No presente projeto, foram realizados estudos sobre a taxonomia, a anatomia esquelética e as relações filogenéticas de Microphilypnus Myers, 1927 (Teleostei: Gobiidae: Eleotrinae). Este gênero de peixes é muito comum em tributários da Bacia Amazônica e do Orenoco, mas até o momento não era bem conhecido em termos taxonômicos. Com base na revisão da literatura e o exame de vários exemplares, duas das três espécies nominais foram validadas, uma espécie nova e duas espécies não descritas foram descobertas: Microphilypnus ternetzi Myers (bacias dos rios Negro, Orenoco, Amazonas, Madeira, Tapajós e Tocantins) (M. amazonicus Myers é sinônimo júnior desta espécie), Microphilypnus macrostoma Myers (bacias do Negro e Orenoco) Microphilypnus acangaquara Caires & Figueiredo (Baixo Tapajós), Microphilypnus sp. 1 (Baixo Tapajós) e Microphilypnus sp. 2 (rio Aripuanã). O estudo da anatomia esquelética baseou-se em 17 exemplares diafanizados e corados; foi constatado que as estruturas ósseas são semelhantes às dos demais membros de Gobioidei, e é postulado que o processo de miniaturização nesta espécie ocorreu por neotenia. Para a análise filogenética, foram incluídas, além de todas as espécies conhecidas de Microphilypnus, táxons de Gobioidei das instituições CAS, INPA, MZUSP e USNM, totalizando 56 terminais e 145 caracteres morfológicos. A análise filogenética resultou em 43 árvores mais parcimoniosas, com 1072 passos, IC: 0,22 e IR: 0,57. As relações de Microphilypnus resgatadas foram (M. macrostoma (M. ternetzi (Microphilypnus sp. 1(M. acangaquara + Microphilypnus sp. 2))), indicando a possibilidade de especiação parapátrica neste gênero. No consenso estrito, Microphilypnus figurou em uma politomia com os demais gêneros de Eleotrinae, ainda que no consenso semi-estrito tenha surgido como mais proximamente relacionado a dois gêneros de água doce: Leptophilypnus, da América Central, e Philypnodon, da Austrália, sugerindo que invasão do gênero objeto de estudo em água doce pode ter sido antiga. Na hipótese filogenética de consenso estrito deste projeto, Eleotrinae figurou como um grupo não monofilético, com Gobiomorus constituindo um ramo mais basal; Gobiidae surgiu como grupo monifilético, mas as subfamílias Gobiinae, Gobionellinae e Gobiosomatini surgiram como agrupamentos polifiléticos. São discutidos caracteres diagnósticos e as relações dos gêneros de Eleotrinae estudados, bem como das subfamílias de Gobiidae, e estudos filogenéticos adicionais com base em dados morfológicos são propostos / This project entails a study on taxonomy, skeletal anatomy and phylogeny of Microphilypnus Myers, 1927 (Teleostei: Gobiidae: Eleotrinae). Members from this genus are very common in tributaries of the Orinoco and the Amazon Basin, but remained poorly known in taxonomic terms. Two of the three nominal species have been validated, a new species and two undescribed species were discovered: Microphilypnus ternetzi Myers (Negro, Orinoco, Amazon, Madeira, Tapajos, and Tocantins basins) (M. amazonicus Myers is a junior synonym); Microphilypnus macrostoma Myers (Negro and Orinoco basins); Microphilypnus acangaquara Caires & Figueiredo (lower Tapajós); Microphilypnus sp. 1 (lower Tapajós) and Microphilypnus sp. 2 (Aripuanã River). The study of skeletal anatomy was based on 17 cleared and stained specimens; it was found that the bone structures are similar to those of other members of Gobioidei, and it is postulated that species of this genus miniaturized by neoteny. For phylogenetic analysis, all Microphilypnus species and Gobiodei taxa from the institutions CAS, INPA, MZUSP and USNM were examined, totaling 56 terminals and 145 morphological characters. Phylogenetic analysis resulted in 43 most parsimonious trees with 1072 steps, CI = 0.22 and RI: 0.57. The relationships among Microphilypnus species that were retrieved in cladogram were: (Microphilypnus macrostoma (M. ternetzi (Microphilypnus sp. 1 (M. acangaquara + Microphilypnus sp. 2))), indicating a possibly parapatric speciation in this genus. In strict consensus, Microphilypnus figured in a polytomy other eleotrins, but in the majority-rule consensus it was nested with two freshwater genera: Leptophilypnus, from the Central America, and Philypnodon, from Australia, suggesting that invasion of freshwater in this genus may have been ancient. In the phylogenetic hypothesis of this project, Eleotrinae figured as a non-monophyletic group, with Gobiomorus constituting a more basal branch; Gobiidae emerged as a monophyletic group, but not the subfamilies Gobiinae, Gobionellinae and Gobiosomatini. Diagnostic characters and the relationships of Eleotrinae and subfamilies of Gobiidae are discussed herein. Additional phylogenetic studies based on morphological data are also proposed

