Made available in DSpace on 2015-05-27T13:35:01Z (GMT). No. of bitstreams: 2 694.pdf: 3007603 bytes, checksum: 577a7771c716fd72e84b48d9e00f98f2 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2010 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Aggeu Magalhães. Recife, PE, Brasil / A Leishmaniose Tegumentar Americana é endêmica em todos os estados do Brasil. De acordo com os registros da Secretaria de Saúde municipal, Ilhéus, localizado no sul da Bahia, é endêmico para a doença. Esse estudo objetivou caracterizar a transmissão da enfermidade nesse município. Foi realizado um estudo retrospectivo entre os anos 2000 e 2006, proporcionando a realização de busca ativa de casos humanos em áreas rural e urbana (Santo Antonio e Teotônio Vilela), com um inquérito populacional em 147 e 77 indivíduos, respectivamente. Foram capturados e identificados 6.439 flebotomíneos com armadilhas CDC, mil deles separados em pools de 20 insetos e submetidos à Reação em Cadeia da Polimerase. Ademais, 1.528 fêmeas capturadas com armadilhas de Castro foram dissecadas. Foram atendidos 131 pacientes suspeitos da doença no Centro de Atenção Especializada III, entre Agosto/2007 e Setembro/2009, e avaliados clínica, epidemiológica, parasitológica, molecular e imunologicamente. Dos residentes na área urbana 79,4 por cento visitaram, ao menos uma vez, a área rural. Foram identificadas 18 espécies de flebótomos, predominando Lutzomyia whitmani (52,49 por cento) e L. fischeri (29,98 por cento) na área rural, e L. cortelezzii (05 exemplares) na urbana. Não houve infecção natural à dissecção; e nenhum pool foi positivo à PCR. Mas, dos 84 hamsters inoculados com material humano, 03 amostras de esfregaços hepáticos apresentaram amastigotas; e 02 foram detectáveis por PCR para o subgênero Viannia. Não houve evidência de transmissão urbana, sugerindo uma origem rural dos casos, onde L. whitmani e L. fischeri possivelmente são vetores, tendo L. (V) braziliensis como agente etiológico nesse ciclo de transmissão. Recomenda-se intensificação na vigilância quanto à notificação de casos e atenção às características epidemiológicas locais

LIMA, Rita Amanda Chaves de. Coccidioides posadasii de origem clínica e ambiental : um estudo da diversidade genética. 2010. 91 f. Dissertação (Mestrado em Microbiologia Médica) - Universidade Federal do Ceará. Faculdade de Medicina, Fortaleza, 2010. / Submitted by denise santos (denise.santos@ufc.br) on 2015-03-18T13:26:44Z No. of bitstreams: 1 2010_dis_raclima.pdf: 2032085 bytes, checksum: c3f5ac005ba0fdb42b1c01f27d117165 (MD5) / Approved for entry into archive by denise santos(denise.santos@ufc.br) on 2015-03-18T13:27:54Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2010_dis_raclima.pdf: 2032085 bytes, checksum: c3f5ac005ba0fdb42b1c01f27d117165 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-18T13:27:54Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2010_dis_raclima.pdf: 2032085 bytes, checksum: c3f5ac005ba0fdb42b1c01f27d117165 (MD5) Previous issue date: 2010 / Coccidiodomycosis is a systemic infection, predominantly pulmonary, caused by the geophilic and dimorphic fungi, Coccidioides immitis and Coccidioides posadasii. In Brazil, coccidioidomycosis is associated with semi-arid areas in the Northeastern region of this country, which is considered one of the endemic areas of this disease in South America. These pathogens are morphologically indistinguishable species, but they exhibit molecular differences. Different molecular techniques have been described for the characterization of these species. The nuclear ribosomal DNA (rDNA) from Coccidioides spp. has been described as an important molecular marker for the identification, taxonomy and phylogeny. Currently, there are still shortages of maps for epidemiological approaches in order to direct the correlation between populations of Coccidioides spp. and the outbreaks of coccidiomycosis. Given the above, this study aimed at performing the molecular identification of 18 clinical and environmental isolates of C. posadasii, from Northeastern Brazil, maintained in the fungal collection of the Specialized Medical Mycology Center (CEMM), through PCR, as well as, to analyze the genetic diversity of these isolates by sequencing of 18S-28S regions of nuclear rDNA. The identification of the isolates was performed through PCR, using specific primers Coi9-1F and Coi9-R. The sequencing of the 18S-28S rDNA regions was performed through the method of chain termination by dideoxynucleotides, using the kit DYEnamicTM ET terminators cycle sequencing (GE Healthcare). The results confirmed the identification of all strains included in this study as belonging to the species C. posadasii. The phylogenetic tree based on 18S-28S rDNA region of C. posadasii from CEMM and Coccidioides spp. from Genbank. reveals the formation of a unique cluster encompassing the following strains CEMM 05-2-063, CEMM 05-2-064, CEMM 05-2-066 and CEMM 05-2-065, in a properly sustained branch, which apparently seems to group these isolates according to their geographical origin. The strains of C. posadasii showed lower genetic divergence in the ITS1 and ITS2 regions, when compared to strains of C. immitis. Analyses did not detect differences between strains of clinical origin and those of environmental origin. Further studies involving the analysis of fast evolving markers, such as microsatellites, can provide evidences to determine whether the groups found in this study are derived from a lineage of clonal reproduction. / A coccidioidomicose é uma infecção sistêmica, predominantemente pulmonar, causada pelos fungos dimórficos e geofílicos, Coccidioides