Indivíduos não relacionados apresentam apenas 1% de diferenças entre seus genomas. Estas variações ocorrem na forma de substituições, inserções, deleções, rearranjos complexos ou até estruturais. Dentre essas variações, aquelas que apresentam uma frequência populacional acima de 1% são denominadas de polimorfismos. Tais variações são responsáveis por diferenças que vão desde a resposta imunológica até o tratamento com drogas, incluindo sensitividade das células tumorais, níveis de plasma, efeitos colaterais e toxicidade. A forma mais comum de polimorfismo genético entre humanos são os polimorfismo de base única ou Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs), sendo mais de 47 milhões descritos no dbSNP, um banco de dados de pequenos polimorfismos do NCBI. No presente estudo, foi estabelecida uma abordagem computacional, com etapas de exclusão de regiões parálogas ou de baixa qualidade, com o objetivo de identificar variantes genéticas em sequências expressas gerados pelo método de Open Reading Frame ESTs (ORESTES) durante o Projeto Genoma Humano do Câncer. Diferentemente de outros softwares de detecção de polimorfismos, a abordagem computacional descrita neste estudo leva em consideração a informação a priori do número de bibliotecas distintas que reportaram a mesma variação. Foram identificadas 1900 mutações (853 sinônimas e 1047 não-sinônimas) presentes em duas ou mais bibliotecas distintas, que foram validados in-silico contra o dbSNP v130. O resultado da análise identificou 901 mutações já descritas no dbSNP (47,42%). Para confirmação da análise, foram selecionadas 10 mutações (6 novas e 4 já presentes no dbSNP) para validação pelo método de High Resolution Melt (HRM), seguido da caracterização por sequenciamento de DNA. Nesse caso, o resultado foi a validação de 50% das mutações selecionadas. A análise de interação protéica, Protein-Protein Interaction (PPI), realizada com as mutações não-sinônimas localizadas em domínios funcionais, revelou redes gênicas mais complexas em tecidos tumorais do que nos tecidos normais. Esta observação ratificou a literatura a respeito da transformação tumorigênica ser desencadeada pela combinação de mutações que ativam uma série de processos biológicos, para isso, afetando genes, vias gênicas e networks de vias gênicas relacionados. Em resumo, o presente estudo descreve uma abordagem computacional eficiente para identificação de mutações em dados de sequências expressas, além de avaliar o papel das mutações na tumorigênese. / Unrelated humans have only 1% of non-simularity in their genome. These variations occur as substitutions, insertions, deletions, or even complex structural rearrangements. Among these variations, those which show a population frequency above 1% are called polymorphisms. Such variations are responsible for differences ranging from the immune response to treatment with drugs, including sensitivity of tumor cells, plasma levels, toxicity and side effects. The most common form of genetic polymorphism among human are Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs), with more than 47 million reported in dbSNP, a database of small polymorphisms from NCBI. In this study, we established a computational approach, with steps to exclude low quality and paralogous regions, aiming to identify genetic variants in expressed sequences generated by the method of Open Reading Frame ESTs (ORESTES) for the Human Cancer Genome Project. Unlike other polymorphisms detection softwares, the computational approach described in this study takes into account the a priori information about the number of different libraries that reported the same variation. We identified 1900 mutations (853 synonymous and 1047 nonsynonymous) present in two or more different libraries, these mutations were in-silico validated against the dbSNP V130. The analysis result showed 901 mutations already described in dbSNP (47.42%). To confirm the analysis, we selected 10 mutations (six new and four already present in dbSNP) for validation by the method of High Resolution Melt (HRM), followed by characterization by DNA sequencing. In this case, the result was the validation of 50 % of the selected mutations. The Protein-Protein Interaction analysis (PPI), performed with non-synonymous mutations located in functional domains, showed more complex gene networks in tumor tissues than in normal tissues. This observation confirmed the literature regarding the tumorigenic transformation is triggered by the combination of mutations that activate a number of biological processes, thereby, affecting genes, gene pathways and networks of related gene pathways. In summary, this study describes an efficient computational approach to identify mutations in expressed sequence data, besides to evaluate the role of mutations in tumorigenesis.

