Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / As porções uniparentais do genoma humano, representadas pelo cromossomo Y e pelo DNA mitocondrial (DNAmt), contêm informação genética relacionada às heranças patrilinear e matrilinear, respectivamente. Além da aplicabilidade em genética médica e forense, o DNAmt tem sido utilizado como um importante marcador molecular em estudos sobre evolução para traçar inferências filogenéticas e filogeográficas sobre as populações humanas. A análise de linhagens de DNAmt presentes em diferentes populações mundiais levou à identificação de haplogrupos reunindo diversos haplótipos específicos dos grandes grupos étnicos: africanos, europeus, asiáticos e nativos americanos. A população brasileira é conhecida como uma das mais heterogêneas do mundo, resultado do processo de colonização do país, abrangendo mais de cinco séculos de miscigenação entre povos de diferentes continentes. Este trabalho teve como objetivo estimar a partir da análise do DNA mitocondrial as proporções ancestrais africanas, européias e ameríndias na população do Rio de Janeiro. Para isso foram sequencidas as regiões hipervariáveis HVI e HVII do DNAmt de 109 indivíduos não relacionados geneticamente residentes no Rio de Janeiro. Os haplogrupos foram classificados de acordo com o conjunto de polimorfismos dos haplótipos individuais. Programas estatísticas foram utilizados para a determinação de parâmetros de diversidade genética e comparações populacionais. A diversidade haplotípica foi estimada em 0,9988. Nossos resultados demonstraram na população do Rio de Janeiro percentuais de cerca de 60%, 25% e 15% de ancestralidades maternas africana, ameríndia e européia, respectivamente. Através da análise de distâncias genéticas, evidenciou-se que a população do Rio de Janeiro está mais próxima das populações brasilerias dos estados de São Paulo e Alagoas. Como descrito nos registros históricos, algumas regiões do país tiveram processos de colonização muito específicos que se refletem nas proporções ancestrais maternas e paternas observadas. Em relação ao DNAmt, não se verificou diferença genética significativa entre as populações do Rio de Janeiro e a de Angola, uma população africana. Os resultados obtidos estão em estreita concordância com os registros históricos e outros estudos genéticos acerca da formação da população brasileira / The uniparental portions of the human genome, represented by the Y chromosome and mitochondrial DNA (mtDNA), contain genetic information related to patrilineal and matrilineal inheritance, respectively. Besides the application in medical genetics and forensic, the mtDNA has been used as an important molecular marker in studies of evolution to trace phylogenetic and phylogeographic inferences on human populations. The analysis of mtDNA lineages present in different populations worldwide led to the identification of haplogroups combining several specific haplotypes of the major ethnic groups: Africans, Europeans, Asians and Native Americans. The Brazilian population is known as one of the most heterogeneous in the world, a result of the colonization process of the country, covering more than five centuries of miscegenation between peoples of different continents. This study aimed to estimate from the analysis of mitochondrial DNA, the ancestral proportion of African, European and Amerindian in the Rio de Janeiro population. For that reason, the hypervariable regions HVI and HVII of mtDNA from 109 genetically unrelated individuals residing in Rio de Janeiro were sequenced. The haplogroups were classified according to the set of polymorphism of the individual haplotypes. Statistical programs were used for determination of parameters of genetic diversity and population comparisons. The haplotype diversity was estimated to be 0.9988. Our results showed in the population of Rio de Janeiro percentage of about 60%, 25% and 15% of maternal African ancestry, Amerindian and European, respectively. Through the analysis of genetic distances, it was showed that the population of Rio de Janeiro is closer to Brazilian populations of the states of Sao Paulo and Alagoas. As described in historical records, some regions had very specific processes of colonization that are reflected in the maternal and paternal ancestors proportions observed. Regarding mtDNA, there was no significant genetic difference between the populations of Rio de Janeiro and Angola, an African population. The current results are in close agreement with the historical records and other genetic studies on the formation of the Brazilian population

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / As porções uniparentais do genoma humano, representadas pelo cromossomo Y e pelo DNA mitocondrial (DNAmt), contêm informação genética relacionada às heranças patrilinear e matrilinear, respectivamente. Além da aplicabilidade em genética médica e forense, o DNAmt tem sido utilizado como um importante marcador molecular em estudos sobre evolução para traçar inferências filogenéticas e filogeográficas sobre as populações humanas. A análise de linhagens de DNAmt presentes em diferentes populações mundiais levou à identificação de haplogrupos reunindo diversos haplótipos específicos dos grandes grupos étnicos: africanos, europeus, asiáticos e nativos americanos. A população brasileira é conhecida como uma das mais heterogêneas do mundo, resultado do processo de colonização do país, abrangendo mais de cinco séculos de miscigenação entre povos de diferentes continentes. Este trabalho teve como objetivo estimar a partir da análise do DNA mitocondrial as proporções ancestrais africanas, européias e ameríndias na população do Rio de Janeiro. Para isso foram sequencidas as regiões hipervariáveis HVI e HVII do DNAmt de 109 indivíduos não relacionados geneticamente residentes no Rio de Janeiro. Os haplogrupos foram classificados de acordo com o conjunto de polimorfismos dos haplótipos individuais. Programas estatísticas foram utilizados para a determinação de parâmetros de diversidade genética e comparações populacionais. A diversidade haplotípica foi estimada em 0,9988. Nossos resultados demonstraram na população do Rio de Janeiro percentuais de cerca de 60%, 25% e 15% de ancestralidades maternas africana, ameríndia e européia, respectivamente. Através da análise de distâncias genéticas, evidenciou-se que a população do Rio de Janeiro está mais próxima das populações brasilerias dos estados de São Paulo e Alagoas. Como descrito nos registros