Rhodococcus equi é uma importante causa de broncopneumonia em potros com menos de 6 meses de idade, sendo responsável por 3% das mortes de eqüinos no mundo. É um microrganismo intracelular capaz de sobreviver e multiplicar no interior de macrófagos. Apresenta 3 níveis de virulência de acordo com os diferentes antígenos expressos em sua superfície. Cepas virulentas apresentam um plasmídeo que codifica para a proteína de superfície VapA e são isoladas principalmente de potros com pneumonia e de alguns pacientes humanos. Cepas com virulência intermediária expressam a proteína VapB e predominam em suínos e humanos com AIDS. Cepas avirulentas não expressam antígeno de superfície e são encontradas principalmente no ambiente e em pacientes humanos. Um dos fatores responsáveis pela ampla distribuição da enfermidade em potros, é a imaturidade do sistema imunológico dos animais acometidos pela infecção, que pode tornar-se endêmica em alguns criatórios. Para humanos, as formas de infecção são ainda desconhecidas, mas o contato com eqüinos é relatado em um terço das infecções. Devido à importância clínica da doença, são necessários métodos diagnósticos que promovam sua identificação precoce, facilitando e aumentando as chances de sucesso com o tratamento. Os métodos mais utilizados atualmente são o cultivo microbiológico da bactéria, testes sorológicos para detecção de anticorpos no soro dos animais e técnicas de PCR que detectam a região 16S do rDNA e o fragmento do gene vapA do microrganismo. O objetivo desse trabalho foi utilizar uma técnica de PCR multiplex para detectar simultaneamente os fragmentos dos genes vapA e 16S do rDNA, e gerar um método rápido, específico e sensível para o diagnóstico e caracterização molecular de cepas de R. equi provenientes de eqüinos e seus ambientes. Foram utilizados 118 isolados, sendo 74 amostras de fezes de eqüinos (41 de adultos e 33 de potros), 21 do solo, 10 das instalações utilizando swabs e 3 de outros animais domésticos. Isolados clínicos (10) foram cultivados do pulmão de potros com pneumonia causada por R. equi. Todas as cepas testadas foram confirmadas pela amplificação do gene 16S rDNA, sendo que 16 destes (10 de x potros doentes e 6 de seus ambientes) também foram positivos na amplificação do gene vapA. Quatro dos isolados ambientais que mostraram amplificação do gene vapA foram de haras endêmicos para a doença. A análise desses dados mostra o grande potencial da técnica de PCR multiplex para caracterização molecular de isolados de R. equi. / Rhodococcus equi is an important cause of pyogranulomatous pneumonia in 1-6- month-old foals, being responsible by 3% horse death around the world. It is an intracellular microorganism able to survive and to multiply itself in the macrophages. Three virulence levels have been identified in R. equi, by the presence of virulence associated antigens on the bacteria surface. Virulent strains have a plasmid encoding VapA protein and are isolated from diseased foals and some human patients. Intermediate virulent strains show VapB protein and are commonly founded in swines and humans with AIDS isolates. Avirulent strains don’t show virulence antigens and are founded in environmental samples and human. The immature immune system is the major cause of the susceptibility of foals for the R.equi pneumonia. To humans, the infection routes are unknown yet, but the contact with horses is related with one third of human infections. Due the clinical importance of the disease, diagnostics methods for early identification in animals are necessary, increasing the chances for treatment. The more common diagnostic methods are microbiologic culture, serologic tests and PCR techniques for 16S rDNA and vapA detection. The mainly purpose of this study was apply a multiplex PCR for simultaneous detection and characterization of 16S rDNA and vapA gene fragments in R. equi. Were analyzed 118 R. equi isolates, being 74 eqüine fecal isolates (41 from horses and 33 from foals), 21 from soil, 10 from breed stuffs and 3 from other domestic animals. Ten clinical isolates were cultured from lungs of diseased foals. All 118 isolates characterized as R. equi, were confirmed by 16S rDNA, being 16 isolates positive to vapA gene PCR amplification (10 from diseased foals and six from horse environment). Four environment R. equi isolates positive to both 16S rDNA e vapA gene amplification was from an endemic horse breeding farm. The results show the great potential of multiplex PCR to molecular characterization of R. equi isolates.