O gênero Acestrorhynchus encontra-se amplamente distribuído na América do Sul, estando presente nas bacias do Paraná-Paraguai, Uruguai, no rio São Francisco, nos rios costeiros das Guianas, e nas bacias dos rios Amazonas e Orinoco, sendo as duas últimas, o local onde se encontra a maior diversidade desses peixes. Na ausência de estudos mais detalhados sobre as relações filogenéticas entre as espécies de Acestrorhynchus, as 14 espécies reconhecidas têm sido agrupadas com base no seu padrão de coloração. O primeiro trabalho focalizando as relações filogenéticas das espécies de Acestrorhynchus, foi desenvolvido recentemente e estabelece as relações de parentesco de 13 espécies do gênero com base na análise de 104 características osteológicas e de morfologia externa. No presente estudo, 2139 pares da região 16S e da ATPase, ambos do genoma mitocondrial, juntamente o primeiro íntron da proteína ribossomal S7 do genoma nuclear, foram analisados para as espécies A. microlepis, A. falcatus, A. heterolepis, A pantaneiro, A. falcirostris, A. altus, A. minimus, A. grandoculis, A. britskii, A. lacustris e A. nasutus. Os gêneros Roeboides, Rhaphiodon e Gephyrocharax foram utilizados como grupo externo. A análise de máxima parcimônia, com busca heurística e adição aleatória de seqüências com o algoritmo TBR resultou na obtenção de uma árvore mais parcimoniosa com 2.551 passos. Os índices de consistência e retenção foram, respectivamente, 0,633 e 0,533. Os resultados obtidos através da análise dos dados moleculares corroboram, assim como os resultados morfológicos, o monofiletismo dos agrupamentos propostos com base nos padrões de coloração. / Fishes of the Neotropical characiform genus Acestrorhynchus Eigenmann, comprise freshwater species widely distributed throughout South American rivers, being found in the Paraná, Paraguai, Uruguai, São Francisco and of Guyana rivers. However it is in the Amazonas and Orinoco river basins where the highest diversity of this group of fishes is present. In the absence of more detailed phylogenetic studies the 14 recognized species are grouped on the basis of their color patterns. The first specific study about the phylogenetic relationships of Acestrorhynchus species, was recently developed and it established the relationships of 13 species of the genus, based in the analysis of 104 osteological and external morphological characters. In the present study, simultaneous analysis of 2139 aligned base pairs from the mitochondrial 16S and ATPase and the nuclear first intron of the S7 ribosomal protein were analyzed for the species A. microlepis, A. falcatus, A. heterolepis, A pantaneiro, A. falcirostris, A. altus, A. minimus, A. grandoculis, A. britskii, A. lacustris e A. nasutus. The genera Roeboides, Rhaphiodon and Gephyrocharax were included in the analysis as outgroups. Maximum parsimony analysis, and heuristic searches with random taxon addition replicates and TBR branch swapping were performed resulting in one most parsimonious tree with 2,551 steps in length. The consistence index and retention index were 0,633 and 0,533, respectively. The results revealed with molecular data as well as the ones obtained with morphological characters corroborate, the monophyly of the genus and the grouping proposed based in the color pattern.

The first part of the thesis concerns phylogenetic relationships of eimerian coccidia from arvicoline rodents based on nuclear 18S rRNA, and mitochondrial COI and COIII genes, as well as morphological and morphometrical analyses of the eimerian oocysts. Population-genetic structure of eimerian coccidia was also analyzed and haplotype networks were constructed. The second part of the thesis is based on elucidation of the origin of infections of arvicoline rodents with Isospora spp. using three different approaches - phylogenetic analyses (18S rRNA, COI, and COIII genes), morphological and morphometrical data, and experimental infections. Techniques of field parasitology, laboratory methods of parasitological examination, molecular-genetic diagnostics, phylogeny, and taxonomy were used in the course of both parts of the study.

