Orientador: Antonio Batista Filho / Banca: Wilson Badiali Crocomo / Banca: José Eduardo Marcondes Almeida / Resumo: Neste trabalho estudou-se a patogenicidade de alguns isolados de Metarhizium anisopliae à cigarra do cafeeiro Fidicinoides pronoe. Além disso, utilizou-se o isolado IBCB 348 para determinação da CL90 e avaliação da compatibilidade do fungo com produtos fitossanitários empregados na cultura do café. Todos os isolados de M. anisopliae testados em cigarras do café foram patogênicos, causando mortalidades confirmadas de 50 %, com exceção dos isolados IBCB 410 e IBCB 348, que atingiram mortalidade de 60 %. Observou-se que a mortalidade foi maior nos 5 primeiros dias, havendo diminuição da mesma a partir do 6o dia. No teste de compatibilidade com produtos fitossanitários verificou-se que o fungicida oxicloreto de cobre, nas duas doses avaliadas (5.000g/ha e 2.000g/ha), resultou em maior produção de conídios e redução do crescimento vegetativo. O thiabendazole (35g/ha concentração mínima) e o hidróxido de cobre (5.000g/ha concentração máxima) não diferiram da testemunha quanto à produção de conídios. Já os produtos thiabendazole (1.500g/ha concentração máxima), benomyl (1.000g/ha), tebuconazole (100mL/ha), cyproconazole (200mL/ha) e mancozeb (5.000g/ha e 3.500g/ha) foram estatisticamente iguais entre si, mas apresentaram menor produção de conídios do que a testemunha. Através da fórmula de T, que avalia a compatibilidade dos produtos e sua toxicidade, o oxicloreto de cobre (2.000g/ha) e o thiabendazole (35g/ha) foram considerados compatíveis com M. anisopliae. Os demais fungicidas avaliados foram classificados como muito tóxicos e não apresentaram produção de conídios e crescimento vegetativo, com exceção de thiabendazole (1.500g/ha), que apresentou crescimento vegetativo. Quanto aos herbicidas avaliados, todos os produtos foram classificados como muito tóxicos nas concentrações testadas, afetando o crescimento vegetativo e a produção de conídios... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: This paper deals with the pathogenicity of some isolates of Metarhizium anisopliae to the coffee cicada, Fidicinoides pronoe. Also, the isolate IBCB 348 were used to determine the LC90 and to evaluate the compatibility of this fungus with the pesticides used on the coffee crop. All M. anisopliae isolates were pathogenic to the coffee cicada, causing at least 50 % of confirmed mortality. The virulence of the fungus was higher in the first five days, decreasing after the sixth day. The fungicide copper oxicloreto, in both concentrations, resulted in higher production of conidia and reduction of vegetative growth. Thiabendazole (minimum concentration) and copper hydroxide (maximum concentration) led to conidia production similar to the control. Thiabendazole (maximum concentration), benomyl, tebuconazole, cyproconazole and mancozeb (both concentrations) showed lower production of conidia than the control. By using the T formula, which evaluate the compatibility of the pesticides and their toxicity, copper oxicloreto and thiabendazole were considered compatibles with M. anisopliae. The remaining fungicides were classified as very toxic and showed neither production of conidia nor vegetative growth, excepting thiabendazole (maximum concentration), which resulted in vegetative growth. All herbicides were very toxic to the fungus. Among the insecticides, thiamethoxam were considered compatible to M. anisopliae; the other products resulted in lower production of conidia and were considered from moderately to very toxic. / Mestre

In this thesis, I set out to investigate the nature of nonhost resistance responses of Nicotianae sylvestris against Phytophthora capsici and P. infestans. Schulze-Lefert and Panstruga (2011) proposed that the inability of a pathogen to establish infection in nonhost plants could be a feature of the phylogenetic distance between host and nonhost plants. In distantly related plants PAMP triggered immunity is thought to be the major contribution to resistance as effectors are inappropriately attuned to perturb their orthologous plant targets. In contrast, effector triggered immunity (ETI) could be the major contributor to resistance in nonhost plants that are more closely related to the host plants. P. capsici and P. infestans can both infect Solanaceae plants including Solanum lycopersicum and N. benthamiana but both fail to cause disease or complete their life-cycle in N. sylvestris. Based on the hypothesis of Schulze-Lefert and Panstruga (2011), ETI should be contributing towards effective nonhost resistance responses in N. sylvestris against both pathogens. In addition, it is tempting to speculate that N. sylvestris, with a limited availability of functional resistance genes including Nucleotid binding-Leucine rich repeats (NB-LRRs), could be setup to recognise and responds to sequence-related effectors from P. infestans and P. capsici, rather than to have resistance genes that are specifically attuned to either pathogen. I conducted three research strands to test this theory. In Chapter 3 I used MCL clustering to classify 563 