Made available in DSpace on 2014-06-12T18:31:01Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo8103_1.pdf: 576734 bytes, checksum: add06e925071142bf95395156c86620d (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2005 / Estimar a prevalência de resistência primária aos anti-retrovirais em pacientes cronicamente infectados pelo HIV-1, sem uso prévio de anti-retrovirais, em um Centro de Referência para o tratamento do HIV/AIDS do Nordeste do Brasil. Foram colhidas amostras de sangue para extração do RNA viral de pacientes com HIV/AIDS, cronicamente infectados, atendidos no Hospital das Clínicas da Universidade Federal de Pernambuco, antes do início do tratamento antiviral, no período de fevereiro de 2002 a janeiro de 2003. As regiões da transcriptase reversa (TR) e da protease (PR) foram seqüenciadas para a determinação das mutações relacionadas à resistência aos antivirais.Foram ampliadas e genotipadas um total de 84 amostras. Os pacientes apresentavam CD4 médio de 178,7 células/mm3 e Carga viral média de 269.305 cópias RNA/mL. A genotipagem revelou 2 (2,4%) pacientes com mutação principal relacionada aos ITRN e nenhuma mutação principal aos ITRNN ou IP. Foram encontrados 17 (20,2%) pacientes com mutações secundárias aos ITRN e 67 (79,8%) com mutações secundárias relacionadas aos IP. Mutações acessórias no gene da protease ocorreram nas seguintes posições: L63P [40/84 (47,6%)], M36I [29/84 (34,5%)], V77I [13/84 (15,5%)], L10V [9/84 (10,7%)], K20R [9/84 (10,7%)], A71T [6/84 (7,1%), L10I [5/84 (6%)], A71V [2/84 (2,4%)] e I54P [1/84 (1,2%)]. As mutações associadas a susceptibilidade reduzida aos ITRN foram: M41L [2/84 (2,4%)], G333E [6/84 (7,1%)], V118I [5/84 (5,9%)], S68G[4/84 (4,8%)], E44D [1/84 (1,2%)] e K219E [1/84 (1,2%)]. Observou-se baixa prevalência de mutações primárias relacionadas à resistência aos ITRN em pacientes cronicamente infectados pelo HIV e ausência de resistência aos ITRNN e IP

Made available in DSpace on 2015-07-22T20:49:32Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-03-25 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Introdução: A possibilidade da utilização das drogas de forma combinada (HAART), resultou em uma queda dramática da mortalidade e morbidade da infecção pelo HIV-1. Apesar disso, com o passar dos anos, houve seleção de cepas resistentes a estes medicamentos, sendo hoje um importante entrave para o controle da doença, esse fato evidência a necessidade de implantação de novas drogas para a continuidade dos tratamentos. Objetivo: O objetivo desse estudo foi analisar a freqüência de resistência primária aos medicamentos inibidores de fusão ou ligação Enfuvertida (T20) e BMS 378806, em amostras de pacientes HIV-1 positivos, submetidos a terapias com antirretrovirais apresentando falha virológica aos mesmos. Métodos: Foram incluídos no estudo 100 pacientes HIV-1 positivos do serviço ambulatorial do CRT utilizando drogas antirretrovirais, apresentando falha virológica e com resultado de carga viral igual ou superior 5000 cópias/ml. Os pacientes foram submetidos a um questionário e houve consulta aos prontuários. O DNA próviral foi amplificado e seqüenciado para a região do envelope do vírus HIV-1. Resultados: Das 100 amostras analisadas 87 foram positivas na PCR , sendo possível de obter sequenciamento de 80 amostras. Dessas, 73 (91.3%) foram classificadas como subtipo B; 2(2,5%) como recombinantes (1 B/F e 1 BC) e 5 (6.3%) como subtipo F. Em relação aos co-receptores, 56 (70%) amostras foram classificadas como CCR5 e 24 (30%) CXCR4. Entre as amostras analisadas, 8(10%) apresentaram mutações para o inibidor de fusão Enfuvertida (T20), sendo 1(1,3%) conforme critérios do Consenso da Sociedade Internacional de AIDS e as demais conforme citações em outros trabalhos. Para o inibidor BMS 378806, 6 (7,5%) amostras apresentaram mutações, sendo que no subgrupo não B a freqüência foi de 28,6%. Conclusão: Em nosso estudo detectamos resistência primária à classe de antirretrovirais