históricos, algumas regiões do país tiveram processos de colonização muito específicos que se refletem nas proporções ancestrais maternas e paternas observadas. Em relação ao DNAmt, não se verificou diferença genética significativa entre as populações do Rio de Janeiro e a de Angola, uma população africana. Os resultados obtidos estão em estreita concordância com os registros históricos e outros estudos genéticos acerca da formação da população brasileira / The uniparental portions of the human genome, represented by the Y chromosome and mitochondrial DNA (mtDNA), contain genetic information related to patrilineal and matrilineal inheritance, respectively. Besides the application in medical genetics and forensic, the mtDNA has been used as an important molecular marker in studies of evolution to trace phylogenetic and phylogeographic inferences on human populations. The analysis of mtDNA lineages present in different populations worldwide led to the identification of haplogroups combining several specific haplotypes of the major ethnic groups: Africans, Europeans, Asians and Native Americans. The Brazilian population is known as one of the most heterogeneous in the world, a result of the colonization process of the country, covering more than five centuries of miscegenation between peoples of different continents. This study aimed to estimate from the analysis of mitochondrial DNA, the ancestral proportion of African, European and Amerindian in the Rio de Janeiro population. For that reason, the hypervariable regions HVI and HVII of mtDNA from 109 genetically unrelated individuals residing in Rio de Janeiro were sequenced. The haplogroups were classified according to the set of polymorphism of the individual haplotypes. Statistical programs were used for determination of parameters of genetic diversity and population comparisons. The haplotype diversity was estimated to be 0.9988. Our results showed in the population of Rio de Janeiro percentage of about 60%, 25% and 15% of maternal African ancestry, Amerindian and European, respectively. Through the analysis of genetic distances, it was showed that the population of Rio de Janeiro is closer to Brazilian populations of the states of Sao Paulo and Alagoas. As described in historical records, some regions had very specific processes of colonization that are reflected in the maternal and paternal ancestors proportions observed. Regarding mtDNA, there was no significant genetic difference between the populations of Rio de Janeiro and Angola, an African population. The current results are in close agreement with the historical records and other genetic studies on the formation of the Brazilian population

O gene SLC45A2 codifica a proteína MATP, envolvida na síntese de melanina através do processamento e transporte intracelular da tirosinase e transporte de prótons para o melanossomo. Por sua vez, a tirosinase, codificada pelo gene TYR, catalisa os dois primeiros passos da conversão de tirosina em melanina, além de atuar em uma etapa final da biossíntese de eumelanina. Considerando que polimorfismos nestes genes influenciam a variação de características normais de pigmentação, que somente recentemente mais informações sobre a função do gene SLC45A2 foram descobertas e que diversas questões sobre o envolvimento da tirosinase nos fenótipos normais de pigmentação ainda permanecem sem total compreensão, é necessário o melhor entendimento das interações entre as variantes desses genes de pigmentação e moléculas regulatórias, assim como o conhecimento sobre a diversidade de tais genes em uma população miscigenada como a brasileira. Dessa forma, o presente trabalho teve como objetivo analisar a diversidade genética das regiões, promotora, codificante e 3\'UTR dos genes SLC45A2 e TYR em uma amostra da população brasileira. As regiões regulatórias e codificadoras dos genes SLC45A2 e TYR foram analisadas por sequenciamento de nova geração em uma amostra de 340 indivíduos, estratificados de acordo com a pigmentação dos olhos, cabelos e pele, bem como quanto à presença ou ausência de sardas. Bibliotecas de DNA foram preparadas utilizando o Haloplex Target Enrichment System (Agilent Technologies) e sequenciadas por meio da plataforma MiSeq (Illumina). Os softwares cutadapt, BWA e GATK/VCFx foram utilizados para trimagem dos adaptadores, alinhamento e chamada de variantes, respectivamente. O programa PHASE foi utilizado para a reconstrução dos haplótipos. Um total de 58 variantes foram identificadas no gene SLC45A2. Destas, 28 foram associadas a pelo menos uma das características de pigmentação avaliadas. Embora as regiões nãocodificadoras tenham apresentado maior diversidade genética, associações significativas também foram encontradas em regiões exônicas. Dentre estas, destaca-se a associação do alelo rs16891982*G (exon 5, Leu374Phe) com pele clara (p = 9,54 x 10-35, OR = 22,66) e cabelos loiros (p = 1,59 x 10-26, OR = 31,72). Quando observamos os haplótipos inferidos para as regiões codificantes das isoformas 1 e 2 que possuem esse SNP e as associações encontradas, podemos notar que os únicos haplótipos associados com fenótipos de pigmentação claros para ambas isoformas [\"Iso2cds1\": pele clara (p = 3,65 x 10-29, OR =22,63) e cabelos loiros (p = 6,34 x 10-23, OR = 26,19); \"Iso1cds1\": pele clara (p = 1,08 x 10-24, OR = 17,38) e cabelos loiros (p = 1,94 x 10-22, OR = 22,93)] possuem como diferença em relação a todos os outros haplótipos associados com pigmentação escura o alelo rs16891982*G. Para o gene TYR foram identificadas 42 variantes e 15 se mostraram associadas a algum dos fenótipos de pigmentação avaliados. A maior parte da diversidade desse gene foi encontrada na região intrônica, com ênfase para a associação do genótipo rs1393350*A/A com olhos azuis (p = 0,0253, OR = 13,06) e cabelos castanho-claros (p = 0,0019, OR = 16,07). Ao analisarmos as associações encontradas para os haplótipos inferidos para essa região, podemos notar que os haplótipos \"cds5\" (p = 1,71 x 10-05, OR = 21,26), \"cds7\" (p = 0,0061, OR = 23,70) e \"cds9\" (p = 0,0017, OR = 29,25) estão associados a pele escura e o haplótipo \"cds12\" (p = 0,015, OR = 21,61) a ausência de sardas. Quando nos atentamos a composição desses haplótipos em relação ao SNP rs1393350, podemos perceber que todos os haplótipos possuem o alelo referência (rs1393350*G), o que é consistente com a associação entre o genótipo (rs1393350*A/A) e fenótipos de pigmentação claros. Os resultados aqui encontrados reafirmam a importância desempenhada