Orientadora : Profa. Dra. Maria Luiza Petzl-Erler / Tese (doutorado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Genética. Defesa: Curitiba, 28/02/2012 / Bibliografia: fls. 60-63 / Resumo: CD80 e CD86, também denominados B7.1 e B7.2, são genes proximamente ligados no cromossomo 3 que codificam glicoproteinas da superfamília das imunoglobulinas, expressas na superfície das células apresentadoras de antígeno. Essas moléculas participam na ativação e inibição das células T através da ligação aos receptores CD28 e CTLA-4. Nesse estudo foram analizados polimorfismos dos genes CD80 e CD86 com o objetivo de investigar a diversidade genética, microevolução e relevância funcional. Foram genotipados 1.124 indivíduos, incluindo brasileiros de ancestralidade predominantemente européia, mista africana e européia e japonesa, 5 populações ameríndias e africanos. As regiões promotoras de CD80 e CD86 foram sequenciadas e utilizadas em ensaios de gene repórter com luciferase em células HEK293T. As proteínas foram quantificadas por citometria de fluxo em monócitos, estimulados com quatro ligantes de TLR, de indivíduos com diferentes genótipos. Sítios de ligação de fatores de transcrição foram inferidos in silico. Todos os alelos analisados foram encontrados em africanos, o que sugere sua origem na África antes das migrações humanas para fora do continente. Cinco novos alelos da região promotora de CD80 foram identificados e confirmados por clonagem e sequenciamento, sendo o promotor 2 o mais provável alelo ancestral. Foi encontrado um efeito de seleção balanceadora em descendentes de japoneses, nos quais todos os alelos apresentam frequências elevadas. O nucleotídeo -79 é monomórfico em 4 populações ameríndias, nas quais a presença do alelo -79G é provavelmente resultado de fluxo gênico. O haplótipo 4 de CD80 apresentou expressão significativamente menor do que os demais devido ao SNP g.-7T>C (rs16829980), g.5C>A (rs41271391) e/ou 287A>T (rs56124423). O SNP g.-7T>C está localizado no sítio de ligação da proteína ativadora AP-1 e de acordo com inferências in silico interfere na ligação. No gene CD86, dois SNPs foram analisados em 2.4 kb incluindo o promotor e a 5'UTR. O SNP CD86 -298T>C não interfere na expressão gênica segundo os experimentos com a luciferase. A quantidade das proteínas em monócitos diferiu significativamente entre os haplótipo de CD80 e os alelos -819T>C (rs11575855) de CD86 e também entre idosos e jovens e entre os quatro diferentes estímulos utilizados. Concluímos que polimorfismos na região 3' do promotor de CD80 alteram significativamente a atividade do promotor. O SNP CD86 -819T>C altera os níveis proteicos de CD86 na membrana de monócitos estimulados. As diferenças encontradas são provavelmente devidas a alterações na capacidade de ligação de fatores de transcrição. / Abstract: CD80 and CD86, also called B7.1 and B7.2, are closely linked genes on chromosome 3 that code for glycoproteins of the immunoglobulin superfamily, expressed on the surface of antigen-presenting cells. These costimulatory molecules play essential roles for stimulation and inhibition of T cells through binding to CD28 and CTLA-4 receptors. In this study, CD80 and CD86 polymorphisms were analyzed to investigate the genetic diversity, microevolution, and the functional relevance of CD80 and CD86 promoter polymorphisms. We genotyped 1,124 individuals, including Brazilians of predominantly European, mixed African and European, and Japanese ancestry, 5 Amerindian populations, and an African sample. The CD80 and CD86 promoter regions were sequenced and functional studies were done using luciferase reporter assays in HEK293T cells, flow cytometry measurements of protein on TLR stimulated monocytes (using four different stimuli) of individuals with different genotypes, and in silico inferences of transcription factor binding. All variants were observed in Africans, which suggests their origin in Africa before the human migrations out of that continent. Five new CD80 promoter alleles were identified and confirmed by cloning and sequencing, and promoter 2 is most likely the ancestral allele. There is evidence of an effect of balancing selection in Japanese-brazilians, where all alleles present high frequencies. Nucleotide-79 is monomorphic in 4 Amerindian populations, where the presence of the -79G allele is probably the result of gene flow from non-Amerindians. CD80 haplotype 4 showed significantly lower promoter activity, caused by SNPs g.-7T>C (rs16829980), g.5C>A (rs41271391) and/or 287A>T (rs56124423). The SNP g.-7T>C is located in the previously reported binding site of activating protein 1 (AP-1) and is predicted to interfere with AP-1 binding. In CD86, two SNPs were analyzed in the 2.4 kb including the promoter and 5'UTR of the gene. Luciferase measurements showed that the CD86 -298T>C SNP did not interfere in gene expression. The protein expression on monocytes differed significantly among CD80 haplotypes and CD86 -819T>C (rs11575855) alleles, and also between age groups and the different stimuli given to the cells. We conclude that polymorphisms within the 3' end of the CD80 promoter significantly affect the activity of the promoter. Further, the CD86 -819T>C SNP has a significant effect on protein levels on the membrane of stimulated monocytes. These differences are most likely caused by differential binding of transcription factors.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Ciências da Saúde, Programa de Pós-Graduação em Bioética. 2012. / Submitted by Alaíde Gonçalves dos Santos (alaide@unb.br) on 2012-11-16T15:06:14Z No. of bitstreams: 1 2012_RicardoFerreiraNunes.pdf: 1102246 bytes, checksum: 1679c7096bae3dc6e8fc8f94bd03ae39 (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2012-11-28T11:34:46Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2012_RicardoFerreiraNunes.pdf: 1102246 bytes, checksum: 1679c7096bae3dc6e8fc8f94bd03ae39 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-11-28T11:34:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2012_RicardoFerreiraNunes.pdf: 1102246 bytes, checksum: 1679c7096bae3dc6e8fc8f94bd03ae39 (MD5) / Bancos de dados de perfis genéticos são conjuntos estruturados de resultados de análises de perfis genéticos mantidos, em geral, em uma base de dados informatizada. O presente trabalho versa sobre o desenvolvimento da genética com a aplicação na tecnologia de obtenção de perfis genéticos e sua catalogação em base de dados para fins criminais. Através de um estudo analítico e interpretativo das informações coletadas, o trabalho identifica os principais conflitos existentes na catalogação da informação