Phylogenetic systematics has revolutionized biological classifications, increasing our understanding of the evolution of the characteristics of living beings and generating more efficient reference systems. At the same time, the computerization and the online availability of biological collections has facilitated consultations of type materials and determination updates. However, the genus Paepalanthus, which represents an important radiation of monocotyledons in the Neotropics and in campos rupestres vegetation, is far from being well-understood taxonomically and evolutionarily. The large numbers of species placed in non-monophyletic groups, and our poor understanding of species boundaries hamper understanding of their diversity. The focus of the present study was to improve our knowledge of this group by carrying out the most comprehensive phylogenetic study possible. The first chapter presents an overview of our current taxonomic knowledge of the family and the genus, as well as a newly revised list of valid names in Paepalanthus, which were only previously estimated. The list contains the infrageneric categories to which the species are assigned, their distributions, and comments when necessary. In the second chapter, a taxonomic study of Paepalanthus ser. Paepalanthus (P. [unranked] Variabiles) is presented, with the recognition of 127 species and delimitation of two complexes based on the examination of 16,000 exsiccate from Brazilian and other herbaria. A list of valid names, synonyms, nomenclatural notes, distribution maps, photographs of species in the field, and a discussion about the patterns found in Paepalanthus ser. Variabiles were produced. The third and last chapter presents the reconstruction of the phylogenetic hypothesis for Paepalanthus. It is based on data of three molecular markers (one plastid and two nuclear) obtained from 174 species of Paepalanthus, 20 species of other genera that emerged within Paepalanthus in previous phylogenies, and 12 species from external groups. The topology resulting from all of the analyses demonstrated good resolution, with well-supported clades, allowing the proposal of a new classification with consistent morphological correspondence / A sistemática filogenética vem revolucionando as classificações biológicas, aumentando o entendimento da evolução das características dos seres vivos e resultando em um sistema de referência mais eficiente. Ao mesmo tempo, a informatização e disponibilização online das coleções biológicas tem acelerado o estabelecimento de acervos com alta confiabilidade taxonômica. No entanto, o gênero Paepalanthus, que respresenta uma importante irradiação de monocotiledôneas nos Neotrópicos e dos campos rupestres, está muito aquém do que poderia no que diz respeito ao seu entendimento, tanto taxonômico quanto evolutivo. O grande número de espécies em grupos não monofiléticos, a falta de circunscrição taxonômica e a grande dificuldade de aplicabilidade dos nomes das espécies emperram o entendimento de sua diversidade. O foco principal do trabalho foi melhorar o conhecimento desse grupo e a partir dos materiais coletados, realizar um estudo filogenético mais abrangente quanto possível. No primeiro capítulo, é apresentado um panorama geral sobre o gênero, bem como uma lista atualizada dos nomes aceitos em Paepalanthus que, até agora, eram somente estimativas. A lista contém categorias infragenéricas as quais as espécies foram atribuídas, incluindo sua distribuição e comentários quando necessário. No segundo capítulo, um estudo taxonômico de Paepalanthus ser. Paepalanthus (=P. [não-ranqueado] Variabiles) é apresentado, com o reconhecimento de 127 espécies e delimitação de dois complexos, a partir de 16.000 exsicatas examinadas em herbários brasileiros bem como internacionais. Foi produzida uma lista nomes aceitos, sinônimos, notas nomenclaturais, mapas de distribuição, fotografia das espécies em campo e uma discussão sobre os padrões encontrados em Paepalanthus ser. Variabiles. No terceiro e último capítulo, é apresentada a reconstrução da hipótese filogenética de Paepalanthus. Essa reconstrução é baseada em dados de três marcadores moleculares (um plastidial e dois nucleares), obtidos de 174 espécies de Paepalanthus, 20 espécies de outros gêneros que emergem juntamente com Paepalanthus nas filogenias anteriores e mais 12 espécies representando o grupo-externo. A topologia resultante de todas as análises apresentou boa resolução, com clados bem sustentados, permitindo que uma nova classificação fosse proposta com correspondência morfológica consistente

Quatro gêneros compõem a tribo Callitrichini: Callibella (monotípico), Callithrix (com seis espécies), Cebuella (monoespecífico) e Mico (com 13 espécies, recentemente desmembrado de Callithrix por filogenias moleculares). As espécies da tribo ocorrem desde o sudeste do Brasil (estado de São Paulo), até o sul da Colômbia (departamento de Putumayo). Atualmente, morfologistas não reconhecem a validade de Mico, e Callibella não é reconhecido em algumas filogenias moleculares. Com o objetivo de testar a validade desses quatro gêneros, estabelecer hipóteses de relacionamento entre eles e entre as espécies que os compõem, realizei uma filogenia morfológica incluindo todas 21 espécies atualmente reconhecidas para o grupo. O grupo-externo é constituído por Callimico goeldii, Leontopithecus chrysomelas, L. chrysopygus, Saguinus fuscicollis weddelli, S. midas midas, Saimiri ustus e Callicebus moloch. Foram obtidos 80 caracteres, 34 considerados multiestado. Desse total, quatro são morfológicos quantitativos, 21 tegumentares e 51 osteológicos