Les réseaux de régulation biologiques sont des systèmes complexes dans lesquels les entités biologiques interagissent entre elles, faisant ainsi émerger des comportements particuliers. Dans cette thèse, nous proposons une méthodologie générale afin de mieux comprendre les mécanismes en jeux dans ces réseaux de régulation et tout particulièrement dans ceux ayant un comportement oscillatoire. De façon générale, les différentes parties de cette méthodologie ont pour but, soit d'analyser des systèmes biologiques de plus en plus grands, soit de raffiner les analyses sur des modèles moins conséquents. Ces travaux utilisent les propriétés temporelles des modèles biologiques qui sont souvent abondantes mais encore relativement peu exploitées. Pour parvenir à intégrer les données temporelles, nous avons développé des modélisations hybrides qui combinent dans leurs comportements des aspects purement qualitatifs ainsi que des aspects continus (dans les notions temporelles quantitatives). La première partie de cette méthodologie générale consiste à utiliser une modélisation hybride nommée TEM (pour modélisation d'évolution temporelle) qui permet une pré-analyse du système biologique. L'avantage de cette modélisation est qu'elle utilise des paramètres qui sont très proches des données biologiques et qu'elle peut fournir des résultats d'intérêt à partir d'un nombre réduit d'hypothèses simples. Néanmoins, plus nous fournissons de données sur le modèle biologique dans l'approche TEM et plus les résultats obtenus sont précis. La seconde partie de notre méthodologie générale consiste à reprendre des modélisations existantes et couramment utilisées (la modélisation par équations différentielles par morceaux (PLDE) et la modélisation discrète de R. Thomas) et d'y ajouter de nouvelles méthodes conjointes. La première méthode permet d'obtenir l'ensemble des contraintes nécessaires et suffisantes pour le paramétrage d'un modèle d'après des spécifications. Ceci peut permettre de découvrir des caractéristiques communes à l'ensemble des paramétrages validant les spécifications du modèle mais également d'obtenir l'ensemble de ces paramétrages grâce à un solveur de contraintes. La seconde méthode permet de décomposer les dynamiques obtenues à partir du paramétrage d'un modèle. Cette méthode peut servir à mieux comprendre les dynamiques ainsi obtenues en sachant si un comportement correspond à un ensemble de sous-comportements et si oui lesquels. La méthode peut également servir à travailler sur un sous-ensemble de la dynamique en ne prenant en compte que les sous-comportements intéressants, par rapport à certaines préoccupations. Enfin, la dernière partie de cette thèse consiste en une modélisation nommée modélisation TDD (pour modélisation par décomposition des domaines temporels) et permettant de raffiner les analyses précédentes. Cette modélisation est basée sur la modélisation PLDE et la modélisation discrète de R. Thomas afin de profiter pleinement des méthodes que nous avons développées. En fait, cette modélisation, tout comme dans la première modélisation présentée dans cette thèse, est une modélisation hybride qui utilise également la notion de temps via des paramètres temporels.

Dans le contexte de globalisation, les frontières et les principes d'intégration des entreprises sont soumis à des contraintes de transformation. Les évaluations des marchés des biens et des capitaux transforment ce qui était jusqu'ici le modèle de l'entreprise fordiste intégrée. La question posée est de comprendre la forme et la logique de la recomposition de la firme post-fordienne, de ses frontières et de son principe d'intégration dans le contexte de la globalisation. Nous définissons la firme comme un système efficient d'articulation des normativités marchandes, issues des marchés des biens et des capitaux, et des normativités techniques, issues de l'activité et des impératifs de l'objet technique. Ces deux normativités, disant ce qui doit être depuis une position prescriptive dynamique, entretiennent potentiellement un rapport conflictuel. L'organisation se constitue dans l'institution d'un compromis permettant la définition d'un produit pouvant tout à la fois être fabriqué et vendu. Sans ce compromis, l'organisation perd son efficience, ne pouvant vendre ou produire. A partir de ce cadre théorique, intégrant les travaux des théories de la firme et des Economies des Grandeurs, dans un espace productif industriel donné, nous posons la question de la dynamique de recomposition du compromis productif entre des normativités évolutives. Nous suivons les modalités pratiques par lesquelles les acteurs de ces normativités, actionnaires, dirigeants, salariés, clients, les fournisseurs n'étant pas étudiés, élaborent, justifient et légitiment un type d'articulation normative. Le constat de notre étude est que le compromis, à l'issu de ces transformations, reste incomplète. Le rapport à la technicité du produit est médiatisé par les acteurs projets, le compromis supportant non pas un rapport accepté d'équivalence, mais un rapport de force de la normativité marchande à la normativité technique.

