Iron Regulatory Protein 1 (IRP1) est une protéine cytosolique dont le rôle est de réguler la concentration de fer intracellulaire chez les métazoaires par un mécanisme post-transcriptionnel. Elle interagit avec certains ARN messagers au niveau de motifs spécifiques appelés IRE (Iron Responsive Element) situés dans leurs régions non traduites et modifie la synthèse des protéines correspondantes. En présence de fer, IRP1 perd cette capacité de fixation, intègre un agrégat [4Fe-4S] et acquiert une activité aconitase. La régulation s'effectue donc par un processus d'assemblage et de désassemblage du centre fer-soufre.<br />La réactivité de la protéine recombinante IRP1 humaine, purifiée sous sa forme aconitase [4Fe-4S], a été étudiée vis à vis d'autres effecteurs que le fer capables de modifier l'activité des IRP. Ainsi des excès assez modestes de diverses espèces réactives de l'oxygène ne peuvent former que l'espèce [3Fe-4S] de la protéine. La doxorubicine, un composé cytostatique utilisé comme anti-cancéreux, a une action sur IRP1, mais elle dépend des conditions d'application et implique certainement des mécanismes multiples. In vitro, IRP1 est complètement activée pour la fixation d'ARN par un fort excès de 2-mercaptoéthanol. Parmi les diverses causes possibles de cet effet, les propriétés de solvant de ce produit (comme de l'éthanol) en sont responsables.<br />La recherche d'éventuels partenaires physiologiques de la protéine IRP1 a été entreprise par une étude double hybride chez la levure Saccharomyces cerevisiae, mais les constructions utilisées n'ont pas permis de déterminer de candidats potentiels. L'utilisation d'autres constructions ainsi que d'autres systèmes double hybride est envisagée pour la poursuite de cette étude.<br />Une nouvelle méthode de dosage de l'activité de fixation au motif IRE a été envisagée par l'utilisation d'un substrat fluorescent et de l'électrophorèse capillaire. Les résultats préliminaires obtenus n'ont pas encore abouti, mais ils contribuent à donner des orientations pour le développement de cette méthode présentant de nombreux avantages.<br />Des changements de conformation entre les deux formes actives de IRP1 ont été analysés par deux méthodes structurales en solution. La formation de certains éléments de structure secondaire d'IRP1 dépend de l'état d'activité de la protéine et ils sont sensibles à la fixation des substrats. Les propriétés hydrodynamiques d'IRP1 varient aussi lors de ces différents changements. Faute de structure à haute résolution, ces informations permettent toutefois de se représenter le comportement structural d'IRP1 dans son rôle de régulateur.

La NADH:ubiquinone oxydoréductase (complexe I) est le plus gros complexe enzymatique du système mitochondrial d'oxydation phosphorylante (43 sous-unités chez l'homme). Très peu de données sont disponibles concernant les mécanismes régulant l'expression de ces protéines. <br />Cette étude a été initiée par l'étude des promoteurs de deux gènes du complexe I mitochondrial humain. Les résultats montrent que le gène NDUFS8 qui code pour la sous-unité 23 kDa (TYKY) est transcrit sous le contrôle des facteurs de transcription YY1 et Sp1 tandis que gène NDUFS7 codant pour la sous-unité 20 kDa (PSST) est régulé par NRF-1 et Sp1. <br />Dans la deuxième partie de ce travail, une méthode d'analyse du protéome mitochondrial humain par électrophorèse bidimensionnelle a été développée. Le but est d'aborder de manière globale et sans a priori l'expression des protéines du complexe I : déterminer qui est régulé et comment en réponse à un stimulus déterminé? <br />Des cartes de référence ont été développées à partir de mitochondries extraites de placenta humain en utilisant deux types de gradient de pH : l'un est adapté aux protéines acides et neutres, l'autre aux protéines basiques. Sur ces cartes, 85 protéines mitochondriales ont été identifiées par spectrométrie de masse dont 17 sous-unités du complexe I. Cette technique d'analyse protéomique a ensuite été utilisée pour étudier la régulation de l'expression des protéines mitochondriales par le fer. Sur le plan technique, les premiers résultats sont encourageants : les gels d'électrophorèse bidimensionnelle préparés avec des mitochondries extraites de cellules en culture sont de bonne qualité et des variations reproductibles de l'expression de sous-unités du complexe I et d'autres protéines mitochondriales ont pu être détectées. Sur le plan fondamental, les données obtenues sont préliminaires. Il sera nécessaire de réaliser de nouvelles expériences pour confirmer les premières observations et analyser la cinétique des variations détectées.

