Abstract This diploma thesis focuses on processes that structure desmid communities. Phylogenetic structure of communities helps to reveal those processes. Phylogenetic structures links ecology of communities and evolutionary history of species in those communities. Totally I analysed 89 desmid communities. Most of them were phylogenetically structured, which agrees with the hypothesis that communities are structured by classical niche-related processes, such as competition and environmental filtering. Usage of environmental information showed the influence of pH on the community structure. Low pH acts as a strong environmental filter. Under the influence of this filter communities are composed of closely relates species. In the absence of this filter communities are structured by competition. Localities with higher pH host communities of distantly related species - phylogenetically overdispersed. There was found no influence of conductivity and geographical distance on phylogenetic structure of desmids communities. Key words: phylogenetic structure, desmids, Desmidiales, environmental filtering, pH

Abordagens integrativas considerando diferentes dimensões da diversidade (p.ex., taxonômica, funcional, ou filogenética) cada vez mais estão sendo utilizadas para (1) avançar o nosso conhecimento sobre os mecanismos que criam e mantém a biodiversidade, e (2) elucidar a distribuição da biodiversidade tanto em áreas geográficas de interesse como dentro de áreas protegidas. De fato, entender como a biodiversidade se distribui no espaço e como ela é mantida ao longo do tempo é fundamental para embasar o planejamento de áreas protegidas e corredores ecológicos, assim como auxiliar no manejo de espécies invasoras, restauração de habitats degradados e manejo de ecossistemas. Nessa perspectiva, os objetivos centrais desta tese foram: (1) avaliar os mecanismos ecológicos e evolutivos, que potencialmente influenciam a diversidade beta taxonômica e filogenética de árvores nas florestas Atlânticas do sul do Brasil, e (2) avaliar como os componentes taxonômicos e filogenéticos se distribuem ao longo destas florestas, e como eles são representados dentro da rede regional de áreas protegidas. Para tal, utilizei modelagem de equações estruturais (capítulo 1) para testar a validade de uma rede de hipóteses ligando dados e teoria. No capítulo 1, avaliei a relação entre a diversidade beta taxonômica e filogenética, e como elas se relacionam com a riqueza de espécies, filtragem ambiental, espaço geográfico e estrutura filogenética (agrupamento filogenético). Nesse capítulo, concluí que a diversidade beta taxonômica é influenciada principalmente pelos gradientes altitudinais e climáticos, enquanto que a diversidade beta filogenética é determinada também pelo grau de agrupamento filogenético, em nível local, que provavelmente reflete o conservadorismo de nicho dentro das linhagens e distúrbio humano, que historicamente tem conduzido as florestas estudadas a um processo de homogeneização biótica. Em relação ao segundo objetivo, utilizei uma abordagem integrativa para predizer e mapear os componentes taxonômicos e filogenéticos da diversidade de árvores e, em seguida, avaliar a efetividade da rede de áreas protegidas em representar tais componentes nas florestas Atlânticas do sul Brasil. Nesse capítulo, concluí que as áreas protegidas são insuficientes para preservar adequadamente a biodiversidade de árvores nestas florestas. Sugeri que a expansão da rede em direção as áreas de alta singularidade taxonômica e filogenética, como definidas aqui, poderia aumentar, ao mesmo tempo, a representação da riqueza de espécies, da diversidade beta e da história evolutiva das espécies estudadas. Sugeri também que a inclusão de áreas de alta insubstituibilidade, em termos de história evolutiva, poderia ajudar a aumentar a proteção da diversidade de características e do potencial evolutivo das espécies. / Integrative approaches considering different dimensions of biodiversity are increasingly being used in ecology and conservation to (1) advance our knowledge about the mechanisms underlying current patterns of biological diversity, and (2) elucidate the distribution of biodiversity in geographical areas of interest, and within the protected areas. Indeed, understanding how biodiversity is distributed in space and how it is maintained over time is critical to support the planning of protected areas and ecological corridors as well as assist the management of invasive species, the restoration of degraded areas and ecosystem management. In this perspective, the central goals of this thesis were: (1) to evaluate the ecological and evolutionary mechanisms that potentially influence the tree taxonomic and phylogenetic beta diversity in Atlantic forests located in southern Brazil, and (2) to evaluate how the taxonomic