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Dinâmica populacional de roedores de um cerrado do Brasil Central

Rocha, Clarisse Rezende 09 September 2011 (has links)
Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Ecologia, Pós-Graduação em Ecologia, 2011. / Submitted by Jaqueline Ferreira de Souza (jaquefs.braz@gmail.com) on 2012-07-20T12:24:38Z No. of bitstreams: 1 2011_ClarisseRezendeRocha.pdf: 4520251 bytes, checksum: 21f93ed1268b3f571a6bc8b8ee0b0ace (MD5) / Approved for entry into archive by Jaqueline Ferreira de Souza(jaquefs.braz@gmail.com) on 2012-07-20T12:24:54Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2011_ClarisseRezendeRocha.pdf: 4520251 bytes, checksum: 21f93ed1268b3f571a6bc8b8ee0b0ace (MD5) / Made available in DSpace on 2012-07-20T12:24:54Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2011_ClarisseRezendeRocha.pdf: 4520251 bytes, checksum: 21f93ed1268b3f571a6bc8b8ee0b0ace (MD5) / A estrutura de uma população é determinada por fatores como densidade, distribuição de indivíduos no habitat, proporções de indivíduos em diferentes classes etárias, razão sexual, área de vida e comportamento. Esse estudo teve como objetivo caracterizar os parâmetros populacionais e os fatores que afetam as variações nas densidades de roedores no Cerrado (Myomorpha, Muroidea, Cricetidae). O estudo foi realizado em áreas de campo na Estação Ecológica de Águas Emendadas, Planaltina, DF, entre 2004 e 2009. Duas grades foram montadas em áreas de campo, onde foram colocadas mensalmente 50 armadilhas do tipo Sherman durante seis noites consecutivas. O tamanho da área de vida dos roedores foi diferente entre os sexos, mas não foi relacionada à reprodução, estações do ano e massa corporal. A abundância da espécie Thalpomys lasiotis influenciou no tamanho da área de vida dos indivíduos. Entretanto, a sobreposição dos indivíduos das três espécies foi influenciada pela abundância. A sobreposição foi maior entre indivíduos machos do que entre as fêmeas. As variáveis ambientais explicaram 21% da composição da comunidade. A variação no adensamento de gramíneas e no número de cupinzeiros e murundus foram as variáveis que mais influenciaram as populações destes roedores. Necromys lasiurus ocorreu em ambientes com maior adensamento de gramíneas, enquanto as espécies T. lasiotis e Calomys tener ocorreram nos ambientes com o menor adensamento de gramíneas. Para as espécies C. tener e T. lasiotis a estação seca foi o período de maior recrutamento de jovens. Os jovens de N. lasiurus foram encontrados durante todo ano. A menor massa corporal encontrada para os roedores na estação seca foi atribuída a fatores biológicos como idade dos indivíduos e fatores ambientais, como a menor oferta de recursos durante esta estação. Em geral, os roedores destas áreas de campo, apresentaram reprodução sazonal, com maiores picos na estação chuvosa. Calomys tener e T. lasiotis apresentaram padrões sazonais, com variação no tamanho da população entre as estações seca e chuvosa. A variação anual também foi importante na abundância para duas das três espécies estudadas. Necromys lasiurus apresentou flutuações, em média, bianuais e T. lasiotis apresentou declínio nas densidades populacionais ao longo dos seis anos de estudo. _________________________________________________________________________________ ABSTRACT / The structure of a population is determined by factors such as density, distribution of individuals in the habitat, proportions of individuals in different age groups, sex ratio, home range and behavior. This study intended to characterize the factors and their determinants affecting the variation of three cricetid rodent population density in the Brazilian cerrado. This study was conducted in two grassland areas at the Estação Ecológica de Águas Emendadas in the Distrito Federal, Brazil, from 2004 to 2009. Fifty Sherman traps were monthly baited during six consecutive nights at each grid.The size of rodents’ home range differed between sexes, but it was not related to reproduction, seasons or body masses. The abundance of Thalpomys lasiotis influenced the home range size of that species. However, abundance influenced overlapping for the three species individual. Male overlapping was higher than females’. The environmental variables explained 21% of the community composition. The variation in grasses density and in the number of “termite mounds” and “murundus” were the variables that most influenced the rodents’ populations. Necromys lasiurus occurred in places with higher density of grasses, while T. lasiotis and Calomys tener occurred in environments with lower density of grasses. The dry season was the period of increased recruitment of juveniles of C. tener and T. lasiotis. Necromys lasiurus juveniles were found throughout the year. Their lower body mass in the dry season was attributed to biological factors such as age of individuals and environmental factors such as the lower supply of resources during the season. In general, the grassland rodents, showed seasonal reproduction, with higher peaks in the rainy season.Calomys tener and T. lasiotis showed distinct seasonal variation in population size between the dry and rain seasons. The abundance annual variation was also important for two of the three species. Necromys lasiurus showed population fluctuations, on average, every two years and T. lasiurus presented a decline in population densities over the six years of the study.