Orientador: Denise Madalena Palomari Spolidorio / Banca: José Eduardo Cezar Sampaio / Banca: Juliana Rico Pires / Resumo: A periodontite é uma doença infecciosa caracterizada pela secreção de uma variedade de mediadores inflamatórios que levam a destruição dos tecidos de suporte dental, incluindo o osso alveolar e possível perda dos dentes, em associação com a infecção por múltiplas espécies de bactérias gram-negativas. Estima-se que mais de 400 espécies microbianas colonizam o biofilme dental e algumas das espécies bucais relacionadas à doença periodontal apresentem-se no biofilme subgengival incluindo Porphyromonas gingivalis, Tannerella forsythia, Treponema denticola. Entretanto, outros microrganismos podem também estar relacionados a patologia desta doença, como Filifactor alocis, Prevotella tannerae e Candida albicans. Estes microrganismos juntamente com seus subprodutos como as endotoxinas liberadas no meio extracelular levam ao estímulo da glicoproteina Indutora de Metaloproteinases (EMMPRIN-CD147) a qual estimula a liberação de metaloproteinases da matriz (MMPs) pelas células do hospedeiro, por exemplo, fibroblastos e células endoteliais levando assim a destruição tecidual. Com o objetivo de detectar novos patógenos relacionados à doença periodontal como F. alocis, P. tannerae, C. albicans e T. denticola e também avaliar a glicoproteína EMMPRIN (CD- 147) e sua correlação com MMP-2 e MMP-9 em amostras de fluido subgengival de pacientes com periodontite crônica, foram coletadas amostras de fluido subgengival de sítios sadios e doentes de 20 indivíduos com periodontite crônica antes do tratamento periodontal básico, e após um período de 60 dias do tratamento foi realizada nova coleta de sítios sadios e doentes. Os respectivos DNAs foram extraídos e trechos do gene 16S foram amplificados e posteriormente realizados PCR convencional para a análise microbiológica dos microrganismos em estudo. Para a... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Periodontitis is an infectious disease characterized by the secretion of a variety of inflammatory mediators that lead to destruction of tooth supporting tissues, including the possible loss of alveolar bone and teeth, in association with infection with multiple species of gram-negative bacteria. It is estimated that more than 400 species of microorganisms colonize the biofilm and some oral species related to periodontal disease is present in the subgingival including Porphyromonas gingivalis, Tannerella forsythia and Treponema denticola. However, other organisms may also be related to pathology of this disease, as Filifactor allocis, Prevotella tannerae and Candida albicans. These microorganisms along with subproducts such as endotoxins released into the extracellular lead to the stimulation of metalloproteinase inducer glycoprotein (EMMPRIN, CD-147), which stimulates the release of MMPs by host cells, like fibroblasts and endothelial cells, thus leading to tissue destruction . The objective of this study was to detect new pathogens relationed with periodontal disease such as F. allocis, P. tannerae, C. albicans, T. denticola and also the glycoprotein EMMPRIN (CD-147) and its correlation with MMP-2 and MMP-9 in subgingival fluid samples of patients with chronic periodontitis. Fluid were collected from healthy and disease subgingival sites of 20 healthy individuals with chronic periodontitis before basic periodontal treatment, and after a period of 60 days of treatment was performed new collection of healthy and diseased sites. Their DNAs were extracted and portions of the 16S gene were amplified and subsequently performed conventional PCR for the microbiological analysis of the microorganisms this study. For immunological analysis and quantification of EMMPRIN (CD-147), MMP-2 and MMP-9 was used... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:28:02Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-03-23Bitstream added on 2014-06-13T20:57:37Z : No. of bitstreams: 1 toledo_fa_me_arafo.pdf: 482803 bytes, checksum: fe7932ab1cc5d556039baeb6cb760c08 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A periodontite é uma doença infecciosa caracterizada pela secreção de uma variedade de mediadores inflamatórios que levam a destruição dos tecidos de suporte dental, incluindo o osso alveolar e possível perda dos dentes, em associação com a infecção por múltiplas espécies de bactérias gram-negativas. Estima-se que mais de 400 espécies microbianas colonizam o biofilme dental e algumas das espécies bucais relacionadas à doença periodontal apresentem-se no biofilme subgengival incluindo Porphyromonas gingivalis, Tannerella forsythia, Treponema denticola. Entretanto, outros microrganismos podem também estar relacionados