inibidores de entrada do HIV-1 e constatamos a importância da definição dos critérios para identificação de cepas resistentes ao Enfuvertida (T20) antes de se indicar a realização de testes de genotipagem. / Introduction: The chance of using combination of drugs within Highly Active Antiretroviral Therapy (HAART) has been resulted in a dramatic fall in the mortality and morbidity caused by the Human Immunodeficiency Virus-1 (HIV-1). Nevertheless, over the past years, there was observed a selection of strains resistant to some of these drugs, and today constitutes a major obstacle for the control of the disease, this fact highlights the need for the development of new drugs for the continuity of care. Objective: The aim of this study was to analyze the frequency of primary resistance to drugs that inhibit binding or fusion as Enfuvertide (T20) and BMS 378806, in samples of HIV-1 positive patients undergoing antiretroviral therapy and presenting virological failure. Methods: This study included 100 HIV-1 positive patients attending the Outpatient department of the Centro de Referência para o tratamento da AIDS (CRTA), using antiretroviral drugs and that show virological failure and with a result of viral load equal or above than 5000 copies / mL. The patients responded a questionnaire and medical records were also analyzed. The proviral DNA was amplified and sequenced for the region of the envelope of HIV-1. Results: Of 100 samples analyzed, 87 (87%) were positive and 13 (13%) were negative to the proviral DNA of HIV-1. Among the positive samples 80 (92%) were sequenced. Of the 80 samples sequenced, 73 (91.25%) were classified as subtype B, 2 (2.5%) recombinant (B 1 / F and 1 BC) and 5 (6.25%) were subtype F. Regarding the coreceptors used by viruses, 56 (70%) samples were classified as CCR5 and 24 (30%) as CXCR4. Among the samples analyzed, 8 (10%) had mutations for the fusion inhibitor Enfuvertide (T20), being one of them classified according to the criteria of the Consensus of the International Society for AIDS and the others as cited previously in another works. For the inhibitor BMS 378806, 6 (7.5%) samples had mutations, with a frequency of 28,6% for the subtype B. Conclusion In this study was detected primary resistance to antiretroviral class entry inhibitors of HIV-1 and was observed the importance of establishing criteria for identification of strains resistant to Enfuvertide (T20) before indicate the testing of genotyping. / FAPESP: 2004/15856-9 / TEDE / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Made available in DSpace on 2015-07-22T20:50:17Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-10-28. Added 1 bitstream(s) on 2015-08-11T03:25:28Z : No. of bitstreams: 1 Publico-00284.pdf: 1210351 bytes, checksum: 9468c9b00f4f6d4853d0e556a03096c4 (MD5) / Introdução: a falha ao HAART torna importante o desenvolvimento de novos fármacos que alvejam diferentes passos do ciclo de vida do HIV-1. O Enfuvirtide (T20) é um peptídeo sintético que mimetiza a região HR2 da gp41 do HIV-1, impedindo sua fusão e entrada na célula hospedeira. A presença de mutações de resistência primária ao T20 pode levar a falta de resposta virológica sustentada (RVS) em indivíduos em falha terapêutica ao HAART. Objetivos: genotipar a gp41 do HIV-1 de indivíduos considerados respondedores e não respondedores ao T20; verificar se a presença de mutações de resistência primária poderia interferir na RVS; correlacionar o status RVS com aspectos virais, imunológicos e tropismo. Metodologia: DNA genômico do baseline (antes do tratamento), 6 e 12 meses após o tratamento com T20, foi purificado utilizando QIAamp DNA Mini kit (Qiagen®, Valencia, Califórnia, USA). Todos pacientes receberam terapia otimizada mais T20 no inicio. 