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Composição genética de quatros populações remanescentes de quilombos do Brasil com base em microssatélites e marcadores de ancestralidade

Pedrosa, Maria Angélica Floriano January 2006 (has links)
Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Biologia Celular, 2006. / Submitted by Alexandre Marinho Pimenta (alexmpsin@hotmail.com) on 2009-11-20T17:49:13Z No. of bitstreams: 1 2006_MariaAngélicaFlorianoPedrosa.pdf: 756620 bytes, checksum: 11e879e360c655c38387803413b2ad1a (MD5) / Approved for entry into archive by Joanita Pereira(joanita) on 2010-01-18T18:56:56Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2006_MariaAngélicaFlorianoPedrosa.pdf: 756620 bytes, checksum: 11e879e360c655c38387803413b2ad1a (MD5) / Made available in DSpace on 2010-01-18T18:56:56Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2006_MariaAngélicaFlorianoPedrosa.pdf: 756620 bytes, checksum: 11e879e360c655c38387803413b2ad1a (MD5) Previous issue date: 2006 / A população brasileira é bastante peculiar em relação a outras populações do mundo por ter sido formada a partir da miscigenação de vários povos que passaram a co-habitar o Brasil desde 1500, especialmente ameríndios, africanos e europeus. No Brasil, existem na atualidade comunidades rurais semi-isoladas identificadas como remanescentes de quilombos, formadas principalmente por escravos fugidos durante o período colonial brasileiro. Espera-se que essas comunidades preservem uma composição genética predominantemente africana, apesar dos eventos estocásticos a que estas populações estiveram, e ainda estão, submetidas. Dessa forma, o presente trabalho teve como objetivo geral estimar a composição genética atual de quatro comunidades Remanescentes de Quilombos - Kalunga, Mocambo, Rio das Rãs e Riacho de Sacutiaba - e comparar essas estimativas com as obtidas para populações urbanas brasileiras. Para isso, foram utilizados 8 marcadores microssatélites e 9 marcadores informativos de ancestralidade (AIMs) autossômicos. Além disso, foram realizadas análises de diferenciação genética molecular entre as comunidades e estimado um índice de ancestralidade africana individual (IAA). Após a correção de Bonferroni, foi observado apenas um desvio das freqüências genotípicas em relação ao Equilíbrio de Hardy-Weinberg (locus rs1129048, em Kalunga). Os marcadores AIMs indicaram uma maior diferenciação genética entre as comunidades do que os microssatélites. A análise de mistura genética mostrou que todas as comunidades, em especial Rio das Rãs e Kalunga, apresentaram uma forte contribuição africana em sua composição. A européia também foi alta, principalmente em Riacho de Sacutiaba e Mocambo. Já a ameríndia foi bastante importante na formação do remanescente Mocambo. Foram observadas algumas diferenças estatisticamente significativas entre as estimativas de mistura realizadas com as duas classes de marcadores. Quanto ao IAA, Mocambo foi a comunidade que apresentou a menor mediana, sugerindo uma menor africanicidade em relação às demais comunidades. Ao contrário, Rio das Rãs e Kalunga apresentaram as maiores medianas para esse índice, o que está em acordo com as estimativas de contribuição africana obtidas para essas comunidades. Os resultados da análise de mistura genética e do IAA corroboram os relatos históricos, de que os remanescentes de quilombos não foram fundados exclusivamente por afrodescendentes bem como da ocorrência de fluxo gênico ao longo da história dos mesmos. ________________________________________________________________________________ ABSTRACT / The Brazilian population is very peculiar in relation to other world populations since its forμation involved the adμixture of μany peoples that caμe to Brazil since 1500, specially Aμerindians, Africans and Europeans. At the present, there are in Brazil μany rural seμi−isolated coμμunities identified as reμnants of quilombos, which were constituted μainly by runaway slaves during the Colonial Period. It is expected that these populations preserve μainly an African genetic coμposition, despite the stochastic events to which they have been subμitted to. Thus, this study had as a global objective the estiμation of the genetic coμposition of four reμnants of quiloμbos (Kalunga, Mocaμbo, Rio das Rãs and Riacho de Sacutiaba) and the comparison of these estiμatives to the ones obtained in urban Brazilian populations. For this purpose, eight autosoμal microsatellites and nine autosoμal AIMs (ancestry informative μarkers) were genotyped. Moreover, differentiation analyses among the populations were done and an individual African Ancestry Index (IAA) was calculated. After applying the Bonferroni's correction for μultiple coμparisons, it was observed only one deviation froμ Hardy−Weinberg Equilibriuμ (locus rs1129048, in Kalunga). AIMs indicated μore differentiation aμong the coμμunities than μicrosatellites. The genetic adμixture analysis showed that all coμμunities, especially Rio das Rãs and Kalunga, had a strong African contribution in their genetic coμposition. The estiμated European contribution was also high, especially in Riacho de Sacutiaba and Mocambo. The Aμerindian contribution was very iμportant in the forμation of Mocambo. Soμe statistical significant difference aμong the admixture estiμatives realized with the two different μarkers was found. As the IAA, Mocambo presented the lowest μedian value, suggesting a sμaller African ancestry in coμparison to the other coμμunities. Rio das Rãs and Kalunga, on the other hand, showed the greatest medians for IAA, what is in accordance to the genetic admixture estimates for these communities. The results of adμixture analyses and IAAs corroborate the historical data, which points out that the quiloμbos were founded not only by Afro− descendants and that gene flow occurred during the histories of these populations.
