Orientador: Jose Mario Martinez / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Matematica, Estatistica e Computação Científica / Made available in DSpace on 2018-07-15T09:06:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Valli_MariaChristinaPedrosa_M.pdf: 2902462 bytes, checksum: 8343879ecfa0103ffa21d84d0e810d0b (MD5) Previous issue date: 1980 / Resumo: Não informado. / Abstract: Not informed. / Mestrado / Mestre em Matemática Aplicada

Para auxiliar no controle da tuberculose são necessários novos métodos de detecção de Mycobacterium tuberculosis que sejam rápidos, específicos e de aplicabilidade em laboratórios de saúde pública, principalmente em países em desenvolvimento. Vários métodos moleculares de detecção e identificação de micobactérias em amostras clínicas têm sido desenvolvidos. Com o objetivo de padronizar e aplicar essas metodologias em laboratório foi desenvolvido um protocolo baseado na amplificação de DNA por reação em cadeia da polimerase (PCR) e na detecção colorimétrica em microplacas. Uma região interna do elemento de inserção IS6110, específico do complexo M. tuberculosis, foi selecionada como alvo para amplificação por PCR com primers biotinilados. Uma sonda complementar a uma região interna do fragmento foi fixada em microplacas onde, posteriormente, foi hibridizado o produto amplificado. A detecção através de hibridização foi feita utilizando um conjugado estreptavidina peroxidase. A eficácia da técnica foi testada em amostras clínicas pulmonares de pacientes com suspeita de infecção e sem tratamento prévio para tuberculose. O padrão ouro no diagnóstico de infecção por M. tuberculosis foi a associação da baciloscopia com a cultura a partir da amostra clínica dos pacientes selecionados. Foram testadas 303 amostras de escarro induzido de 303 pacientes com suspeita de TB pulmonar, dos quais 69 apresentaram resultado positivo e 234 negativo para TB. A sensibilidade e especificidade obtidas foram 88% e 98% e os Valores Preditivos Positivo (VPP) e Negativo (VPN) foram 92% e 97%, respectivamente. Os resultados obtidos demonstraram que a técnica desenvolvida no presente estudo pode ser uma importante ferramenta no diagnóstico de tuberculose e poderia ser utilizada como um teste complementar no diagnóstico da doença. / New methods to detect Mycobacterium tuberculosis rapidly, accurately and that are feasible to apply in laboratories of developing countries are necessaries. Several methods for direct detection and identification of mycobacteria in clinical samples have been developed. With the aim to standardize the application of such methods in laboratory, we developed a molecular method for DNA extraction and PCR detection using a microwell plate hybridization assay. An internal region of the repetitive element, specific of M. tuberculosis complex, called IS6110 was selected as a target for amplification using specific biotinylated primers. The detection of amplified fragments was performed using microwell plates. An aminated DNA fragment complementary to an internal region of the amplified fragment was used as a probe. The biotinylated amplified products were added to the plate and identified with the use of streptavidin conjugated to horseradish peroxidase. The efficacy of the method was tested to detect pulmonary tuberculosis in patients suspected of TB infection with no previous treatment. As gold standard, the bacteriological criteria was used. Three hundred and three induced sputum samples from 303 pulmonary TB suspects were evaluated, of which 69 showed positive result and 224 negative for TB. The sensitivity and specificity obtained were 88% and 98% and Positive and Negative Predictive Values were 92% and 98%, respectively. The obtained results demonstrated that the PCR detection using a microwell plate hybridization assay may be an important tool for the diagnosis of tuberculosis and suggest that it could be used as a complementary diagnostic method.

