The degree to which biotic interactions influence invasion success may partly depend on the evolutionary relationship between invaders and native species. In particular, since host-use by enemies such as invertebrate herbivores and fungal pathogens tends to be phylogenetically conserved, exotic plants that have close native relatives in the invaded range should be more likely to interact with enemies. In this thesis, I explore this idea using a series of experiments and field surveys at nested taxonomic levels. My results indicate that exotics from multiple plant families experience lower damage if their average phylogenetic distance from locally co-occurring native family members is higher. I then demonstrate that within the Asteraceae, foliar and capitular damage are lower on exotic compared to native species. Both damage types had a relatively large phylogenetic component, but did not decline with phylogenetic distance to native or exotic confamilials. Finally, I show that communities with versus without close relatives are unlikely to differ in resistance to the novel invader, Solidago virgaurea: biotic resistance imposed by competitors, generalist vertebrates, and specialist invertebrates resulted in similar patterns of damage and mortality regardless of the presence of congeneric natives. In some cases, effects of biota were positive: growth of S. virgaurea seedlings in soils collected near congeneric natives was enhanced more than in soils from communities where congenerics were absent. Overall, these results suggest that biotic interactions between exotic and native species can be phylogenetically structured, although trends based on distance measures tend to be weak. In some cases, damage does decline with phylogenetic distance to native species; however this trend is unlikely to be a strong force limiting invasion or structuring plant communities. These results have significant implications for current theories of invasion biology including the "Enemy Release Hypothesis" and "Darwin's Naturalization Hypothesis", as well as for community phylogenetics.

<p>This thesis concerns the use of protein structure to improve phylogenetic inference. There has been growing interest in phylogenetics as the number of available DNA and protein sequences continues to grow rapidly and demand from other scientific fields increases. It is now well understood that phylogenies should be inferred jointly with alignment through use of stochastic evolutionary models. It has not been possible, however, to incorporate protein structure in this framework. Protein structure is more strongly conserved than sequence over long distances, so an important source of information, particularly for alignment, has been left out of analyses.</p><p>I present a stochastic process model for the joint evolution of protein primary and tertiary structure, suitable for use in alignment and estimation of phylogeny. Indels arise from a classic Links model and mutations follow a standard substitution matrix, while backbone atoms diffuse in three-dimensional space according to an Ornstein-Uhlenbeck process. The model allows for simultaneous estimation of evolutionary distances, indel rates, structural drift rates, and alignments, while fully accounting for uncertainty. The inclusion of structural information enables pairwise evolutionary distance estimation on time scales not previously attainable with sequence evolution models. Ideally inference should not be performed in a pairwise fashion between proteins, but in a fully Bayesian setting simultaneously estimating the phylogenetic tree, alignment, and model parameters. I extend the initial pairwise model to this framework and explore model variants which improve agreement between sequence and structure information. The model also allows for estimation of heterogeneous rates of structural evolution throughout the tree, identifying groups of proteins structurally evolving at different speeds. In order to explore the posterior over topologies by Markov chain Monte Carlo sampling, I also introduce novel topology + alignment proposals which greatly improve mixing of the underlying Markov chain. I show that the inclusion of structural information reduces both alignment and topology uncertainty. The software is available as plugin to the package StatAlign. </p><p>Finally, I also examine limits on statistical inference of phylogeny through sequence information models. These limits arise due to the `cutoff phenomenon,' a term from probability which describes processes which remain far from their equilibrium distribution for some period of time before swiftly transitioning to stationarity. Evolutionary sequence models all exhibit a cutoff; I show how to find the cutoff for specific models and sequences and relate the cutoff explicitly to increased uncertainty in inference of evolutionary distances. I give theoretical results for symmetric models, and demonstrate with simulations that these results apply to more realistic and widespread models as well. This analysis also highlights several drawbacks to common default priors for phylogenetic analysis, I and suggest a more useful class of priors.</p> / Dissertation

This thesis explores the potential of new substrates for ancient DNA studies and addresses novel questions that can now be asked. It also highlights an additional use of ancient DNA extracted from a traditional source.