[pt] Recentemente, a umidade vem sendo um dos parâmetros cujas necessidades de medição e controle mais se desenvolvem especialmente em processos os farmacêuticos, de biotecnologia, automobilísticos, além de instalações de ar condicionado. A necessidade de expansão da rede de laboratórios de calibração de umidade, rastreados à Rede Brasileira de Calibração, torna-se cada vez maior para atender a demanda da indústria, além de contribuir para a melhoria dos níveis de incerteza de medição. Este trabalho tem como objetivo uma análise crítica das diferentes metodologias de medição de umidade para uso em laboratórios de calibração. Foram avaliadas as mais utilizadas expressões para a pressão parcial de vapor, visando o cálculo de umidade, e foi realizada uma comparação com a formulação de Sonntag, a mais aceita na comunidade metrológica internacional. Foi também analisada uma comparação entre alguns dos softwares disponíveis na internet para o cálculo dos principais parâmetros de umidade, tomando como referência a mesma formulação. Dentre os fatores de possível influência nas medições de umidade, foi avaliado o comportamento da mistura ar seco-vapor d´água como gás ideal e real, bem com as alterações na composição do ar. Foi feita uma análise das principais fontes de incerteza de medição seguindo a metodologia de medição de umidade a partir da temperatura de ponto de orvalho. Finalmente, o objetivo deste trabalho é apresentar aos laboratórios de calibração de umidade uma análise crítica das metodologias disponíveis para medição de umidade, juntamente com as incertezas alcançadas. / [en] Recently, the need of humidity measurement and control has been shown to be of growing interest, especially in processes like pharmaceuticals, biotechnology, automotives, as well as in air conditioning installations. Increasing the number of laboratories, which are traceable to the Brazilian Calibration Network, is a requirement for attending the industry demands, besides contributing towards improving the measurement uncertainty level. This work has as an objective to critically analyze different methods for humidity measurement, to be used by calibration laboratories. The mostly used expressions for calculating vapor partial pressure were evaluated, aiming humidity determination in comparison with Sonntag´s one, the most accepted formulation by the international metrological community. Also, a comparison was made between different softwares, which were available through internet, for calculating the most important humidity parameters, in comparison with results obtained by the same formulation. Among several factors, the dry air and water vapor mixture properties were calculated, considering it as an ideal or a real one, as well as the effect air composition changes on humidity measurement. The contribution of several sources of errors on the combined uncertainty of humidity measurement was examined, following the methodology that uses the dew point as a starting measurement parameter. Finally, the objective of this work is to present the humidity calibration laboratories a critical analysis of the available methodologies for measuring humidity, together with the achieved uncertainties.

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[pt] A pesquisa centra-se na importância do conceito de Perspectivismo na filosofia de Gilles Deleuze. Procurando desarticular a forma-Sujeito, para Deleuze pontos de vista têm a ver com diferenças e não com identidades; a constituição não de sujeitos e objetos, mas de perspectivas ou pontos de vista. Em Deleuze, o perspectivismo não é a relatividade do verdadeiro, mas a verdade da relatividade. / [en] This research focuses on the importance of the concept of Perspectivism in Gilles Deleuze s philosophy. Trying to dismantle the Subject form, for Deleuze points of view have to do with differences rather than identities; not the constitution of subjects and objects, but perspectives or points of view. In Deleuze, perspectivism isn t the relativity of the true, but the truth of relativity.

[pt] Esse trabalho tem como objetivo reunir os teoremas topológicos de ponto fixo clássicos e seus corolários, além de teoremas de ponto fixo provenientes da teoria do grau e algumas importantes aplicações desses teoremas a variadas áreas - desde as clássicas aplicações à teoria de EDOs e EDPs à uma aplicação à teoria dos jogos. Um exemplo é o Teorema do Ponto Fixo de Schauder-Tychonoff, para aplicações compactas em convexos de espaços localmente convexos, do qual segue como corolário que todo compacto convexo de um espaço vetorial normado (não necessariamente de dimensão finita) possui a propriedade do ponto fixo. No que se refere à teoria dos jogos em particular, foi deduzido o Teorema de Nash, que determina condições sobre as quais certos jogos possuem equilíbrios nos seus espaços das estratégias. Toda a topologia geral necessária nas demonstrações foi desenvolvida extensiva e detalhadamente a partir de topologia elementar, seguindo algumas das referências bibliográficas. O Teorema de Extensão de Dugundji - uma extensão do Teorema de Extensão de Tietze a fechados de espaços métricos sobre espaços localmente convexos -, por exemplo, é demonstrado com detalhes e usado diversas vezes ao longo da dissertação. / [en] The goal of the present work is to gather the classical fixed-point theorems and their corollaries, as well as other fixed-point theorems arising from degree theory, and some important applications to diverse fields - from the classical applications to ODEs and PDEs to an application to the game theory. An example is the Schauder-Tychonoff Fixed-Point Theorem, 1 concerning compact mappings in convex subsets of locally convex spaces, from which it follows as a corollary that every compact convex subset of a normed vector space is a fixed-point space. In regard to game theory in particular, we obtained Nash s theorem, 2 which ascertains conditions over which certain games have equilibria in their strategy spaces. All general topology necessary in the proofs was developed extensively and in details from a basic topology starting point, following some of the bibliographic references. Dugundji s Extension Theorem 3 - an extension of Tietze s Extension Theorem 4 for closed subsets of metric spaces into locally convex spaces-, for instance, is obtained with detais and used throughout the dissertation.