Para auxiliar no controle da tuberculose são necessários novos métodos de detecção de Mycobacterium tuberculosis que sejam rápidos, específicos e de aplicabilidade em laboratórios de saúde pública, principalmente em países em desenvolvimento. Vários métodos moleculares de detecção e identificação de micobactérias em amostras clínicas têm sido desenvolvidos. Com o objetivo de padronizar e aplicar essas metodologias em laboratório foi desenvolvido um protocolo baseado na amplificação de DNA por reação em cadeia da polimerase (PCR) e na detecção colorimétrica em microplacas. Uma região interna do elemento de inserção IS6110, específico do complexo M. tuberculosis, foi selecionada como alvo para amplificação por PCR com primers biotinilados. Uma sonda complementar a uma região interna do fragmento foi fixada em microplacas onde, posteriormente, foi hibridizado o produto amplificado. A detecção através de hibridização foi feita utilizando um conjugado estreptavidina peroxidase. A eficácia da técnica foi testada em amostras clínicas pulmonares de pacientes com suspeita de infecção e sem tratamento prévio para tuberculose. O padrão ouro no diagnóstico de infecção por M. tuberculosis foi a associação da baciloscopia com a cultura a partir da amostra clínica dos pacientes selecionados. Foram testadas 303 amostras de escarro induzido de 303 pacientes com suspeita de TB pulmonar, dos quais 69 apresentaram resultado positivo e 234 negativo para TB. A sensibilidade e especificidade obtidas foram 88% e 98% e os Valores Preditivos Positivo (VPP) e Negativo (VPN) foram 92% e 97%, respectivamente. Os resultados obtidos demonstraram que a técnica desenvolvida no presente estudo pode ser uma importante ferramenta no diagnóstico de tuberculose e poderia ser utilizada como um teste complementar no diagnóstico da doença. / New methods to detect Mycobacterium tuberculosis rapidly, accurately and that are feasible to apply in laboratories of developing countries are necessaries. Several methods for direct detection and identification of mycobacteria in clinical samples have been developed. With the aim to standardize the application of such methods in laboratory, we developed a molecular method for DNA extraction and PCR detection using a microwell plate hybridization assay. An internal region of the repetitive element, specific of M. tuberculosis complex, called IS6110 was selected as a target for amplification using specific biotinylated primers. The detection of amplified fragments was performed using microwell plates. An aminated DNA fragment complementary to an internal region of the amplified fragment was used as a probe. The biotinylated amplified products were added to the plate and identified with the use of streptavidin conjugated to horseradish peroxidase. The efficacy of the method was tested to detect pulmonary tuberculosis in patients suspected of TB infection with no previous treatment. As gold standard, the bacteriological criteria was used. Three hundred and three induced sputum samples from 303 pulmonary TB suspects were evaluated, of which 69 showed positive result and 224 negative for TB. The sensitivity and specificity obtained were 88% and 98% and Positive and Negative Predictive Values were 92% and 98%, respectively. The obtained results demonstrated that the PCR detection using a microwell plate hybridization assay may be an important tool for the diagnosis of tuberculosis and suggest that it could be used as a complementary diagnostic method.

Para auxiliar no controle da tuberculose são necessários novos métodos de detecção de Mycobacterium tuberculosis que sejam rápidos, específicos e de aplicabilidade em laboratórios de saúde pública, principalmente em países em desenvolvimento. Vários métodos moleculares de detecção e identificação de micobactérias em amostras clínicas têm sido desenvolvidos. Com o objetivo de padronizar e aplicar essas metodologias em laboratório foi desenvolvido um protocolo baseado na amplificação de DNA por reação em cadeia da polimerase (PCR) e na detecção colorimétrica em microplacas. Uma região interna do elemento de inserção IS6110, específico do complexo M. tuberculosis, foi selecionada como alvo para amplificação por PCR com primers biotinilados. Uma sonda complementar a uma região interna do fragmento foi fixada em microplacas onde, posteriormente, foi hibridizado o produto amplificado. A detecção através de hibridização foi feita utilizando um conjugado estreptavidina peroxidase. A eficácia da técnica foi testada em amostras clínicas pulmonares de pacientes com suspeita