and phylogenetic diversity components are distributed across these forests, and how they are represented within the regional network of protected areas. For this, I used structural equation modeling (chapter 1) to test the validity of a network of hypotheses linking data and theory. In the chapter 1, I evaluate the relationship between taxonomic and phylogenetic beta diversity, and how they are related to species richness, environmental filtering, geographical space and phylogenetic structure (phylogenetic clustering). In this chapter, I conclude that taxonomic beta diversity (at the study scale) is mainly driven by the altitudinal and climatic gradients, while phylogenetic beta diversity is also determined by the degree of phylogenetic clustering at local level, more likely reflecting niche conservatism within lineages and human disturbance that has historically conducted the studied forests to a process of biotic homogenization. In relation to the second goal, I used an integrative approach to predict and map the taxonomic and phylogenetic components of tree diversity, and to assess the effectiveness of the protected areas network in representing these components in the Atlantic forests. In this chapter, I conclude that protected areas are insufficient to adequately preserve the tree biodiversity in these forests. I suggest that expanding the network towards the areas of taxonomic and phylogenetic uniqueness, as defined here, could increase the representation of species richness, beta diversity and evolutionary history of angiosperm trees at the same time. Furthermore, the inclusion of areas of high irreplaceability in terms of evolutionary history could help to improve the protection of feature diversity and evolutionary potential of species.

Desmids are an important part of the phytobenthos in the wetland ecosystems. These ecosystems are often ephemeral and changes in the hydrological regime is a typical characterisic of this habitat type. Dessication is a significant stress factor that affects water organisms. Different species differ in their extent of tolerance to dessication stress and it can affect their community structure and also their phylogenetic diversity. Two sites, the nature reserve Borkovická Blata and the nature locality Na Plachtě, were selected for this work. Ephemeral (seasonally dessicating) and permanent pools differed in the structure of desmid communities but the difference was signifacant only for Borkovická blata. At both localities, the samples from the dessicating pools showed in average lower species richness and Shannon's diversity index than samples from non-dessicating pools, but the differences between these groups of samples were not statistically significant. Phylogenetic analysis showed that the desmids community were phylogenetically overdispersed; closely related species tended to not appear together on the same sites at both localities. The difference in the phylogenetic structure between ephemeral and permanent was detected only in the Borkovická blata site, where the ephemeral pools exhibited weaker...

Made available in DSpace on 2016-12-12T20:12:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 PGEF15MA042.pdf: 1375553 bytes, checksum: f93a1c6bfaca22be5ac8fae40f160f3c (MD5) Previous issue date: 2015-06-16 / The present dissertation aimed to understand the functional, phylogenetic and the floristic-structural organization of the tree component, along a topographic gradient in a forest in Upper Uruguay River region. Information of this nature is critical for the definition of conservation plans, since it allows inferences about the ecological strategies of species to occupy different environmental conditions. For this, 50 10 × 20 m permanent plots were allocated along different topographic sectors (lower, middle, upper), where all individual tree species with circumference at breast height (cbh) equal to or greater than 15.7 cm had the cbh measured, the height estimated and the botanical identity determined. For the 20 most abundant species, the following functional traits were determined: basic wood density, maximum potential height, leaf area, specific leaf area,leaves lifespan, regeneration and dispersal guilds. The floristic-structural organization was analyzed through Shannon (H ) and Pielou (J) Indices, NMDS (Non-metric Multidimensional Scaling), Permutational Multivariate Analysis of Variance (PERMANOVA), Indicator Species Analyzes and contingency table. The functional traits were analyzed by Rao Q Index and community weight means values for plots (CWM). The phylogenetic structure was 18 determined by Mean Pairwise Distance analysis and K statistic of phylogenetic signal. The functional and phylogenetic structures were compared among sectors by Analysis of Variance, for normal distributions, or Kruskal-Wallis, for