genética nessa base de dados e, propõe uma discussão com referenciais bioéticos sobre a legitimidade dessa catalogação. Os referenciais bioéticos utilizados foram: os princípios de respeito à autonomia, privacidade, confidencialidade, equidade e justiça. Contextualizado com a bioética, fez-se um estudo com os rincipais tratados internacionais de proteção à informação genética e concepções bioéticas e as normas nacionais de autorização da implantação do banco de dados genéticos no Brasil. O trabalho também propôs uma discussão, sob o enfoque da biopolítica e biopoder, sobre a regulamentação estatal das amostras de perfis genéticos e a soberania da gestão disciplinar do biológico da população. Esse trabalho também propõe a inclusão de interpretações da bioética no contexto discursivo da biopolítica, interpretando os fenômenos de ordem biopolíticos sob os vieses contemporâneos da bioética. Conclui-se, assim, que as vantagens oferecidas por esse tipo de bancos de dados para a investigação policial são inúmeras, funcionando como uma ferramenta de grande eficácia para a elucidação de crimes. Portanto, em relação aos princípios da bioética, a catalogação dos dados genéticos em bases de dados informatizadas para elucidação de crimes não fere o respeito à autonomia, pois há uma previsão legal nessa ordem, como também não interfere na privacidade e confidencialidade do indivíduo, pois dão condições técnicas e operacionais claras da não interferência humana à informação individual. E, de fato, preserva a justiça do ato, ao estabelecer limites na conduta humana, pois tem o propósito de apenar o indivíduo condenado a ter sua inclusão no banco de dados genéticos. Em relação à biopolítica, verifica-se que esses instrumentos analíticos de biopoder não pretendem desqualificar a importância do princípio da dignidade da pessoa humana e a garantia de sua autonomia, pois há, por parte do Estado, as garantias primárias da não interferência e sigilo na informação genética catalogada. _______________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Databases of genetic profiles are structured sets of results of analyzes of genetic profiles kept usually in a computerized database. This work is about the development profiles kept usually in a computerized database. This work is about the development of genetics with the application in the technology of obtaining genetic profiles and their cataloging in database. Through an analytical and interpretative study of information collected, the study sought to identify the main conflicts in the ctaloging of genetic information in the database, and proposes a bioethical discussion with bioethical references about the legitimacy of this cataloging. The bioethical references that were used were: the principles of respect for autonomy, privacy, confidentiality, fairness and justice. Contextualized with the bioethics, a comparative study was done with the major international treaties for the protection of genetic information and bioethical conceptions and national standards for authorization the implementation of genetic database in Brazil. It also proposed a discussion with a focus on biopolitics and biopower about state regulation of the samples of genetic profiles and the sovereignty of the disciplinary management of the biologic of the population. Finally, this work also proposes the inclusion of interpretations of bioethics in the discursive context of biopolitics, interpreting the phenomena of biopolitical order under the biases of contemporary bioethics. We conclude, therefore, that the advantages offered by this type of databases for police investigation are numerous, functioning as a highly effective tool for the elucidation of crimes. Therefore, in relation to the principles of bioethics, the cataloging of genetic data in computerized databases for elucidation of crimes does not hurt respect for autonomy, because there is a legal provision in that order, it also does not interfere in the privacy and confidentiality of the individual, because it provides clear technical and operational conditions from the non-human interference to the individual information. And indeed, it preserves the justice of the act, when it sets limits on human behavior as it has the purpose of penalizing the sentenced individual to have his inclusion in genetic database. In relation to biopolitics, it is verified that these analytical tools of biopower do not intend to disqualify the importance of the principle of human dignity and the guarantee of their autonomy, as there are, by the state, the primary guarantees of non-interference and confidentiality of cataloged genetic information.

Orientador: Regina Maria Barretto Cicarelli / Resumo: A análise dos polimorfismos do DNA é a melhor ferramenta encontrada para resolução de casos de identificação humana, sendo os marcadores STR (Short Tandem Repeat) localizados em regiões autossômicas os principais e mais utilizados para esta finalidade. Os marcadores genéticos presentes nos cromossomos sexuais (X e Y) e no DNA mitocondrial podem auxiliar as análises de forma eficiente. A análise de Y-STRs é uma ferramenta importante, sendo empregada em casos criminais, principalmente os que envolvem crimes sexuais, quando ocorre mistura das amostras do agressor com a da vítima. São também úteis na determinação da ancestralidade biogeográfica paterna, além de permitirem inferir relações de parentesco, principalmente em casos de reconstrução genética (com ausência do suposto pai) e, como uma alternativa confirmatória em casos de exclusão. Mutações espontâneas podem ocorrer em células germinativas paternas, podendo ser transmitidas para os filhos. Com isso, o estudo aprofundado das taxas de mutação para os Y-STRs é muito importante, quer do ponto de vista antropológico, pois permite efetuar a datação das linhagens do cromossomo Y, quer do ponto de vista forense para a interpretação correta dos resultados destes marcadores quando aplicados em processos de investigação de parentesco ou de criminalística biológica. Neste contexto, o uso de um banco de dados da população local pode ser essencial para o cálculo adequado do índice de parentesco e análises forenses. No presente trabalho... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The DNA polymorphisms analysis is the best tool for solving cases of human identification, and STR (Short Tandem Repeat) markers in autosomal chromosomes are the most used for this purpose. Genetic markers present on the sex chromosomes (X and Y) and mitochondrial DNA can efficiently assist analyzes. Y-STR analysis is an important tool used in criminal cases, especially those involving sexual crimes, when a sample of offender occurs with the victim, paternal biogeographic ancestry, and kinship inference relations, especially cases with alleged father absence, and alternative cases of exclusion as a confirmatory. Spontaneous mutations can occur in the germ cells of parents and can be transmitted for descendants. Thus, in-depth Y-STRs mutation rates studies is important both from the anthropological point of view, since it allows dating the Y chromosome lineages, or in forensic point of view for results correct interpretation these markers when applied in kinship investigation processes or biological criminalistics. In addition, in order to determine the profile probability found to belong to the individual tested, it would be necessary to use a local population database to calculate paternity index and forensic analysis. In this study, we analyzed 401 cases related to paternity research with 23 Y-STRs panel, from São Paulo and Rio de Janeiro population. A total of 38 mutations were identified in 9,897 father-son allelic transfers, obtaining an overall mutation rate of 3.84x10-... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Dissertação (mestrado)-Universidade de Brasília, Faculdade de Ciências da Saúde, 2010. / Submitted by Shayane Marques Zica (marquacizh@uol.com.br) on 2011-03-10T20:46:59Z No. of bitstreams: 1 2010_AluísioTrindadeFilho.pdf: 772777 bytes, checksum: 893c96859507c9e7c9a83c91d4c087f3 (MD5) / Approved for entry into archive by Luanna Maia(luanna@bce.unb.br) on 2011-03-14T13:57:30Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2010_AluísioTrindadeFilho.pdf: 772777 bytes, checksum: 893c96859507c9e7c9a83c91d4c087f3 (MD5) / Made available in DSpace on 2011-03-14T13:57:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2010_AluísioTrindadeFilho.pdf: 772777 bytes, checksum: 893c96859507c9e7c9a83c91d4c087f3 (MD5) / O cromossomo X apresenta um modo peculiar de herança. Na transmissão paterna, comporta-se como uniparental enquanto que na transmissão materna, como biparental. Esta excentricidade torna os marcadores genéticos situados nesse cromossomo particularmente úteis para determinadas análises no âmbito da genética forense. Adicionalmente, lhe empresta características que podem ser exploradas em estudos de genética de populações para verificar que semelhanças e diferenças existem entre a história contada por eles e a contada pelos demais marcadores. A incorporação dos marcadores do cromossomo X na genética forense tem uma história recente e vem ainda sendo consolidada, razão pela qual se verifica ainda uma relativa escassez de dados sobre estes marcadores nas populações, seja brasileira ou de outros países. Neste projeto, 205 homens e 210 mulheres nascidos no Distrito Federal foram analisados com 10 marcadores STRs localizados no cromossomo X humano (DXS8378, DXS9898, DXS7133, GATA31E08, GATA172D05, DXS7423, DXS6809, DXS7132 DXS9902 e DXS6789), compondo o sistema de amplificação multiplex denominado “XDecaplex”, desenvolvido pelo Grupo de Espanhol-Português da International Society for Forensic Genetics (ISFG). Todos os indivíduos foram considerados não relacionados geneticamente, de acordo com o modo de herança do cromossomo X. As frequências alélicas, parâmetros populacionais, parâmetros forenses e desequilíbrio de ligação foram estimados, assim como a constituição genética da população considerando os três grupos parentais principais – europeus, africanos e ameríndios. Comparação com outras populações brasileiras analisadas para os marcadores em questão foram também realizadas. O STR mais informativo foi o DXS6809 e o menos informativo, o DXS8378. O Poder Médio de Discriminação do sistema como um todo para mulheres (PDMF) foi de 0,99999999996 e para homens (PMDM), 0,9999995. A Probabilidade Média de Exclusão Cumulativa para o Trio mãe filha e suposto pai (PMECT) e para o Duo filha e suposto pai (PMECD), considerando os loci agrupados, foi de 0,99999795 e 0,99988927, respectivamente. Não foram observados desvios significativos no equilíbrio da Hardy-Weinberg testado na amostra feminina, bem como não se observou Desequilíbrio de Ligação na amostra masculina. Estes resultados habilitam o uso do Banco de Dados das frequências alélicas dos dez STRs do cromossomo X obtidas para a população do Distrito Federal, como base de dados para cálculos em análises forenses em casos envolvendo indivíduos desta população. Análises comparativas entre a população do Distrito Federal e as populações dos estados do Mato Grosso do Sul, Paraná, Rio de Janeiro e São Paulo sugerem uma maior diversidade genética para a população do Distrito Federal, provavelmente refletindo a constituição de sua população, resultado do afluxo de contingentes populacionais de todo o Brasil. Análises de distância genética com base em valores de GST mostraram diferenças significativas entre o Distrito Federal e os estados do Mato Grosso do Sul, Paraná e Rio de Janeiro. As proporções de mistura étnica da população do Distrito Federal, considerando como parentais as populações européia, africana e ameríndia, demonstraram um predomínio da européia (61,9%), seguida da africana (27%). Estes dados não diferem significativamente dos resultados observados com marcadores autossômicos na mesma população, sugerindo que ambas as classes de marcadores contam a mesma história genética, em que pese o fato dos marcadores do cromossomo X refletirem mais a herança materna que a paterna e que, para o Brasil, estudos com marcadores uniparentais terem demonstrado consistentemente uma influência maior para a parental européia na linhagem paterna, com as africana e ameríndia predominando para a parental materna. A inclusão dos dez CrX STRs em quatro casos de paternidade deficiente analisados previamente com uma bateria de 21 ou 22 STRs autossômicos demonstrou um grande impacto na valoração estatística quando a reconstituição do genótipo do suposto pai foi realizada mediante análise de uma filha biológica mas um impacto mínimo quando a reconstituição foi realizada com a suposta avó. _______________________________________________________________________________ ABSTRACT / The X chromosome has a peculiar mode of inheritance. In paternal transmission, its behavior is uniparental, while in maternal transmission, it is biparental. Because of this eccentricity, the markers located in this chromosome are gradually being introduced into forensic genetics, particularly in deficiency paternity cases, where the alleged father is absent. This unique form of inheritance can be explored by population genetics in order to verify the extent of similarities and differences