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Análise genética de marcadores do tipo STR e INDEL em cromossomos sexuais humanos em populações remanescentes de quilombos

Ribeiro, Guilherme Galvarros Bueno Lôbo January 2009 (has links)
Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Animal, 2009. / Submitted by Raquel Viana (tempestade_b@hotmail.com) on 2010-03-30T15:36:31Z No. of bitstreams: 1 2009_GuilhermeGalvarrosBuenoLoboRibeiro.pdf: 3091471 bytes, checksum: 36aec99ea46dc9528ce650a6fb611ce4 (MD5) / Approved for entry into archive by Daniel Ribeiro(daniel@bce.unb.br) on 2010-05-12T18:08:01Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2009_GuilhermeGalvarrosBuenoLoboRibeiro.pdf: 3091471 bytes, checksum: 36aec99ea46dc9528ce650a6fb611ce4 (MD5) / Made available in DSpace on 2010-05-12T18:08:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2009_GuilhermeGalvarrosBuenoLoboRibeiro.pdf: 3091471 bytes, checksum: 36aec99ea46dc9528ce650a6fb611ce4 (MD5) Previous issue date: 2009 / Apesar do fim da escravidão ter ocorrido há mais de um século, ainda existem algumas comunidades rurais afro derivadas isoladas no Brasil, assim como em outros países da América do Sul. Estas são conhecidas como remanescentes de quilombos e foram fundadas, principalmente, por escravos fugitivos durante o período de escravidão. A composição genética de populações afro derivadas brasileiras é pouco estudada e, com o objetivo de aprimorar o conhecimento acerca dessas populações, doze marcadores STRs do cromossomo Y – kit PowerPlex® Y, e seis Indels do cromossomo X foram analisados geneticamente em quatro remanescentes de quilombos brasileiros – Mocambo, Rio das Rãs, Kalunga e Riacho de Sacutiaba, para estimar parâmetros populacionais, como a contribuição genética ancestral na constituição dessas comunidades. De um total de 118 cromossomos Y analisados, foram identificados 85 haplótipos diferentes e apenas um foi compartilhado entre duas ou mais populações. As análises do cromossomo X resultaram em apenas 53 haplótipos para os 321 cromossomos e a maioria deles foi compartilhada entre as comunidades. Os dados de estrutura populacional indicaram diferenças entre as populações para ambas as análises (FstY = 0,0296, P<0,05; FstX = 0,0014 P<0,05), as quais foram estatisticamente corroboradas por dados de oito STRs e apenas duas Indels, respectivamente. Esta diversidade genética pode ser explicada pelo fluxo gênico e mutações, que introduziram ao acaso alternativas genéticas em cada comunidade. Finalmente, análises de mistura genética indicaram a participação de grupos não africanos na constituição dessas quatro populações afro derivadas para as distribuições de ambos os cromossomos sexuais. A contribuição européia e ameríndia pode ser explicada pelo cruzamento direcional entre homens euro descendentes e mulheres escravas africanas antes da fundação destas comunidades, o que pode ter ocasionado efeitos de fundador, e também pelo fluxo gênico. As análises do cromossomo X e Y complementaram outros estudos genéticos realizados com estas mesmas comunidades e aprimoraram o conhecimento sobre as populações afro derivadas por meio de dados genéticos peculiares que apenas estes cromossomos podem fornecer. Além disso, este trabalho demonstrou a utilidade de ferramentas forenses na complementação de dados de análises genético populacionais. _________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Despite the end of slavery happened more than a century ago, there are still some rural Afro-derived isolated communities in Brazil, as in other South American countries. They are known as quilombos` remnants and were founded, mainly, by fugitive slaves during the slavery period. The genetic constitution of Afro-derived Brazilian populations is barely studied and in order to improve knowledge about those populations, we investigated twelve Y-chromosome STRs - PowerPlex® Y kit, and six X-chromosome Indels to estimate population genetics parameters, such as ancestral contribution in the constitution of four Brazilian quilombos` remnants - Mocambo, Rio das Rãs, Kalunga and Riacho de Sacutiaba. In a total of 118 Ychromosome analyzed, 85 different haplotypes were identified and only one was shared between two or more communities. X-chromosome data indicated only 53 haplotypes for 321 analyzed chromosomes and the majority of them was shared among communities. Population comparison indicated genetic differences between those populations for both analyses (FstY = 0.0296, P<0.05; FstX = 0.0014 P<0.05), which were statistically supported by eight STRs data and only two Indels, respectively. This genetic diversity might be explained by gene flow and mutation, which introduced random genetic alternatives to each community. Finally, ADMIXture analyses also indicated non-African contribution in the constitution of those four Afroderived populations for both sexual chromosomes distributions. European and Amerindian contribution might be explained by directional mating between European males and African female slaves before the foundation of those communities, which might had leaded to founder effects, and also by gene flow. The analyses of X and Y chromosomes complemented other genetic studies performed for those communities and improved knowledge about afro-derived population genetics through unique genetic parameters that only these chromosomes can reach. Besides that, this survey was useful to introduce forensic tools to population genetics in order to complement genetic analyses.