immitis e Coccidioides posadasii. No Brasil, a coccidioidomicose está associada a locais situados na zona semi-árida da região Nordeste, considerada uma das áreas endêmicas da doença na América do Sul. Estes patógenos consistem em espécies morfologicamente indistinguíveis, mas que exibem diferenças moleculares peculiares. O DNA ribossômico nuclear (rDNA) de Coccidioides spp. tem sido apontado como importante marcador molecular utilizado na identificação, taxonomia e filogenia. Atualmente, ainda há escassez de mapas de abordagens epidemiológicas para direcionar a correlação entre as populações de Coccidioides spp. com os surtos de coccidioidomicose. Diante do exposto, este estudo teve por objetivo, realizar a identificação molecular de 18 isolados clínicos e ambientais de C. posadasii, oriundos do Nordeste brasileiro, mantidos na Micoteca do Centro Especializado em Micologia Médica (CEMM), através da técnica de PCR, bem como, analisar a diversidade genética destes isolados por meio do seqüenciamento das regiões 18S-28S do rDNA nuclear. A identificação dos isolados foi realizada por PCR utilizando os primers específicos Coi9-1F e Coi9-R. O sequenciamento das regiões 18S-28S rDNA foi realizado pelo método da terminação da cadeia pelo didesoxinucleotídeo, usando-se o kit DYEnamicTM ET terminators cycle sequencing (GE Healthcare). Os resultados confirmaram a identificação de todas as cepas incluídas neste estudo, como pertencentes à espécie C. posadasii. A árvore filogenética, baseada na região 18S-28S rDNA de C. posadasii do CEMM, juntamente com sequências de Coccidioides spp. depositadas no Genbank. revela a formação de um cluster exclusivo englobando as cepas CEMM 05-2-063, CEMM 05-2-064, CEMM 05-2-065 e CEMM 05-2-066, em um ramo adequadamente sustentado, que aparentemente parece agrupar estes isolados segundo sua origem geográfica. As cepas de C. posadasii apresentaram menor índice de divergência genética nas regiões ITS1 e ITS2, quando comparadas às cepas de C. immitis A análise não detectou diferenças entre as cepas de origem clínica e as de origem ambiental. Estudos posteriores envolvendo a análise de marcadores de evolução mais rápida, os microssatélites, podem fornecer evidências para determinar se os agrupamentos encontrados neste estudo são resultantes de uma linhagem de reprodução clonal.

LIMA, Luana Nepomuceno Gondim Costa. Estudo Epidemiológico Molecular da Hanseníase em Fortaleza, Ceará. 2014. 95 f. Tese (Doutorado em Ciências Médicas) - Universidade Federal do Ceará. Faculdade de Medicina, Fortaleza, 2014. / Submitted by denise santos (denise.santos@ufc.br) on 2015-03-30T11:15:20Z No. of bitstreams: 1 2014_tese_lngclima.pdf: 1600519 bytes, checksum: f15522ff75af3894f38b1bf16d2576a2 (MD5) / Approved for entry into archive by denise santos(denise.santos@ufc.br) on 2015-03-30T11:16:30Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2014_tese_lngclima.pdf: 1600519 bytes, checksum: f15522ff75af3894f38b1bf16d2576a2 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-30T11:16:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014_tese_lngclima.pdf: 1600519 bytes, checksum: f15522ff75af3894f38b1bf16d2576a2 (MD5) Previous issue date: 2014 / The study of detection of M. leprae DNA in nasal secretions from patients and healthy subjects in addition to the methodologies for genotyping of M. leprae has complemented the leprosy’s epidemiology. This study evaluated the positivity of M. leprae DNA in nasal secretion (NS) of leprosy patients and healthy individuals; and genetic variability among strains of M. leprae, studying the relationship with clinical and epidemiological factors. NS samples were collected from 185 patients (group C), 136 individuals without leprosy (Co) attending the National Reference Center for Sanitary Dermatology Dona Libânia in Fortaleza, Ceará and 121 students from the Faculty Christus in Fortaleza (GE group). Skin biopsies (SB) were collected from 38 individuals in group C. All samples NS were subjected to DNA extraction and amplification of RLEP region by nested PCR. To assess the genetic diversity of M. leprae among individuals, 48 strains of SN positive patients RLEP system were analyzed using the four loci of variable number tandem repeats (VNTRs): AC8b, AC9, and AC8a GT9. To study the variability of the strain in the same individual were compared BP and SN samples of 38 positive patients RLEP system using the fifteen loci VNTRs: AT17, GGT5, GTA9, AC8b, AC8a, AT15, AC9, 21-3, GAA21, TA18, 6-7, 27-5, TA10, 23-3, 12-5. 69.2% of the cases, 66.9% of Co and 28.1% of group GE were positive RLEP. The fact that the individual is male, belonging to socioeconomic class D/E and every year-old age increases the chance in 6,266, 3,083 and 1,046, respectively, be it positive PCR. In the analysis of geographical distribution of individuals positive RLEP, the Co was the group of intersection between C and GE groups and the group C, the smear-positive and positive RLEP were more clustered than smear-positive and negative RLEP. The AC8b, AC9, and AC8a GTA9 loci showed allelic diversity considered moderately discriminating. There was a formation of four groups with strains of identical genotypes. The most common genotypes were AC8b: 8, AC9: 7, AC8a: 8, GTA9: 10 and AC8b: 7, AC9: 8, AC8a: 9, GTA9: 9. Strains of unique genotypes were detected in patients aged greater and in patients in whom there was more time between symptoms and diagnosis. The existence of different strains circulating in the city under study and different subpopulations of bacilli between BP and SN samples of the same individual was observed. / O estudo da detecção de DNA do M. leprae em