de infecção e sem tratamento prévio para tuberculose. O padrão ouro no diagnóstico de infecção por M. tuberculosis foi a associação da baciloscopia com a cultura a partir da amostra clínica dos pacientes selecionados. Foram testadas 303 amostras de escarro induzido de 303 pacientes com suspeita de TB pulmonar, dos quais 69 apresentaram resultado positivo e 234 negativo para TB. A sensibilidade e especificidade obtidas foram 88% e 98% e os Valores Preditivos Positivo (VPP) e Negativo (VPN) foram 92% e 97%, respectivamente. Os resultados obtidos demonstraram que a técnica desenvolvida no presente estudo pode ser uma importante ferramenta no diagnóstico de tuberculose e poderia ser utilizada como um teste complementar no diagnóstico da doença. / New methods to detect Mycobacterium tuberculosis rapidly, accurately and that are feasible to apply in laboratories of developing countries are necessaries. Several methods for direct detection and identification of mycobacteria in clinical samples have been developed. With the aim to standardize the application of such methods in laboratory, we developed a molecular method for DNA extraction and PCR detection using a microwell plate hybridization assay. An internal region of the repetitive element, specific of M. tuberculosis complex, called IS6110 was selected as a target for amplification using specific biotinylated primers. The detection of amplified fragments was performed using microwell plates. An aminated DNA fragment complementary to an internal region of the amplified fragment was used as a probe. The biotinylated amplified products were added to the plate and identified with the use of streptavidin conjugated to horseradish peroxidase. The efficacy of the method was tested to detect pulmonary tuberculosis in patients suspected of TB infection with no previous treatment. As gold standard, the bacteriological criteria was used. Three hundred and three induced sputum samples from 303 pulmonary TB suspects were evaluated, of which 69 showed positive result and 224 negative for TB. The sensitivity and specificity obtained were 88% and 98% and Positive and Negative Predictive Values were 92% and 98%, respectively. The obtained results demonstrated that the PCR detection using a microwell plate hybridization assay may be an important tool for the diagnosis of tuberculosis and suggest that it could be used as a complementary diagnostic method.

Made available in DSpace on 2013-08-07T18:41:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000432089-Texto+Completo-0.pdf: 1649266 bytes, checksum: 3e3046dcd0a44006a99c0bdc29d77364 (MD5) Previous issue date: 2011 / Diagnostic methods of TB, nowadays, are prone to delay in diagnosis, increased false negative results and are not sensitive to many forms of paucibacillary disease. The aforementioned are critical since the infected individuals remain untreated in the community, increasing the likelihood of disease transmission and epidemic aggravation, which urges the need of new diagnostic methods. In this context, the aims of this study were to implement a quantitative nucleic acid-based diagnostic test for paucibacillary tuberculosis, enabling the identification and quantification of viable Mycobaterium tuberculosis (Mt) bacilli by fluorescence-assisted PCR, i. e., Real-Time PCR (RT PCR). The intergenic region of the inhA-mabA gene, which is single copy gene, was chosen as the target region to design specific primers and probes conjugated with fluorophores (TaqMan), because of its importance in the biosynthesis of mycolic acids. The construction of synthetic DNA flanking the target region served as standards for absolute quantification of nucleic acids. The DNA can remain intact after cell death, thus molecular diagnostic methods may overestimate the real number of viable cells in a sample. Cultures of Mt H37Rv were treated with different concentrations of EMA and PMA, DNA intercalating dyes that bind to the DNA of dead cells, rendering it insoluble, thus hampering its isolation. The concentration of 100μM PMA was chosen to treat sputum samples from patients with TB. Our method of diagnosis showed a broad sensitivity (96. 