P. infestans and 515 P. capsici RXLR effector genes and defined families on the basis of sequence similarity. I found that the P. infestans and P. capsici RXLR complements are mostly species-specific. To investigate the role of ETI in nonhost resistance, 48 P. capsici and 82 P. infestans RXLR were screened for recognition by the nonhost plant N. sylvestris. Using this approach I identified 4 P. infestans and 8 P. capsici effectors that are consistently recognised in N. sylvestris (Chapter 4). Surprisingly, most of the recognised effectors are part of species-specific clusters. In Chapter 5 I established and implemented PathSeq, an enrichment and sequencing tool that facilitates the massively parallel study of naturally occurring diversity of pathogen effectors, including those that are recognised in N. sylvestris. In the same chapter I also used PathSeq and de novo prediction to expand the P. infestans RXLR complement from 563 to 1220 putative effectors. In this thesis I have shown that P. infestans and P. capsici effector set are diversifying at the sequence level. My data also suggests that ETI might play a part in nonhost resistance of N. sylvestris to P. capsici and P. infestans. Finally I have presented PathSeq, a tool that allows the study of the effectors set in multiple isolates at the time, and this, for a fraction of the cost of a full genome sequencing experiment.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:28:36Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2004-07-27Bitstream added on 2014-06-13T20:58:37Z : No. of bitstreams: 1 cintra_err_me_botfca.pdf: 215151 bytes, checksum: 7ae1761f27a1919df5207f8df40e958d (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (EMBRAPA) / Neste trabalho estudou-se a patogenicidade de alguns isolados de Metarhizium anisopliae à cigarra do cafeeiro Fidicinoides pronoe. Além disso, utilizou-se o isolado IBCB 348 para determinação da CL90 e avaliação da compatibilidade do fungo com produtos fitossanitários empregados na cultura do café. Todos os isolados de M. anisopliae testados em cigarras do café foram patogênicos, causando mortalidades confirmadas de 50 %, com exceção dos isolados IBCB 410 e IBCB 348, que atingiram mortalidade de 60 %. Observou-se que a mortalidade foi maior nos 5 primeiros dias, havendo diminuição da mesma a partir do 6o dia. No teste de compatibilidade com produtos fitossanitários verificou-se que o fungicida oxicloreto de cobre, nas duas doses avaliadas (5.000g/ha e 2.000g/ha), resultou em maior produção de conídios e redução do crescimento vegetativo. O thiabendazole (35g/ha concentração mínima) e o hidróxido de cobre (5.000g/ha concentração máxima) não diferiram da testemunha quanto à produção de conídios. Já os produtos thiabendazole (1.500g/ha concentração máxima), benomyl (1.000g/ha), tebuconazole (100mL/ha), cyproconazole (200mL/ha) e mancozeb (5.000g/ha e 3.500g/ha) foram estatisticamente iguais entre si, mas apresentaram menor produção de conídios do que a testemunha. Através da fórmula de T, que avalia a compatibilidade dos produtos e sua toxicidade, o oxicloreto de cobre (2.000g/ha) e o thiabendazole (35g/ha) foram considerados compatíveis com M. anisopliae. Os demais fungicidas avaliados foram classificados como muito tóxicos e não apresentaram produção de conídios e crescimento vegetativo, com exceção de thiabendazole (1.500g/ha), que apresentou crescimento vegetativo. Quanto aos herbicidas avaliados, todos os produtos foram classificados como muito tóxicos nas concentrações testadas, afetando o crescimento vegetativo e a produção de conídios... / This paper deals with the pathogenicity of some isolates of Metarhizium anisopliae to the coffee cicada, Fidicinoides pronoe. Also, the isolate IBCB 348 were used to determine the LC90 and to evaluate the compatibility of this fungus with the pesticides used on the coffee crop. All M. anisopliae isolates were pathogenic to the coffee cicada, causing at least 50 % of confirmed mortality. The virulence of the fungus was higher in the first five days, decreasing after the sixth day. The fungicide copper oxicloreto, in both concentrations, resulted in higher production of conidia and reduction of vegetative growth. Thiabendazole (minimum concentration) and copper hydroxide (maximum concentration) led to conidia production similar to the control. Thiabendazole (maximum concentration), benomyl, tebuconazole, cyproconazole and mancozeb (both concentrations) showed lower production of conidia than the control. By using the T formula, which evaluate the compatibility of the pesticides and their toxicity, copper oxicloreto and thiabendazole were considered compatibles with M. anisopliae. The remaining fungicides were classified as very toxic and showed neither production of conidia nor vegetative growth, excepting thiabendazole (maximum concentration), which resulted in vegetative growth. All herbicides were very toxic to the fungus. Among the insecticides, thiamethoxam were considered compatible to M. anisopliae; the other products resulted in lower production of conidia and were considered from moderately to very toxic.