between the stories told by the X-chromosome markers and those told by other genetic markers. The inclusion of X chromosome markers in forensic genetics has a recent history and is still being consolidated, which is why there is still a relative paucity of data on these markers in populations, both in Brazil and in other countries. In this project, 205 men and 210 women (625 alleles) born in the Federal District were analyzed with 10 STR markers located on the human X chromosome (DXS8378, DXS9898, DXS7133, GATA31E08, GATA172D05, DXS7423, DXS6809, DXS7132, DXS9902 and DXS6789) composing the multiplex amplification system “X-Decaplex”, developed by the Spanish-Portuguese Group of the International Society for Forensic Genetics (ISFG). All individuals were considered unrelated according to the X chromosome mode of inheritance. Allele frequencies, forensic parameters, population parameters and linkage disequilibrium were estimated as was the genetic make-up of the population considering the three main parental groups - Europeans, Africans and Amerindians. Comparison with other Brazilian populations analyzed for the markers in question were also performed. DXS6809 was the most informative STR and DXS8378, the least. The Mean Power of Discrimination of the system as a whole for women (PDCF) was 0.99999999996 and for men (PDCM) 0.9999995. The Mean Probability Cumulative of Exclusion for the trio motherdaughter- alleged father (PMECT) was 0.99999795 and that for the duo daughter-alleged father (PMECD) was 0.99988927, considering the loci grouped. There were no significant deviations from the Hardy-Weinberg expectations in the female sample tested and there was no observed Linkage Disequilibrium observed in the male sample. These results enable the allelic frequencies of the ten STRs of X chromosome obtained for Federal District population to be used as a database for forensic analysis calculations in cases involving individuals from this population. Comparative analysis between the population of the Federal District and those of the states of Mato Grosso do Sul, Parana, Rio de Janeiro and São Paulo suggests a greater genetic diversity in the population of the Federal District, probably reflecting the make-up of its population, a result of the influx of population groups from the whole country. Analyses of genetic distance based on GST values showed significant differences between the population of the Federal District and those of the states of Mato Grosso do Sul, Parana and Rio de Janeiro. The proportions of ethnic mix in the population of the Federal District, considering parental populations as European, African and Amerindian, showed a predominance of European (61.9%), followed by African (27%). These data do not differ significantly from the results observed with autosomal markers in the same population, suggesting that both classes of markers have the same genetic history, despite the fact that the X chromosome markers reflect more maternal inheritance than paternal and that for Brazil, studies using uniparental markers have consistently shown a greater influence of Europe for paternal parental lineage, with African and American predominance for the maternal parent. The inclusion of the ten CRX STRs in four deficient paternity cases previously analyzed with a battery of 21 or 22 autosomal STRs showed a statistically significant impact on valuation when the reconstitution of the alleged father's genotype was performed by analysis of a biological child but a minimal impact when the supposed grandmother replaced the supposed father.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Ciências da Saúde, Programa de Pós-Graduação em Ciências da Saúde, 2013. / Submitted by Alaíde Gonçalves dos Santos (alaide@unb.br) on 2014-02-26T14:24:02Z No. of bitstreams: 1 2013_TicianeHenriquesSantaRita.pdf: 954426 bytes, checksum: f70aa72a9710becb2ca2b4bf37ab2100 (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2014-02-28T13:59:13Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2013_TicianeHenriquesSantaRita.pdf: 954426 bytes, checksum: f70aa72a9710becb2ca2b4bf37ab2100 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-02-28T13:59:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2013_TicianeHenriquesSantaRita.pdf: 954426 bytes, checksum: f70aa72a9710becb2ca2b4bf37ab2100 (MD5) / O Distrito Federal do Brasil foi criado em 1960 na Região Centro-Oeste em uma área anteriormente despovoada. Em 2010, este território artificial estava povoado por 2.556.121 habitantes. Neste estudo, analisou-se na população do Distrito Federal as variações genéticas dos quinze loci STRs incluídos no kit AmpFlSTR® NGM™ (Life Technologies) (D10S1248, D22S1045, D2S441, D1S1656, D12S391, D2S1338, D3S1358, D8S1179, D16S539, D18S51, D19S433, D21S11, FGA, TH01 e vWA). Os resultados indicam que o NGM™ é um sistema genético altamente informativo. Pois, a probabilidade de discriminar dois indivíduos selecionados ao acaso é de 99,999999999999999995% e a probabilidade de excluir um indivíduo falsamente acusado em um caso de paternidade é 99,99998%. Ademais, a análise das distâncias genéticas entre as populações das cinco macrorregiões brasileiras revelou que o Distrito Federal é mais semelhante ao Sudeste, ao Nordeste e a população brasileira como um todo do que as populações do Sul, Centro-Oeste e Norte. Esta conclusão está de acordo com a composição da população relatada no Censo 2010, em que a maioria dos imigrantes era do Nordeste e do Sudeste. ________________________________________________________________________________ ABSTRACT / The Federal District of Brazil was created in 1960 in the Central-West Region of Brazil in a previously unpopulated area. In 2010, this artificially founded district was populated by 2,562,963 inhabitants. In this study, we analyzed the genetic variations of the fifteen STRs loci (D10S1248, D22S1045, D2S441, D1S1656, D12S391, D2S1338, D3S1358, D8S1179, D16S539, D18S51, D19S433, D21S11, FGA, TH01 and vWA) included in the kit AmpFlSTR® NGM™ (Life Technologies) in this population. The results indicate that the NGM™ is a highly informative genetic system. Therefore, the probability of discriminating two individuals selected at random is 99.999999999999999995% and the probability of excluding a falsely accused individuals in a paternity case is 99.99998%. Furthermore, analysis of genetic distances between populations of the five macroregions revealed that the Brazilian Federal District is more similar to the southeastern, northeastern and overall Brazil population compared to Southern, Central-Western and Northern populations. This conclusion agrees with the population composition reported in the 2010 National Survey Inquiries, in which most of the immigrants were from the northeast and the southeast.