1%) when compared to samples of smear-positive sputum and it proved to be 47% more sensitive than Ziehl-Neelsen staining for smearnegative samples. / Nos tempos atuais, os métodos mais utilizados no diagnóstico da Tuberculose (TB) promovem um atraso inaceitável na liberação dos resultados, um elevado número de resultados falso-negativo e muitos não são sensíveis para formas paucibacilares da doença. Este fato se torna crítico uma vez que pacientes infectados continuam não tratados na comunidade aumentando a probabilidade de transmissão da doença e agravo da epidemia, o que corrobora a necessidade de aprimoramento ou desenvolvimento de novas metodologias. Diante deste fato, propusemos implementar um diagnóstico de DNA quantitativo para tuberculose paucibacilar, permitindo uma rápida identificação e quantificação de bacilos viáveis do Mycobacterium tuberculsosis (Mt) em amostras biológicas com o auxílio da PCR em Tempo Real (R-T PCR). A região intergênica do gene inhA-mabA, possui cópia única no genoma do Mt e devido à sua importância na biossíntese de ácidos micólicos, foi escolhida como região alvo para o desenho de primers e sondas específicos acoplados a fluoróforos (TaqMan). A construção de padrões de DNA sintéticos do Mt serviram como referência para a quantificação absoluta dos ácidos nucleicos, com alvo na região intergênica descrita acima. Eles foram amplificados do DNA genômico do Mt utilizando primers específicos, clonados e o DNA plasmidial foi purificado e quantificado para o desenvolvimento de uma curva padrão. Após a morte celular o DNA pode permanecer íntegro; assim, métodos de diagnóstico molecular podem superestimar o número real de células viáveis em uma amostra. Culturas de Mt H37Rv foram tratadas com diferentes concentrações de EMA e PMA, intercalantes de DNA que se ligam no DNA de células mortas tornan-do o insolúvel e desta forma impedindo a sua amplificação. A concentração de 100OM de PMA foi escolhida para tratar amostras de escarro de pacientes em tratamento, ou com suspeita de TB. Nosso método de diagnóstico mostrou uma alta sensibilidade (96,1%) quando comparado a amostras de escarro com baciloscopia positiva e se mostrou 47% mais sensível que a coloração Ziehl-Neelsen para amostras com baciloscopia negativa.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Medicina, Pós-graduação em Medicina Tropical, 2016. / Texto parcialmente liberado pelo autor. Foram disponibilizados Resumo e Abstract. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2016-09-13T20:02:32Z No. of bitstreams: 1 2016_WanessaPimentaRosas_Parcial.pdf: 372114 bytes, checksum: 9b00f0cc7da92d7412e1cb3c217c4b55 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2016-11-07T18:00:59Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_WanessaPimentaRosas_Parcial.pdf: 372114 bytes, checksum: 9b00f0cc7da92d7412e1cb3c217c4b55 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-11-07T18:00:59Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_WanessaPimentaRosas_Parcial.pdf: 372114 bytes, checksum: 9b00f0cc7da92d7412e1cb3c217c4b55 (MD5) / Introdução: Segundo estimativas da OMS, em 2014, ocorreram 9,6 milhões de casos novos de tuberculose em todo o mundo, causando a morte de 1,5 milhões de indivíduos. No Brasil estima-se que mais de 50 milhões de pessoas estejam infectadas pelo Mycobacterium tuberculosis. Apesar dos esforços contínuos, a tuberculose continua sendo um grave problema de saúde pública, sendo a terceira causa de morte por doença infecciosa no país. Como uma estratégia de controle, em dezembro de 2010, a OMS endossou o uso do Xpert MTB/RIF em países com alta carga da doença, considerando-o uma tecnologia capaz de revolucionar o diagnóstico e o tratamento da doença. O DF começou a utilizar essa tecnologia em agosto de 2014, depois de receber do MS quatro equipamentos que foram instalados nos hospitais regionais do Gama, de Taguatinga, da Asa Norte e do Paranoá. Objetivos: Avaliar o efeito da implantação de uma nova ferramenta diagnóstica (GeneXpert) em indicadores selecionados da tuberculose pulmonar do Distrito Federal. Métodos: Trata-se de um estudo epidemiológico observacional descritivo, quasi-experimental, com utilização de dados secundários. A população do estudo é composta por todos os pacientes notificados como casos novos de TB pulmonar, de agosto de 2013 a julho de 2015. Foram utilizados os dados secundários extraídos do SINAN-TB, sem identificação dos pacientes; de planilhas de produção consolidadas pelo Laboratório Central de Saúde Pública do Distrito Federal - LACEN-DF. Resultados: Foram notificados 233 casos novos de tuberculose pulmonar nos quatro hospitais estudados, sendo 119 casos no período pré-implantação do novo teste e 114 casos após a implantação. Não foi observado aumento significativo no total de notificações de tuberculose pulmonar entre os dois períodos. A incidência de tuberculose pulmonar considerando apenas indivíduos residentes no DF (274 casos) no período pré-implantação