Dans un contexte de mutation et d'incertitude de l'action publique en matière de prévention des risques sur les lieux de travail, le groupe professionnel des inspecteurs du travail, caractérisé par une autonomie forte et un partage de valeurs civiques, rencontre, pour refonder sa légitimité, des difficultés d'apprentissages collectifs liées aux limites des régulations dans lesquelles s'inscrit son action. A cet égard l'évaluation des risques revêt une portée heuristique en dévoilant, à l'aide de la controverse en vigueur parmi les inspecteurs, les tensions de fond en œuvre dans ce groupe professionnel. En effet, l'évaluation des risques, qui se diffuse massivement à la fin des années 1990, contribue à remettre en cause la hiérarchie des normes et des acteurs de la prévention. La hiérarchie des inspecteurs, qui tient depuis peu un discours managérial, ne parvient pas à orienter et à contrôler l'activité des inspecteurs, qui développent par ailleurs peu de régulation autonome. Il en résulte un handicap pour des apprentissages collectifs permettant à l'inspection du travail de reconstruire sa légitimité.Le déficit de coopération stratégique entre les inspecteurs et les autres acteurs de la prévention des risques professionnels ne permet pas de pallier le déficit des régulations internes à l'inspection.Divisés sur les enjeux de l'évaluation des risques, les inspecteurs du travail se partagent aussi – selon deux figures types – sur la place à accorder à la ressource légale (versus l'accommodation des règlements et la négociation collective) et à la ressource coopérative tant en interne à l'inspection qu'avec les autres acteurs de la prévention (versus la défense de leur autonomie et une posture régalienne).L'absence de recomposition d'un modèle d'action légitime pour les agents et les autres acteurs de la prévention expose l'inspection du travail à une attitude de repli de ses agents.

Cette thèse s'inscrit dans le cadre de la modélisation et la commande des robots poly-articulés utilisés dans les applications d'imagerie médicale. Ces travaux ont porté sur deux aspects complémentaires, d'une part, la méthodologie de modélisation des robots positionneurs dans les applications d'imagerie médicale. D'autre part, les méthodologies de contrôle de mouvements et de réduction des vibrations. Les concepts développés dans ce travail sont présentés selon une approche « Bottom-up » visant à étudier le cas mono-axe afin de mieux définir la problématique identifiée et de comprendre l'impact des solutions. Ensuite, l'étude portera sur l'extension des concepts retenus dans le cadre de la commande multiaxe du robot. Dans la phase de modélisation, une démarche formalisée en vue d'obtenir les modèles des robots (de connaissances, d'analyse et de commande) est exposée. Aussi, ce travail vise à démontrer, via une étude comparative, le potentiel d'application de plusieurs approches de modélisation et de commande dans ce cadre précis. En complément au travail de modélisation, un outil d'aide à la modélisation a été mise en place. Les modèles établis ont permis d'étudier différentes stratégies de commande, l'étude a porté sur l'élaboration de trois actions de commande, à savoir, la génération de trajectoire du système, le calcul du couple d'anticipation, et le calcul du correcteur qui permet de garantir la poursuite de la trajectoire. Enfin, une part importante de ce travail a été consacrée à la validation expérimentale des modèles établis et aux essais des lois de commandes retenues sur les robots d'imagerie médicale.

