Com a ampla disseminação da AIDS, uma grande gama de microrganismos tem aparecido como patógenos emergentes, causando importantes infecções em pacientes imunocomprometidos. Por exemplo, Rhodococcus equi, um agente incomum de infecções em humanos, tem sido isolado em pacientes imunocomprometidos. A presença deste microrganismo oportunista em produtos farmacêuticos não tem tido considerável atenção. No presente trabalho, o método de reação em cadeia da polimerase (PCR) foi comparado com métodos convencionais para rápida detecção de três espécies bacterianas em amostras de cremes tópicos contaminadas artificialmente. As amostras foram incubadas por 24 horas a 37ºC. Depois da incubação em caldo com 10% de tween 20, amostras foram semeadas em meio para crescimento seletivo. Identificação bioquímica de Bacillus cereus e Rhodococus equi foram feitas utilizando o sistemas de identificação API 20E® e API Coryne®, respectivamente. Para identificação de Micrococcus luteus foram utilizados os testes de catalase, oxidase, morfologias das colônias e o sistema Gram. O DNA foi extraído usando o método do fenol-clorofórmio. Os iniciadores utilizados contendo a seqüência específica foram para B. cereus (BC1 e BC2), R. equi (COX-F e COX-R) e para M. luteus (ML-ISR-R e ML-ISR-F) foram utilizados na reação de PCR. Para validação da metodologia molecular, as seqüências dos produtos de PCR foram determinadas e analizadas utilizando-se os programas Blastn e Blastx. Foi observado uma alta similaridade (E .value 0,0) e uma alta identidade ( > 99%) para as bactérias utilizadas neste estudo. Os métodos convencional e de PCR detectaram B. cereus, R. equi e M. luteus em todas as amostras contaminadas artificialmente. O tempo para completar o método de PCR incluindo o preparo de amostras e a amplificação específica do DNA bacteriano foi de 27 horas. Para o método convencional foi necessário de 72 a 96 horas para o isolamento e identificação bioquímica dos microrganismos pesquisados. A rápida detecção de PCR para B. cereus, R. equi e M. luteus mostrada neste trabalho sugerem o uso desta metodologia em controle de qualidade microbiológica de produtos tópicos não estéreis, especialmente utilizados por pacientes imunocomprometidos. / With the ample dissemination of the AIDS, a wide range microorganisms has blunted as emergent pathogens, causing important infection in immunocompromised patients. For example, Rhodococcus equi, an unusual cause of infection in humans, has been isolated from HIV-infected patients. The presence of these opportunistic microorganisms in pharmaceutical products has not receiv considerable attention. In the present work PCR assay were compared with standard microbiological methods for rapid detection of three bacterial species from artificially contaminated sample of topical creams. Artificially contaminated samples were incubated for 24 horas at 37º C. After incubation in broth with 10% tween 20, samples were streaked on seletive growth media. Biochemical identification of Bacillus cereus and R. equi was performed using API 20E® and API Coryne® identification systems, respectivelly. For Micrococcus luteus identification, colony an Gram-stained morphology of the bacterium and the biochemical tests of catalase and oxidase were used.DNA was extracted using phenol-chloroform method. DNA primers containing the specific sequences of the BC1 and BC2 for B. cereus, COX-R and COX-F for R. equi and ML-ISR-F and ML-ISR-F for M. luteus were used for detection in the PCR reaction. In order to validate this methodology, DNA sequences of the products were determined. The sequences of the cloned PCR products were analysed using Blastn and Blastx programs. It was observed a marked similarity (E.value 0,0) and a high identity (> 99%) to the bacteria used in the study. Both the PCR and the standard enrichment tests method detected B. cereus, R. equi and M. luteus in all of the deliberately contaminated samples. The time to complete the PCR assay including sample preparation and PCR amplification of the specific DNA bacterial targets was 27 h. Standard plating methods required 72-96 h for the bacteria to be isolated, purified and biochemecally identified. Rapid PCR detection of B. cereus, R. equi and M. luteus showed in this work suggests the use of this methodology in the microbiology control of non-sterile topical products, specially intended for use with immunocompromised patients.

