicial Humano (HRSV) é considerado o principal causador de doenças agudas do trato respiratório inferior durante a infância, sendo o principal responsável por um elevado índice de hospitalização de crianças com até cinco anos de idade. Possui distribuição mundial, podendo acometer todas as faixas etárias, entretanto as crianças de 6 semanas a 9 meses são as que desenvolvem problemas mais sérios, como pneumonia e bronquiolite. A epidemia de HRSV apresenta uma sazonalidade bem clara, ocorrendo anualmente no período de outono tardio, inverno ou início da primavera, mas não durante o verão. No presente estudo foi realizada a análise da região G2 da glicoproteína G do HRSV. Um total de 44 amostras positivas para o HRSV do Hospital Universitário (HU) da Universidade de São Paulo (USP), nos anos de 2007-2008, foram seqüenciadas e posteriormente analisadas, sendo então comparadas com seqüências obtidas do NCBI/GeneBank. A análise filogenética mostrou que os genótipos GA2 e GA5, do grupo A, foram os predominantes nos anos de 2007 e 2008, alternando o padrão verificado nos anos anteriores, onde os genótipos do grupo B foram altamente predominantes. A comparação das mutações sinônimas e não sinônimas mostrou uma grande evidência de seleção positiva nos genótipos GA2 e GA5 do grupo A. / Human Respiratory Syncytial Virus (HRSV) is considered the most common cause of lower respiratory tract disease in infants and young children and are the main guilty for the elevated children hospitalizations rate under 5 years of age. The HRSV has a world-wide distribution, being able to attack all the ages however the 6 weeks to 9 months children of are the ones that develop more serious problems as pneumonia and bronquiolite. The HRSV outbreak presents a well defined season, occurring annually in the delayed falls period, winter or springs beginning, but not during the summer. In the present study, we performed a phylogenetic analysis from G2 region of HRSV G glycoprotein. Forty four samples positive for HRSV from University Hospital (UH) of University of Sao Paulo (USP) in 2007-2008, were submitted to sequencing by PCR and compared with GenBank sequences. Phylogenetic analysis revealed that HRSV group A genotypes GA2 and GA5 was the predominant in 2007-2008, alternating the standard verified in the previous years, where the group B genotypes had been highly predominant. Comparison of the synonymous/nonsynonymous mutation ratios showed greater evidence for positive selection pressure for group A genotypes GA2 and GA5.