La thèse porte sur la répartition des compétences de régulation économique dans le processus de libéralisation du secteur des télécommunications. Dans une première partie, nous définissons la répartition des compétences entre un régulateur indépendant et un régulateur politique en étudiant les directives européennes sous un angle institutionnel. Nous montrons ensuite que la loi française libéralisant le secteur n'a que partiellement tenu compte des préconisations européennes puisque le gouvernement intervient dans le processus de régulation économique, alors que l'État est encore actionnaire de l'opérateur historique. Dans une deuxième partie, nous mettons en évidence, de manière théorique et empirique, les objectifs privés défendus par ces deux régulateurs. En nous appuyant sur les hypothèses de comportement du gouvernement développées par l'école du public choice, nous montrons que les décisions de l'autorité politique sont influencées par l'ancien monopole. En étudiant ensuite les instruments de capture des régulateurs proposées par la littérature économique, nous montrons que les décisions de l'agence de régulation indépendante sont influencées par les nouveaux opérateurs privés. Dans une troisième partie, nous examinons l'impact de ces objectifs privés sur le processus de régulation. Nous montrons que la seule intervention d'un régulateur politique ne permet pas à la concurrence de se développer, au détriment des consommateurs et des opérateurs alternatifs. Parallèlement, la seule intervention d'une autorité indépendante génère une structure de marché exagérément concurrentielle, au détriment des consommateurs et de l'opérateur historique. Nous montrons alors que la meilleure architecture institutionnelle consiste à répartir les compétences de régulation économique entre deux régulateurs poursuivant des objectifs diamétralement opposés.

Les décisions de régulation de charge sur une ressource agrégée comprenant plusieurs exemplaires de même type, sont abordées dans une perspective pluridisciplinaire, conciliant aspects Humains et Automatiques. La tentative est de répondre à un besoin double d'Autonomie décisionnelle et d'Ergonomie des outils d'aide proposés aux responsables de telles décisions. Pour cela, l'approche présentée repose sur une décomposition du système décisionnel en centres, liés entre eux par des relations du type «amont-aval», les décisions prises en amont étant traduites en termes de contraintes devant être respectées par l'aval. L'originalité réside alors dans l'analyse des raisonnements, représentations mentales et mécanismes automatiques liés aux diverses marges laissées par un jeu de contraintes (délais, dates, quantités de ressource,...) pesant sur le centre de régulation: • à un niveau agrégé des décisions, il s'agira de raisonner sur des marges de charge et de capacités de ressource, en exploitant certains mécanismes automatiques de glissements, dits de vases communicants. De telles marges sont révélées par une décomposition temporelle de l'horizon en Structure Adjacente, faisant elle-même l'objet d'une première étape décisionnelle. • à un niveau plus détaillé, et compte tenu du niveau précédent, ou amont, il s'agira de raisonner sur des marges de temps, et éventuellement de séquencements et d'affectations des opérations de fabrication, en exploitant certains mécanismes automatiques de déductions et de propagations issus de l'Analyse Sous Contraintes. L'Interface Homme-Machine MARGE: Module d'Aide à la décision de Régulation, Graphique et Ergonomique, constitue une application des éléments théoriques précédents, et s'inscrit dans une démarche itérative de conception/validations ergonomiques menée avec une équipe de recherche en Psychologie du Travail