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Ciências da Saúde, Programa de Pós-Graduação em Ciências da Saúde, 2013. / Submitted by Albânia Cézar de Melo (albania@bce.unb.br) on 2014-03-07T15:10:15Z No. of bitstreams: 1 2013_CamillaFigueiredoChianca.pdf: 3102262 bytes, checksum: 3c129489dd2df3db01e993b2d25d261f (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2014-03-07T16:18:07Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2013_CamillaFigueiredoChianca.pdf: 3102262 bytes, checksum: 3c129489dd2df3db01e993b2d25d261f (MD5) / Made available in DSpace on 2014-03-07T16:18:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2013_CamillaFigueiredoChianca.pdf: 3102262 bytes, checksum: 3c129489dd2df3db01e993b2d25d261f (MD5) / O cromossomo Y é específico do sexo masculino e constitutivamente haplóide. É transmitido de pai para filho e, diferentemente dos outros cromossomos, 95% do seu conteúdo não sofre recombinação genética. Quando um marcador genético do tipo “short tandem repeat” (STR) se localiza no cromossomo Y é denominado Y-STR. Devido a ausência de recombinação, os Y-STRs são herdados de forma haplotípica ao longo das gerações, ou seja, os indivíduos masculinos da mesma linhagem possuem conjuntos de Y-STRs iguais. A análise de Y-STRs é uma ferramenta importante para os estudos de vínculo genético em que os STRs autossômicos não são conclusivos, como em alguns casos post mortem (Suposto pai falecido). Podem ser utilizados também como um controle interno de qualidade do laboratório de análises de vínculo genético para os casos com poucas exclusões, os que atingem índices de paternidade baixos, ou mesmo ser uma alternativa confirmatória para os casos de exclusão. Além disso, para se determinar a probabilidade do perfil encontrado pertencer ao indivíduo testado é necessário o uso de um banco de dados da população local para o cálculo do índice de paternidade e probabilidades forenses. O Distrito Federal foi criado em 1960 na região Centro-Oeste do Brasil em um território até então despovoado. Em 2010, este território artificial estava povoado por mais de 2.500.000 habitantes, tratando-se de uma população nova, de rápido crescimento e com poucas descrições a respeito da sua identidade genética. Neste estudo avaliou-se o polimorfismo genético e os parâmetros forenses para 23 Y-STRs (DYS456, DYS389I, DYS390, DYS389II, DYS458, DYS19, DYS385, DYS393, DYS391, DYS439, DYS635, DYS392, Y GATA H4, DYS437, DYS438, DYS448, DYS522, DYS508, DYS632, DYS556, DYS570, DYS576 e DYS540) em uma amostra populacional de 201 homens do Distrito Federal. Apesar de existir uma quantidade relativamente grande de descrições de frequência de Y-STRs em diversas populações brasileiras, inclusive do Distrito Federal, nenhum analisou mais que 17 marcadores. Observou-se que dos 201 haplótipos incluídos, 200 eram diferentes e 199 eram únicos, pois 1 ocorreu duas vezes. A diversidade haplotípica (probabilidade de que dois indivíduos selecionados ao acaso possuam haplótipos distintos) e a capacidade de discriminação (capacidade de diferenciar um indivíduo do outro) foram 0,9999 e 0,995, respectivamente. A diversidade gênica, as frequências haplotípicas e alélicas e a probabilidade de coincidência haplotípica também foi relatada. Ademais, a disponibilidade de haplótipos de outros 22 estados brasileiros no banco de dados on-line YHRD (www.YHRD.org) possibilitou a comparação da distância genética (Rst) destas populações em relação ao Distrito Federal. Assim, a população do Distrito Federal foi semelhante as populações dos estados de Goiás, Mato Grosso do Sul, São Paulo, Minas Gerais, Rio de Janeiro (Europeu), Rio Grande do sul, Ceará, Paraíba, Pernambuco, Alagoas, Amazonas, Roraima, Rondônia e Amapá. ______________________________________________________________________________ ABSTRACT / The Y chromosome is male specific and constitutively haploid. It is transmitted from father to son and, unlike other chromosomes, 95% of its content does not undergo genetic recombination. When a "short tandem repeat" (STR) genetic marker is located on the Y chromosome it is called Y-STR. Due to the absence of recombination, the Y-STRs are inherited by haplotypes across generations. The male individuals of the same family have the same sets of Y-STRs. The analysis of Y- STRs is an important tool for studying genetic relationships in which autosomal STRs are not conclusive, as in some post mortem cases. Moreover , it can be used as a laboratory internal quality control for cases with few exclusions, for those with low paternity index, and even be a confirmatory for the exclusion cases. Furthermore , to determine the paternity probability and other forensic index the use of a local database for Y-STR is highly recommended. The Federal District was created in 1960 in Brazil Central-West Region in a previously uninhabited territory. In 2010, this artificial territory was populated by more than 2,500,000 inhabitants. So, it is a young population, of rapid growth and with few descriptions about its genetic identity. In this study, we evaluated the genetic polymorphism and forensic parameters for 23 Y-STRs (DYS456, DYS389I, DYS390, DYS389II, DYS458, DYS19, DYS385, DYS393, DYS391, DYS439, DYS635, DYS392, Y GATA H4, DYS437, DYS438, DYS448, DYS522, DYS508, DYS632, DYS556, DYS570, DYS576 and DYS540) in a population sample of 201 men from the Federal District. Despite a relatively large amount of frequency descriptions of Y-STRs in various Brazilian populations, including the Federal District, no more than 17 markers were analyzed. In this study, It was observed that of 201 included haplotypes, 200 were different and 199 were unique because 1 occurred twice. The haplotype diversity (probability that two randomly selected individuals have distinct haplotypes) and the discrimination capacity (ability to differentiate one individual from another) were 0.9999 and 0.995, respectively. The genetic diversity, haplotype and allele frequencies and the probability of haplotype matching was also reported. Moreover, the availability of haplotypes of 22 other states in online Y-STRs database YHRD (www.YHRD.org) enabled the comparison of genetic distances (Rst) of these populations in relation to the Federal District. Thus, the population of the Federal District was similar to the states of Goiás, Mato Grosso do Sul, São Paulo, Minas Gerais, Rio de Janeiro (European), Rio Grande do Sul, Ceará, Paraíba, Pernambuco, Alagoas, Amazonas, Roraima, Rondônia and Amapá.

