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Genética de populações e reinterpretação da história demográfica de remanescentes de quilombos : uma comparação entre três populações do nordeste brasileiro.

Amorim, Carlos Eduardo Guerra January 2009 (has links)
Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Animal, 2009. / Submitted by Allan Wanick Motta (allan_wanick@hotmail.com) on 2010-03-05T18:50:19Z No. of bitstreams: 1 2009_CarlosEduardoGuerraAmorim.pdf: 874865 bytes, checksum: 24d22de37991302a265c1ecd494c06eb (MD5) / Approved for entry into archive by Lucila Saraiva(lucilasaraiva1@gmail.com) on 2010-05-04T18:22:11Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2009_CarlosEduardoGuerraAmorim.pdf: 874865 bytes, checksum: 24d22de37991302a265c1ecd494c06eb (MD5) / Made available in DSpace on 2010-05-04T18:22:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2009_CarlosEduardoGuerraAmorim.pdf: 874865 bytes, checksum: 24d22de37991302a265c1ecd494c06eb (MD5) Previous issue date: 2009 / Os remanescentes de quilombos são sociedades multiétnicas com origem relacionada à presença do escravo africano no Brasil. A história demográfica dessas populações tem sido estudada a partir de fontes históricas, demográficas, etnográficas e genéticas. No presente trabalho, buscou-se avaliar a origem e o impacto das imigrações recentes e antigas sobre a constituição genética dos remanescentes de quilombos de Mocambo, Rio das Rãs e Sacutiaba. Para tanto, foram analisados parâmetros demográficos (sexo, estado matrimonial e local de nascimento) e genéticos (freqüências alélicas e genotípicas de 16 marcadores genéticos autossômicos). Os dados genéticos gerados para cada população foram utilizados na comparação entre as suas proporções de nativos e imigrantes, como também na comparação dessas a outras populações descritas na literatura. Foi encontrada participação considerável de imigrantes em todas as comunidades, que em sua maioria eram mulheres, sendo a contração de matrimônio uma das principais causas para esse quadro. Com relação aos dados genéticos, não foram encontradas diferenças significativas entre as parcelas de imigrantes e nativos. Houve predomínio de casamentos endogâmicos, porém isso não foi suficiente para gerar alterações substanciais na estrutura genética das populações. Os resultados indicam a existência de fluxo gênico contínuo para essas populações. Além disso, a contribuição parental africana foi a predominante, sendo que Mocambo apresentou o quadro mais complexo de mistura, tendo a menor participação dessa parental (52,2%). É possível que em algum momento de suas histórias essas populações estivessem isoladas, porém, a barreira ao fluxo gênico nos dias de hoje já está bastante dissolvida. O impacto da imigração foi baixo, o que deve estar relacionado à homogeneização em processo, ocasionada pelo fluxo gênico operante ao longo de grande parte da história dessas populações. Além disso, os dados encontrados corroboram outras fontes históricas, que indicam a participação predominante de africanos e miscigenação com povos de outras origens durante a formação destas comunidades. _______________________________________________________________________________ ABSTRACT / The remanescentes de quilombos are multiethnic societies whose origins are related to the presence of African slaves in Brazil. The demographic history of these populations has been studied using historical, demographic, ethnographic and genetic sources. The present work aims to evaluate the origin and the impact of recent and ancient waves of immigration upon the genetic constitution of the remanescentes de quilombos of Mocambo, Rio das Rãs and Sacutiaba. For this purpose, demographic and genetic parameters were analyzed. The demographic parameters are sex, matrimonial status and place of birth, and the genetic parameters are allelic and genotypic frequencies of 16 autosomal genetic markers. The genetic data generated for each population were used in a comparison between the proportions of natives and immigrants in each population, as well to eight Brazilian admixed populations and the parental groups of Africans, Amerindians and Europeans. A considerable proportion of immigrants was observed in all communities, most of which were women, indicating that marriage is one of the primary factors shaping the current picture. As for the genetic data, no significant differences were found between the proportions of immigrants and natives. A predominance of endogamic marriages was found, although it was not sufficient to substantially alter the genetic structure of the populations. The results indicate the existence of continuous gene flow in these populations, with the predominant genetic contribution being the African one in all analyses. Mocambo showed the most complex admixture estimates, with the lowest African proportion (52.2%). It is possible that at some point in their histories, these populations were isolated. However, the barrier to gene flow nowadays has already been quite dissolved. The impact of immigration was low, which may be related to the homogenization caused by the active gene flow during most of the history of these populations. Furthermore, the data corroborate other historical sources which indicate the prominence of Africans and admixture between Africans and other peoples during the formation of these communities.
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Caracterização da variabilidade genetica da mosca do berne Dermatobia hominis (Diptera : oestridae) atraves da tecnica de RAPD-PCR

Yotoko, Karla Suemy Clemente 24 July 2018 (has links)
Orientador: Ana Maria L. de Azeredo Espin / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-24T11:47:59Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Yotoko_KarlaSuemyClemente_M.pdf: 2895851 bytes, checksum: 82c98ffeebd25babf94bbffcb5a014f0 (MD5) Previous issue date: 1998 / Mestrado
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Estudo dos efeitos do fármaco propranolol para ceriodaphnia silvestrii (cladocera, crustacea) com ênfase em efeitos nas populações / STUDY OF THE EFFECTS OF THE PHARMACEUTICAL COMPOUND PROPRANOLOL TO CERIODAPHNIA SILVESTRII (CLADOCERA, CRUSTACEA) WITH EMPHASIS ON THE EFFECTS ON POPULATIONS.

