Made available in DSpace on 2012-05-07T15:26:25Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 000012.pdf: 9561271 bytes, checksum: 2b5a0bca8b621acdc87733afadb8e4b6 (MD5) Previous issue date: 2006 / Nesse trabalho, descrevemos a busca por marcadores moleculares que permitam simultaneamente o diagnóstico da doença de Chagas e a classificação das cepas segundo o fenótipo de susceptibilidade a drogas, zimodema e/ou grupos I e II do T. cruzi. [...], selecionamos seqüências repetitivas do DNA do T. cruzi e iniciadores descritos para o diagnóstico da doença de Chagas. Analisamos as seqüências do elemento repetitivo E13, kDNA e o DNA satélite (195 pb). Os resultados com o elemento repetitivo E13 e seqüências do kDNA, mostraram uma grandevariabilidade dessas seqüências, inviabilizando a busca de marcadores. Analisamos 160 seqüências do DNA satélite de 195 pb de 12 cepas do T. cruzi previamente caracterizadas segundo o fenótipo de susceptibilidade a drogas e zimodema. Estudos de filogenia mostraram a existência de dois grupos distintos, associados com os grupos I e II do T. cruzi. Observamos a presença de 8 polimorfismos exclusivos das cepas do grupo I do T. cruzi. [...] . Umsistema de PCR multiplex constituído pelos iniciadores TcSat 4 e Diaz 7 e 8 permitiram a classificação das cepas de T. cruzi nos grupos I e II. A sensibilidade foi de 10 fg, o que corresponde a 1/30 do DNA de um parasito. Amostras de DNA de outros tripanosomatídeos não produziram produto amplificado. Comparamos o perfil de amplificação do DNA satélite de 30 cepas de T. cruzi e 24 amostras de sangue de camundongos experimentalmente infectados com as cepas Colombiana (grupo I) e Y(grupo II) em papel de filtro. Em todas as amostras positivas foi possível a identificação dos grupos I e II. Para validarmos a técnica com amostras de campo, utilizamos 7 amostras de DNA do creme leucocitário de pacientes na fase aguda da doença deChagas e 15 amostras de fezes de Triatoma infestans em papel de filtro. As amostras de pacientes foram grupo II e as amostras de T. infestans grupo I. Esses resultadosestão de acordo com os dados descritos na literatura que mostram uma associação entre cepas do grupo I do T. cruzi e o ciclo silvestre do parasito e entre cepas do grupoII e o ciclo doméstico. O PCR multiplex que desenvolvemos permite a classificação das cepas nos dois grupos principais de T. cruzi sem, entretanto correlacioná-las àresistência a drogas. Apresentamos uma metodologia sensível, específica e rápida que poderá ser utilizada em amostras clínicas e de campo como ferramenta de diagnóstico molecular e classificação das cepas de T. cruzi.

Made available in DSpace on 2012-05-07T14:40:37Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 000001.pdf: 929030 bytes, checksum: 36fd99d525cb996da9f8a47244cc4509 (MD5) Previous issue date: 2006 / Os primers que apresentam como alvo o gene que codifica o rDNA de SSU foram projetados para amplificar com elevada especificidade DNA de Schistossoma mansoni. Cinco sistemas de PCR foram desenvolvidos: PCR convencional, nested-PCR (NPCR) convencional, single tube nested PCR (STNPCR), hemi-nested PCR (HNPCR) convencional, e single tube hemi-nested PCR (STHNPCR). A nested-PCR é o modelo mais sensível de PCR. Entretanto, o risco da contaminação é muito alto, já que é necessário ajustar a reação em dois tubos diferentes. O objeto principal deste trabalho é o desenvolvimento de um sistema de STNPCR (patente depositada), visando diminuir o risco de contaminação cruzada, embora mantendo a sensibilidade elevada. O sistema de STNPCR compreendeu 60 ciclos em que concentrações limitadas de primers externos participam da PCR sem competir com os primers internos durante os primeiros 15 ciclos da reação, e os primers internos (imobilizados na face interna da tampa do microtubo) fossem introduzidos no sistema de PCR no décimo sexto ciclo por inversão do microtubo. As concentrações dos outros componentes da reação seriam as mesmas usadas em reações padrão de PCR. A avaliação do limite de detecção das PCRs foi realizada utilizando-se quantidades conhecidas de DNA genômico de S. mansoni, que variou de 10 ng a 0,001 fg. O limiar de detecção da PCR simples foi de 10 pg enquanto, a quantidade mínima detectada pelas PCRs nested convencional e STNPCR foram de 0,1 fg e 1 fg de DNA, respectivamente. Por sua vez o limite de detecção da HNPCR convencional também foi de 0,1 fg, e o da STHNPCR foi de 10 fg. Os sistemas desenvolvidos foram testados em pools de caramujos sadios e infectados com S. mansoni, apresentando resultados bastante satisfatórios em relação à especificidade e sensibilidade. A detecção rápida e precisa da infecção do caramujo pelo S. mansoni é de grande importância para o controle da transmissão da esquistossomose, Diante das dificuldades para se realizar esse diagnóstico pelos métodos convencionais. Sendo assim, o presente estudo buscou avaliar a utilidade das abordagens moleculares para identificar focosx de transmissão da esquistossomose por meio da detecção do S. mansoni emm pools de caramujos vetores