Uma abordagem multidisciplinar integrando sistemática molecular, morfometria e genética quantitativa foi utlizada para investigar a história evolutiva do gênero Pteronotus (Chiroptera:Mormoopidae). Esse grupo de morcegos neotropical que tem recebido particular atenção na ultima década por possuir uma diversidade genética incompátivel com a variação morfológica e diversidade taxonômica atualmente descritas. A ultima revisão sistemática do gênero descreve seis espécies e 17 subespécies, mas trabalhos recentes têm reportado elevados níveis de divergência genética entre táxons coespecíficos, sugerindo que a diversidade do grupo está subestimada. Até o momento, nenhum trabalho foi realizado reunindo evidências genéticas e variação morfométrica de todas as unidades taxonômicas atualmente reconhecidas no gênero. Baseada numa ampla amostragem que incluiu grande parte da extensão geográfica do grupo e representantes de 19 dentre os 20 táxons nominais existentes, eu investiguei a variação genética, morfométrica e o padrão de covariação fenotípica entre os caracteres que compõem o crânio das espécies do gênero Pteronotus. Investigaçãoes adicionais foram feitas a fim de propor intervalos de datas para os principais eventos de diversificação dentro do grupo, e quais processos evolutivos e biogeográficos foram os principais responsáveis pelo número e o padrão de distribuição das espécies atuais. As análises filogenéticas, utilizando cinco loci, confirmam resultados prévios sobre a diversidade críptica do grupo, além de sugerirem uma elevada correspondência entre as linhagens genéticas e as subespécies atualmente reconhecidas. Análises discriminantes de 41 variáveis que descrevem tamanho e forma dos ossos do crânio corroboram a elevação das linhagens genéticas ao status de espécie. Um novo arranjo taxonômico é proposto para o gênero, composto por 18 espécies. O padrão de integração nos crânios da Família Mormoopidae apresenta uma estrutura relativamente conservada, concordando com resultados observados em outros grupos de mamíferos, acompanhada por magnitudes gerais de integração relativamente baixas na maioria das espécies. Os resultados sugerem que os crânios dos mormoopídeos são bastante modulares e que o padrão estrutural de associação entre os caracteres cranianos não pode ser explicado apenas por ação da deriva genética na maioria dos nós da filogenia. Os dados indicam que os crânios em Mormoopidae devem ser bastantes flexíveis em suas respostas evolutivas e que a seleção natural agiu conjuntamente sobre eixos de variação distintos da estrutura craniana ao longo da diversificação do grupo. O gênero Pteronotus se originou no Mioceno, há cerca de 17 milhões de anos, e os eventos de diversificação que deram origem aos principais clados do táxon ocorreram entre 15 e 7 milhões de anos atrás. O padrão replicado de ocupação geográfica entre os diferentes clados de Pteronotus sugere um modelo de especiação essencialmente vicariante, mas que requer dispersão para explicar a distribuição de algumas linhagens atuais, assim como as áreas ancestrais estimadas em alguns nós da filogenia. Muitas das espécies do gênero surgiram nos últimos três milhões de anos, período em que o continente americano sofreu algumas reorganizações geográficas e oscilações climáticas intensas, enquanto os eventos de diversificação intraespecífica são bastante recentes, tendo ocorrido no Pleistoceno tardio / A multidisciplinary approach integrating molecular systematics, morphometrics and quantitative genetics was used to investigate the evolutionary history of the genus Pteronotus (Chiroptera: Mormoopidae). This Neotropical bat group has received particular attention in the last decade for harboring a genetic diversity much higher than morphological variation and taxonomic diversity currently described. According to the last systematic review this genus has six species with 17 subspecies. However, recent studies reported high levels of genetic divergence among conspecific taxa, suggesting an underestimated diversity for the genus. To date, no work combining genetic evidences and morphometric variation from all taxonomic units currently recognized in this group was performed. Based on a comprehensive sampling including most of the geographic range and 19 from 20 nominal taxa recognized for the genus, I investigated the genetic and morphological variation and the phenotypic covariance patterns among skull characters of Pteronotus species. Additional investigations were made to propose date intervals for the main diversification events within the group, and possible evolutionary and biogeographic processes responsible for the number and distributional patterns of current species. The phylogenetic analyses, using five loci, corroborate previous results on the criptic diversity of the group, and suggest a high correspondence among the genetic lineages and the currently recognized subspecies. Discriminant analysis of 41 variables describing size and shape of cranial bones support the rising of these groups to the specific status. Therefore, we present an updated taxonomic arrangement composed by 18 species. The cranial integration pattern of the family Mormoopidae shows a relatively conserved structure, in accordance with previous results for other mammal groups, followed by low levels of overall magnitude of integration in the majority of species. Results suggest a highly modular skull for mormoopids, and a pattern of structural association