Rosa, Gustavo Almeida Borges 27 June 2008 (has links)
A ocorrência de produtos farmacêuticos no ambiente aquático pode causar efeitos adversos à saúde humana e às comunidades aquáticas. Propranolol, -bloqueador não seletivo, é largamente prescrito no tratamento de doenças ligadas ao coração como angina e hipertensão. Simples medidas de efeito, como a CL50, não fornece informações sobre o impacto de contaminantes em populações. A taxa de crescimento populacional (r) é uma ferramenta importante para estudos que objetiva determinar os efeitos em nível populacional. Este trabalho foi desenvolvido com o objetivo de estabelecer a toxicidade aguda e crônica de Propranolol para a espécie autóctone Ceriodaphnia silvestrii (CLADOCERA, CRUSTACEA) com ênfase em efeitos nas populações. Os valores determinados para CE(I)50;48H foram de 2,87 e 2,63 mg.L-1 para água destilada e natural reconstituídas, respectivamente. Para a toxicidade crônica, os valores obtidos para CENO e CEO encontraram-se na faixa de 0,62-1,25 e 1,25-2,50 mg.L-1 para água natural reconstituída. Como critérios de aceitabilidade para os ensaios crônicos populacionais foram estabelecidos para o controle 73 neonatas (±10 DP) e taxa intrínseca de aumento natural de 0,596 (±0,13 DP) em sete dias de experimento com água natural reconstituída. No teste de sensibilidade, os valores obtidos para CENO e CEO populacional foram 0,275 e 0,723 g.L-1 de NaCl, respectivamente, semelhante aos valores nos ensaios crônicos individuais. Para Propranolol, as análises indicaram que os ensaios populacionais foram iguais ou mais sensíveis que a exposição individual. Os resultados nos ensaios crônicos populacionais e com indivíduos encontraram-se entre 1,25 (CENO) e 2,50 mg.L-1 (CEO), respectivamente. Os endpoints populacionais parecem ser medidas mais sensíveis. Comparando-se os valores de ICP para populações e indivíduos, observa-se que as populações foram mais sensíveis na ordem de 70%. / The pharmaceutical products occurrence in the aquatic environment could cause adverse effects on the human health and aquatic communities. Propranolol, non selective -blocker, is widely prescribed for the treatment of heart related diseases as angina and hypertension. Simple effect measures, like LC50, dont provide information about contaminant impacts in populations. The intrinsic population growth rate (r) is an important tool for doing research on determining the effects in population level. This work has been developed with the goal to establish the Propranolol acute and chronic toxicity to the autochthon specie Ceriodaphnia silvestrii (CLADOCERA, CRUSTACEA) with emphasis on the effects on the populations. The determined values to EC(I)50;48H were 2.87 and 2.63 mg.L-1 to distillated and natural reconstituted waters, respectively. To the chronic toxicity, the obtained values to NOEC and OEC ranged from 0.62 to 1.25 and 1.25 to 2.50 mg.L-1. As acceptance criteria to the chronic populational assays 73 neonates (±10 SD) and an intrinsic rate of natural increase of 0.596 (±0,13 SD) were established to its control for seven days of experiment with reconstituted natural water. In the sensitivity test, the obtained values to populations NOEC and OEC were 0.275 and 0.723 g.L-1 of NaCl, respectively, similar to the values in the individual chronic assays. To propranolol, the analyses indicated that the populational assays were similar or more sensitive than the individual exposition. The results in the chronic populational assays and with individuals were between 1.25 (NOEC) and 2.50 mg.L-1 (LOEC), respectively. The populational endpoints seem to be more sensitive measure. Comparing the ICP values to both populations and individuals, it is observed that the populations were more sensitive of the order of 70%.
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Estudo dos efeitos do fármaco propranolol para ceriodaphnia silvestrii (cladocera, crustacea) com ênfase em efeitos nas populações / STUDY OF THE EFFECTS OF THE PHARMACEUTICAL COMPOUND PROPRANOLOL TO CERIODAPHNIA SILVESTRII (CLADOCERA, CRUSTACEA) WITH EMPHASIS ON THE EFFECTS ON POPULATIONS.

Gustavo Almeida Borges Rosa 27 June 2008 (has links)
A ocorrência de produtos farmacêuticos no ambiente aquático pode causar efeitos adversos à saúde humana e às comunidades aquáticas. Propranolol, -bloqueador não seletivo, é largamente prescrito no tratamento de doenças ligadas ao coração como angina e hipertensão. Simples medidas de efeito, como a CL50, não fornece informações sobre o impacto de contaminantes em populações. A taxa de crescimento populacional (r) é uma ferramenta importante para estudos que objetiva determinar os efeitos em nível populacional. Este trabalho foi desenvolvido com o objetivo de estabelecer a toxicidade aguda e crônica de Propranolol para a espécie autóctone Ceriodaphnia silvestrii (CLADOCERA, CRUSTACEA) com ênfase em efeitos nas populações. Os valores determinados para CE(I)50;48H foram de 2,87 e 2,63 mg.L-1 para água destilada e natural reconstituídas, respectivamente. Para a toxicidade crônica, os valores obtidos para CENO e CEO encontraram-se na faixa de 0,62-1,25 e 1,25-2,50 mg.L-1 para água natural reconstituída. Como critérios de aceitabilidade para os ensaios crônicos populacionais foram estabelecidos para o controle 73 neonatas (±10 DP) e taxa intrínseca de aumento natural de 0,596 (±0,13 DP) em sete dias de experimento com água natural reconstituída. No teste de sensibilidade, os valores obtidos para CENO e CEO populacional foram 0,275 e 0,723 g.L-1 de NaCl, respectivamente, semelhante aos valores nos ensaios crônicos individuais. Para Propranolol, as análises indicaram que os ensaios populacionais foram iguais ou mais sensíveis que a exposição individual. Os resultados nos ensaios crônicos populacionais e com indivíduos encontraram-se entre 1,25 (CENO) e 2,50 mg.L-1 (CEO), respectivamente. Os endpoints populacionais parecem ser medidas mais sensíveis. Comparando-se os valores de ICP para populações e indivíduos, observa-se que as populações foram mais sensíveis na ordem de 70%. / The pharmaceutical products occurrence in the aquatic environment could cause adverse effects on the human health and aquatic communities. Propranolol, non selective -blocker, is widely prescribed for the treatment of heart related diseases as angina and hypertension. Simple effect measures, like LC50, dont provide information about contaminant impacts in populations. The intrinsic population growth rate (r) is an important tool for doing research on determining the effects in population level. This work has been developed with the goal to establish the Propranolol acute and chronic toxicity to the autochthon specie Ceriodaphnia silvestrii (CLADOCERA, CRUSTACEA) with emphasis on the effects on the populations. The determined values to EC(I)50;48H were 2.87 and 2.63 mg.L-1 to distillated and natural reconstituted waters, respectively. To the chronic toxicity, the obtained values to NOEC and OEC ranged from 0.62 to 1.25 and 1.25 to 2.50 mg.L-1. As acceptance criteria to the chronic populational assays 73 neonates (±10 SD) and an intrinsic rate of natural increase of 0.596 (±0,13 SD) were established to its control for seven days of experiment with reconstituted natural water. In the sensitivity test, the obtained values to populations NOEC and OEC were 0.275 and 0.723 g.L-1 of NaCl, respectively, similar to the values in the individual chronic assays. To propranolol, the analyses indicated that the populational assays were similar or more sensitive than the individual exposition. The results in the chronic populational assays and with individuals were between 1.25 (NOEC) and 2.50 mg.L-1 (LOEC), respectively. The populational endpoints seem to be more sensitive measure. Comparing the ICP values to both populations and individuals, it is observed that the populations were more sensitive of the order of 70%.