RESUME: S'il est établi que les acides aminés interagissent à différents niveaux avec les mécanismes de la régulation glycémique, le rôle quantitatif et qualitatif de l'apport protéique dans l'homéostasie du glucose reste controversé. Le stress oxydant joue un rôle important dans la pathogenèse de l'insulino-résistance, mais peu d'études ont exploré les effets de modulations de l'apport en cystéine, substrat limitant de la synthèse de glutathion. Après une étude des données bibliographiques portant sur les relations entre l'apport protéique et la régulation glycémique, avec un intérêt particulier porté à l'apport en acides aminés soufrés, nous présentons les résultats de nos études expérimentales réalisées chez le rat. Nous avons exploré les effets de la consommation de régimes hyperprotéiques sur la composition corporelle, la tolérance au glucose et la sensibilité à l'insuline et nous avons évalué les contributions respectives de la diminution spontanée de l'apport énergétique et de l'augmentation de l'apport protéique dans les effets observés. Par la suite, nous avons étudié les effets d'une augmentation spécifique en aigu et à moyen terme de l'apport en cystéine, apportée par l'intermédiaire d'une source protéique naturellement riche en cystéine (protéines de lactosérum enrichies en αlactalbumine) ou d'un donneur de cystéine (N-acétylcystéine), sur le statut en glutathion et la régulation glycémique chez le rat nourri avec un régime hypersaccharosé, un modèle d'induction nutritionnelle de stress oxydant associé à l'apparition d'une insulino-résistance. Différents paramètres de la régulation glycémique, évaluée à jeun et en dynamique (période postprandiale et provocations glycémiques ou insuliniques), ont été confrontés à des marqueurs du statut redox, du métabolisme du glutathion, de la production et de la biodisponibilité du monoxyde d'azote. L'augmentation de la fraction protéique de l'alimentation réduit le dépôt adipeux et améliore la régulation glycémique chez le rat sain. Chez le rat nourri avec un régime hypersaccharosé, une augmentation spécifique de l'apport en cystéine améliore le statut en glutathion et prévient le stress oxydant, les dysrégulations glycémiques et la réduction de la biodisponibilité du monoxyde d'azote. Ces résultats suggèrent que des conditions alimentaires conduisant à l'apparition d'un stress oxydant modéré pourraient être associées à une augmentation des besoins en acides aminés soufrés et que la non couverture de ces besoins favorise l'apparition de dysfonctions métaboliques.

La recherche analyse les conditions d'application de l'action publique de protection des espaces naturels ainsi que les déterminants sociaux de son efficacité. L'action publique est appréhendée comme une forme particulière d'action collective organisée. La recherche s'appuie sur des recherches empiriques réalisées en France et en Espagne sur la procédure de mise en œuvre de Natura 2000 et sur différents sites protégés. Notre thèse montre que les deux systèmes politiques nationaux étudiés produisent le même modèle de mise en œuvre des politiques de protection de la nature. Elle met en évidence la place déterminante du « local » ainsi que le rôle des réglementations dans la mise en relation et la coopération des acteurs. L'application effective d'une politique de conservation résulte d'une régulation intermédiaire entre la régulation hétéronome produite par des autorités publiques externes et les régulations sociales qui expriment les capacités d'organisation et d'action autonomes des acteurs au niveau local. Ce sont en fait les configurations locales d'intérêts et les coalitions entre acteurs qui déterminent le contenu et les orientations des mesures de protection appliquées.

L'activité de PrfA, régulateur transcriptionnel de nombreux gènes de virulence de Listeria monocytogenes, dont hly, est inhibée par des sucres rapidement métabolisés comme le glucose et le fructose. Cette inhibition ne suit pas le mécanisme général de répression catabolique des firmicutes, car l'inactivation de ccpA (catabolite control protein A) ne lève pas la répression de l'expression des gènes de virulence exercée par le glucose ou le fructose. Dans le but de tester si le co-répresseur P-Ser-HPr serait impliqué dans la régulation de l'activité de PrfA, nous avons utilisé la souche BUG1199 de B. subtilis, qui contient intégrés à son génome, prfA sous contrôle du promoteur pspac qui est inductible à l'IPTG, et la fusion hly-lacZ. La formation de la P-Ser-HPr requiert l'intervention d'une enzyme bifonctionnelle l'HPr kinase/phosphorylase (HPrK/P), qui en fonction de la concentration de certains métabolites, soit phosphoryle HPr sur sa Ser-46, soit déphosphoryle la P-Ser-HPr. L'allèle hprKV267F codant pour une HPrK/P qui a conservé une activité kinase normale mais ne possédant quasiment plus d'activité phosphorylase, favorise l'accumulation de la P-Ser-HPr dans la cellule. L'introduction de la mutation hprKV267F dans BUG1199 inhibe fortement l'activité de PrfA. La substitution dans HPr de la Ser-46 par une alanine empêche la formation de la P-Ser-HPr et restaure l'activité de PrfA, alors que l'inactivation de CcpA n'a aucun effet. Cependant l'interruption de ccpA dans BUG1199 à hprK sauvage, inhibe l'activité de PrfA. Cette répression de l'activité de PrfA dans le mutant ∆ccpA est probablement due aussi à l'accumulation de P-Ser-HPr dans la cellule, car elle est levée lorsque la Ser-46 dans HPr est remplacée par une alanine. Outre sa phosphorylation sur la Ser-46, HPr est également phosphorylée sur son His-15 par l'enzyme I (EI) via la cascade de phosphorylation PEP-dépendante du PTS (Phosphoenolpyruvate carbohydrate phosphoTransferase System). Cependant la P-Ser-HPr est un mauvais substrat pour l'EI, ce qui favorise probablement l'inhibition de PrfA. En effet, l'interruption des gènes codant pour HPr et/ou EI, inhibe également l'activité de PrfA. Ainsi pour être active, PrfA a besoin d'un PTS fonctionnel.

