Submitted by Cláudia Bueno (claudiamoura18@gmail.com) on 2016-05-19T20:50:13Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Warita Alves de Melo - 2014.pdf: 2324180 bytes, checksum: ceadfecb6355d48562897ba5ed60e072 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-05-20T14:02:53Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Warita Alves de Melo - 2014.pdf: 2324180 bytes, checksum: ceadfecb6355d48562897ba5ed60e072 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-05-20T14:02:53Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Warita Alves de Melo - 2014.pdf: 2324180 bytes, checksum: ceadfecb6355d48562897ba5ed60e072 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2014-09-29 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Tabebuia roseoalba (RIDL.) Sandwith (Bignoniaceae) is widely distributed in Neotropical seasonally dry forests, occurring mainly from Northeast towards the Central West and Southeast Brazil, and also in Paraguay, Bolivia and Peru. The phylogeography of this species may help us to understand how historical events influenced its genetic diversity and in the current geographic distribution of seasonally dry forests. The results were based on the sequencing of three chloroplast intergenic spacers (psbA-trnH, trnC-ycf6 and trnStrnG2S) and the nuclear ribosomal region (nrDNA) (ITS1 + 5.8S + ITS2). We sampled 18 populations (235 individuals) in North, Central West and Southeast. The three chloroplast regions generated a fragment of 1,519 base pairs and 37 haplotypes. We found high haplotype diversity (h = 0.839) and low nucleotide diversity (π = 0.00610 SD = 0.00311) and were found. A fragment of 506 base pairs was generated for nrDNA and 14 haplotypes were identified. The haplotype diversity (h = 0.336) was lower than chloroplast diversity but nucleotide diversity (π = 0.01669 SD = 0.00857) was higher. Populations of Tabebuia rosealba are highly differentiated (FST = 0. 684; p = 0.001) with low gene flow (Nm < 1.0) among all population pairs. Our results also showed significant population reduction followed by expansion (Mismatch Distribution SSD = 0.20746; p = 0.0002, Tajima D = - 1.766; p = 0.008, Fs = - 23.702; p = 0.001), and the Extended Bayesian Skyline Plot (EBSP) also showed population reduction. Coalescent dated tree showed an ancient time to most recent ancestor (TMRCA) dated from ~4.9 Ma (CI 95% 1.9 Ma) in the Pliocene. Both the median-joining network and the coalescent tree showed evidences of incomplete lineage sorting. Our data show that the current pattern of diversity found so far is in consonance with a wide distribution of this species in the past, strongly suggesting that the climate changes of the Quaternary Period had strongly influenced the genetic diversity pattern and the geographical distribution of the species. / Tabebuia roseoalba (RIDL.) Sandwith (Bignoniaceae) é amplamente distribuída em florestas estacionais semideciduais e deciduais neotropicais, do Nordeste para o Centro- Oeste e Sudeste do Brasil, sendo também encontrada no Paraguai, Bolívia e Peru. Conhecer o padrão filogeográfico desta espécie nos ajuda a entender quais eventos históricos influenciaram na atual distribuição geográfica das florestas estacionais. Sendo assim, estamos interessados em compreender os efeitos das mudanças climáticas do período quaternário sobre os atuais padrões de diversidade genética e distribuição geográfica da espécie T. roseoalba e das florestas estacionais. Os nossos resultados foram baseados em três regiões intergênicas cloroplastidiais (psbA-trnH, trnC-ycf6 e trnStrnG2S) e uma região ribossômica nuclear (nrDNA) (ITS1 + 5.8S + ITS2). Foram amostrados 235 indivíduos distribuídos em 18 populações coletadas nas regiões Norte, Centro-Oeste e Sudeste. As três regiões cloroplastidiais concatenadas geraram um fragmento de 1519 pares de bases, a diversidade haplotípica foi alta (h = 0,839) e a diversidade nucleotídica foi baixa (π = 0,00610 +/- 0,00311) e foram encontrados 37 haplótipos. Obteve-se um fragmento de 506 pares de bases para a região nuclear, uma diversidade haplotípica menor (h = 0,336) uma diversidade nucleotídica maior (π = 0,01669+/-0,00857) e 14 haplótipos foram identificados. Encontrou-se uma alta diferenciação entre as populações (FST = 0,684; p = 0,001), demonstrando insignificativo fluxo gênico. Foi encontrado sinal de retração seguido de expansão populacional (Distribuição de diferenças par a par SSD = 0,20746, p = 0,0002; D de Tajima D = -1,766, p = 0,008; teste de Fu FS = -23,706, p = 0,001), a análise de Extended Bayesian Skyline Plot (EBSP) também foi significativa, porém o índice de Raggedness não foi significativo (r = 0,029; p = 0,999). O ancestral comum mais recente entre as linhagens foi datado a cerca de ~4,9 ± 1,9 Ma (Ma) antes do presente no Plioceno. As redes de haplótipos e a árvore de coalescência mostraram não haver relação filogenética das linhagens e o espaço geográfico, evidenciando possivelmente arranjo incompleto de linhagem. Os nossos dados mostram que o atual padrão de diversidade encontrado é condizente com uma ampla distribuição desta espécie no passado, sugerindo que as oscilações climáticas do período Quaternário teriam influenciado grandemente o padrão da diversidade genética encontrada, a distribuição geográfica da espécie e das florestas estacionais neotropicais.

