Thesis (Ph.D.)--McMaster University, 2003. / Advisor: David Andrews. Includes bibliographical references (leaves 206-242). Also available via World Wide Web.

Thesis (M.S.)--Miami University, Dept. of Chemistry and Biochemistry, 2004. / Title from first page of PDF document. Includes bibliographical references (p. 61-63).

Thesis (Ph.D.)--University of Florida, 2004. / Typescript. Title from title page of source document. Document formatted into pages; contains 161 pages. Includes Vita. Includes bibliographical references.

Thesis (Ph. D.)--University of Oregon, 2006. / Typescript. Includes vita and abstract. Includes bibliographical references (leaves 68-71). Also available for download via the World Wide Web; free to University of Oregon users.

Thesis (Ph. D.)--University of Missouri-Columbia, 2000. / Typescript. Vita. Includes bibliographical references (leaves 151-159). Also available on the Internet.

Thesis (Ph.D. in Biochemistry, Biomolecular Structure Program) -- University of Colorado Denver, 2007. / Typescript. Includes bibliographical references (leaves 135-146). Online version available via ProQuest Digital Dissertations.

Objetivo: Contribuir para o desenvolvimento do candidato a antitumoral (LaSOM 65) através da avaliação farmacocinética pré-clínica em roedores de diferentes doses pelas vias i.v., p.o e i.p. e avaliação da toxicidade aguda do composto. Metodologia: LaSOM 65 foi administrado a ratos Wistar nas doses de 1 mg/kg i.v. bolus (n = 8), 10 e 30 mg/kg p.o. e 30 e 90 mg/kg i.p. (n = 6/grupo). As concentrações plasmáticas foram quantificadas por CL-UV em método desenvolvido e validado. A ligação às proteínas foi determinada por ultrafiltração e a distribuição tecidual foi avaliada por homogeneizado de tecido após administração i.v. de 1 mg/kg (n = 3 animais/ponto de coleta). Para o ensaio de toxicidade aguda, dose única de 1, 2,5 e 5 mg/kg i.v. e 50, 100 e 150 mg/kg p.o. de LaSOM 65 foi administrada aos animais. Ganho de peso, massa relativa dos tecidos, determinação de parâmetros bioquímicos e hematológicos e uma observação clínica detalhada foram realizados para a avaliação de possíveis efeitos tóxicos. Resultados e Discussão: LaSOM 65 apresentou farmacocinética linear na faixa de dose de 1 a 30 mg/kg (i.v., p.o. e i.p.). Após dose i.v. apresentou um CL = 0,85 ± 0,18 L/h/kg, t1/2 = 1,8 ± 0,7 h e Vd = 1,76 ± 0,24 L/kg. Para a dose de 90 mg/kg i.p. um aumento no Vd (3,2 ± 0,8L/Kg) e t1/2 (2,9 ± 0,9 h) foi observado. O composto apresentou boa biodisponibilidade para as administrações extravasculares (58 e 50% p.o. e 73 e 61% i.p.). A ligação às proteínas foi de 84,7 ± 1,6%. O composto distribuiu-se nos tecidos investigados tendo no pulmão a maior taxa de penetração (ASCtecido/plasma = 2,7) e o cérebro a menor (ASCtecido/plasma = 0,4). Piloereção, diarréia, letargia e dispneia foram os sinais clínicos observados imediatamente após administrações i.v., os quais regrediram após 3 h. Para a via oral nenhuma alteração foi observada. Nenhum outro parâmetro avaliado demonstrou efeitos tociológicos para o LaSOM 65. Conclusões: LaSOM 65 demonstrou uma rápida distribuição tecidual e uma rápida eliminação após administração i.v. Sua boa biodisponibilidade e uma possível ausência de toxicidade apresentada por esta via permitem seu uso oral. A baixa penetração cerebral sugere que desenvolvimento no âmbito farmacotécnico será necessário visando seu uso para o tratamento de gliomas. / Purpose: To contribute with the development of a new anticancer candidate (LaSOM 65) by investigating its pre-clinical pharmacokinetics in rodents after administration of different doses by three routes (i.v., p.o. and i.p.) and acute toxicological evaluation of the compound. Methodology: LaSOM 65 was administrated to Wistar rats in the 1 mg/kg i.v. bolus (n = 8), 10 and 30 mg/kg p.o. and 30 and 90 mg/kg i.p. dose (n = 6/group). Plasma concentrations were determined by a development and validated LC-UV method. Protein binding was determined by ultrafiltration and tissue penetration was investigated in tissue homogenates after i.v. administration of 1 mg/kg (n = 3 animals/time point). For the acute toxicological assay, single administration of LaSOM 65 at the doses of 1, 2.5 and 5 mg/kg i.v. and 50, 100 and 150 mg/kg p.o. were given to the rats. Weight gain, organ relative mass, biochemical and hematological parameters and a detailed clinical observation were evaluated to determine LaSOM 65 toxicity. Results and Discussion: LaSOM 65 showed linear pharmacokinetic between 1 and 30 mg/kg (i.v., p.o and i.p.) with CL = 0.85 ± 0.18 L/h/kg, t1/2 = 1,8 ± 0,7 h and Vd = 1.76 ± 0.24 L/kg after i.v. dosing. After 90 mg/kg i.p. dosing an increase in Vd (3.2 ± 0.8 L/kg) and t1/2 (2.9 ± 0.9 h) were observed. The compound showed good bioavailability after p.o. (58 and 50%) and i.p. (73 and 61%) dosing. The protein biding was 84.7 ± 1.6%. LaSOM 65 distributed into the tissues investigated with a higher penetration ratio into lung (AUCtissue/plasma = 2.7) than into brain (AUCtissue/plasma = 0.4). Piloerection, diarrhea, lethargy and dyspnea were the clinical signs observed immediately after the i.v. administrations and they regressed 3 h post-dosing. No alterations were observed after p.o. dosing. Conclusions: LaSOM 65 showed a rapid tissue distribution and elimination after i.v. administration. Its good bioavailability together with the probably absence of toxicity for the oral route allowed its use by this route. The low brain penetration suggests that a pharmaceutical development will be necessary if LaSOM 65 is intended for the treatment of glioma.

