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O impacto das migrações na constituição genética de populações latino-americanas

Godinho, Neide Maria de Oliveira January 2008 (has links)
Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Animal, 2008. / Submitted by wesley oliveira leite (leite.wesley@yahoo.com.br) on 2009-09-18T13:47:25Z No. of bitstreams: 1 2008_NeideMOGodinho.pdf: 1056735 bytes, checksum: 8eb44435455f25aa09a8943c3a2d8b8b (MD5) / Approved for entry into archive by Gomes Neide(nagomes2005@gmail.com) on 2010-09-30T14:34:07Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2008_NeideMOGodinho.pdf: 1056735 bytes, checksum: 8eb44435455f25aa09a8943c3a2d8b8b (MD5) / Made available in DSpace on 2010-09-30T14:34:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2008_NeideMOGodinho.pdf: 1056735 bytes, checksum: 8eb44435455f25aa09a8943c3a2d8b8b (MD5) Previous issue date: 2008 / A América Latina tem sido palco de grandes transformações populacionais, sendo hoje caracterizada por ter uma constituição multiétnica, porém com maior influência de três populações parentais - européia, africana e ameríndia. Apesar das similaridades, cada país latino-americano apresentou uma história de povoamento singular, já que ocorreram variações na distribuição das populações parentais e na quantidade de fluxo gênico entre elas. Esse trabalho teve por objetivo avaliar a constituição genética de populações miscigenadas da América Latina e Caribe e a estruturação genética entre elas. Para tanto, foram considerados quatro conjuntos populacionais e dois conjuntos de marcadores. Primeiro, foram analisados treze países da América Latina e Caribe (Argentina, Bahamas, Brasil, Chile, Colômbia, Costa Rica, El Salvador, Equador, Jamaica, México, Peru, Porto Rico e Venezuela), utilizando marcadores do tipo STRs (CSF1PO, D3S1358, D5S818, D7S820, D8S1179, D13S317, D16S539, D18S51, D21S11, FGA, TH01, TPOX e vWA). Em um segundo momento, foram avaliadas as diferenças entre as regiões geográficas de três países da América do Sul (Argentina, Brasil e Colômbia) utilizando os mesmos marcadores. Para uma análise mais regional, populações urbanas da região centro-oeste brasileira foram analisadas utilizando os mesmo marcadores anteriores adicionados do Penta E. O povoamento da região centrooeste foi também avaliado pela comparação de duas populações da região – Goiás e Distrito Federal – utilizando marcadores AIMs autossômicos - APO, AT3, D1, DRD2- A, ECA, FXIIIB, FyNull, GC, LPL, OCA2, PV92, Rb2300, Sb19.3 e TPA25. As análises de distância genética entre as populações latino-americanas e entre as regiões dos três países mostraram um quadro bastante heterogêneo quanto à distribuição das freqüências alélicas dos marcadores utilizados. A análise de mistura corroborou os dados de distância, sendo que a contribuição parental ameríndia variou de 5% a 73%, a africana de 4% a 90% e a européia de 4% a 66%. Com relação à análise das populações da região centro-oeste do Brasil, não foi observado diferenciação entre a distribuição gênica e genotípica, provavelmente devido ao intenso fluxo gênico entre elas. A mistura gênica estimada, considerando os marcadores microssatélites, foi de 11% para a parental ameríndia, 21% para a parental africana e de 68% para a parental européia. Os resultados obtidos com os marcadores AIMs foi de 15%, 21% e 63%, respectivamente. A maioria das populações analisadas apresentou modelo tri-híbrido de mistura. Esses resultados são concordantes com dados históricos e demográficos das populações latino-americanas. ____________________________________________________________________________ ABSTRACT / The Latin American population has been under great transformations and today it can be characterized as having a multiethnic constitution, however with three main parental populations influence - European, African and Amerindian. Despite their similarities, each country has a unique history of settlement, since there have been variations in the distribution of the parental populations and in the amount of gene flow between them. This study aimed to evaluate the genetic constitution in Latin American and Caribbean populations and the genetic structure between them. For that matter, four groups of populations and two sets of markers were employed. First, thirteen countries of Latin America and Caribbean (Argentina, Bahamas, Brazil, Chile, Colombia, Costa Rica, El Salvador, Ecuador, Jamaica, Mexico, Peru, Puerto Rico and Venezuela), were analyzed with STR markers (CSF1PO, D3S1358, D5S818, D7S820, D8S1179, D13S317, D16S539, D18S51, D21S11, FGA, TH01, TPOX and vWA). In a second moment, the differences between the geographic regions of three South-American countries were evaluated (Argentina, Brazil and Colombia) using the same markers. Next, for a more regional analysis, urban populations from Brazilian Middle-Western region were studied using the same markers listed above and Penta E. The settlement of the Brazilian Middle-Western region was also evaluated regarding the comparison of two populations of this region - Goiás and Federal District - using autosomic AIMs - APO, AT3, D1, DRD2-A, ECA, FXIIIB, FyNull, GC, LPL, OCA2, PV92, Rb2300, SB19.3 and TPA25. The analyses of the genetic distance between the Latin American populations and between the regions of the three countries had shown a heterogeneous picture of the distribution of the allelic frequencies. The admixture analysis corroborated the genetic distance data, with the Amerindian parental contribution presenting variations ranging from 5 to 73%, the African from 4 to 90% and the European from 4 to 66%. Regarding the analysis of the populations of the Brazilian Middle-Western region, differentiation between the genetic and genotypic distribution was not observed, probably due the intense gene flow between them. The genetic admixture estimate, considering the STRs markers, was 11% for the Amerindian parental, 21% for the African parental and 68% for the European parental. The results generated with the AIMs were 15%, 21% and 63%, respectively. The majority of the analyzed populations are tri-hybrid, having been formed by three parental groups. These results agree with historical and demographic data of the Latin American populations.