among characters that cannot be explained by genetic drift alone in most part of phylogeny nodes. Data indicates that skulls of Mormoopidae should be very flexible in their evolutionary responses, and that natural selection acted together over different lines of variation in cranial structure during the group\'s diversification. Pteronotus arose in Miocene, around 17 million years ago, and the diversification events yielding to the main clades within the genus took place from 15 to 7 million years ago. The replicated pattern of geographic occupancy among different clades of Pteronotus suggest an essentially vicariant model of speciation, but dispersion is also required to explain the geographic range of some of the current lineages, as well as the estimated ancestral areas of some phylogeny nodes. Many of the species in the genus arose in the last three million years , when the American continent underwent some geographic reorganizations and severe climatic oscillations, while the intraspecific diversification events are very recent, having ocurred in the Late Pleistocene

The delimitation and description of species, the fundamental units of biology, have puzzled scientists for centuries. Their identities were traditionally recognized based on distribution, ecology and most of all, morphology. Molecular data have recently come into play, and nowadays form an important component of most systematic studies. Many methods have been quickly devised and applied to integrate these data in the species delimitation and description process, and they have been accompanied not only by exciting possibilities and discoveries, but also by new questions and challenges. Some epistemological issues appear from recent proposals that suggest congruency across methods, or even operational criteria, as evidence for delimitation. Also, the discovery of morphologically indistinguishable genetic lineages, described as \'cryptic\', has hindered recognition and formal assessments of biological diversity. In Chapter 1, I address epistemological reasoning that encircles discovery operations, methods and congruency for evidence-based species delimitation. We discuss that congruence across methods or operational criteria, if based on the same data, are exclusive discovery operations and therefore have no epistemic value as evidence. Issues regarding some methods are also highlighted, including coalescent theory, DNA barcoding, and even phylogenetic systematics. In Chapter 2, I move into the application of species delimitation and description in Aurelia (Cnidaria, Scyphozoa). A morphological reassessment of medusae specimens from across the globe revealed no geographic structure on dissimilarities, with considerable morphological variation within collection lots and even within hypothesized species. This morphological plasticity had already been reported for medusae in some Aurelia, as well as in the polyp and ephyra stages. Considering this crypsis, multi-marker molecular analyses and distribution records were used to delimit and describe species. I also address the unreliability of DNA barcoding for species delimitation and its limitations even for identification. The reported diagnostic molecular characters not only fill the requirements for descriptions, but also hint on the possibility of its practical uses for identification, rather than barcoding. This study should encourages future research not only on delimitation and description of cryptic diversity, which should include careful scrutiny of methods and data used, but also on morphological plasticity and the patterns and processes involved in generating crypsis / A delimitação e descrição de espécies, as unidades fundamentais da biologia, tem intrigado cientistas por séculos. Suas identidades eram tradicionalmente reconhecidas com base na distribuição, ecologia e, acima de tudo, na morfologia. Dados moleculares recentemente entraram em cena, e hoje formam um importante componente na maioria dos estudos de sistemática. Muitos métodos foram rapidamente elaborados e aplicados para integrar esses dados no processo de delimitação e descrição de espécies, e foram acompanhados não só por fascinantes possibilidades e descobertas, mas também por novas questões e desafios. Algumas problemáticas epistemológicas aparecem a partir de proposições recentes que sugerem congruência entre métodos, ou mesmo critérios operacionais, como evidência para delimitação. Além disso, a descoberta de linhagens genéticas morfologicamente indistinguíveis, descritas como \'crípticas\', tem dificultado o reconhecimento e avaliações formais da diversidade biológica. No Capítulo 1, abordei o raciocínio epistemológico que envolve as operações de descoberta, métodos e congruência para a delimitação de espécies baseada em evidências. Discutimos que a congruência entre métodos, ou mesmo critérios operacionais, se baseados nos mesmos dados, são operações de descoberta exclusivas e, portanto, não tem valor epistêmico como evidência. Questões relacionadas a alguns métodos também são destacadas, incluindo a teoria de coalescência, o código de barras de DNA, e até mesmo a sistemática filogenética. No Capítulo 2, passei para a aplicação da delimitação e descrição de espécies em Aurelia (Cnidaria, Scyphozoa). Uma reavaliação morfológica de medusas coletadas ao redor do globo, não revelou nenhuma estrutura geográfica nas dissimilaridades, com considerável variação morfológica entre indivíduos de um