Orientador: Regina Maria Barretto Cicarelli / Banca: Joyce Aparecida Martins Lopes Ferraz / Banca: Rogério Nogueira de Oliveira / Resumo: A identificação humana por meio do DNA constitui um dos produtos mais revolucionários da Genética Moderna, tornando-se uma ferramenta indispensável na investigação criminal. Essa identificação é baseada no perfil genético do indivíduo, pela combinação de diversos marcadores herdados de seus progenitores. Os marcadores são, geralmente,e diferenças nas sequências de DNA nuclear entre os indivíduos (polimorfismos). Em alguns casos, em que a análise do DNA nuclear não puder ser aplicada, a alternativa de maior sucesso é a análise do DNA mitocondrial (DNAmt). As mitocôndrias são organelas intracelulares de dupla membrana presentes em todas as células nucleadas de mamíferos, com genoma extracromossômico separado e distinto do genoma nuclear, o DNA mt. A maioria dos laboratórios que utilizam tipagem do DNAmt baseiam-se nos polimorfismos presentes na sequência de nucleotídeos na região não codificadora (também conhecida como região controle, hipervariável, ou D-loop) do DNAmt. No entanto, a classificação em alguns haplogrupos pode não ser possível com base em dados apenas da região controle. Assim, estudos sugerem a necessidade de tipagem adicional de polimorfismos de nucleotídeos únicos (SNPs) em outras regiões do DNAmt, em especial, nos casos onde não é possível diferenciar os indivíduos apenas pela análise da região hipervariável. Este trabalho teve como objetivo analisar, analisar 30 (trinta) SNPs do DNAmt em amostras de indivíduos não relacionados, nascidos e residentes no Estado do Espírito Santo, permitindo a classificação das mesmas em haplogrupos e complementando os dados de SNPs da região controle do DNAmt obtidos em trabalho anterior no laboratório, para posterior utilização em casos forense. De um total de 100 amostras, foram encontrados 19 haplogrupos e a população estudada foi classificada conforme sua origem em: 43% africana, 30% europeia... / Abstract: Human identification through DNA is one of the most revolutionary products of Modern Genetics, making it an indispensable tool in criminal investigation. This identification is based on the genetic profile of the individual, the combination of several markers inherited from their parents. The markers are generally differences in nuclear and DNA sequences between individuals (polymorphisms). In some cases, the analysis of nuclear DNA cannot be applied, the most successful alternative is the analysis of mitochondrial DNA (mtDNA). Mitochondria are intracellular organelles with a double membrane present on all nucleated mammalian cells with separate and distinct extrachromosomal genome nuclear genome, the mt DNA. Most laboratories use typing based mtDNA polymorphisms in the nucleotide sequence in the noncoding region (also known as the control region, the hypervariable or D-loop) of mtDNA. However, in some haplogrupos classification may not be possible based on only control data region. Thus, studies suggest the need for additional typing single nucleotide polymorphisms (SNPs) in other regions of mtDNA, especially in cases where it is not possible to differentiate individuals only by the analysis of hypervariable region. This study aimed to analyze, analyze thirty (30) SNPs of mtDNA in samples of unrelated individuals born and living in the State of Espírito Santo, allowing their classification in haplogroups and complementing the SNPs data of mtDNA control region achieved in previous work in the laboratory, for later use in forensic cases. A total of 100 samples, 19 were found haplogroups and the sample were classified according to its origin: 43% African, 30% European, 26% Native American, and 1% Asian. The haplogroup was found more L3 having African origin. Some samples of previous work could not be correctly classified only with the sequencing of the control region of mtDNA, after analysis of 30... / Mestre

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Ciência da Informação, Programa de Pós-Graduação em Ciência da Informação, 2016. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2016-06-03T17:36:01Z No. of bitstreams: 1 2016_CarolineAlmeidaSodré.pdf: 1827612 bytes, checksum: 1053ab9580c6b3662f7685c085eea208 (MD5) / Approved for entry into archive by Patrícia Nunes da Silva(patricia@bce.unb.br) on 2016-06-12T13:48:01Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_CarolineAlmeidaSodré.pdf: 1827612 bytes, checksum: 1053ab9580c6b3662f7685c085eea208 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-12T13:48:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_CarolineAlmeidaSodré.pdf: 1827612 bytes, checksum: 1053ab9580c6b3662f7685c085eea208 (MD5) / A Ditadura Militar brasileira, ocorrida entre os anos de 1964 a 1985, criou uma máquina estatal de cunho repressivo com a finalidade de vigiar e reprimir aqueles que a consideravam perigosos para a manutenção do regime. Tais atividades de vigilância e repressão tinham como fundamentos a lógica da desconfiança e a Doutrina de Segurança Nacional. Dentro de tal aparato estão inseridas as Delegacias de Ordem Política e Social – DOPS. Essas delegacias, apesar de terem sido instituídas nos estados brasileiros durante os anos de 1920 e 1930, tiveram maior atuação e representatividade durante o regime militar. Com os movimentos de redemocratização do Brasil tais delegacias, marcas indeléveis da truculência do regime, foram paulatinamente extintas e seus acervos, a partir da década de 1990, recolhidos às instituições arquivísticas públicas. O referencial teórico tange três tópicos principais denominados Memória, verdade e justiça, Organização e representação da informação e O caráter de prova dos documentos produzidos pelas DOPS. No primeiro, após apresentar a possibilidade de se entender os arquivos como lugares de memória, apontamos a possibilidade de os documentos das DOPS serem úteis para a construção dos diversos tipos de memórias. Já o segundo apresenta os conceitos pertinentes à Arquivologia e à Ciência da Informação que possibilitem o entendimento do acesso intelectual aos acervos das DOPS. Entendemos que os conceitos usados na Ciência da Informação e na Arquivologia são convergentes, sendo a Ciência da Informação responsável pelo estudo de toda e qualquer informação registrada e a Arquivologia pela análise, mais especificamente, da informação orgânica registrada. Por fim na parte dedicada à discussão do