Nos últimos anos o aumento na incidência de candidose superficial e invasiva causada por espécies emergentes resistentes tem sido atribuído a disseminação do uso de antibióticos e agentes imunossupressores. O aumento de Candida não-albicans deve-se ao incremento de pacientes imunodeprimidos, neutropênicos, recém nascidos de baixo peso, procedimentos invasivos e iatrogenia. Todos esses fatores permitem que agentes pouco virulentos, causem doenças. Vários estudos bioquímicos e moleculares foram realizados no sentido de elucidar as causas da resistência a antifúngicos em leveduras. Os objetivos do presente estudo foram: estudar leveduras do gênero Candida isoladas da cavidade bucal de pacientes com e sem HIV; comparação de métodos de identificação dos isolados; determinar o perfil de sensibilidade aos antifúngicos anfotericina B e fluconazol pelas metodologias de microdiluição CLSI, AFSTEUCAST e difusão em agar Etest e obter amostras heterorresistentes à anfotericina B e ao fluconazol por indução e seleção. Foram identificados 22 isolados de C. albicans, 3 de C. tropicalis, 3 de C. parapsilosis e 2 de C. glabrata segundo o método clássico. A identificação por métodos morfológicos e bioquímicos foi 100% concordante com o método molecular (PCR), tanto pela amplificação dos primers espécies-específicos (C. albicans e C. dubliniensis) quanto pela comparação do tamanho do fragmento amplificado pelos primers da região ITS2. A correlação entre a metodologia Etest e os dois métodos de microdiluição foi alta. Todas as amostras selvagens foram sensíveis a anfotericina B (CIM£2,0μg/mL) e apenas um isolado (3,33%) de C. tropicalis foi resistente ao fluconazol (CIM³64,0μg/mL por CLSI e CIM³64,0μg/mL por AFST-EUCAST). Foram selecionadas amostras heteroresistentes através da pressão seletiva utilizando meio adicionado de fluconazol (8μg/mL) e em seguida com anfotericina B (1,0μg/mL). A pressão seletiva também foi feita iniciando-se com anfotericina B e em seguida fluconazol. Paralelamente, as amostras selvagens foram submetidas à indução de resistência através do cultivo primeiro em concentrações crescentes de fluconazol (16,0; 32,0; 64,0; 128 e 256mg/mL) e em seguida com anfotericina B (0,5; 1,0; 1,5; 2,0; 2,5 e 3,0mg/mL). Os testes também foram feitos invertendo-se os antifúngicos, iniciando com anfotericina B e depois fluconazol. Foram obtidas três amostras heterorresistentes a fluconazol, das quais duas foram por indução (C. glabrata e C. tropicalis) e uma por seleção (C. tropicalis.). Ambas amostras de C. tropicalis foram originadas de um mesmo isolado selvagem. Nenhuma amostra mudou seu perfil de sensibilidade para anfotericina B, apesar de alguns isolados apresentarem capacidade de crescimento em várias concentrações deste antifúngico (1,0 a 3,0μg/mL). Após cultivos sucessivos em meio livre de droga, somente a cepa obtida por seleção manteve seu fenótipo de resistência. As cepas selvagens e suas mutantes apresentaram o mesmo perfil quando comparadas pela amplificação da região ITS2. Conclui-se que, embora a maior parte das espécies estudadas seja C. albicans (73,33%) todas as amostras heteroresistentes ao fluconazol obtidas foram Candida nãoalbicans (10%). As duas cepas mutantes obtidas pelo mesmo isolado inicial possuem, possivelmente, mecanismos múltiplos e distintos de resistência que, associado ao isolado, conferem resistência e/ou adaptabilidade à levedura frente ao antifúngico. / In the last years the increase in the incidence of superficial and invasive candidosis caused by resistant species has been attributed to the use of antibiotics and immunosuppression drugs. The increase do Candida non-albicans isolate due to the increment of patient immunocompromised, immunodeficiency virus infection, neutropenic, newly born of low weight, procedures invasives and iatrogenic. All those factors allow that agents a little virulent, caused diseases. Several biochemical and molecular studies have been accomplished for elucidating the causes of resistance in yeasts. The aims of the present research were: to study yeasts of the gender Candida isolated of the buccal cavity patients with and without HIV; comparison of methods of identification of isolates ; to determine the sensibility profile to the amphotericin B and fluconazole antifungals by microdilution methodologies CLSI, AFST-EUCAST and Etest difusion agar and acquisition of heteroresistent samples to amphotericin B and to fluconazole by induction and selection experiments. Were identifications 22 C. albicans, 3 C. tropicalis, 3 C. parapsilosis and 2 C. glabrata through the classic methods. The identification by morphologic and biochemisth was 100% agreement with the results obtained by the molecular method (PCR), them by the amplification of the species with specific primers (C. albicans and C. dubliniensis) as for the comparison of the size of the fragment amplified by the primers of region ITS2. The correlation among the methodology Etest and the two microdilution methods (CLSI and AFST-EUCAST) was higth. All samples wilds were suscetibility to amphotericin B (CIM£2,0μg/mL) and just one isolate (3,33%) of C. tropicalis was resistent to fluconazole (CIM³64,0μg/mL por CLSI e CIM³ 64,0μg/mL por AFST-EUCAST). Resistant strains were obtained by selective pressure using a medium amended with Fluconazole (8 μg/mL) and after that a medium with Amphothericin B (1.0 μg/mL). The selective pressure was also performed using Amphothericin B at first followed by Fluconazole. Similarly, wild samples were