La compréhension des organismes vivant a été une quête pendant longtemps. Depuis les premiers progrès des derniers siècles, nous sommes arrivés jusqu'au point où des quantités massives de données et d'information sont constamment générées. Bien que, jusqu'au present la plupart du travail a été concentré sur la génération d'un catalogue d'éléments biologiques, ce n'est pas que récemment qu'un effort coordonné pour dé- couvrir les réseaux de relations entre ces parties a'été constaté. Nous sommes intereses à comprendre non pas seulement ces réseaux, mais aussi la façon dont, à partir de ses connexions, émergent des fonctions biologiques. Ce travail se concentre sur la découverte, la modélisation et l'exploitation d'un de ces réseaux : le métabolisme. Un réseau métabolique est un ensemble des réac- tions biochimiques interconnectées qui se produisent à l'intérieur, ou dans les limites d'une cellule vivante. Une nouvelle méthode de découverte, ou de reconstruction des réseaux métaboliques est proposée dans ce travail, avec une emphase particulière sur les organismes eucaryotes. Cette nouvelle méthode est divisée en deux parties : une nouvelle approche pour la modélisation de la reconstruction basée sur l'instanciation des éléments d'un modèle squelette existant, et une nouvelle méthode de réécriture d'association des gènes. Cette méthode en deux parties permet des reconstructions qui vont au-delà de la capacité des méthodes de l'état de l'art, permettant la reconstruction de modèles métaboliques des organismes eucaryotes, et fournissant une relation détaillée entre ses réactions et ses gènes, des connaissances cruciales pour des applications biotechnologies. Les méthodes de reconstruction développées dans ce travail, ont été complétées par un workflow itératif d'édition, de vérification et d'amélioration du modèle. Ce workflow a été implémenté dans un logiciel, appelé Pathtastic. Comme une étude de cas de la méthode développée et implémentée dans le pré- sent travail, le réseau métabolique de la levure oléagineuse Yarrowia lipolytica, connu comme contaminant alimentaire et utilisé pour la biorestauration et comme usine cellulaire, a été reconstruit. Une version préliminaire du modèle a été générée avec Pathtastic, laquelle a été améliorée par curation manuelle, à travers d'un travail avec des spécialistes dans le domaine de cette espèce. Les données expérimentales, obtenues à partir de la littérature, ont été utilisées pour évaluer la qualité du modèle produit. La méthode de reconstruction chez les eucaryotes, et le modèle reconstruit de Y. lipolytica peuvent être utiles pour les communautés scientifiques respectives, le premier comme un pas vers une meilleure reconstruction automatique des réseaux métaboliques, et le deuxième comme un soutien à la recherche, un outil pour des applications biotechnologiques et comme un étalon-or pour les reconstructions futures.

Cette thèse présente un banc d'écriture de réseaux de diffraction de grande surface dont la période peut varier de 100 nm à plusieurs micromètres. Le principe est basé sur l'écriture au vol qui permet d'écrire des longs réseaux en balayant continûment un substrat recouvert de résine photosensible sous un interférogramme de petite dimension créé par un masque de phase. Deux types de masques ont été fabriqués. Le premier, pouvant être décrit comme un interféromètre de type Mach-Zehnder monolithique, présente l'intérêt d'écrire des réseaux de grandes périodes sans limite supérieure. Il est composé de trois réseaux de diffraction, écrits sur la même face d'un substrat épais grâce à destechniques standards de lithographie (e-beam, gravure RIE) accessibles lors d'un échange à l'UEF àJoensuu. A la longueur d'onde 442 nm, ce masque a permis d'écrire un réseau de période de 2 µmde grande dimension à l'aide d'une nappe de lumière divergente. Le second type de masque est monolithique en matériau haut indice. Il est utilisé en immersion à la longueur d'onde de 244 nm; des réseaux de période de 100 nm ont été écrits. La structure capable de supprimer l'ordre zéro transmis a été modélisée et les masques ont été fabriqués par trois partenaires européens du réseau d'excellence NEMO. La gravure du LuAG a également été étudiée en vue de fabriquer un masque de phase pour la longueur d'onde 193 nm. Afin d'écrire des réseaux larges et homogènes, une étude des différentes techniques d'élargissement de faisceau a été réalisée en vue de disposer d'une ligne de lumière avec un profil d'intensité homogène dit " top-hat ", et une méthode de fabrication d'un long masque de phase a été développée