Orientador: Aledir Silveira Pereira / Banca: Adilson Gonzaga / Banca: Rodrigo Capobianco Guido / Resumo: A manifestação de patógenos nas plantações é a maior causadora de prejuízos nos mais diversos cultivares, podendo ocasionar o aumento dos preços e a perda da qualidade dos produtos cultivados. O quanto antes for identificada a doença, mais cedo é realizado o seu controle através de agrotóxicos, tendendo, dessa forma, a diminuir a sua proliferação e, consequentemente, evitando maiores danos. No entanto, muitas vezes, a inspeção visual dos sintomas apresentados pela ocorrência de patógenos em uma folha de planta, não é considerada o suficiente para avaliar e identificar o tipo de doença que está causando a lesão, sendo necessário, para o diagnóstico da doença, uma análise mais detalhada por um agrônomo ou por meio de um exame laboratorial a partir da amostra da doença. Neste contexto, este trabalho realizou a classificação automática de doenças do algodoeiro, a partir da extração de características dos sintomas foliares apresentados em imagens digitais. Utilizou-se para este processo, a energia da transformada wavelet para extração de características das imagens e para realizar a classificação foi utilizado a Máquina de Vetor de Suporte (MVS). Ao percorrer o sistema final de classificação, uma imagem pode ser classificada entre cinco tipos de diagnósticos diferentes, como sendo "Sadia" (SA), lesionada com as doenças Ramulária (RA), Mancha Angular (MA) e Mancha de Ascochyta (AS), ou identificada pertencente a nenhuma das classes / Abstract: The expression of pathogens in the plantations is the leading cause of damage in several cultivars, which may cause higher prices and loss of quality of crops. The sooner the disease is identified, the sooner it is done through its control of pesticides, tending thus to reduce their proliferation and thus avoiding further damage. However, often the visual inspection of the symptoms presented by the occurrence of pathogens in a leaf, is not considered enough to assess and identify the type of disease that is causing the lesion, being necessary for the diagnosis of disease, a more detailed analysis by an agronomist or through a laboratory test sample from the disease. In this context, this paper carried the automatic classification of diseases of cotton, from the feature extraction of leaf symptoms presented in digital images. It was used for this process, the energy of wavelet transform to extract features from images and to perform the classification, we used the Support Vector Machine (SVM). By walking through the final system of classification, an image can be classified in five types of different diagnoses, as being "Healthy" (SA), with the injured Ramularia diseases (RA), Bacterial Blight (MA) and Ascochyta Blight (AS) or belonging to any of the identified classes / Mestre

Orientador: José Osmar Gaspar / Banca: Júlio César Borges / Banca: Jorge Alberto Marques Rezende / Banca: Marinônio Lopez Cornelio / Banca: Roberto da Silva / Resumo: A expressão de proteínas recombinantes em Escherichia coli produz proteínas que se acumulam como agregados insolúveis conhecidos como corpos de inclusão (CI). As proteínas na forma de CI são biologicamente ativas e com estrutura semelhante à proteína nativa quando a expressão é induzida a baixa temperatura. Estas características e a facilidade em purificar os CIs podem representar uma possibilidade de utilização dos CIs como antígenos para a produção de anticorpos policlonais. O gene da proteína capsidial (CP) do Southern bean mosaic virus (SBMV), um Sobemovirus, foi clonado no vetor pET 28a e a proteína expressa em E. coli a 25 º C. Uma análise comparativa entre a CP recombinante presente na forma de corpos de inclusão e a proteína nativa presente nas partículas virais purificadas foi realizada utilizando a técnica de espectroscopia de infravermelho (FT-IR). Os conteúdos de estruturas secundárias identificados diferiram nos percentuais de folha-β enquanto os percentuais hélices-α foram preservados. Uma estrutura tridimensional foi gerada por modelagem molecular por homologia e comparada com os dados obtidos nas análises de FT-IR. Os percentuais obtidos por FT-IR da CP nativa foram condizentes com os dados gerados por modelagem molecular por homologia. Mesmo com algumas diferenças nos conteúdos de folha- β da CP recombinante foi possível verificar um estado conformacional semelhante à proteína nativa. Os corpos de inclusão contendo a proteína recombinante expressa foram utilizados como antígenos para a imunização de coelhos. O antissoro obtido mostrou ser específico e compatível a um antissoro previamente preparado com partículas virais purificadas do SBMV na detecção do vírus em extratos de feijoeiros infectados utilizando imunoensaios por Western blot, PTA-ELISA, Dot Blot e Tissue Printing... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The production of recombinant proteins in Escherichia coli yields proteins that accumulate as insoluble aggregates known as inclusion bodies (IBs). Biologically active with native-like structure is trapped inside IBs when the expression is induced at low temperature. These features, and the facility to purify the IBs, can represent a possibility to use the IBs as an antigen for the production of polyclonal antibodies. The coat protein gene of Southern bean mosaic virus, a Sobemovirus, was cloned in the vector pET 28a and expressed in Escherichia coli at 25 ºC. The inclusion bodies containing the recombinant protein were isolated and purified. A comparative analysis between recombinant protein present in the form of inclusion bodies and native coat protein present in the purified virus particles was performed using Fourier transform infrared spectroscopy (FT-IR). The secondary structure contents identified differences in the percentage of β-sheets while α-helices content was much preserved. The three-dimensional structure was generated using molecular modeling and was compared to the data obtained from FT-IR analysis. The percentages obtained from FT-IR analyses of the native CP were consistent with the structure generated through homology molecular modeling. Nevertheless, some differences were present on the content of β-sheets structure of the recombinant CP indicating that the protein conformational state is found in a native like condition. The IBs containing the expressed protein were used as an antigen to immunize rabbits. The antiserum obtained showed to be specific and comparable to one previously prepared with purified SBMV particles, in the virus detection in leaf extracts of infected bean plants using Western blot, PTA-ELISA, Dot Blot and Tissue Printing assays. So, the use of IBs containing recombinant viral proteins to immunize rabbits is a new, easy and very... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

The banana tree (Musa spp.), is a plant explored in the majority of the tropical countries. Its fruit is consumed in practically all the countries of the world "in nature" or in form of candies, compotes, tinned, flakes, etc., which had to its energy value, caloric and wealth in vitamins and leaves minerals. The banana tree can be attacked by some pathogen, being distinguished fungus Fusarium oxysporum f. sp. cubense (Foc) that cause Panama disease, one of the main diseases of the culture. The search for alternative methods of control has been searched and in special the use of essential oils and vegetables extracts. This work was developed in laboratory conditions and greenhouse of the CECA/UFAL, with objectives to evaluate the fungitoxici effect "in vitro", "in vivo" and as inductive resistance of essential oils of Eucalyptus spp. (eucalypt citriodora variety), Cymbopogon winteranus (citronella), Caryophyllus aromaticus L. (india crave) and Piper aduncum L. (pepper-of-monkey) and of watery vegetables extracts of Caryophyllus aromaticus L. (india crave), Cinnamomum zeylanicum (cinnamon), Allium sativum L. (garlic), Ocimum basilicum (basil), Zingiber officinale Rosc. (ginger) and Ruta graveolens (arruda) and of the commercial products the ASM and Ecolife®. The oils had been added to the way of BDA in the 1,25 concentrations; 2,5; 3,75 and 5% and the watery vegetables extracts had been added to the way of BDA, in the concentrations of 5; 10; 15 and 20 % for watery vegetables extracts and 0,25; 0,5; 0,75 and 1 % for Ecolife®. For evaluation the index of intensity of the disease (ID), spread plants of banana tree of the variety apple had been sprayed with essential oils (1,25%) and with extracts of garlic and cinnamon (20%), extract of crave (15%) and Ecolife® (0,75%).After, the plants had been eight days inoculated with the suspension of Foc (104 con.mL-1), for the method of immersion of roots, for one hour. The oil of citronella, eucalypt, in all the tested concentrations, and the extracts of crave (15 and 20%) and Ecolife® (0,75 and 1%) had inhibited in 100% the mycelial growth of fungus, thus constituting the best treatments. While that, the oils of crave and pepper-of-monkey and the extracts of garlic and cinnamon had inhibited the mycelial growth partially, in all the tested concentrations, being that the extract of garlic to the measure that increased the concentration showed an increment in the PIC of fungus. In the in vivo evaluation, the oil of citronella presented the best one resulted (ID=25%), differing from the witness, the oils of crave and of eucalypt ID had presented = 95 and 75%, respectively. The extracts of crave and garlic, and Ecolife® ID had presented = 29, 25 and 8,33%. The total or partial inhibition of the mycelial growth of F. oxysporum f. sp. cubense, evaluated "in vivo", for essential oils and watery vegetables