pelos genes SLC45A2 e TYR na geração da diversidade de fenótipos de pigmentação. / The SLC45A2 gene encodes the Membrane-Associated Transporter Protein, which mediates melanin synthesis by tyrosinase trafficking and proton transportation to melanosomes. On the other hand, the tyrosinase protein, encoded by the TYR gene, catalyzes the first two steps of tyrosine to melanin conversion in addition to acting in a final stage of eumelanin biosynthesis. Considering that polymorphisms in these genes influence normal pigmentation variation, that only recently more information about SLC45A2 gene function were discovered and that many questions about the tyrosinase involvement in normal pigmentation phenotypes are still not fully understood, it is necessary to better understand the interactions between variants in these pigmentation genes and regulatory molecules, as well as to improve knowledge about their diversity in a mixed population like the Brazilian one. Thus, the present study aimed at analyzing the genetic diversity of the promoter, coding and 3\'UTR regions from the SLC45A2 and TYR genes in a Brazilian admixed population sample (n=340). The regulatory and coding regions were analyzed by next-generation sequencing procedures. The individuals were stratified according to eye, hair and skin pigmentation, as well as to the presence or absence of freckles. DNA libraries were prepared using the Haloplex Target Enrichment System (Agilent Technologies) and sequenced at the MiSeq platform (Illumina). cutadapt, BWA and GATK/VCFx software packages were used for trimming adaptor sequences, alignment and genotype calling, respectively. The PHASE program was used for haplotypes reconstruction. A total of 58 variation sites were identified in the SLC45A2 gene. Of these, 28 were found in association with at least one of the analyzed pigmentation characteristics. Although the non-coding regions were more diverse, the exonic region also showed significant associations. Among them, the association of the rs16891982*G allele (exon 5, Leu374Phe) with light skin (p = 9.54 x 10-35, OR = 22.66) and blond hair (p = 1.59 x 10-26, OR = 31.72) stands out. When we observe the inferred haplotypes for the isoforms 1 and 2 coding regions that have this SNP and the associations found, we can recognize that haplotypes associated with light pigmentation phenotypes [\"Iso2cds1\": light skin (p = 3.65 x 10-29, OR = 22.63) and blond hair (p = 6.34 x 10-23, OR = 26.19); \"Iso1cds1\": light skin (p = 1.08 x 10-24, OR = 17.38) and blond hair (p = 1.94 x 10-22, OR = 22.93)] have the rs16891982*G allele, while haplotypes associated with dark pigmentation harbors the other one. Forty-two variation sites wereidentified for the TYR gene and 15 of them were associated with one of the evaluated pigmentation phenotypes. Most of the diversity of this gene was found in the intronic region, with emphasis on the association of genotype rs1393350*A/A with blue eyes (p = 0.0253, OR = 13.06) and light brown hair (p = 0.0019, OR = 16.07). When we analyze the associations found for the inferred haplotypes for this region, we can note that the haplotypes \"cds5\" (p = 1.71 x 10-05, OR = 21.25), \"cds7\" (p = 0.0061, OR = 23.70) and \"cds9\" (p = 0.0017, OR = 29.25) were associated with dark skin and the haplotype \"cds12\" (p = 0.015, OR = 21.61) with absence of freckles. When the composition of the haplotypes concerning this SNP (rs1393350) is taken into account, we can see that all haplotypes have the reference allele (rs1393350*G), which is consistent with the association between the rs1393350*A/A genotype and lighter pigmentation phenotypes. These findings provide additional support to the role played by SLC45A2 and TYR in the generation of pigmentation phenotypes diversity

A Hemofilia A é uma doença sanguínea condicionada por gene localizado no cromossomo X. É causada pela deficiência parcial ou total da atividade do Fator VIII (FVIII), uma glicoproteína plasmática cuja função é necessária para a coagulação normal do sangue. Devido às dificuldades encontradas para o reconhecimento direto da mutação no gene F8, o diagnóstico das portadoras é feito de forma indireta, isto é, por análise de ligação com marcadores polimórficos localizados dentro ou próximos ao gene que permite determinar a co-segregação do haplótipo e da mutação na família sob estudo e, desta maneira, detectar o estado de portadora e, eventualmente, auxiliar no diagnóstico pré-natal. O presente trabalho teve por objetivo avaliar o poder de alguns desses marcadores na diferenciação das populações e determinar o grau de sua informatividade para o diagnóstico e aconselhamento genético de famílias afetadas, bem como verificar o eventual uso forense de tais marcadores. Foram então determinadas as frequências alélicas e haplotípicas, diversidade genética, diferenciação populacional, desequilíbrio de ligação e composição ancestral de quatro microssatélites intragênicos (IVS 1, IVS 13, IVS 22, IVS 25.3), localizados em introns do F8, e um extragênico (IKBKG) em amostras de populações brasileiras urbanas (indivíduos normais de São Paulo, Rio Grande do Sul e Pernambuco), de quilombos (Mimbó, Sítio Velho e Gaucinha localizados no Estado do Piauí) e Ameríndios (Tikúna, Baníwa e Kashináwa). As análises, quando cabível, incluíram um grupo de pacientes hemofílicos. O DNA dos sítios polimórficos foi amplificado por PCR, os produtos separados em PAGE e corado por nitrato de prata. Para as análises estatísticas foram empregados programas já considerados de uso rotineiro. Os parâmetros de diversidade mostraram diferenças entre as amostras populacionais analisadas. Tais diferenças regionais nas frequências alélicas devem ser levadas em conta quando o diagnóstico indireto da Hemofilia A estiver sendo realizado. Com exceção do IKBKG, todos os demais microssatélites apresentaram altas taxas de heterozigose. Usando tais marcadores, o diagnóstico foi possível em 10 das 11 famílias analisadas. Os microssatélites IVS 22, IVS 1, IVS 13, IVS 25.3 e IKBKG foram informativos em 63,6% (7/11), 54.5% (6/11), 54.5% (6/11), 45.5% (5/11) e 18.2% (2/11) dos casos, respectivamente, demonstrando a eficácia do uso desses microssatélites no diagnóstico pré-natal e na identificação de portadoras na população brasileira. / Hemophilia A is a bleeding disorder conditioned by a gene located on the X chromosome and caused by partial or total deficiency of the Factor VIII (FVIII) activity, a plasma glycoprotein whose function is necessary for normal blood