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Composição genética de duas populações afro-derivadas brasileiras inferida a partir de marcadores informativos de ancestralidade

Gontijo, Carolina Carvalho 29 May 2008 (has links)
Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Animal, 2008. / Submitted by Kathryn Cardim Araujo (kathryn.cardim@gmail.com) on 2009-09-22T11:44:22Z No. of bitstreams: 1 2008_CarolinaCarvalhoGontijo.pdf: 2185446 bytes, checksum: e129a07919bdf257cce4b57b4f01c19c (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2010-06-29T12:39:10Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2008_CarolinaCarvalhoGontijo.pdf: 2185446 bytes, checksum: e129a07919bdf257cce4b57b4f01c19c (MD5) / Made available in DSpace on 2010-06-29T12:39:10Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2008_CarolinaCarvalhoGontijo.pdf: 2185446 bytes, checksum: e129a07919bdf257cce4b57b4f01c19c (MD5) Previous issue date: 2008-05-29 / No Brasil, uma das principais formas de resistência à escravidão pelos escravos de ancestralidade africana foi a fuga e concentração em locais de difícil acesso, formando comunidades quilombolas. Hoje, remanescentes de quilombo, originados ou não dos antigos quilombos, se distribuem por todo o país. De forma geral, essas comunidades apresentam em sua composição genética grande contribuição africana, seguida, em graus variados, das contribuições ameríndia e européia. No presente trabalho, duas comunidades afro-derivadas, Santo Antônio do Guaporé (SAG) em Rondônia e Santiago do Iguape (STI) na Bahia, foram analisadas quanto a 13 marcadores informativos de ancestralidade – AIMs, i.e.: marcadores que apresentam diferenciais de freqüência maiores que 30% entre grupos definidos geográfica ou etnicamente. Os dados gerados foram utilizados para descrever SAG e STI quanto à adequação da distribuição genotípica ao Equilíbrio de Hardy-Weinberg, deficiência e excesso de heterozigotos, desequilíbrio de ligação e mistura; e para compará-las a outras populações urbanas e afro-derivadas. Os resultados indicaram que as duas populações, embora apresentem semelhanças, como a alta contribuição do grupo parental ameríndio em suas composições genéticas (37% em SAG e 56% em STI), apresentam diferenças significativas quando comparadas entre si pelo teste Exato de Fisher para diferenciação gênica e genotípica e pela estimativa de Fst. SAG e STI são também diferentes da população do Distrito Federal, com quem foram comparadas pelos mesmos testes. As análises de componente principal mostraram que as duas populações analisadas posicionam-se entre as parentais africana e ameríndia, o que vai ao encontro das estimativas de mistura. Em suma, as duas população aqui averiguadas apresentam alta contribuição africana e ameríndia, como outros remanescentes do país, mas se distinguem em decorrência dos inúmeros fatores associados a suas diferentes histórias. ___________________________________________________________________________________ ABSTRACT / In Brazil, many African descendant slaves avoided slavery by running away and hiding in communities called quilombos. Nowadays, quilombo remnants, either originated from old quilombos or defined by anthropological traces, are spread across the whole country. The present work analyzed 13 ancestry informative markers (AIMs) in order to detect the amount of contribution from the parental populations (Amerindians, Africans and Europeans) in the constitution of two afro-derived communities (Santo Antônio do Guaporé – SAG and Santiago do Iguape – STI). AIMs are markers whose frequencies differ by more than 30% between groups defined by ethnicity or geography. Statistical analysis such as genic and genotipic differentiation, F statistics and principal component analysis (PCA) were performed to compare SAG and STI to one another and to other Brazilian populations, manly to Distrito Federal (DF). Our results pointed out that SAG and STI, despite their high Amerindian contributions (37% and 56%, respectively), are significantly different from each other and from DF, according to the Fisher Exact Test for genic and genotipic differentiation and by Fst estimates. In PCA analysis, both populations were located between the African and Amerindian parental groups, matching the admixture estimates. In summary, SAG and STI showed high African and Amerindian contributions, like other Brazilian afro-derived populations, but are different from each other in their genetic constitutions as a consequence of their different histories.
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Freqüências de variantes alélicas de genes ligados ao sistema imunológico em uma população de indivíduos de origem japonesa no sul do Brasil

Michels, Maísa January 2003 (has links)
As freqüências de variantes alélicas de diferentes genes envolvidos no desenvolvimento da resposta imune foram analisadas em uma população de origem japonesa do sul do Brasil (n=119). Polimorfismos bialélicos dos genes CCR5, TNFR-II e IL-10, e dos segmentos gênicos TCRBV3S1, TCRBV13S5 e TCRBV18 foram analisados por PCR-RFLP. As freqüências alélicas foram determinadas e comparadas com as freqüências encontradas em outros grupos étnicos (caucasóides e afro-brasileiros). Nós observamos a ausência do alelo CCR5D32 na população testada. Os polimorfismos dos segmentos gênicos TCRBV3S1 e TCRBV13S5, e do gene IL-10 apresentaram freqüências alélicas significativamente diferentes das freqüências observadas em caucasóides e afro-brasileiros. O polimorfismo do segmento gênico TCRBV18 apresentou freqüências alélicas estatisticamente diferentes de caucasóides. Além disso, a comparação de duas sub-populações (definidas em nossa amostra de acordo com a origem geográfica no Japão) indicou diferenças entre as freqüências alélicas dos polimorfismos gênicos de TCRBV18 e IL-10 das mesmas. Esses dados indicam a existência de diferentes padrões imunogenéticos entre diferentes grupos étnicos. Outros polimorfismos SNPs de genes ligados ao sistema imune serão testados e comparados em nosso laboratório, utilizando as mesmas populações.