506 pb referentes as regiões HR1 e HR2 da gp41 foram amplificados por PCR “nested”. A PCR “nested” da região V3 para estudo do tropismo viral amplificou 654 pb. A PCR foi purificada utilizando Montage® PCR Centrifugal Filter Devises (Millipore®). As PCRs purificadas das regiões V3 e gp41 foram sequenciadas no ABI Prism 3130 Genetic Analyser (Applied Biosystems, Ca, USA) com o kit comercial BigDye® Terminator Cycle Sequencing versão 3.1 (Applied Biossystems, Foster City. Califórnia, USA). Iniciadores da segunda etapa da PCR “nested” foram utilizados para sequenciar. Resultados: sete indivíduos apresentavam um perfil de resposta ao T20 por 12 meses, 4 por pelo menos 6 meses e dois não responderam entre 6 e 12 meses. A média de idade foi de 44,92 ± 5,39, sendo 46,16% do sexo feminino e 53,84% do masculino. Dos 13 pacientes analisados, 12 pertencem ao subtipo B e 1 ao F1. Oito pacientes apresentaram o correceptor R5 e cinco o X4. Não foram encontradas mutações nas posições 36 a 45 da HR1 em 12 meses. Tivemos a N42S, que é responsável pela diminuição da susceptibilidade ao T20. De um total de 59 aminoácidos analisados na HR1, observamos 18,64% de trocas e na região HR2, 38,88%. Na HR1 no período de 8 meses ou mais em relação ao baseline, não encontramos modificações nas posições 36 a 45. De um total de 59 aminoácidos analisados, observamos 15,25% de trocas e na HR2, 36,11%. Verificamos a E137K sem a presença da N43D, que causou resistência. Verificamos a S138T como mutação de primaria com persistência de 12 meses sem a N43D e a falta de resposta ao tratamento. Na contagem de T CD4+, não encontramos diferença estatística entre as médias dos diferentes grupos (ANOVA – p=0,1). As cargas virais após 6 meses foram indetectáveis (<50 copias/mL) em 69,23% dos pacientes. Houve queda de carga viral do baseline para 6 meses (p=0.034), assim como para 6 meses e 8 meses ou mais. O uso do medicamento teve interferência significativa quando comparados o baseline e 6 meses (p=0.004) e entre o baseline e 12 meses (p=0.022), mas entre 6 e 12 meses a interferência não foi significativa, mostrando que após 6 meses ela permanece sustentada. Entre as variáveis, indivíduos respondedores e genótipo R5 houve alto valor de similaridade (76.98). Ocorreu agrupamento entre as duas amostras dos respondedores com genótipo X4 com as mutações 306, 311 e 320, que o caracterizam. Discussão: em relação ao tropismo, 38,47% dos pacientes que estudamos apresentaram correceptor X4 após alguns anos de infecção e múltiplos esquemas HAART. Este resultado mostra concordância com a literatura, que descreve uma taxa média de 50%. A N42S, observada em nosso estudo é relacionada com diminuição da susceptibilidade da droga. Apesar disso, somente um dos pacientes não respondeu ao tratamento, não obtendo ganho imunológico. Conclusão: o tropismo dos vírus HIV-1 na maioria dos indivíduos que responderam ao T20 está fortemente associado com o R5, que não causa progressão rápida. A presença da S138T foi suficiente para a falta de resposta ao T20, sem associação com a N43D. Mostramos evidente RVS e recuperação imunológica com o T20, mas que não foi suficiente para retirar estes indivíduos do risco de doenças oportunistas. Nosso estudo evidenciou a importância de iniciar o resgate quando a contagem de linfócitos T CD4+ está acima de 200 células/mm3. / Introduction: the failure to HAART becomes important to development of new drugs that target different steps of the life cycle of HIV-1. The Enfuvirtide (T20) is a synthetic peptide that mimics the HR2 region of gp41 of HIV-1, preventing its fusion and entry into the host cell. The presence of primary resistance mutations to T20 can lead to lack of sustained virologic response (SVR) in people in the HAART failure. Objectives: to genotype the gp41 of HIV-1 subjects considered responders and nonresponders to T20; verify the presence of primary resistance mutations could influence the SVR, SVR status correlate with aspects of viral, immunological and tropism. Methodology: genomic DNA from baseline (before treatment), 6 and 12 months after treatment with T20, was purified using QIAamp DNA Mini kit (Qiagen ®, Valencia, California, USA). All patients received optimal therapy more T20 at the beginning. 