mesmo lote de coleta e até mesmo da mesma espécie hipotética. Esta plasticidade morfológica já havia sido relatada em medusas para algumas espécies de Aurelia, bem como nos estágios de pólipo e éfira. Considerado essa diversidade críptica, análises moleculares com múltiplos marcadores e dados da distribuição foram utilizados para delimitar e descrever espécies. Também discuti sobre a inconfiabilidade do código de barras de DNA para a delimitação de espécies, e suas limitações até mesmo para identificação. Os caracteres moleculares diagnósticos relatados não apenas preenchem os requisitos necessários para as descrições, mas também sugerem a possibilidade de seu uso prático para identificação, em lugar de utilizar o código de barras de DNA. Esperamos que este estudo encoraje futuras pesquisas não apenas na delimitação e descrição da diversidade críptica, que deve incluir uma cuidadosa avaliação dos métodos e dados utilizados, mas também sobre plasticidade morfológica e os padrões e processos envolvidos na geração dessa diversidade

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INTRODUÇÃO: O subgrupo Anopheles strodei é pouco estudado apesar de sua importância epidemiológica potencial. Espécies desse subgrupo foram encontradas naturalmente infectadas por parasitos que causam malária em humanos, Plasmodium falciparum, Plasmodium vivax e Plasmodium malariae, no Brasil. O subgrupo Anopheles strodei compreende oito espécies: An. rondoni (Neiva & Pinto), An. albertoi Unti, An. arthuri Unti, An. strodei Root, An. strodei CP, e três outras espécies que foram propostas por Bourke et al. (2013), mas não foram descritas: An. arthuri B, An. arthuri C e An. arthuri D. OBJETIVOS: A definição e delimitação precisa de espécies que atuam como vetores de agentes infecciosos é um dos objetivos da entomologia da saúde pública. Os objetivos deste estudo foram: 1) Estabelecer as relações filogenéticas entre espécies do Subgrupo Strodei; 2) Estimar a distribuição espacial potencial das espécies do Subgrupo Strodei; 3) Confirmar a presença de quatro espécies sob o nome An. arthuri. MÉTODOS: Sequências de DNA de um gene mitocondrial (fragmento de 658 pares de bases do código de barras do gene COI, citocromo oxidase subunidade I) e de três genes nucleares codificadores de proteínas (White, CAD e CAT) foram empregadas para estabelecer as relações filogenéticas potenciais entre as espécies que compõe o subgrupo An. strodei. As análises filogenéticas foram conduzidas utilizando abordagem Bayesiana das sequências de DNA dos quatro genes. Para estabelecer a distribuição espacial potencial das espécies, utilizou-se abordagem de máxima entropia de nichos ecológicos. Para isso as localidades das coletas, juntamente com os dados climáticos e geográficos foram introduzidos no programa MAXENT. RESULTADOS: Os resultados das análises filogenéticas demonstraram e, portanto, confirmaram o monofiletismo do Subgrupo Strodei, a presença de pelo menos sete espécies sob o nome An. strodei, ou seja, corroborou a validade de An. albertoi, An. arthuri, An. strodei, An. strodei CP, além das espécies denominadas, preliminarmente, como An. arthuri B, An. arthuri C e An. arthuri D. Portanto, como definida atualmente, An. arthuri não representa grupo monofilético, pois inclui táxons que deverão ser formalmente descritos em estudos futuros. CONCLUSÃO: As distribuições potenciais de espécies do Subgrupo Strodei foram propostas pela primeira vez. Cinquenta e cinco sequências do gene nuclear CAT e outras 46 sequências do gene nuclear CAD únicas foram recentemente caracterizadas para espécies do Subgrupo Strodei de Anopheles (Nyssorhynchus), confirmando a presença de pelos menos sete espécies, além de An. rondoni que não foi alvo deste estudo, mas de outros anteriores que confirmaram a validade da mesma. / Introduction Anopheles strodei sensu lato is an understudied subgroup of potential epidemiological importance, having been found naturally infected in Brazil with Plasmodium falciparum, Plasmodium vivax and Plasmodium malariae. An. strodei s.l. is currently composed on 8 species: An. albertoi Unti, An. CP Form, An. rondoni (Neiva & Pinto), An. strodei Root, An. arthuri Unti and three other unnamed species that have been proposed by Bourke et al. (2013): An. arthuri B, An. arthuri C and An. arthuri D. Objectives As delineating species accurately is an essential goal of public health entomology, the objectives of this study were to: 1) Determine the phylogenetic relationships within the Strodei Subgroup and reaffirm or reject the hypothesis of the 3 new species (An. arthuri B, An. arthuri C and An. arthuri D) 2) Address the potential spatial distribution of species of the An. strodei subgroup to provide support for the candidate species in the Strodei Subgroup Methods Bayesian inference, which included DNA sequences of one mitochondrial and three nuclear protein coding genes: CO1, white, CAD and CAT, was used to determine the phylogenetic relationship within the group. To propose a species distribution, collection localities, along with climatic and geographic data were input into MAXENT. Results When analyzing the four molecular markers employed, support was found for allopatry in the Strodei Subgroup. The paraphyletic clade of An. arthuri was supported. Conclusion Potential species distributions of the Strodei Subgroup were addressed for the first time. Fifty-five unique CAT sequences and 46 unique CAD sequences were newly characterized.