clotting. Due to difficulties faced on direct recognition of the F8 gene mutation, carrier diagnosis is done indirectly by linkage analysis with polymorphic markers located within or near the gene. These markers may determine the haplotype and the mutation co-segregation within the studied family, and thus detect the carrier status and possibly assist in prenatal diagnosis. This study aimed to evaluate the power of some of these markers in population differentiation and to determine their degree of informativeness for diagnosis and genetic counseling of affected families, as well as to verify the possible forensic use of such markers. We then determined the allele and haplotype frequencies, genetic diversity, population differentiation, linkage disequilibrium and ancestral composition in Brazilian urban (healthy individuals from São Paulo, Rio Grande do Sul and Pernambuco), quilombo remnant (Mimbó, Sítio Velho and Gaucinha in the State of Piauí) and Amerindian (Tikúna, Baníwa and Kashináwa) population samples by the analysis of four intragenic microsatellites (IVS 1, IVS 13, IVS 22, IVS 25.3), located on F8 introns, and one extragenic (IKBKG ). When appropriated, the analysis included a group of hemophilic patients. DNA polymorphisms were detected by PCR, PAGE and silver nitrate staining. Statistical analysis was implemented by programs already considered in routine use. Diversity parameters showed differences among the populational samples analyzed. Such regional differences in allele frequencies must be taken into account when conduct the indirect diagnosis of Hemophilia A. Except for IKBKG, all other microsatellites showed high rates of heterozygosity. Using these markers, the diagnosis was possible in 10 of the 11 families analyzed. The microsatellites IVS 22, IVS 1, IVS 13, IVS 25.3 and IKBKG were informative in 63.6% (7 / 11), 54.5% (6 / 11), 54.5% (6 / 11), 45.5% (5 / 11 ) and 18.2% (2 / 11) of the cases, respectively, demonstrating the effectiveness of the use of these microsatellites in prenatal diagnosis and on carrier identification in the Brazilian population.

Dentre os genes conhecidos por influenciarem a variação normal de pigmentação de olhos, pele e cabelos em humanos, o gene MC1R (receptor de melanocortina 1) é o mais bem caracterizado até o momento. A atuação do MC1R ocorre pela produção de uma proteína transmembrana nos melanócitos, responsável pela regulação da produção de melanina nos mesmos. Sabe-se que a atuação do MC1R determina a proporção entre eumelanina (coloração castanha/preta) e feomelanina (coloração amarela/vermelha) presente nos melanócitos. O presente trabalho tem como objetivo analisar os SNPs conhecidos do gene MC1R com o propósito de se avaliar a influência da diversidade deste gene em características como a presença de sardas e variação da pigmentação dos olhos, pele e cabelos em humanos. Foram analisados 29 SNPs conhecidos da região codificadora do gene MC1R em 131 indivíduos da região de Ribeirão Preto, SP. A extração do DNA foi feita pela técnica de salting-out. A região codificadora do gene MC1R (951pb) foi amplificada em uma única reação de PCR, a qual foi seqüenciada em um analisador genético ABI-PRISM 310 por eletroforese capilar, utilizando-se os mesmos primers empregados para a amplificação. Dos 29 SNPs avaliados, 22 deles mostraram variação nas amostras estudadas, sendo que metade deles demonstrou estar associados a características de pigmentação. Observou-se um conjunto de SNPs associados claramente à fenótipos relacionados à feomelanina (+1645 A, +1858 T e +2260 C), enquanto outros se relacionam à ocorrência de eumelanina (+1558 G, +2322 G, +2346 A). A reconstrução de haplótipos gerou 31 haplótipos, sendo que quatro deles estavam associados à pele escura e dois outros tinham freqüências significativamente baixas em pele clara. Um haplótipo se associou a olhos verdes, enquanto dois outros tiveram associação com olhos castanho escuros. Cores escuras de cabelo se relacionaram à seis haplótipos distintos enquanto cabelos ruivos estavam associados à dois e um outro associado à cabelos loiros. Por fim, a ocorrência de sardas foi significativamente relacionada à três haplótipos. O presente trabalho apresenta associações significativas entre SNPs individuais e pigmentação de olhos, cabelos e pele, sendo que nossos dados confirmam que tal gene também desempenha papel relevante na variação de pigmentação na população brasileira. / Among the known genes influencing eye, skin and hair normal pigmentation variation, the MC1R (melanocortin l-receptor) gene is the best characterized so far. The activity of MC1R occurs due the production of a transmembrane protein in melanocytes, responsible for regulating the production of melanin. It is known that the performance of MC1R determines the ratio of eumelanin (brown color I black) and pheomelanin (yellow I red) present in melanocytes. This study aims to analyze known SNPs of the MC1R gene in order to evaluate the influence of this gene diversity on features like freckles and pigmentation variation of eyes, skin and hair in humans. We analyzed 29 known SNPs in the coding region of MC1R gene in 296 individuals from the region of Ribeirao Preto, Brazil. DNA extraction was performed using the salting-out technique. The MC1R gene coding region (951pb) was amplified in a single PCR reaction, which was sequenced on a ABI PRISM-310 genetic analyzer by capillary electrophoresis, using the same primers used for amplification. Of the 29 SNPs evaluated, only 22 showed variation in the samples studied, half of them showing to be associated with pigmentation characteristics. We observed a set of SNPs clearly associated to pheomelanin (+1645 A, +1831 T,+1858 T e +2260 C), while others related to eumelanin occurrence (+1558 G, +2322 G, +2346 A).Haplotype reconstruction generated 31 haplotypes. Four of them were associated with dark skin and two had significantly low frequencies in fair skin. One haplotype was associated with green eyes, while two other had aSSOciation with dark brown eyes. Darker hair color was associated with six different haplotypes, whereas red hair was associated with two and blonde hair with one haplotype. Finally, the absence or presence of freckles was significantly related to three haplotypes. Our study shows significant associations between individual SNPs and eyes, hair and skin pigmentation. The results presented here confirm that this gene also plays a relevant role in the pigmentation variation in the Brazilian population.