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Variação do gene SLC45A2 e associação com a cor da pele e ancestralidade genética africana em quilombos Brasileiros

Resende, Tatiana dos Anjos January 2013 (has links)
Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Animal, 2013. / Submitted by Alaíde Gonçalves dos Santos (alaide@unb.br) on 2014-04-23T10:58:58Z No. of bitstreams: 1 2013_TatianadosAnjosResende.pdf: 1725829 bytes, checksum: 5c1e54a67e72f3b8db90b0db3f10273c (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2014-04-23T13:30:22Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2013_TatianadosAnjosResende.pdf: 1725829 bytes, checksum: 5c1e54a67e72f3b8db90b0db3f10273c (MD5) / Made available in DSpace on 2014-04-23T13:30:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2013_TatianadosAnjosResende.pdf: 1725829 bytes, checksum: 5c1e54a67e72f3b8db90b0db3f10273c (MD5) / Variação em genes relacionados com características fenotípicas pode explicar a variabilidade da característica entre os indivíduos e entre populações. Nesse contexto, a variabilidade genética do gene SLC45A2 vem sendo estudada, visto que a proteína codificada aparentemente desempenha função relevante na síntese de melanina. Nesse trabalho foi avaliada a variação desse gene e a associação com cor da pele e ancestralidade genética africana em indivíduos de quilombos brasileiros: Kalunga, Mocambo, Rio das Rãs e Sacutiaba. Foram avaliadas seis SNPs: quatro em íntrons (rs732740, rs181832, rs3756462 e rs35394) e dois em éxons (rs26722 e rs16891982). Como resultado, foi observado que as populações compartilharam o alelo mais comum para todos os marcadores e não foi observado desequilíbrio de ligação entre os pares de loci. Kalunga e Rio das Rãs apresentaram a menor diferenciação populacional. Sacutiaba apresentou maior diferenciação populacional com todas as populações. Os haplótipos mais frequentes foram compartilhados entre as quatro populações. Foi observada diferença significativa quanto a classificação da cor da pele entre a população brasileira e o pool de indivíduos quilombolas, e entre as comunidades e as populações dos estados onde estas se localizam. A exceção observada foi Sacutiaba. Foi observada associação estatisticamente significativa entre a classificação fenotípica cor de pele negra e quatro dos marcadores analisados. Sugere-se que o genótipo CT, do marcador rs3756462, o alelo C e genótipo CC, dos rs26722 e rs16891982, e, por fim, o alelo T do rs35394, ocorram frequentemente em pele mais escura. Foi observada associação estatisticamente significativa entre o Índice de Ancestralidade Africana e o marcador rs16891982. Observou-se associação entre os haplótipos 6 e 12 e a estimativa baixa de ancestralidade africana, sugerindo que esses haplótipos sejam indicativos de cor de pele clara. _______________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Variation on genes related to phenotypic traits can explain the variability associated with such trait among individuals and populations. In this context, the genetic variability of the SLC45A2 gene has been studied, since the protein encoded by this gene is involved on melanin synthesis. This work aimed to evaluate variation in this gene, skin color and the African Ancestry Index (AAI) in four Brazilian afro-derived communities called quilombos: Kalunga, Mocambo, Rio das Rãs and Sacutiaba. Six SNPs were studied: four within introns (rs732740, rs181832, rs3756462 and rs35394) and two within exons (rs26722 e rs16891982). It was observed that all populations share the most frequent allele for all markers and all pairs of loci were in Hardy- Weinberg's Equilibrium. Kalunga and Rio das Ras showed little population differentiation. Sacutiaba showed great population diffferentiation when compared to every one of the other populations. The most frequent haplotypes were shared between all four populations. Significant differences were observed regarding skin-color assignment between Brazilian population and the quilombos, and also between these communities and urban populations surrounding them, except for Sacutiaba. There was significant association between black skin-color assignment and four of the studied SNPs. The results suggest that the genotypes CT (rs3756462), C allele and CC genotype (rs26722 and rs16891982) and T allele (rs35394) are most frequent in individuals with a darker shade of skin color. There was also association between AAI and the rs16891982 SNP. Also, haplotypes 6 and 12 are associated with low indices of AAI, suggesting that those haplotypes are indicatives of lighter shades of skin color.
