Submitted by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-12-13T15:48:01Z No. of bitstreams: 1 Tese - Maurício M. Ogusku.pdf: 3811428 bytes, checksum: f32cda31f56f3f4d15311ce015f3600a (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-12-13T15:48:32Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese - Maurício M. Ogusku.pdf: 3811428 bytes, checksum: f32cda31f56f3f4d15311ce015f3600a (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-12-13T15:48:47Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese - Maurício M. Ogusku.pdf: 3811428 bytes, checksum: f32cda31f56f3f4d15311ce015f3600a (MD5) / Made available in DSpace on 2016-12-13T15:48:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese - Maurício M. Ogusku.pdf: 3811428 bytes, checksum: f32cda31f56f3f4d15311ce015f3600a (MD5) Previous issue date: 2012-06-28 / Item withdrawn by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-12-14T13:23:59Z Item was in collections: Doutorado em Biotecnologia (ID: 76) No. of bitstreams: 3 Tese - Maurício M. Ogusku.pdf: 3811428 bytes, checksum: f32cda31f56f3f4d15311ce015f3600a (MD5) Tese - Maurício M. Ogusku.pdf.txt: 191579 bytes, checksum: ee0f8a6107947c9c2298bc9b541a1c9c (MD5) Tese - Maurício M. Ogusku.pdf.jpg: 4160 bytes, checksum: 65c7cd943f5481f875e561b9fda3e11e (MD5) / Item reinstated by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-12-14T13:28:41Z Item was in collections: Doutorado em Biotecnologia (ID: 76) No. of bitstreams: 1 Reprodução Não Autorizada.pdf: 47716 bytes, checksum: 0353d988c60b584cfc9978721c498a11 (MD5) / FAPEAM - Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas / In clinical practice is widely accepted that an episode of active tuberculosis (TB) is caused by a single clone of Mycobacterium tuberculosis. However, several studies have shown that there is heterogeneity of clones and this can be much larger than expected. In this context, the aim of this study was to investigate pulmonary TB by M. tuberculosis polyclonal infection in newly diagnosed patients, from a sputum sample and before starting treatment. A total of 62 of sputum samples were select. By screening in 7H10 medium, simultaneous presence of M. tuberculosis clones phenotypically sensitive and resistant to INH and/or RIF in the same isolate was observed in 30.6% (n=19). Genotyping by DRE-PCR and DNA sequencing of katG, inhA and rpoB genes were carried out in 74 clones INH and RIF sensitive, 65 clones INH-resistant, a clone RIF-resistant and 3 clones INH/RIF-resistant. The presence of resistant and sensitive clones to INH and/or RIF as well as the occurrence of different genotypes indicating heterogeneity in the same isolated from M. tuberculosis. The frequency of polyclonal infection was superior to published studies that show percentages ranging from 0.4% to 19.0%. These results indicate that the presence of polyclonal infection is not a rare phenomenon in patients with pulmonary TB in this population. The partial sequencing of the katG gene revealed that only 4.4% of INH-resistant clones were present described mutations in this gene. For inhA gene mutations were not detected for INH-resistant clones. Clones resistant to RIF present mutations in the rpoB gene. In clones INH-resistant, 83.8% not show mutations in katG and inhA genes, while 11.7% had mutations in katG gene not yet described. The absence of mutations commonly associated with drug resistance in katG and inhA genes, besides detection of new mutations in M. tuberculosis INH-resistant clones, suggests the need to sequencing larger fragments of these genes to propose strategies for fast detection of M. tuberculosis resistance. The results of this survey show that polyclonal infection is present in approximately one third of patients newly TB diagnosed, either by genotypic or phenotypic characteristics of M. tuberculosis clones, although both are not strictly related. / Na prática clínica é amplamente admitido que um episódio de tuberculose (TB) ativa seja causado por um único clone de Mycobacterium tuberculosis. Contudo, vários estudos têm revelado que há