submitted to the induction of resistance by culturing in increasing concentrations of Fluconazole (16.0; 32.0; 64.0; 128 e 256mg/mL) followed by culturing in increasing concentrations of Amphotericin B (0.5; 1.0; 1.5; 2.0; 2.5 e 3.0mg/mL) and, after that, inverting the antifungal agents: Amphotericin B at first, followed by Fluconazole. Three samples heteroresistant to Fluconazole were obtained, two of which obtained by induction (C. glabrata and C. tropicalis) and one by selection (C. tropicalis.). Both C. tropicalis samples were originated from te same wild strain.None sample chamged its susceptibility profile to amphotericin B, in spite of some isolates that presented capacity of growth in several concentrations of this antifungals (1,0 a 3,0μg/mL). After successive cultivations in medium free of drugs, only the sample obtained by selection maintained your resistance phenotype. The wild samples and their mutants presented the same profile when compared by the amplification of the region ITS2. In conclusion, although most of the studied species were C. albicans (73,33%), all the fluconazol-heteroresistant samples obtained were Candida no-albicans (10%). The two mutant samples obtained from the same initial isolate possibly possess multiple and different mechanisms of resistance that, associated to the isolate, confer resistance and/or adaptability to the yeast in front to antifungal. / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES

Orientador: Adriane Pinto Wasko / Banca: Claudio Oliveira / Banca: Lucia Giuliano Caetano / Resumo: Grande parte do genoma dos eucariotos é composta de múltiplas cópias de DNA, conhecidas como DNAs repetitivos, cuja função em relação à manutenção, estrutura e funcionamento do genoma ainda precisa ser melhor investigada. Os DNAs repetitivos classificados como elementos transponíveis vêm sendo considerados como um dos principais representantes do genoma de vertebrados e, de maneira particular, os peixes têm chamado atenção em relação à grande diversidade de classes destes elementos encontradas em seus genomas. Visando ampliar os dados acerca de elementos transponíveis em peixes, o presente trabalho teve como objetivos o isolamento e a caracterização de retrotransposons da família Rex em duas espécies de Characidae - Brycon amazonicus e B. orbignyanus - e realizar inferências acerca de sua organização e dinâmica evolutiva. Desta forma, amostras de DNA foram utilizadas em PCR (Polymerase Chain Reaction) para amplificar segmentos dos retroelementos Rex1, Rex3 e Rex6 e os fragmentos obtidos foram clonados e sequenciados. Adicionalmente, estes segmentos de DNA foram utilizados como sondas em experimentos de hibridação in situ visando identificar a localização cromossômica destes retrotransposons. A identificação de elementos Rex em B. cephalus e B. orbignyanus demonstrou a presença destes retrotransposons não-LTR (Long Terminal Repetition) em um maior número de espécies de Characiformes e, especificamente, no grupo Characidae. Os segmentos analisados de Rex1 e Rex3 correspondem aos domínios codificantes 3-7 e 1, 2, 2A, A e B do gene da transcriptase reversa (RT), respectivamente. O fragmento de DNA relativo ao retroelemento Rex6 isolado codifica a porção C-terminal de uma endonuclease. Comparações entre sequências nucleotídicas de diferentes espécies de peixes... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: A huge part of the eukaryote genome is constituted by multiple DNA copies, known as repetitive DNAs, which role regarding to the maintenance, structure, and function of the genome needs to be better understandable. The repetitive DNAs that are classified as transposable elements have been considered one of the main parts of the vertebrate genome and, particularly, fishes have gain attention due to the presence of many different classes of these elements in their genomes. In order to improve data on fish transposable elements, the present work intent to isolate and characterize retrotransposons of the Rex family in two Characidae species - Brycon amazonicus and B. orbignyanus - and infer on the organization and evolutionary dynamics of these elements. Therefore, DNA samples were used on PCR (Polymerase Chain Reaction) in order to amplify segments of the Rex1, Rex3, and Rex6 elements, and the obtained fragments were cloned and sequenced. Additionally, these DNA segments were used as probes throughout in situ hybridization procedures to identify the chromosome localization of these retrotransposons. The identification of Rex elements in B. cephalus e B. orbignyanus evidenced the presence of these non-LTR (Long Terminal Repetition) retrotransposons in a large number of Characiformes species and, specifically, in Characidae. The analyzed fragments of Rex1 and Rex3 correspond to the coding domains 3-7 and 1, 2, 2A, A and B of the reverse transcriptase (RT) gene, respectively. The DNA segment correlated to the Rex6 element codifies a C-terminal portion of an endonuclease. Nucleotide sequence comparisons among different fish species showed that these regions are highly conserved in diverse groups. Although the obtained data for B. amazonicus seemed to point to a higher similarity between Rex1 and Rex3 of... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Virgínia Bodelão Richini-Pereira / Resumo: A família Trypanosomatidae é constituída por diversas espécies de protozoários que causam doenças em humanos e outros animais. Destacam-se os protozoários Leishmania spp. causadores das leishmanioses e Trypanosoma spp. causadores da doença de Chagas. O cão doméstico é considerado o principal reservatório da leishmaniose no meio urbano, porém o homem e animais silvestres também podem ser infectados atuando como reservatórios de tripanossomatídeos. O objetivo do presente estudo foi avaliar a ocorrência de Leishmania spp. e Trypanosoma spp. em amostras provenientes de animais silvestres atropelados, procedentes do estado de Santa Catarina pela técnica molecular de Reação em Cadeia da Polimerase (PCR), a fim de mapear e identificar áreas de risco para a infecção humana. Foram coletadas 1063 amostras de tecido pulmão, fígado, baço, pele e coração de 297 animais silvestres. Utilizou-se primers LITST/L5.8S e LITSV/L5.8SR para triagem da família Trypanosomatidae, onde 12 amostras de sete roedores foram positivas. Na pesquisa de L. infantum e T. cruzi foram utilizados primers específicos, LCS1/LCS3 e TCZ1/TCZ2 respectivamente, sendo todas as amostras foram negativas. O sequenciamento foi realizado a partir das amostras positivas e nove amostras apresentaram similaridade entre 79% a 100% com Trypanosoma brucei (GenBank KX700175.1), Trypanosoma brucei gambiense (GenBank XM_011780373.1), Trypanosoma vivax (GenBank HE573020.1), Trypanosoma rangeli (GenBank KJ742907.1) e com o gênero Trypa... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The family Trypanosomatidae consists several species of protozoans that cause diseases in humans and other animals. Leishmania spp. is responsible to cause leishmaniasis diseases and Trypanosoma cruzi cause Chagas disease. The domestic dog is considered the main reservoir of leishmaniasis, although wild animals can also be acting as reservoirs of trypanosomatids. The objective of the present study was to evaluate the occurrence of the Leishmania spp. and Trypanosoma spp in samples from wild animals from Santa Catarina State, using the molecular technique Polymerase Chain Reaction (PCR), in order to map and identify risk areas for human infection. A total of 1,063 tissue samples of lung, liver, spleen, skin and heart of 297 wild animals. Primers (LITST / L5.8S and LITSV / L5.8SR) were used for screening of Trypanosomatidae family, with samples from seven rodents were positive. In the research of L. infantum and T. cruzi specific primers were used, where all the samples were used, LCS1 / LCS3 and TCZ1 / TCZ2 respectively, all of which were negative. Sequencing was performed from the positive samples and nine samples from five animals showed similarity between 79% to 100% with Trypanosoma brucei (GenBank KX700175.1), Trypanosoma brucei gambiense (GenBank XM_011780373.1), Trypanosoma vivax (GenBank HE573020.1), Trypanosoma rangeli (GenBank KJ742907.1) and the genus Trypanosoma spp. The animals were, Oxymycterus sp. (marsh rat), Scapteromys sp. (water rat), Nectomys squamipes (wat... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:22:16Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-02-22Bitstream added on 2014-06-13T19:48:27Z : No. of bitstreams: 1 panoff_b_me_botfca.pdf: 479570 bytes, checksum: 18963582936b7c7dfc0dd966e4523c3d (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Devido ao aumento do número de cultivares de soja e com pouca diferença genética entre elas, fica cada vez mais difícil a verificação de contaminação varietal pelo método de peroxidase. As cultivares de soja são separadas em dois grupos com base na atividade, alta ou baixa, da peroxidase no tegumento. A alta atividade é resultado da presença de, pelo menos, um alelo dominante (EpEp ou Epep), enquanto que baixa atividade resulta da presença do par recessivo (epep). O auxílio de técnicas moleculares na identificação de contaminação varietal de soja utilizando a peroxidase é de grande importância, pois a tecnologia baseada na análise do DNA não sofre a ação de fatores externos (ambientais). Neste contexto, o objetivo geral do trabalho foi o de viabilizar a técnica de PCR convencional para verificar a presença de contaminação varietal em auxílio ao método colorimétrico da peroxidase. O estudo foi conduzido no Departamento de Produção Vegetal da Faculdade de Ciências Agronômicas/UNESP, Campus de Botucatu-SP. Foi realizado o teste colorimétrico tradicional e comparado com os resultados encontrados no PCR. Foram usadas 14 cultivares de importância, dessas, foram pré-selecionadas seis cultivares com reação positiva à peroxidase: BRS 320, BRS 284, BRS 232, BRS 7860RR, BRSMG 760SRR, BRS295RR, quatro cultivares negativas à peroxidase: BRS 326, BRS 8160RR, Nutrisoy, BRS Valiosa RR e quatro cultivares com reação positiva e negativa: BRSGO 8060, BRS 270RR, FTS Campo Mourão e BRS 239. Em paralelo ao teste colorimétrico, o DNA foi extraído das sementes inteiras, primers foram desenhados, seguido da reação de PCR e eletroforese em gel de agarose. A utilização de kit comercial de extração de DNA, juntamente com a utilização da técnica de PCR foi eficiente na detecção de amostras de sementes... / The increasing number of soybean cultivars and the small genetic difference between makes difficult to verify varietal contamination using the conventional peroxidase method. The soybean cultivars are separated into groups with high or low activity, based on the peroxidase activity in the tegument,. The high activity is a result of the presence of at least one dominant allele (or EpEp Epep), while low activity results from the presence of the pair recessive (epep). The use of molecular techniques to identify soybean cultivars is a powerful