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Evolução em populações ameríndias : aspectos estocásticos, adaptativos e culturais

Amorim, Carlos Eduardo Guerra January 2013 (has links)
Para o melhor entendimento da biologia de uma espécie ou população, faz-se necessária a análise detalhada das forças evolutivas que moldaram sua diversidade genética. Mecanismos evolutivos randômicos e direcionais devem ser entendidos separadamente e em sua interação para que uma interpretação mais acurada possa ser realizada. No que concerne a humanos, uma camada adicional de complexidade deve ser considerada: a cultura. No presente trabalho, aspectos da história evolutiva de populações nativas americanas são analisados levando em conta os efeitos da deriva genética, história demográfica e seleção natural sobre sua diversidade genética e estrutura de recombinação (desequilíbrio de ligação, DL). Adicionalmente, é realizada uma comparação direta entre a evolução cultural e a evolução biológica. O corpo principal da tese é composto por quatro artigos que visam de maneira geral ao entendimento desses fatores em populações humanas atuais, mas que, no contexto da presente tese, serão discutidos com foco nos ameríndios. Os resultados desses artigos podem ser resumidos como seguem: 1) Amorim et al. (2011) X-chromosomal genetic diversity and linkage disequilibrium patterns in Amerindians and non-Amerindian populations (Am J Hum Biol 23: 299-304). Os resultados deste trabalho revelam baixa diversidade genética no cromossomo X aliada à alta proporção de loci em DL em populações ameríndias, quando comparadas a grupos com ancestralidade genética distinta. A deriva genética seria o principal candidato a agente causal para o padrão observado. 2) Amorim et al. Detecting Genome-wide Signals of Human Adaptation to Tropical Forests in a Convergent Evolution Framework (manuscrito em preparação). Aqui analizaram-se SNPs distribuídos nos autossomos e no cromossomo X para a detecção de sinais de seleção positiva. Populações amazônicas e africanas vivendo na floresta tropical foram comparadas com outras que viviam em ambiente não-florestal. Os resultados apontam para a existência de seleção positiva especialmente sobre genes aparentemente relacionados à imunidade, fluxo de colesterol e altura corporal, entre outros. 3) Amorim et al., (2013) A Bayesian Approach to Genome/Linguistic Relationships in Native South Americans (PLoS ONE 8: e64099). Neste trabalho avaliou-se o ajuste de modelos demográficos, construídos a partir de classificações linguísticas, à diversidade genômica de populações da América do Sul. As análises revelam uma maior adequação da classificação proposta por Joseph Greenberg em 1987. De acordo com esse cenário, o ancestral comum dos principais grupos linguísticos da América do Sul teria uma idade de cerca de 3,1 mil anos e a separação mais recente entre esses grupos teria ocorrido há 2,8 mil anos, entre os Tupi e os Aruaque. Os resultados sugerem ainda que, neste contexto, línguas e genes apresentam taxa de evolução semelhante. 4) Amorim et al. Differing evolutionary histories of the ACTN3*R577X polymorphism among the major human geographic groups (manuscrito em preparação). Neste artigo a diversidade genética do gene ACTN3 e mais especificamente de sua variante funcional rs1815739 em populações ameríndias foi comparada às de outros continentes, revelando um cenário evolutivo que sugere que este gene foi alvo de seleção positiva no passado, mas atualmente o sinal desse processo foi apagado ou suavizado nas Américas. Esses resultados em conjunto sugerem que fatores biológicos seletivos e neutros foram ambos importantes durante o povoamento do Novo Mundo e destacam a importância de analisá-los em conjunto com características culturais, reconhecendo as peculiaridades de cada um e a interação entre eles. / For a better understanding of the biology of a species or population, it is necessary to analyze the forces that shaped its genetic diversity in detail. Neutral and selective evolutionary mechanisms should be interpreted independently and in their interaction for a better interpretation of facts. Regarding human evolution, an additional level of complexity should be considered: culture. In the present work, some aspects of the evolutionary history of Native American populations is considered in relation to the effects of genetic drift, demography, and natural selection upon their genetic diversity and recombination structure (linkage disequilibrium, LD). Additionally, a direct comparison between cultural and biological evolution is made. The nucleus of this Thesis is composed by four articles that aim at the understanding of the role of these factors in the evolution of extant human populations, but for the purposes of this Thesis they will be discussed with a main focus in Amerindians. The results of these articles can be briefly summarized as follows: 1) Amorim et al. (2011) X-chromosomal Genetic Diversity and Linkage Disequilibrium Patterns in Amerindians and non-Amerindian Populations (Am J Hum Biol 23: 299-304). The results of this work reveal low X-chromosomal genetic diversity and high proportion of loci in linkage disequilibrium when Amerindian populations were compared to other groups with a distinct genetic background. Genetic drift is the best candidate for generating the observed pattern. 