extracts, in the sample composites of antifúngica action. The activities of the phenylalanine enzyme ammonia lyase (PAL) were determined in plants submitted to the treatments, collected to the 24, 48, 72, 144 and 288 hours after the inoculation. Significant difference between the inductors and the witness, being distinguished Ecolife®, extract of basil was observed, oil of citronella, oil and extract of crave, and extract of arruda that had provided to the lesser indices of disease in the apple banana changes, respectively with 8,33; 12,5; 25,0; 29,17; 25,0; e 41,67 %.The Ecolife® inductor presented the best performance in relation to the other tested inductors and the witness, providing a control of 83,7% of the disease. All the analyzed treatments had presented the presence of the enzyme in accordance with, varying the level the date of extraction and the extract or used oil as inductive of resistance. The extract of crave presented one high enzymatic activity in extraction 24 and 48 hours after the inoculation of inoculate it. / Fundação de Amparo a Pesquisa do Estado de Alagoas / A bananeira (Musa spp.), é uma planta explorada na maioria dos países tropicais. Seu fruto é consumido em praticamente todos os países do mundo in natura ou em forma de doces, compotas, enlatados, flocos, etc., devido ao seu valor energético, calórico e riqueza em vitaminas e sais minerais. A bananeira pode ser atacada por vários patógenos, destacando-se o fungo Fusarium oxysporum f. sp. cubense (Foc) que causa o mal-do-Panamá, uma das principais doenças da cultura. A busca por métodos alternativos de controle tem sido pesquisada e em especial o uso de óleos essenciais e extratos vegetais. Este trabalho foi desenvolvido em condições de laboratório e casa-de-vegetação do CECA/UFAL, com os objetivos de avaliar o efeito fungitóxico in vitro , in vivo e como indutores de resistência de óleos essenciais de Eucalyptus spp. (eucalipto variedade citriodora), Cymbopogon winteranus (citronela), Caryophyllus aromaticus L. (cravo-da-índia) e Piper aduncum L. (pimenta-de-macaco) e dos extratos vegetais aquosos de Caryophyllus aromaticus L. cravo-da-índia, Cinnamomum zeylanicum (canela), Allium sativum L. (alho), Ocimum basilicum (manjericão), Zingiber officinale Rosc. (gengibre) e Ruta graveolens (arruda) e dos produtos comerciais o ASM e Ecolife®. Os óleos foram adicionados ao meio de BDA nas concentrações de 1,25; 2,5; 3,75 e 5% e os extratos vegetais aquosos foram adicionados ao meio de BDA, nas concentrações de 5; 10; 15 e 20 % para os extratos vegetais aquosos e 0,25; 0,5; 0,75 e 1 % para Ecolife®. Para avaliação o índice de intensidade da doença (ID), plantas micropropagadas de bananeira da variedade maçã foram pulverizadas com os óleos essenciais (1,25%) e com os extratos de alho e canela (20%), extrato de cravo (15%) e Ecolife® (0,75%). Após oito dias, as plantas foram inoculadas com a suspensão de Foc (104 con.mL-1), pelo método de imersão de raízes, por uma hora. O óleo de citronela, eucalipto, em todas as concentrações testadas, e os extratos de cravo (15 e 20%) e Ecolife® (0,75 e 1%) inibiram em 100% o crescimento micelial do fungo, constituindo assim os melhores tratamentos. Enquanto que, os óleos de cravo e pimenta-de-macaco e os extratos de alho e de canela inibiram parcialmente o crescimento micelial, em todas as concentrações testadas, sendo que o extrato de alho à medida que aumentava a concentração mostrava um incremento na PIC do fungo. Na avaliação in vivo , o óleo de citronela apresentou o melhor resultado (ID=25%), diferindo da testemunha, os óleos de cravo e de eucalipto apresentaram um ID= 95 e 75% , respectivamente. Os extratos de cravo e alho, e Ecolife® apresentaram um ID= 29, 25 e 8,33%. A inibição total ou parcial do crescimento micelial de F. oxysporum f. sp. cubense, avaliado in vivo , pelos óleos essenciais e extratos vegetais aquosos, nos mostra compostos de ação antifúngica. As atividades da enzima fenilalanina amônia liase (FAL) foi determinado em plantas submetidas aos tratamentos, coletadas às 24, 48, 72, 144 e 288 horas após a inoculação. Foi observada diferença significativa entre os indutores e a testemunha, destacando-se Ecolife®, extrato de manjericão, óleo de citronela, óleo e extrato de cravo, e extrato de arruda que proporcionaram os menores índices de doença nas mudas de banana maça, respectivamente com 8,33; 12,5; 25,0; 29,17; 25,0; e 41,67 %. O indutor Ecolife® apresentou o melhor desempenho em relação aos outros indutores testados e a testemunha, proporcionando um controle de 83,7% da doença. Todos os tratamentos analisados apresentaram a presença da enzima, variando o nível de acordo com a data de extração e o extrato ou óleo utilizado como indutor de resistência. O extrato de cravo apresentou uma alta atividade enzimática na extração 24 e 48 horas após a inoculação do inoculo.