506 bp referring to the HR1 and HR2 regions of gp41 were amplified by PCR nested. PCR nested the V3 region to study viral tropism amplified 654 bp. The PCR was purified using Montage ® PCR Centrifugal Filter Devises (Millipore ®). The PCRs of purified V3 and gp41 regions were sequenced in ABI Prism 3130 Genetic Analyzer (Applied Biosystems, CA, USA) with commercial kit BigDye ® Terminator Cycle Sequencing version 3.1 (Applied Biossystems, Foster City. California, USA). Initiators of the second stage of PCR nested were used for sequencing. Results: seven patients had a higher response to T20 for 12 months, 4 for at least 6 months and two did not respond between 6 and 12 months. The average age was 44.92 ± 5.39, and 46.16% female and 53.84% male. Of the 13 patients analyzed, 12 belong to subtype B and 1 to F1. Eight patients had the coreceptor R5 and five the X4. There were no mutations at positions 36 to 45 of HR1 in 12 months. We acquired the N42S, which is responsible for decreased susceptibility to T20. From a total of 59 amino acids analyzed in HR1, we observed 18.64% of change and in HR2 region, 38.88%. In HR1 within 8 months or more compared to the baseline, we found no changes in positions 36 to 45. From a total of 59 amino acids analyzed, we observed 15.25% of change and in HR2, 36.11%. We checked the E137K without the presence of N43D, which caused resistance. We checked the S138T mutation as the primary persistence of 12 months without the N43D and the lack of response to treatment. On the count of CD4 + T cells, we found no statistical difference between the means of different groups (ANOVA - p = 0.1). The viral loads after 6 months were undetectable (<50 copies / mL) in 69.23% of patients. There was a decrease in viral load baseline to 6 months (p = 0.034) and for 6 months and 8 months or more. The use of the drug had significant interference when compared to baseline and 6 months (p = 0.004) and between baseline and 12 months (p = 0.022), but between 6 and 12 months the interference was not significant, showing that after 6 months it remains sustainable. Among the variables, responders and R5 genotype, there were high value of similarity (76.98). There was a grouping between the two samples of responders with X4 genotype with mutations 306, 311 and 320 which characterize it. Discussion: regarding tropism, 38.47% of the patients studied had correceptor X4 after a few years of infection and multiple HAART regimens. This result shows agreement with the literature, which describes an average rate of 50%. The N42S, observed in our study is associated with decreased drug susceptibility. However, only one patient did not respond to treatment, without increase of his immune. Conclusion: the tropism of HIV-1 in the majority of people who responded to the T20 is strongly associated with the R5, which causes rapid progression. The presence of S138T was sufficient for the lack of response to T20, but no association with N43D. It was clearly shown SVR and immune recovery with the T20, but that was not enough to remove these people from the risk of contracting opportunistic diseases. Our study showed the importance of starting the rescue when the count of CD4 + T cells are above 200 cells/mm3. / TEDE / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Submitted by Rosina Valeria Lanzellotti Mattiussi Teixeira (rosina.teixeira@unisantos.br) on 2015-05-05T13:17:36Z No. of bitstreams: 1 Wellington Dias.pdf: 2827942 bytes, checksum: 17fd5915b3792de99e3b58f162440777 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-05-05T13:17:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Wellington Dias.pdf: 2827942 bytes, checksum: 17fd5915b3792de99e3b58f162440777 (MD5) Previous issue date: 2013-04-17 / Introduction: The use of viral genotyping as a tool for the treatment of HIV positive patients is relevant to review health policies concerning the dispensing of antiretrovirals and contribute