tool since it is not influenced by external factors (environmental) or genetic. In this context, the general objective of this work was to enable the use of molecular biology technique to facilitate identification of soybean cultivars. The study was performed at the Department of Plant Production, Faculty of Agricultural Sciences / UNESP, Botucatu-SP. Traditional biochemical colorimetric test was performed and compared with the results of obtained by conventional PCR. Fourteen commercial soybean cultivars were used, where we selected six cultivars with positive reaction to peroxidase: BRS 320, BRS 284, BRS 232, BRS 7860RR, BRSMG 760SRR, BRS295RR, four cultivars with negative reaction to peroxidase: BRS 326, BRS 8160RR, NutriSoy, BRS Valiosa RR and four cultivars with positive and negative reaction: BRSGO 8060, BRS 270RR, FTS Campo Mourão and BRS 239. In parallel with the traditional colorimetric assay for peroxidase, DNA was extracted from whole seeds and primers were designed, followed by conventional PCR reactions and visualization in agarose gel. The use of commercial kit for DNA extraction along with the use of the PCR technique was efficient in detecting negative and positive samples. However, when seed lots with positive reaction was purposely contaminated seed lots with negative reaction at the proportion of 1, 2, 3, 4 and 5%, the PCR technique was not sensible enough to detect the contamination

Orientador: Ruben Pablo Schocken-Iturrino / Banca: Antonio Carlos Pizzolitto / Banca: José Moacir Marin / Resumo: A suinocultura vem ganhando espaço no mercado brasileiro, atualmente o interesse por alimentos saudáveis trouxe a carne suína como aliada e não mais como vilã. A partir disso, novas tecnologias como sistemas de confinamento, foram adotadas a fim de obter melhorias que visam principalmente à higiene do processo, alimentação balanceada dos animais e instalações adequadas. Nesse enquadramento, doenças infecciosas entéricas representam um problema importante na suinocultura, e estão envolvidas com grandes perdas econômicas e contaminação da carcaça comercializada. Considerando estes aspectos, o trabalho objetivou identificar Clostridium perfringens e Salmonella spp., a fim de alertar o setor suinícola sobre os riscos ainda disseminados que causam enfermidades nos suínos e contaminam os produtos que serão comercializados; e correlacionar a presença de Clostridium perfringens com interferências no ganho de peso dos animais. Foram realizadas contagens bacterianas para Clostridium spp. que apresentaram médias de 1,2x105 UFC/mL na primeira coleta e 7,88x102 UFC/mL na segunda coleta do confinamento, e nas amostras do frigorífico contou-se 1,8x104 UFC/mL. Os resultados obtidos por PCR foram positivos apenas para a toxina alfa (cpa), caracterizando uniformidade dos positivos (25%) para Clostridium perfringens tipo A do confinamento e 46,4% do frigorífico. Para Salmonella spp. com o gene invA foram detectados 9,5% de positivos nos animais do confinamento e 21,4% das amostras do frigorífico. E Salmonella Typhimurium com o gene fliC, foram positivas 3,57% no confinamento e 8,33% no frigorífico. Foi possível concluir que Clostridium perfringens e Salmonella spp. foram... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Swine production is becoming more popular in the Brazilian market, currently interest in healthy foods brought swine as an ally and not as a villain. From this, new technologies such as confinement systems were adopted in order to achieve improvements aimed primarily to process hygiene, a balanced diet of animals and adequate facilities. In this framework, enteric infectious diseases represent a important problem in the swine production, and are involved with large economic losses and contamination of carcass marketed. Considering these aspects, the study aimed to identify Clostridium perfringens and Salmonella spp. in order to alert the swine sector still scattered about the risks that cause diseases in swine and contaminate the products to be marketed; and correlating the presence of Clostridium perfringens with interference on weight gains of animals. Bacterial counts were performed for Clostridium spp presenting averages of 1.2 x105 CFU/ mL in the first test and 7.88 x102 CFU / mL in the second collection of confinement, and the samples of slaughterhouse told by 1.8 x104 CFU/ mL. The results obtained by PCR were positive only for the alpha-toxin (cpa), featuring uniformity of positive samples (25%) for Clostridium perfringens type A of confinement and 46.4% of the slaughterhouse. For Salmonella spp. with the invA gene were detected 9.5% of positive animals in confinement and 21.4% of samples from the slaughterhouse. And Salmonella Typhimurium with the gene fliC, were positive 3.57% in the confinament and 8.33% in the slaughterhouse. It was concluded that Clostridium perfringens and Salmonella spp. were... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Submitted by Verônica Esteves (vevenesteves@gmail.com) on 2017-09-28T19:45:14Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação Ivna Magalhaes.pdf: 932225 bytes, checksum: 07383e11561ba6f20949ba2d3f6b996b (MD5) / Approved for entry into archive by Verônica Esteves (vevenesteves@gmail.com) on 2017-09-28T19:46:42Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação Ivna Magalhaes.pdf: 932225 bytes, checksum: 07383e11561ba6f20949ba2d3f6b996b (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-28T19:46:42Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação Ivna Magalhaes.pdf: 932225 bytes, checksum: 07383e11561ba6f20949ba2d3f6b996b (MD5) Previous issue date: 2010 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Universidade Federal de Juiz de Fora / A infecção pelo herpesvirus humano do tipo 6 (HHV-6) é amplamente distribuída acomentendo em torno de 90% das crianças com até dois anos de idade. Este vírus possui duas variantes distintas: HHV-6A e HHV-6B. O HHV-6A não está associado a qualquer patologia específica. Já o HHV-6B é o agente causador do exantema súbito em crianças, e, assim como o herpesvírus humano tipo 7 (HHV-7), permanece latente nas células do hospedeiro após a infecção primária podendo ser excretado continuamente na saliva. Existem vários métodos de diagnóstico da infecção primária pelo HHV-6, dentre eles, a imunofluorescência indireta (IFI) para a pesquisa de IgG de baixa avidez para o HHV-6, que é considerado o padrão ouro. Porém, são relatados casos de reatividade cruzada entre o HHV-6 e o HHV-7 e esta técnica não permite a diferenciação das variantes A e B do HHV-6. O objetivo do nosso estudo foi a padronização de uma técnica de nested PCR multiplex para a evidenciação e diferenciação das infecções ocasionadas pelo HHV-6A, HHV-6B e HHV-7 e a avaliação de sua utilização no diagnóstico de infecção primária pelo HHV-6 em crianças. Para tanto, foram incluídas no estudo, crianças de até quatro anos de idade apresentando doença exantemática e com diagnóstico de infecção primária pelo HHV-6 obtido através da técnica de IFI para a pesquisa de IgG de baixa avidez. Foram selecionadas 138 amostras de saliva e 125 amostras de soro que foram separadas em grupo casos e grupo controles de acordo com o resultado da técnica de IFI. Através da realização da técnica de PCR, foi observada uma frequência de detecção dos vírus nas amostras de saliva do grupo casos de 4,8% para o HHV-6B, 3,2% para o HHV-6A e 4,8% para o HHV-7, já no grupo controle foi evidenciada uma frequência de 1,3%, 2,6% e 5,3% para a detecção do HHV-6B, HHV-6A e HHV-7, respectivamente. Após a análise das amostras de soro do grupo casos, foi observada uma frequência de 1,7% tanto para o HHV-6A como HHV-7, entretanto, o HHV-6B não pode ser detectado. Já no grupo controle, também não foi possível detectar o DNA do HHV-6B, mas foi encontrada uma frequência de detecção de 1,5% para o HHV-6A e 5,9% para o HHV-7. A avaliação da sensibilidade e acurácia da técnica de PCR demonstrou que esta não é adequada para o diagnóstico de infecção primária pelo HHV-6B, em contraposição a vários estudos publicados na literatura. É importante ressaltar que foi observada uma frequência de 25% na detecção do HHV-7 em amostras de soro com resultado inconclusivo na IFI sugerindo que a técnica de PCR pode ser útil para a evidenciação de infecções ocasionadas pelo HHV-7. Assim, a técnica de PCR não substitui a técnica de IFI para a pesquisa de IgG de baixa avidez como método de diagnóstico de infecção primária pelo HHV-6. / The human herpesvirus 6 (HHV-6) infections are widespread in all populations. Over 90% of children under two years of age are seropositive for HHV-6. This virus has two distinct variants: HHV-6A and HHV-6B. HHV-6 variant A is not associated with any disease. The HHV-6 variant B cause exanthema subitum in young child and like HHV-7, remains latent in host cells after primary infection and is shed in saliva chronically. There are several methods for diagnosing of HHV-6 primary infection, among them, the indirect immunofluorescence assay (IFA) for the detection of low avidity IgG, which is accepted as the gold standard. However, there are reports showing cross-reactivity between HHV-6 and HHV-7 and this technique does not differentiate HHV-6 variants. The aim of our study was to implement a technique of nested multiplex PCR for the diagnosis and differentiation of infections caused by HHV-6A, HHV-6B and HHV-7 and its usefulness in the diagnosis of HHV-6 primary infection in children. In our study, were included children younger than four years old presenting rash and diagnosed with HHV-6 primary infection by the technique of IFI for the detection of low avidity IgG. 138 saliva samples and 125 serum samples were selected. The samples were separated into case group and control group according to the results of the IFA technique. After performing the PCR technique, we observed the frequency of viral DNA detection. In the saliva samples from case group, 4.8% had HHV-6B, 3.2% had HHV-6A and 4.8% had HHV-7, while away in the saliva samples from control group, we observed frequency of 1.3%, 2.6% and 5.3% for the detection of HHV-6B, HHV-6A and HHV-7, respectively. When we analyzed the serum samples from the case group, we found a frequency of 1.7% for HHV-6A and HHV-7, however, HHV-6B could not be detected. In the control group, the HHV-6B DNA was not detected, but we found a frequency of 1.5% for detection of HHV-6A DNA and 5.9% for HHV-7 DNA. The evaluation of sensitivity (4,8%) and accuracy (56%) of the PCR technique were pointing out that this is not adequate for the diagnosis of primary infection by HHV-6B, in contrast to several studies published in the literature. It is interesting to notice that 25% of serum samples with inconclusive results after used IFA, presented HHV-7 DNA, suggesting that the PCR technique can be useful for the diagnosis of infections caused by HHV-7. In conclusion, the PCR technique does not substitute the indirect immunofluorescence assay (IFA) for diagnosis of HHV-6 primary infection.