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Estrutura e composição de assembleias de aranhas em manchas de vegetação na porção austral da Mata Atlântica

Baldissera, Ronei January 2012 (has links)
A fragmentação de hábitats é um dos fatores mais importantes que afetam a biodiversidade em nível mundial. Os estudos da fragmentação, nos seus inícios, baseavam-se nas premissas e predições da Teoria de Biogeografia de Ilhas, a qual procura explicar a diversidade em ilhas oceânicas pelo balanço de colonizações e extinções baseadas nos seus tamanhos e isolamentos. A partir do início do século, houve o desenvolvimento do conceito de metacomunidades, juntamente com um olhar sobre o mosaico de manchas na paisagem, como um conjunto de comunidades locais ligadas pela dispersão de espécies que tem o potencial de interagir. Esse conceito expande a visão da ecologia de comunidades do nível local para diferentes escalas e considera, simplificadamente, que existem quatro tipos de metacomunidades: dinâmica de manchas, seleção de espécies, efeito de massa e neutralidade. Esses quatro modelos assumem diferenças na resposta dos atributos funcionais das espécies, desde a equivalência ecológica até forte capacidade competitiva. Esta tese teve como objetivo geral “avaliar a resposta da diversidade de espécies, de características comportamentais de seleção de habitat e da composição de espécies de assembleias de aranhas em manchas de vegetações florestais e experimentais a fatores ambientais e espaciais”. Os objetivos específicos foram: 1) Analisar a influência relativa de variáveis ambientais e espaciais nos padrões de variação da composição de espécies de aranhas de teia entre remanescentes florestais da Mata Atlântica no sul do Brasil. 2) Avaliar o padrão de seleção de microhabitats de aranhas de teia em remanescentes de Mata Atlântica no sul do Brasil e sua relação com variáveis ambientais. 3) Acessar os padrões de variação nas taxas de colonização da comunidade de aranhas em relação à manipulação da área e da diversidade de habitats em manchas de vegetação em uma paisagem experimental. As coletas de dados em campo foram realizadas em remanescentes florestais de Mata Atlântica no município de Torres, RS e em uma paisagem experimental com manchas de vegetação inseridas em uma matriz campestre na mesma localidade. Em uma paisagem de aproximadamente 26 km2 foram selecionados 16 remanescentes florestais. Foram realizadas amostragens proporcionais aos tamanhos dos remanescentes. Coletas manuais de aranhas de teia foram feitas em parcelas de 12 × 2 × 2 m, e também foram realizadas medidas de utilização de habitat de cada indivíduo coletado entre março e agosto de 2009. Adicionalmente, foram realizadas medidas da estrutura da vegeatação de cada mancha. A área, isolamento e forma dos remanescentes foram calculados a partir de um arquivo shape em software ArcView 3.0. A paisagem experimental foi formada com cinco blocos contendo quatro manchas de vegetação. Para cada mancha, foram aleatorizados dois níveis de dois tratamentos: tamanho (grande e pequeno) e diversidade de habitats (mais e menos diverso). As manchas consistiram em grupos de mudas de três espécies lenhosas nativas e uma espécie artificial. Foram realizados censos, com frequência média de 28,2 dias, ao longo de oito intervalos de tempos de todas as aranhas encontradas nas manchas. A amostragem nos remanescentes coletou 3852 aranhas de teia, distribuídos nas famílias Araneidae (N = 588), Hahniidae (9), Linyphiidae (39), Mysmenidae (4), Nephilidae (2), Tetragnathidae (1647), Theridiidae (1027) e Uloboridae (838). A abundância de adultos foi de 254 indivíduos, identificados em 55 espécies. A riqueza rarefeita e a abundância de aranhas de teia não responderam significativamente às variáveis ambientais (vegetação e paisagem). Nenhum modelo de relação espécies-área foi significativo para a metacomunidade. Três variáveis ambientais e duas variáveis espaciais influenciaram a diversidade beta de aranhas de teia nos remanescentes. Em torno de 15% da variação (valor de R ajustado) na diversidade beta foi explicada pela combinação de variáveis ambientais e espaciais. A maior parte dessa variação (12%) correspondeu à variação ambiental e a variação ambiental espacialmente estruturada. Duas variáveis de seleção de hábitat maximizaram a divergência e uma variável maximizou a convergência para o padrão de montagem da metacomunidade ao longo do gradiente ambiental. Os valores de entropia quadrática de Rao (divergência) aumentaram ao longo das comunidades locais associados com o aumento da diversidade de uso das manchas nos entornos dos fragmentos. A utilização de ramos de trepadeiras pelas aranhas de teia foi negativamente correlacionada com a quantidade de arbustos nos fragmentos. O tamanho e a diversidade de manchas de vegetação não influenciaram nas taxas de colonização. Apesar disso, houve diferenças significativas nas composições das comunidades ao longo do tempo. A riqueza e a abundância de adultos variaram temporalmente, mas não houve efeitos significativos dos tratamentos. A abundância total foi maior em manchas maiores e manchas menos diversas. Pode-se inferir que a metacomunidade em nível de paisagem não é limitada pela dispersão (isso foi corroborado no experimento manipulativo). Dessa forma, o que influencia a chegada em uma mancha, em nível regional, é a amostragem passiva, que determina um filtro para manchas irregulares (menos impactadas) com sub-bosque denso e o tamanho da mancha na menor escala (experimental). Uma vez em um remanescente florestal (comunidade local), a escolha que as espécies fazem das estruturas de habitat para fixação das teias determina se a convergência ou divergência de estruturas vegetais de fixação das teias. No primeiro caso, as espécies escolhem as mesmas estruturas vegetais: ramos de trepadeiras em remanescentes com poucos arbustos, ou seja, seus requerimentos ecológicos são semelhantes e não parece haver pressão de competição nesse caso. No segundo caso, as espécies que chegam