a patologia desta doença, como Filifactor alocis, Prevotella tannerae e Candida albicans. Estes microrganismos juntamente com seus subprodutos como as endotoxinas liberadas no meio extracelular levam ao estímulo da glicoproteina Indutora de Metaloproteinases (EMMPRIN-CD147) a qual estimula a liberação de metaloproteinases da matriz (MMPs) pelas células do hospedeiro, por exemplo, fibroblastos e células endoteliais levando assim a destruição tecidual. Com o objetivo de detectar novos patógenos relacionados à doença periodontal como F. alocis, P. tannerae, C. albicans e T. denticola e também avaliar a glicoproteína EMMPRIN (CD- 147) e sua correlação com MMP-2 e MMP-9 em amostras de fluido subgengival de pacientes com periodontite crônica, foram coletadas amostras de fluido subgengival de sítios sadios e doentes de 20 indivíduos com periodontite crônica antes do tratamento periodontal básico, e após um período de 60 dias do tratamento foi realizada nova coleta de sítios sadios e doentes. Os respectivos DNAs foram extraídos e trechos do gene 16S foram amplificados e posteriormente realizados PCR convencional para a análise microbiológica dos microrganismos em estudo. Para a... / Periodontitis is an infectious disease characterized by the secretion of a variety of inflammatory mediators that lead to destruction of tooth supporting tissues, including the possible loss of alveolar bone and teeth, in association with infection with multiple species of gram-negative bacteria. It is estimated that more than 400 species of microorganisms colonize the biofilm and some oral species related to periodontal disease is present in the subgingival including Porphyromonas gingivalis, Tannerella forsythia and Treponema denticola. However, other organisms may also be related to pathology of this disease, as Filifactor allocis, Prevotella tannerae and Candida albicans. These microorganisms along with subproducts such as endotoxins released into the extracellular lead to the stimulation of metalloproteinase inducer glycoprotein (EMMPRIN, CD-147), which stimulates the release of MMPs by host cells, like fibroblasts and endothelial cells, thus leading to tissue destruction . The objective of this study was to detect new pathogens relationed with periodontal disease such as F. allocis, P. tannerae, C. albicans, T. denticola and also the glycoprotein EMMPRIN (CD-147) and its correlation with MMP-2 and MMP-9 in subgingival fluid samples of patients with chronic periodontitis. Fluid were collected from healthy and disease subgingival sites of 20 healthy individuals with chronic periodontitis before basic periodontal treatment, and after a period of 60 days of treatment was performed new collection of healthy and diseased sites. Their DNAs were extracted and portions of the 16S gene were amplified and subsequently performed conventional PCR for the microbiological analysis of the microorganisms this study. For immunological analysis and quantification of EMMPRIN (CD-147), MMP-2 and MMP-9 was used... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:28:23Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-01-28Bitstream added on 2014-06-13T19:36:52Z : No. of bitstreams: 1 leitao_nj_me_jabo.pdf: 2187700 bytes, checksum: 68e4ce9ae893eb472d9271a75bc91db9 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O objetivo deste estudo foi verificar o crescimento hipertrófico e hiperplásico das fibras musculares e avaliar a expressão diferencial dos fatores de regulação miogênica (MRFs), MyoD e Miogenina, na musculatura esquelética de larvas de pacu. Duas dietas formuladas (DC — dieta comercial e DE — dieta experimental) e alimento vivo (A) foram utilizados de acordo com os seguintes tratamentos: A: alimento vivo; DC e DE: dietas formuladas por todo período; ADC e ADE: alimento vivo por 11 dias, três dias de alimentação mista seguida pelas dietas formuladas; J: jejum. Biometrias foram realizadas aos 5, 11, 14, 23 e 31 dias para avaliação do crescimento. A taxa de sobrevivência foi determinada aos 31 dias. Análises histológicas foram realizadas para avaliação do crescimento muscular. A análise semiquantitativa da expressão gênica da MyoD e Miogenina foi realizada por reação em cadeia da polimerase após transcrição reversa (RT — PCR) nos tratamentos A, ADC e ADE. Os maiores valores médios para comprimento, peso e sobrevivência foram obtidos com alimentação à base de alimento vivo (A). Mortalidade total ocorreu no 14° dia nos tratamentos DC e J. Apesar das diferenças no crescimento, a distribuição das fibras musculares nas classes de diâmetro e a expressão dos genes da MyoD e da Miogenina foram semelhantes (p > 0,05) entre os tratamentos A, ADC e ADE. A utilização exclusiva de microdietas não constitui