non-normal distributions, followed by post hoc tests. The results demonstrated that the tree component showed floristic-structural and ecological strategies variations in function of topographic sectors. The taxonomic, functional and phylogenetic diversity was lower in the lower sector, with predominance of trees with low wood density, large leaves, with smaller values of specific leaf area, than sectors situated at upper positions in the terrain. It was concluded that the topography represented an important source of heterogeneity of the tree component in small spatial scale. The capacity of species occupy different sectors in relief was influenced by their functional traits, reflecting different ecological strategies, which are partly phylogenetically conserved / A presente dissertação teve como principal objetivo entender a organização florística-estrutural, funcional e filogenética do componente arbóreo, ao longo de um gradiente topográfico, em uma floresta na região do Alto Rio Uruguai. Informações desta natureza são fundamentais para a definição de planos de conservação, uma vez que permitem inferências sobre as estratégias ecológicas das espécies para se desenvolverem em condições ambientais distintas.Para isto, foram alocadas 50 parcelas permanentes de 10 × 20m, ao longo de diferentes setores topográficos (inferior, intermediário e superior), onde todos os indivíduos arbóreos com circunferência na altura do peito (CAP) maior ou igual a 15,7 cm, tiveram a CAP medida, a altura estimada e identidade botânica determinada. Para as 20 espécies mais abundantes, foram determinados os seguintes atributos funcionais: densidade básica da madeira, altura máxima potencial, área foliar, área foliar específica, regime de renovação foliar, guildas de regeneração e de dispersão.A organização florística-estrutural foi analisada por meio dos índices de Shannon (H ) e de Pielou (J), NMDS (Escalonamento Multidimensional Não-métrico), Análise de Variância Multivariada Permutacional (PERMANOVA), Análise de Espécies Indicadoras e tabela de contingência. Os atributos funcionais foram analisados por meio do índice de Rao Q e os valores médios dos atributos ponderados para comunidade em cada parcela (CWM). A estrutura filogenética foi determinada por meio da análise de Mean Pairwise Distance (MPD) e pela estatística K para sinal filogenético de atributos funcionais. As estruturas funcional e filogenética foram comparadas entre setores por meio de Análise de Variância, para distribuição normal, ou Kruskal-Wallis, para distribuições não-normais, com testes post hoc.Os resultados demonstraram que o componente arbóreo apresentou variações florísticas-estruturais e de estratégias ecológicas em função dos setores topográficos. A diversidade taxonômica, funcional e filogenética foi menor no Setor inferior, que apresentou a predominância indivíduos com baixa densidade da madeira, folhas maiores e com menor área foliar específica, em relação as posições mais elevadas no relevo. Conclui-se que a topografia representou uma importante fonte de heterogeneidade do componente arbóreo em pequena escala espacial. A capacidade das espécies ocuparem diferentes setores no relevo foi influenciada por seus atributos funcionais, refletindo diferentes estratégias ecológicas, que, em parte são filogeneticamente conservadas

Background: Tropical sand dunes are ideal systems for understanding drivers of community assembly as dunes are subject to both deterministic and stochastic processes. However, studies that evaluate the factors that mediate plant community assembly in these ecosystems are few. Aims: We evaluated phylogenetic community structure to elucidate the role of deterministic and stochastic processes in mediating the assembly of plant communities along the north of the Yucatan Peninsula, Mexico. Methods: We used plastid genetic markers to evaluate phylogenetic relationships in 16 sand-dune communities. To evaluate the role of climate in shaping plant community structure we carried out linear regressions between climatic variables and mean phylogenetic distance. We estimated the Net Relatedness Index and Nearest Taxon Index to identify ecological processes mediating community assembly. Results: Observed phylogenetic structure was not different from random, suggesting that stochastic processes are the major determinants of community assembly. Climate was slightly correlated with phylogenetic diversity suggesting that abiotic environment plays a minimal role in community assembly. Conclusions: Random assembly appears to be the primary factor structuring the studied sand dune plant communities. Environmental filters may represent a secondary factor contributing to the observed phylogenetic structure. Thus, both processes may act simultaneously to mediate the assembly of sand-dune plant communities.