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências da Saúde. Programa de Pós-Graduação em Farmácia / Made available in DSpace on 2012-10-23T20:16:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 262213.pdf: 396387 bytes, checksum: 9262dc7cd74658952de90570f7f5a3e4 (MD5) / Este trabalho teve como objetivo avaliar a contribuição da PCR em cultivos precoces de micobactérias em meio sólido, possibilitando um diagnóstico laboratorial rápido, principalmente nos casos em que a baciloscopia é negativa. E para isso foram coletadas 40 amostras de escarro de pacientes TB+ recém-internados e sem tratamento. Em cada amostra, foi realizado o teste de baciloscopia, PCR do DNA extraído do escarro, cultura em meio Löwenstein-Jensen e PCR do DNA extraído do cultivo precoce diariamente. A baciloscopia apresentou sensibilidade de 68,57%, especificidade de 80% tendo a cultura como padrão-ouro, valor preditivo positivo de 96% e valor preditivo negativo de 26,67%. A cultura em meio sólido de 28 dias foi o que apresentou melhor resultado de sensibilidade (74,29%) e especificidade (100%) e foi o ponto de corte para cultura. Em DNA extraídos de amostras de escarro a PCR com iniciadores MYC, para amplificação do fragmento de 1027 pb do gene 16s RNA, apresentou sensibilidade de 22,86% e especificidade de 60% quando utilizada a cultura como padrão-ouro. E a PCR realizada em DNA extraídos dos cultivos precoces mostrou que a partir do 17º. dia, os valores de sensibilidade (85,71%) e especificidade (60%) se mantém constantes até o 40º. dia. O cultivo precoce de 17 dias se mostrou uma boa alternativa de teste para tuberculose na tentativa de se abreviar o tempo de diagnóstico laboratorial, possibilitando assim intervenção na cadeia de transmissão da doença.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina. Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia. / Made available in DSpace on 2013-07-16T01:38:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 213690.pdf: 2374034 bytes, checksum: 27fc864377794570554f05971b87a912 (MD5) / Com o grande crescimento da malacocultura em Santa Catarina, tornou-se necessário verificar e assegurar a qualidade sanitária destes moluscos, como também da água onde os mesmos são cultivados. Devido à característica de alimentação filtrante, moluscos bivalves podem bioacumular vírus e outros patógenos presentes em águas contaminadas por efluentes. O vírus da Hepatite A (HAV) tem sido detectado em surtos relacionados ao consumo de água ou alimentos contaminados, em especial de moluscos bivalves. Os métodos moleculares como a reação em cadeia da polimerase, a hibridização molecular e o sequenciamento são hoje os métodos mais recomendados para avaliação da presença de vírus entéricos com genoma RNA em amostras ambientais. O objetivo deste trabalho foi padronizar métodos para a detecção do vírus da Hepatite A a partir de tecidos de ostras. Para isso foram avaliados três protocolos de recuperação das partículas virais a partir de tecido digestivo dissecado das ostras e dois métodos de extração e purificação do RNA viral. Os protocolos selecionados combinam a dissecação do trato gastrointestinal das ostras, a extração orgânica antes da precipitação das partículas virais com PEG, a extração de RNA com Trizol LS® com a RT-PCR seguida pela hibridização molecular utilizando uma sonda marcada com digoxigenina. A sensibilidade do método foi determinada pela inoculação do trato gastrointestinal de ostras com diluições crescentes de HAV (0,001 a 105FFU/mL), seja por inoculação direta ou por semeadura viral em aquários. A RT-PCR foi capaz de detectar 0,1FFU/ml, e a hibridização, até 0,001FFU/ml. O protocolo estabelecido foi utilizado para analisar a possível contaminação por HAV de amostras de ostras, coletadas em três fazendas de cultivo de Florianópolis. Por RT-PCR, os índices de contaminação foram 10,5%, 21,1% e 0% para os sítios 1, 2 e 3, respectivamente. Quando a hibridização molecular foi utilizada, a sensibilidade de detecção viral foi aprimorada, e passou para: 47,4%, 79,0% e 31,8%, respectivamente. Conforme demonstrado, a hibridização molecular mostrou-se 100 vezes mais sensível que a RT-PCR na detecção do HAV no trato gastrointestinal de ostras. Os dados aqui apresentados poderão ser úteis no estabelecimento de um programa de segurança alimentar, visando a comercialização de ostras com qualidade sanitária assegurada para o consumo.