De nombreuses fonctions cellulaires sont réalisées grâce à l'interaction coordonnée de plusieurs gènes. Identifier le graphe de ces interactions, appelé réseau de régulation génétique, à partir de données d'expression de gènes est l'un des objectifs majeurs de la biologie des systèmes. Dans cette thèse, nous abordons ce problème en choisissant de modéliser les relations entre gènes par un réseau bayésien. Se pose alors la question de l'apprentissage de la structure de ce type de modèle à partir de données qui sont en général peu nombreuses. Pour résoudre ce problème, nous recherchons parmi tous les modèles possibles le modèle le plus simple, expliquant le mieux les données. Pour cela, nous introduisons et étudions différents types d'algorithmes génétiques permettant d'explorer l'espace des modèles. Nous nous intéressons plus particulièrement aux méthodes de spéciation. ces dernières, en favorisant la diversité des solutions candidates considérées, empêchent l'algorithme de converger trop rapidement vers des optima locaux. Ces algorithmes génétiques sont comparés avec différentes méthodes d'apprentissage de structure de réseaux bayésiens, classiquement utilisées dans la littérature. Nous mettons ainsi en avant la pertinence des approches evolutionnaires pour l'apprentissage de ces graphes d'interactions. Enfin, nous les comparons à une classe alternative d'algorithmes évolutionnaires qui s'avère particulièrement prometteuse : les algorithmes à estimation de distribution. Tous ces algorithmes sont testés et comparés sur un modèle du réseau de régulation de l'insuline de 35 noeuds dont nous tirons des jeux de données synthétiques de taille modeste.

Un nouveau concept de mobilité urbaine est apparu : Les Cybercars : Des véhicules routiers autonomes économiques et propres et qui viennent en complément des transports publics. <br />Cette thèse a pour cadre le plan plur-formation « cœur de Ville ». Ce PPF a pour objectif de traiter les problématiques relatives à la mise en place des Cybercars dans un contexte urbain.<br />L'objectif de notre travail de recherche est de fournir un outil d'aide à la décision aux régulateurs de transport multimodal. Il s'agit de les aider dans le choix de la stratégie d'exploitation à adopter, en mode dégradé, en présence de perturbations simultanées dans le réseau. Ce système d'aide à la décision est basé sur une phase de construction des décision qu'il serait possible d'appluiquer, suivie d'une phase d'évaluation multicritère des différentes stratégies candidates au moyen de l'Intégrale de Choquet. Cette phase permet d'affinier le choix proposé au régulateur vu que l'évaluation tient compte des interactions entre les critères et donne au régulateur une image ciblée des repercutions de chaque stratégie sur le réseau de transport .L'originalité de nos travaux réside dans le fait d'intégrer l'utilisation des Cybercars comme stratégie d'exploitation qui s'ajoute à celles des modes de transports multimodaux. L'aspect temps-réel et la complexité du problème de régulation nçous ont guidés dans le choix des algorithmes évolutionnaires à adopter pour la mise en place de cretaines stratégies d'exploitation.Les résultats de simulations ont permis d'appuyer l'idée d'utiliser les Cybercars dans les milieux urbainn, non seulement pour les déplacements planifiés mais également pour résorber les perturbations qui affectent le réseau.

L'objet de cette thèse est une analyse comparative des deux principaux modes de gestion qui polarisent<br />l'organisation institutionnelle des services d'eau potable et d'assainissement au Brésil depuis le début des années 70, cherchant à comprendre leurs différentes logiques de fonctionnement et de régulation, leurs contraintes et leurs effets contraignants respectifs tels qu'ils se manifestent sur le terrain municipal