to mapping the frequency of HIV virus subtypes in our region. Objective: To identify and characterize the genetic diversity and primary resistance to HIV-1 antiretroviral agents in the city of itanhaem in patients at early stage of treatment . Methods: Cross-sectional study using 50 samples. After extraction and RNA transcription Polymerase Chain Reaction was performed with primers (K1, K2, DP10, F2) which produced fragments of 1200 bp, identified in agarose gel. After purification of PCR products, the fragments were subjected to sequencing reaction. Genetic diversity was analyzed throuh the comparison to the Stanford HIV drug resistance database . Qualitative variables were presented as absolute and relative values. Quantitative variables were presented through their values of central tendency and dispersion. Results: Among the 50 samples, 25 were amplified for analysis of genetic diversity, obtaining results in 13 (52%) female patients and 12 (48%) male patients. Eleven patients (44%) presented mutation in reverse transcriptase with high-level resistance to efavirez ripivirine and 7 patients (28%) presented mutations in the protease with low resistance. Four (16%) recombinant subtypes F / B were found. Conclusion: In the city of Itanhém 52% of the analyzed samples presented acquired resistance. The predominant primary resistance was to NNRTI (11 patients, representing 44%) group; One patient (4%) was found resistant to NRTI group. One patient (4%) was resistant to IP 1 group and one patient (4%) presented resistance to both NRTI and NNRTI groups. We conclude that health policies shoud be implemented considerinG genotyping as a tool to be be offered regionally, respecting the epidemiologic aspects of the disease in each city. A major 10 research concerning the most common subtype of the virus shoud be taken in our region, in order to determine the most effective drugs for antiretroviral therapy. / Introdução: A utilização da genotipagem viral como instrumento para o tratamento dos pacientes HIV positivo é relevante para rever as políticas de saúde concernentes a dispensação de antiretrovirais e contribuir para o mapeamento da freqüência do subtipo do vírus do HIV na região. Objetivo: Identificar e caracterizar a diversidade genética e a resistência primária do HIV-1 aos agentes antirretrovirais no município de Itanhaém, em pacientes em início de tratamento. Método: Estudo Transversal utilizando 50 amostras. Após a extração e trancrição do RNA foi realizada a Reação em Cadeia da Polimerase em primers(K1, K2, DP10, F2) que produziu fragmentos de 1200 pares de bases, identificados no gel de agarose. Apos a purificação dos produtos da PCR, os fragmentos foram submetidos à reação de seqüenciamento. A diversidade genética foi analisada no banco de dados HIV drug resistance database (Stanford). As variáveis qualitativas foram apresentadas através de valores absolutos e relativos. As variáveis quantitativas foram apresentadas através dos seus valores de tendência central e de dispersão. Resultados: Das 50 amostras, 25 foram amplificados para analise da diversidade genética, 13(52%) feminino e12(48%) masculino. Sendo 11(44%) identificadas com mutação na transcriptase reversa com alto nível de resistência ao efavirez ripivirine 7(28%) apresentado mutações na protease com baixo nível de resistência. Foram encontrados 4(16%) recombinantes do subtipos F/B. Conclusão: A resistência adquirida no município de Itanhaém foi de 52 % nas amostras analisadas. A resistência primaria predominante foi aos ITRNN- 11 (44 %); ITRN -1 (4 %) e aos IP -1 (4 %) e 1 (4 %) caso de resistência a dois grupos ITRNN e ITRN . Em vista disto as políticas de saúde devem considerar que a genotipagem 8 é um instrumento que deve ser oferecido regionalmente conforme o perfil epidemiológico da doença de cada município, possibilitando o estudo do subtipo do vírus mais freqüente na região afim de utilizar as drogas mais eficientes para a terapia antirretroviral.