Dentre os genes conhecidos por influenciarem a variação normal de pigmentação de olhos, pele e cabelos em humanos, o gene MC1R (receptor de melanocortina 1) é o mais bem caracterizado até o momento. A atuação do MC1R ocorre pela produção de uma proteína transmembrana nos melanócitos, responsável pela regulação da produção de melanina nos mesmos. Sabe-se que a atuação do MC1R determina a proporção entre eumelanina (coloração castanha/preta) e feomelanina (coloração amarela/vermelha) presente nos melanócitos. O presente trabalho tem como objetivo analisar os SNPs conhecidos do gene MC1R com o propósito de se avaliar a influência da diversidade deste gene em características como a presença de sardas e variação da pigmentação dos olhos, pele e cabelos em humanos. Foram analisados 29 SNPs conhecidos da região codificadora do gene MC1R em 131 indivíduos da região de Ribeirão Preto, SP. A extração do DNA foi feita pela técnica de salting-out. A região codificadora do gene MC1R (951pb) foi amplificada em uma única reação de PCR, a qual foi seqüenciada em um analisador genético ABI-PRISM 310 por eletroforese capilar, utilizando-se os mesmos primers empregados para a amplificação. Dos 29 SNPs avaliados, 22 deles mostraram variação nas amostras estudadas, sendo que metade deles demonstrou estar associados a características de pigmentação. Observou-se um conjunto de SNPs associados claramente à fenótipos relacionados à feomelanina (+1645 A, +1858 T e +2260 C), enquanto outros se relacionam à ocorrência de eumelanina (+1558 G, +2322 G, +2346 A). A reconstrução de haplótipos gerou 31 haplótipos, sendo que quatro deles estavam associados à pele escura e dois outros tinham freqüências significativamente baixas em pele clara. Um haplótipo se associou a olhos verdes, enquanto dois outros tiveram associação com olhos castanho escuros. Cores escuras de cabelo se relacionaram à seis haplótipos distintos enquanto cabelos ruivos estavam associados à dois e um outro associado à cabelos loiros. Por fim, a ocorrência de sardas foi significativamente relacionada à três haplótipos. O presente trabalho apresenta associações significativas entre SNPs individuais e pigmentação de olhos, cabelos e pele, sendo que nossos dados confirmam que tal gene também desempenha papel relevante na variação de pigmentação na população brasileira. / Among the known genes influencing eye, skin and hair normal pigmentation variation, the MC1R (melanocortin l-receptor) gene is the best characterized so far. The activity of MC1R occurs due the production of a transmembrane protein in melanocytes, responsible for regulating the production of melanin. It is known that the performance of MC1R determines the ratio of eumelanin (brown color I black) and pheomelanin (yellow I red) present in melanocytes. This study aims to analyze known SNPs of the MC1R gene in order to evaluate the influence of this gene diversity on features like freckles and pigmentation variation of eyes, skin and hair in humans. We analyzed 29 known SNPs in the coding region of MC1R gene in 296 individuals from the region of Ribeirao Preto, Brazil. DNA extraction was performed using the salting-out technique. The MC1R gene coding region (951pb) was amplified in a single PCR reaction, which was sequenced on a ABI PRISM-310 genetic analyzer by capillary electrophoresis, using the same primers used for amplification. Of the 29 SNPs evaluated, only 22 showed variation in the samples studied, half of them showing to be associated with pigmentation characteristics. We observed a set of SNPs clearly associated to pheomelanin (+1645 A, +1831 T,+1858 T e +2260 C), while others related to eumelanin occurrence (+1558 G, +2322 G, +2346 A).Haplotype reconstruction generated 31 haplotypes. Four of them were associated with dark skin and two had significantly low frequencies in fair skin. One haplotype was associated with green eyes, while two other had aSSOciation with dark brown eyes. Darker hair color was associated with six different haplotypes, whereas red hair was associated with two and blonde hair with one haplotype. Finally, the absence or presence of freckles was significantly related to three haplotypes. Our study shows significant associations between individual SNPs and eyes, hair and skin pigmentation. The results presented here confirm that this gene also plays a relevant role in the pigmentation variation in the Brazilian population.