Um método lagrangeano-euleriano arbitrário para a resolução de escoamentos dominados por tensão superficial é apresentado neste trabalho. Tais escoamentos são importantes em muitas aplicações, especialmente em canais capilares que frequentemente aparecem em escoamentos em microescala. A resolução deste tipo de escoamento apresenta vários desafios que são abordados neste trabalho. O escoamento é resolvido somente para a fase líquida, com condições de contorno apropriadas para a superfície livre que delimita o líquido e o gás, que é representada por arestas e vértices da malha computacional. Esta se move e se deforma, sendo que sua qualidade é mantida sob controle para não degradar a solução numérica. As equações de Navier-Stokes são discretizadas pelo método de elementos finitos em um referencial arbitrário. O método de incorporação dos efeitos de tensão superficial e linha de contato é explicado em detalhes. Validações comprovam a precisão do método proposto, com comparações através de soluções pseudo-analíticas para casos simples. Finalmente alguns resultados sobre escoamentos em capilares são apresentados / An arbitrary lagrangian-eulerian finite element method to solve surface tension dominated flows is presented. Such flows are important in many applications, particularly in capillary channels, that appear in microscale flows. The resolution of such flows presents several challenges that are addressed in this work. The flow is solved only in the liquid phase, and proper boundary conditions are applied on the free-surface, bounding the liquid and gas, which is explicitly represented by vertices and edges of the computational mesh. The mesh is moved and deformed, but its quality is kept under control in order to control errors in the numerical solution. The Navier-Stokes equations are discretized by standard Galerkin finite element method in an arbitrary reference. Details of the computation of surface tension and contact line effects are presented. The methodology is validated for a number of simple test cases against known pseudo-analytical solutions, and numerical results are presented, showing the robustness and accuracy of the methodology. Finally, some results about surface-tension-driven flows in capillaries are presented

Submitted by guaracy araujo (guaraa3355@gmail.com) on 2016-06-14T19:46:59Z No. of bitstreams: 1 2010_dis_cmfreire.pdf: 426798 bytes, checksum: 4ad13c09839833ee22b0396a445e8a26 (MD5) / Approved for entry into archive by guaracy araujo (guaraa3355@gmail.com) on 2016-06-14T19:48:16Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2010_dis_cmfreire.pdf: 426798 bytes, checksum: 4ad13c09839833ee22b0396a445e8a26 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-14T19:48:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2010_dis_cmfreire.pdf: 426798 bytes, checksum: 4ad13c09839833ee22b0396a445e8a26 (MD5) Previous issue date: 2010 / In Descriptive Complexity, we investigate the use of logics to characterize computational classes os problems through complexity. Since 1974, when Fagin proved that the class NP is captured by existential second-order logic, considered the rst result in this area, other relations between logics and complexity classes have been established. Wellknown results usually involve rst-order logic and its extensions, and complexity classes in polynomial time or space. Some examples are that the rst-order logic extended by the least xed-point operator captures the class P and the second-order logic extended by the transitive closure operator captures the class PSPACE. In this dissertation, we will initially analyze the expressive power of some modal logics with respect to the decision problem REACH and see that is possible to express it with temporal logics CTL and CTL . We will also analyze the combined use of higher-order logics extended by the least xed-point operator and obtain as result that each level of this hierarchy captures each level of the deterministic exponential time hierarchy. As a corollary, we will prove that the hierarchy of HOi(LFP), for i 2, does not collapse, that is, HOi(LFP) HOi+1(LFP) / Em Complexidade Descritiva investigamos o uso de logicas para caracterizar classes problemas pelo vies da complexidade. Desde 1974, quando Fagin provou que NP e capturado pela logica existencial de segunda-ordem, considerado o primeiro resultado da area, outras relac~oes entre logicas e classes de complexidade foram estabelecidas. Os resultados mais conhecidos normalmemte envolvem logica de primeira-ordem e suas extens~oes, e classes de complexidade polinomiais em tempo ou espaco. Alguns exemplos são que a l ogica de primeira-ordem estendida com o operador de menor ponto xo captura a clsse P e que a l ogica de segunda-ordem estendida com o operador de fecho transitivo captura a classe PSPACE. Nesta dissertação, analisaremos inicialmente a expressividade de algumas l ogicas modais com rela cão ao problema de decisão REACH e veremos que e poss vel express a-lo com as l ogicas temporais CTL e CTL . Analisaremos tamb em o uso combinado de l ogicas de ordem superior com o operador de menor ponto xo e obteremos como resultado que cada n vel dessa hierarquia captura cada n vel da hierarquia determin stica em tempo exponencial. Como corol ario, provamos que a hierarquia de HOi(LFP) não colapsa, ou seja, HOi(LFP) HOi+1(LFP) / FREIRE, Cibele Matos. Complexidade descritiva das lógicas de ordem superior com menor ponto fixo e análise de expressividade de algumas lógicas modais. 2010. 54 f. : Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do Ceará, Centro de Ciências, Departamento de Computação, Fortaleza-CE, 2010.