Made available in DSpace on 2014-07-29T15:29:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 dissertacao adriana santarem ferreira.pdf: 1923903 bytes, checksum: fe2d53ac48a0f70b931e84fbecdbf60c (MD5) Previous issue date: 2011-03-11 / The antiretroviral therapy (ART) has reduced morbidity and mortality related to human immunodeficiency virus (HIV) infection. In spite of this advance, the antiretroviral resistance mutations and viral genetic diversity remain the main obstacles in the fight against AIDS. The resistance pattern of HIV-1 to antiretrovirals can be evaluated by resistance tests, specially the genotype testing that allows detection of mutations in the viral genome. This study describes the prevalence of primary HIV-1 drug resistance and subtypes circulating in Mato Grosso, Central West Brazil. Plasma samples from 105 naive patients were colleted during the years 2008 and 2009 to perform the viral resistance genotyping at Tropical Pathology and Public Health Institute, Federal University of Goiás. Protease (PR) and partial reverse transcriptase (RT) were amplified and sequenced from plasma RNA. HIV-1 pol subtypes were assigned by phylogenetic analysis through Los Alamos Database. ARV resistance mutations were analyzed by Stanford University Database and International AIDS Society. Ninety two of the 105 samples had their RNA amplified, 5 (5,43%) of them harboring a resistant strain. Nucleoside reverse-transcriptase inhibitors, nonnucleoside reverse-transcriptase inhibitors and protease inhibitors associed mutations were present in 3 (3,26%), 1(1,08%) and 1(1,08%) samples respectively. Reverse transcriptase gene mutations were observed at códons 219 (K219E), 67 (D67N) e 103 (K103N). Protease gene mutation was observed at códon 90 (L90M). This study revealed that the main mutations are related to reversetranscriptase inhibitors, mainly INTR, reflecting the widespread use of reversetranscriptase inhibitors in the initiation of antiretroviral therapy. Moreover, shows the wide genetic diversity with a significant proportion of distinct BF1 recombinants and the co-circulation of subtypes B, F1 and C in Central West Brazil. / O uso de antirretrovirais (ARVs) reduziu a morbi-mortalidade relacionada à infecção pelo vírus da imunodeficiência humana (HIV). Apesar deste avanço, as mutações de resistência aos antirretrovirais e a diversidade genética do HIV-1 permanecem os principais obstáculos na luta contra a AIDS. O padrão de resistência do HIV-1 aos ARVs pode ser determinado através de testes de resistência, especialmente a genotipagem que permite a detecção de mutações do genoma viral. Este estudo descreve a prevalência de resistência primária às drogas antirretrovirais e subtipos circulantes no Estado de Mato Grosso, no centro-oeste brasileiro. Foram colhidas 105 amostras de plasma de pacientes infectados com HIV-1, virgens de tratamento, durante o período de outubro de 2008 a setembro de 2009 para a realização do teste de resistência genotípica no Instituto de Patologia Tropical e Saúde Pública da Universidade Federal de Goiás. A protease e fragmento da transcriptase reversa do HIV-1 foram amplificados e seqüenciados a partir do RNA plasmático. Os subtipos do gene pol do HIV-1 foram avaliados por análise filogenética por meio do banco de dados de Los Alamos. As mutações de resistência aos ARVs foram analisadas pelo banco de dados da Universidade de Stanford e International AIDS Society. Dos 105 pacientes, 92 tiveram o RNA do HIV-1 amplificado e seqüenciado, sendo que 5 (5,43%) apresentaram cepas resistentes. Entre os 5 pacientes com resistência, 3 (3,26%) apresentavam mutações para os inibidores da transcriptase reversa análogos ao nucleosideo, 1(1,08%) para os inibidores da transcriptase reversa não análogos ao nucleosideo e 1 (1,08%) para os inibidores da protease. As mutações no gene da transcriptase reversa foram observadas nos códons 219 (K219E), 67 (D67N) e 103 (K103N). A mutação no gene da protease foi observada no códon 90 (L90M). Este estudo revelou que as principais mutações encontradas estão relacionadas aos inibidores da transcriptase reversa, principalmente INTR, refletindo o amplo uso de inibidores da transcriptase reversa no início da terapia antirretroviral. Além disso, mostra a grande diversidade genética com significativa proporção de recombinantes BF1 e a co-circulação de subtipos B, F1 e C no centro-oeste brasileiro.

