Submitted by Setor de Tratamento da Informa??o - BC/PUCRS (tede2@pucrs.br) on 2016-05-17T12:07:46Z No. of bitstreams: 1 DIS_ROGERIO_VALIM_DA_TRINDADE_COMPLETO.pdf: 1934289 bytes, checksum: ad294c842ebebac268c4523f0b1f9420 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-05-17T12:07:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DIS_ROGERIO_VALIM_DA_TRINDADE_COMPLETO.pdf: 1934289 bytes, checksum: ad294c842ebebac268c4523f0b1f9420 (MD5) Previous issue date: 2016-02-29 / Funda??o de Amparo ? Pesquisa do Estado do Rio Grande do Sul - FAPERGS / Tuberculosis is the infectious disease that causes more deaths worldwide, along with acquired immunodeficiency syndrome (AIDS). Great efforts have been exerted in recent years to the search for new anti-tuberculosis drugs without success. Drug development platforms fail at different stages of the research and development process and one aspect that contributes to this is the lack of knowledge of the potential molecular drug targets. Both the elucidation of the bioactive compounds mechanism of action and the identification of their cellular targets are important for the development of new drugs. As an experimental alternative to the identification of molecular targets is pulse proteolysis technique, which determines the fraction of proteins differentially degraded after a brief incubation with proteases when comparing samples treated and untreated with a ligand. In this work, we developed the PePTID method: a new method for identification of molecular targets using pulse proteolysis and mass spectrometry analysis. The application of PePTID resulted in a reproducible procedure that minimizes the required amount of sample and provides a more robust analysis method compared to other approaches that use pulse proteolysis. / A tuberculose ?, junto com a S?ndrome da Imunodefici?ncia Adquirida (SIDA), a doen?a infecciosa que mais causa mortes no mundo. Grandes esfor?os foram exercidos nos ?ltimos anos para a busca de novos f?rmacos antituberculose, por?m sem muito sucesso. As plataformas de desenvolvimento de f?rmacos falham em diferentes etapas do processo de pesquisa e desenvolvimento e um dos aspectos que contribui para isso ? a falta de conhecimento dos alvos moleculares de potenciais f?rmacos. Tanto a elucida??o do mecanismo de a??o de compostos bioativos quanto a identifica??o de seus alvos celulares s?o importantes para o desenvolvimento de novos f?rmacos. Como alternativa experimental para a identifica??o de alvos moleculares est? a t?cnica de prote?lise pulsada, a qual determina a fra??o de prote?nas diferencialmente degradadas ap?s breve incuba??o com proteases quando comparadas as amostras tratadas e n?o tratadas com um ligante. Nesse trabalho, desenvolvemos o m?todo PePTID: um novo m?todo para identifica??o de alvos moleculares usando a prote?lise pulsada e an?lise por espectrometria de massa. A aplica??o do m?todo PePTID resultou em um procedimento reprodut?vel que minimiza a quantidade necess?ria de amostra e que apresenta uma metodologia de an?lise mais robusta em rela??o a outras abordagens que utilizam a prote?lise pulsada.