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O Retorno das Ariranhas à Paisagem Baniwa / The Giant Otter’s Return to Baniwa’s Landscape

Pimenta, Natalia Camps 25 July 2016 (has links)
Submitted by Gizele Lima (gizele.lima@inpa.gov.br) on 2017-02-14T19:32:08Z No. of bitstreams: 2 dissertacao_natalia_pimenta.pdf: 2434226 bytes, checksum: a57b25f9fbe30c71bb67c8dd714f3282 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-14T19:32:08Z (GMT). No. of bitstreams: 2 dissertacao_natalia_pimenta.pdf: 2434226 bytes, checksum: a57b25f9fbe30c71bb67c8dd714f3282 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2016-07-25 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The hunting of wild animals in the 20th century for the international skin trade was responsible for the collapse of several populations of Amazon mammals and reptiles. However, the impacts of this activity varied between the exploited species, locally and regionally, according to the intensity of hunting and resilience of the species. Some twenty years after the ban of the fur trade in Brazil, giant otters, the species most affected by this international trade, began to show signs of population recovery. This phenomenon aroused the interest of the Baniwa Indians from the middle Rio Içana, western Amazonian Brazil, with whom I carried out this research. This study is divided into two chapters in which I investigated I) historical factors that was influenced the spatial-temporal variation of the commercial exploitation in the Rio Negro region, as well as the differing responses of neotropical and giant otter to commercial hunting in the area and II) identified giant otter’s refuge areas during the period of local extinction on the middle Rio Içana, and the landscape elements that are allowing the recolonization of the area by species. In Chapter I, using semi-structured interviews, I reconstructed the Baniwa’s oral history concerning the commercial hunting in their territory, identified the hunting techniques they used and the political and economic factors that influenced the fluctuations on trade activity, and the collective impact of these on the otter populations in the region, contrasting to their biological characteristics. I also used systematized data from commercial shipping records from upper Rio Negro to assess the resilience of both species by comparing the variation in the numbers of sold skins. The different sources of information has shown that after nearly a century of intense fur trade in the upper Rio Negro, intrinsic species characteristics, as well different hunt intensities and techniques acted to facilitate the persistence of neotropical otters populations and for the local and regional extinction of giant otters populations, starting in areas closest to Manaus until reaching the middle Rio Içana. In Chapter II, I investigated Baniwa’s perceptions of giant otters through semi-structured interviews with the aid of reference maps to analyse the species population fluctuations in the lakes and streams of the middle Rio Içana from the beginning of commercial hunting activity in the region up to the present day. I conducted sampling in lakes and streams in search of direct and indirect signs of giant otter occurrence. I recorded five microhabitat variables in situ and measured five landscape variables via satellite image. I measured landscape scale -dependent variables with buffers of 250m, 500m and 1 000m to test which scale is most suitable for the study of habitat use by giant otters. After calculating the frequency of evidence in each sample unit, I created generalized linear models to test the predictor variables. The scale-dependent variables model indicated that the 250m scale has the greatest explanatory power on the occurrence of giant otters. Habitat availability, shape and isolation of the water body explained 61.86% of otter frequency, while the only significant microhabitat variable, water depth, correlated to hydrography, explained 38.12% of cases. Based on environmental and historical data I identified the streams, well drained and connected to adjacent water bodies as areas favorable landscape to giant otter’s occurrence in the middle Rio Içana. This work highlights the valuable contribution of traditional ecological knowledge to fill gaps in knowledge about endangered species that would be unobtainable using conventional ecological research techniques, aiding the understanding of long-term ecological processes with implications for the conservation of giant otter and the ecosystem they occupy / A caça de animais silvestres para abastecer o comércio internacional de peles foi responsável pelo colapso de diversas populações de mamíferos e répteis da Amazônia. Entretanto, os impactos desta atividade tiveram efeitos distintos em cada espécie explorada, variando local e regionalmente de acordo com a intensidade de caça e a capacidade de resiliência da espécie. Cerca de vinte anos após a proibição do comércio de peles no Brasil, a ariranha, espécie mais impactada pelo comércio internacional, começou a mostrar sinais de recuperação populacional. Este fenômeno despertou o interesse dos índios Baniwa do médio rio Içana, com quem realizamos esta pesquisa. Este estudo está dividido em dois capítulos nos quais investigamos: I) os fatores históricos que influenciaram a variação espaço-temporal da exploração comercial no alto rio Negro, assim como a resposta de duas espécies aparentadas, lontras neotropicais e ariranhas, frente a caça comercial na região e II) identificamos os locais de refúgio das ariranhas durante o período de extinção local no médio rio Içana e os elementos da paisagem que estão permitindo a recolonização da área pela espécie. No capítulo I reconstruímos a história oral dos Baniwa através de entrevistas semiestruturadas acerca da caça comercial realizada em seu território, identificando técnicas de caça, fatores políticos e econômicos que influenciaram as flutuações na atividade comercial e nas populações de lontras e ariranhas na região, em contraste com as características