Made available in DSpace on 2014-07-29T15:30:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao Bruna Coelho Carvalho.pdf: 623511 bytes, checksum: 1b8b7e76b1e1a914d834251448a49ea4 (MD5) Previous issue date: 2011-02-21 / Regional differences in the molecular epidemiology of HIV-1 have been reported in Brazil, where there is scarce publication about the epidemic in north region. Despite the large number of antiretroviral drugs (ARV) belonging to nucleoside and non-nucleoside reverse transcriptase inhibitors (NRTI and NNRTI) and protease inhibitors (PI) classes, the selection of resistance-associated mutations may compromise the therapeutic efficacy. Primary resistance mutations, present prior to ARV use, occur mainly due to the transmission of resistant virus. This study describes the prevalence and profile of primary resistance mutations to ARV and the molecular epidemiology of HIV-1 in ARV naive patients from Tocantins State. For HIV-1 genotyping of the entire protease gene (PR) and 750 bp of reverse transcriptase (RT) gene, plasma RNA was extracted, reverse transcribed into cDNA) and used as the target for nested polymerase chain reaction (K1/K2 and F2/DP10 primers) and fragments were sequenced (kit DYEnamic ET Dye Terminator, GE Healthcare; ABI Prism 3130). The sequences were edited by the Staden Package software. Primary drug resistance was analyzed using the Calibrated Population Resistance (CPR) tool employing the Stanford Surveillance Drug Resistance Mutation (SDRM). The susceptibility profile of ARV mutations was analyzed by Stanford HIV Drug Resistance Database (hivdb.stanford.edu). HIV-1 genetic subtypes were identified by REGA HIV-1 and SIMPLOT softwares and by phylogenetic inference. Naïve patients (n=52) were recruited in LACEN/Palmas/TO between 2008-2010. The majority of investigated patients (59.6%) were males and 73.1% reported heterosexual exposure. Primary mutations that confer resistance to ARV were identified in 11.5% (06/52) of the isolates: BRTO08-43: M41L, L210W, T215D (NRTI); BRTO02-83: Y181C (NNRTI); BRTO13-83: D67G, K219E (NRTI); BRTO20-83: V108I, Y181C (NNRTI); BRTO02-66: M46L (PI); e BRTO13-66: V90I, K103N (NNRTI). Isolates with concordant subtypes in PR/RT regions represented 86.5% (45/52): subtype BPRBRT=78.8% (41/52), subtype CPRCRT=5.8% (3/52), subtype F1PRF1RT=1.9%. Isolates with discordant subtypes in PR and RT genes indicating intersubtype recombination represented 13.5% (07/52): BPRF1TR=1.9% (01/52); BPRBF1TR=7.7% (04/52) e CPRCF1TR=3.9% (02/52). Our study among naive patients from Tocantins State describes moderate prevalence of primary resistance to ARV, the predominance of subtype B that co-circulates with subtype C and a significant number of B/F1 and C/F1 recombinant forms. These results indicate the transmission of ARV resistant HIV-1 isolates among patients from a small inland city in north Brazil, where the epidemic is more recent. In this context, it is important to monitor the prevalence of primary drug resistance in order to assess the need and the cost-benefit of the implementation of pre-treatment genotipic tests aiming to optimize the choice of the ARV regimen among naive patients from Tocantins State. / Diferenças regionais na epidemiologia molecular do HIV-1 têm sido descritas no Brasil e