uma prática viável para larvicultura do pacu. A substituição do alimento vivo por microdietas induz diferenças no crescimento, porém não compromete o potencial para o desenvolvimento muscular / The aim of this study was to evaluate lhe hypertrophic and hyperplasic growth of muscle fibers and the differential expression of myogenic regulatory factors (MRFs), MyoD e Myogenin, in the skeletal musculature of pacu larvae. Two formulated diets (DC - commercial diet and DE - experimental diet) and live prey (A) were used according to lhe following treatments: A: exclusively live prey; DC and DE: formulated diets for the entire period; ADC and ADE: live prey for 11 days, three days of co-feeding and the following days of lhe experimental period with lhe formulated diets; J: starvation. Biometries were carried after 5, 11, 14, 23 and 31 days. Survival was detemined at day 31. Histological analyses were nade to evaluate the muscle growth. MyoD and Miogenina gene expression were determined by RT — PCR semiquantitative in A, ADC and ADE treatments. The highest means values for weight, length and survival were obtained when feeding with tive prey (A). Total nriortality of larvae was observed in lhe 14th day in DC and J treatments. Contrary to growth results, muscle fibers distributions in diameter classes and MyoD and Miogenina gene expression were similar (p > 0.05) in A, ADC e ADE treatments. The exclusive feeding with microdiets does not constitute a viable food schedule for pacu larviculture. The substitution of live prey for microdiets induces differences in growth, but does not commit the potential for muscle development

Orientador: Maria Célia Portella / Coorientador: Maeli Dal Pai Silva / Banca: Selma Maria Michelin Matheus / Banca: Rosângela Kiyoko Jomori Bonichelli / Resumo: O objetivo deste estudo foi verificar o crescimento hipertrófico e hiperplásico das fibras musculares e avaliar a expressão diferencial dos fatores de regulação miogênica (MRFs), MyoD e Miogenina, na musculatura esquelética de larvas de pacu. Duas dietas formuladas (DC - dieta comercial e DE - dieta experimental) e alimento vivo (A) foram utilizados de acordo com os seguintes tratamentos: A: alimento vivo; DC e DE: dietas formuladas por todo período; ADC e ADE: alimento vivo por 11 dias, três dias de alimentação mista seguida pelas dietas formuladas; J: jejum. Biometrias foram realizadas aos 5, 11, 14, 23 e 31 dias para avaliação do crescimento. A taxa de sobrevivência foi determinada aos 31 dias. Análises histológicas foram realizadas para avaliação do crescimento muscular. A análise semiquantitativa da expressão gênica da MyoD e Miogenina foi realizada por reação em cadeia da polimerase após transcrição reversa (RT - PCR) nos tratamentos A, ADC e ADE. Os maiores valores médios para comprimento, peso e sobrevivência foram obtidos com alimentação à base de alimento vivo (A). Mortalidade total ocorreu no 14° dia nos tratamentos DC e J. Apesar das diferenças no crescimento, a distribuição das fibras musculares nas classes de diâmetro e a expressão dos genes da MyoD e da Miogenina foram semelhantes (p > 0,05) entre os tratamentos A, ADC e ADE. A utilização exclusiva de microdietas não constitui uma prática viável para larvicultura do pacu. A substituição do alimento vivo por microdietas induz diferenças no crescimento, porém não compromete o potencial para o desenvolvimento muscular / Abstract: The aim of this study was to evaluate lhe hypertrophic and hyperplasic growth of muscle fibers and the differential expression of myogenic regulatory factors (MRFs), MyoD e Myogenin, in the skeletal musculature of pacu larvae. Two formulated diets (DC - commercial diet and DE - experimental diet) and live prey (A) were used according to lhe following treatments: A: exclusively live prey; DC and DE: formulated diets for the entire period; ADC and ADE: live prey for 11 days, three days of co-feeding and the following days of lhe experimental period with lhe formulated diets; J: starvation. Biometries were carried after 5, 11, 14, 23 and 31 days. Survival was detemined at day 31. Histological analyses were nade to evaluate the muscle growth. MyoD and Miogenina gene expression were determined by RT - PCR semiquantitative in A, ADC and ADE treatments. The highest means values for weight, length and survival were obtained when feeding with tive prey (A). Total nriortality of larvae was observed in lhe 14th day in DC and J treatments. Contrary to growth results, muscle fibers distributions in diameter classes and MyoD and Miogenina gene expression were similar (p > 0.05) in A, ADC e ADE treatments. The exclusive feeding with microdiets does not constitute a viable food schedule for pacu larviculture. The substitution of live prey for microdiets induces differences in growth, but does not commit the potential for muscle development / Mestre