A Hemofilia A é uma doença sanguínea condicionada por gene localizado no cromossomo X. É causada pela deficiência parcial ou total da atividade do Fator VIII (FVIII), uma glicoproteína plasmática cuja função é necessária para a coagulação normal do sangue. Devido às dificuldades encontradas para o reconhecimento direto da mutação no gene F8, o diagnóstico das portadoras é feito de forma indireta, isto é, por análise de ligação com marcadores polimórficos localizados dentro ou próximos ao gene que permite determinar a co-segregação do haplótipo e da mutação na família sob estudo e, desta maneira, detectar o estado de portadora e, eventualmente, auxiliar no diagnóstico pré-natal. O presente trabalho teve por objetivo avaliar o poder de alguns desses marcadores na diferenciação das populações e determinar o grau de sua informatividade para o diagnóstico e aconselhamento genético de famílias afetadas, bem como verificar o eventual uso forense de tais marcadores. Foram então determinadas as frequências alélicas e haplotípicas, diversidade genética, diferenciação populacional, desequilíbrio de ligação e composição ancestral de quatro microssatélites intragênicos (IVS 1, IVS 13, IVS 22, IVS 25.3), localizados em introns do F8, e um extragênico (IKBKG) em amostras de populações brasileiras urbanas (indivíduos normais de São Paulo, Rio Grande do Sul e Pernambuco), de quilombos (Mimbó, Sítio Velho e Gaucinha localizados no Estado do Piauí) e Ameríndios (Tikúna, Baníwa e Kashináwa). As análises, quando cabível, incluíram um grupo de pacientes hemofílicos. O DNA dos sítios polimórficos foi amplificado por PCR, os produtos separados em PAGE e corado por nitrato de prata. Para as análises estatísticas foram empregados programas já considerados de uso rotineiro. Os parâmetros de diversidade mostraram diferenças entre as amostras populacionais analisadas. Tais diferenças regionais nas frequências alélicas devem ser levadas em conta quando o diagnóstico indireto da Hemofilia A estiver sendo realizado. Com exceção do IKBKG, todos os demais microssatélites apresentaram altas taxas de heterozigose. Usando tais marcadores, o diagnóstico foi possível em 10 das 11 famílias analisadas. Os microssatélites IVS 22, IVS 1, IVS 13, IVS 25.3 e IKBKG foram informativos em 63,6% (7/11), 54.5% (6/11), 54.5% (6/11), 45.5% (5/11) e 18.2% (2/11) dos casos, respectivamente, demonstrando a eficácia do uso desses microssatélites no diagnóstico pré-natal e na identificação de portadoras na população brasileira. / Hemophilia A is a bleeding disorder conditioned by a gene located on the X chromosome and caused by partial or total deficiency of the Factor VIII (FVIII) activity, a plasma glycoprotein whose function is necessary for normal blood clotting. Due to difficulties faced on direct recognition of the F8 gene mutation, carrier diagnosis is done indirectly by linkage analysis with polymorphic markers located within or near the gene. These markers may determine the haplotype and the mutation co-segregation within the studied family, and thus detect the carrier status and possibly assist in prenatal diagnosis. This study aimed to evaluate the power of some of these markers in population differentiation and to determine their degree of informativeness for diagnosis and genetic counseling of affected families, as well as to verify the possible forensic use of such markers. We then determined the allele and haplotype frequencies, genetic diversity, population differentiation, linkage disequilibrium and ancestral composition in Brazilian urban (healthy individuals from São Paulo, Rio Grande do Sul and Pernambuco), quilombo remnant (Mimbó, Sítio Velho and Gaucinha in the State of Piauí) and Amerindian (Tikúna, Baníwa and Kashináwa) population samples by the analysis of four intragenic microsatellites (IVS 1, IVS 13, IVS 22, IVS 25.3), located on F8 introns, and one extragenic (IKBKG ). When appropriated, the analysis included a group of hemophilic patients. DNA polymorphisms were detected by PCR, PAGE and silver nitrate staining. Statistical analysis was implemented by programs already considered in routine use. Diversity parameters showed differences among the populational samples analyzed. Such regional differences in allele frequencies must be taken into account when conduct the indirect diagnosis of Hemophilia A. Except for IKBKG, all other microsatellites showed high rates of heterozygosity. Using these markers, the diagnosis was possible in 10 of the 11 families analyzed. The microsatellites IVS 22, IVS 1, IVS 13, IVS 25.3 and IKBKG were informative in 63.6% (7 / 11), 54.5% (6 / 11), 54.5% (6 / 11), 45.5% (5 / 11 ) and 18.2% (2 / 11) of the cases, respectively, demonstrating the effectiveness of the use of these microsatellites in prenatal diagnosis and on carrier identification in the Brazilian population.

Introdução: A endometriose afeta 10 a 15% das mulheres em idade reprodutiva e há evidências crescentes de que o estresse oxidativo está envolvido na sua patogênese. Os polimorfismos na região controladora do DNA mitocondrial podem levar à replicação e à transcrição alterada dos genes mitocondriais, o que pode afetar a função mitocondrial e, consequentemente, a geração intracelular de espécies reativas de oxigênio. Descobertas recentes indicam que os polimorfismos do DNA mitocondrial (mtDNA) estão relacionados à endometriose em populações coreana e indiana. Objetivo: Avaliar a associação entre polimorfismos e haplogrupos do DNA mitocondrial e a presença de endometriose em mulheres brasileiras. Métodos: Pacientes com idade entre 18 e 50 anos foram divididas nos grupos endometriose (n = 90) e controle (n = 92). O primeiro grupo incluiu mulheres com diagnóstico histológico de endometriose e estadiamento cirúrgico, enquanto o segundo grupo incluiu pacientes submetidas à cirurgia para laqueadura tubária, leiomioma ou cistos ovarianos benignos, sem evidência de endometriose. O DNA foi extraído a partir de amostras de sangue periférico seguido do sequenciamento de Sanger e eletroforese capilar. Os polimorfismos foram determinados comparando as sequências obtidas com a Sequência padrão de Cambridge Revisada. Resultados: As frequências dos polimorfismos T16217C (14,4% vs. 5,4%; p = 0,049), G499A (13,3% vs. 4,3%; p = 0,038), T236C (5,6% vs. 0%; p = 0,028) e G185A (6,7% vs. 0%; p = 0.013) foram maior no grupo endometriose em comparação ao grupo controle, respectivamente, enquanto as frequências dos polimorfismos T146C (18,9% vs 32,6%; p = 0,042) e 573.2C (5,6% vs. 29,3%; p < 0.001) foram menores. A distribuição dos haplogrupos foi semelhante entre os grupos endometriose e controle. Nenhuma diferença foi observada nos haplogrupos de acordo com o estádio ou localização da doença. Conclusão: Os polimorfismos T16217C, G499A, T236C e G185A do DNA mitocondrial foram relacionados à presença de endometriose, enquanto T146C e 573.2C foram relacionados à ausência de doença, em amostra de mulheres brasileiras. Não foram observadas diferenças significativas entre os haplogrupos mitocondriais / Background: There is increasing evidence that oxidative stress is a major factor in the pathogenesis of endometriosis, a prevalent disease that affects 5-15% of reproductive-aged women worldwide. Polymorphisms in the control region of mitochondrial DNA (mtDNA) can lead to the altered replication and transcription of mitochondrial genes, thereby affecting both overall mitochondrial function, and the intracellular generation of reactive oxygen species. Objective: The present study investigated whether the incidence of mtDNA polymorphisms and/or haplogroups is associated with endometriosis in a Brazilian population. Methods: Female