A busca de padrões consistentes na natureza tem sido a principal meta dos ecólogos. Essa dissertação teve como objetivo usar abordagens filogenéticas na tentativa de compreender melhor o processo ecológico da expansão florestal sobre áreas abertas. O uso da informação filogenética em análises ecológicas considera as espécies não independentes umas das outras, pois estas compartilham grande parte da história evolutiva. Essa hierarquia de organização das espécies é muito importante para determinar as regras que governam os processos de montagem das comunidades locais. Nesta dissertação foram avaliados padrões filogenéticos de estruturação da vegetação lenhosa florestal ocorrente em ecótonos de áreas abertas com vegetação florestal distribuídos em diferentes regiões do extremo sul do Brasil. Estes ecótonos são formados por diversas formações florestais, as quais tendem a expandir sobre as áreas abertas. Dados sobre composição de espécies provieram de estudos já realizados e de amostragens em alguns sítios. Duas métricas filogenéticas complementares foram usadas para avaliar a estrutura filogenética em cada categoria de habitat nos ecótonos: índice de parentesco líquido (NRI) e coordenadas principais da estrutura filogenética (PCPS). As análises dos valores de NRI não mostraram um padrão nítido de estruturação filogenética das comunidades. Já a análise dos PCPS mostrou padrões consistentes nas três escalas espaciais abordadas e independente da composição de espécies. Clados basais associaram-se às áreas florestais, enquanto clados de diversificação recente associaram-se às áreas abertas. Estes resultados indicam que áreas abertas atuam como um filtro filogenético de habitat para as espécies lenhosas florestais em todos os locais analisados, independentemente da escala e da composição de espécies de cada local. Os resultados sugerem que os clados de Rosanae e Asteranae estão na linha de frente do processo de expansão florestal sobre as áreas abertas, e o clado de Magnolianae restrito às áreas florestais. A busca por padrões gerais de organização das comunidades ecológicas a partir de sua estrutura filogenética parece consistir numa ferramenta útil para a exploração e entendimento sobre o funcionamento de sistemas ecológicos. Estas abordagens poderiam beneficiar estratégias de gerenciamento e conservação destes sistemas, por simplificarem sistemas ecológicos complexos e por mostrarem padrões gerais independentes da escala espacial analisada. / The search for consistent patterns in nature has been a major goal of ecologists. This study aimed to employ phylogenetic analyses to improve the understanding of an ecological process, the expansion of forest expansion over open areas. The use of evolutionary information considers species as not independent units in relation to each other, as they share their evolutionary history. Such hierarchical organization of species is very important to determine the rules governing assembly processes in local communities. Phylogenetic approaches were used to evaluate phylogenetic patterns in forest woody vegetation occurring in ecotones comprising open areas and forest vegetation, and distributed across different regions in the southernmost Brazilian region. Those ecotones are composed by different forest vegetation types, which tend to expand over open areas. Data on species composition were compiled from previous studies, and vegetation sampling was carried out in sites without available information on species composition in ecotones. Two complementary phylogenetic metrics were used to evaluate the phylogenetic structure in each habitat type occurring in ecotones: net relatedness index (NRI) and principal coordinates of phylogenetic structure (PCPS). Analyses of NRI values did not show any clear pattern of phylogenetic structuring of the communities. Nonetheless, PCPS analysis showed consistent patterns across the threes spatial scales evaluated, which were independent of the species composition of the sites. Basal clades were associated with forest areas, while late-divergence clades were associated with open areas. These findings indicate that open areas act as a phylogenetic habitat filtering to forest woody species throughout the region, independently of the spatial scale and of the species composition in each site. The results suggest that the clades Rosanae and Asteranae represent the vanguard in theforest expansion process over open areas, while the distribution of the basal clade Magnolianae is restricted to forest sites. The search for general organization patterns in ecological communities based on their phylogenetic structure seems to be a useful tool for exploring and understanding the functioning of ecological systems. Such approach might benefit ecosystem managing and conservation strategies, as it simplifies complex ecological systems, and shows general patterns independently of the scale analyzed.