biológicas de ambas as espécies. Também sistematizamos dados provenientes de documentos de comercialização de peles nos portos da região para avaliar a capacidade de resiliência de ambas as espécies à caça comercial comparando a variação do montante de peles comercializadas durante o século XX no alto rio Negro. A união das diferentes fontes utilizadas nos mostrou que após quase um século de intensa caça comercial no alto rio Negro características intrínsecas das espécies assim como diferentes intensidades e técnicas de caça atuaram conjuntamente para a persistência das populações de lontras e para a extinção local e regional das populações de ariranhas, iniciando pelas áreas mais próximas à Manaus até atingir o médio rio Içana. No capítulo II investigamos as percepções Baniwa acerca das ariranhas através de entrevistas semiestruturadas com auxílio de mapas de referência para detectar as flutuações populacionais da espécie nos lagos e igarapés do médio rio Içana desde o início da atividade de caça comercial na região até os dias atuais. Realizamos amostragens nos lagos e igarapés em busca de sinais diretos e indiretos da ocorrência da espécie, registramos cinco variáveis de microhabitat in situ e obtivemos cinco variáveis de paisagem através de imagem de satélite. Medimos as variáveis de paisagem dependentes de escala em buffers de 250m, 500m e 1000m para testarmos qual escala é a mais adequada para o estudo do uso do habitat pelas ariranhas. Após calcular a frequência de indícios em cada unidade amostral nós geramos modelos lineares generalizados para testar as variáveis preditoras. O modelo com as variáveis dependentes de escala indicou um padrão bimodal, mas a escala de 250m foi a que apresentou maior efeito na ocorrência de ariranhas. As variáveis de paisagem disponibilidade de habitat, forma e isolamento do corpo hídrico explicaram 61,86% da frequência de ariranhas no médio rio Içana, enquanto a única variável de micro-habitat profundidade, correlacionada à hidrografia, explicou 38,12% dos casos. Para os Baniwa as ariranhas são os pajés das águas, e se distribuem pelo ambiente aquático juntamente com os peixes. Através dessa percepção indígena sobre as ariranhas nós obtivemos a movimentação da espécie em diferentes escalas temporais, e identificamos as cabeceiras dos longos igarapés como as áreas de refúgio da espécie durante o período de extinção local no médio rio Içana. A partir das informações ambientais e históricas nós identificamos os igarapés, bem drenados e conectados a corpos hídricos adjacentes como áreas favoráveis para a ocorrência de ariranhas no médio rio Içana. Nosso trabalho evidencia a valiosa contribuição do conhecimento ecológico tradicional em preencher lacunas no conhecimento sobre espécies ameaçadas que não poderiam ser obtidas somente através das pesquisas ecológicas convencionais, auxiliando a compreensão de processos ecológicos de longa duração com implicações para a conservação dessas espécies e do ecossistema que ela ocupa.
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Preferência por substratos escuros no C. auratus : influência das condições de luz no alojamento /

Gazzola, Rangel Antonio. January 2008 (has links)
Orientador: Amauri Gouveia Júnior / Banca: Sílvio Morato de Carvalho / Banca: Kester Carrara / Resumo: O objetivo do presente estudo foi avaliar o comportamento de preferência por escuridão em peixes da espécie C. auratus. No primeiro experimento avaliamos os efeitos das condições de alojamento sobre o comportamento de preferência, comparando posteriormente a situações onde foi inserido um substrato de cor intermediária (cinza). No segundo experimento avaliamos se a preferência por escuridão alterava-se após expor os sujeitos a variados regimes de luz. No primeiro experimento utilizamos 48 peixes (c. auratus), medindo entre cinco e sete centímetros, alojados em grupo (n = 24) em aquários de vidro (30 x 45 x 35 cm), com água filtrada e tamponada ph = 7,5 ± 5, sob temperatura de 27 ± 2ºc, ciclo de luz alternados em 12:12 h, controle de luz externa e alimentados uma vez ao dia. O aparato utilizado constituiu-se por seis aquários (15 x 10 x 45 cm) nas cores: preto, branco, cinza, branco-preto, cinza-branco e cinza-preto, com coluna d'água de 10 cm. No segundo experimento utilizamos 32 peixes da mesma espécie e com as mesmas características, mantidos em grupo (n = 11) em condições similares (4h, 8h, 12h, 16h ou 20h de luz). Foi utilizado aparato com medida similar ao experimento anterior e nas cores preto-branco. Após 5 minutos de habituação no centro do aquário as comportas eram removidas. As sessões tiveram duração de quinze 15 min. O procedimento foi o mesmo nos 2 experimentos. Os resultados indicaram maior preferência dos animais pelo substrato preto quando em contraste com o substrato branco, e do cinza, em relação ao preto e ao branco. O segundo experimento indicou que a exposição a regimes de luz diferenciados altera a preferência dos animais fazendo com que no regime de 20 h a preferência por substrato escuro desapareça, desta forma, alguns regimes luminosos, em específico os mais longos,...(Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The aim of the present study was to evaluate the darkeness preference behavior in fish . The first experiment evaluated the preference among three substratum (dark, white and ash) . The second experiment evaluated the preference by darkness after exposition to differentes light regimes. In the first experiment 48 fish (c. auratus), five to seven centimeters of body size, were housed in group (n = 24) with light cycle alternated in 12:12 h, light control expresses and they were fedded once a day. The apparatus was constituted by six aquariums (15 x 10 x 45 cm) in colors (black, white, ash, white-black, ash-white and ash-black) and column of water of 10 cm. In the second experiment 32 fish of the same species and with the same characteristics, under similar conditions, were exposed to inverted and alternated light cycles (4 h, 8 h, 12 h, 16 h or 20h). The apparatus had similar measures and black-white colors to the previous experiment. After 5 minutes of habituation in the center of the aquarium the floodgates were removed. The sessions finished at 15 minutes. The procedure was the same in two experiments. The data of teh first experiment shows that the subjects prefer black substract than white and they o prefer ash than blak or white. The second experiment suggested that the kind of exposure of light regime effects the preferency in fishes. Twenty hours lighting regime faded out the darkeness preferency. Some luminous regimes, in specific the longest, altered the preference for darkness in the fish. There is preference for the intermediate substratum (ash) when available. / Mestre