secreção nasal de indivíduos e as metodologias de genotipagem do M. leprae têm complementado a epidemiologia da hanseníase. Este estudo avaliou a positividade de DNA de M. leprae na secreção nasal (SN) de pacientes com hanseníase e de indivíduos sadios; e a variabilidade genética entre cepas de M. leprae, estudando a relação com fatores clínico-epidemiológicos. Foram coletadas amostras de SN de 185 pacientes (grupo C), de 136 indivíduos sem hanseníase (grupo Co) que frequentavam o Centro de Referência Nacional em Dermatologia Sanitária Dona Libânia em Fortaleza, Ceará e 121 alunos da Faculdade Christus em Fortaleza (grupo GE). Foram coletadas biópsias de pele (BP) de 38 indivíduos do grupo C. Todas as amostras de SN foram submetidas à amplificação da região RLEP por meio de PCR NESTED. Para avaliação da diversidade genética do M. leprae entre indivíduos, foram analisadas cepas de SN de 48 pacientes positivos do sistema RLEP, utilizando os quatro loci de repetições em tandem de número variável (VNTRs): AC8b, AC9, AC8a e GT9. Para o estudo da variabilidade da cepa no mesmo indivíduo foram comparadas amostras de BP e SN de 38 pacientes positivos do sistema RLEP, utilizando os quinze loci de VNTRs: AT17, GGT5, GTA9, AC8b, AC8a, AT15, AC9, 21-3, GAA21, TA18, 6-7, 27-5, TA10, 23-3, 12-5. Foram RLEP positivo 69,2% dos casos, 66,9% do grupo Co e 28,1% do grupo GE. O fato de o indivíduo ser homem, pertencer à classe socioeconômica D/E e a cada ano de idade que envelhece, aumenta a chance em 6,266, 3,083 e 1,046, respectivamente, dele ser PCR positivo. Na análise de distribuição geográfica dos indivíduos RLEP positivos, o grupo Co foi o grupo de interseção entre os grupos C e GE e em relação ao grupo C, os com baciloscopia positiva e RLEP positivo estiveram mais agrupados do que os com baciloscopia positiva e RLEP negativo. Os loci AC8b, AC9, AC8a e GTA9 apresentaram uma diversidade alélica considerada moderadamente discriminante. Houve a formação de quatro grupos com cepas de genótipos idênticos. Os genótipos mais frequentes foram o AC8b: 8, AC9: 7, AC8a: 8, GTA9: 10 e o AC8b: 7, AC9: 8, AC8a: 9, GTA9: 9. As cepas de genótipos únicos foram detectadas em pacientes com idade menor e em pacientes nos quais ocorreu maior tempo entre sintomas e diagnóstico. Foi constatada a existência de diferentes cepas circulando no Município em estudo e diferenças de subpopulações do bacilo entre as amostras de BP e SN de um mesmo indivíduo.

FIÉVEZ, Aline Mireille da Cunha. Avaliação da reação em cadeia da polimerase (PCR) e métodos convencionais no diagnóstico de micobacteriose extrapulmonar exceto renal. 2006. 100 f. Dissertação (Mestrado em Patologia) - Universidade Federal do Ceará, Faculdade de Medicina, Fortaleza, 2005. / Submitted by denise santos (denise.santos@ufc.br) on 2011-12-20T12:48:33Z No. of bitstreams: 1 2005_dis_amcfievez.pdf: 695266 bytes, checksum: e437ff57b2a73b87f5c90be990554ed3 (MD5) / Approved for entry into archive by Eliene Nascimento(elienegvn@hotmail.com) on 2012-02-01T13:34:25Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2005_dis_amcfievez.pdf: 695266 bytes, checksum: e437ff57b2a73b87f5c90be990554ed3 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-02-01T13:34:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2005_dis_amcfievez.pdf: 695266 bytes, checksum: e437ff57b2a73b87f5c90be990554ed3 (MD5) Previous issue date: 2005 / In order to focus on the importance of laboratorial diagnosis of extrapulmonary mycobacteria, except renal, we employed the polymerase chain reaction (PCR). Clinical samples (body fluids) were tested by PCR for the presence of Mycobacterium tuberculosis complex (MTB) and nontuberculous mycobacteria (MNTB). We compared the results obtained through the PCR with the ones obtained through conventional microbiological methods. The 114 clinical samples were obtained from internal patients or from or in ambulatorial attendance with clinical suspicion of extrapulmonary tuberculosis, except renal. The samples were collected from 2001 to 2003, and ceded to this research by the Laboratório de Microbiologia do Laboratório Central do Hospital Universitário Walter Cantídio (HUWC-UFC), and by the Laboratório Central de Saúde Pública da Secretaria de Saúde do Estado do Ceará (LACEN-CE). The direct microscopy and culture were negative in all the samples. The molecular research, for the Mycobacterium genus was positive in 10 samples, and for the Mycobacterium tuberculosis complex was negative in all the samples. / Com o objetivo de enfatizar a importância do diagnóstico laboratorial de micobactérias em sítios extrapulmonares, exceto renal, utilizou-se neste trabalho a reação em cadeia da polimerase (PCR). Na PCR foram empregados iniciadores específicos para a detecção de micobactérias do complexo Mycobacterium tuberculosis (MTB) e não pertencentes ao complexo Mycobacterium tuberculosis (MNTB). Foram comparados os resultados obtidos na PCR com os métodos microbiológicos convencionais. Foram analisadas 114 amostras clínicas (líquidos corporais) provenientes de pacientes internados ou em atendimento ambulatorial, com suspeita clínica de tuberculose extrapulmonar, exceto renal. As amostras foram coletadas no período de 2001 a 2003 e cedidas pelo Laboratório de Microbiologia do Laboratório Central do Hospital Universitário Walter Cantídio (HUWC-UFC) e pelo Laboratório Central de Saúde Pública da Secretaria de Saúde do Estado do Ceará (LACEN-CE). A baciloscopia e a cultura foram negativas em todas as amostras. A pesquisa molecular para o gênero Mycobacterium foi positiva em dez amostras e, para o complexo Mycobacterium tuberculosis, foi negativa em todas as amostras.