quantitativos, um cariológico e três vocais. Para comparar os caracteres osteológicos e tegumentares, duas análises utilizando somente caracteres desses sistemas foram realizadas. Na análise tegumentar, foram obtidas 72 árvores com comprimento (l) de 84 passos e um índice de consistência (IC) de 0,571. A análise osteológica resultou em 12 árvores (l = 104; IC = 0,635). Comparando os IC, os caracteres de pelagem se revelaram mais homoplásticos que os osteológicos. Ainda, os primeiros resolviam principalmente as relações em níveis taxonômicos menos inclusivos, i.e. relações interespecíficas, enquanto que os osteológicos recuperavam tribos e gêneros. Após uma busca exata, utilizando os 80 caracteres, obtive uma única árvore totalmente resolvida (l = 211, IC = 0,588 e índice de retenção = 0,787). O monofiletismo de Callitrichini foi evidenciado, e o clado apresentou suporte Bremer igual a 10 passos. O grupo irmão da tribo foi Leontopithecus. A topologia do grupo-interno foi a seguinte: (((((Mico argentatus + M. leucippe) M. emiliae) ((M.marcai + M. nigriceps) M. rondoni)) (M. acariensis + M. melanurus)) ((M. mauesi + M. humeralifer) Callibella humilis) ((M. intermedius + M. saterei) M. chrysoleucos)) Cebuella pygmaea) ((Callithrix jacchus + C. penicillata)((C. aurita + C. flaviceps)(C. geoffroyi + C. kuhlii))). Devido à posição de Callibella, considero o gênero como sinônimo júnior de Mico, sendo M. humilis um representante diminuto do gênero provavelmente por ocorrer em simpatria com M. marcai. Callithrix é altamente autapomórfico, com nove sinapomorfias e um alto suporte de Bremer (7 passos). A relação Cebuella + Mico é inédita em estudos morfológicos e o grupo foi unido por sete sinapomorfias (suporte de Bremer = 5). Devido ao alto número de autapomorfias em Callithrix, o considero um gênero adaptado à sazonalidade e ao ambiente floristicamente pobre do leste do Brasil. A dicotomia inicial de Mico corresponde aproximadamente à clássica separação taxonômica das espécies com tufo e sem tufo. As relações interespecíficas desse gênero revelam um grupo parafilético ocorrendo no interflúvio Madeira/Tapajós. Este trabalho, portanto, reconhece três gêneros em Callitrichini: Callithrix, Cebuella e Mico, sendo a primeira filogenia morfológica a obter (Cebuella + Mico) e a primeira a propor que M. humilis estaria inserido em um subclado de Mico. / The tribe Callitrichini is composed of four marmoset genera: Callibella (monotypic, described in 2003), Callithrix (six species), Cebuella (monospecific) and Mico (13 species, recently revalidated based on molecular phylogenies). These species occur from southeastern Brazil to southern Colombia. Presently, morphologists do not recognize Mico as valid, and Callibella is also not recognized in molecular phylogenies. Aiming to test the validity of these genera and formulate relationships hypotheses among them and their species, I carried out a morphological phylogeny including all 21 currently recognized species of marmosets. The outgroup was composed of Callimico goeldii, Leontopithecus chrysomelas, L. chrysopygus, Saguinus fuscicollis weddelli, S. midas midas, Saimiri ustus e Callicebus moloch. A total of 80 characters, 34 multistate, were obtained. From this number, four are quantitative morphological, 21 qualitative tegumentar and 51 osteological, a karyological and three vocal. In order to compare tegumentary and osteological character set, two analyses, using exclusively characters from these morphological systems were carried out. On the tegumentar analysis, 72 trees with a length (l) of 84 steps and consistency index (CI) of 0.571, were obtained. The osteological analysis resulted in 12 tress (l = 104; IC = 0.635). By comparing the CIs, the pelage characters revealed to be more homoplastic than the osteological ones. Still, the former were better at resolving relationship at less inclusive levels, taxonomically, i.e. interspecific relations, while osteological characters recovered tribes and genera. After an exhaustive search, including all 80 characters, a single completely resolved tree was obtained (l = 211, IC = 0.588, retention index = 0.787). Callitrichini turned out to be a monophyletic group, with a Bremer support of 10 steps. The lion-tamarin genus Leontopithecus was its sister group. The ingroup topology was as follows: (((((Mico argentatus + M. leucippe) M. emiliae) ((M.marcai + M. nigriceps) M. rondoni)) (M. acariensis + M. melanurus)) ((M. mauesi + M. humeralifer) Callibella humilis) ((M. intermedius + M. saterei) M. chrysoleucos)) Cebuella pygmaea) ((Callithrix jacchus + C. penicillata)((C. aurita + C. flaviceps)(C. geoffroyi + C. kuhlii))). Callibella was nested inside Mico, and thefore it is to be regarded as a junior synonym of it. The significantly smaller size of Mico humilis may be related to the fact that it occurs sympatrically with M. marcai. Callithrix is a highly autapomorphic genus, with nine characters supporting it and a Bremer support of seven steps. Due to this fact, the genus is herein considered to be an eastern Brazil specialist. The clade Cebuella +Mico, supported by seven synapomorphies (Bremer support = 5), is recovered for the first time in a morphological work. The first dichotomy in Mico corresponds roughly to the classical tufed and untufted division. The interspecific relations among this genus reveal a paraphyletic group inhabiting the Madeira/Tapajós interfluvium. This work therefore recognizes three marmoset genera: Callithrix, Cebuella and Mico, being the first morphological phylogeny to obtain (Cebuella + Mico) and the first one to propose that M. humilis is nested within Mico.