caráter de prova dos documentos produzidos pelas DOPS entendemos os documentos os documentos das DOPS como possuidores do caráter de prova documental como legitimadores de discursos. Esta pesquisa teve como objetivo, à luz da teoria e dos princípios arquivísticos e da Ciência da Informação, identificar e analisar os meios adotados pelas entidades custodiadoras para promover o acesso intelectual aos acervos das DOPS numa perspectiva comparativa entre o período do recolhimento e o período atual, onde se identifica uma demanda crescente pelo acesso a esses documentos. A abordagem metodológica foi de caráter descritivo e aplicado, utilizando-se de análise bibliográfica e documental, utilizando para isso as descrições inseridas no Banco de Dados Memórias Reveladas (BDMR) das 14 instituições que custodiam acervos das DOPS, e questionários, que foram respondidos por seis dessas instituições custodiadoras localizadas nos estados do Ceará, Espírito Santo, Goiás, Maranhão, Paraná e São Paulo. Os resultados apontaram para diferentes situações de recolhimentos dos acervos pelas entidades custodiadoras e um esforço crescente dos arquivos públicos estaduais e do Arquivo Nacional, por meio do projeto Memórias Reveladas, para possibilitar o acesso aos documentos e às informações desses conjuntos documentais. Todavia, percebe-se ainda certo abismo entre os princípios arquivísticos e as práticas de descrição e acesso aos documentos e informações. ________________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / The Dictatorship Brazilian military, which took place between the years 1964 to 1985, created a state machine of repressive nature in order to monitor and repress those who considered dangerous to the maintenance of the regime. Such surveillance and enforcement activities had been based on the logic of mistrust and the National Security Doctrine. Within such apparatus are inserted the Order of Police Political and Social - DOPS. These stations, although they were established in the Brazilian states during the 1920s and 1930s, had higher performance and representation during the military regime. With the democratization movements in Brazil such stations, indelible marks of the brutality of the regime, were gradually extinguished and their collections, from the 1990s, collected public archival institutions. The theoretical framework regarding three main topics called memory, truth and justice, organization and representation of information and evidence the character of the documents produced by the DOPS. In the first, after presenting the possibility to understand the files as places of memory, we pointed out the possibility of documents of DOPS be useful for the construction of various types of memories. The second presents the relevant concepts to Archival and Information Science to enable the understanding of intellectual access to collections of DOPS. We understand that the concepts used in Information Science and Archival converge, and the Information Science responsible for the study of any recorded information and Archivology the analysis, more specifically, the registered organic information. Finally in the section dedicated to the test of character of the discussion of the documents produced by DOPS we understand the documents the documents of DOPS as having the documentary proof character as legitimating discourses. This study aimed, in the light of theory and archival principles and Information Science, identify and analyze the means adopted by entities to promote intellectual access to collections of DOPS in a comparative perspective between the period of collection and the current period where it identifies a growing demand for access to these documents. The methodological approach was descriptive and applied, using bibliographical and documentary analysis, making use of the descriptions entered in the database Memories Revealed (BDMR) of 14 institutions that guard collections of DOPS, and questionnaires, which were answered by six of these institutions in the Brazilian states of Ceará, Espírito Santo, Goiás, Maranhão, Parana and Sao Paulo. The results pointed to different situations gatherings of collections by entities and a growing effort by state public archives and the National Archives, through the project Revealed Memories, to allow access to documents and information of these sets of documents. However, it is clear yet certain gap between archival principles and description of practices and access to documents and information.

Made available in DSpace on 2015-07-13T12:10:12Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-01-23. Added 1 bitstream(s) on 2015-07-13T12:25:39Z : No. of bitstreams: 1 000825088_20160130.pdf: 143158 bytes, checksum: 1209a3e2f1bc3903da54429dc938e213 (MD5) Bitstreams deleted on 2016-02-01T10:15:52Z: 000825088_20160130.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2016-02-01T10:16:43Z : No. of bitstreams: 1 000825088.pdf: 567086 bytes, checksum: 73ca882633cceb536b683b63c338096b (MD5) / A identificação humana por meio do DNA constitui um dos produtos mais revolucionários da Genética Moderna, tornando-se uma ferramenta indispensável na investigação criminal. Essa identificação é baseada no perfil genético do indivíduo, pela combinação de diversos marcadores herdados de seus progenitores. Os marcadores são, geralmente,e diferenças nas sequências de DNA nuclear entre os indivíduos (polimorfismos). Em alguns casos, em que a análise do DNA nuclear não puder ser aplicada, a alternativa de maior sucesso é a análise do DNA mitocondrial (DNAmt). As mitocôndrias são organelas intracelulares de dupla membrana presentes em todas as células nucleadas de mamíferos, com genoma extracromossômico separado e distinto do genoma nuclear, o DNA mt. A maioria dos laboratórios que utilizam tipagem do DNAmt baseiam-se nos polimorfismos presentes na sequência de nucleotídeos na região não codificadora (também conhecida como região controle, hipervariável, ou D-loop) do DNAmt. No entanto, a classificação em alguns haplogrupos pode não ser possível com base em dados apenas da região controle. Assim, estudos sugerem a necessidade de tipagem adicional de polimorfismos de nucleotídeos únicos (SNPs) em outras regiões do DNAmt, em especial, nos casos onde não é possível diferenciar os indivíduos apenas pela análise da região hipervariável. Este trabalho teve como objetivo analisar, analisar 30 (trinta) SNPs do DNAmt em amostras de indivíduos não