CARNEIRO, Teiliane Rodrigues. Avaliação da reação em cadeia da polimerase (PCR) em amostras de fezes para diagnóstico da esquistossomose em região de baixa endemicidade no Estado do Ceará. 2011. 93 f. Dissertaçao (Mestrado em Patologia) - Universidade Federal do Ceará. Faculdade de Medicina, Fortaleza, 2011. / Submitted by denise santos (denise.santos@ufc.br) on 2012-01-03T13:52:47Z No. of bitstreams: 1 2011_dis_trcarneiro.pdf: 4385109 bytes, checksum: c39e82aaa5b6180628484047cdc7c5a8 (MD5) / Approved for entry into archive by Eliene Nascimento(elienegvn@hotmail.com) on 2012-02-02T16:32:24Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2011_dis_trcarneiro.pdf: 4385109 bytes, checksum: c39e82aaa5b6180628484047cdc7c5a8 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-02-02T16:32:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2011_dis_trcarneiro.pdf: 4385109 bytes, checksum: c39e82aaa5b6180628484047cdc7c5a8 (MD5) Previous issue date: 2011 / Schistosomiasis is still a public health problem in Brazil. The infection is widespread in southeast and northeast. The laboratorial diagnosis of schistosome infection has been based on direct coproscopic examination and by indirect methods for detection of antigen, antibodies and specific DNA fragments that are associated with Schistosoma mansoni infection. The aim of the present study was to evaluate polymerase chain reaction (PCR) designed for detection of Schistosoma mansoni DNA in individuals from a low endemic area in Ceará state. The study was conducted in the Planalto do Cajueiro, Maranguape, Ceará, Brazil. In the laboratory performed the ELISA for detection of IgG antibodies against adult worms antigen of S. mansoni, and stool examinations (Kato-Katz, Lutz, Saline gradient and Helmintex® methods), considering the results obtained, for distribution of 56 stool samples selected among the 125 examined, in the following groups: Group I - ELISA reactive / Others parasites (+ ), Group II- ELISA reactive / Others parasites (-), Group III- ELISA non reactive / Others parasites (+), Group IV- ELISA non reactive / Others parasites (-), Group V- ELISA reactive / Coproscopic examination S. mansoni (+).The PCR was carried out according to a protocol described by Pontes et al.(2002) . Group I, 02 of 10 samples were positive in PCR; Group II, 04 of 10 samples were positive by PCR and in Group III, 01 of 07 samples were positive in PCR. Among the 10 samples of Group IV, 01 was positive in PCR and Group V, 13 of 19 samples were positive in PCR. Among the 39 individuals who showed reactivity by ELISA, 06 samples were positive in coproscopic examination and PCR was reactive in 19 samples. Comparing the results in Group V, with the Kato-Katz, this method detected 06 individuals, while PCR detected 13 individuals were positive. By comparing the PCR of Saline gradient, it is observed that the Saline gradient detected 09 individuals, while PCR detected 11. When comparing PCR to Helmintex®, we found that the Helmintex® detected 10, while PCR detected 08 samples. We conclude that PCR is an important tool to improve the sensitivity in detecting S. mansoni infection in low endemic areas. We emphasize that is very important associate the exams in order to achieve the real diagnosis of the disease. / A esquistossomose ainda é um problema de saúde pública no Brasil, amplamente disseminada nas regiões sudeste e nordeste. O diagnóstico laboratorial dessa doença é realizado principalmente através de métodos diretos que detectam os ovos nas fezes, através da microscopia e por métodos indiretos, que se baseiam na determinação e identificação de antígenos, anticorpos e fragmentos específicos de DNA que estão associados à infecção por Schistosoma mansoni. Nesse estudo, objetivamos avaliar a reação em cadeia da polimerase (PCR) para diagnóstico da esquistossomose mansoni, em indivíduos da localidade de Planalto do Cajueiro, uma área de baixa endemicidade, em Maranguape- Ceará. Realizamos o método de ELISA, para detecção de anticorpos IgG contra antígenos de verme adulto de S. mansoni, e a coproscopia, pelos métodos de Kato-Katz e de Lutz, para detecção de ovos de S. mansoni e de outros parasitos. Diante dos resultados obtidos nesses métodos, selecionamos 56 amostras de fezes, dentre as 125 analisadas, que compuseram os seguintes grupos: Grupo I - ELISA reativo/Outros parasitos (+) ; Grupo II- ELISA reativo/Outros parasitos (-); Grupo III- ELISA não reativo/ Outros parasitos (+) ; Grupo IV-ELISA não reativo/Outros parasitos (-); Grupo V- ELISA Reativo/Coproscopia para S. mansoni (+). Os parâmetros da PCR seguiram o protocolo de Pontes et al., 2002. Do Grupo I, 02 das 10 amostras foram positivas na PCR; do Grupo II, 04 das 10 amostras foram positivas na PCR e no Grupo III, 01 das 07 amostras foi positiva no PCR. Dentre as 10 amostras do Grupo IV, 01 amostra foi positiva no PCR e no Grupo V, 13 das 19 amostras foram positivas no PCR. Dos 39 indivíduos que apresentavam reatividade pelo ELISA, o exame parasitológico, realizado pela técnica de rotina, método de Kato-Katz, foi positivo em 06 amostras e a PCR em 19 amostras. Ao comparar os resultados obtidos no Grupo V, com o método de Kato-Katz, observa-se que este detectou 06 indivíduos, enquanto PCR detectou 13. Ao compararmos PCR ao método do Gradiente Salínico, observa-se que o Gradiente Salínico detectou 09 indivíduos, enquanto PCR detectou 11. Ao compararmos PCR ao Helmintex®, verificamos que o Helmintex® detectou 10, enquanto PCR detectou 08 amostras. Diante disso, concluímos que a PCR é mais uma ferramenta importante para melhorar a sensibilidade na detecção do parasito nas fezes, sendo indispensável à associação dos vários métodos disponíveis, com intuito de alcançar o diagnóstico real da doença.