uma heterogeneidade de clones e isso pode ser bem maior que o esperado. Neste contexto, o objetivo do presente trabalho foi investigar a TB pulmonar por infecção policlonal de M. tuberculosis em pacientes recém-diagnosticados, a partir de uma amostra de escarro e antes do início do tratamento. Foram selecionadas 62 amostras de escarros, sendo 31 paucibacilares e 31 multibacilares. A triagem de clones em meio de 7H10 proporcionou o isolamento de clones sensíveis e resistentes à Isoniazida (INH) e/ou Rifampicina (RIF) coexistentes em 19 (30,6%) isolados de M. tuberculosis. A genotipagem por DRE-PCR e o sequenciamento parcial de DNA para os genes katG, inhA e rpoB foram realizados em 74 clones sensíveis à INH e RIF, 65 clones resistentes à INH, 1 clone resistente à RIF e 3 clones resistentes à INH e RIF. A presença de clones sensíveis e resistentes a INH e/ou RIF, assim como a ocorrência de diferentes genótipos indicam a heterogeneidade de clones em um mesmo isolado de M. tuberculosis. A frequência de infecção policlonal observada foi superior aos estudos descritos na literatura, visto que os mesmos apresentaram percentuais de 0,4% a 19,0%. Estes resultados permitem afirmar que a presença de infecção policlonal não é um fenômeno raro em pacientes com TB pulmonar na população estudada. O sequenciamento parcial dos genes katG revelou que apenas 4,4% dos clones resistentes à INH apresentaram as mutações comumente descritas neste gene. Para o gene inhA não foram detectadas mutações para os clones resistentes à INH. Os clones resistentes para RIF apresentaram mutações no gene rpoB. Dos clones resistentes à INH, 83,8% não apresentaram mutações nos genes katG e inhA, enquanto 11,7% apresentaram mutações ainda não descritas no gene katG. A ausência das mutações comumente associadas à resistência medicamentosa nos genes katG e inhA e a detecção de novas mutações em clones de M. tuberculosis resistentes à INH, explicitam a necessidade de sequenciar fragmentos maiores desses genes ou ampliar a busca de mutações em outros genes, a fim de que sejam propostas estratégias mais rápidas para a detecção de resistência em M. tuberculosis. Os resultados da presente pesquisa evidenciam que a infecção policlonal está presente em aproximadamente 1/3 dos pacientes de TB recém-diagnosticados, seja pelas características fenotípica ou genotípica dos clones de M. tuberculosis, embora estas não estejam estritamente relacionadas.

Submitted by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-02-02T13:40:56Z No. of bitstreams: 1 Dissertação - Eveleise Samira.pdf: 2454087 bytes, checksum: e24ae7df218baac3e3e57b486c915428 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-02-03T20:20:25Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Eveleise Samira.pdf: 2454087 bytes, checksum: e24ae7df218baac3e3e57b486c915428 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-02-04T13:04:31Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Eveleise Samira.pdf: 2454087 bytes, checksum: e24ae7df218baac3e3e57b486c915428 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-02-04T13:04:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação - Eveleise Samira.pdf: 2454087 bytes, checksum: e24ae7df218baac3e3e57b486c915428 (MD5) Previous issue date: 2010-04-27 / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Tuberculosis (Tb) is an infectious disease of international distribution. Problems in the diagnosis, as time requirement and high costs for implementation in public health care, increases the number of the disease cases. Specifically about the most important antibiogram assays, the “nitrate reduction assay” (MRN) provides faster results (7 to 14 days) than the “proportion method (MP)” (28 days), however this last one is considered as “gold standard” by the World Health Organization. The aim of this work was to evaluate modification in the method of nitrate reduction (MRN), used to check the sensitivity of M. tuberculosis strains to primary drugs administered for the treatment of TB, as an alternative to reduce costs and to simplify this methodology, in