Submitted by Automa??o e Estat?stica (sst@bczm.ufrn.br) on 2016-01-14T20:02:00Z No. of bitstreams: 1 GabrielPereiraFidelis_DISSERT.pdf: 2672661 bytes, checksum: d836949986a9f770a6728a0061945803 (MD5) / Approved for entry into archive by Arlan Eloi Leite Silva (eloihistoriador@yahoo.com.br) on 2016-01-18T21:39:54Z (GMT) No. of bitstreams: 1 GabrielPereiraFidelis_DISSERT.pdf: 2672661 bytes, checksum: d836949986a9f770a6728a0061945803 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-01-18T21:39:54Z (GMT). No. of bitstreams: 1 GabrielPereiraFidelis_DISSERT.pdf: 2672661 bytes, checksum: d836949986a9f770a6728a0061945803 (MD5) Previous issue date: 2014-12-12 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior - CAPES / Conselho Nacional de Desenvolvimento Cient?fico e Tecnol?gico - CNPq / Polissacar?deos sulfatados (PS) da alga vermelha comest?vel Gracilaria birdiae foram obtidos atrav?s de cinco diferentes condi??es de extra??o (GB1: ?gua; GB1p: ?gua/prote?lise; GB1s: ?gua/sonica??o; GB1sp: ?gua/sonica??o/prote?lise; GB2s: NaOH/sonica??o; GB2sp: NaOH/sonica??o/prote?lise). O rendimento em massa seca (g) das extra??es aumentou na seguinte ordem: GB2sp>GB1sp>GB1p>GB2s>GB1s>GB1. A quantidade de PS extra?dos por cada condi??o, em contrapartida, aumentou em sequencia diferente: GB2sp>GB1p>GB1>GB1sp>GB1s>GB2s. Espectroscopia de infravermelho e eletroforese em gel de poliacrilamida em agarose demonstram que todas as condi??es extra?ram o mesmo polissacar?deo sulfatado. Al?m disso, com base nos dados referentes ? composi??o monossacar?dica de cada condi??o de extra??o pode-se pressupor que o uso de sonica??o fez com que se obtivesse outros polissacar?deos al?m dos PS. No teste de tempo de protrombina (PT), o qual avalia a via extr?nseca da cascata de coagula??o, nenhuma das amostras apresentou atividade anticoagulante at? uma concentra??o m?xima de 0,1 mg/mL. Por outro lado, no teste de tempo de tromboplastina parcial ativada (aPTT), cuja via da cascata de coagula??o avaliada ? a intr?nseca, todas os extratos de PS tiveram atividade positiva, com exce??o da condi??o GB2sp. A atividade anticoagulante no teste de aPTT diminuiu na seguinte sequencia: GB1sp>GB2sp>GB1p>GB1>GB1s>GB2s. O teste de capacidade antioxidante total (CAT) dos polissacar?deos sulfatados tamb?m sofreu influ?ncia das varia??es de acordo com condi??o de extra??o, visto que com Gb2s e Gb1 foram obtidos os menores valores de atividade quando comparado ?s demais condi??es de extra??o. No presente trabalho, conclui-se que as condi??es de extra??o de PS influenciam as atividades biol?gicas e na composi??o qu?mica dos PS obtidos e que portanto, o uso de uma condi??o em especial pode favorecer a obten??o de PS com uma atividade que se deseja em detrimento de outras. De acordo com os dados obtidos pode-se afirmar que NaOH/sonica??o/prote?lise foi a melhor condi??o para obter PS com atividade anticoagulante e antioxidante em Gracilaria birdiae / The sulfated polysaccharides (SP) from the edible red seaweed Gracilaria birdiae were obtained using five different condition extraction (GB1: Water; GB1p: Water/proteolysis; GB1s: Water/sonication; GB1sp: Water/sonication/proteolysis; GB2s: NaOH/sonication; GB2sp: NaOH/sonication/proteolysis. The yield (g) increased in the following order GB2sp>GB1sp>GB1p>GB2s>GB1s>GB1. However, the amount of SP extracted increased in different way GB2sp>GB1p>GB1>GB1sp>GB1s>GB2s. Infrared and electrophoresis analysis showed that all conditions extracted the same SP. In addition, monosaccharide composition showed that ultrasound promotes the extraction of other polysaccharides than SP. In the prothrombin time (PT) test, which evaluates the extrinsic coagulation pathway, none of the samples showed anticoagulant activity. While in the activated partial thromboplastin time (aPTT) test, which evaluates the intrinsic coagulation pathway, all samples showed anticoagulant activity, except GB2s. The aPTT activity decreased in the order of GB1sp>GB2sp>GB1p>GB1>GB1s>GB2s. Total capacity antioxidant (TCA) of the SP was also affected by condition extraction, since GB2s and GB1 showed lower activity in comparison to the other conditions. In conclusion, the conditions of SP extraction influence their biological activities and chemical composition. The data showed NaOH/sonication/proteolysis was the best condition to extract anticoagulant and antioxidant SPs from Gracilaria birdiae.