A angiostrongilíase abdominal (AA) é uma doença causada pelo nematódeo Angiostrongylus costaricensis, tendo como hospedeiros definitivos roedores silvestres e hospedeiros intermediários moluscos terrestres. No homem, hospedeiro acidental, pode causar infartos intestinais e pseudotumorações, que podem complicar com peritonite e sepse. O diagnóstico definitivo é realizado pelo estudo histopatológico de peças cirúrgicas, ao serem identificadas estruturas parasitárias como vermes, ovos ou larvas. Este processo demanda tempo e experiência do patologista. Até o presente momento não existe tratamento disponível contra o parasito ou para evitar as complicações, apesar de várias tentativas realizadas com o uso de antiparasitários. O presente estudo teve dois objetivos: 1. Testar a reação em cadeia da polimerase (PCR) em bloco parafinado para o diagnóstico de angiostrongilíase abdominal em seres humanos; e 2. Avaliar o efeito da enoxaparina na prevenção de complicações isquêmicas intestinais em camundongos com AA. Para a técnica da PCR utilizamos iniciadores de DNA do Angiostrongylus cantonensis. Blocos parafinados de 4 grupos foram divididos em: (1) casos confirmados (n=20), onde haviam estruturas parasitárias; (2) casos suspeitos (n=20), sendo alvos os granulomas e infiltrado eosinofílico; (3) controle negativo (n=3), proveniente de pacientes operados por adenocarcinomas; e (4) controle de especificidade (n=7), outras parasitoses, representados por estrongiloidíase, enterobíase, ascaridíase e esquistossomose. Para avaliar do tratamento foram utilizados 24 camundongos Swiss infectados com Angiostrongylus costaricensis (10L3/animal), sendo 12 tratados com enoxaparina subcutânea (40mg/kg/dia) e 12 com água destilada (placebo) por 50 dias. Os resultados mostraram que a sensibilidade da PCR foi de 55%, a especificidade de 100% e valor preditivo positivo de 100% para confirmaçãoo da AA. O tratamento dos camundongos com enoxaparina não mostrou diferença com o grupo placebo, em relação a prevenção das lesões tissulares e óbito. Concluindo, a PCR pode tornar-se uma ferramenta promissora para auxiliar na definição diagnóstica da AA, em especial quando o patologista não está familiarizado com esta doença. A enoxaparina na dose profilática não preveniu as lesões e os óbitos causados pelo parasito. / Abdominal angiostrongyliasis (AA) is a disease caused by the nematode Angiostrongylus costaricensis. The parasite has wild rodents as definitive hosts and molusks as intermediate hosts. Incidental contamination in men can provoke bowel infarction and pseudotumoral lesions, clinically manifested as acute abdomen. The diagnosis has been confirmed after histopathological examination of surgical specimens, with the identification of parasitic structures such as worms, eggs and larvae. Diagnostic workup demands high expertise from the pathologist. Hitherto there is no available treatment either for parasite eradication or avoidance of complications, despite several studies addressing the effect of anti-parasitic drugs. The current study aimed: 1. To test polimerase chain reaction (PCR) in formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) tissue for the diagnosis of AA in humans; and 2. To assess the effect of enoxaparin in preventing intestinal ischemic complications in mice with AA. For PCR we used DNA primers from Angiostrongylus cantonensis. Four groups of FFPE intestinal tissue from surgically treated patients were tested with PCR: (1) confirmed cases (n = 20), in which AC structures were present in the target tissue; (2) presumptive cases (n = 20), containing eosinophilic infiltrates and/or granulomatous reaction in the absence of AC structures; (3) negative controls (n = 3), consisting of normal colonic tissue surrounding resected colonic adenocarcinoma; and (4) tissue affected by other parasitosis (n = 7), including strongiloidiasis, ascaridiasis, schistosomiasis, and enterobiasis. In the study with enoxaparin, 24 mice infected with Angiostrongylus costaricensis (10L3/animal) were allocated to receive subcutaneous enoxaparin (40mg/kg/day, n = 12) or sterile water (n = 12) for 50 days. Regarding results, PCR showed sensitivity of 55%, specificity of 100% and positive predictive value of 100% in confirming AA. Treatment with enoxaparin was not superior to placebo in preventing AA related complications or death. In conclusion, the PCR technique might be a promising tool to be used in the diagnostic workup of AA, particularly in the setting of non-experienced pathologists. Enoxaparin in prophylactic doses did not prevent lesions or death in mice suffering from AA.