Estimativas recentes mostram que as taxas atuais de extinção são muito maiores do que o indicado pelo registro fóssil, sendo as principais ameaças resultado da atividade humana. Como a crise da biodiversidade age em todas as escalas e não apresenta fronteiras políticas, a aplicação do arcabouço teórico da biogeografia da conservação e do planejamento sistemático para conservação se torna muito útil para a identificação de áreas com alto valor de conservação que sejam significativas em um contexto global, continental ou regional. Além da dimensão taxonômica, as dimensões funcional e filogenética da biodiversidade são componentes importantes para a conservação, e a sua perda implica não somente em perda de espécies, mas também na perda de funções ecossistêmicas e de trajetórias evolutivas. O objetivo desta tese foi avaliar como o impacto humano atual gerado pelo uso da terra, influencia padrões funcionais (relacionados ao risco de extinção, Capítulo 1) e filogenéticos (Capítulo 2) de distribuição, e como informações filogenéticas e de atributos podem ser utilizadas para informar priorização espacial pra conservação (Capítulo 3). Nos capítulos 1 e 2 encontrei que a influência do uso da terra sobre a biodiversidade não está restrita apenas às escalas mais locais e de paisagem, mas também já é perceptível em escalas geográficas amplas. Além disso, verifiquei que o uso da terra tem impacto não somente na dimensão taxonômica, mas também nas dimensões filogenética e funcional da diversidade de vertebrados nessa escala macrogeográfica. Isso demonstra a necessidade de um planejamento de ocupação e manejo de áreas utilizadas para atividades humana em ampla escala também, pois o impacto humano não se dá mais somente em escalas finas. O uso atual da terra representa uma ameaça real maior para algumas linhagens de anfíbios (Capítulo 1) e de primatas (Capítulo 2), como, por exemplo, Microhylidae e Atelidae, respectivamente. Isso reforça a necessidade de utilizarmos abordagens filogenéticas que identifiquem quais linhagens estão mais suscetíveis aos impactos decorrentes de atividades humanas. Ao tentar maximizar a a conservação das dimensões taxonômica, filogenética e funcional da biodiversidade de mamíferos, a congruência entre as áreas selecionadas como prioritárias foi baixa. A integração dos diferentes componentes da biodiversidade para selecionar áreas mais eficientes para a conservação das espécies ainda é um desafio. O desencontro entre as prioridades de conservação para as diferentes dimensões da biodiversidade ressalta a necessidade o desenvolvimento de abordagens mais integrativas para a conservação da biodiversidade. / Recent estimates show that current exticntion rates are much higher than the indicated by fossil records. The causes of this elevated rate are mostly result of human activities. The biodiversity crisis affects all scales and presents no political boundaries, the application of the theoretical and analytical framework of Conservation Biogeography and Systematic Conservation Planning becomes very useful to identify meaningful areas with high conservation value locally and globally. In addition to taxonomic diversity, functional and phylogenetic dimensions of biodiversity are also important components to preserve, and their loss implies not only on species number, but also loss of ecosystem services and evolutionary history. The aim of the thesis was to evaluate how impacts of human land use influences functional (related to extinction risk, Chapter 1) and phylogenetic (Chapter 2) distribution patterns, and how phylogenetic and trait information could be used to inform spatial conservation prioritization (Chapter 3). In the chapter 1 and 2 I found that the influence of land use on the biodiversity is not constrained to local and landscape scales, but has an effect at broad-scales too. Besides, I verified that land use impacts on phylogenetic and functional dimensions on macrogeographical scales. These results show a need of creating a broad scale planning for ocupation and management of areas intended to human activities. Current land use is a major threat to some lineages of amphibians (Chapter 1) and primates (Chapter 2), as for example Microhylidae and Atelidae respectively. That reinforces the need of phylogenetics approaches that identify which lineages are more exposed to human activities. We found low congruence between priority areas for maximize the conservation of taxonomic, functional and phylogenetics dimensions of biodiversity. The integration of the differnt componentes of diversity to conservation still is a chalenge. The mismatch of the conservation priorities across the different dimension highlights the necessity of an integrative approach to biodiversity conservation.