Made available in DSpace on 2015-05-15T11:46:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 arquivototal.pdf: 1908357 bytes, checksum: 3762912e093a6400855708f530b6cd4d (MD5) Previous issue date: 2013-05-28 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / We study the geometry of surfaces immersed in R4 through the singularities of their families of height functions. Inflection points on the surfaces are shown to be umbilic points from their families of height functions. Furthermore, we see that inflection points of imaginary type are isolated points of the curve --1(0). As a consequence we prove that any dive generic convexly embedded S2 in R4 has inflexion points. / Neste trabalho estudamos a geometria das superfícies em R4 através da variedade canal e das singularidades das famílias de funções altura das superfícies. Provaremos que os pontos de inflexão das superfície são os pontos umbílicos das famílias de funções altura. Além disso, veremos que pontos de inflexão do tipo imaginário serão pontos isolados da curva --1(0). Como uma consequência deste estudo provaremos que qualquer mergulho genérico convexo de S2 em R4 tem pelo menos um ponto de inflexão.

Um método lagrangeano-euleriano arbitrário para a resolução de escoamentos dominados por tensão superficial é apresentado neste trabalho. Tais escoamentos são importantes em muitas aplicações, especialmente em canais capilares que frequentemente aparecem em escoamentos em microescala. A resolução deste tipo de escoamento apresenta vários desafios que são abordados neste trabalho. O escoamento é resolvido somente para a fase líquida, com condições de contorno apropriadas para a superfície livre que delimita o líquido e o gás, que é representada por arestas e vértices da malha computacional. Esta se move e se deforma, sendo que sua qualidade é mantida sob controle para não degradar a solução numérica. As equações de Navier-Stokes são discretizadas pelo método de elementos finitos em um referencial arbitrário. O método de incorporação dos efeitos de tensão superficial e linha de contato é explicado em detalhes. Validações comprovam a precisão do método proposto, com comparações através de soluções pseudo-analíticas para casos simples. Finalmente alguns resultados sobre escoamentos em capilares são apresentados / An arbitrary lagrangian-eulerian finite element method to solve surface tension dominated flows is presented. Such flows are important in many applications, particularly in capillary channels, that appear in microscale flows. The resolution of such flows presents several challenges that are addressed in this work. The flow is solved only in the liquid phase, and proper boundary conditions are applied on the free-surface, bounding the liquid and gas, which is explicitly represented by vertices and edges of the computational mesh. The mesh is moved and deformed, but its quality is kept under control in order to control errors in the numerical solution. The Navier-Stokes equations are discretized by standard Galerkin finite element method in an arbitrary reference. Details of the computation of surface tension and contact line effects are presented. The methodology is validated for a number of simple test cases against known pseudo-analytical solutions, and numerical results are presented, showing the robustness and accuracy of the methodology. Finally, some results about surface-tension-driven flows in capillaries are presented

[pt] O objetivo da dissertação é determinar a localização ideal para a construção de um sistema de mistura em linha de diesel (MLD) na Refinaria Duque de Caxias - REDUC. O modelo aplicado neste trabalho é similar ao utilizado para a determinação da melhor localização de um centro de distribuição. Neste caso, especificamente, a função objetivo do problema busca minimizar os custos com tubulações necessárias para a construção do sistema de mistura em linha numa refinaria de petróleo. Este trabalho é mais um exemplo de como a logística pode ser utilizada como ferramenta capaz de otimizar o fluxo de movimentos das origens até os destinos, visando atender com perfeição os requisitos de um complexo empreendimento de engenharia. Os resultados obtidos nesta dissertação, através da aplicação da metodologia proposta, resultaram para a Petrobras em um acréscimo significativo no retorno financeiro do projeto. / [en] The aim of the dissertation is to determine the ideal location for the construction of an online diesel blending system in Duque de Caxias Refinery - REDUC. The model used in this study is similar to that used for determining the best location for a distribution center. In this case, specifically, the objective function of the problem is to minimize costs with pipes for the construction of the online blending system in the oil refinery. This work is another example of how the logistics can be used as a tool capable of optimizing the flow of movement of origins to the destinations, seeking perfection meet with the requirements of a complex engineering project. The results obtained in this dissertation, through the application of the methodology proposed, provided for Petrobras a significant increase in financial return of the project.