no interior de manchas com entornos mais diversos apresentam maior divergência no uso das estruturas vegetais de folhas e ramos de arbustos. Quanto mais diverso o entorno das manchas, menor parece ser a pressão de competição pelas estruturas vegetais entre aranhas. / Habitat fragmentation is one of the major causes of biodiversity loss. Fragmentation studies, in the beginnings, based on assumptions and predictions of the Island Biogeography Theory, which explains the diversity in oceanic islands by the balance between colonizations and extinctions linked to size and distance from mainland. From the beginning of the century, the metacommunity concept was developed, allied with the landscape patch mosaic. The metacommunity is a set of local communities bounded by dispersion of potential competitor species. This concepto expands the vision of community ecology from local level to other scales and considers the existence of four types of metacommunities: patch dynamics, species sorting, mass effect and neutral. These models have different assumptions regarding the responses of functional traits of species, from ecological equivalence to strong competition. This thesis aimed to “evaluate the response of species diversity, habitat selection decisions and species composition of spider assemblages at patches of forest vegetation and experimental patches to environmental and spatial descriptors”. Specific objectives were: 1) Analyze the relative influence of environmental and spatial variables on the patterns of variation of web spider composition among remnants of Atlantic Forest in a fragmented landscape in southern Brazil. 2) Evaluate microhabitat selection convergence and divergence of web spiders in Atlantic forest patches in relation to two between-patch and one within-patch environmental gradients. 3) Examine the rates of colonization, immigration activity (abundance), richness, and composition of foliage dwelling spiders. Mensurative experiment was done at 16 remnants of Atlantic Forest in Torres, RS. Manual collections of web spiders were done in 12 × 2 × 2 m plots. Habitat selection variables were measured for each individual spider in the field. Additionally, measures of the vegetation structure of the understorys and patch vegetation were done. The patch areas, isolations and shapes were calculated from a shape file in ArcView 3.0. Manipulative experiment was performed at an experimental landscape made of vegetation patches inserted in a grassland matrix. The experimental landscape was composed of five blocks each one containing four patches of vegetation. Two treatment levels were randomly assigned to the patches: size (big and small) and diversity (more and less). The patches consisted of sets of seedlings of three native plants and one artificial seedling. All spiders colonizing the patches were collected along eight time periods (mean 28.2 days). It was collected 3852 spiders in the forest remnants, distributed in the families Araneidae (N = 588), Hahniidae (9), Linyphiidae (39), Mysmenidae (4), Nephilidae (2), Tetragnathidae (1647), Theridiidae (1027) e Uloboridae (838). A total of 254 adult spiders were identified and sorted in 55 species. The rarefied richness and the abundance of web spiders did not respond to environmental variables (between-patch and within-patch). There was no species-area relationship. Three environmental variables and two spatial variables influenced the beta diversity of web spiders in the remnants. Roughly 15% of beta diversity variation was due to a combination of environmental and spatial variables. The greater part of this variation corresponded to the environment control. Two microhabitat selection structures maximized the assembly divergence, and one maximized the assembly convergence of the metacommunities associated to an environmental gradient. The Rao‟s quadratic entropy (divergence) based on bush/tree leaves and twigs microhabitat selection, increased from local communities in patches with pasture surroundings to local communities with more diverse surroundings. The selection of vine twigs by web spiders was associated to less dense understorys. The size and diversity of experimental vegetation patches did not influence the spider colonization rates. However, the composition of spider communities varied among the time periods of the experiment, but there was no influence of size and diversity. There was a temporal effect on the variation of richness and adult abundance of spiders. On the other hand, the total abundance was higher in bigger patches, and in less diverse patches. We may infer that the metacommunity at the regional level was not limited by dispersion (it was corroborated by the mesoscale manipulative experiment). In that sense, more irregular remnants with dense understorys passively sample the dispersers at regional level. Once a spider reach a remnant (local community), the choice it makes on to use the habitat structures determines whether it will result in convergence or divergence of microhabitat selection variables. In the first case, the species chose the same vegetal structures (similar ecological requirements): vine twigs. The competition does not seem to be important. In the second case, the species showing divergence on the use of bush/tree leaves and twigs arrive at remnant interiors of patches with more diverse surroundings. In this case, more competition for these vegetal structures seems to happen between web spiders.
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Análise de parentesco em três subpopulações de Ctenomys lami (Rodentia-Ctenomyidae) através de marcadores de microssatélites

Matte, Eunice Moara January 2006 (has links)