do GeneXpert foi de 9,71 para cada grupo de 100.000 habitantes. Já no período pós-implantação a incidência (baseada apenas nos residentes do DF, ou seja, 287 casos) foi de 9,95/100.000 habitantes. Após a implantação do GeneXpert foram realizados 2519 testes por esses quatro hospitais onde os equipamentos estão instalados. Entre os principais achados, constatamos que o GeneXpert apresentou maior percentual de positividade para o Mtb, comparado à baciloscopia, em todos os hospitais regionais estudados. O percentual calculado de positividade geral do Mtb pelo GeneXpert foi de 8,6% versus 3,27% da baciloscopia antes da implantação do novo teste e 5,5% de positividade geral da baciloscopia após a implantação. Além disso, o percentual de casos confirmados bacteriologicamente aumentou 22% em relação ao período anterior à sua implantação, sendo que o novo teste incrementou em 8,8% essas notificações. Conclusão: Acreditamos que a principal contribuição desse estudo foi mostrar as vantagens da substituição da baciloscopia pelo GeneXpert, no contexto de saúde local, além de apontar os desafios que devem ser superados para que sua implantação produza os benefícios que dele se espera. No entanto, entendemos que para que haja êxito no controle da tuberculose não basta apenas que o teste diagnóstico seja rápido, é necessário ainda que o acesso ao resultado seja célere e que o início ao tratamento seja oportuno. ________________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Introduction: According to WHO estimates, in 2014, there were 9.6 million new cases of TB worldwide, killing 1.5 million people. In Brazil it is estimated that over 50 million people are infected with Mycobacterium tuberculosis. Despite continued efforts, tuberculosis remains a serious public health problem, being the third leading cause of death from infectious disease in the country. As a control strategy in December 2010, the WHO endorsed the use of Xpert MTB / RIF in countries with high disease burden, considering it a technology to revolutionize the diagnosis and treatment of disease. The DF started using this technology in August 2014, after receiving MS four fixtures that were installed in regional hospitals Gama, Taguatinga, Asa Norte and Paranoá. Objectives: To evaluate the effect of implementation of a new diagnostic tool (GeneXpert) on selected indicators of pulmonary tuberculosis in the Federal District. Methods: This is a descriptive observational epidemiological study, quasi-experimental, using secondary data. The study population consists of all patients reported as new cases of pulmonary TB, August 2013 to July 2015 the secondary data extracted from the SINAN-TB were used without identification of patients; consolidated production of sheets by the Central Public Health Laboratory of the Federal District - LACEN-DF. Results: We reported 233 new cases of pulmonary tuberculosis in the four hospitals studied, with 119 cases in the pre-deployment of the new test period and 114 cases after deployment. There was no significant increase in total pulmonary tuberculosis notifications between the two periods. The incidence of pulmonary tuberculosis considering only individuals residing in the Federal District (274 cases) in the pre-implantation GeneXpert period was 9.71 for each group of 100,000 inhabitants. In the post-implantation period incidence (DF based only on the residents, or 287 cases) was 9.95 / 100,000. After the implementation of GeneXpert tests were conducted in 2519 for these four hospitals where the equipment is installed. Among the main findings, we found that the GeneXpert had a higher percentage of positive for Mtb, compared to smear microscopy in all regional hospitals studied. The percentage calculated overall positive Mtb by GeneXpert was 8.6% versus 3.27% of smear before the implementation of the new test and 5.5% of general positivity of sputum smear after implantation. In addition, the percentage of microbiologically confirmed cases increased by 22% compared to the period prior to its implementation, and the new test increased by 8.8% these notifications. Conclusion: We believe that the main contribution of this study was to show the advantages of replacing the smear by GeneXpert, the local health context, and point out the challenges that must be overcome for its implementation produces the benefits expected of it. However, we understand that to be successful in tuberculosis control not enough that the diagnostic test is fast, it is still necessary to access the result is rapid and early treatment is appropriate.