patients (aged 18-50 years) were enrolled in the present study, and assigned to either endometriosis (n = 90) or control (n = 92) group. The former group comprised patients who had received a histological diagnosis of endometriosis and had been assigned a surgical stage, while the latter comprised patients who had undergone gynecological surgery for tubal ligation, leiomyoma, or ovarian cysts, and showed no evidence of endometriosis. DNA was extracted from peripheral blood samples, and then subjected to Sanger sequencing and capillary electrophoresis. Polymorphisms were identified by comparing the isolated mtDNA sequences with the revised Cambridge Reference Sequence. Results: The frequency of some identified polymorphisms was found to be higher in the endometriosis group than in the control group, including polymorphisms T16217C (found in 14.4% and 5.4% of endometriosis- and control-group members, respectively; p=0.049), G499A (13.3% vs. 4.3%; p=0.038), T236C (5.6% vs. 0%; p=0.028), and G185A (6.7% vs. 0%; p=0.013). In contrast, polymorphisms T146C (18.9% vs. 32.6%; p=0.042) and 573.2C (5.6% vs. 29.3%; p < 0.001) were found to occur at a lower frequency in the endometriosis compared to the control group. Observed haplogroup frequencies were similar between the endometriosis and control groups, and did not appear to be affected by either disease location and/or staging. Conclusion: mtDNA polymorphisms T16217C, G499A, T236C, and G185A were found to be associated with endometriosis, while conversely, T146C and 573.2C were shown to be associated with an absence of disease in the analyzed Brazilian population. No significant differences were observed between the mitochondrial haplogroups of patients with, versus without endometriosis

A alimentação, a nutrição e a atividade física, como componentes do modo de viver saudável, circunscrevem-se na atualidade entre os determinantes e condicionantes da promoção da saúde e ocupam lugar de destaque na agenda da Saúde Pública/Coletiva. O presente estudo tem como objetivo central tanto analisar a situação alimentar, nutricional e a atividade física de mulheres em uma área do Programa de Saúde da Família na cidade de São Paulo, quanto identificar obstáculos e oportunidade para uma ação local, considerando as recomendações do Guia Alimentar para a População Brasileira. Foi realizado junto a uma amostra com 295 moradoras entre 20 e 50 anos de idade, utilizando questionários para a obtenção de dados socioeconômicos, antropométricos, dietéticos e atividade física. Verificou-se que as mulheres tinham em média 10 anos de escolaridade e a maioria estava inserida no mercado de trabalho com ganhos em torno de três salários mínimo. Os achados do presente estudo comparados ao Guia Alimentar para a População Brasileira, mostram que em geral tanto a alimentação, quanto o estado nutricional e a atividade fisica não se aproximavam das recomendações. Observouse inadequações na distribuição dos nutrientes e alimentos, valores médios baixos para carboidratos totais, açúcar de adição, fibra dietética e para frutas, legumes e verduras (FLV) e valores altos para proteínas totais e as gorduras total, saturada e trans. As mulheres de menor renda e escolaridade apresentaram algumas desvantagens, como a menor ingestão de FLV e maior para gordura trans e açúcar de adição, isto é, baixa presença de alimentos saudáveis e alta de alimentos pouco saudáveis, respectivamente. No que se refere à avaliação do estado nutricional foi observado que 51,5% das mulheres apresentavam algum grau de excesso de peso (IMC &#8805; 25,00 kg/m2), porém, não houve diferenças estatisticamente significativas segundo a escolaridade e a renda. Quanto a circunferência da cintura (CC) se observou que 60,4% das mulheres apresentavam excesso de gordura intraabdominal e ocorreu uma diferença apenas quanto à escolaridade das mulheres, indicando uma relação inversa, ou seja, à medida que aumenta a escolaridade diminui a obesidade abdominal. Nos resultados da atividade física constatou-se que cerca de 60% das mulheres eram insuficientemente ativas e sedentárias, somandose ambas as categorias e a relação inversa com a escolaridade e a renda. No que se refere a obstáculos e oportunidades, considerando a natureza complexa e as peculiaridades dos objetos em estudo, as ações para promoção da alimentação, nutrição e atividade física circunscrevem-se por um lado, entre obstáculos, os aspectos sócio-econômicos-culturais, e por outro lado, entre oportunidades, o vigor e a visibilidade que a temática ocupa na agenda mundial e nacional da Saúde Pública/Coletiva. Em tempos de promoção da saúde, os desafios para a implementação destas ações requer um enfoque integrado e articulado as diversas dimensões dos objetos em estudo. / Eating, nutrition and physical activity, as components that have significant implications for healthy life, assume nowadays the role of determining and conditioning factors to promote health and thus have an outstanding place in the Public/Collective Health agenda. This study aims primarily to analyze the eating and nutritional patterns and the physical activity of women included in the Programa de Saúde da Família na cidade de São Paulo (Health Program for Family in São Paulo City) as well as to identify problems and opportunities of developing a local action, considering the guidelines of the Guia Alimentar para a População Brasileira (Dietary Guidelines for the Brazilian Population). There were applied questionnaires to get socio-economic, anthropometric, dietary and exercising data out of a sample of 295 female subjects ranging in age from 20 to 50 years. These women had 10 years of formal schooling on the average and most of them was inserted in the labour market, earning something around three minimum wages. The study findings, compared to the Guia Alimentar para a População Brasileira, revealed that usually both the eating patterns and the nutritional and exercising state were far from the recommendations. We observed improper food and nutrient consumption, average intake of total carbohydrates, added sugar, dietary fiber, fruits and vegetables, as well as high intakes of total protein and fat, saturated and trans fats. Women with lower income and schooling showed some disadvantages, such as smaller intake of fruits and vegetables and greater intake of trans fats and added sugars, i. e. low presence of healthy food and high presence of less healthy food respectively. In terms of nutritional state assessment it was observed that 51,5% of the women had some grade of overweight (BMI &#8805; 25,00 kg/m2), although there was no statistically significant difference according to schooling and income. In terms of waist girth, it was found that 60,4% of the women had excessive storage of fat in the abdominal areas and there was only a difference in schooling, indicating an inverse relation, i. e. the higher the schooling the smaller the abdominal obesity. The physical activity investigation displayed that about 60% of the women had insufficient exercising and active life, both categories together, and there was an inverse relation with schooling and income. Concerning problems and opportunities, given the complex nature and peculiarities of the study objects, actions to promote diet, nutrition and physical activity include, in one way, the socioeconomic and cultural factors and, in another way, opportunities, vigor and visibility that this issue occupies in the world and national agenda of Public/Collective health. In times of health promotion, challenges to implement these actions require an approach that integrates and articulates all the dimensions of the study objects.