Objetivo: Contribuir para o desenvolvimento do candidato a antitumoral (LaSOM 65) através da avaliação farmacocinética pré-clínica em roedores de diferentes doses pelas vias i.v., p.o e i.p. e avaliação da toxicidade aguda do composto. Metodologia: LaSOM 65 foi administrado a ratos Wistar nas doses de 1 mg/kg i.v. bolus (n = 8), 10 e 30 mg/kg p.o. e 30 e 90 mg/kg i.p. (n = 6/grupo). As concentrações plasmáticas foram quantificadas por CL-UV em método desenvolvido e validado. A ligação às proteínas foi determinada por ultrafiltração e a distribuição tecidual foi avaliada por homogeneizado de tecido após administração i.v. de 1 mg/kg (n = 3 animais/ponto de coleta). Para o ensaio de toxicidade aguda, dose única de 1, 2,5 e 5 mg/kg i.v. e 50, 100 e 150 mg/kg p.o. de LaSOM 65 foi administrada aos animais. Ganho de peso, massa relativa dos tecidos, determinação de parâmetros bioquímicos e hematológicos e uma observação clínica detalhada foram realizados para a avaliação de possíveis efeitos tóxicos. Resultados e Discussão: LaSOM 65 apresentou farmacocinética linear na faixa de dose de 1 a 30 mg/kg (i.v., p.o. e i.p.). Após dose i.v. apresentou um CL = 0,85 ± 0,18 L/h/kg, t1/2 = 1,8 ± 0,7 h e Vd = 1,76 ± 0,24 L/kg. Para a dose de 90 mg/kg i.p. um aumento no Vd (3,2 ± 0,8L/Kg) e t1/2 (2,9 ± 0,9 h) foi observado. O composto apresentou boa biodisponibilidade para as administrações extravasculares (58 e 50% p.o. e 73 e 61% i.p.). A ligação às proteínas foi de 84,7 ± 1,6%. O composto distribuiu-se nos tecidos investigados tendo no pulmão a maior taxa de penetração (ASCtecido/plasma = 2,7) e o cérebro a menor (ASCtecido/plasma = 0,4). Piloereção, diarréia, letargia e dispneia foram os sinais clínicos observados imediatamente após administrações i.v., os quais regrediram após 3 h. Para a via oral nenhuma alteração foi observada. Nenhum outro parâmetro avaliado demonstrou efeitos tociológicos para o LaSOM 65. Conclusões: LaSOM 65 demonstrou uma rápida distribuição tecidual e uma rápida eliminação após administração i.v. Sua boa biodisponibilidade e uma possível ausência de toxicidade apresentada por esta via permitem seu uso oral. A baixa penetração cerebral sugere que desenvolvimento no âmbito farmacotécnico será necessário visando seu uso para o tratamento de gliomas. / Purpose: To contribute with the development of a new anticancer candidate (LaSOM 65) by investigating its pre-clinical pharmacokinetics in rodents after administration of different doses by three routes (i.v., p.o. and i.p.) and acute toxicological evaluation of the compound. Methodology: LaSOM 65 was administrated to Wistar rats in the 1 mg/kg i.v. bolus (n = 8), 10 and 30 mg/kg p.o. and 30 and 90 mg/kg i.p. dose (n = 6/group). Plasma concentrations were determined by a development and validated LC-UV method. Protein binding was determined by ultrafiltration and tissue penetration was investigated in tissue homogenates after i.v. administration of 1 mg/kg (n = 3 animals/time point). For the acute toxicological assay, single administration of LaSOM 65 at the doses of 1, 2.5 and 5 mg/kg i.v. and 50, 100 and 150 mg/kg p.o. were given to the rats. Weight gain, organ relative mass, biochemical and hematological parameters and a detailed clinical observation were evaluated to determine LaSOM 65 toxicity. Results and Discussion: LaSOM 65 showed linear pharmacokinetic between 1 and 30 mg/kg (i.v., p.o and i.p.) with CL = 0.85 ± 0.18 L/h/kg, t1/2 = 1,8 ± 0,7 h and Vd = 1.76 ± 0.24 L/kg after i.v. dosing. After 90 mg/kg i.p. dosing an increase in Vd (3.2 ± 0.8 L/kg) and t1/2 (2.9 ± 0.9 h) were observed. The compound showed good bioavailability after p.o. (58 and 50%) and i.p. (73 and 61%) dosing. The protein biding was 84.7 ± 1.6%. LaSOM 65 distributed into the tissues investigated with a higher penetration ratio into lung (AUCtissue/plasma = 2.7) than into brain (AUCtissue/plasma = 0.4). Piloerection, diarrhea, lethargy and dyspnea were the clinical signs observed immediately after the i.v. administrations and they regressed 3 h post-dosing. No alterations were observed after p.o. dosing. Conclusions: LaSOM 65 showed a rapid tissue distribution and elimination after i.v. administration. Its good bioavailability together with the probably absence of toxicity for the oral route allowed its use by this route. The low brain penetration suggests that a pharmaceutical development will be necessary if LaSOM 65 is intended for the treatment of glioma.