A família Accipitridae compreende 67 gêneros e 256 espécies globalmente distribuídas e, representada por águias, gaviões e abutres do Velho Mundo, figura como uma das linhagens mais representativas de aves não-passeriformes atuais. O relacionamento filogenético entre os gêneros de Accipitridae consiste no assunto mais debatido em trabalhos dedicados à sistemática da família, com inúmeros esforços voltados ao reconhecimento de subgrupos que, em sua maioria, foram fundamentados em similaridade global entre os táxons. Apesar de haver diversos estudos sobre anatomia comparada do grupo, estudos morfológicos com base em metodologias cladistas estão restritos a uma única investigação, que resultou em uma compreensão limitada sobre a filogenia do grupo. Em contrapartida, na última década surgiram inúmeras hipóteses com base em dados moleculares, que trataram diversos níveis taxonômicos da família. Alguns destes estudos demonstraram que a grande maioria dos agrupamentos tradicionais não corresponde a grupos monofiléticos e propuseram um novo arranjo intrafamiliar para o grupo. Neste contexto, o presente estudo propõe uma hipótese filogenética para os Accipitridae, com base no estudo do esqueleto craniano e pós-craniano, utilizando-se de uma ampla representatividade taxonômica do grupo. Para tal, foram examinados 433 espécimes, pertencentes a coleções brasileiras e norte-americanas, os quais representaram 113 espécies e 59 gêneros de accipitrídeos, além de quatro táxons utilizados como grupos externos, pertencentes à ordem Accipitriformes. A partir do estudo comparado deste material, foram codificados 161 caracteres osteológicos, dos quais 116 são binários e 45 multiestados não-ordenados, atribuídos a 117 táxons terminais. A matriz de caracteres foi submetida às análises de parcimônia, o que resultou em 36 árvores igualmente parcimoniosas. A topologia de consenso estrito mostrou-se bem resolvida e consideravelmente congruente às hipóteses filogenéticas prévias sobre Accipitridae, com base em dados moleculares, uma vez que 11 das 14 subfamílias propostas naqueles estudos foram aqui recuperadas e apresentaram suporte significativo. Assim, com base na topologia obtida, bem como no conhecimento acumulado sobre a filogenia do grupo, foi proposto um rearranjo taxonômico para a família Accipitridae, composto por 10 subfamílias, duas das quais incluem três tribos cada: Gypaetinae (Gypaetini, Polyboroidini e Pernini), Macheiramphinae, Aegypiinae, Circaetinae, Elaninae, Harpiinae, Aquilinae, Haliaeetinae, Milvinae e Buteoninae (Buteonini, Circini e Accipitrini). Adicionalmente, foram feitas recomendações para a atualização da nomenclatura de alguns gêneros e espécies de Accipitridae. / The family Accipitridae comprises 67 genera and 256 species with a global distribution and, represented by hawks, eagles and Old World vultures, it figures as one of the largest lineages of non-passerine modern birds. Phylogenetic relationships among accipitrid genera have been a contentious issue in studies on the family systematics, with many efforts aimed at the recognition of subgroups, most of which have been founded on overall similarity between taxa. Although there have been several studies on the comparative anatomy of the group, morphological studies based on cladistic methods are restricted to a single investigation which provided only limited insights into the phylogeny of the group. In contrast, in the last decade, several hypotheses based on molecular data have been put forward that treat with various taxonomic levels the family. Some of these studies demonstrated that many of the traditional assemblages do not correspond to monophyletic groups, and they have proposed novel intrafamilial arrangements for the family. In this context, the present study presents a phylogenetic hypothesis for the Accipitridae based on a study of the cranial and post-cranial skeletal material from a large taxonomic representation of the group. Some 433 specimens were consulted, from Brazilian and North-American collections, and representing 113 species and 59 accipitrid genera, with an additional four used as outgroup taxa belonging to the order Accipitriformes. From the comparative study of the material, 161 osteological characters were coded, of which 116 were binary and 45 non-ordered multistate and attributed to 117 terminal taxa. The data matrix was submitted to parsimony analysis resulting in 36 equally most parsimonious trees. The strict consensus topology was well-resolved and largely congruent with the phylogenetic hypotheses for Accipitridae based on molecular data, with 11 of the 14 subfamilies proposed by those studies recovered in the present study, all with significant support. Based on the topology obtained, and known phylogenies of the group, a taxonomic rearrangement for the family Accipitridae was proposed comprising 10 subfamilies, two of which each include three tribes: Gypaetinae (Gypaetini, Polyboroidini and Pernini), Macheiramphinae, Aegypiinae, Circaetinae, Elaninae, Harpiinae, Aquilinae, Haliaeetinae, Milvinae and Buteoninae (Buteonini, Circini and Accipitrini). Additional recommendations were made for updating the nomenclature of some genera and species in the Accipitridae.