O estudo pretendeu abordar a imunidade humoral na Tuberculose. Foi um estudo de teste diagnóstico que avaliou um antígeno específico, constituinte da parede celular da micobactéria, denominado LIPOARABINOMANNAN (LAM), proveniente de Cambridge, MA, USA da Companhia Dyna-Gen. O objetivo principal do estudo foi a detecção de anticorpos IgG anti-LAM em casos de tuberculose pulmonar, extrapulmonar e formas combinadas da doença. A casuística total compreendeu 173 pacientes portadores de tuberculose, sendo a mesma confirmada por métodos bacteriológicos e/ou anatomopatológicos de biópsias de diversos órgãos em 114 casos (65,8%). Em 46 casos (26,5%) a doença se confirmou por rigorosos critérios clínicos, radiológicos e de seguimento após tratamento adequado. Cento e quinze pacientes eram do sexo masculino (66,5%) e 58 do sexo feminino (33,5%). Cento e trinta e um eram brancos (75,7%), 24 negros (13,9%) e 18 mistos (10,4%). O total de formas pulmonares foi de 88 casos (51%), sendo 81 (46,8%) formas bacilíferas e 7 casos (4,0%) não-bacilíferas. Dos casos com baciloscopia direta negativa, 3 apresentaram culturas positivas, 2 culturas negativas e em 2 casos a mesma não foi realizada. Formas extrapulmonares compreenderam 71 casos (41%) com predomínio de forma miliar, ganglionar, pleural e do SNC. A combinação de ambas as formas ocorreu em 14 casos (8,1%). Radiologicamente, houve predomínio de lesões escavadas (30,1%), consolidação (13,9%), padrão miliar (11%) e exame radiológico normal (11%), além de outros achados. Da série, 118 pacientes eram HIV negativos (68,2%) e 55 eram HIV positivos (31,8%). As principais comorbidades associadas foram Diabetes Melittus (DM), Alcoolismo, Cardiopatia e Neoplasia, entre outras. Exames culturais foram realizados em 145 pacientes, sendo que em 72 casos a cultura foi positiva (41,6%) e foi negativa em 10 casos (5,8%). Dos 72 exames culturais positivos, o teste do MycoDot foi positivo em 47 casos (65,2%) e negativo em 25 (34,7%). Em 10 exames culturais negativos, o mesmo foi positivo em 6 casos (60%) e negativo em 4 casos (40%). Em 63 exames culturais não realizados, o teste do MycoDot foi positivo em 46 casos e negativos em 17. Os resultados do teste MycoDot na série total foram: positivos em 120 pacientes (69,4%) e negativos em 53 pacientes (30,6%). As formas pulmonares bacilíferas, não bacilíferas, extrapulmonares e combinadas apresentaram sensibilidade de 74,1%, 85,7%, 63,4% e 64,3% respectivamente. O grupo controle foi de 77 indivíduos assim distribuídos: 41 sadios, 16 portadores de lesões residuais de tuberculose, 6 sadios com BCG prévia, 6 sadios sem BCG prévia e 8 com outras comorbidades. O resultado do teste MycoDot foi negativo em 73 casos (94,8%) e positivo em 4 casos (5,2%). A sensibilidade da casuística total foi de 69,4%, a especificidade foi de 94,8%, o valor preditivo positivo (VPP) foi de 96,8% e o valor preditivo negativo (VPN) foi de 57,9%. Dos pacientes HIV positivos a sensibilidade foi de 61,8% e a especificidade foi de 100%. Nos pacientes HIV negativos a sensibilidade foi de 72,9% e a especificidade foi de 94,7%. Concluiu-se que o Teste MycoDot é de fácil realização, baixo custo, podendo ser útil como uma ferramenta adicional para o diagnóstico da tuberculose. / This study evaluated the humoral immunity in tuberculosis. It was a study of diagnostic test using a specific antigen, designed Lipoarabinomannan (LAM) provenient of Cambridge, MA, USA, Dyna-Gen Company. This antigen is a cell wall component of mycobacteria. The major objective was to study anti-LAM IgG antibodies in cases of pulmonary, extrapulmonary and associated forms of tuberculosis. The casuistic was 173 patients with tuberculosis, confirmed by bacteriologic and/or anatomopathologic methods in 114 cases (68,8%). In the other cases, the tuberculosis was confirmed by clinical, radiological features and follow up of the patients after chemoterapy. The series presented 115 males, 58 females; 131 was caucasian, 24 black and 18 was non-caucasian. The total pulmonary forms was 88 cases (51%), 81 with positive AFB in sputum and 7 with negative AFB in sputum. Three have positive culture, two with negative cultures. Extrapulmonary tuberculosis was found in 71 cases (41%). The predominant forms of X-ray of the thorax was miliar and necrositing lesions. HIV-positive patients were 118 and negative 55. The MycoDot test results were: positive in 120 patients (69,4%) and negative in 53 patients (30,6%). In control group, MycoDot was negative in 73 cases (94,8%) and positive in 4 cases (5,2%). The final results were: sensitivity of 69,4%, specificity of 94,8%, the positive predictive value was 96,8% and the negative predictive value was 57,9%. In HIV-positive patients, the sensibility was 61,8% and the specificity was 100%. The conclusions were the MycoDot test is easy and ideal for use in the diagnosis of active tuberculosis in conjunction with the other methods.