2) Amorim et al. Detecting Genome-wide Signals of Human Adaptation to Tropical Forests in a Convergent Evolution Framework (manuscript in preparation). Here a positive selection analysis of autosomal and X-chromosomal SNPs was conducted. Amazonian and African tropical forest populations were compared to those living outside forests. The results suggest the action of positive selection especially upon genes related to immunity, cholesterol cellular flux and body height, among others. 3) Amorim et al., (2013) A Bayesian Approach to Genome/Linguistic Relationships in Native South Americans (PLoS ONE 8: e64099). In this work, we tested the fit of current genomic South Amerindian diversity to demographic models based on linguistic classifications. The analyses revealed a better fit of the classification proposed by Joseph Greenberg in 1987. According to this scenario, the common ancestor of the main South American linguistic groups would have an age of circa 3.1 thousand years before present (BP) and the most recent fission between these groups would be that of the Tupí and Arawakan at 2.8 thousand years BP. The results also suggest that, in this context, language and genes evolve at a similar pace. 4) Amorim et al. Differing evolutionary histories of the ACTN3*R577X polymorphism among the major human geographic groups (manuscript in preparation). The genetic diversity of the ACTN3 gene, and more specifically of its functional variant rs1815739 in Amerindian populations was compared to these of other continents, revealing an evolutionary scenario that suggests that this gene might have been a target of positive selection in the past; currently however, the signal of this process was erased or smoothed in the Americas. These results suggest that selective and neutral biological evolutionary factors were important during the settlement of the New World and highlight the importance of analyzing them together with cultural characteristics, considering their peculiarities and the interaction between them.
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Variação populacional de Alitta succinea (leuckart,1847) com base nas paragnatas e marcadores moleculares issr, ao longo da costa brasileira

Clímaco, Cristiana Sette Santos 31 January 2013 (has links)
Submitted by Luiz Felipe Barbosa (luiz.fbabreu2@ufpe.br) on 2015-04-17T13:12:19Z No. of bitstreams: 2 Dissertaçao CRISTIANA SETTE.pdf: 1397458 bytes, checksum: ad1b87ae47b4e7306d6d8d68dc862e23 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-04-17T13:12:19Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertaçao CRISTIANA SETTE.pdf: 1397458 bytes, checksum: ad1b87ae47b4e7306d6d8d68dc862e23 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2013 / CNPq/FAPESB / Alitta succinea tem uma distribuição considerada cosmopolita e é comum em habitats marinhos, tropicais e temperados. É provável que seja nativa da ecorregião do Mar do Norte. Atualmente, os Estados Unidos, Austrália, Colômbia e Brasil são os únicos países que consideram Alitta succinea como invasora devido aos seus impactos potenciais. Meios de introdução comuns desta espécie incluem invasão através da água de lastro dos navios e também como devido à sua incrustação, em cascos das embarcações, além de também ser resultante da atividade de maricultura. Os objetivos deste estudo foram: avaliar a variação morfológica perante a análise merística das paragnatas de Alitta succinea das populações do Pará, Pernambuco, Bahia, Rio de Janeiro e Paraná e também avaliar a diversidade genética dessas populações, perante uso de marcador molecular ISSR. Exemplares de Alitta succinea foram coletados em cinco pontos do litoral brasileiro. Houve corroboração entre grande parte dos dados obtidos pelas análises merísticas das paragnatas de Alitta succinea (Análise de cluster, MDS) e das análises moleculares (Topologias de Neighbor-Joining, Máxima Parcimônia e Estruturação Bayesiana) indicando a divergência entre as populações e a presença de dois grupos geográficos distintos, um composto pela população do Pará, Pernambuco e Bahia e outro composto pela população do Rio de Janeiro e Paraná. O conjunto de dados aqui obtidos sugere a direta associação dos grupos genético-evolutivos com a presença de duas grandes barreiras biogeográficas que afetam o transporte de ovos, larvas ou indivíduos de A. succinea no seu processo de dispersão: a Cadeia Submarina de Vitória-Trindade e o fenômeno de Ressurgência de Arraial do Cabo.