Associações simbióticas, comensais e parasitárias são amplamente relatadas em insetos. Pelo fato de larvas de culicídeos e amebas de vida livre (AVL) habitarem meios aquáticos similares, objetivou-se verificar a prevalência de Acanthamoeba spp. em populações silvestres de Aedes aegypti. Esta AVL foi investigada em 60 pools contendo 10 larvas de A. aegypti, as quais foram coletadas através de ovitrampas instaladas em diversos bairros da cidade de Porto Alegre (RS, Brasil). Os isolados de Acanthamoeba spp. foram caracterizados morfologicamente e submetidos à técnica de Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) para confirmação do gênero. Ademais, realizouse análise genotípica e testes presuntivos de patogenicidade para algumas cepas. Entre os pools, 54 (90%) foram positivos para AVL, dos quais 47 (87%) isolados eram pertencentes ao gênero Acanthamoeba. Os grupos genotípicos T4, T3 e T5 foram identificados, correspondendo a 14 (53,8%), 10 (38,5%) e dois (7,7%) isolados, respectivamente. De acordo com testes fisiológicos empregados para 14 cepas, 12 (85,7%) foram consideradas não patogênicas e duas (14,3%) foram consideradas com baixo potencial patogênico. Estes resultados servem como base para um maior conhecimento acerca da interação entre estes protozoários e mosquitos vetores, em seu habitat natural. Além disso, é o primeiro estudo dedicado ao isolamento de Acanthamoeba spp. a partir de culicídeos coletados do ambiente. / Symbiotic, commensal and parasitic associations are widely reported in insects. By the fact of mosquito larvae and free-living amoebae (FLA) occupy the similar aquatic sites, the aim of this study was to determine the prevalence of Acanthamoeba spp. in Aedes aegypti larvae collected in the environment. The amoebae were investigated in 60 pools, each containing 10 larvae of A. aegypti which were collected by using larvitraps installed in various districts of Porto Alegre (RS, Brazil). Acanthamoeba isolates were morphologically characterized and submitted to Polymerase Chain Reaction technique to confirm the genus. In addition, genotype analyses as well as presumptive tests for pathogenicity in some samples were performed. Among the pools, 54 (90%) were positive for FLA. From those isolates, 47 (87%) belong to the genus Acanthamoeba. The genotype groups T4, T3 and T5 have been identified corresponding to 14 (53.8%), 10 (38.5%) and two (7.7%) isolates respectively. The physiological tests performed in 14 strains showed that 12 (85.7%) were non pathogenic, while two (14.3%) were considered with low pathogenic potential. These results provide a basis for a better understanding between these protozoan and mosquitoes interaction in their natural habitat. Moreover, this study is the first to report isolation of Acanthamoeba spp. from mosquitoes collected in the environment.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Medicina, 2014 / Submitted by Ana Cristina Barbosa da Silva (annabds@hotmail.com) on 2014-10-22T18:32:03Z No. of bitstreams: 1 2014_CiroMartinsGomes.pdf: 46964675 bytes, checksum: a34a4081b873bf4c7326f0b1f1ae37b1 (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2014-11-12T13:12:55Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2014_CiroMartinsGomes.pdf: 46964675 bytes, checksum: a34a4081b873bf4c7326f0b1f1ae37b1 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-11-12T13:12:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014_CiroMartinsGomes.pdf: 46964675 bytes, checksum: a34a4081b873bf4c7326f0b1f1ae37b1 (MD5) / Introdução: A técnica da reação em cadeia da polimerase (PCR) aumenta a sensibilidade do diagnóstico da leishmaniose tegumentar americana (LTA), especialmente na forma mucosa (LM). Teve-se por objetivo avaliar a acurácia dos resultados de PCR em amostras da mucosa nasal, oral e de saliva no diagnóstico da LM e da leishmaniose cutânea (LC). Métodos: Pacientes atendidos no Hospital Universitário de Brasília foram inclusos de forma consecutiva em amostra de conveniência. Intradermorreação de Montenegro (IDRM), imunofluorescência indireta (IFI), imprint em lâmina, cultura, exame histopatológico e PCR em papel filtro da lesão foram utilizados em paralelo para alocação dos casos nos grupos de LM, LC e controles. As amostras mucosas avaliadas por PCR foram coletadas por swab nasal (SN), microtubo de 1,5mls (saliva) e esfregaço oral na forma de imprint em papel de filtro (PFO). Para a PCR, utilizou-se par de iniciadores que amplificam sequência de 120pb do DNA mitocondrial de Leishmania spp. Para a identificação do subgênero, empregou-se digestão pelas enzimas de restrição HaeIII e Bsr1. Realizou-se ainda revisão sistemática da literatura com o objetivo de agregação com os dados encontrados na pesquisa clínica. Resultados: Foram incluídos 69 pacientes, sendo 17 (25%) com LM, 19 (28%) com LC e 33 (48%) controles. Para o diagnóstico da LM, em comparação aos controles, a melhor acurácia foi alcançada pela PCR do SN 86% (IC-95%=73,81-93,05), seguido da saliva 74% (IC-95%=60,45-84,13) e PFO 68% (IC-95%=54,19-79,24). As especificidades do SN e PFO foram completas, negativas em todos os controles sem LTA. Dois casos de LC tiveram SN e PFO simultaneamente positivos. A revisão sistemática da literatura resultou na inclusão de 14 referências. Análise dos dados por meta-análise, possível apenas para