Uma abordagem multidisciplinar integrando sistemática molecular, morfometria e genética quantitativa foi utlizada para investigar a história evolutiva do gênero Pteronotus (Chiroptera:Mormoopidae). Esse grupo de morcegos neotropical que tem recebido particular atenção na ultima década por possuir uma diversidade genética incompátivel com a variação morfológica e diversidade taxonômica atualmente descritas. A ultima revisão sistemática do gênero descreve seis espécies e 17 subespécies, mas trabalhos recentes têm reportado elevados níveis de divergência genética entre táxons coespecíficos, sugerindo que a diversidade do grupo está subestimada. Até o momento, nenhum trabalho foi realizado reunindo evidências genéticas e variação morfométrica de todas as unidades taxonômicas atualmente reconhecidas no gênero. Baseada numa ampla amostragem que incluiu grande parte da extensão geográfica do grupo e representantes de 19 dentre os 20 táxons nominais existentes, eu investiguei a variação genética, morfométrica e o padrão de covariação fenotípica entre os caracteres que compõem o crânio das espécies do gênero Pteronotus. Investigaçãoes adicionais foram feitas a fim de propor intervalos de datas para os principais eventos de diversificação dentro do grupo, e quais processos evolutivos e biogeográficos foram os principais responsáveis pelo número e o padrão de distribuição das espécies atuais. As análises filogenéticas, utilizando cinco loci, confirmam resultados prévios sobre a diversidade críptica do grupo, além de sugerirem uma elevada correspondência entre as linhagens genéticas e as subespécies atualmente reconhecidas. Análises discriminantes de 41 variáveis que descrevem tamanho e forma dos ossos do crânio corroboram a elevação das linhagens genéticas ao status de espécie. Um novo arranjo taxonômico é proposto para o gênero, composto por 18 espécies. O padrão de integração nos crânios da Família Mormoopidae apresenta uma estrutura relativamente conservada, concordando com resultados observados em outros grupos de mamíferos, acompanhada por magnitudes gerais de integração relativamente baixas na maioria das espécies. Os resultados sugerem que os crânios dos mormoopídeos são bastante modulares e que o padrão estrutural de associação entre os caracteres cranianos não pode ser explicado apenas por ação da deriva genética na maioria dos nós da filogenia. Os dados indicam que os crânios em Mormoopidae devem ser bastantes flexíveis em suas respostas evolutivas e que a seleção natural agiu conjuntamente sobre eixos de variação distintos da estrutura craniana ao longo da diversificação do grupo. O gênero Pteronotus se originou no Mioceno, há cerca de 17 milhões de anos, e os eventos de diversificação que deram origem aos principais clados do táxon ocorreram entre 15 e 7 milhões de anos atrás. O padrão replicado de ocupação geográfica entre os diferentes clados de Pteronotus sugere um modelo de especiação essencialmente vicariante, mas que requer dispersão para explicar a distribuição de algumas linhagens atuais, assim como as áreas ancestrais estimadas em alguns nós da filogenia. Muitas das espécies do gênero surgiram nos últimos três milhões de anos, período em que o continente americano sofreu algumas reorganizações geográficas e oscilações climáticas intensas, enquanto os eventos de diversificação intraespecífica são bastante recentes, tendo ocorrido no Pleistoceno tardio / A multidisciplinary approach integrating molecular systematics, morphometrics and quantitative genetics was used to investigate the evolutionary history of the genus Pteronotus (Chiroptera: Mormoopidae). This Neotropical bat group has received particular attention in the last decade for harboring a genetic diversity much higher than morphological variation and taxonomic diversity currently described. According to the last systematic review this genus has six species with 17 subspecies. However, recent studies reported high levels of genetic divergence among conspecific taxa, suggesting an underestimated diversity for the genus. To date, no work combining genetic evidences and morphometric variation from all taxonomic units currently recognized in this group was performed. Based on a comprehensive sampling including most of the geographic range and 19 from 20 nominal taxa recognized for the genus, I investigated the genetic and morphological variation and the phenotypic covariance patterns among skull characters of Pteronotus species. Additional investigations were made to propose date intervals for the main diversification events within the group, and possible evolutionary and biogeographic processes responsible for the number and distributional patterns of current species. The phylogenetic analyses, using five loci, corroborate previous results on the criptic diversity of the group, and suggest a high correspondence among the genetic lineages and the currently recognized