Les systèmes contrôlés en réseau (SCR) ont fait l'objet de nombreux travaux de recherche au cours des dernières années, principalement pour ce qui concerne la synthèse de lois de commande. Les systèmes contrôlés en réseau présentent de nombreux avantages, notamment en terme de flexibilité, mais différent problèmes se posent quand une boucle de contrôle est fermée par un réseau de communication. (ex. retards et des pertes, contraintes de communication). Diagnostic et tolérance aux défauts sont des enjeux importants pour les systèmes de contrôle, particulièrement dans les systèmes de sécurité fondamentaux. La théorie et l'application des approches classiques de diagnostic et tolérance aux défauts doivent être re-visités lorsqu'il s'agit de SCR. L'objectif de cette thèse est de proposer de nouvelles approches de diagnostic pour les systèmes contrôlés en réseau en considérant la perte de paquets et la contrainte de communication. De plus, les algorithmes de l'ordonnancement et de diagnostic proposés sont implémentés dans un mini hélicoptère. Nous considérons d'abord les problèmes de perte de paquets et de contrainte de communication pour ensuite adapter un modèle où la détection des défauts et l'allocation des ressources de communication sont fortement liés. En interprétant ce modèle comme un modèle périodique, nous formalisons et résolvons le problème de détection et localisation de défauts avec un ordonnancement périodique et hors-ligne. L'approche proposée garantit la robustesse des résidus aux perturbations ainsi que perte de paquets sur la commande du système. Il est parfois nécessaire de fournir une séquence de communication prédéfinie avant de concevoir le système de détection de défauts. IL spécifie l'ordre de l'accès des capteurs et des actionneurs au réseau. Cependant, le choix d'une séquence de communication dépend forcément à la structure du système. Un algorithme graphique proposé dans cette thèse garantit la génération de séquences de communication permettant de préserver certaines propriétés structurelles du système. En outre, cet algorithme peut être utilisé sur les systèmes incertains et assez grands. Traditionnellement, allocation des ressources et l'ordonnancement sont basés sur les stratégies hors ligne. Mais la performance du système de diagnostic ne peut pas être garantie sous l'ordonnancement hors-ligne, si le système est objet à des perturbations imprévisibles. En plus, L'ordonnancement en ligne nécessite une grande charge de calcul qui ne peut être toujours possible en cas de système embarqué. Par conséquent, un ordonnancement semi-en ligne qui permet de préserver les avantages de l'ordonnancement en ligne et évite certaines limitations d'ordonnancement hors ligne peut être considéré comme une solution de compromis. Les drones ou UAVs pour Unmanned Aerial Vehicules font actuellement l'objet de beaucoup de recherches en raison de leurs utilités dans des situations qui nécessitent des opérations autonomes ou autopiloté. Ils peuvent être classés comme des systèmes dynamiques rapides. Par conséquent, ils peuvent être banc d'essai idéal pour étudier les effets du réseau sur les performances de contrôle/diagnostique en boucle fermée. Le dernier chapitre de cette thèse est dédié à implémentation d'une stratégie de commande tolérante aux défauts et les approches de détection et localisation des défauts proposées dans les chapitres précédents sur le drone.

Le succès de l'encyclopédie Wikipédia a inspiré de nombreuses expériences. Des logiciels wikis, semblables à celui sur lequel repose Wikipédia, ont été installés dans diverses entreprises dans l'objectif d'y faciliter le travail collaboratif. En se déplaçant à l'intérieur de l'entreprise, les principes de régulation de Wikipédia ont été modifiés de façon à correspondre à ceux de l'entreprise. Cette thèse pose trois questions : 1) Quel est le modèle hybride de régulation de ces wikis d'entreprise ? 2) Pourquoi ne parvient-il pas à fonctionner ? 3) Pourquoi les wikis continuent-ils cependant d'être utilisés au sein des entreprises ? Elle propose, pour y répondre, de rendre compte du modèle hybride d'espace documentaire conçu et testé dans le cadre du partenariat de recherche entre l'Université de Technologie de Troyes et l'Agence Nationale pour la gestion des Déchets Radioactifs (Andra). Ce modèle repose sur deux niveaux de régulation : (i) une régulation par la prédéfinition des tâches inspirée du fonctionnement de l'Andra et (ii) une régulation par la discussion inspirée de celui de Wikipédia. Ce modèle, cependant, ne parvient pas à fonctionner car la régulation par la discussion est incompatible avec le principe d'organisation de l'Andra qui consiste à maximiser le temps que chaque agent passe à la réalisation de tâches individuelles. Cet échec, cependant, ne conduit pas à un abandon du wiki. La structure hypertextuelle de ce dernier permet en effet de faciliter la navigation au sein des collections de documents. La thèse s'achève par une réflexion sur la représentativité du cas étudié.