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências da Saúde, Programa de Pós-Graduação em Farmácia, Florianópolis, 2017. / Made available in DSpace on 2018-02-06T03:15:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 345648.pdf: 6234456 bytes, checksum: fccac61f552ba2c7c05fce47c371eb28 (MD5) Previous issue date: 2017 / A técnica da Reação em Cadeia da Polimerase (PCR), que utiliza equipamentos termocicladores para sua execução, vem sendo amplamente utilizada em laboratórios e é um método acurado se realizado de forma criteriosa. Considerando a importância do desempenho dos termocicladores para a execução da técnica, este estudo pretende contribuir para a garantia da qualidade e confiança dos resultados obtidos por técnicas de PCR. Assim, os objetivos deste estudo foram verificar a homogeneidade térmica do bloco térmico do termociclador, a temperatura e a duração efetivamente executadas em cada ciclo da reação, bem como avaliar a eficiência de amplificação dos termocicladores por meio de uma PCR-controle, e avaliar a relação entre o desempenho dos termocicladores e suas condições de uso. A avaliação da temperatura foi realizada por meio de um protocolo de verificação da temperatura estática e por meio de um protocolo que mimetiza os ciclos térmicos de uma PCR, utilizando-se micro-termopares. A maioria dos termocicladores verificados apresentou algum tipo de distorção no seu perfil de temperatura, demonstrando perfil curvo ou com overshooting. Variações significativas de temperatura entre as posições verificadas nos blocos térmicos também foram observadas. As temperaturas efetivamente executadas desviaram pelo menos 0,5°C das programadas em todas as etapas avaliadas. A duração efetiva das etapas foi consideravelmente diminuída, chegando a não haver um platô na temperatura programada em alguns casos. Tais alterações não foram desprezíveis, pois resultaram em falhas nos resultados da PCR-controle pela maioria dos termocicladores. Portanto, não há posições melhores ou piores no bloco térmico, há termociclador com funcionamento adequado ou inadequado. Por fim, ressalta-se a importância de os usuários realizarem a verificação da qualidade dos seus termocicladores a fim de conhecerem melhor o desempenho dos equipamentos, contribuindo para maior reprodutibilidade das PCR principalmente nos laboratórios que utilizam diferentes modelos de termocicladores.<br> / Abstract : Polymerase Chain Reaction (PCR) has been widely used in clinical laboratories and in scientific research, being considered a well-established technique if carefully performed. Thermocyclers are essential equipments for PCR execution, which must show good performance. Considering the importance of thermocycler quality control, this research aims to contribute to quality assurance and reliability of the results obtained through PCR. In order to evaluate the quality of thermocyclers at UFSC laboratories, the research aimed to verify the thermal homogeneity in the thermal block, the temperature and duration obtained for each reaction cycle, as well as to evaluate the thermocycler amplification efficiency by means of a PCR control and the relationship between thermocycler performance and its maintenance conditions. Temperature evaluation was done using a protocol for verification of static temperature and another protocol that mimics PCR cycles, all of them using micro thermocouples. Most of the thermocyclers verified presented some type of distortion in their temperature profile, showing a curved profile or overshooting. Significant temperature variations among the positions verified in the thermal blocks were also observed. The effective temperatures deviated at least 0.5°C from those programmed in all stages evaluated. The actual duration of the stages was considerably reduced, not even reading a stable plateau at the programed temperature in some cases. Such changes were not negligible, as they resulted in flaws in the control-PCR in the majority of the thermocyclers. Finally, it is emphasized the importance of users to verify the quality of their thermocyclers in order to know the performance of the equipment, contributing to a greater reproducibility of the PCR, especially among the laboratories that use different models of thermocyclers.