amostras de PCR de fragmento da lesão em 2 dos artigos selecionados, demonstrou uma sensibilidade de 70% (IC-95%=0,57-0,81), especificidade de 97% (IC-95%=0,89-1), e razão de chances de 40,34 (IC-95%=11,06-147,08) no diagnóstico da LM. Identificou-se Leishmania do subgênero Viannia em 12 casos de LM e 11 casos da LC. Em apenas um caso de LC foi identificado o subgênero Leishmania. Conclusões: O SN demonstrou a melhor acurácia entre os exames de PCR na mucosa. Os resultados da PCR nas três formas de coleta nasal, oral e de saliva apresentaram maior especificidade que a IDRM e IFI. Estes mostraram ainda sensibilidade comparável aos exames de cultura e imprint em lâmina, com a vantagem da coleta menos invasiva. _____________________________________________________________________________ ABSTRACT / Introduction: The technique of polymerase chain reaction (PCR) increases the sensitivity ofthe etiological diagnosis of american cutaneous leishmaniasis (ACL), especially in themucocutaneous form (MCL). The aim of the study was to evaluate the accuracy of PCR in thenasal cavity, oral mucosa and saliva in the diagnosis of MCL and cutaneous leishmaniasis(CL). Methods: Patients attending the University Hospital of Brasilia were consecutivelyincluded in a convenience sample. Montenegro skin test (MST), indirect immunofluorescence(IIF), smear, culture, histopathology and PCR from filter paper imprints of lesion biopsy(FPIL) were used in parallel for allocation in groups of MCL, CL and controls. Mucosalsamples evaluated by PCR were collected by nasal swab (NS), 1.5mls microtubes (saliva) andoral filter paper imprints (OFPI). The primers used resulted on a 120-bp sequence present inthe mitocondrial DNA of Leishmania spp. Digestion with the restriction enzymes HaeIII andBSR1 were used for subgenus identification. A systematic review of the literature wasconducted with the goal of aggregation with data found in the present clinical research.Results: 69 patients were included, 17 (25%) with MCL, 19 (28%) with CL and 33 (48%)controls . For the diagnosis of MCL, compared to controls, the best accuracy was achieved byNS 86% (95%CI=73.81-93.05), followed by saliva 74% (95%CI=60.45-84.13) and OFPI68% (95%CI=54.19-79.24). The specificity of the NS and OFPI were complete, negative inall controls without ACL. Two cases of isolated CL showed positivity for both NS and OFPI.The systematic review of the literature resulted in the inclusion of 14 previous references.Analysis of aggregated data by meta-analysis, possible only for tissue samples in 2 of thepreviously selected articles showed a sensitivity of 70% (IC-95%=0.57-0.81), a specificity of97% (IC-95%=0.89-1) and an odds-ratio of 40.34 (IC-95%=11.06-147.08) in the diagnosis ofMCL. We identified the Leishmania subgenus Viannia in 12 cases of MCL and in 11 cases ofCL. In only one case of CL the subgenus Leishmania was identified. Conclusions: NSshowed the best accuracy among the PCR tests in the mucosa. PCR results in all three formsof nasal, oral and saliva samples showed higher specificity than the MST and IIF. Themethods also show a sensitivity comparable to culture and smears, with the advantage of aless invasive collection.

Chlamydia trachomatis é o agente causal de uma das infecções sexualmente transmissíveis (IST) mais prevalentes da atualidade. Os maiores problemas no controle desta IST estão no caráter assintomático da infecção e no seu difícil diagnóstico laboratorial. Com o advento dos testes moleculares, grandes avanços ocorreram na área do diagnóstico laboratorial da infecção clamidial. O presente trabalho teve por objetivo desenvolver um método de detecção de C. trachomatis por PCR a partir de amostras cérvico-vaginais. A seqüência alvo escolhida para amplificação consiste de um segmento da ORF 4 do plasmídio críptico de ocorrência natural nesta bactéria. Noventa e duas amostras cérvico-vaginais foram submetidas ao protocolo de PCR in house proposto. Os produtos de PCR foram detectados por visualização direta após eletroforese em gel de agarose com brometo de etídio e por exposição radiográfica após hibridização com sonda homóloga. As amostras foram testadas paralelamente pelo método de captura híbrida para detecção de C. trachomatis. O kit COBAS Amplicor (Roche) foi utilizado para resolver resultados discrepantes. A seqüência do fragmento de 201pb foi confirmada por clivagem enzimática e por seqüenciamento. O teste de especificidade dos primers confirmou especificidade dos mesmos frente ao DNA de diferentes agentes patogênicos e da flora normal feminina. Do total de amostras analisadas, 50 foram positivas por captura híbrida, 51 foram positivas por PCR in house e 67 positivaram após hibridização.O teste de McNemar indicou haver concordância entre os métodos analisados dois a dois (P<0,001). Verificou-se concordância moderada nos comparativos entre captura híbrida e PCR (valor de Kappa: 0,45; DP 0,093), captura híbrida e hibridização (valor de kappa: 0,389; DP 0,091) e, PCR e hibridização (valor de Kappa: 0,634: DP 0,077). O método de PCR in house proposto para a detecção de C. trachomatis é uma técnica rápida e de baixo custo para o diagnóstico, controle e monitoramento dos casos da infecção. Estudos complementares, no entanto, são necessários para implementação deste teste em laboratórios da rede pública.