Made available in DSpace on 2015-06-12T13:55:09Z (GMT). No. of bitstreams: 2 462.pdf: 1936396 bytes, checksum: 04bba025d07d06eee03a3b5eb14ad34e (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2012 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Aggeu Magalhães. Recife, PE, Brasil / A tuberculose (TB) é um dos grandes problemas de saúde pública mundial devido às suas altas taxas de morbimortalidade e índices de transmissão, apesar de existir tratamento e medidas eficazes de controle da doença. O diagnóstico precoce associado a uma terapêutica adequada é essencial para a eficácia dos programas públicos de controle. As técnicas diagnósticas, baciloscopia e cultura, utilizadas de rotina para a detecção do Mycobacterium tuberculosis em amostras clínicas são falhas em sensibilidade e na demora da obtenção dos resultados, respectivamente. A cultura é considerada o método padrão-ouro para avaliar a viabilidade do bacilo em pacientes com tuberculose em vigência de tratamento específico, porém, por ser laboriosa e necessitar de pelo menos 4 semanas para o crescimento do bacilo, dificulta bastante o monitoramento clínico e a resposta do paciente às drogas tuberculostáticas. Neste contexto, os métodos moleculares vêm sendo desenvolvidos com destaque para a tecnologia da reação em cadeia da polimerase (PCR) destacando a Transcrição Reversa seguida de PCR quantitativa em tempo real (RT-qPCR) utilizando o RNA mensageiro que expressa bem a viabilidade bacilar. Neste trabalho foi analisado o desempenho da RT-qPCR utilizando como alvo o gene 85B do Mycobacterium tuberculosis na detecção e resposta ao tratamento específico da tuberculose pulmonar. Foi realizada uma padronização com diferentes concentrações dos primers e sonda desenhados por Desjardin et al, (1999). Construiu-se uma curva padrão de DNA plasmidial gerando um limite de detecção de 10pg/1x10 e-6 (7x10 e7 cópias/reação), epson = 106, R2= 0,98 por cento, e slope= -3,18. O sistema foi avaliado em 98 pacientes com suspeita de TB pulmonar apresentando uma sensibilidade de 91,07 por cento e especificidade de 97,61 por cento, quando comparado à cultura. Em 56 pacientes com tuberculose pulmonar acompanhados durante 30 dias de tratamento específico verificou-se que a RT-qPCR e a cultura apresentaram uma excelente concordância, tendo sido observado um declínio de bacilos viáveis nos dias 15 e 30 após o início da terapêutica na maioria deles. Desta forma, os resultados encontrados sugerem que a RT-qPCR é uma ferramenta que pode ser utilizada no monitoramento clínico e terapêutico, como sinalizador de resistência bacteriana e indicador do período de transmissibilidade do M. tuberculosis em pacientes com TB pulmonar submetidos a tratamento específico

Made available in DSpace on 2016-12-23T13:56:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao de CARLOS GUSTAVO VIEIRA DE MORAIS Mestrado.pdf: 1404624 bytes, checksum: af980fd6a0eace35ef57ef3976406694 (MD5) Previous issue date: 2009-02-16 / Microscopy smear is the primary method for diagnosing pulmonary tuberculosis (TB). The method is fast, inexpensive, and specific for Mycobacterium tuberculosis. However, its sensitivity is relatively low, especially in patients with paucibacillary disease which emphasizes the need for improving and/or development of new methodologies. In this context, the aim of this study was to standardize and assess the accuracy of smear microscopy using polycarbonate membranes after centrifugation of sputum samples by filtration (BacFil System) in TB diagnosis. First, we evaluated the system components and established its operating conditions. Then, to assess the system performance, a total of 450 spontaneous sputum samples from 331 patients suspected of having TB was submitted to direct smear and, after that, digested with NALC and divided into two aliquots. One aliquot was concentrated and submitted to smear microscopy and culture, while the other was treated with a solution containing sodium hypochlorite, ethanol and Triton and filtered through 13mm membranes with 0,8μm pore size in the BacFil System. After filtering, the membranes were transferred to slides, stained