DONATO, Silvia Tavares. Comparação de métodos convencionais e semi-automatizados para identificação de Enterococus spp. frente à biologia molecular em identificações discrepantes. 2007. 85 f. Dissertação )Mestrado em Microbiologia Médica)- Universidade Federal do Ceará. Faculdade de Medicina, Fortaleza, 2007. / Submitted by denise santos (denise.santos@ufc.br) on 2012-01-05T16:14:03Z No. of bitstreams: 1 2007_dis_stdonato.pdf: 1148725 bytes, checksum: a3c4b8df96851f37a091b98fb40e19c4 (MD5) / Approved for entry into archive by Eliene Nascimento(elienegvn@hotmail.com) on 2012-02-01T14:09:56Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2007_dis_stdonato.pdf: 1148725 bytes, checksum: a3c4b8df96851f37a091b98fb40e19c4 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-02-01T14:09:56Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2007_dis_stdonato.pdf: 1148725 bytes, checksum: a3c4b8df96851f37a091b98fb40e19c4 (MD5) Previous issue date: 2007 / The Enterococcus are Gram-positive cocci catalase negative - which inhabit the gastrointestinal, and genitourinary tract. They are identified manually and the procedure is based on the classic of Facklam, by semi-authomatized and automatized systems as well as by Molecular Biology. Due to the diversity of identification methods and aiming to verify the concordance among some methods, it was accomplished the identification of 62 bacteria strains proceeding from the collection of the Centro Especializado em Micologia Médica (CEMM) of the Federal University of Ceará, in Brazil. They were presumably identified as Enterococcus sp. e Enterococcus faecalis by the Facklam scheme. This study was begun with the identification for two manual methods, modified from the Facklam scheme – Modified 1 and Modified 2- and semi-automatized – API 20 Strep. For the inconsistent results definition we used the semi-automatized – BBL and the Molecular Biology- PRC. The Franklin scheme identified 16% (10) as strains of the genre Enterococcus sp. and 52% (84) as E. faecalis. The Modified Scheme 1 presented the following identification: 82, 2% (51) E. faecalis, 9, 7% (6) E. mundtii and 8, 1% (5) E. gallinarum. The Modified 2 identified 98, 4% (61) E. faecalis and 1, 6% (1) E. gallinarum. The API 20 Strep identified 51,6% (32) E. faecalis, 19,4% (12) A viridans, 13,0% (8) E. avium, 4,8% (3) S. agalactiae, 3,2% (2) E. faecium, 1,6% (1) S. acidominimus, 1,6% (1) Leuconoctocc sp., 1,6% (1) S. uberis, 1,6% (1) A. adiacens and1,6% (1) unacceptable. It was made the selection of 10 sample (strains), among them, the ones numbered (05, 13, 15, 20, 27, 31, 32, 33, 50 and 60), which presented discordant results among the systems Modified 1, Modified 2 and API 20 Strep to be identified by BBL Crystal and by PCR. The BBL identified 6 samples as E. faecium, including the control- strain E. faecalis ATCC 29212 and did not identify 4 samples. In the PCR, one sample did not amplify and 9 were identified as Streptococcus spp. One sample was identified as positive for the genre Enterococcus, but it did not for the species E. faecalis and 1 (one) was amplified for the species S. agalactiae. None of the samples presented were positive for the species E. gallinarum. The control-sample – E. faecalis ATCC 29212 – was correctly amplified. With the analysis of the results, it was noticed that there was identification concordance of the 62 strains in 84% of the samples among the manual systems (Facklam, Modified 1 and Modified 2) and in 52% of the samples among the manual and semi-automatized systems (API 20 Strep). In 10 samples with disagreeing results there was no identification concordance among the manual systems, API 20 Strep and the BBL. A PCR agreed with the manual systems and the BBL and did not agree with the API 20 step, in genre, in one sample. Correlating the PCR with the API 20 Strep, there was agreement, in genre, in 01 sample and disagreement with the other systems. / Os Enterococcus são cocos Gram-positivos catalase-negativos, habitantes do trato gastrintestinal e geniturinário. São identificados por meios manuais baseados no clássico de Facklam, por sistemas semi-automatizados, automatizados e por Biologia Molecular. Em vista da diversidade de métodos de identificação e com o intuito de se verificar a concordância entre alguns métodos, foi realizada identificação de 62 cepas bacterianas, advindas da coleção do Centro Especializado em Micologia Médica (CEMM) da Universidade Federal do Ceará, Brasil, presumidamente identificadas como Enterococcus sp. e Enterococcus faecalis pelo esquema de Facklam. Este estudo iniciou-se com a identificação por três métodos manuais: esquema de facklam e dois modificados deste - Modificado 1 e Modificado 2 - e semi-automatizado – API 20 Strep. Para a definição de resultados discordantes, recorreu-se ao semi-automatizado – BBL – e à Biologia Molecular – PCR. O esquema de Facklam identificou 16% (10) como cepas do gênero Enterococcus sp. e 84% (52) como E. faecalis. O esquema Modificado 1 apresentou a seguinte identificação: 82,2% (51) E. faecalis, 9,7% (6) E. mundtii, e 8,1% (5) E. gallinarum. O Modificado 2 identificou 98,4% (61) E. faecalis e 1,6% (1) E. gallinarum. O API 20 Strep identificou 51,6% (32) E. faecalis, 19,4% (12) A viridans, 13,0% (8) E. avium, 4,8% (3) S. agalactiae, 3,2% (2) E. faecium, 1,6% (1) S. acidominimus, 1,6% (1) Leuconoctocc sp., 1,6% (1) S. uberis, 1,6% (1) A. adiacens e 1,6% (1) Inaceitável. Foram selecionadas 10 amostras (cepas n°s 05, 13, 15, 20, 27, 31, 32, 33, 50 e 60), que apresentaram resultados discordantes entre os sistemas Modificado 1, Modificado 2 e API 20 Strep para serem identificadas pelo BBL Crystal e por PCR. O BBL identificou 6 amostras como E. faecium, inclusive a cepa-controle E. faecalis ATCC 29212 e não identificou 4 amostras. Na PCR, uma amostra não amplificou e 9 foram identificadas como Streptococcus spp.. Uma amostra apresentou-se positiva para o gênero Enterococcus, mas não para a espécie E. faecalis e 1 (uma) amplificou para a espécie S. agalactiae. Nenhuma das amostras se apresentou positiva para a espécie E. gallinarum. A amostra-controle – E. faecalis ATCC 29212 - foi amplificada corretamente. Com a análise dos resultados, verificou-se que houve concordância de identificação das 62 cepas em 84% das amostras entre os sistemas manuais (Facklam, Modificado 1 e Modificado 2) e em 52% das amostras entre os sistemas manuais e semi-automatizado (API 20 Strep). Nas 10 amostras com resultados discrepantes, não houve concordância de identificação entre os sistemas manuais, API 20 Strep e o BBL. A PCR concordou com os sistemas manuais e o BBL e foi discordante do API 20 Strep, em gênero, em 01 amostra. Correlacionando a PCR com o API 20 Strep, houve concordância, em gênero, em 01 amostra e foi discordante dos demais sistemas. Para aumentar a sensibilidade de identificação de Enterococcus spp. devem ser utilizados pelo menos dois métodos com testes fenotípicos. Amostras com identificações discordantes devem ser reidentificadas por PCR.