L'organisation en réseaux a beaucoup influencé la littérature économique et sociologique de par le monde depuis la moitié du 20ème siècle. Cette influence est manifestée par l'abondance des travaux de recherches menés par les chercheurs, ayant prouvé l'importance de cette structure dans le renforcement de la coopération entre firmes, sous le joug d'une entreprise pivot visant à promouvoir l'activité économique du groupe et dompter la concurrence. Par ailleurs, le tourisme souffre encore d'un manque flagrant de travaux théoriques approfondis en relation avec les réseaux, pouvant constituer la matière première d'une littérature de référence. La thèse qui s'inscrit dans cette optique, part du postulat selon lequel, les acteurs touristiques de la région de Marrakech-Tensift-Al Haouz peuvent s'organiser au sein d'un réseau touristique collaboratif chapeauté par une entreprise centrale établie à l'étranger (Tour Opérateur). L'entreprise-réseau ainsi créée (modèles technique et économique), pourrait faire face aux méfaits de la mondialisation et de la concurrence. Cependant, la concentration de toute une foultitude d'acteurs au sein d'un seul réseau reste une opération délicate qui nécessite beaucoup d'abnégation de l'ensemble des partenaires et soumises à de multiples conditions.

Les réseaux ad hoc sont des réseaux distribués, auto-organisés ne nécessitant pas d'infrastructure. Les entités formant un tel réseau doivent collaborer afin d'assurer le bon fonctionnement des services réseaux, tel que le routage. Dans un tel environnement, de nombreux algorithmes développés pour le monde filaire ne peuvent être adaptés de façon naïve sans entraîner une congestion importante du réseau qui va réduire son efficacité. Notre travail de thèse se penche sur l'étude de la gestion de services. En effet, sans application, le développement d'une architecture comme les réseaux ad hoc est inutile. La gestion de services consiste à fournir tout les moyens possibles pour faciliter et rendre fiable l'utilisation d'applications distribuées. Nos travaux contribuent à l'étude de deux points précis de la gestion de services. Premièrement, nous fournissons un algorithme permettant de répartir efficacement une information dans le réseau en sélectionnant certains objets du réseau pour être des réplicats de l'information. Cet algorithme peut alors être utilisé pour publier les informations relatives à un service afin de permettre sa recherche. Deuxièmement, nous avons étudié la prédiction de déconnexion entrainée par la mobilité des noeuds. Nous proposons trois solutions basées sur la recherche d'ensemble de chemins disjoints, la recherche de liens critiques et la recherche de noeuds critiques. Les recherches que nous proposons sont entièrement réalisées à partir d'informations locales. Les résultats obtenus fournissent une base au développement d'un gestionnaire de services distribués. De plus, certains de nos algorithmes (comme la recherche d'ensembles de chemins disjoints) peuvent être réutilisés dans d'autres applications, comme le routage QoS multi-chemins.

L'intégration d'appareils mobiles ad hoc dans l'Internet pose des problèmes intéressants aussi bien en terme d'optimisation des protocoles de routages utilisés pour fournir la connectivité ad hoc, qu'en terme d'intégration de la mobilité ad hoc dans l'infrastructure IP. Cette thèse passe ces problèmes en revue. Plusieurs solutions développées auparavant sont analysées et évaluées comparativement, ce pendant qu'un certain nombre de nouvelles solutions sont introduites.

Cette thèse doctorale est une étude descriptive de type mixte qui articule à la fois des données qualitatives et quantitatives. Dans un objectif heuristique de l'étude des pratiques enseignantes de Bru et selon les travaux de Tardif et Lebrun sur le paradigme d'enseignement et le paradigme d'apprentissage, cette recherche vise à identifier les homogénéités et les hétérogénéités des pratiques enseignantes à distance d'un réseau de formation en synchronie celui du réseau Pyramide. Le cadre, qui a permis l'analyse des données de la recherche, s'appuie sur trois axes capitaux : l'enseignement dans un dispositif à distance, l'organisateur des pratiques enseignantes et les différentes approches de l'enseignement en ligne. Les hypothèses de la recherche qui ont été établies sont fondées sur le croisement de ces axes. Le protocole de la recherche se base sur un questionnaire, l'échelle de Likert et des interviews semi directifs.L'analyse des données quantitatives a permis de définir les facteurs déterminants de l'homogénéité et de l'hétérogénéité des pratiques par le biais de nouveaux organisateurs, tels que l'interaction, le sentiment de maîtrise des outils et l'innovation pédagogique au sein de ce dispositif. Cette recherche confirme l'hypothèse que les pratiques des formations en ligne s'organisent autour de 30 axes que nous avons définis en fonction de l'analyse de déclaration des répondants. Mais elle ne confirme pas l'hypothèse que ce dispositif Pyramide est un organisateur d'homogénéité, malgré son caractère fort qui articule des formes pédagogiques structurées (AFT, TLP, TLT, Visio) et un discours pédagogique explicite sur la nécessaire prise en compte de l'apprenant dans les situations d'enseignement/apprentissage. Globalement, notre recherche témoigne que l'innovation pédagogique est encore loin d'être une réalité dans la FOAD et que de nombreux enseignants continuent de favoriser le paradigme d'enseignement au paradigme de l'apprentissage.