Submitted by Mariéle Fernanda da Cruz Panegossi null (marielepanegossi@hotmail.com) on 2017-03-21T13:39:59Z No. of bitstreams: 1 DISSERTAÇÃO FINAL.pdf: 931083 bytes, checksum: b480e23b8edae9c630109878a2a61738 (MD5) / Approved for entry into archive by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com) on 2017-03-22T14:34:04Z (GMT) No. of bitstreams: 1 panegossi_mfc_me_araca.pdf: 931083 bytes, checksum: b480e23b8edae9c630109878a2a61738 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-22T14:34:04Z (GMT). No. of bitstreams: 1 panegossi_mfc_me_araca.pdf: 931083 bytes, checksum: b480e23b8edae9c630109878a2a61738 (MD5) Previous issue date: 2017-03-17 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Cryptosporidium spp. é um protozoário que completa seu ciclo biológico na superfície de células epiteliais do trato gastrintestinal, respiratório e urinário de mamíferos, aves, répteis, anfíbios e peixes. Foi incluído na Iniciativa das Doenças Negligenciadas da Organização Mundial da Saúde (OMS) por sua estreita relação à população com baixo poder aquisitivo e precárias condições de saneamento básico. Esse gênero de parasito causa doença clínica e subclínica em Psitaciformes, com detecção de Cryptosporidium meleagridis, Cryptosporidium baileyi, Cryptosporidium galli e dos genótipos I, II, III, IV e V. A calopsita é um dos psitacídeos mais vendidos atualmente, sendo frequentemente encontrada em residências. O contato próximo com humanos é motivo de preocupação, uma vez que pode ser reservatório desse coccídio intestinal, sendo imprescindível atentar para medidas de prevenção, controle e diagnóstico dessa enfermidade parasitária. Os métodos baseados na microscopia são mais utilizados para o diagnóstico de Cryptosporidium spp., por serem menos onerosos. No entanto, apenas a caracterização molecular é capaz de identificar a espécie de Cryptosporidium spp. Em relação ao tratamento dessa enfermidade em aves, é importante ressaltar que ainda não há quimioterapia efetiva disponível. Boas condições de higiene e saneamento básico são essenciais, a fim de prevenir e controlar surtos dessa enfermidade em humanos e animais. / Cryptosporidium spp. is protozoa that complete their biological cycle on the surface of epithelial cells of the gastrointestinal, respiratory and urinary tract of mammals, birds, reptiles, amphibians and fish. This parasite was included in the World Health Organization's Neglected Diseases Initiative because of its close relationship to the population with low purchasing power and poor basic sanitation conditions. This infection causes clinical and subclinical disease in Psitaciformes with detection of Cryptosporidium meleagridis, Cryptosporidium baileyi, Cryptosporidium galli and genotypes I, II, III, IV and V. The cockatiel is one of the best selling psittacines currently found in homes. Close contact with humans is cause for concern, since they may be reservoirs of this coccidia, being essential to watch for measures of prevention, control and diagnosis of this parasitic disease. The methods based on the microscopy are more used for the diagnosis of cryptosporidiosis, because they are less expensive. However, only molecular characterization is able to identify the species of Cryptosporidium spp. in relation to the treatment of this disease in poultry, it is important to emphasize that there is still no effective chemotherapy available. Good hygiene and basic sanitation conditions are essential, in order to prevent and control disease in animals and animals.

Orientador: Simone Baldini Lucheis / Coorientador: Wilma Aparecida Starke Buzetti / Banca: Márcia Marinho / Banca: Fábio Hiroto Shimabukuro / Resumo: A leptospirose é uma enfermidade infecto-contagiosa causada por diversas cepas da bactéria Leptospira interrogans, as quais infectam animais domésticos, silvestres e o homem. Os animais silvestres podem exercer papel fundamental na epidemiologia da doença, devido a grande disseminação de leptospiras para o meio ambiente e a possibilidade de infecção entre os animais e o homem, constituindo-se, portanto, em uma importante zoonose. Quando esses animais vivem em cativeiro, como em zoológicos, a infecção e a disseminação de patógenos podem ocorrer entre os animais silvestres do próprio zoológico, animais sinantrópicos, funcionários e o público visitante. Com o intuito de conhecer melhor a ocorrência e epidemiologia da leptospirose em animais silvestres e também em roedores sinantrópicos comensais, que co-habitam o local, foi realizado um estudo com animais em cativeiro e de vida livre, procedentes do Centro de Conservação da Fauna Silvestre de Ilha Solteira- SP (CCFS). Foram colhidas amostras sanguíneas de 41 animais em cativeiro e de 59 animais de vida livre, assim como 13 amostras de rim e fígado de ratos. As técnicas diagnósticas utilizadas foram a Soroaglutinação Microscópica (SAM), Reação em Cadeia pela Polimerase (PCR) para Leptospira spp. e cultivo de rim e fígado de ratos em meio de Fletcher. Pela SAM obteve-se 89 (89%) amostras positivas para um ou mais sorovares de Leptospira spp.; com prevalência do sorovar Andamana. Para a pesquisa do agente em fragmentos de fígado e rim dos ratos, 13 amostras de cada tecido foram cultivadas em meio de Fletcher, apresentando