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências da Saúde. Programa de Pós-graduação em Cuidados Intensivos e Paliativos / Made available in DSpace on 2013-03-04T20:46:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 310505.pdf: 690249 bytes, checksum: 2671d3e49c4edf50f868c96267bac241 (MD5) / Introdução: Infecção bacteriana é uma complicação frequente nos pacientes com cirrose hepática descompensada, proporcionando um impacto negativo durante o acompanhamento desses indivíduos. Objetivos: Avaliar a efetividade da proteína C reativa (PCR) e da procalcitonina (PCT) no diagnóstico de infecção e investigar a relação entre esses biomarcadores inflamatórios com a mortalidade após a admissão hospitalar. Método: Estudo prospectivo que incluiu pacientes com cirrose hepática descompensada que foram submetidos à investigação de infecção e realização de dosagens séricas de PCR e PCT na admissão hospitalar. Resultados: Um total de 64 pacientes e 81 internações hospitalares foram incluídas no estudo. A média de idade foi 54,31±11,87 anos com predomínio do sexo masculino (68,8%). Concentrações séricas da PCR e da PCT estavam significativamente mais elevadas nos pacientes infectados (PCR mediana: 81,55 vs. 6,78; p < 0,001 e PCT mediana: 2,50 vs. 0,19; p < 0,001). Áreas sob a curva ROC da PCR e da PCT para o diagnóstico de infecção foram, respectivamente 0,835 ± 0,052 e 0,86 ± 0,047. Pacientes que morreram até o 3º mês após a admissão hospitalar apresentaram medianas da PCR e da PCT mais elevadas do que os sobreviventes (PCR 7,04 vs. 41,05 p = 0,026 e PCT 0,16 vs. 0,94 p = 0,001). Conclusão: PCR e PCT foram confiáveis marcadores de infecção bacteriana nos pacientes com cirrose hepática descompensada. Valores mais elevados de medianas da PCR e PCT foram encontrados nos pacientes que morreram, embora não houve associação entre infecção na admissão hospitalar e mortalidade no acompanhamento de sete dias e três meses.

Mestre -- Escola Nacional de Saude Publica, Rio de Janeiro, 1998.

Tese (doutorado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia, Florianópolis, 2009. / Made available in DSpace on 2012-10-24T15:09:53Z (GMT). No. of bitstreams: 1 274094.pdf: 2621155 bytes, checksum: ed1393da62ea71d2d47ccd38ff064440 (MD5) / Os vírus entéricos humanos são importantes causas de enfermidades veiculadas através da água. Atualmente, em termos de legislação brasileira, apenas a contagem do número de coliformes é utilizada para determinar a segurança microbiológica de águas tratadas e não tratadas. Os vírus presentes no meio ambiente são, na sua maioria, não adaptados ao cultivo in vitro, tornando-se necessário o desenvolvimento e implementação de métodos que possibilitem a adoção de medidas preventivas para controle de contaminação viral. Assim sendo, os objetivos do presente trabalho foram (I) padronizar e estabelecer metodologias de concentração, detecção, quantificação e viabilidade viral no ambiente aquático; (II) realizar a pesquisa de adenovírus humanos (HAdV), norovírus (NoV) genogrupos GI e GII, rotavírus humanos genogrupo A (RV-A) e vírus da hepatite A (HAV) em águas ambientais e ostras de cultivo durante o período de um ano e (III) avaliar por ensaio de placa de lise a sobrevivência de HAdV infecciosos sorotipos 2 e 41 em águas de superfície e subterrâneas. No estudo de padronização dos métodos foram utilizados como modelos os HAdV e HAV inoculados em águas: destilada, de esgoto tratado, do mar e da lagoa. A melhor eficiência de recuperação viral (100%) foi obtida quando as matrizes de água destilada e de esgoto tratado foram utilizadas. A menor eficiência (10%) foi encontrada para a água do mar. No estudo de campo, águas foram coletadas de 8 locais de Florianópolis, Santa Catarina e ostras (Crassostrea gigas) de duas fazendas de cultivo (norte e sul da Ilha) foram também avaliadas no mesmo período. Os resultados de detecção de genomas virais foram HAdV: 75% (esgoto tratado); 64,2% (águas ambientais); 87,5% (ostras); RV-A: 41,6% (esgoto tratado); 19% (águas ambientais); 8,3% (ostras); HAV: 25% (esgoto tratado); 8,3% (águas ambientais); ausência nas ostras; NoV: 50% (esgoto tratado); 19% (águas ambientais); ausência nas ostras. No estudo