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Evolução em populações ameríndias : aspectos estocásticos, adaptativos e culturais

Amorim, Carlos Eduardo Guerra January 2013 (has links)
Para o melhor entendimento da biologia de uma espécie ou população, faz-se necessária a análise detalhada das forças evolutivas que moldaram sua diversidade genética. Mecanismos evolutivos randômicos e direcionais devem ser entendidos separadamente e em sua interação para que uma interpretação mais acurada possa ser realizada. No que concerne a humanos, uma camada adicional de complexidade deve ser considerada: a cultura. No presente trabalho, aspectos da história evolutiva de populações nativas americanas são analisados levando em conta os efeitos da deriva genética, história demográfica e seleção natural sobre sua diversidade genética e estrutura de recombinação (desequilíbrio de ligação, DL). Adicionalmente, é realizada uma comparação direta entre a evolução cultural e a evolução biológica. O corpo principal da tese é composto por quatro artigos que visam de maneira geral ao entendimento desses fatores em populações humanas atuais, mas que, no contexto da presente tese, serão discutidos com foco nos ameríndios. Os resultados desses artigos podem ser resumidos como seguem: 1) Amorim et al. (2011) X-chromosomal genetic diversity and linkage disequilibrium patterns in Amerindians and non-Amerindian populations (Am J Hum Biol 23: 299-304). Os resultados deste trabalho revelam baixa diversidade genética no cromossomo X aliada à alta proporção de loci em DL em populações ameríndias, quando comparadas a grupos com ancestralidade genética distinta. A deriva genética seria o principal candidato a agente causal para o padrão observado. 2) Amorim et al. Detecting Genome-wide Signals of Human Adaptation to Tropical Forests in a Convergent Evolution Framework (manuscrito em preparação). Aqui analizaram-se SNPs distribuídos nos autossomos e no cromossomo X para a detecção de sinais de seleção positiva. Populações amazônicas e africanas vivendo na floresta tropical foram comparadas com outras que viviam em ambiente não-florestal. Os resultados apontam para a existência de seleção positiva especialmente sobre genes aparentemente relacionados à imunidade, fluxo de colesterol e altura corporal, entre outros. 3) Amorim et al., (2013) A Bayesian Approach to Genome/Linguistic Relationships in Native South Americans (PLoS ONE 8: e64099). Neste trabalho avaliou-se o ajuste de modelos demográficos, construídos a partir de classificações linguísticas, à diversidade genômica de populações da América do Sul. As análises revelam uma maior adequação da classificação proposta por Joseph Greenberg em 1987. De acordo com esse cenário, o ancestral comum dos principais grupos linguísticos da América do Sul teria uma idade de cerca de 3,1 mil anos e a separação mais recente entre esses grupos teria ocorrido há 2,8 mil anos, entre os Tupi e os Aruaque. Os resultados sugerem ainda que, neste contexto, línguas e genes apresentam taxa de evolução semelhante. 4) Amorim et al. Differing evolutionary histories of the ACTN3*R577X polymorphism among the major human geographic groups (manuscrito em preparação). Neste artigo a diversidade genética do gene ACTN3 e mais especificamente de sua variante funcional rs1815739 em populações ameríndias foi comparada às de outros continentes, revelando um cenário evolutivo que sugere que este gene foi alvo de seleção positiva no passado, mas atualmente o sinal desse processo foi apagado ou suavizado nas Américas. Esses resultados em conjunto sugerem que fatores biológicos seletivos e neutros foram ambos importantes durante o povoamento do Novo Mundo e destacam a importância de analisá-los em conjunto com características culturais, reconhecendo as peculiaridades de cada um e a interação entre eles. / For a better understanding of the biology of a species or population, it is necessary to analyze the forces that shaped its genetic diversity in detail. Neutral and selective evolutionary mechanisms should be interpreted independently and in their interaction for a better interpretation of facts. Regarding human evolution, an additional level of complexity should be considered: culture. In the present work, some aspects of the evolutionary history of Native American populations is considered in relation to the effects of genetic drift, demography, and natural selection upon their genetic diversity and recombination structure (linkage disequilibrium, LD). Additionally, a direct comparison between cultural and biological evolution is made. The nucleus of this Thesis is composed by four articles that aim at the understanding of the role of these factors in the evolution of extant human populations, but for the purposes of this Thesis they will be discussed with a main focus in Amerindians. The results of these articles can be briefly summarized as follows: 1) Amorim et al. (2011) X-chromosomal Genetic Diversity and Linkage Disequilibrium Patterns in Amerindians and non-Amerindian Populations (Am J Hum Biol 23: 299-304). The results of this work reveal low X-chromosomal genetic diversity and high proportion of loci in linkage disequilibrium when Amerindian populations were compared to other groups with a distinct genetic background. Genetic drift is the best candidate for generating the observed pattern. 