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Variabilidade genetica em litorinideos (gastropoda: mollusca) da costa brasileira

Andrade, Sonia Cristina da Silva 27 July 2018 (has links)
Orientador: Vera Nisaka Solferini / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-27T02:12:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Andrade_SoniaCristinadaSilva_M.pdf: 4815593 bytes, checksum: 7d1d9ae004d8227edcdd9b0448c2004e (MD5) Previous issue date: 2000 / Mestrado
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Caracterização da variabilidade da mosca do berne Dermatobia hominis (Diptera : oestridae) atraves de dois marcadores moleculares

Lemos, Taila Andrade 19 May 2000 (has links)
Orientador : Ana Maria Lima de Azeredo-Espin / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-02T14:54:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Lemos_TailaAndrade_M.pdf: 3951909 bytes, checksum: 3f2ba88513abb52f3e6defc4445d311f (MD5) Previous issue date: 2000 / Resuimo: Dermatobia hominis (Linnaus Jr.) conhecida popularmente como mosca do berne. É uma das principais causadoras de miíase primária em vertebrados. sendo uma das principais pragas da pecuária nacional. causando grandes prejuízos à industria coureira. laticínios e frigoríficos. A mosca do berne apresenta uma biologia interessante e ciclo de vida bastante peculiar. o que dificuta a observação da espécie na natureza e a manutenção desta em laboratório. Por estes motivos. a caracterização da variabilidade genética e da estrutura populacional são importantes ferramentas na compreensão da evolução de D. hominis. Para este fim. foram utilizadas as técnicas de RAPD, com seis populações, e de RFLP do DNA mitocondrial, com doze populações. Os resultados foram comparados entre si e com estudos anteriores. Além disso, foram comparadas diferentes abordagens que podem ser aplicadas aos dados obtidos com RAPD. Os resultados de RAPD e RFLP do DNA mitocondrial sugerem que a espécie comporta-se como uma metapopulação. na qual as populações são altamente variáveis e apresentam fluxo gênico entre si. Quanto às diferentes abordagens aplicáveis aos dados de RAPD foi observado que as medidas de Dice e Jaccard, calculadas a partir da matriz completa. e a distância de Nei (1972) calculada com as modificações de Lynch & Milligan (1994), foram as mais adequadas ao estudo da variabilidade de D. hominis. Com o uso do RFLP do mtDNA foram detectados setenta e dois baplótipos, o que denota alta variabilidade para a espécie / Abstract: Dermatobia hominis (Linnaus Jr.), the human bot fly, is one of the most important agent of primary myiases in vertebrates and one of the most important pests of the national cattle breeding and causes large losses in the industry of leather, milk and meat. The bot fly has an interesting biology and a very peculiar life cycle. These facts make difficult to observe the specie in nature and to breed it in laboratory. Due to these reasons, the characterization of the genetic variability and structure are important tools in the understanding of the D. hominis evolution. Techniques based on RAPD, with six populations, and RFLP of mitochondrial DNA, with twelve populations were applied for this purpose. Estimates of several biometrical procedures applied to the data were compared. Comparisons were also made with results of previous studies. Different approaches for analyzing RAPD data were also compared. The results of RAPD and mtDNA suggest that the specie behave as a metapopulation whose populations are variable and present gene flow among themselves. Results of different methods based on RAPD indicated that the Dice and Jaccard measures, calculated :from the complete matrix of data, and of Nei distances (1972) with the modifications of Lynch & Milligan (1994) were more adequate for the study of the variability of D. hominis. With the use of rntDNA RFLP, seventy-two haplotypes were detected, indicating high variability for this specie / Mestrado / Genetica Animal e Evolução / Mestre em Genética e Biologia Molecular
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Analise molecular do gene RHCE e suas variantes na população brasileira

Ribeiro, Karina Antero Rosa 18 April 2005 (has links)
Orientador: Lilian Maria de Castilho / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-04T10:40:59Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Ribeiro_KarinaAnteroRosa_M.pdf: 9556135 bytes, checksum: c5c2410984bcb33910ac159609eec0d7 (MD5) Previous issue date: 2005 / Resumo: O sistema Rh representa atualmente um dos sistemas de grupos sangüíneos de maior interesse devido a sua importância na clínica transfusional e na medicina materno-feta!. Os antígenos do sistema Rh são codificados por dois genes altamente homólogos, RHD que produz o antígeno D e o gene RHCE (alelos RH Ce, RH cE, RH ce e RH CE), que produz dois pares de antígenos antitéticos, C/c e Ele. Variantes que apresentam expressão parcial ou ausência total dos produtos do gene RHCE são relativamente freqüentes e suas bases moleculares têm sido motivo de diversas pesquisas, pois permitem correlacionar os genótipos com os fenótipos e