de viabilidade viral por PCR integrado a cultura celular (ICC-PCR), confirmou-se positividade de HAdV em: 66,6% (esgoto tratado); 83,8% (águas ambientais); de RV-A: ausência em esgoto tratado e 12,5% (águas ambientais); de HAV: 66,6% (esgoto tratado) e ausência nas águas ambientais. Por PCR quantitativo o número de genomas (gc) de NoV nas águas foram médias de 1,8 x 102 (GI) e 1,0 x 103 gc/L (GII) em esgoto tratado e de 1,1 x 102 (GI) e 8,1 x 103 gc/L (GII) nas águas ambientais. Para HAdV obteve-se médias de: 9,8 x 104 (esgoto tratado); 9,8 x 106 gc/L (águas ambientais) e de 9,1 x 104 (ostras sul da ilha) e 1,5 x 105 gc/g (ostras norte da ilha). Os resultados obtidos indicam uma maior prevalência de HAdV no ambiente aquático, seguido de NoV, RV-A e HAV. No estudo de decaimento de infectividade de HAdV em amostras de água houve uma significativa inativação viral somente ao final das 23 semanas a 19°C para os dois sorotipos de adenovírus testados. Estes resultados demonstram a longa taxa de sobrevivência destes vírus em águas ambientais. / Enteric viruses are important cause of gastroenteritis outbreaks transmitted through contaminated water sources. Nowadays, the Brazilian legislation only requires the coliforms counting to determine the microbiologic safety in treated and non treated water. Most viruses present in the aquatic environment are not adaptable to in vitro cultures, becoming necessary to develop and implement methods that could be used in the monitoring and prevention of viral contamination. Therefore, the objectives of this thesis were (I) to standardize and establish methodologies of concentration, detection, quantification and viral viability in the aquatic environment; (II) to access the contamination of human adenovirus (HAdV), norovirus (NoV) genogrups GI e GII, human rotavirus genogrup A (RV-A) and Hepatitis Virus A (HAV) in environmental waters and oysters during one year; (III) to study the survival of infectious HAdV type 2 and 41 in surface and ground waters measured by plaque assay. In the standardization study, HAdV and HAV were used as models and were inoculated in distilled water, treated wastewater, seawater and lagoon water, showing better virus recovery (100%) in distilled water and treated wastewater, and lower recovery (10%) in seawater. In the field study, water samples were collected from 8 sites in Florianopolis, Santa Catarina and oyster samples (Crassostrea gigas) from two oysters' farms (north and south of the Island) were also collected in the same period. The detection results of virus genomes were HAdV: 75% (treated wastewater); 64.2% (environmental waters); 87.5% (oysters); RV-A: 41.6% (treated wastewater); 19% (environmental waters); 8.3% (oysters); HAV: 25% (treated wastewater); 8.3% (environmental waters); absence in oysters; NoV: 50% (treated wastewater); 19% (environmental waters); absence in oysters. In the viability study by integrated cell culture PCR (ICC-PCR), the results confirmed viable HAdV: 66.6% (treated wastewater); 83.3% (environmental waters); RV-A: absence in treated wastewater and 12.5% (environmental waters); HAV: 66.6% (treated wastewater) and absence in environmental waters. By quantitative PCR assays the number of genomes (g.c.) for NoV in waters were averages of 1.8 x 102 (GI) and 1.0 x 103 gc/L (GII) in treated wastewater and 1.1 x 102 (GI) and 8.1 x 103 gc/L (GII) in environmental waters. For HAdV the averages were: 9.8 x 104 (treated wastewater); 9.8 x 106 gc/L (environmental waters) and 9.1 x 104 (oyster farm South) e 1.5 x 105 gc/g (oyster farm North). The surveillance results have shown a higher prevalence of HAdV in the aquatic environment, followed by NoV, RV-A and HAV. In the study of HAdV infectivity decay in water under different temperatures, results showed a significant inactivation only after 23 weeks at 19°C for both HAdV tested. These results have shown a long-term survival of adenoviruses in environmental waters.