Ctenomys lami é um roedor fossorial endêmico de uma região da Planície Costeira do Rio Grande do Sul, Brasil, conhecida como Coxilha das Lombas. Pouco se sabe, ainda, sobre a ecologia, comportamento e genética dessa espécie que foi descrita por Freitas (2001), considerando que esses conhecimentos são fundamentais no entendimento dos intrincados padrões evolutivos da mesma e principalmente do gênero do qual faz parte, tendo em vista que é um dos com maior diversidade de espécies entre os mamíferos. Além da importância na resolução de questões evolutivas, conhecimentos gerais sobre a espécie são necessários para o desevolvimento de planos de conservação e preservação. Este trabalho teve como objetivo identificar relações genéticas dentro e entre três possíveis subpopulações de C. lami através da análise do fluxo gênico (Fst, Fis, rst, Nm), de informações gerais como PIC (Conteúdo de Informação Polimórfica), média de alelos por locus, heterozigosidade, deficiência de heterozigotos e das relações de paternidade e parentesco. Para isso foram utilizados 89 indivíduos da população (subpopulação A: n=19; B: n=37; C: n=33) de uma área localizada na região de Itapuã, mais exatamente na borda leste da Lagoa Negra (S 30°21'35,6''/WO 51°00'32,9''), município de Viamão, RS. Para executar a análise genética foram utilizados marcadores de microssatélites descritos para espécies cogenéricas - Soc1, Soc2, Soc3, Soc4, Soc5, Soc6, Soc7 e Soc 8 desenvolvidas a partir de C. sociabilis e Hai2, Hai3, Hai4, Hai5 e Hai12 de C. haigi por Lacey (1999; 2001). Os resultados identificam que há um grande fluxo gênico, demonstrando assim, que não há uma subdivisão significativa entre as subpopulações sugeridas, mas também demonstram que parece haver uma estruturação incipiente, onde a distância e a baixa mobilidade dos indivíduos têm papel fundamental. A verificação da estrutura populacional através da análise de paternidade e parentesco indicou que a baixa variabilidade dos loci estudados impede uma definição real de paternidade e não oferecem dados suficientes para definir estruturação e comportamento dessa espécie. Sugere-se que essa baixa variabilidade seja resultado de um Efeito Fundador ocorrido recentemente na população. / Ctenomys lami was recently described by Freitas (2001) as a fossorial rodent, living only in Coxilha das Lombas, a region of the Coastal Plain of Rio Grande do Sul. The ecology, behavior and genetics of this species are not well known, although such knowledge is essential for understanding the intricate evolution patterns of this species as well as of the genus, which is one with the highest diversity among the mammals. Besides the importance of clarifying the evolution questions, general knowledge about this species is needed for developing conservation strategies. This work has the goal of identifying genetic relationships within and between three possible subpopulations of C. lami through the analysis of (i) genetic flow (Fst, Fis, rst, Nm), (ii) general information like PIC (Polymophic Information Content), allele mean per locus, heterozigosity, heterozygote deficiency and (iii) relatedness among individuals. Eighty-nine individuals from a population (subpopulation A: n=19; B: n=37; C: n=33) were analyzed in the area located in the region known as Itapuã, at the east banks of Lagoa Negra (S 30°21'35,6''/WO 51°00'32,9''), in Viamão, RS. To execute the genetic analysis, we used microsatellite markers described to cogeneric species (Hai2, Hai3, Hai4, Hai5 e Hai12, developed from C. haigi; and Soc1, Soc2, Soc3, Soc4, Soc5, Soc6, Soc7 e Soc 8, from C. sociabilis) by Lacey (1999; 2001). Results showed that there is high gene flow, and thus the three suggested sub-populations are not significantly divided. However, the population is not structured and the distance and low motility of individuals play an important role in this situation. When verifying the population structure through relatedness analysis, we found that the low variability of the studied loci does not allow a correct definition of paternity, and does not provide enough data to define structure and behavior of this species. We thus suggest that this low variability is an effect of a recent founder effect in this population.
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'' Filogeografia de golfinhos rotadores (Stenella longirostris Gray, 1828) no litoral brasileiro a partir de marcadores mitocondriais''.

VOLPI, T. A. 28 February 2012 (has links)
Made available in DSpace on 2016-08-29T15:38:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_5776_VOLPI 2012_Filogeografia Stenella longirostris_PPGBT_CEUNES_oficial_PROTEGIDO.pdf: 2949344 bytes, checksum: fa95887e37083748152e7197a8a96914 (MD5) Previous issue date: 2012-02-28 / Cetáceo. Marcadores genéticos. Genética de populações.
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Freqüências de variantes alélicas de genes ligados ao sistema imunológico em uma população de indivíduos de origem japonesa no sul do Brasil

Michels, Maísa January 2003 (has links)
As freqüências de variantes alélicas de diferentes genes envolvidos no desenvolvimento da resposta imune foram analisadas em uma população de origem japonesa do sul do Brasil (n=119). Polimorfismos bialélicos dos genes CCR5, TNFR-II e IL-10, e dos segmentos gênicos TCRBV3S1, TCRBV13S5 e TCRBV18 foram analisados por PCR-RFLP. As freqüências alélicas foram determinadas e comparadas com as freqüências encontradas em outros grupos étnicos (caucasóides e afro-brasileiros). Nós observamos a ausência do alelo CCR5D32 na população testada. Os polimorfismos dos segmentos gênicos TCRBV3S1 e TCRBV13S5, e do gene IL-10 apresentaram freqüências alélicas significativamente diferentes das freqüências observadas em caucasóides e afro-brasileiros. O polimorfismo do segmento gênico TCRBV18 apresentou freqüências alélicas estatisticamente diferentes de caucasóides. Além disso, a comparação de duas sub-populações (definidas em nossa amostra de acordo com a origem geográfica no Japão) indicou diferenças entre as freqüências alélicas dos polimorfismos gênicos de TCRBV18 e IL-10 das mesmas. Esses dados indicam a existência de diferentes padrões imunogenéticos entre diferentes grupos étnicos. Outros polimorfismos SNPs de genes ligados ao sistema imune serão testados e comparados em nosso laboratório, utilizando as mesmas populações.