Este trabalho consiste em uma caracterização morfológica das espécies-tipo da maioria dos gêneros que compõem a subfamília Geoplaninae, e quatro espécies destinadas a servir como grupos externos (Pelmatoplanini, Anzoplanini, Caenoplanini, Bipaliinae). A estudo morfológico das espécies resultou em 69 caracteres morfológicos que foram inseridos em uma matriz de dados e preparados para análise filogenética. Quinze espécies adicionais de outros gêneros de Geoplaninae também foram incluídos na análise. Os resultados corroboram o monofiletismo da subfamília Geoplaninae. De acordo com a hipótese de Meixner, o clado formado pelos gêneros Enterosyringa e Xerapoa, que compartilha características morfológicas com espécies do grupo externo, é o grupo de irmãos de todas as demais espécies de Geoplaninae. Descobrimos que as características anatômicas do aparelho copulador, como a presença e o tipo de papila peniana mostraram possuir muitas reversões e não se mostraram filogeneticamente informativas. Caracteres do sistema muscular podem ser usados de forma mais efetiva para a definição de grupos taxonômicos dentro do Geoplaninae e como indicadores de suas relações evolutivas. Nenhum dos aspectos diagnóstico atuais de da Geoplaninae correspondeu a caracteres autopomórficos em nossa análise. Nossos resultados sugerem que vários gêneros de Geoplaninae representam grupos não naturais, i.e., Geoplana e Notogynaphallia, com alguns caracteres diagnósticos sendo homoplásicos. / This work consists of a morphological characterization of the type species of most of the genera that compose Geoplaninae, and four species intended to serve as outgroups (Pelmatoplanini, Anzoplanini, Caenoplanini, Bipaliinae). The morphological study of the species resulted in 69 morphological characters that were entered into a data matrix and prepared for phylogenetic analysis. Fifteen additional species from other Geoplaninae genera were also included in the analysis. The results corroborate the monophyletic status of the subfamily Geoplaninae. According with Meixner\'s hypothesis, the clade formed by Enterosyringa and Xerapoa species, sharing morphological characteristics with outgroup species, is the sister group of all other Geoplaninae species. We found that anatomical features of the copulatory apparatus, such as the presence and type of penis papilla showed many reversions and were not phylogenetically informative. Characters of the muscular system can be used much better for defining taxonomic groups within the Geoplaninae and as indicators of their evolutionary relationships. None of the present diagnostic features of the Geoplaninae formed autapomorphic characters in our analysis. Our results suggest that several genera of Geoplaninae represent unnatural groups, viz., Geoplana and Notogynaphallia, with some diagnostic characters being homoplasic.

Orientador: Reinaldo José Bertini / Banca: Marco Brandalise de Andrade / Banca: Herculano Marcos Feraz de Alvarenga / Banca: Roberto Goiten / Banca: Douglas Riff Gonçalves / Resumo: Crocodilomorfos são o grupo de vertebrados fósseis mais expressivo do Grupo Bauru, contando com 25 espécies formalmente descritas, distribuídas entre quatro principais agrupamentos: Notosuchia, Baurusuchidae, Peirosauridae e "Trematochampsidae". À luz dos novos morfótipos descritos se faz necessária uma análise filogenética, a fim de testar possíveis relações com os táxons estabelecidos. Adicionalmente nenhum trabalho traz uma abordagem metodológica a respeito da paleobiogeografia destes grupos. Deste modo, os objetivos desse trabalho foram realizar uma análise filogenética e utilizar seus resultados pela primeira vez em uma análise de Parcimônia de Brooks. O resultado da análise levou a 3 árvores de 2259 passos cada uma, gerando uma árvore de consenso também com 2270 passos. Mesoeucrocodylia foi recuperado, sendo composto por dois clados mais inclusivos: Neosuchia e Gondwanasuchia. Este último formado Sebecia e Notosuchia. Sebecia inclui um grupo monofilético formado por "Trematochampsidae", Peirosauridae e Itasuchidae, um clado que inclui Caririsuchus, Itasuchus, Barreirosuchus, Pepesuchus e MCT-1723-R. Este último táxon apresenta semelhanças morfológicas profundas com Pepesuchus e foi classificado como Pepesuchus sp. As relações dentro desse clado sempre formam politomias, foram resgatadas todas resolvidas. Notosuchia inclui