2) Amorim et al. Detecting Genome-wide Signals of Human Adaptation to Tropical Forests in a Convergent Evolution Framework (manuscript in preparation). Here a positive selection analysis of autosomal and X-chromosomal SNPs was conducted. Amazonian and African tropical forest populations were compared to those living outside forests. The results suggest the action of positive selection especially upon genes related to immunity, cholesterol cellular flux and body height, among others. 3) Amorim et al., (2013) A Bayesian Approach to Genome/Linguistic Relationships in Native South Americans (PLoS ONE 8: e64099). In this work, we tested the fit of current genomic South Amerindian diversity to demographic models based on linguistic classifications. The analyses revealed a better fit of the classification proposed by Joseph Greenberg in 1987. According to this scenario, the common ancestor of the main South American linguistic groups would have an age of circa 3.1 thousand years before present (BP) and the most recent fission between these groups would be that of the Tupí and Arawakan at 2.8 thousand years BP. The results also suggest that, in this context, language and genes evolve at a similar pace. 4) Amorim et al. Differing evolutionary histories of the ACTN3*R577X polymorphism among the major human geographic groups (manuscript in preparation). The genetic diversity of the ACTN3 gene, and more specifically of its functional variant rs1815739 in Amerindian populations was compared to these of other continents, revealing an evolutionary scenario that suggests that this gene might have been a target of positive selection in the past; currently however, the signal of this process was erased or smoothed in the Americas. These results suggest that selective and neutral biological evolutionary factors were important during the settlement of the New World and highlight the importance of analyzing them together with cultural characteristics, considering their peculiarities and the interaction between them.
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Theoretical perspectives on the dynamics of communities with intraguild predation

Maciel, Gabriel Andreguetto [UNESP] 23 February 2011 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2014-06-11T19:25:34Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-02-23Bitstream added on 2014-06-13T19:53:27Z : No. of bitstreams: 1 maciel_ga_me_ift.pdf: 510710 bytes, checksum: febf0f526cd25a0f287f0521556976fc (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Predação intraguilda é um tipo de interação muito comum entre as espécies e pode influenciar fortemente na composição das comunidades ecológicas. Ela ocorre quando dois consumidores que compartilham de um mesmo recurso, e portanto competem, também apresentam comportamento predatório entre si. O consumidor que preda o seu competidor é frequentemente chamado de predador intraguilda, enquanto aquele que é predado é conhecido como presa intraguilda. Nesse trabalho nós investigamos alguns aspectos teóricos sobre esse tipo de interação. Primeiramente analisamos um experimento com ácaros predadores que foi realizado para testas as predições da teoria sobre padrões de exclusão em um gradiente de produtividade. Embora esse experimento foi cuidadosamente projetado para testar afirmações da teoria, seus resultados não concordam com ela. Utilizando um modelo bem simples para predação intraguilda que serve como uma representação daquele sistema, nós mostramos que: se levarmos em conta a dinâmica durante os transientes, e não apenas os resultados no equilíbrio, em que a teoria usual se baseia, e considerarmos que quando uma população atinge níveis muito baixos corresponde a uma extinção na realidade, os resultados experimentais concordam com a teoria. Em seguida nós estudamos questões que dizem respeito a influência dos diferentes estágios de vida dos indivíduos para a dinâmica da predação intraguilda. Nós introduzimos um modelo com estrutura de estágio em ambos os consumidores e consideramos a predação ocorrendo apenas dos adultos do predador intraguilda sobre os juvenis da presa intraguilda. Tem-se acreditado que essa interação dependente de estágio pode ter grandes efeitos sobre a dinâmica, uma vez que a pressão predatória sobre a presa intraguilda é reduzida... / Intraguild predation is a widespread interaction between species and can strongly influence communities composition. It occurs when two consumers which share a common resource, and hence compete, also engage into predation. The consumer which can prey on its competitor is often referred to as the intraguild predator while the other is called intraguild prey. In this work we investigate some theoretical aspects about these interactions. First we analyse an experiment with predatory mites which was carried to test patterns of exclusion along a productivity gradient, predicted by theory. Although this experiment was carefully designed to test the theoretical assertions, their results do not agree with theory. Through a very simple model for intraguild predation which serves as a representation of that system, we show that: if the short-term dynamics is taken into account rather than only equilibrium states, in which the usual theory is based, and we consider that populations that attain levels very close to zero are extinct, experimental results meet theory. Then we study questions concerning the influence of different life stages of individuals on the dynamics of intraguild predation. We introduce a model with stage structure in both consumers and consider predation occurring only from adults of the intraguild predator on juveniles of the intraguild prey. This stage dependent interaction was believed t ohave great effects on the dynamics, once predation pressure on the intraguild prey is reduced, and has been proposed as one feature that could promote coexistence. We check the outcomes of the system along a productivity gradient and show that stage structure do not induce great qualitative changes on the dynamics and the more likely resulting dynamics continues being the extinction of one of the consumers... (Complete abstract click electronic access below)