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Análise de parentesco em três subpopulações de Ctenomys lami (Rodentia-Ctenomyidae) através de marcadores de microssatélites

Matte, Eunice Moara January 2006 (has links)
Ctenomys lami é um roedor fossorial endêmico de uma região da Planície Costeira do Rio Grande do Sul, Brasil, conhecida como Coxilha das Lombas. Pouco se sabe, ainda, sobre a ecologia, comportamento e genética dessa espécie que foi descrita por Freitas (2001), considerando que esses conhecimentos são fundamentais no entendimento dos intrincados padrões evolutivos da mesma e principalmente do gênero do qual faz parte, tendo em vista que é um dos com maior diversidade de espécies entre os mamíferos. Além da importância na resolução de questões evolutivas, conhecimentos gerais sobre a espécie são necessários para o desevolvimento de planos de conservação e preservação. Este trabalho teve como objetivo identificar relações genéticas dentro e entre três possíveis subpopulações de C. lami através da análise do fluxo gênico (Fst, Fis, rst, Nm), de informações gerais como PIC (Conteúdo de Informação Polimórfica), média de alelos por locus, heterozigosidade, deficiência de heterozigotos e das relações de paternidade e parentesco. Para isso foram utilizados 89 indivíduos da população (subpopulação A: n=19; B: n=37; C: n=33) de uma área localizada na região de Itapuã, mais exatamente na borda leste da Lagoa Negra (S 30°21'35,6''/WO 51°00'32,9''), município de Viamão, RS. Para executar a análise genética foram utilizados marcadores de microssatélites descritos para espécies cogenéricas - Soc1, Soc2, Soc3, Soc4, Soc5, Soc6, Soc7 e Soc 8 desenvolvidas a partir de C. sociabilis e Hai2, Hai3, Hai4, Hai5 e Hai12 de C. haigi por Lacey (1999; 2001). Os resultados identificam que há um grande fluxo gênico, demonstrando assim, que não há uma subdivisão significativa entre as subpopulações sugeridas, mas também demonstram que parece haver uma estruturação incipiente, onde a distância e a baixa mobilidade dos indivíduos têm papel fundamental. A verificação da estrutura populacional através da análise de paternidade e parentesco indicou que a baixa variabilidade dos loci estudados impede uma definição real de paternidade e não oferecem dados suficientes para definir estruturação e comportamento dessa espécie. Sugere-se que essa baixa variabilidade seja resultado de um Efeito Fundador ocorrido recentemente na população. / Ctenomys lami was recently described by Freitas (2001) as a fossorial rodent, living only in Coxilha das Lombas, a region of the Coastal Plain of Rio Grande do Sul. The ecology, behavior and genetics of this species are not well known, although such knowledge is essential for understanding the intricate evolution patterns of this species as well as of the genus, which is one with the highest diversity among the mammals. Besides the importance of clarifying the evolution questions, general knowledge about this species is needed for developing conservation strategies. This work has the goal of identifying genetic relationships within and between three possible subpopulations of C. lami through the analysis of (i) genetic flow (Fst, Fis, rst, Nm), (ii) general information like PIC (Polymophic Information Content), allele mean per locus, heterozigosity, heterozygote deficiency and (iii) relatedness among individuals. Eighty-nine individuals from a population (subpopulation A: n=19; B: n=37; C: n=33) were analyzed in the area located in the region known as Itapuã, at the east banks of Lagoa Negra (S 30°21'35,6''/WO 51°00'32,9''), in Viamão, RS. To execute the genetic analysis, we used microsatellite markers described to cogeneric species (Hai2, Hai3, Hai4, Hai5 e Hai12, developed from C. haigi; and Soc1, Soc2, Soc3, Soc4, Soc5, Soc6, Soc7 e Soc 8, from C. sociabilis) by Lacey (1999; 2001). Results showed that there is high gene flow, and thus the three suggested sub-populations are not significantly divided. However, the population is not structured and the distance and low motility of individuals play an important role in this situation. When verifying the population structure through relatedness analysis, we found that the low variability of the studied loci does not allow a correct definition of paternity, and does not provide enough data to define structure and behavior of this species. We thus suggest that this low variability is an effect of a recent founder effect in this population.
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Estrutura e composição de assembleias de aranhas em manchas de vegetação na porção austral da Mata Atlântica

Baldissera, Ronei January 2012 (has links)
A fragmentação de hábitats é um dos fatores mais importantes que afetam a biodiversidade em nível mundial. Os estudos da fragmentação, nos seus inícios, baseavam-se nas premissas e predições da Teoria de Biogeografia de Ilhas, a qual procura explicar a diversidade em ilhas oceânicas pelo balanço de colonizações e extinções baseadas nos seus tamanhos e isolamentos. A partir do início do século, houve o desenvolvimento do conceito de metacomunidades, juntamente com um olhar sobre o mosaico de manchas na paisagem, como um conjunto de comunidades locais ligadas pela dispersão de espécies que tem o potencial de interagir. Esse conceito expande a visão da ecologia de comunidades do nível local para diferentes escalas e considera, simplificadamente, que existem quatro tipos de metacomunidades: dinâmica de manchas, seleção de espécies, efeito de massa e neutralidade. Esses quatro modelos assumem diferenças na resposta dos atributos funcionais das espécies, desde a equivalência ecológica até forte capacidade competitiva. Esta tese teve como objetivo geral “avaliar a resposta da diversidade de espécies, de características comportamentais de seleção de habitat e da composição de espécies de assembleias de aranhas em manchas de vegetações florestais e experimentais a fatores ambientais e espaciais”. Os objetivos específicos foram: 1) Analisar a influência relativa de variáveis ambientais e espaciais nos padrões de variação da composição de espécies de aranhas de teia entre remanescentes florestais da Mata Atlântica no sul do Brasil. 2) Avaliar o padrão de seleção de microhabitats de aranhas de teia em remanescentes de Mata Atlântica no sul do Brasil e sua relação com variáveis ambientais. 3) Acessar os padrões de variação nas taxas de colonização da comunidade de aranhas em relação à manipulação da área e da diversidade de habitats em manchas de vegetação em uma paisagem experimental. As coletas de dados em campo foram realizadas em remanescentes florestais de Mata Atlântica no município de Torres, RS e em uma paisagem experimental com manchas de vegetação inseridas em uma matriz campestre na mesma localidade. Em uma paisagem de aproximadamente 26 km2 foram selecionados 16 remanescentes florestais. Foram realizadas amostragens proporcionais aos tamanhos dos remanescentes. Coletas manuais de aranhas de teia foram feitas em parcelas de 12 × 2 × 2 m, e também foram realizadas medidas de utilização de habitat de cada indivíduo coletado entre março e agosto de 2009. Adicionalmente, foram realizadas medidas da estrutura da vegeatação de cada mancha. A área, isolamento e forma dos remanescentes foram calculados a partir de um arquivo shape em software ArcView 3.0. A paisagem experimental foi formada com cinco blocos contendo quatro manchas de vegetação. Para cada mancha, foram aleatorizados dois níveis de dois tratamentos: tamanho (grande e pequeno) e diversidade de habitats (mais e menos diverso). As manchas consistiram em grupos de mudas de três espécies lenhosas nativas e uma espécie artificial. Foram realizados censos, com frequência média de 28,2 dias, ao longo de oito intervalos de tempos de todas as aranhas encontradas nas manchas. A amostragem nos remanescentes coletou 3852 aranhas de teia, distribuídos nas famílias Araneidae (N = 588), Hahniidae (9), Linyphiidae (39), Mysmenidae (4), Nephilidae (2), Tetragnathidae (1647), Theridiidae (1027) e Uloboridae (838). A abundância de adultos foi de 254 indivíduos, identificados em 55 espécies. A riqueza rarefeita e a abundância de aranhas de teia não responderam significativamente às variáveis ambientais (vegetação e paisagem). Nenhum modelo de relação espécies-área foi significativo para a metacomunidade. Três variáveis ambientais e duas variáveis espaciais influenciaram a diversidade beta de aranhas de teia nos remanescentes. Em torno de 15% da variação (valor de R ajustado) na diversidade beta foi explicada pela combinação de variáveis ambientais e espaciais. A maior parte dessa variação (12%) correspondeu à variação ambiental e a variação ambiental espacialmente estruturada. Duas variáveis de seleção de hábitat maximizaram a divergência e uma variável maximizou a convergência para o padrão de montagem da metacomunidade ao longo do gradiente ambiental. Os valores de entropia quadrática de Rao (divergência) aumentaram ao longo das comunidades locais associados com o aumento da diversidade de uso das manchas nos entornos dos fragmentos. A utilização de ramos de trepadeiras pelas aranhas de teia foi negativamente correlacionada com a quantidade de arbustos nos fragmentos. O tamanho e a diversidade de manchas de vegetação não influenciaram nas taxas de colonização. Apesar disso, houve diferenças significativas nas composições das comunidades ao longo do tempo. A riqueza e a abundância de adultos variaram temporalmente, mas não houve efeitos significativos dos tratamentos. A abundância total foi maior em manchas maiores e manchas menos diversas. Pode-se inferir que a metacomunidade em nível de paisagem não é limitada pela dispersão (isso foi corroborado no experimento manipulativo). Dessa forma, o que influencia a chegada em uma mancha, em nível regional, é a amostragem passiva, que determina um filtro para manchas irregulares (menos impactadas) com sub-bosque denso e o tamanho da mancha na menor escala (experimental). Uma vez em um remanescente florestal (comunidade local), a escolha que as espécies fazem das estruturas de habitat para fixação das teias determina se a convergência ou divergência de estruturas vegetais de fixação das teias. No primeiro caso, as espécies escolhem as mesmas estruturas vegetais: ramos de trepadeiras em remanescentes com poucos arbustos, ou seja, seus requerimentos ecológicos são semelhantes e não parece haver pressão de competição nesse caso. No segundo caso, as espécies que chegam no interior de manchas com entornos mais diversos apresentam maior divergência no uso das estruturas vegetais de folhas e ramos de arbustos. Quanto mais diverso o entorno das manchas, menor parece ser a pressão de competição pelas estruturas vegetais entre aranhas. / Habitat fragmentation is one of the major causes of biodiversity loss. Fragmentation studies, in the beginnings, based on assumptions and predictions of the Island Biogeography Theory, which explains the diversity in oceanic islands by the balance between colonizations and extinctions linked to size and distance from mainland. From the beginning of the century, the metacommunity concept was developed, allied with the landscape patch mosaic. The metacommunity is a set of local communities bounded by dispersion of potential competitor species. This concepto expands the vision of community ecology from local level to other scales and considers the existence of four types of metacommunities: patch dynamics, species sorting, mass effect and neutral. These models have different assumptions regarding the responses of functional traits of species, from ecological equivalence to strong competition. This thesis aimed to “evaluate the response of species diversity, habitat selection decisions and species composition of spider assemblages at patches of forest vegetation and experimental patches to environmental and spatial descriptors”. Specific objectives were: 1) Analyze the relative influence of environmental and spatial variables on the patterns of variation of web spider composition among remnants of Atlantic Forest in a fragmented landscape in southern Brazil. 2) Evaluate microhabitat selection convergence and divergence of web spiders in Atlantic forest patches in relation to two between-patch and one within-patch environmental gradients. 3) Examine the rates of colonization, immigration activity (abundance), richness, and composition of foliage dwelling spiders. Mensurative experiment was done at 16 remnants of Atlantic Forest in Torres, RS. Manual collections of web spiders were done in 12 × 2 × 2 m plots. Habitat selection variables were measured for each individual spider in the field. Additionally, measures of the vegetation structure of the understorys and patch vegetation were done. The patch areas, isolations and shapes were calculated from a shape file in ArcView 3.0. Manipulative experiment was performed at an experimental landscape made of vegetation patches inserted in a grassland matrix. The experimental landscape was composed of five blocks each one containing four patches of vegetation. Two treatment levels were randomly assigned to the patches: size (big and small) and diversity (more and less). The patches consisted of sets of seedlings of three native plants and one artificial seedling. All spiders colonizing the patches were collected along eight time periods (mean 28.2 days). It was collected 3852 spiders in the forest remnants, distributed in the families Araneidae (N = 588), Hahniidae (9), Linyphiidae (39), Mysmenidae (4), Nephilidae (2), Tetragnathidae (1647), Theridiidae (1027) e Uloboridae (838). A total of 254 adult spiders were identified and sorted in 55 species. The rarefied richness and the abundance of web spiders did not respond to environmental variables (between-patch and within-patch). There was no species-area relationship. Three environmental variables and two spatial variables influenced the beta diversity of web spiders in the remnants. Roughly 15% of beta diversity variation was due to a combination of environmental and spatial variables. The greater part of this variation corresponded to the environment control. Two microhabitat selection structures maximized the assembly divergence, and one maximized the assembly convergence of the metacommunities associated to an environmental gradient. The Rao‟s quadratic entropy (divergence) based on bush/tree leaves and twigs microhabitat selection, increased from local communities in patches with pasture surroundings to local communities with more diverse surroundings. The selection of vine twigs by web spiders was associated to less dense understorys. The size and diversity of experimental vegetation patches did not influence the spider colonization rates. However, the composition of spider communities varied among the time periods of the experiment, but there was no influence of size and diversity. There was a temporal effect on the variation of richness and adult abundance of spiders. On the other hand, the total abundance was higher in bigger patches, and in less diverse patches. We may infer that the metacommunity at the regional level was not limited by dispersion (it was corroborated by the mesoscale manipulative experiment). In that sense, more irregular remnants with dense understorys passively sample the dispersers at regional level. Once a spider reach a remnant (local community), the choice it makes on to use the habitat structures determines whether it will result in convergence or divergence of microhabitat selection variables. In the first case, the species chose the same vegetal structures (similar ecological requirements): vine twigs. The competition does not seem to be important. In the second case, the species showing divergence on the use of bush/tree leaves and twigs arrive at remnant interiors of patches with more diverse surroundings. In this case, more competition for these vegetal structures seems to happen between web spiders.