Cette thèse s'interroge sur l'autonomie des salariés engendrée par la flexibilité du temps de travail en étudiant, à partir d'un cas concret, comment se fait le passage entre un règlement et les pratiques quotidiennes. L'hypothèse guidant les analyses postule que la flexibilité, en instituant des règles procédurales, laisse une place plus grande aux négociations quotidiennes et par là aux rapports de pouvoir inhérents à la relation salariale. L'objectif est<br />de comprendre, par une approche sociologique, comment les salariés vivent une forme de temps de travail qui leur délègue la responsabilité de sa gestion et comment ils composent avec les différentes contraintes propres au travail et à leur vie hors travail. La première partie du mémoire contextualise la situation étudiée. Elle définit la notion de flexibilité en la situant dans l'histoire du temps de travail ainsi que par rapport aux différentes formes d'organisation et à certaines transformations culturelles de notre société. Elle présente la littérature internationale et détaille la situation du temps de travail en Suisse, ce qui permet de situer la monographie présentée dans la deuxième partie. Celle-ci porte sur une entreprise suisse de vente par correspondance ayant introduit une gestion individualisée et annualisée du temps de travail. La combinaison entre une approche quantitative et<br />qualitative permet d'analyser les déterminants internes à l'entreprise et ceux propres aux salariés susceptibles d'orienter les pratiques en matière de temps de travail, ainsi que la manière dont les salariés articulent ces deux ordres de contraintes.<br />Les résultats indiquent que l'application des temps de travail flexibles ne passe pas tant par une négociation quotidienne des pratiques que par la fixation de règles informelles. L'autonomie des salariés s'exprime avant tout dans leur capacité à produire, à négocier et à légitimer ces règles. Le niveau intraindividuel s'est révélé être crucial dans la régulation sociale du temps de travail flexible. Elle ne renvoie pas à un simple processus de légitimation mais bien à un mouvement d'institutionnalisation qui tire sa force de l'énergie investie par les salariés dans la recherche personnelle de compromis entre leurs différents rôles, identités et aspirations. C'est cette régulation passant par l'individu qui assure le succès du système étudié.

Étude de certains problèmes d'optimisation combinatoire. Le premier concerne un problème de régulation de trafic pour lequel on donne une formulation mathématique et on propose une méthode permettant de le résoudre. Le deuxième problème traité est un des problèmes de la physique statistique qui relève de la combinatoire et de l'optimisation, celui du fondamental d'un verre de spins (modèle d'Ising). Enfin on étudie, deux autres problèmes d'optimisation combinatoire: l'absorbant et le Ki-recouvrement de poids minimum

Cette thèse est consacrée à la modélisation mathématique de réseaux de régulation génétique et métabolique. Une étude détaillée d'un réseau particulier, l'opéron lactose, nous permet de mettre en évidence les principales difficultés de la modélisation quantitative de tels systèmes. Dans ce domaine, la théorie des systèmes hybrides constitue un outil de modélisation pertinent, qui nous permet de proposer un modèle de l'opéron lactose reproduisant les principales caractéristiques de son comportement telles qu'elles sont connues aujourd'hui. Deux approches qualitatives sont ensuite envisagées. Une approche discrète, basée sur la théorie des réseaux d'automates booléens, est tout d abord présentée. Nous abordons dans ce cadre la question de l'identification de réseaux, en proposant notamment une preuve ainsi qu'une implémentation de l'algorithme d'inférence de réseaux booléens REVEAL. Nous faisons également une analyse de la complexité et de l'efficacité de cet algorithme. Enfin, nous proposons l'étude d une classe de systèmes différentiels comportant des lois de puissance, les S-systèmes. Ces systèmes présentent des propriétés intéressantes d'approximation locale de systèmes provenant des sciences du vivant. Nous proposons un algorithme itératif basé sur les S-systèmes dont le but est de trouver les points d'équilibre positifs d'un système dynamique quelconque, ainsi qu'une approximation locale de ce système autour de ces points d'équilibre. Cette approximation sous forme de lois de puissance offre une alternative à la technique classique de linéarisation. Nous appliquons cet algorithme à l'étude d'une partie d'un système métabolique chez la plante Arabidopsis thaliana.