La pomme, fruit le plus cultivé sur le sol français, est principalement menacée par le pathogène Venturia inaequalis, responsable de la maladie de la tavelure qui génère des pertes considérables si elle n'est pas traitée. La politique actuelle de gestions des risques phytopathologiques en France incite à une forte réduction des traitements phytosanitaires tout en maximisant le rendement et la qualité des productions. Dans ce contexte, il apparaît indispensable de mieux comprendre les interactions entre l'arbre, son pathogène, et leur environnement, qui s'articulent pour le cas de la tavelure du pommier autour de la durée d'humectation des feuilles. Au cours de ce travail nous nous sommes intéressés à ce paramètre pour essayer de mieux comprendre les interactions entre microclimat de l'arbre et durée d'humectation. L'étude s'est déroulée en trois étapes majeures : la modélisation de l'évaporation d'une goutte sur un support végétal, l'étude expérimentale de la mouillabilité des feuilles de pommier, et l'étude expérimentale de la variabilité spatiale de la durée d'humectation sous un couvert de pommiers. Ce travail a permis d’expliciter la forte variabilité intra-couronne de la durée d'humectation via la prise en compte de la structure de l’arbre et de la dynamique horaire du microclimat. Le modèle développé, au delà des liens déjà connus entre l’intensité du flux évaporatif et les variables climatiques, a montré la sensibilité importante du temps d’évaporation à la mouillabilité du support via la forme de la goutte d’eau, mettant en avant la nécessité de quantifier au mieux cette interaction goutte support via l’estimation des angles de contact statiques et dynamiques. / Apples, which are the most cultivated fruit in France, are mainly endangered by the fungal pathogen Venturia inaequalis that cause apple scab disease on apple. This disease can be responsible of major products loss unless orchards are treated against apple scab. Nowadays in France, the phytopathological diseases management policies are encouraging growers to reduce considerably the use of pesticides, while keeping a high quality and yield level. In this context, one must understand better how the plant, the pathogen and their environment, interact with each other: for apple scab, the most important environmental parameter is leaf wetness duration. During this work, we studied leaf wetness duration to understand the interactions that occur between the tree microclimate and the wetness duration. To do that we divided our work in three major steps : the modeling of evaporation of a droplet at rest on a leaf, the experimental study of apple leaves wettability, and the experimental study of wetness duration spatial variability within an apple trees orchard. This study led us to clarify the strong intra-crown variability of leaf wetness duration through the consideration of tree structure and hourly dynamics of microclimate. The model we developed, beyond the known links between the evaporative flux intensity and the climatic parameters, showed a strong sensibility of the evaporation duration to the substrate wettability, highlighting the necessity to quantify at best this interaction, through the estimation of static and dynamic contact angles.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:15Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-02-24Bitstream added on 2014-06-13T18:43:21Z : No. of bitstreams: 1 ozatojunior_t_dr_sjrp.pdf: 1586824 bytes, checksum: dea85cc33a334b628fea61b143707b14 (MD5) / A expressão de proteínas recombinantes em Escherichia coli produz proteínas que se acumulam como agregados insolúveis conhecidos como corpos de inclusão (CI). As proteínas na forma de CI são biologicamente ativas e com estrutura semelhante à proteína nativa quando a expressão é induzida a baixa temperatura. Estas características e a facilidade em purificar os CIs podem representar uma possibilidade de utilização dos CIs como antígenos para a produção de anticorpos policlonais. O gene da proteína capsidial (CP) do Southern bean mosaic virus (SBMV), um Sobemovirus, foi clonado no vetor pET 28a e a proteína expressa em E. coli a 25 º C. Uma análise comparativa entre a CP recombinante presente na forma de corpos de inclusão e a proteína nativa presente nas partículas virais purificadas foi realizada utilizando a técnica de espectroscopia de infravermelho (FT-IR). Os conteúdos de estruturas secundárias identificados diferiram nos percentuais de folha-β enquanto os percentuais hélices-α foram preservados. Uma estrutura tridimensional foi gerada por modelagem molecular por homologia e comparada com os dados obtidos nas análises de FT-IR. Os percentuais obtidos por FT-IR da CP nativa foram condizentes com os dados gerados por modelagem