A busca de padrões consistentes na natureza tem sido a principal meta dos ecólogos. Essa dissertação teve como objetivo usar abordagens filogenéticas na tentativa de compreender melhor o processo ecológico da expansão florestal sobre áreas abertas. O uso da informação filogenética em análises ecológicas considera as espécies não independentes umas das outras, pois estas compartilham grande parte da história evolutiva. Essa hierarquia de organização das espécies é muito importante para determinar as regras que governam os processos de montagem das comunidades locais. Nesta dissertação foram avaliados padrões filogenéticos de estruturação da vegetação lenhosa florestal ocorrente em ecótonos de áreas abertas com vegetação florestal distribuídos em diferentes regiões do extremo sul do Brasil. Estes ecótonos são formados por diversas formações florestais, as quais tendem a expandir sobre as áreas abertas. Dados sobre composição de espécies provieram de estudos já realizados e de amostragens em alguns sítios. Duas métricas filogenéticas complementares foram usadas para avaliar a estrutura filogenética em cada categoria de habitat nos ecótonos: índice de parentesco líquido (NRI) e coordenadas principais da estrutura filogenética (PCPS). As análises dos valores de NRI não mostraram um padrão nítido de estruturação filogenética das comunidades. Já a análise dos PCPS mostrou padrões consistentes nas três escalas espaciais abordadas e independente da composição de espécies. Clados basais associaram-se às áreas florestais, enquanto clados de diversificação recente associaram-se às áreas abertas. Estes resultados indicam que áreas abertas atuam como um filtro filogenético de habitat para as espécies lenhosas florestais em todos os locais analisados, independentemente da escala e da composição de espécies de cada local. Os resultados sugerem que os clados de Rosanae e Asteranae estão na linha de frente do processo de expansão florestal sobre as áreas abertas, e o clado de Magnolianae restrito às áreas florestais. A busca por padrões gerais de organização das comunidades ecológicas a partir de sua estrutura filogenética parece consistir numa ferramenta útil para a exploração e entendimento sobre o funcionamento de sistemas ecológicos. Estas abordagens poderiam beneficiar estratégias de gerenciamento e conservação destes sistemas, por simplificarem sistemas ecológicos complexos e por mostrarem padrões gerais independentes da escala espacial analisada. / The search for consistent patterns in nature has been a major goal of ecologists. This study aimed to employ phylogenetic analyses to improve the understanding of an ecological process, the expansion of forest expansion over open areas. The use of evolutionary information considers species as not independent units in relation to each other, as they share their evolutionary history. Such hierarchical organization of species is very important to determine the rules governing assembly processes in local communities. Phylogenetic approaches were used to evaluate phylogenetic patterns in forest woody vegetation occurring in ecotones comprising open areas and forest vegetation, and distributed across different regions in the southernmost Brazilian region. Those ecotones are composed by different forest vegetation types, which tend to expand over open areas. Data on species composition were compiled from previous studies, and vegetation sampling was carried out in sites without available information on species composition in ecotones. Two complementary phylogenetic metrics were used to evaluate the phylogenetic structure in each habitat type occurring in ecotones: net relatedness index (NRI) and principal coordinates of phylogenetic structure (PCPS). Analyses of NRI values did not show any clear pattern of phylogenetic structuring of the communities. Nonetheless, PCPS analysis showed consistent patterns across the threes spatial scales evaluated, which were independent of the species composition of the sites. Basal clades were associated with forest areas, while late-divergence clades were associated with open areas. These findings indicate that open areas act as a phylogenetic habitat filtering to forest woody species throughout the region, independently of the spatial scale and of the species composition in each site. The results suggest that the clades Rosanae and Asteranae represent the vanguard in theforest expansion process over open areas, while the distribution of the basal clade Magnolianae is restricted to forest sites. The search for general organization patterns in ecological communities based on their phylogenetic structure seems to be a useful tool for exploring and understanding the functioning of ecological systems. Such approach might benefit ecosystem managing and conservation strategies, as it simplifies complex ecological systems, and shows general patterns independently of the scale analyzed.