Rhodococcus equi é uma importante causa de broncopneumonia em potros com menos de 6 meses de idade, sendo responsável por 3% das mortes de eqüinos no mundo. É um microrganismo intracelular capaz de sobreviver e multiplicar no interior de macrófagos. Apresenta 3 níveis de virulência de acordo com os diferentes antígenos expressos em sua superfície. Cepas virulentas apresentam um plasmídeo que codifica para a proteína de superfície VapA e são isoladas principalmente de potros com pneumonia e de alguns pacientes humanos. Cepas com virulência intermediária expressam a proteína VapB e predominam em suínos e humanos com AIDS. Cepas avirulentas não expressam antígeno de superfície e são encontradas principalmente no ambiente e em pacientes humanos. Um dos fatores responsáveis pela ampla distribuição da enfermidade em potros, é a imaturidade do sistema imunológico dos animais acometidos pela infecção, que pode tornar-se endêmica em alguns criatórios. Para humanos, as formas de infecção são ainda desconhecidas, mas o contato com eqüinos é relatado em um terço das infecções. Devido à importância clínica da doença, são necessários métodos diagnósticos que promovam sua identificação precoce, facilitando e aumentando as chances de sucesso com o tratamento. Os métodos mais utilizados atualmente são o cultivo microbiológico da bactéria, testes sorológicos para detecção de anticorpos no soro dos animais e técnicas de PCR que detectam a região 16S do rDNA e o fragmento do gene vapA do microrganismo. O objetivo desse trabalho foi utilizar uma técnica de PCR multiplex para detectar simultaneamente os fragmentos dos genes vapA e 16S do rDNA, e gerar um método rápido, específico e sensível para o diagnóstico e caracterização molecular de cepas de R. equi provenientes de eqüinos e seus ambientes. Foram utilizados 118 isolados, sendo 74 amostras de fezes de eqüinos (41 de adultos e 33 de potros), 21 do solo, 10 das instalações utilizando swabs e 3 de outros animais domésticos. Isolados clínicos (10) foram cultivados do pulmão de potros com pneumonia causada por R. equi. Todas as cepas testadas foram confirmadas pela amplificação do gene 16S rDNA, sendo que 16 destes (10 de x potros doentes e 6 de seus ambientes) também foram positivos na amplificação do gene vapA. Quatro dos isolados ambientais que mostraram amplificação do gene vapA foram de haras endêmicos para a doença. A análise desses dados mostra o grande potencial da técnica de PCR multiplex para caracterização molecular de isolados de R. equi. / Rhodococcus equi is an important cause of pyogranulomatous pneumonia in 1-6- month-old foals, being responsible by 3% horse death around the world. It is an intracellular microorganism able to survive and to multiply itself in the macrophages. Three virulence levels have been identified in R. equi, by the presence of virulence associated antigens on the bacteria surface. Virulent strains have a plasmid encoding VapA protein and are isolated from diseased foals and some human patients. Intermediate virulent strains show VapB protein and are commonly founded in swines and humans with AIDS isolates. Avirulent strains don’t show virulence antigens and are founded in environmental samples and human. The immature immune system is the major cause of the susceptibility of foals for the R.equi pneumonia. To humans, the infection routes are unknown yet, but the contact with horses is related with one third of human infections. Due the clinical importance of the disease, diagnostics methods for early identification in animals are necessary, increasing the chances for treatment. The more common diagnostic methods are microbiologic culture, serologic tests and PCR techniques for 16S rDNA and vapA detection. The mainly purpose of this study was apply a multiplex PCR for simultaneous detection and characterization of 16S rDNA and vapA gene fragments in R. equi. Were analyzed 118 R. equi isolates, being 74 eqüine fecal isolates (41 from horses and 33 from foals), 21 from soil, 10 from breed stuffs and 3 from other domestic animals. Ten clinical isolates were cultured from lungs of diseased foals. All 118 isolates characterized as R. equi, were confirmed by 16S rDNA, being 16 isolates positive to vapA gene PCR amplification (10 from diseased foals and six from horse environment). Four environment R. equi isolates positive to both 16S rDNA e vapA gene amplification was from an endemic horse breeding farm. The results show the great potential of multiplex PCR to molecular characterization of R. equi isolates.