Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Campylobacter est la principale cause de gastro-entérite bactérienne d’origine alimentaire à travers le monde. Chez les consommateurs, les campylobactérioses d’origine alimentaire sont en grande majorité dues au contact et à la consommation de produits de volaille, le poulet à griller étant particulièrement mis en cause. La contamination de la carcasse se fait souvent lors de l’abattage des oiseaux. Bien que plusieurs données concernant la distribution de Campylobacter à l’abattoir soient disponibles dans certains pays, aucune étude récente visant à décrire la présence et la distribution de ce pathogène, tout au long de la chaîne d’abattage, n'a été réalisée au niveau des établissements d'abattage canadiens. Notre hypothèse était que l’on pouvait identifier des étapes clés d’intervention pour contrôler la contamination par Campylobacter sur les carcasses de volaille à l’abattoir en étudiant la présence de ce pathogène sur les produits de viande et dans l’environnement de production. Il y avait deux objectifs principaux dans cette étude. Premièrement, nous voulions décrire la distribution de Campylobacter lors des différentes étapes de production dans deux établissements de transformation québécois. Deuxièmement, nous voulions déterminer si les moyens de gestion du risque mis en place au moment de l’étude étaient suffisants pour prévenir la contamination du produit de viande destiné au consommateur. Pour répondre à ces objectifs, un oiseau par lot d’élevage a été échantillonné par rinçât de carcasse pour chaque étape suivante de la transformation (n=4) : avant l'abattage, tout juste après la saignée, au transfert entre les chaînes d'abattage et d'éviscération, après l'éviscération et après l’étape du refroidissement dans deux abattoirs québécois. Cette procédure fut répétée pour un total de 379 échantillons de rinçâts de carcasses de poulets de chair qui ont été collectés à l’occasion de multiples visites à l’abattoir et ce, de février à juillet 2017. Un total de 217 échantillons environnementaux pouvant être impliqués dans la contamination croisée des oiseaux ont aussi été récupéré pendant les diverses visites. Les échantillons ont été dilués dans de l'eau peptonée et une identification de Campylobacter par PCR a été faite à l’aide d’amorces spécifiques au gène codant pour l’ARN ribosomal 16S. Les résultats obtenus pour la période étudiée indiquent que la positivité des carcasses de poulets de chair à Campylobacter est significativement plus élevée pour les échantillons effectués l’été comparé au printemps. En revanche, la présence de la bactérie dans l’environnement des abattoirs étudiés apparaît plus élevée durant l’hiver. Puisque la présence de la bactérie sur les carcasses de poulets a diminué tout au long de la chaîne de production, qu’aucune carcasse positive n’a été retrouvée après un refroidissement à l’air et que la positivité des carcasses suite au refroidissement à l’eau était aussi très basse, nos résultats suggèrent, malgré certains enjeux associés à la sensibilité de la méthode d’identification des échantillons positifs, que les mesures actuelles de gestion du risque sont efficaces pour contrôler Campylobacter dans les deux abattoirs québécois suivis. / Campylobacter is responsible of the highest number of bacterial gastroenteritis worldwide. Most diseases in humans attributed to meat can be associated to consumption of or contact with poultry derived products; broiler chicken being involved in the majority of cases. The contamination of carcasses often occurs during the slaughter process. While many studies from various countries reported the distribution of Campylobacter among various critical steps of the slaughter process, none has been published, to our knowledge, in Canada regarding the presence and distribution of this bacterium within the abattoir. Our hypothesis was that it would be possible to identify key steps to control the contamination of carcasses by this bacterium by studying the presence and distribution of Campylobacter on carcasses and within the environment during the slaughter process. This study had two objectives. The first objective was to describe the distribution of Campylobacter within two selected slaughterhouses in Quebec in order to understand which processing step(s) play(s) a critical role in carcasses contamination. In the second objective, we aimed to verify if actual management procedures applied in these abattoirs were efficient in preventing consumer’s exposition. To meet these goals, four birds by production lot, one at each of the following steps (after bleeding, at transfer between killing and evisceration chain, after evisceration and after the cooling process) were sampled for a total of 379 birds from February 2017 to July 2017 in two slaughterhouses located in the province of Quebec. Furthermore, 217 environmental samples were collected during these visits in various sites possibly in contact with birds. Samples were suspended in peptone water and submitted to a PCR assay, using a specific 16S ribosomal probe, for detection of Campylobacter. Overall, for the year of the study, we observed a significantly higher number of positive carcasses in summer compared to spring, while the environmental samples were more often positive in winter compared with summer. Furthermore, our results indicated that the number of positive carcasses decreased over the various processing steps, being either negative (air chilling) or low (water chilling) after the cooling process. Although we experienced some issues associated with the sensitivity of the procedure we used in this study to recover Campylobacter, taken together, these results suggest that the actual management procedures of Campylobacter in studied slaughterhouses are efficient.