molecular por homologia. Mesmo com algumas diferenças nos conteúdos de folha- β da CP recombinante foi possível verificar um estado conformacional semelhante à proteína nativa. Os corpos de inclusão contendo a proteína recombinante expressa foram utilizados como antígenos para a imunização de coelhos. O antissoro obtido mostrou ser específico e compatível a um antissoro previamente preparado com partículas virais purificadas do SBMV na detecção do vírus em extratos de feijoeiros infectados utilizando imunoensaios por Western blot, PTA-ELISA, Dot Blot e Tissue Printing... / The production of recombinant proteins in Escherichia coli yields proteins that accumulate as insoluble aggregates known as inclusion bodies (IBs). Biologically active with native-like structure is trapped inside IBs when the expression is induced at low temperature. These features, and the facility to purify the IBs, can represent a possibility to use the IBs as an antigen for the production of polyclonal antibodies. The coat protein gene of Southern bean mosaic virus, a Sobemovirus, was cloned in the vector pET 28a and expressed in Escherichia coli at 25 ºC. The inclusion bodies containing the recombinant protein were isolated and purified. A comparative analysis between recombinant protein present in the form of inclusion bodies and native coat protein present in the purified virus particles was performed using Fourier transform infrared spectroscopy (FT-IR). The secondary structure contents identified differences in the percentage of β-sheets while α-helices content was much preserved. The three-dimensional structure was generated using molecular modeling and was compared to the data obtained from FT-IR analysis. The percentages obtained from FT-IR analyses of the native CP were consistent with the structure generated through homology molecular modeling. Nevertheless, some differences were present on the content of β-sheets structure of the recombinant CP indicating that the protein conformational state is found in a native like condition. The IBs containing the expressed protein were used as an antigen to immunize rabbits. The antiserum obtained showed to be specific and comparable to one previously prepared with purified SBMV particles, in the virus detection in leaf extracts of infected bean plants using Western blot, PTA-ELISA, Dot Blot and Tissue Printing assays. So, the use of IBs containing recombinant viral proteins to immunize rabbits is a new, easy and very... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:29:40Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-02-10Bitstream added on 2014-06-13T20:19:45Z : No. of bitstreams: 1 bernardes_aa_me_sjrp.pdf: 1061316 bytes, checksum: 626147b162746c848edf2737162a678b (MD5) / A manifestação de patógenos nas plantações é a maior causadora de prejuízos nos mais diversos cultivares, podendo ocasionar o aumento dos preços e a perda da qualidade dos produtos cultivados. O quanto antes for identificada a doença, mais cedo é realizado o seu controle através de agrotóxicos, tendendo, dessa forma, a diminuir a sua proliferação e, consequentemente, evitando maiores danos. No entanto, muitas vezes, a inspeção visual dos sintomas apresentados pela ocorrência de patógenos em uma folha de planta, não é considerada o suficiente para avaliar e identificar o tipo de doença que está causando a lesão, sendo necessário, para o diagnóstico da doença, uma análise mais detalhada por um agrônomo ou por meio de um exame laboratorial a partir da amostra da doença. Neste contexto, este trabalho realizou a classificação automática de doenças do algodoeiro, a partir da extração de características dos sintomas foliares apresentados em imagens digitais. Utilizou-se para este processo, a energia da transformada wavelet para extração de características das imagens e para realizar a classificação foi utilizado a Máquina de Vetor de Suporte (MVS). Ao percorrer o sistema final de classificação, uma imagem pode ser classificada entre cinco tipos de diagnósticos diferentes, como sendo “Sadia” (SA), lesionada com as doenças Ramulária (RA), Mancha Angular (MA) e Mancha de Ascochyta (AS), ou identificada pertencente a nenhuma das classes / The expression of pathogens in the plantations is the leading cause of damage in several cultivars, which may cause higher prices and loss of quality of crops. The sooner the disease is identified, the sooner it is done through its control of pesticides, tending thus to reduce their proliferation and thus avoiding further damage. However, often the visual inspection of the symptoms presented by the occurrence of pathogens in a leaf, is not considered enough to assess and identify the type of disease that is causing the lesion, being necessary for the diagnosis