La gustation est une composante essentielle de la détection oro-sensorielle des lipides alimentaires. La liaison des AGLC sur le récepteur CD36 joue un rôle prépondérant dans cette lipido-détection orale chez la souris et très probablement chez l'Homme. En effet, elle intervient dans le choix alimentaire (sensibilité aux lipides) ainsi que dans la préparation de l'organisme à l'arrivée de lipides. Ce " sensing " oral des lipides est fortement régulé. Comme l'obésité semble être responsable d'une altération de la détection des saveurs primaires, l'objectif de cette thèse a été d'explorer si l'obésité peut également être à l'origine de perturbations de la détection orale des lipides à la fois chez l'Homme et chez la souris. Nos résultats chez l'Homme indiquent qu'il existe une altération de la lipido-détection orale chez certains sujets obèses. Nous avons montré que ces derniers présentaient une consommation accrue en lipides. De plus, la sécrétion précoce de triglycérides plasmatiques induite par une stimulation orale observée chez les sujets minces n'est plus reproduite chez les sujets obèses. Chez la souris, il a été montré que l'obésité provoque une diminution de la sensibilité gustative aux lipides alimentaires. Ce phénomène est la conséquence d'une dérégulation de la signalisation calcique CD36-dépendante au niveau des cellules gustatives. Chez ces animaux, la stimulation orale lipidique entraîne, comme chez l'Homme, une augmentation transitoire de la triglycéridémie qui pourrait être responsable d'une réduction de la taille du repas (rassasiement). En conclusion, l'obésité affecte la lipido-détection orale chez l'Homme et la souris. Le défaut de détection des lipides alimentaires associé à l'abolition de la sécrétion précoce de triglycérides plasmatiques chez les sujets obèses pourrait être à l'origine d'une perturbation de la régulation de la prise alimentaire, entraînant une surconsommation d'aliments riches en lipides et renforçant ainsi l'obésité

Face aux enjeux de la transition énergétique, de la communication, de la mobilité des biens et des personnes, et plus généralement de la compétitivité dans un monde globalisé, les États européens ont fait le choix de développer les réseaux d'infrastructures nécessaires au fonctionnement d'un marché commun. Dans cette perspective, le processus d'intégration des industries de réseaux en Europe - ici, les secteurs de l'énergie et des transports - se traduit par la formation d'espaces communautaires sans frontières internes. Généralement analysée du point de vue des mécanismes de marché (market design) et/ou de celui des mécanismes de régulation (regulatory design), cette dynamique semble à première vue indépendante des choix des entreprises. En effet, dans ces deux perspectives, les stratégies des entreprises qui participent à ce processus sont le plus souvent ignorées ou, tout au plus, prises comme des réactions aux évolutions de marché et de régulation. Or, nous soutenons ici que les entreprises, par leurs stratégies de marché, de structuration de marché et non-marché, participent de façon proactive à l'intégration des industries de réseaux en Europe. Ainsi, l'articulation des mécanismes de marché, de régulation et des dynamiques stratégiques nous conduits à formuler la question de recherche suivante : comment les entreprises actives sur les industries de réseaux européennes intègrent-elles l'évolution des environnements de marché et de régulation à leur stratégie ? D'abord, l'étude des mécanismes institutionnels d'intégration du transport aérien et de l'électricité nous a permis de caractériser l'existence d'un cycle de régulation endogène, à l'origine de la production des paquets législatifs qui encadrent le processus de restructuration des industries de réseaux. Ensuite, l'analyse des choix stratégiques de coopération et de concurrence dans le secteur ferroviaire nous a conduits à développer un outil d'analyse qualitative des stratégies d'alliances - les Séquences Stratégiques Multidimensionnelles appliquées aux alliances (SSMA) - qui permet de tenir compte à la fois des phénomènes de régulation et de structuration de marché, mais aussi des interdépendances entre les acteurs sur différents marchés. Enfin, l'analyse d'un projet d'interconnexion électrique entrepris par un opérateur privé nous a amenés à développer le concept de situation stratégique, caractérisé par une configuration particulière d'acteurs en interaction, d'espaces stratégiques et de temps stratégiques. Dès lors, la prise en compte des risques liés à la dynamique de régulation et aux transformations des marchés suggère que les entreprises sont amenées à développer des stratégies séquentielles de court terme, ajustées aux paramètres évolutifs des situations stratégiques. La thèse montre ainsi que, loin d'être réactives, les entreprises façonnent par leurs actions et réactions stratégiques les contours de ce que sera le marché européen de demain.