A angiostrongilíase abdominal (AA) é uma doença causada pelo nematódeo Angiostrongylus costaricensis, tendo como hospedeiros definitivos roedores silvestres e hospedeiros intermediários moluscos terrestres. No homem, hospedeiro acidental, pode causar infartos intestinais e pseudotumorações, que podem complicar com peritonite e sepse. O diagnóstico definitivo é realizado pelo estudo histopatológico de peças cirúrgicas, ao serem identificadas estruturas parasitárias como vermes, ovos ou larvas. Este processo demanda tempo e experiência do patologista. Até o presente momento não existe tratamento disponível contra o parasito ou para evitar as complicações, apesar de várias tentativas realizadas com o uso de antiparasitários. O presente estudo teve dois objetivos: 1. Testar a reação em cadeia da polimerase (PCR) em bloco parafinado para o diagnóstico de angiostrongilíase abdominal em seres humanos; e 2. Avaliar o efeito da enoxaparina na prevenção de complicações isquêmicas intestinais em camundongos com AA. Para a técnica da PCR utilizamos iniciadores de DNA do Angiostrongylus cantonensis. Blocos parafinados de 4 grupos foram divididos em: (1) casos confirmados (n=20), onde haviam estruturas parasitárias; (2) casos suspeitos (n=20), sendo alvos os granulomas e infiltrado eosinofílico; (3) controle negativo (n=3), proveniente de pacientes operados por adenocarcinomas; e (4) controle de especificidade (n=7), outras parasitoses, representados por estrongiloidíase, enterobíase, ascaridíase e esquistossomose. Para avaliar do tratamento foram utilizados 24 camundongos Swiss infectados com Angiostrongylus costaricensis (10L3/animal), sendo 12 tratados com enoxaparina subcutânea (40mg/kg/dia) e 12 com água destilada (placebo) por 50 dias. Os resultados mostraram que a sensibilidade da PCR foi de 55%, a especificidade de 100% e valor preditivo positivo de 100% para confirmaçãoo da AA. O tratamento dos camundongos com enoxaparina não mostrou diferença com o grupo placebo, em relação a prevenção das lesões tissulares e óbito. Concluindo, a PCR pode tornar-se uma ferramenta promissora para auxiliar na definição diagnóstica da AA, em especial quando o patologista não está familiarizado com esta doença. A enoxaparina na dose profilática não preveniu as lesões e os óbitos causados pelo parasito. / Abdominal angiostrongyliasis (AA) is a disease caused by the nematode Angiostrongylus costaricensis. The parasite has wild rodents as definitive hosts and molusks as intermediate hosts. Incidental contamination in men can provoke bowel infarction and pseudotumoral lesions, clinically manifested as acute abdomen. The diagnosis has been confirmed after histopathological examination of surgical specimens, with the identification of parasitic structures such as worms, eggs and larvae. Diagnostic workup demands high expertise from the pathologist. Hitherto there is no available treatment either for parasite eradication or avoidance of complications, despite several studies addressing the effect of anti-parasitic drugs. The current study aimed: 1. To test polimerase chain reaction (PCR) in formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) tissue for the diagnosis of AA in humans; and 2. To assess the effect of enoxaparin in preventing intestinal ischemic complications in mice with AA. For PCR we used DNA primers from Angiostrongylus cantonensis. Four groups of FFPE intestinal tissue from surgically treated patients were tested with PCR: (1) confirmed cases (n = 20), in which AC structures were present in the target tissue; (2) presumptive cases (n = 20), containing eosinophilic infiltrates and/or granulomatous reaction in the absence of AC structures; (3) negative controls (n = 3), consisting of normal colonic tissue surrounding resected colonic adenocarcinoma; and (4) tissue affected by other parasitosis (n = 7), including strongiloidiasis, ascaridiasis, schistosomiasis, and enterobiasis. In the study with enoxaparin, 24 mice infected with Angiostrongylus costaricensis (10L3/animal) were allocated to receive subcutaneous enoxaparin (40mg/kg/day, n = 12) or sterile water (n = 12) for 50 days. Regarding results, PCR showed sensitivity of 55%, specificity of 100% and positive predictive value of 100% in confirming AA. Treatment with enoxaparin was not superior to placebo in preventing AA related complications or death. In conclusion, the PCR technique might be a promising tool to be used in the diagnostic workup of AA, particularly in the setting of non-experienced pathologists. Enoxaparin in prophylactic doses did not prevent lesions or death in mice suffering from AA.