relacionados, nascidos e residentes no Estado do Espírito Santo, permitindo a classificação das mesmas em haplogrupos e complementando os dados de SNPs da região controle do DNAmt obtidos em trabalho anterior no laboratório, para posterior utilização em casos forense. De um total de 100 amostras, foram encontrados 19 haplogrupos e a população estudada foi classificada conforme sua origem em: 43% africana, 30% europeia... / Human identification through DNA is one of the most revolutionary products of Modern Genetics, making it an indispensable tool in criminal investigation. This identification is based on the genetic profile of the individual, the combination of several markers inherited from their parents. The markers are generally differences in nuclear and DNA sequences between individuals (polymorphisms). In some cases, the analysis of nuclear DNA cannot be applied, the most successful alternative is the analysis of mitochondrial DNA (mtDNA). Mitochondria are intracellular organelles with a double membrane present on all nucleated mammalian cells with separate and distinct extrachromosomal genome nuclear genome, the mt DNA. Most laboratories use typing based mtDNA polymorphisms in the nucleotide sequence in the noncoding region (also known as the control region, the hypervariable or D-loop) of mtDNA. However, in some haplogrupos classification may not be possible based on only control data region. Thus, studies suggest the need for additional typing single nucleotide polymorphisms (SNPs) in other regions of mtDNA, especially in cases where it is not possible to differentiate individuals only by the analysis of hypervariable region. This study aimed to analyze, analyze thirty (30) SNPs of mtDNA in samples of unrelated individuals born and living in the State of Espírito Santo, allowing their classification in haplogroups and complementing the SNPs data of mtDNA control region achieved in previous work in the laboratory, for later use in forensic cases. A total of 100 samples, 19 were found haplogroups and the sample were classified according to its origin: 43% African, 30% European, 26% Native American, and 1% Asian. The haplogroup was found more L3 having African origin. Some samples of previous work could not be correctly classified only with the sequencing of the control region of mtDNA, after analysis of 30...

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Animal, 2010. / Submitted by Jaqueline Ferreira de Souza (jaquefs.braz@gmail.com) on 2011-04-13T00:51:35Z No. of bitstreams: 1 2010_CassiadeOliveiraHiragi.pdf: 1151931 bytes, checksum: 21b0148453cd8aa94298ec189b748546 (MD5) / Approved for entry into archive by Jaqueline Ferreira de Souza(jaquefs.braz@gmail.com) on 2011-04-13T00:55:18Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2010_CassiadeOliveiraHiragi.pdf: 1151931 bytes, checksum: 21b0148453cd8aa94298ec189b748546 (MD5) / Made available in DSpace on 2011-04-13T00:55:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2010_CassiadeOliveiraHiragi.pdf: 1151931 bytes, checksum: 21b0148453cd8aa94298ec189b748546 (MD5) / A superóxido dismutase (SOD), a catalase (CAT), a haptoglobina (HAPTO), as glutationas S-Transferases (M1 e T1) e a glutationa peroxidase (GPX1) são marcadores genéticos associados ao estresse oxidativo, que têm como função inibir ou diminuir as taxas de oxidação no organismo, evitando danos ao DNA. A variação genética dessas enzimas sugere diferenças individuais quanto ao grau de proteção antioxidante e a distribuição das frequências alélicas apresenta diferenças geográficas, dependendo do grupo étnico. Neste trabalho foi descrita a distribuição da freqüência dos polimorfismos: CAT (21A/T), SOD2 (Ala9Val), GPX1 (Pro198Leu), subtipos da HAPTO e deleção dos genes da GSTM1 e GSTT1 em três grupos populacionais brasileiros de origens étnicas diferentes: Kayabi (n = 60), Kalunga (n = 72) e Distrito Federal (n = 162). A maioria das freqüências dos alelos variantes observadas em Kalunga (18% a 60%) e Distrito Federal (15% a 63%) foram similares aos observados em Euro e Afro-descendentes, enquanto que em Kayabi (3% a 68%), dependendo do marcador foram semelhantes aos Asiáticos, Ameríndios e Euro-descendentes. Exceto para SOD2 e HAPTO em todos os grupos de população estudados e para GPX1 em Kayabi e Kalunga, as distribuições genotípicas estavam de acordo com o equilíbrio de Hardy-Weinberg. Valores de FST mostram que há uma diferenciação genética moderada nestes três grupos populacionais brasileiros. Em populações miscigenadas, como a brasileira, esses dados podem elucidar a contribuição de diferentes etnias em sua formação. Além disso, estes polimorfismos têm revelado dados interessantes para evitar associações genótipo-fenótipo inconsistentes nos estudos de farmacogenética. _________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Genetic markers associated with oxidative stress such as superoxide dismutase (SOD), catalase (CAT), haptoglobin (HAPTER), glutathione S-transferase (M1 and T1) and glutathione peroxidase (GPX1) inhibit, or decrease the rate of oxidation in the organism avoiding damage to DNA. Genetic variation of these enzymes suggests individual differences in the degree of antioxidant protection and the distribution of allele frequencies shows geographical differences, depending on the ethnic group. This study describes the frequency distribution of polymorphisms CAT (21A/T), SOD2 (Ala9Val), GPX1 (Pro198Leu), HAPTO subtypes and deletions of the GSTM1 and GSTT1 in three population groups from different ethnic backgrounds: Kayabi (n = 60), Kalunga (n = 72) and the Federal District (n = 162). Most of the frequencies of variant alleles observed in Kalunga (18% to 60%) and the Federal District (15% to 63%) were similar to those observed in European and African descendants, while in Kayabi (3% to 68%) depending on the marker were similar to Asians, Amerindians and Euro-descendants. Except for SOD2 in all population groups studied and HAPTO in Kayabi and Federal Districti and GPX1 in Kalunga, the genotypic distributions were in accordance with the Hardy-Weinberg. FST values show that there is a moderate genetic differentiation in these three population groups. In admixed populations such as Brazilian, these data can elucidate the contribution of different ethnic groups in their formation. Moreover, these polymorphisms have revealed interesting data to avoid the genotype-phenotype inconsistent in pharmacogenetic studies.