Estimativas recentes mostram que as taxas atuais de extinção são muito maiores do que o indicado pelo registro fóssil, sendo as principais ameaças resultado da atividade humana. Como a crise da biodiversidade age em todas as escalas e não apresenta fronteiras políticas, a aplicação do arcabouço teórico da biogeografia da conservação e do planejamento sistemático para conservação se torna muito útil para a identificação de áreas com alto valor de conservação que sejam significativas em um contexto global, continental ou regional. Além da dimensão taxonômica, as dimensões funcional e filogenética da biodiversidade são componentes importantes para a conservação, e a sua perda implica não somente em perda de espécies, mas também na perda de funções ecossistêmicas e de trajetórias evolutivas. O objetivo desta tese foi avaliar como o impacto humano atual gerado pelo uso da terra, influencia padrões funcionais (relacionados ao risco de extinção, Capítulo 1) e filogenéticos (Capítulo 2) de distribuição, e como informações filogenéticas e de atributos podem ser utilizadas para informar priorização espacial pra conservação (Capítulo 3). Nos capítulos 1 e 2 encontrei que a influência do uso da terra sobre a biodiversidade não está restrita apenas às escalas mais locais e de paisagem, mas também já é perceptível em escalas geográficas amplas. Além disso, verifiquei que o uso da terra tem impacto não somente na dimensão taxonômica, mas também nas dimensões filogenética e funcional da diversidade de vertebrados nessa escala macrogeográfica. Isso demonstra a necessidade de um planejamento de ocupação e manejo de áreas utilizadas para atividades humana em ampla escala também, pois o impacto humano não se dá mais somente em escalas finas. O uso atual da terra representa uma ameaça real maior para algumas linhagens de anfíbios (Capítulo 1) e de primatas (Capítulo 2), como, por exemplo, Microhylidae e Atelidae, respectivamente. Isso reforça a necessidade de utilizarmos abordagens filogenéticas que identifiquem quais linhagens estão mais suscetíveis aos impactos decorrentes de atividades humanas. Ao tentar maximizar a a conservação das dimensões taxonômica, filogenética e funcional da biodiversidade de mamíferos, a congruência entre as áreas selecionadas como prioritárias foi baixa. A integração dos diferentes componentes da biodiversidade para selecionar áreas mais eficientes para a conservação das espécies ainda é um desafio. O desencontro entre as prioridades de conservação para as diferentes dimensões da biodiversidade ressalta a necessidade o desenvolvimento de abordagens mais integrativas para a conservação da biodiversidade. / Recent estimates show that current exticntion rates are much higher than the indicated by fossil records. The causes of this elevated rate are mostly result of human activities. The biodiversity crisis affects all scales and presents no political boundaries, the application of the theoretical and analytical framework of Conservation Biogeography and Systematic Conservation Planning becomes very useful to identify meaningful areas with high conservation value locally and globally. In addition to taxonomic diversity, functional and phylogenetic dimensions of biodiversity are also important components to preserve, and their loss implies not only on species number, but also loss of ecosystem services and evolutionary history. The aim of the thesis was to evaluate how impacts of human land use influences functional (related to extinction risk, Chapter 1) and phylogenetic (Chapter 2) distribution patterns, and how phylogenetic and trait information could be used to inform spatial conservation prioritization (Chapter 3). In the chapter 1 and 2 I found that the influence of land use on the biodiversity is not constrained to local and landscape scales, but has an effect at broad-scales too. Besides, I verified that land use impacts on phylogenetic and functional dimensions on macrogeographical scales. These results show a need of creating a broad scale planning for ocupation and management of areas intended to human activities. Current land use is a major threat to some lineages of amphibians (Chapter 1) and primates (Chapter 2), as for example Microhylidae and Atelidae respectively. That reinforces the need of phylogenetics approaches that identify which lineages are more exposed to human activities. We found low congruence between priority areas for maximize the conservation of taxonomic, functional and phylogenetics dimensions of biodiversity. The integration of the differnt componentes of diversity to conservation still is a chalenge. The mismatch of the conservation priorities across the different dimension highlights the necessity of an integrative approach to biodiversity conservation.