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro Tecnológico, Programa de Pós-Graduação em Engenharia Ambiental, Florianópolis, 2011 / Made available in DSpace on 2012-10-25T16:53:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 294930.pdf: 7247132 bytes, checksum: a72407e29c750dd97eb3dd0fd3f322cb (MD5) / A contaminação de águas subterrâneas por combustíveis/biocombustíveis tem sido uma grande preocupação em países industrializados, principalmente no que diz respeito à sua utilização para o abastecimento público. Com isso, a identificação das áreas contaminadas se faz necessária para minimizar os riscos a que estão sujeitos a população e o meio ambiente. Neste estudo foram investigadas oito áreas experimentais, onde houveram liberações controladas de combustíveis/biocombustíveis, com o objetivo de identificar estes focos de contaminação com o uso de técnicas de biologia molecular. Foi utilizada a reação em cadeia da polimerase em tempo real (qPCR) para quantificação de bactérias totais e comunidades específicas de microrganismos (nitrito redutase (nirS), Geobacter, !-Proteobacteria e Arqueas) associados aos processos de oxidação-redução da degradação dos contaminantes. Análises físico-químicas (BTEX, etanol, acetato, nitrato, ferro2+, sulfato, sulfeto, metano e potencial redox) foram comparadas às microbiológicas. As bactérias totais tiveram uma correlação positiva com as concentrações dos substratos etanol e acetato, mas não mostrou correlação com os hidrocarbonetos aromáticos (BTEX). Desta forma, o método de qPCR, especificamente com a análise de bactérias totais, é adequado para a detecção da presença de contaminação recente de biocombustíveis em águas subterrâneas. As arqueas foram detectadas em locais altamente redutores, mas não mostrou relação com as análises de metano. As comunidades microbianas específicas, nirS e sulfato-redutoras, foram encontradas em maiores quantidades em áreas onde houve o decaimento dos respectivos receptores de elétrons nitrato e sulfato. Assim como também foi observada a relação das comunidades microbianas específicas (Geobacter e sulfato-redutoras) com altas concentrações do seu subproduto metabólico (ferro2+ e sulfeto). Sendo assim, com a análise dos quatro genes filogenéticos específicos avaliados neste trabalho, é possível identificar o processo de biodegradação que está ocorrendo em uma área potencialmente contaminada. Portanto, o método molecular (PCR) não se mostrou suficiente para traçar um diagnóstico de áreas contaminadas por combustíveis, mas sim como uma técnica complementar às físico-químicas proporcionando respostas mais refinadas na definição do processo de oxirredução prevalecente, sendo relevante na diminuição de incertezas no momento de tomada de decisão. / Contamination of groundwater by fuels and biofuels has been subject of great concern. One of the main issues related to groundwater contamination is its use for public supply. Therefore, water contamination identification is needed for minimizing risks to which the population and environment are exposed. The current work evaluated eight experimental areas, where controlled release of fuels and biofuels occurred, with the purpose of identifying contamination sources through the use of molecular biology. Real-time polymerase chain reaction (qPCR) was performed using for quantification of total bacteria and specific microorganisms communities (nitrite reductase (nirS), Geobacter, !-Proteobacteria and Archaeas) which are associated with redox degradation processes of contaminants. Chemical analysis (BTEX, ethanol, acetate, nitrate, iron2+, sulfate, sulfide, methane and redox potential) were compared with microbiological analysis. A positive correlation was noticed between total bacteria and substrates (ethanol and acetate) concentrations, but the correlation was not noticed with aromatics hydrocarbons (BTEX). Therefore, the qPCR method, specifically with total bacteria analysis, is suitable for detecting the presence of biofuels in groundwater in fresh spills. Archaeas were detected in highly reducing sites, but not related with methane analysis. Specific microbial communities, nirS and sulfate-reducing bacteria, were detected in high numbers in areas where the decrease of electrons acceptor (nitrate and sulfate, respectively) concentrations was observed over time. As well as was observed a relation between specific microbial communities (Geobacter and sulfate-reducing bacteria) with high concentrations of its metabolic byproducts (iron2+ and sulfide). Thus, with the phylogenetic analysis of four specific genes studied in this work, we can identify the biodegradation process that is occurring in a potentially contaminated area. Therefore, only the molecular method (PCR) was not enough to draw diagnostic contaminated areas by fuel, but rather a tool to complement physical-chemical analysis, which provides answers more refined to define the predominant redox process, being relevant in reduction of uncertainties at the moment of decision.