and a microscopic semi-quantitative analysis was done. The BacFil System showed a sensitivity of 90,8% (82,7 95,9) compared to 64,4% (53,4 74,3) and 59,5% (43,3 74,4) for the centrifugation method and direct smear, respectively. The method demonstrated a highly significant enhancement in sensitivity, operational safety, low cost and also spares the use of a centrifuge. Although BacFil is a very promising method for early diagnosis of TB, we consider it must be improved and evaluated in a multicentric study (Phase III) before its use in a laboratory routine / A baciloscopia é o principal método para o diagnóstico da Tuberculose (TB), em razão de sua simplicidade, rapidez e baixo custo. Porém sua sensibilidade é baixa, principalmente nas formas paucibacilares da doença o que corrobora a necessidade de aprimoramento ou desenvolvimento de novas metodologias. Diante deste fato, nos propusemos padronizar e avaliar a acurácia do exame de baciloscopia em membrana de policarbonato após concentração de amostras de escarro por filtração (Sistema BacFil), para o diagnóstico da tuberculose pulmonar. Na primeira fase do estudo foram avaliados os componentes do protótipo do sistema e estabelecido suas condições operacionais. Na segunda fase, para avaliação do sistema, um total de 450 amostras de escarro espontâneo de 331 pacientes com suspeita clínica de TB foi submetido à confecção de esfregaços diretos, em seguida, digerido com NALC e dividido em duas alíquotas. Uma alíquota foi concentrada e submetida ao exame de cultura para micobactérias e ao exame de baciloscopia. A segunda alíquota foi tratada com uma solução contendo hipoclorito de sódio, etanol e Triton e em seguida filtrada através de membranas de 13 mm com poros de 0,8m pelo Sistema BacFil. Após o procedimento de filtração as membranas foram transferidas para lâminas, coradas e examinadas semi-quantitativamente no microscópio. Ao analisarmos os resultados deste estudo verificamos que o Sistema BacFil proporcionou uma sensibilidade de 90,8% (82,7 95,9) e especificidade de 100% quando comparado ao exame de cultura. Superior as sensibilidades de 64,4% (53,4 74,3) e 59,5% (43,3 74,4) encontrados respectivamente pelos métodos de concentração por centrifugação e esfregaço direto. Ao avaliarmos criticamente a performance deste método constatamos ainda que o mesmo apresenta segurança operacional, elevada acurácia para o diagnóstico, baixo custo econômico e dispensa o uso de centrifuga. Apesar de reunir estas características que o credencie como um método promissor para o diagnóstico rápido da tuberculose, consideramos ainda que este protótipo (BacFil) deva ser aperfeiçoado e submetido a um estudo multicêtrico (Fase III) para validar a sua performance no diagnóstico da tuberculose pulmonar em condições de rotina

Esta dissertação debate a efetividade epidemiológica dos programas de controle da tuberculose que, baseados na descoberta de casos e seu tratamento, tem como objetivo reduzir a transmissão do bacilo e, por conseguinte, a morbidade. Os indicadores epidemiológicos utilizados no campo da tuberculose são analisados avaliando-se suas aplicações, limitações e as relações entre eles. É descrita a dinâmica de transmissão do bacilo com base em modelos matemáticos compartimentais, assim como os efeitos esperados do diagnóstico-tratamento de casos de acordo com essa abordagem. Dados frequentemente citados na literatura, como evidências empíricas da efetividade do programa de controle, são revistos criticamente. Por outro lado, o trabalho questiona premissas dos modelos de compreensão da dinâmica de transmissão, sobretudo a proporcionalidade entre coeficiente de prevalência de casos bacilíferos e risco de infecção, cotejando-as com resultados de estudos empíricos. Discutindo a relevância de outros elementos na determinação do comportamento epidemiológico da tuberculose, conclui-se que o impacto dos programas de controle baseados em diagnóstico e tratamento de casos na transmissão do bacilo é apenas marginal, e que o comportamento epidemiológico da tuberculose é determinado primariamente pela resistência ao adoecimento, resultado de fatores biológicos e sociais.