order carry out it in the primary health care to verify the resistance of TB. It was evaluated the accuracy (2X2 table) and agreement (observed agreement and Kappa) between the MP and six variations of NRM: two sources of nitrate (NaNO3 and KNO3); and three different media for solid cultivation (Middlebrook 7H10, Löwenstein-Jensen and Ogawa). The drugs evaluated were: isoniazid (INH), rifampicin (RIF), streptomycin (STR) and ethambutol (EMB); and the tests were conducted with: a strain of Mycobacterium tuberculosis H37Rv (standard sensitivity), four resistant strains (different patterns of resistance to each drug) and twenty-four clinical isolates with unknown antibiotic susceptibility results. Under the studied conditions, excellent reproducibility and agreement was obtained between the original NRM and the MP, confirming that the original NRM is an alternative to antibiogram assays. In the assays carried out with modified MRN (potassium nitrate was substituted by sodium nitrate) it was obtained faster results and full agreement comparing with the results of the MP and the original MRN, indicating that this modified medium could be used in antibiogram assays in the basic care health, since sodium nitrate is a nitrogen source cheaper and more easily obtained. The result of the assays using STR, in all variations of the MRN, indicates that are necessary further evaluation, especially using OG medium. The Middlebrook medium presented recurrent contamination making impossible to carry out analysis. / A Tuberculose (Tb) é uma doença infecto-contagiosa de caráter mundial, sendo que a demora no seu diagnóstico é um dos fatores que intensificam o número de casos da doença. Os métodos de diagnóstico convencionais demandam tempo e possuem custo elevados, dificultando sua implantação nos laboratórios da rede básica de saúde. Entre os métodos de antibiograma se destaca o método de redução de nitrato (MRN), que propicia um resultado mais rápidos (de 7 a 14 dias) que o método das proporções (MP-28 dias), considerado padrão ouro pela Organização Mundial de Saúde. O presente trabalho tem como objetivo, avaliar modificações no método de redução de nitrato (MRN), utilizado para verificação da sensibilidade de cepas de M. tuberculosis aos principais fármacos administrados na terapêutica da Tb, como alternativa de baixo custo e de fácil realização pela rede básica de saúde na verificação da resistência de Tb. No presente estudo, foi avaliada a acuidade (tabela 2X2) e concordância (concordância observada e índice Kappa) entre o MP, e seis variações de MRN, nas quais foram utilizadas duas fontes de nitrato (KNO3 e NaNO3), acrescido a três diferentes meios sólidos de cultivo, Middlebrook 7H10, Lowenstein-Jensen (LJ) e Ogawa (OG). Os fármacos testados foram isoniazida (INH), rifampicina (RIF), estreptomicina (STR) e etambutol (EMB) e os testes foram realizados com cepa de Mycobacterium tuberculosis H37Rv (padrão de sensibilidade), quatro cepas (padrões de resistência diferentes a cada fármaco) e vinte e quatro isolados clínicos com resultado de antibiograma desconhecido. Devido a excelente reprodutibilidade e concordância do MRN original com o MP para os quatro fármacos testados pode-se confirmar que o MRN é uma metodologia alternativa na detecção de isolados de M. tuberculosis resistente aos principais fármacos utilizados na terapêutica da Tb. O resultado de total concordância do MRN modificado pela substituição do nitrato de potássio pelo nitrato de sódio com o MP e com o MRN original para os fármacos RIF, INH e EMB, indica que a modificação é uma ótima alternativa para a rede básica de saúde, visto que a fonte de nitrogênio é de fácil aquisição pelos serviços de saúde. Além disso, mostrou ser mais rápido na liberação dos resultados. Os resultados do fármaco STR, executado em todas as modificações do MRN, indicam a necessidade de avaliações futuras em suas concentrações, principalmente quando utilizado no meio de OG. O meio Middlebrook apresentou freqüentes contaminações em todos os ensaios realizados, não sendo possível realizar sua análise.