Submitted by Marlene Santos (marlene.bc.ufg@gmail.com) on 2018-07-26T17:56:37Z No. of bitstreams: 2 Tese - Jesús Nazareno Pinto Ledezma - 2017.pdf: 8871426 bytes, checksum: 451cfc37da75487787cfc68ca57f9d82 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2018-07-27T15:03:35Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Tese - Jesús Nazareno Pinto Ledezma - 2017.pdf: 8871426 bytes, checksum: 451cfc37da75487787cfc68ca57f9d82 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-07-27T15:03:35Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Tese - Jesús Nazareno Pinto Ledezma - 2017.pdf: 8871426 bytes, checksum: 451cfc37da75487787cfc68ca57f9d82 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2017-06-07 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / One of the major challenges in biology is to understand the processes that originate and maintain of species diversity, and that in turn, determinate the observed patterns of biological diversity at different spatial and temporal scales. Here, we explore the historical processes that generate the species diversity and the assembly of local assemblages of Furnariides, the largest bird continental endemic radiation. In general, we used data of geographic distribution, local assemblages, life history (e.g., habitat preference) and molecular phylogenies. Furnariides diversified mainly during the Tertiary period, period in which South America was an island continent. Also, they are tightly related with the habitat that they occupy, where, the forest habitats represent the ancestral habitat for this clade. The Furnariides species richness pattern follows the same species richness pattern of birds in general, with a higher concentration of species at low latitudes and in forest habitats. Although the concentration of species is higher in these regions, the regions at higher latitudes and of open habitats, present rapid rates of speciation, extinction and colonization, suggesting that these habitats represent an effective arena for diversification in the Neotropics, and that are important for the maintenance of species diversity in forest habitats. Finally, the phylogenetic structure of assemblages of Furnariides, is influenced for the habitat preferences, and that the assembly of local assemblages is determined by the combined effect of historical colonisation and local extinction, as well as, the niche conservatism and environmental filtering. / Um dos principais desafios em biologia é entender os processos que dão origem e mantêm a diversidade de espécies, e que, por sua vez, determinam os padrões observados da diversidade biológica em diferentes escalas espaciais e temporais. Nesta tese, exploramos os processos históricos que geram a diversidade de espécies e a montagem de assembleias locais no infraorder dos Furnariides, a maior radiação continental endêmica de aves. De maneira geral se usaram dados de distribuição das espécies, de assembleias locais, historia de vida (e.g., preferência de habitat) e filogenias moleculares. Se demostra que os Furnariides principalmente diversificaram no período Terciário, período no qual América do Sul foi uma ilha continente. Além disso, estão estreitamente relacionadas com o habitat que elas ocupam, sendo que os habitats de floresta representam o habitat ancestral deste clado. O padrão de riqueza de espécies de Furnariides segue o mesmo padrão de riqueza de aves em geral, com uma maior concentração de espécies em latitudes menores e em habitats de floresta. Embora a concentração de espécies seja maior em estas regiões, as regiões de latitudes maiores e de habitats abertos, apresentaram taxas de especiação, extinção e dispersão mais rápidas, sugerindo que os habitats abertos representam areias efetivas de diversificação no Neotrópico e são importantes para o mantimento da diversidade de espécies em habitats de floresta. Finalmente, a estrutura filogenética das assembleias dos Furnariides e influenciada pela preferência de habitat, além disso, a montagem de assembleias locais depende do efeito combinado das taxas diferencias de colonização e extinção local, assim como a conservação de nicho e da filtragem ambiental.