Constatant l'importance des regroupements de PME sous des formes juridiques variées, l'objet de ce travail réside dans la recherche des facteurs qui assurent l'efficience de cette forme de coopération. Le pilotage des groupements doit permettre de coordonner efficacement les actions et décisions des partenaires, c'est-a-dire de limiter les risques potentiels qu'ils encourent et de maximiser les bénéfices qu'ils peuvent en retirer. Deux types d'approches de la firme sont mobilisés pour analyser ce pilotage : les approches contractuelles et competence-based. Les premières mettent en avant les risques de la coopération, les secondes sont centrées sur l'amélioration des performances des agents. Ces approches sont complémentaires en ce que elles soulignent chacune un enjeu du pilotage : l'opportunisme pour les premières, la coordination technique pour les secondes. Le groupement de PME est ensuite défini comme une forme particulière de réseau de deux PME au moins, indépendantes sur le plan juridique, qui s'unissent pour une certaine durée afin de mener à bien un projet commun nécessitant une coordination de leurs comportements. Deux grandes familles de groupements sont identifiées : les groupements de similitude répondant à un objectif de réduction des coûts et de taille optimale, et les groupements complémentaires reposant sur une complémentarité des apports des partenaires. Il est alors possible de montrer qu'en fonction du type du groupement, les opportunités, les risques, la dynamique et les dispositifs à mettre en place pour organiser la coordination sont différents. Dans les groupements de similitude, beaucoup plus simples, le pilotage peut être contractuel. Le pilotage est plus complexe et incertain dans les groupements complémentaires ; les mécanismes de coordination contractuels sont insuffisants, et le pilotage doit être "relationnel", favorisant les processus d'apprentissage. Plusieurs études de cas permettent finalement de confronter les résultats à la réalité.

Les systèmes de dialogue homme-machine ont pour objectif de permettre un échange oral efficace et convivial entre un utilisateur humain et un ordinateur. Leurs domaines d'applications sont variés, depuis la gestion d'échanges commerciaux jusqu'au tutorat ou l'aide à la personne. Cependant, les capacités de communication de ces systèmes sont actuellement limités par leur aptitude à comprendre la parole spontanée. Nos travaux s'intéressent au module de compréhension de la parole et présentent une proposition entièrement basée sur des approches stochastiques, permettant l'élaboration d'une hypothèse sémantique complète. Notre démarche s'appuie sur une représentation hiérarchisée du sens d'une phrase à base de frames sémantiques. La première partie du travail a consisté en l'élaboration d'une base de connaissances sémantiques adaptée au domaine du corpus d'expérimentation MEDIA (information touristique et réservation d'hôtel). Nous avons eu recours au formalisme FrameNet pour assurer une généricité maximale à notre représentation sémantique. Le développement d'un système à base de règles et d'inférences logiques nous a ensuite permis d'annoter automatiquement le corpus. La seconde partie concerne l'étude du module de composition sémantique lui-même. En nous appuyant sur une première étape d'interprétation littérale produisant des unités conceptuelles de base (non reliées), nous proposons de générer des fragments sémantiques (sous-arbres) à l'aide de réseaux bayésiens dynamiques. Les fragments sémantiques générés fournissent une représentation sémantique partielle du message de l'utilisateur. Pour parvenir à la représentation sémantique globale complète, nous proposons et évaluons un algorithme de composition d'arbres décliné selon deux variantes. La première est basée sur une heuristique visant à construire un arbre de taille et de poids minimum. La seconde s'appuie sur une méthode de classification à base de séparateurs à vaste marge pour décider des opérations de composition à réaliser. Le module de compréhension construit au cours de ce travail peut être adapté au traitement de tout type de dialogue. Il repose sur une représentation sémantique riche et les modèles utilisés permettent de fournir des listes d'hypothèses sémantiques scorées. Les résultats obtenus sur les données expérimentales confirment la robustesse de l'approche proposée aux données incertaines et son aptitude à produire une représentation sémantique consistante