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Le Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline (SARM) est un enjeu majeur en santé publique. Il est responsable d’une grande variété d’infections. Les “Livestock Associated-MRSA” (LA-MRSA) sont des SARM ayant comme origine les animaux de production tels le porc ou la volaille. Ils constituent un risque de transmission à l’humain via la chaîne alimentaire. Les LA-MRSA peuvent former du biofilm ce qui augmente leur tolérance aux stress environnementaux. Le biofilm est partiellement régulé par le système Agr. Il n’existe aucune donnée sur les ‘LA-MRSA’ d’origine aviaire au Québec. Les objectifs de ce projet étaient : (i) de déterminer la prévalence de ces SARM dans la viande de poulet et le poulet à griller de la province de Québec et (ii) de caractériser les isolats retrouvés. La collecte d’échantillons s’est effectuée dans 43 épiceries (309 cuisses et pilons de poulet) et dans deux abattoirs (échantillons nasaux et fécaux de 200 poulets) de la Montérégie. La prévalence de SARM a été évaluée à 1.29% (IC 95%: 0.35-3.28) et 0% dans la viande et les oiseaux respectivement. Les isolats testés se sont révélés résistants aux bêta-lactamines (n=15), à la tétracycline (n=10), à l’oxytétracycline (n=10), à la spectinomycine (n=10) et à la tobramycine (n=1). Le typage a révélé deux clones différents (ST398-V, n=10; et ST8-IVa ’USA300’, n=5). La présence de gènes de résistance aux antibiotiques (blaZ, blaR, blaI, erm(A), lnu(A), aad(D), fosB, tet(K), tet(L) et spc) ainsi que plusieurs gènes codant pour l’évasion du système immunitaire (IEC), la production de toxines ou encore pour la production de biofilm ont aussi été détectés. Une forte production de biofilm a été observée pour la majorité des isolats (n=11) à l’exception de certains isolats ST398. Le taux d’expression du système Agr n’a révélé aucune différence particulière entre les SARM testés. Pour conclure, nos données indiquent une faible prévalence de SARM chez la volaille et la viande de poulet. Les isolats ont été catégorisés en deux génotypes, dont un portant plus de gènes de résistance aux antibiotiques (ST398) et l’autre possédant plus de gènes de virulence (ST8). / Methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) is of critical concern for public health. It is responsible for a wide range of infections. Livestock-Associated MRSA (LA-MRSA) refers to MRSA of animal origin, like pork, cattle or poultry, and constitutes a risk for transmission to humans. LA-MRSA can also form biofilms enhancing their environmental survival. Biofilms are partly regulated by the Agr system. There is no data on LA-MRSA of poultry origin from Québec, Canada. The objectives of this project were: (i) to determine the prevalence of LA-MRSA from chicken meat and broiler chickens from the Province of Quebec, and (ii) to molecular characterize these MRSA. A total of 309 chicken drumsticks and thighs were randomly collected. In addition, nasal swabs and caeca samples from 200 chickens were randomly collected at slaughterhouses. LA-MRSA was recovered from 1.29% (95% CI: 0.35-3.28) of chicken meat samples but none were recovered from poultry. Antibiotic susceptibility testing revealed resistances to beta-lactam antibiotics (n=15), tetracycline (n=10), oxytetracycline (n=10), spectinomycin (n=10) and tobramycin (n=1). Molecular typing revealed two types of clones (ST398-V, n=10; and ST8-IVa ’USA300’, n=5). DNA microarrays determined the presence of the antibiotic resistant genes blaZ, blaR, blaI, erm(A), lnu(A), aad(D), fosB, tet(K), tet(L) and spc. In addition, genes encoding for toxins, biofilm formation and the human-associated Immune-Evasion-Cluster (IEC) were also detected. High biofilm production was observed in most isolates (n=11) with the exception of some ST398. Quantitative PCR of Agr expression revealed no specific difference among MRSA isolates. To conclude, our data show that the prevalence of the MRSA lineages ST398 and ST8 is low in broilers and chicken meat in the Province of Quebec. ST398 demonstrated more antibiotic resistant genes while ST8 harboured more virulence genes.