esclarecer a perda de expressão de alguns antígenos Rh comuns, aumentando assim a segurança transfusional de pacientes politransfundidos e facilitando a seleção adequada de sangue a ser transfundido. Até o momento, poucos estudos moleculares das variantes deste gene foram realizados na população brasileira, o que tem dificultado a elaboração de protocolos de genotipagem seguros para aplicação na clínica transfusional e materno-feta!. Baseados nestas informações, nossos objetivos foram: estabelecer protocolos eficientes de genotipagem RHCE na população brasileira; calcular as freqüências gênicas (porcentagem de ocorrência) e as taxas de combinações alélicas dosalelos RHCE em nossa população e caracterizar molecularmente variantes do gene RHCE responsáveis por alterações na expressão dos antígenos Rh. Foram estudadas 358 amostras de sangue de doadores voluntários, 5 amostras de sangue de uma família portadora do fenótipo Rhnull e 2 amostras de sangue de indivíduos portadores da rara variante do gene Rhce denominada JAL. A genotipagem RH Cc foi realizada através de duas técnicas de PCR: uma técnica de PCR-RFLP, onde o índice de discrepância entre os resultados da fenotipagem e genotipagem foi de 26% e uma técnica de PCR-ASP, onde a discrepância entre os resultados da fenotipagem e genotipagem foi de 0,28%. A discrepância observada na técnica de PCR-ASP ocorreu em virtude da presença da variante híbrida RHD (D-CE-D) denominada r's, responsável pela fraca expressão do antígeno RH C em indivíduos de origem Africana. A genotipagem RH Ee foi realizada através de uma técnica de PCR-RFLP em todas as amostras de sangue dos doadores e apresentou apenas 1 discrepância (0,28%) em relação ao resultado da fenotipagem. A análise molecular desta amostra discrepante evidenciou a presença da mutação da mutação 48G>C no exon 1 e das mutações G667T e 733G no exon 5 do gene RHce, responsáveis pela diminuição da expressão do antígeno Rhe, caracterizando assim a discrepância observada. As freqüências do gene RHCE observadas em nosso estudo variaram entre as diferentes populações analisadas, sugerindo assim o processo de miscigenação ocorrido na nossa população. Os indivíduos portadores da rara variante JAL foram fenotipados como VS-V+ JAL+. O seqüênciamento direto dos 10 exons do gene RHCE em ambas as amostras identificou as mutações C733G (L245V) no exon 5 responsável pelo antígeno VS, e a mutação A1060C (N354A) no exon 7 que silencia o alelo VS, ambas em heterozigose. As amostras de sangue da família Rhnullforam fenotipadas, submetidas a análises de expressão dos antígenos Rh (citometria de fluxo), genotipadas, clonadas e seqüenciadas para os 10 exons do gene RHce. Os propósitos RhnUIaIpresentaram ausência na expressão dos antígenos Rh, o que caracterizou o fenótipo como Rhnull tipo amorfo. A genotipagem Rh revelou um gene RHD deletado e o genótipo RHce. O seqüênciamento do gene RHce identificou a deleção de um nucleotídeo entre os nucleotídeos 960 e 963 do exon 7, o que gerou um stop codon prematuro e a produção de uma proteína RHce truncada, responsável pelo fenótipo Rhnulldo tipo amorfo nestes indivíduos / Abstract: Rh is a highly complex red cell blood group system, consisting of 48 antigens. The RH locus is composed of two highly homologous genes, the RHD gene, which encodes for the D protein and the RHCE alleles have been characterized: ce, Ce, CE and cE. Six nucleotide (nt) substitutions within exons 1 and 2 have been reported to determine C/c polymorphism at caused by a single nt substitution (C/G), resulting in a Pro/Ala amino acid exchange at position 226. a plethora of RHCE variants have been identified at molecular level, although the requirements for expression of the RhCE antigens are not fully understood. There are few studies of the RHCE gene and these variants in the Brazilian population and little is known about them in such population. Based on this knowledge, the purpose of this study was to investigate the presence of the RHCE alleles and their frequencies, to establish protocols for RHCE genotyping andT to identify at molecular level RHCE variants responsible for weak expression of the RhCE antigens in the Brazilian population. Blood and DNA sample from 358 blood donors were tested for RH Cc by two different techniques (one multiplex PCR one PCR-RFLP) and for RH Ee for a PCR-RFLP technique... Note: The complete abstract is available with the full electronic digital thesis or dissertations / Mestrado / Ciencias Basicas / Mestre em Clinica Medica
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Estudo populacional de angulo CE de Wiberg e sua aplicação na pesquisa genetica da luxação congenita de quadril

Laredo Filho, Jose 16 July 2018 (has links)
Tese (livre-docencia) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-07-16T11:34:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 LaredoFilho_Jose_LD.pdf: 4128125 bytes, checksum: 9ae57d4ab4fa29c1a62c3d2bc372ef39 (MD5) Previous issue date: 1985 / Resumo: Não informado. / Abstract: Not informed. / Tese (livre-docencia) - Univer / Livre-docente em Ciencias Medicas

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