A alimentação, a nutrição e a atividade física, como componentes do modo de viver saudável, circunscrevem-se na atualidade entre os determinantes e condicionantes da promoção da saúde e ocupam lugar de destaque na agenda da Saúde Pública/Coletiva. O presente estudo tem como objetivo central tanto analisar a situação alimentar, nutricional e a atividade física de mulheres em uma área do Programa de Saúde da Família na cidade de São Paulo, quanto identificar obstáculos e oportunidade para uma ação local, considerando as recomendações do Guia Alimentar para a População Brasileira. Foi realizado junto a uma amostra com 295 moradoras entre 20 e 50 anos de idade, utilizando questionários para a obtenção de dados socioeconômicos, antropométricos, dietéticos e atividade física. Verificou-se que as mulheres tinham em média 10 anos de escolaridade e a maioria estava inserida no mercado de trabalho com ganhos em torno de três salários mínimo. Os achados do presente estudo comparados ao Guia Alimentar para a População Brasileira, mostram que em geral tanto a alimentação, quanto o estado nutricional e a atividade fisica não se aproximavam das recomendações. Observouse inadequações na distribuição dos nutrientes e alimentos, valores médios baixos para carboidratos totais, açúcar de adição, fibra dietética e para frutas, legumes e verduras (FLV) e valores altos para proteínas totais e as gorduras total, saturada e trans. As mulheres de menor renda e escolaridade apresentaram algumas desvantagens, como a menor ingestão de FLV e maior para gordura trans e açúcar de adição, isto é, baixa presença de alimentos saudáveis e alta de alimentos pouco saudáveis, respectivamente. No que se refere à avaliação do estado nutricional foi observado que 51,5% das mulheres apresentavam algum grau de excesso de peso (IMC &#8805; 25,00 kg/m2), porém, não houve diferenças estatisticamente significativas segundo a escolaridade e a renda. Quanto a circunferência da cintura (CC) se observou que 60,4% das mulheres apresentavam excesso de gordura intraabdominal e ocorreu uma diferença apenas quanto à escolaridade das mulheres, indicando uma relação inversa, ou seja, à medida que aumenta a escolaridade diminui a obesidade abdominal. Nos resultados da atividade física constatou-se que cerca de 60% das mulheres eram insuficientemente ativas e sedentárias, somandose ambas as categorias e a relação inversa com a escolaridade e a renda. No que se refere a obstáculos e oportunidades, considerando a natureza complexa e as peculiaridades dos objetos em estudo, as ações para promoção da alimentação, nutrição e atividade física circunscrevem-se por um lado, entre obstáculos, os aspectos sócio-econômicos-culturais, e por outro lado, entre oportunidades, o vigor e a visibilidade que a temática ocupa na agenda mundial e nacional da Saúde Pública/Coletiva. Em tempos de promoção da saúde, os desafios para a implementação destas ações requer um enfoque integrado e articulado as diversas dimensões dos objetos em estudo. / Eating, nutrition and physical activity, as components that have significant implications for healthy life, assume nowadays the role of determining and conditioning factors to promote health and thus have an outstanding place in the Public/Collective Health agenda. This study aims primarily to analyze the eating and nutritional patterns and the physical activity of women included in the Programa de Saúde da Família na cidade de São Paulo (Health Program for Family in São Paulo City) as well as to identify problems and opportunities of developing a local action, considering the guidelines of the Guia Alimentar para a População Brasileira (Dietary Guidelines for the Brazilian Population). There were applied questionnaires to get socio-economic, anthropometric, dietary and exercising data out of a sample of 295 female subjects ranging in age from 20 to 50 years. These women had 10 years of formal schooling on the average and most of them was inserted in the labour market, earning something around three minimum wages. The study findings, compared to the Guia Alimentar para a População Brasileira, revealed that usually both the eating patterns and the nutritional and exercising state were far from the recommendations. We observed improper food and nutrient consumption, average intake of total carbohydrates, added sugar, dietary fiber, fruits and vegetables, as well as high intakes of total protein and fat, saturated and trans fats. Women with lower income and schooling showed some disadvantages, such as smaller intake of fruits and vegetables and greater intake of trans fats and added sugars, i. e. low presence of healthy food and high presence of less healthy food respectively. In terms of nutritional state assessment it was observed that 51,5% of the women had some grade of overweight (BMI &#8805; 25,00 kg/m2), although there was no statistically significant difference according to schooling and income. In terms of waist girth, it was found that 60,4% of the women had excessive storage of fat in the abdominal areas and there was only a difference in schooling, indicating an inverse relation, i. e. the higher the schooling the smaller the abdominal obesity. The physical activity investigation displayed that about 60% of the women had insufficient exercising and active life, both categories together, and there was an inverse relation with schooling and income. Concerning problems and opportunities, given the complex nature and peculiarities of the study objects, actions to promote diet, nutrition and physical activity include, in one way, the socioeconomic and cultural factors and, in another way, opportunities, vigor and visibility that this issue occupies in the world and national agenda of Public/Collective health. In times of health promotion, challenges to implement these actions require an approach that integrates and articulates all the dimensions of the study objects.