sete (53,8%) amostras positivas, sendo três amostras de rim e quatro de fígado e todos os animais com sorologia positiva. Pela técnica de PCR a partir do sangue dos animais de vida livre e em cativeiro 38 animais (38%) foram positivos para Leptospira spp., a partir de órgãos (rim e fígado) dos roedores sinantrópicos ... / Abstract: Leptospirosis is a disease caused by various strains of the spirochete bacterium Leptospira interrogans, which can infect domestic and wildlife animals, as well humans. Wild animals may play a key role in the epidemiology of the disease, due to the large spread of leptospires into the environment and the possibility of infection between animals and man, becoming therefore an important zoonosis. When these animals live in captivity in zoos, the infection and spread of pathogens can occur between the wild animals of the zoo itself, synanthropic animals, employees and visitors. In order to better understand the occurrence and epidemiology of leptospirosis in wild animals and in synanthropic rodents, which co-inhabit the place, a study was conducted with free-living animals and in captivity, found in Wild Fauna Conservation Center from Ilha Solteira-SP. Blood samples were collected from 41 animals in captivity and 59 free-living animals, as well as 13 samples of kidney and liver of rats. The diagnostic techniques used were the Microscopic Agglutination Test (MAT), the Polymerase Chain Reaction (PCR) and cultivation in Fletcher medium. MAT was positive in 89 (89%) samples for one or more serovars of Leptospira spp., with prevalence of serovar Andamana. For the research of agent into fragments of liver and kidney of rodents, 13 samples of each fragment were grown in Fletcher medium, with seven (53,8%) positive samples (three kidney samples and four liver samples). All rats were reactive by MAT. Related to PCR from the blood of free-living animals and in captivity, 38 animals (38%) were positive for Leptospira spp.; nine rodents (69,2%) presented positive fragments at PCR and four animals (30,8%) presented positive samples of the culture of the fragments at PCR for Leptospira spp. According to the results, we observed the occurrence of infection among the animals, needing the adoption of prophylactic measures to control this zoonosis in this place / Mestre

Orientador: Marcelo Vasconcelos Meireles / Banca: Fernando de Almeida Borges / Banca: Caris Maroni Nunes / Resumo: A infecção por Cryptosporidium parvum em bovinos se manifesta como enfermidade subclínica ou com presença de morbidade e mortalidade, particularmente quando há associação com outros agentes infecciosos. Cryptosporidium parvum apresenta ainda grande importância em saúde pública. Este trabalho teve como objetivo o desenvolvimento da reação em cadeia da polimerase em tempo real (qPCR) para detecção de C. parvum em amostras fecais de bezerros e sua comparação com a reação em cadeia da polimerase (nested PCR), rotineiramente utilizada para diagnóstico de Cryptosporidium spp.. Duzentas e nove amostras fecais de bezerros entre um dia e seis meses de idade foram examinadas pela qPCR para amplificação de fragmentos do gene da actina e pela nested PCR para o gene da subunidade 18S do rRNA. A qPCR apresentou positividade para C. parvum em 73,21% (153/209) das amostras, enquanto a nested PCR apresentou amplificação positiva para Cryptosporidium spp. em 56,5% (118/209) das amostras. A sensibilidade analítica da qPCR foi de aproximadamente um oocisto de C. parvum. Não se observou amplificação inespecífica de DNA Cryptosporidium bovis, Cryptosporidium andersoni, Cryptosporidium ryanae, Cryptosporidium canis, Cryptosporidium serpentis, Cryptosporidium galli, Cryptosporidium baileyi e Cryptosporidium genótipo II de aves. Desta forma, conclui-se que a qPCR para o gene da actina é uma técnica sensível e específica para detecção de C. parvum em amostras fecais de bezerros / Abstract: The infection with Cryptosporidium parvum in cattle results in subclinical disease or in the presence of morbidity and mortality, particularly when associated with other infectious agents. This species is also an important public health problem. The aim of this research was to develop a real time polymerase chain reaction (qPCR) for detection of C. parvum DNA in fecal samples of calves, in comparison to a nested PCR routinely used for Cryptosporidium spp. diagnosis. Two hundred and nine fecal samples from calves aged between one day and six weeks were screened by qPCR specific for the actin gene of C. parvum and using nested PCR targeting the 18S rRNA gene of Cryptosporidium spp.. The qPCR showed positivity for C. parvum in 73,21% (153/209) of the samples, and nested PCR was positive for Cryptosporidium spp. in 56.5% (118/209) of the samples. The analytical sensitivity of qPCR foi de aproximadamente one oocyst C. parvum per reaction tube. Evaluation of analytical specificity did not reveal inespecific amplification for DNA of the following Cryptosporidium species and genotypes: C. bovis, C. andersoni, C. ryanae, C. canis, C. serpentis, C. galli, C. baileyi and avian genotype II. These results allowed the conclusion that qPCR for actin gene is a sensitive and specific technique for detection of C. parvum in fecal samples from calves / Mestre