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:33:26Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-02-28Bitstream added on 2014-06-13T20:05:18Z : No. of bitstreams: 1 miot_ldb_dr_botfm.pdf: 2217701 bytes, checksum: 2d27eb3ecbe3560b74438345b19a6232 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Melasma é hipermelanose adquirida freqüente, crônica, que afeta áreas fotoexpostas e causa importante dano estético. Há poucos estudos epidemiológicos na literatura descrevendo esses pacientes. Caracterizar clínica e epidemiologicamente pacientes brasileiros portadores de melasma atendidos em serviço universitário. Casuística: Inquérito das principais características de portadores de melasma atendidos no ambulatório de dermatologia da FMB-Unesp entre janeiro 2005 a dezembro de 2007, empregando questionário padronizado. As variáveis foram ajustadas por modelos de regressão multivariados. Avaliaram-se 137 pacientes, sendo 95,6% do sexo feminino, fototipos III (34,1%), IV (34,8%) e V (20,5%) foram os mais freqüentes, idade média do início da doença 28,1 anos e história familiar de melasma em 55,2%. Gestação (38,5%), exposição solar (21,9%) e uso de anticoncepcional oral (13,2%) foram os fatores desencadeantes mais relatados. As topografias faciais mais observadas foram zigomática (79,9%), labial superior (46,3%) e frontal (41,0%). Doença desencadeada por gestação se associou com idade de início mais precoce (p<0,01) e positividade de história familiar se associou com duração mais prolongada (p<0,01). A alta prevalência em adultos do sexo feminino, relação com estímulos hormonais e influência genética familiar foram características nessa população. / Melasma is a common chronic acquired hypermelanosis, that affects photoexposed areas and causes major aesthetic damage. There are few epidemiologic studies concerned these patients published in medical literature. Objective: To characterize clinic and epidemiologic data regarding Brazilian patients affected with melasma. Patients with melasma attended at dermatologic clinic from São Paulo State University in a period ranging 2005 to 2007 were inquired using a standardized questionnaire. Independent variables were adjusted by multivariate regression models. There were evaluated 137 patients, which 95,6% were females, skin phototypes III (34,1%), IV (34,8%) and V (20,5%) were more frequent, disease starting mean age was 28,1 years and family history of melasma was identified in 55,2%. Pregnancy (38,5%), sun exposure (21,9%) and contraceptive pills (13,2%) were most related initiating factors. Preferred facial topographies were zigomatic (79,9%), labial (46,3%) and frontal (41,0%). Pregnancy induced melasmas have been associated to premature disease onset (p<0,01), as well as familiar history has been associated to longer disease duration (p<0,01). High prevalence in female adults, the relationship to hormonal stimulus and familiar genetic influence were characteristic in this population.

Objetivos: Avaliar o desempenho e o custo-efetividade de duas técnicas de PCR (Polymerase Chain Reaction) in house: PCR dot-blot e o PCR utilizando a eletroforese em gel de agarose (PCR-AG) no diagnóstico de Tuberculose Pulmonar em pacientes infectados ou não pelo HIV . Material e Métodos: Um estudo prospectivo foi conduzido (de Maio de 2003 a Maio de 2004) em um Hospital de Referência para TB/HIV. Escarros de 277 indivíduos com suspeita de Tuberculose Pulmonar (PTB) foram testados pelas técnicas de microscopia direta pela coloração de Ziehl-Neelsen (ZN), cultura e pelas metodologias de PCR in house (PCR dot-blot e PCR-AG). A acurácia dos testes foi avaliada de acordo com o status de HIV, com o status de tratamento prévio ou não, e com a estimativa de probabilidade pré-teste feita pelos pneumologistas. O padrão ouro utilizado foi a cultura positiva combinada com a definição clínica de PTB (usando sintomas, fatores de risco e Raios-X). O custo efetividade foi expresso por: a) custo por correto caso diagnosticado de Tuberculose; b) custo por correto caso diagnosticado de Tuberculose e tratado incluindo tratamento de casos falsamente diagnosticados; c) custo por casos incorretamente diagnosticados e não tratados. Resultados: Prevalência de PTB foi 46,2% (128/277); em HIV soropositivo (HIV+) foi de 54% (40/74). Em pacientes com baciloscopias negativas foi de 28,4% (43/151) e nos grupos com probabilidades pré-teste alta, intermediária e baixa foi de 67,4% (31/46); 24% (6/25) e 7,5% (6/80). A sensibilidade e a especificidade do PCR dot-blot foi 74% (CI 95%; 66,1%-81,2%) e 85% (CI 95%; 78,8%-90,3%); do PCR-AG foi 43% (CI 95%; 34,5%-51,6%) e 76% (CI 95%; 69,2%-82,8%), respectivamente. Sensibilidades do PCR dot-blot (72% vs 75%; p=0,46) e PCR-AG (42% vs 43%; p=0,54) foi similar para HIV+ and HIV seronegativo (HIV-). Em relação ao efeito da suspeita clínica no desempenho do PCR em pacientes com PTB e com a baciloscopia negativa, o PCR dot-blot combinado com alta probabilidade pré-teste de TB mostrou uma sensibilidade, Valor Preditivo Negativo (VPN) e Razão de Verossimilhança negativa (RV-) de 93%, 96% e 0,1, respectivamente. Usando a estratégia de associar ZN a Cultura, a PCR-AG e PCR dot-blot. A ZN associada à Cultura mostrou o melhor desempenho com sensibilidade de 94% e VPN de 99%, e RV- de 0,07, seguida da ZN associado ao PCR dot-blot com sensibilidade de 90%, com VPN de 99% e uma RV- de 0,12. Não houve diferença significativa no desempenho do PCR em relação ao status de HIV. Na análise de custo-efetividade os custos por correto caso diagnosticado de Tuberculose foram U$1.462,00 , U$1.296,00 e U$1.136,00; os custos por correto caso diagnosticado de Tuberculose e tratado, incluindo tratamento de casos falsamente diagnosticados, foram de US$1.608,00 para a estratégia do ZN associado ao PCR-dotblot e de US$2.359,00 para a estratégia de ZN associado a Cultura. Os custos por casos não diagnosticados que retornam aos serviços de saúde foram de US$3.735,00 para a estratégia de ZN associado ao PCR-dot-blot e de US$2.329,00 para a estratégia