of disease, a more detailed analysis by an agronomist or through a laboratory test sample from the disease. In this context, this paper carried the automatic classification of diseases of cotton, from the feature extraction of leaf symptoms presented in digital images. It was used for this process, the energy of wavelet transform to extract features from images and to perform the classification, we used the Support Vector Machine (SVM). By walking through the final system of classification, an image can be classified in five types of different diagnoses, as being Healthy (SA), with the injured Ramularia diseases (RA), Bacterial Blight (MA) and Ascochyta Blight (AS) or belonging to any of the identified classes

Resumo: O objetivo do trabalho foi analisar, de forma comparativa, os efeitos dos fungos Puccinia menthae e Erysiphe biocellata na anatomia e histoquímica de Mentha spicata, Mentha piperita, Mentha suaveloens e Mentha arvensis, verificar o efeito de óleos essenciais de plantas medicinais sobre os fungos e constatá-los como fontes de controle alternativo e averiguar prováveis fatores de resistência às doenças presentes na estrutura anatômica e histoquímica. As plantas foram inoculadas com os esporos dos fungos na face abaxial de suas folhas e submetidas às condições adequadas ao desenvolvimento do patógeno. Após 10 a 15 dias da inoculação, folhas doentes e sadias foram submetidas às análises anatômicas e histoquímicas. Os reagentes empregados para evidenciar as substâncias apolares foram: sudan III para lipídios totais; sulfato azul do nilo para diferenciação de lipídios ácidos e neutros; reagente de NADI para identificação de óleos essenciais e oleoresinas; tricloreto de antimônio para identificação de esteróides e ácido sulfúrico para a identificação de lactonas sesquiterpênicas e para substâncias polares: vanilina clorídrica para a identificação de taninos; lugol para a identificação de amido; e azul brilhante de comassie para identificar proteínas totais. Os testes 'in vitro' constaram de óleos essenciais de Cymbopogan martini, Corymbia citriodora, Syzygium aromaticum e Citrus limonum nas concentrações 0; 0,01; 0,02; 0,03 e 0,04%, além do padrão químico, sobre esporos dos dois patógenos em 4 repetições. Os óleos essenciais foram homogeneizados em meio de cultura ágar-água com Tween 80 e vertidos em placas de Petri. Após a solidificação do meio os esporos foram inoculados e depois de 24 horas contados de 50 esporos germinados. O estudo anatômico das folhas infectadas por P.menthae revelou desestruturação da cutícula, colonização ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The objective of the study was to analyse, compared the effects of E. biocellata and P. menthae in the anatomy and in the histochemistry of the mentha species M. spicata, M. piperita, M. suavelones e M. arvensis, to verify the effects of essential oils on the fungi spores as sources of alternative control and to investigate possibles resistance factors present in the anatomy and in the histochemistry. The plants were inoculated with the fungi spores in the lower face of the leaf, they were submitted to appropriate conditions for the development of the pathogen. After 10 to 15 days of inoculation, the infected and health leaves were submitted to the anatomic cuts and histochemistry study. The employed reagents to evidence the apolar substances were: sudan III for identify total lipids, blue nilo sulfate for acid and neutral lipids, NADI reagent to identify resins and essential oils, antimony trichloride, to identify steroids and sulphuric acid/glycerine to identify sesquiterpenes lactones. For polar substances were used: vanillin hydrochloric, for identify tannins, lugol, to identify starches and comassie bright blue to identify proteins. The in vitro tests consisted in four treatments of essential oils of Cymbopogan martini, Corymbia citriodora, Syzygium aromaticum and Citrus limonum in concentrations of: 0%; 0,01%; 0,02%; 0,03% and 0,04%, chemical pattern, in 4 repetition. The essential oils were homogenized in agar-water medium with tween 80 and flowed in Petri plates. After the medium solidification, the spores were inoculated in the medium, by passed 24 hours, the germinated spores were counted. The anatomic study of health menthas, when compared with infected species, with P. menthae resulted in cuticule disrupting and tissue colonization, similar in all species. For E. biocellata there were no disruting of the tissues or visible anatomic changes. The histochemistry study identified... (Complete abstract click electronic access below) / Orientador: Luis Vitor Silva Sacramento / Coorientador: Edson Luis Furtado / Banca: Carmen Silvia Fernandes Boaro / Banca: Anibal Alves de Carvalho Júnior / Mestre