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Dinâmica de marcadores genéticos na região do complexo de histocompatibilidade principal humano em populações do Centro-Oeste do Brasil

Silva, Ana Carolina Arcanjo 28 February 2012 (has links)
Dissertação (Mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, 2012. / Submitted by Sabrina Silva de Macedo (sabrinamacedo@bce.unb.br) on 2012-06-12T15:30:34Z No. of bitstreams: 1 2012_AnaCarolinaArcanjoSilva.pdf: 25358632 bytes, checksum: 230ef8eeebdc5f8ecac4c74b6c329a72 (MD5) / Approved for entry into archive by Jaqueline Ferreira de Souza(jaquefs.braz@gmail.com) on 2012-06-12T15:31:22Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2012_AnaCarolinaArcanjoSilva.pdf: 25358632 bytes, checksum: 230ef8eeebdc5f8ecac4c74b6c329a72 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-06-12T15:31:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2012_AnaCarolinaArcanjoSilva.pdf: 25358632 bytes, checksum: 230ef8eeebdc5f8ecac4c74b6c329a72 (MD5) / Teoricamente, regiões genômicas com grande importância funcional, como genes e regiões regulatórias, são as mais afetadas pela seleção natural. O MHC humano (6p23.1) é uma dessas regiões pois contém a maioria dos genes relacionados à regulação e ação do sistema imune em humanos. Neste trabalho foram escolhidos marcadores genéticos localizados no MHC humano de dois tipos – STRs, que apresentam alta taxa de mutação, e inserções Alu, com baixa taxa de mutação. Foram analisados165 indivíduos de duas populações, uma urbana com alto grau de miscigenação (Brasília, 105 indivíduos) e uma comunidade afroderivada remanescente de quilombo (Kalunga, 60 indivíduos). Estes foram genotipados em relação aos marcadores AluMICB, AluTF, AluHJ AluHG e AluHF (no MHC de Classe I), bem como para os microssatélites TNFa, TNFb, TNFc, TNFd, TNFe (no MHC de Classe III). Os fragmentos foram amplificados por meio de PCR e genotipados em gel de poliacrilamida a 6% (todos os Alu), gel de poliacrilamida desnaturante a 12% (TNFc) e eletroforese capilar em sequenciador automático ABI3130 (TNFa-e). Os dados obtidos foram analisados em três grupos: haplótipos Alu, haplótipos microssatélites e haplótipos contendo todos os 10 marcadores estudados, cujas inferências foram feitas com o algoritmo PHASE. Os marcadores TNFa e TNFd se mostraram fora do Equilíbrio de Hardy-Weinberg em ambas populações estudadas, mesmo após Correção de Bonferroni. Brasília e Kalunga apresentaram déficit global de heterozigotos. Em Kalunga o marcador AluHG apresentou excesso de heterozigotos mesmo sem estar fora do EHW, o que pode indicar ação de mecanismo evolutivo devido à sua proximidade com o gene HLA-G. Mesmo fora do EHW em Kalunga, o marcador TNFd não mostrou déficit ou excesso de heterozigotos, o que também pode indicar atuação de mecanismo evolutivo. Os haplótipos analisados mostraram diferenças de comportamento entre os tipos de marcadores moleculares. Conforme as análises feitas com base nos haplótipos Alu, as populações são similares e apresentam pouca diferenciação populacional, além de compartilharem os haplótipos mais frequentes. Para os haplótipos TNF, entretanto, as populações se mostram moderadamente diferentes e compartilham apenas 21 dos 190 haplótipos possíveis. O Teste de Neutralidade de Ewens-Watterson indicou desvio do esperado em condições de neutralidade para os loci TNFa, TNFb e TNFd isoladamente, mas não indicou desvio da neutralidade para nenhum dos conjuntos haplotípicos estudados. ______________________________________________________________________________ ABSTRACT / Genetic markers are used in population genetics to address different questions, like genetic counseling or the understanding of evolutionary mechanisms. Especially, genetic markers located in important genomic regions, such as genes or regulatory sequences, are most commonly affected by natural selection. The human MHC (6p23.1) is a region of great importance due to the presence of genes related to action and regulation of the human immune system, thus, several studies have reported that natural selection might be acting in such region. In this work, two types of genetic markers were selected in the MHC region, one of them being Alu insertions, which have low rates of mutation; and the other being STRs, which have rather high mutation rates. 165 samples from two distinct populations, an urban admixed population (Brasília, 105 samples) and an afro-derived rural population (Kalunga, 60 individuals) were studied for the loci AluMICB, AluTF, AluHJ AluHG e AluHF (Class I MHC) and TNFa, TNFb, TNFc, TNFd, TNFe (Class III MHC). The fragments were amplified by PCR and genotyped in 6% polyacrylamide gel (Alu insertions), 12% denaturing polyacrylamide gel (TNFc) and capillary electrophoresis in an ABI3130 automatic sequencer (TNFa-e). Data were analyzed in three groups: Alu haplotypes, microsatellite haplotypes and haplotypes containing all loci here studied. The haplotypes were inferred with the PHASE algorithm. Both TNFa and TNFd loci departed from Hardy-Weinberg Equilibrium (HWE) in both populations, even after Bonferroni's Correction. Brasília and Kalunga showed global heterozigote deficit. AluHG showed heterozigote excess even in accordance with HWE, which may indicate influence of evolutionary mechanisms due to its proximity to HLA-G gene. Aside being apart of HWE in Kalunga, TNFd locus did not show excess or deficit of heterozigotes. The analyzed haplotypes showed behavioral differences among the two sets of markers. In the analysis based on the Alu haplotypes, both populations are similar and show little populational divergence. For the TNF haplotypes, however, both populations showed moderate differences and share only 21 of the 190 possible haplotypes. The Ewens-Watterson Neutrality test indicated that the TNFa, TNFb and TNFd loci do not behave neutrally when analyzed separately, but did not show departure of neutrality for any of the haplotypes analyzed.