Objetivo: Contribuir para o desenvolvimento do candidato a antitumoral (LaSOM 65) através da avaliação farmacocinética pré-clínica em roedores de diferentes doses pelas vias i.v., p.o e i.p. e avaliação da toxicidade aguda do composto. Metodologia: LaSOM 65 foi administrado a ratos Wistar nas doses de 1 mg/kg i.v. bolus (n = 8), 10 e 30 mg/kg p.o. e 30 e 90 mg/kg i.p. (n = 6/grupo). As concentrações plasmáticas foram quantificadas por CL-UV em método desenvolvido e validado. A ligação às proteínas foi determinada por ultrafiltração e a distribuição tecidual foi avaliada por homogeneizado de tecido após administração i.v. de 1 mg/kg (n = 3 animais/ponto de coleta). Para o ensaio de toxicidade aguda, dose única de 1, 2,5 e 5 mg/kg i.v. e 50, 100 e 150 mg/kg p.o. de LaSOM 65 foi administrada aos animais. Ganho de peso, massa relativa dos tecidos, determinação de parâmetros bioquímicos e hematológicos e uma observação clínica detalhada foram realizados para a avaliação de possíveis efeitos tóxicos. Resultados e Discussão: LaSOM 65 apresentou farmacocinética linear na faixa de dose de 1 a 30 mg/kg (i.v., p.o. e i.p.). Após dose i.v. apresentou um CL = 0,85 ± 0,18 L/h/kg, t1/2 = 1,8 ± 0,7 h e Vd = 1,76 ± 0,24 L/kg. Para a dose de 90 mg/kg i.p. um aumento no Vd (3,2 ± 0,8L/Kg) e t1/2 (2,9 ± 0,9 h) foi observado. O composto apresentou boa biodisponibilidade para as administrações extravasculares (58 e 50% p.o. e 73 e 61% i.p.). A ligação às proteínas foi de 84,7 ± 1,6%. O composto distribuiu-se nos tecidos investigados tendo no pulmão a maior taxa de penetração (ASCtecido/plasma = 2,7) e o cérebro a menor (ASCtecido/plasma = 0,4). Piloereção, diarréia, letargia e dispneia foram os sinais clínicos observados imediatamente após administrações i.v., os quais regrediram após 3 h. Para a via oral nenhuma alteração foi observada. Nenhum outro parâmetro avaliado demonstrou efeitos tociológicos para o LaSOM 65. Conclusões: LaSOM 65 demonstrou uma rápida distribuição tecidual e uma rápida eliminação após administração i.v. Sua boa biodisponibilidade e uma possível ausência de toxicidade apresentada por esta via permitem seu uso oral. A baixa penetração cerebral sugere que desenvolvimento no âmbito farmacotécnico será necessário visando seu uso para o tratamento de gliomas. / Purpose: To contribute with the development of a new anticancer candidate (LaSOM 65) by investigating its pre-clinical pharmacokinetics in rodents after administration of different doses by three routes (i.v., p.o. and i.p.) and acute toxicological evaluation of the compound. Methodology: LaSOM 65 was administrated to Wistar rats in the 1 mg/kg i.v. bolus (n = 8), 10 and 30 mg/kg p.o. and 30 and 90 mg/kg i.p. dose (n = 6/group). Plasma concentrations were determined by a development and validated LC-UV method. Protein binding was determined by ultrafiltration and tissue penetration was investigated in tissue homogenates after i.v. administration of 1 mg/kg (n = 3 animals/time point). For the acute toxicological assay, single administration of LaSOM 65 at the doses of 1, 2.5 and 5 mg/kg i.v. and 50, 100 and 150 mg/kg p.o. were given to the rats. Weight gain, organ relative mass, biochemical and hematological parameters and a detailed clinical observation were evaluated to determine LaSOM 65 toxicity. Results and Discussion: LaSOM 65 showed linear pharmacokinetic between 1 and 30 mg/kg (i.v., p.o and i.p.) with CL = 0.85 ± 0.18 L/h/kg, t1/2 = 1,8 ± 0,7 h and Vd = 1.76 ± 0.24 L/kg after i.v. dosing. After 90 mg/kg i.p. dosing an increase in Vd (3.2 ± 0.8 L/kg) and t1/2 (2.9 ± 0.9 h) were observed. The compound showed good bioavailability after p.o. (58 and 50%) and i.p. (73 and 61%) dosing. The protein biding was 84.7 ± 1.6%. LaSOM 65 distributed into the tissues investigated with a higher penetration ratio into lung (AUCtissue/plasma = 2.7) than into brain (AUCtissue/plasma = 0.4). Piloerection, diarrhea, lethargy and dyspnea were the clinical signs observed immediately after the i.v. administrations and they regressed 3 h post-dosing. No alterations were observed after p.o. dosing. Conclusions: LaSOM 65 showed a rapid tissue distribution and elimination after i.v. administration. Its good bioavailability together with the probably absence of toxicity for the oral route allowed its use by this route. The low brain penetration suggests that a pharmaceutical development will be necessary if LaSOM 65 is intended for the treatment of glioma.