Chez les Archaea, tous les processus informationnels, transcription incluse, sont effectués par des protéines proches de celles des Eukarya. Alors que la machinerie transcriptionnelle des archées a été bien caractérisée structurellement et fonctionnellement, très peu d'informations sont disponibles sur la régulation de son activité. En travaillant à la fois avec des modèles cellulaires (crénarchée hyperthermophile Sulfolobus islandicus) et viraux, nous avons pu réaliser une étude approfondie de trois régulateurs transcriptionnels et mieux comprendre les mécanismes de régulation transcriptionnelle chez les archées. Au cours de cette thèse, deux régulateurs viraux, SvtR et AFV1p06, et un régulateur cellulaire, Sta1, ont été étudiés. Concernant SvtR, codé par le virus SIRV1 qui infecte S. islandicus, nous avons poursuivi la recherche précédente, qui avait permis de déterminer sa structure et sa fonction, en nous focalisant sur la caractérisation de l'ensemble de ses cibles dans le génome viral et sur l'étude de son mécanisme d'action. Pour cela, la séquence du site consensus reconnu par SvtR a été établie à l'aide de la mutagénèse systématique d'un de ses sites déjà caractérisés. Ce site est présent dans les promoteurs de dix gènes de SIRV1 montrant que SvtR pourrait réguler l'activité de plus de 20% des gènes viraux. Ses cibles incluent tous les gènes codant pour les protéines de la capside virale. L'analyse fonctionnelle réalisée sur une partie des sites de liaison de SvtR a permis de démontrer qu'il s'agit d'un régulateur polyvalent agissant, selon la cible, en tant que activateur ou répresseur transcriptionnel. En prenant comme modèle le promoteur du gène gp30, nous avons pu démontrer par plusieurs approches que la régulation de ce promoteur inclut la polymérisation de la protéine depuis son site de liaison principal jusqu'à la TATA-box du promoteur. Il s'agit d'un mécanisme de régulation de transcription à distance original et inédit chez les archées. La structure de l'autre régulateur viral étudié, AFV1p06, codé par le virus AFV1 qui infecte Acidianus hospitalis, révèle la présence au sein de cette protéine d'un domaine en doigt de zinc C2H2, considéré jusqu'à présent comme spécifique des eucaryotes. Nous avons démontré la capacité d'AFV1p06 à se lier à l'ADN avec une préférence pour les régions riches en GC. AFV1p06 est la première DNA binding protéine d'archées de ce type caractérisée in vitro. Le troisième régulateur transcriptionnel, Sta1, est codé par le génome des Sulfolobales. Il est capable d'activer la transcription de gènes viraux, ainsi que du gène chromosomique radA en réponse à un dommage à l'ADN. Pour comprendre son rôle dans la cellule, nous avons tenté de réaliser, sans succès, un mutant knock-out du gène sta1 de S. islandicus RYE15A, ce qui indique que le gène sta1 serait un gène essentiel. L'étude de l'interaction hôte-virus sur le modèle S. islandicus LAL14/1 est un des sujets principaux de notre laboratoire. Le séquençage du génome de cette souche a ouvert la voie pour établir un système génétique. Plusieurs mutants KO de LAL14/1 (pyrEF-; ΔCRISPR1) ont été construits. L'impossibilité d'inactiver un autre gène candidat, topR2, codant pour une réverse gyrase, indique qu'il s'agit d'un gène essentiel. La construction du mutant ΔCRISPR1 est la première étape pour obtenir un dérivé de LAL14/1 dépourvu de système CRISPR, un mutant très utile pour mieux comprendre l'implication des CRISPRs dans le phénotype de résistance de LA14/1 au virus SIRV1 et leur rôle chez les archées en général. L'ensemble des résultats de cette thèse contribue à la meilleure compréhension du fonctionnement moléculaire chez les archées et leurs virus.