um grupo de formas mais avançadas composto por dois clados. Um deles é Baurusuchia, que resgatas as subfamílias Pissarrachampsinae e Baurusuchinae, mas não encontra Baurusuchus pachecoi e Baurusuchus salgadoensis como táxons irmãos. O outro clado dentro de Notosuchia é formado por Notosuchidae como grupo irmão de um clado formado por Morrinhosuchus e Sphagesauridae, com Labidiosuchus e Adamantinasuchus no âmbito desta família. Mariliasuchus robustus compartilha diversas similaridades morfológicas com Mariliasuchus amarali, enquanto que as diferenças entre ambos os táxons... / Abstract: Crocodylomorphs are the most expressive group of vertebrate fossils from the Bauru Group, counting 25 formally described species, distributed among four main groups: Notosuchia, Baurusuchidae, Peirosauridae, Trematochampsidae. Facing the new morphotypes described it is necessary a phylogenetic analysis to test possible relationships with established taxa. Besides, none work brings a methodology regarding a biogeographic approach to these goups, thus the objectives of this study were to perform a phylogenetic analysis and use the results to a Brooks Parsimony analysis. The result of the analysis took to 3 trees of 2259 steps each, generating a consensus tree of 2270 steps. Mesoeucrocodylia was recovered, consisting of two more inclusive clades: Neosuchia and Gondwanasuchia. The latter is composed by Sebecia and Notosuchia, Sebecia includes a monophyletic group composed by "Trematochampsidae", Peirosauridae, and Itasuchidae, a clade comprising Caririsuchus, Itasuchus, Barreirosuchus, Pepesuchus, and MCT-1723-R. This last taxon showing large morphologic similarities with Pepesuchus and was classified like Pepesuchus sp. The relationships inside this clade always return polytomies, and they were recovered all solved. Notosuchia included a group of advanced forms comprising two clades, one of this is Baurusuchia, recovering the subfamilies Pissarrachampsinae and Baurusuchinae, but not finding Baurusuchus pachecoi and Baurusuchus salgadoensis like sister-taxa. The other clade inside Notosuchia is formed by Notosuchidae with a sister-group of a clade comprising by Morrinhosuchus and Sphagesauridae, with Labidiosuchus and Adamantinasuchus inside that family. Mariliasuchus robustus sharing several morphological similarities with Marliasuchus amarali,while the differences between both the taxa are resultants of sexual dimorphism. Therefore, M. robustus is a junior synonym of M. amarali. The results of Brooks Parsimony analysis is a General Area ... / Doutor

Ho, Ka Chai. / Thesis submitted in: November 2006. / Thesis (M.Phil.)--Chinese University of Hong Kong, 2007. / Includes bibliographical references (leaves 127-145). / Abstracts in English and Chinese. / Abstract --- p.i / Abstract (Chinese) --- p.iii / Acknowledgements --- p.v / Table of Contents --- p.vi / List of Tables --- p.ix / List of Figures --- p.x / Chapter Chapter 1 --- General Introduction --- p.1 / Chapter 1.1 --- Molecular phylogeny of Metanephrops --- p.1 / Chapter 1.2 --- Identification of Nephropidae using DNA barcodes --- p.3 / Chapter Chapter 2 --- Literature Review --- p.5 / Chapter 2.1 --- Molecular phylogenetic studies of crustaceans --- p.5 / Chapter 2.1.1 --- Molecular phylogeny and reasons of using molecular markers in phylogenetic studies --- p.5 / Chapter 2.1.2 --- Characteristics of animal mitochondrial genome --- p.7 / Chapter 2.1.3 --- Examples of crustacean phylogenetic studies derived from mitochondrial DNA --- p.8 / Chapter 2.2 --- Identification of species based on DNA barcode --- p.17 / Chapter 2.2.1 --- Traditional taxonomy and its current practice --- p.17 / Chapter 2.2.2 --- Needs for DNA barcode --- p.18 / Chapter 2.2.3 --- Molecular identification based on DNA barcodes --- p.21 / Chapter 2.3 --- Taxonomy of Nephropidae --- p.28 / Chapter 2.3.1 --- Classification and phylogenetic relationship of Nephropidae --- p.28 / Chapter 2.3.2 --- Classification and distribution of Metanephrops --- p.31 / Chapter 2.3.3 --- Evolutionary history of Metanephrops --- p.36 / Chapter Chapter 3 --- Molecular Phylogeny of Metanephrops --- p.38 / Chapter 3.1 --- Introduction --- p.38 / Chapter 3.2.1 --- Species studied and sample collection --- p.41 / Chapter 3.2.2 --- DNA extraction --- p.43 / Chapter 3.2.3 --- Amplification of mitochondrial genes --- p.43 / Chapter 3.2.4 --- Nucleotide sequencing --- p.46 / Chapter 3.2.4.1 --- Asymmetric PCR --- p.46 / Chapter 3.2.4.2 --- Purification of asymmetric PCR products --- p.47 / Chapter 3.2.5 --- Sequence alignment --- p.47 / Chapter 3.2.6 --- Phylogenetic analyses --- p.48 / Chapter 3.3 --- Results --- p.50 / Chapter 3.3.1 --- PCR products of 16S rRNA and COI genes --- p.50 / Chapter 3.3.2 --- Nucleotide composition of 16S rRNA gene alignments --- p.52 / Chapter 3.3.3 --- Nucleotide composition of COI gene alignments --- p.54 / Chapter 3.3.4 --- Intraspecific and interspecific genetic variation --- p.56 / Chapter 3.3.5 --- Phylogenetic analysis based on 16S rRNA gene sequences --- p.61 / Chapter 3.3.6 --- Phylogenetic analysis based on COI gene sequences --- p.68 / Chapter 3.3.7 --- Phylogenetic analysis based on combined data set --- p.74 / Chapter 3.4 --- Discussion --- p.80 / Chapter 3.4.1 --- Interspecific genetic divergence --- p.80 / Chapter 3.4.2 --- Monophyly of the four species groups --- p.81 / Chapter 3.4.3 --- Phylogenetic relationship in Metanephrops --- p.84 / Chapter 3.4.4 --- Evolutionary history of Metanephrops --- p.90 / Chapter Chapter 4 --- Molecular Identification of Nephropidae --- p.92 / Chapter 4.1 --- Introduction --- p.92 / Chapter 4.2 --- Materials and methods --- p.93 / Chapter 4.2.1 --- Species studied and sample collection --- p.93 / Chapter 4.2.2 --- DNA extraction --- p.95 / Chapter 4.2.3 --- Amplification of genes --- p.95 / Chapter 4.2.4 --- PCR profiles for mitochondrial genes --- p.97 / Chapter 4.2.5 --- Nucleotide sequencing --- p.97 / Chapter 4.2.6 --- Purification of asymmetric PCR products --- p.97 / Chapter 4.2.7 --- Sequence alignment --- p.97 / Chapter 4.2.8 --- Cluster analysis --- p.97 / Chapter 4.2.9 --- Graphical summary of species similarity --- p.98 / Chapter 4.2.10 --- Testing of molecular identification system in Nephropidae --- p.98 / Chapter 4.3 --- Results --- p.100 / Chapter 4.3.1 --- PCR products and sequence alignments of 16S rRNA and COI genes --- p.100 / Chapter 4.3.2 --- Species identification for clawed lobsters --- p.100 / Chapter 4.3.2.1 --- 16S rRNA profile --- p.100 / Chapter 4.3.2.2 --- COI profile --- p.108 / Chapter 4.4 --- Discussion --- p.116 / General Conclusion --- p.124 / Literature Cited --- p.127 / Appendices --- p.146

The genus Pristimantis has 500 species of anurans with distribution in northwest South America, specially in the Andes. Due to the large number of species morphologically diverse, the genus was divided in 11 species groups, with 312 species not allocated in any of them. The great number of species not allocated in species groups is due to the lack of morphological characters to better define and diagnose these groups, and because most of the anteriorly recognized groups in the literature of 70, 80 and 90s decades of the last century were not recovered monophyletic in the most recent phylogenetic analyses. The present study aims to perform a phylogenetic analysis of Pristimantis, with phenotypic and genotypic characters, through total evidence with dynamic homology and parsimony. As a result, Pristimantis is not monophyletic and some of its species were reallocated in the genus Tachiramantis. The species groups within Pristimantis were reformulated with proposed diagnosis. In total, 25 species groups are here defined / O gênero Pristimantis possui 500 espécies de anfíbios anuros com distribuição no noroeste da América do Sul, concentrado principalmente nos Andes. Devido ao grande número de espécies, morfologicamente diversas, o gênero encontra-se atualmente dividido em 11 grupos de espécies, com 312 espécies não alocadas em grupos. O grande número de espécies não alocadas em grupos se deve especialmente pela falta de dados morfológicos para definir e diagnosticar esses grupos, e pelo fato dos grupos anteriormente reconhecidos nas décadas de 70, 80 e 90, serem em sua grande maioria não monofiléticos. O presente trabalho tem como objetivo uma análise filogenética do gênero Pristimantis, utilizando caracteres fenotípicos e genotípicos através de uma análise de evidência total utilizando homologia dinâmina e parcimônia. Pristimantis não resultou monofilético e algumas de suas espécies foram realocadas no gênero Tachiramantis. Os grupos de espécies em Pristimantis foram reformulados com diagnoses propostas. No total 25 grupos de espécies são reconhecidos