Transcription factors (TFs) are biologically important proteins that interact with transcription machinery and bind DNA regulatory sequences to regulate gene expression by modulating the synthesis of the messenger RNA. The regulatory sequences comprise of short conserved regions of a specific length called motifs . TFs have very diverse roles in different cells and play a very significant role in development. TFs have been associated with carcinogenesis in various tissue types, as well as developmental and hormone response disorders. They may be responsible for the regulation of oncogenes and can be oncogenic. Consequently, understanding TF binding and knowing the motifs to which they bind is worthy of attention and research focus. Various projects have made the study of TF binding their main focus; nevertheless, much about TF binding remains confounding. Chromatin immunoprecipitation in conjunction with deep sequencing (ChIP-seq) techniques are a popular method used to investigate DNA-TF interactions in vivo. This procedure is followed by motif discovery and motif enrichment analysis using relevant tools. Protein Binding Microarrays (PBMs) are an in vitro method for investigating DNA-TF interactions. We use a motif enrichment analysis tools (CentriMo and AME) and an empirical quality assessment tool (Area under the ROC curve) to investigate which method yields motifs that are a true representation of in vivo binding. Motif enrichment analysis: On average, ChIP-seq derived motifs from the JASPAR Core database outperformed PBM derived ones from the UniPROBE mouse database. However, the performance of motifs derived using these two methods is not much different from each other when using CentriMo and AME. The E-values from Motif enrichment analysis were not too different from each other or 0. CentriMo showed that in 35 cases JASPAR Core ChIP-seq derived motifs outperformed UniPROBE mouse PBM derived motifs, while it was only in 11 cases that PBM derived motifs outperformed ChIP-seq derived motifs. AME showed that in 18 cases JASPAR Core ChIP-seq derived motifs did better, while only it was only in 3 cases that UniPROBE motifs outperformed ChIP-seq derived motifs. We could not distinguish the performance in 25 cases. Empirical quality assessment: Area under the ROC curve values computations followed by a two-sided t-test showed that there is no significant difference in the average performances of the motifs from the two databases (with 95% confidence, mean of differences=0.0088125 p-value= 0.4874, DF=47) .