Submitted by Cássia Santos (cassia.bcufg@gmail.com) on 2017-08-30T10:51:56Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Tatianne Piza Ferrari Abreu - 2014.pdf: 3603386 bytes, checksum: a40d79ec7974327b452379ba2fc94097 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-09-15T13:17:53Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Tatianne Piza Ferrari Abreu - 2014.pdf: 3603386 bytes, checksum: a40d79ec7974327b452379ba2fc94097 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-15T13:17:53Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Tatianne Piza Ferrari Abreu - 2014.pdf: 3603386 bytes, checksum: a40d79ec7974327b452379ba2fc94097 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2014-03-10 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Micrurus lemniscatus is a South American coral snake species, popularly known as “coral verdadeira”. It is widely distributed in Seasonally Dry Forests (SDF), Gallery Forests and Rainforests. The Tertiary events and the climatic oscillations of the Quaternary affected the distribution of these ecosystems altering, in turn, the distribution of animals associated to these habitats. We hypothesize that the forest expansion and contraction cycles caused by climate fluctuations may have influenced the current distribution and genetic structure of M. lemniscatus. This study aimed to study the evolutionary relationships and patterns of divergence among M. lemniscatus lineages and infer the historical biogeographic events that influenced the distribution and genetic variation. Twenty-nine individuals of M. lemniscatus were sampled from 16 localities in the states of Tocantins, Bahia, Goiás, Alagoas, Mato Grosso, Maranhão, Pará and Amazônia. Three mitochondrial regions (COI, 16S and ND4L) were sequenced, and together generated a fragment of 1595 bp and 23 different haplotypes. The analyses showed a very ancient lineage divergence ~ 4.5 Myr and high genetic differentiation among localities (FST=0.932; p<0.01), suggesting a limited gene flow among geographical regions. The demographic analyzes and neutrality tests indicated that there is no sign of expansion and that populations have constant size (Tajima’s D = 0.521; p = 0.763 and Mismatch distribution = 0.009; p= 0.779). In the analysis of the evolutionary relationship between haplotypes (by median-joining network method), no relationship between lineage and geographical space was found, suggesting incomplete lineage sorting. The results corroborate and give evidence that populations of M. lemniscatus were distributed in a more continuous region in the past, and the current distribution of this species may be the result of the reduction and separation of the geographical scope of their distribution, rather than having itself been an expansion event. This may be the result of cycles expansion of SDF and retraction of the rainforests during the cool and dry phases of the Quaternary. / Micrurus lemniscatus é uma espécie de cobra coral verdadeira sul-americana. Essa espécie possui uma ampla distribuição, ocorrendo em vários tipos de hábitats, incluindo Floresta Estacional Decidual e Semidecidual (FED), Matas de Galeria e Florestas Úmidas. No passado, os eventos do Terciário e as oscilações climáticas no Quaternário provavelmente influenciaram o padrão de distribuição dessas florestas, alterando a distribuição dos organismos associados à esses habitats. Hipotetiza-se que, os ciclos de expansão e retração florestal causados pelas flutuações climáticas podem ter influenciado a atual distribuição e estruturação genética de M. lemniscatus. Este trabalho teve por objetivo avaliar os padrões e relações evolutivas das linhagens genéticas de M. lemniscatus e compreender quais foram os eventos históricos biogeográficos que influenciaram a distribuição e a variação genética atual. Foram utilizados 29 amostras de indivíduos de M. lemniscatus de 16 localidades dos Estados de Tocantins, Bahia, Goiás, Alagoas, Mato Grosso, Maranhão, Pará, e Amazônia. Três regiões mitocondriais (COI, 16S e ND4L) foram sequenciadas, e juntas geraram um fragmento de 1595 pb e 23 diferentes haplótipos. As análises evidenciaram uma divergência bem antiga de linhagens, ~4,5 milhões de anos atrás e uma alta diferenciação genética entre as localidades (FST=0,932; p<0,01), o que sugere um fluxo gênico limitado entre essas regiões. As análises demográficas e testes de neutralidade indicaram que não há sinal de expansão e que as populações possuem tamanho constante (D de Tajima= 0,521; p= 0,763 e Distribuição de Mismatch= 0,009; p= 0,779). Na análise de relação evolutiva entre os haplótipos (pelo método median-joining network), não foi encontrada relação entre as linhagens e o espaço geográfico, sugerindo arranjo incompleto de linhagens. Os resultados corroboram e dão evidências de que as populações de M. lemniscatus eram distribuídas em uma região mais contínua no passado, e a atual distribuição desta espécie pode ser o resultado da redução e separação da abrangência geográfica de sua distribuição, ao invés de ter ocorrido propriamente um evento de expansão. Isso pode ser resultado dos ciclos de expansão das FED e retração das florestas úmidas durante as fases mais frias e secas do Quaternário.