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Evolução em populações ameríndias : aspectos estocásticos, adaptativos e culturais

Amorim, Carlos Eduardo Guerra January 2013 (has links)
Para o melhor entendimento da biologia de uma espécie ou população, faz-se necessária a análise detalhada das forças evolutivas que moldaram sua diversidade genética. Mecanismos evolutivos randômicos e direcionais devem ser entendidos separadamente e em sua interação para que uma interpretação mais acurada possa ser realizada. No que concerne a humanos, uma camada adicional de complexidade deve ser considerada: a cultura. No presente trabalho, aspectos da história evolutiva de populações nativas americanas são analisados levando em conta os efeitos da deriva genética, história demográfica e seleção natural sobre sua diversidade genética e estrutura de recombinação (desequilíbrio de ligação, DL). Adicionalmente, é realizada uma comparação direta entre a evolução cultural e a evolução biológica. O corpo principal da tese é composto por quatro artigos que visam de maneira geral ao entendimento desses fatores em populações humanas atuais, mas que, no contexto da presente tese, serão discutidos com foco nos ameríndios. Os resultados desses artigos podem ser resumidos como seguem: 1) Amorim et al. (2011) X-chromosomal genetic diversity and linkage disequilibrium patterns in Amerindians and non-Amerindian populations (Am J Hum Biol 23: 299-304). Os resultados deste trabalho revelam baixa diversidade genética no cromossomo X aliada à alta proporção de loci em DL em populações ameríndias, quando comparadas a grupos com ancestralidade genética distinta. A deriva genética seria o principal candidato a agente causal para o padrão observado. 2) Amorim et al. Detecting Genome-wide Signals of Human Adaptation to Tropical Forests in a Convergent Evolution Framework (manuscrito em preparação). Aqui analizaram-se SNPs distribuídos nos autossomos e no cromossomo X para a detecção de sinais de seleção positiva. Populações amazônicas e africanas vivendo na floresta tropical foram comparadas com outras que viviam em ambiente não-florestal. Os resultados apontam para a existência de seleção positiva especialmente sobre genes aparentemente relacionados à imunidade, fluxo de colesterol e altura corporal, entre outros. 3) Amorim et al., (2013) A Bayesian Approach to Genome/Linguistic Relationships in Native South Americans (PLoS ONE 8: e64099). Neste trabalho avaliou-se o ajuste de modelos demográficos, construídos a partir de classificações linguísticas, à diversidade genômica de populações da América do Sul. As análises revelam uma maior adequação da classificação proposta por Joseph Greenberg em 1987. De acordo com esse cenário, o ancestral comum dos principais grupos linguísticos da América do Sul teria uma idade de cerca de 3,1 mil anos e a separação mais recente entre esses grupos teria ocorrido há 2,8 mil anos, entre os Tupi e os Aruaque. Os resultados sugerem ainda que, neste contexto, línguas e genes apresentam taxa de evolução semelhante. 4) Amorim et al. Differing evolutionary histories of the ACTN3*R577X polymorphism among the major human geographic groups (manuscrito em preparação). Neste artigo a diversidade genética do gene ACTN3 e mais especificamente de sua variante funcional rs1815739 em populações ameríndias foi comparada às de outros continentes, revelando um cenário evolutivo que sugere que este gene foi alvo de seleção positiva no passado, mas atualmente o sinal desse processo foi apagado ou suavizado nas Américas. Esses resultados em conjunto sugerem que fatores biológicos seletivos e neutros foram ambos importantes durante o povoamento do Novo Mundo e destacam a importância de analisá-los em conjunto com características culturais, reconhecendo as peculiaridades de cada um e a interação entre eles. / For a better understanding of the biology of a species or population, it is necessary to analyze the forces that shaped its genetic diversity in detail. Neutral and selective evolutionary mechanisms should be interpreted independently and in their interaction for a better interpretation of facts. Regarding human evolution, an additional level of complexity should be considered: culture. In the present work, some aspects of the evolutionary history of Native American populations is considered in relation to the effects of genetic drift, demography, and natural selection upon their genetic diversity and recombination structure (linkage disequilibrium, LD). Additionally, a direct comparison between cultural and biological evolution is made. The nucleus of this Thesis is composed by four articles that aim at the understanding of the role of these factors in the evolution of extant human populations, but for the purposes of this Thesis they will be discussed with a main focus in Amerindians. The results of these articles can be briefly summarized as follows: 1) Amorim et al. (2011) X-chromosomal Genetic Diversity and Linkage Disequilibrium Patterns in Amerindians and non-Amerindian Populations (Am J Hum Biol 23: 299-304). The results of this work reveal low X-chromosomal genetic diversity and high proportion of loci in linkage disequilibrium when Amerindian populations were compared to other groups with a distinct genetic background. Genetic drift is the best candidate for generating the observed pattern. 2) Amorim et al. Detecting Genome-wide Signals of Human Adaptation to Tropical Forests in a Convergent Evolution Framework (manuscript in preparation). Here a positive selection analysis of autosomal and X-chromosomal SNPs was conducted. Amazonian and African tropical forest populations were compared to those living outside forests. The results suggest the action of positive selection especially upon genes related to immunity, cholesterol cellular flux and body height, among others. 3) Amorim et al., (2013) A Bayesian Approach to Genome/Linguistic Relationships in Native South Americans (PLoS ONE 8: e64099). In this work, we tested the fit of current genomic South Amerindian diversity to demographic models based on linguistic classifications. The analyses revealed a better fit of the classification proposed by Joseph Greenberg in 1987. According to this scenario, the common ancestor of the main South American linguistic groups would have an age of circa 3.1 thousand years before present (BP) and the most recent fission between these groups would be that of the Tupí and Arawakan at 2.8 thousand years BP. The results also suggest that, in this context, language and genes evolve at a similar pace. 4) Amorim et al. Differing evolutionary histories of the ACTN3*R577X polymorphism among the major human geographic groups (manuscript in preparation). The genetic diversity of the ACTN3 gene, and more specifically of its functional variant rs1815739 in Amerindian populations was compared to these of other continents, revealing an evolutionary scenario that suggests that this gene might have been a target of positive selection in the past; currently however, the signal of this process was erased or smoothed in the Americas. These results suggest that selective and neutral biological evolutionary factors were important during the settlement of the New World and highlight the importance of analyzing them together with cultural characteristics, considering their peculiarities and the interaction between them.

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