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Caracterização genética de Alouatta caraya (Primates, Atelidae) utilizando marcadores heterólogos do tipo microssatélites

Inglêz, Ana Paula Daltoé 21 July 2006 (has links)
Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Animal, 2006. / Submitted by Kathryn Cardim Araujo (kathryn.cardim@gmail.com) on 2009-10-29T16:55:46Z No. of bitstreams: 1 2006_Ana Paula Daltoé Inglêz.pdf: 1231768 bytes, checksum: 5414ed887967c28d71be29b3a36bf3fd (MD5) / Approved for entry into archive by Marília Freitas(marilia@bce.unb.br) on 2010-02-10T00:14:24Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2006_Ana Paula Daltoé Inglêz.pdf: 1231768 bytes, checksum: 5414ed887967c28d71be29b3a36bf3fd (MD5) / Made available in DSpace on 2010-02-10T00:14:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2006_Ana Paula Daltoé Inglêz.pdf: 1231768 bytes, checksum: 5414ed887967c28d71be29b3a36bf3fd (MD5) Previous issue date: 2006-07-21 / Os Alouatta, conhecidos como bugios, estão distribuídos por toda a região Neotropical ocupando variados tipos de hábitats. No presente trabalho, descrevemos a caracterização demográfica, a morfológica e a variabilidade genética de uma população de Alouatta caraya de Porto Primavera, São Paulo, Brasil. Nas análises de caracterização demográfica, comparamos o número de machos e de fêmeas existentes na população total (N = 501) e nas diversas classes etárias: Adulto, Subadulto, Jovem e Infante. Os resultados mostram igualdade no número total de machos e de fêmeas na população total (χ2 = 1,7786, GL = 1, p = 0,1823) e na distribuição das diversas classes etárias, segundo o teste z aplicado. Em relação à morfologia, foram avaliados os parâmetros peso e comprimento total dos indivíduos, comparando-se as classes etárias. Os resultados indicam intenso dimorfismo sexual entre machos e fêmeas adultos, menor dimorfismo entre jovens e ausente dimorfismo entre infantes, corroborando o descrito na literatura para dimorfismo sexual e tamanho corpóreo da espécie. A caracterização genética foi realizada utilizando marcadores de DNA do tipo microssatélites heterólogos desenvolvidos originalmente para Alouatta belzebul. O DNA genômico de 100 espécimes foi isolado utilizando um protocolo padrão fenolclorofórmio e 20 marcadores foram testados e amplificados por reação em cadeia da polimerase, sendo genotipados em um seqüenciador automático ALFexpress TM II. Sete marcadores apresentaram amplificações positivas: Ab04, Ab06, Ab07, Ab09, Ab10, Ab17 e Ab12. Destes, os seis primeiros foram analisados para toda a população. A porcentagem de locos polimórficos foi 66,67% (DP = 0,47) e o número médio de alelos por loco foi de 7,83 (DP = 6,85). A heterozigose média observada foi 0,52 (DP = 0,38) e a esperada foi 0,48 (DP = 0,42). Todos os locos encontram-se em desacordo com as freqüências esperadas no teorema do equilíbrio de Hardy-Weinberg, exceto Ab17 (p = 0,223). Os níveis de variabilidade genética aqui observados, embora menores que os descritos para A. belzebul, são relativamente elevados quando comparados a outros primatas Neotropicais e são coerentes com aqueles reportados para espécies com grande capacidade de dispersão e elevadas densidades populacionais. _______________________________________________________________________________ ABSTRACT / Alouatta genus, usually known as howler-monkeys, is the most widely dispersed Neotropical monkeys. In the present work we describe the demographic, morphological and genetic characterization of an Alouatta caraya population from Porto Primavera, São Paulo, Brazil. The demographic characterizations were performed by the evaluation of the distribution of male and female in the entire population (N = 501) and between different age clusters: Adults, Subadults, Yong and Infants. Our results showed equal distribution of males and females when total population are considered (χ2 = 1,7786, GL = 1, p = 0,1823). The same were observed using test z to compare the distribution among clusters. We also evaluate body weight and total size between clusters. The body weight and total body size comparisons corroborate the described in literature: intense sexual dimorphism between Adults, lower between Young and absent between Infants. The genetic characterization was performed using heterologous microsatellite markers originally described to Alouatta belzebul. Genomic DNA of 100 specimens were isolated by a phenol-chlorophorm protocol and 20 markers were tested and amplified by PCR and genotyped in an ALFexpress TM II automated sequencer. Seven markers showed positive amplicons – Ab04, Ab06, Ab07, Ab09, Ab10, Ab17 and Ab12 – and were analyzed in Porto Primavera Alouatta caraya population, except Ab12. 66.67% (SD = 0.47) of the analyzed loci presented polymorphism. The number of alleles ranged between 1 – 17, and the average number of alleles by locus were 7.83 (SD = 6.85). Ab09 and Ab10 presented monomorphic to this population. The average heterozygosity observed were 0.52 (SD = 0.38) and the expected were 0.48 (SD = 0.42). All analyzed loci are in Hardy-Weinberg disequilibrium, except for Ab17 (p = 0.223). The genetic variability levels observed in the present work are relatively higher when compared to Neotropical primates and are similar to those reported to species with great dispersion capacity and elevated population densities.

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