de ZN associada à Cultura. Conclusão: Este estudo mostra que as técnicas de PCR in house podem oferecer uma melhora para o diagnóstico de exclusão de TB em pacientes com suspeita de TB atendidos em hospitais com alta prevalência de TB e HIV. / Objective: To evaluate the performance and cost-effectiveness of two in house PCR (Polymerase Chain Reaction) techniques: PCR dot-blot methodology (PCR dot-blot) and PCR agarose gel electrophoresis (PCR-AG) for the diagnosis of Pulmonary Tuberculosis (PTB) in patients with or without HIV. Methods: A prospective study was conducted (from May 2003 to May 2004) in a TB/HIV reference hospital. First sputum from 277 PTB patients suspects was tested by Ziehl-Neelsen direct microscopy staining (ZN), culture and in house PCR assays (PCR dot-blot and PCR-AG). The accuracy of tests was evaluated in according to HIV status, previous treatment and the estimative of pretest probability (PP) of PTB performed by chest physicians. Gold standard was the culture positive combined with the definition of clinical PTB (based on symptoms, risk factors and chest X- Ray). The cost effectiveness was expressed as: a) cost per correctly diagnosed case of PTB; b) cost per case correctly diagnosed and treated, including treatment of falsely diagnosed cases; c) cost per case incorrectly diagnosed and non treated. Results: The prevalence of PTB was 46% (128/277); in HIV Seropositive (HIV+) was 54% (40/74). In patients ZN negative was 28.% (43/151) and in the groups with high, intermediary and low PP was 67.4% (31/46); 24% (6/25) and 7.5% (6/80). The Sensitivity and Specificity of PCR dot-blot were 74% (CI 95%; 66.1%-81.2%) and 85% (CI 95%; 78.8%-90.3%); of PCR-AG were 43% (CI 95%; 34.5%-51.6%) and 76% (CI 95%; 69.2%-82.8%), respectively. Sensitivities of PCR dot-blot (72% vs 75%; p=0.46) and PCR-AG (42% vs 43%; p=0.54) were similar for HIV+ and HIV Seronegative (HIV-). In relation to the effect of clinical suspicion on the performance of PCR in patients with PTB and ZN negative, the PCR dot-blot associate to high pretest probability of PTB showed sensitivity, Negative Predictive Value (NPV) and negative likelihood ratio (LR-) of 93%, 96% and 0.1, respectively. Using the strategy of associate ZN with Culture and PCR methods (PCR-AG and PCR dot-blot), the ZN plus Culture had the highest performance: Sensitivity of 94%, VPN of 99% and LR- of 0.07. ZN plus PCR dot-blot also had a good performance with sensitivity of 90%, VPN of 99% and LR- of 0.12.There was not statistical difference on the performance of PCR in relation to HIV status. Costs per correctly diagnosed case were U$1,462, U$1,296 and U$1,136 for ZN plus culture, ZN plus PCR-AG and ZN plus PCR dot-blot, respectively. The cost per case correctly diagnosed and treated, including treatment of falsely diagnosed cases, was US$1,608 for ZN plus PCR dot-blot and US$2,359 for ZN plus culture. Cost of the return of all false negatives to health service was US$3,735 for ZN plus PCR dot-blot and US$2,329 for ZN plus Culture. Conclusion: This study shows that in house PCR may offer an improvement for ruling out TB diagnosis for PTB suspects assisted at hospitals with a high prevalence of TB and HIV.

Chlamydia trachomatis é o agente causal de uma das infecções sexualmente transmissíveis (IST) mais prevalentes da atualidade. Os maiores problemas no controle desta IST estão no caráter assintomático da infecção e no seu difícil diagnóstico laboratorial. Com o advento dos testes moleculares, grandes avanços ocorreram na área do diagnóstico laboratorial da infecção clamidial. O presente trabalho teve por objetivo desenvolver um método de detecção de C. trachomatis por PCR a partir de amostras cérvico-vaginais. A seqüência alvo escolhida para amplificação consiste de um segmento da ORF 4 do plasmídio críptico de ocorrência natural nesta bactéria. Noventa e duas amostras cérvico-vaginais foram submetidas ao protocolo de PCR in house proposto. Os produtos de PCR foram detectados por visualização direta após eletroforese em gel de agarose com brometo de etídio e por exposição radiográfica após hibridização com sonda homóloga. As amostras foram testadas paralelamente pelo método de captura híbrida para detecção de C. trachomatis. O kit COBAS Amplicor (Roche) foi utilizado para resolver resultados discrepantes. A seqüência do fragmento de 201pb foi confirmada por clivagem enzimática e por seqüenciamento. O teste de especificidade dos primers confirmou especificidade dos mesmos frente ao DNA de diferentes agentes patogênicos e da flora normal feminina. Do total de amostras analisadas, 50 foram positivas por captura híbrida, 51 foram positivas por PCR in house e 67 positivaram após hibridização.O teste de McNemar indicou haver concordância entre os métodos analisados dois a dois (P<0,001). Verificou-se concordância moderada nos comparativos entre captura híbrida e PCR (valor de Kappa: 0,45; DP 0,093), captura híbrida e hibridização (valor de kappa: 0,389; DP 0,091) e, PCR e hibridização (valor de Kappa: 0,634: DP 0,077). O método de PCR in house proposto para a detecção de C. trachomatis é uma técnica rápida e de baixo custo para o diagnóstico, controle e monitoramento dos casos da infecção. Estudos complementares, no entanto, são necessários para implementação deste teste em laboratórios da rede pública.