subspecies. Discriminant analysis of 41 variables describing size and shape of cranial bones support the rising of these groups to the specific status. Therefore, we present an updated taxonomic arrangement composed by 18 species. The cranial integration pattern of the family Mormoopidae shows a relatively conserved structure, in accordance with previous results for other mammal groups, followed by low levels of overall magnitude of integration in the majority of species. Results suggest a highly modular skull for mormoopids, and a pattern of structural association among characters that cannot be explained by genetic drift alone in most part of phylogeny nodes. Data indicates that skulls of Mormoopidae should be very flexible in their evolutionary responses, and that natural selection acted together over different lines of variation in cranial structure during the group\'s diversification. Pteronotus arose in Miocene, around 17 million years ago, and the diversification events yielding to the main clades within the genus took place from 15 to 7 million years ago. The replicated pattern of geographic occupancy among different clades of Pteronotus suggest an essentially vicariant model of speciation, but dispersion is also required to explain the geographic range of some of the current lineages, as well as the estimated ancestral areas of some phylogeny nodes. Many of the species in the genus arose in the last three million years , when the American continent underwent some geographic reorganizations and severe climatic oscillations, while the intraspecific diversification events are very recent, having ocurred in the Late Pleistocene

abstract: Understanding the diversity, evolutionary relationships, and geographic distribution of species is foundational knowledge in biology. However, this knowledge is lacking for many diverse lineages of the tree of life. This is the case for the desert stink beetles in the tribe Amphidorini LeConte, 1862 (Coleoptera: Tenebrionidae) – a lineage of arid-adapted flightless beetles found throughout western North America. Four interconnected studies that jointly increase our knowledge of this group are presented. First, the darkling beetle fauna of the Algodones sand dunes in southern California is examined as a case study to explore the scientific practice of checklist creation. An updated list of the species known from this region is presented, with a critical focus on material now made available through digitization and global aggregation. This part concludes with recommendations for future biodiversity checklist authors. Second, the psammophilic genus Trogloderus LeConte, 1879 is revised. Six new species are described, and the first, multi-gene phylogeny for the genus is inferred. In addition, historical biogeographic reconstructions along with novel hypotheses of speciation patterns within the Intermountain Region are given. In particular, the Kaibab Plateau and Kaiparowitz Formation are found to have promoted speciation on the Colorado Plateau. The Owens Valley and prehistoric Bouse Embayment are similarly hypothesized to drive species diversification in southern California. Third, a novel phylogenomic analysis for the tribe Amphidorini is presented, based on 29 de novo partial transcriptomes. Three putative ortholog sets were discovered and analyzed to infer the relationships between species groups and genera. The existing classification of the tribe is found to be highly inadequate, though the earliest-diverging relationships within the tribe are still in question. Finally, the new phylogenetic framework is used to provide a genus-level revision for the Amphidorini, which previously contained six valid genera and 253 valid species. This updated classification includes more than 100 taxonomic changes and results in the revised tribe consisting of 16 genera, with three being described as new to science. / Dissertation/Thesis / Doctoral Dissertation Evolutionary Biology 2018

Due in part to the incompleteness of the Cenozoic fossil record in the eastern U.S., the evolution and immigration of shrews (Soricidae) is not well understood. A rich soricid fauna from the Gray Fossil Site (GFS), Washington County, TN, has enabled many new inferences to be made. There are 7 new species in 6 genera: Paenelimnoecus, “Blarinella”, Petenyia, Tregosorex, Crusafontina, and Gen et sp. nov. GFS species of the genera Paenelimnoecus, “Blarinella”, and Petenyia are the first occurrence of each genus in the New World. Tregosorex, Crusafontina, and the N.A. taxon Limnoecus all have their latest documented occurrence at the GFS, extending their temporal range by at least 1 million years. “Blarinella” sp. nov. has a complete lateral groove in the inferior incisor, providing the earliest evidence for venom in soricids by at least 4 million years. GFS taxa also provide insight into the evolution of both Soricini and Blarinini.