Tese (doutorado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia e Biociências, Florianópolis, 2011 / Made available in DSpace on 2012-10-25T23:23:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 297043.pdf: 1842359 bytes, checksum: 1d48884fc3dac8252b93652ea00a8693 (MD5) / Litopenaeus vannamei e a especie de camarao marinho mais cultivado no mundo e no Brasil. Essa especie e considerada bastante resistente a variacoes ambientais adversas. Entretanto, parece ser bastante susceptivel a patogenos de origem viral. Com o objetivo de estudar os efeitos de estressores ambientais e sua susceptibilidade a patogenos virais, camaroes L. vannamei foram submetidos a condicao hiposmotica do meio e desafiados com o virus da mancha branca. Um total de quarenta e seis genes foi identificado pela tecnica de hibridizacao subtrativa supressiva como diferencialmente transcritos em branquias de L. vannamei submetidos ao estresse osmotico. Os transcritos identificados codificam proteinas envolvidas com processos de defesa, sinalizacao celular, transferencia de eletrons, proliferacao e diferenciacao celular, apoptose, metabolismo intermediario, proteinas de citoesqueleto e atividade metallopeptidase. A partir do perfil transcricional obtido, alguns genes foram avaliados por PCR quantitativo em camaroes submetidos ao estresse osmotico e ao patogeno viral. Foi observada uma inducao significativa dos genes da proteina nuclear 1 induzida por TGF-beta, proteina QM, ciclofilina, lectina-C, malato desidrogenase e duas ATPs sintase mitocondriais nos camaroes submetidos ao estresse osmotico. Um segundo estressor ambiental avaliado no camarao foi a hepatotoxina microcistina (MC). Essa toxina e sintetizada por cianobacterias e liberada no ambiente. Frequentemente e detectada em ambientes eutrofizados e em areas de cultivo de camarao. A conjugacao com glutationa reduzida (GSH) pela glutationa S-transferase (GST) e enzimas de defesa antioxidante, como a catalase (CAT), sao importantes mecanismos de defesa contra a toxicidade bioquimica de MCs. Foi investigada a atividade das enzimas CAT e GST e os niveis de transcricao genica de CAT e oito isoformas GST no hepatopancreas do camarao apos 48h de uma injecao intramuscular com 100 Êg kg-1 de extrato toxico de Microcystis aeruginosa. MC foi capaz de induzir significativamente tres isoformas de GST (Ö, m e MAPEG) em 12, 2,8 e 1,8 vezes, respectivamente, e aumentou a atividade enzimatica total da GST e CAT. A partir dos resultados obtidos, podemos sugerir que o estresse osmotico em L. vannamei parece alterar principalmente genes envolvidos em mecanismos de defesa e de energia celular, e a MC altera a transcricao e expressao de GSTs e CAT que parecem estar envolvidas na biotransformacao e eliminacao da toxina e em processos de protecao celular. Esses estudos reforcam a importancia de caracterizar ainda mais o perfil transcricional e as regulacoes postranscricionais em L. vannamei exposto a estressores ambientais e a patogenos infecciosos para uma melhor compreensao dos principais mecanismos envolvidos nas defesas do camarao.