publicações sobre a epidemia da região Norte do país são restritas. Apesar do grande número de drogas antirretrovirais (ARV) das classes inibidores nucleosídicos e não-nucleosídicos (INTR e INNTR) da transcriptase reversa e inibidores da protease (IP), mutações associadas à resistência podem comprometer a eficácia terapêutica. Mutações de resistência primária presentes antes do uso de ARV ocorrem principalmente por transmissão de vírus resistentes. Este estudo descreve a prevalência e o perfil de mutações de resistência primária aos ARVs e subtipos do HIV-1 identificados em pacientes virgens de tratamento do estado do Tocantins. A genotipagem do gene completo da protease (PR) e 750pb da transcriptase reversa (TR) do HIV-1 foi feita a partir de RNA plasmático e incluiu retrotranscrição, nested PCR (primers K1/K2 e F2/DP10) e sequenciamento (kit DYEnamic ET Dye Terminator, GE Healthcare; ABI Prism 3130). As sequências foram editadas pelo software Staden Package. A resistência primária foi analisada pela ferramenta de Calibração da População com Resistência (CPR), empregando a ferramenta do Stanford Surveillance Drug Resistance Mutation (SDRM). O perfil de susceptibilidade dos isolados com mutação de resistência aos ARVs foi analisado pelo Stanford HIV Drug Resistance Database (hivdb.stanford.edu). Os subtipos genéticos do HIV-1 foram identificados pelos softwares REGA HIV-1, SIMPLOT e por inferência filogenética. Pacientes virgens de tratamento (n=52) foram recrutados no LACEN/Palmas/TO entre 2008-2010. A maioria dos pacientes estudados (59,6%) era do sexo masculino e 73,1% referiu exposição heterossexual. Mutações que conferem resistência primária aos ARVs foram identificadas em 11,5% (06/52) dos isolados: BRTO08-43: M41L, L210W, T215D (INTR); BRTO02-83: Y181C (INNTR); BRTO13-83: D67G, K219E (INTR); BRTO20-83: V108I, Y181C (INNTR); BRTO02-66: M46L (IP); e BRTO13-66: V90I, K103N (INNTR). Isolados com subtipos concordantes nas regiões PR/TR representaram 86,5% (45/52): subtipo BPRBTR=78,8% (41/52), subtipo CPRCTR=5,8% (03/52), subtipo F1PRF1TR=1,9%. Isolados com subtipos discordantes em PR e TR indicando recombinação intersubtipo representaram 13,5% (07/52): BPRF1TR=1,9% (01/52); BPRBF1TR=7,7% (04/52) e CPRCF1TR=3,9% (02/52). Nosso estudo em pacientes virgens de tratamento do estado do Tocantins identificou prevalência moderada de resistência primária aos ARVs, predomínio do subtipo B que co-circular com o subtipo C e um percentual significativo de formas recombinantes intersubtipos B/F1 e C/F1. Estes dados indicam a transmissão do HIV-1 resistentes a ARVs em pequenos centros urbanos no interior do Brasil, onde a epidemia é mais recente. Neste contexto, o monitoramento da prevalência de resistência primária é importante para avaliar a necessidade e custo-benefício da implantação do teste de genotipagem pré-ARV para otimizar a escolha do esquema ARV em pacientes do estado do Tocantins.

Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-12-22T10:28:32Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Cristhiane Dias Rodrigues Schmaltz - 2011.pdf: 9277998 bytes, checksum: bdfa8d45ce0965166b22acba02729a7a (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-12-22T10:29:13Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Cristhiane Dias Rodrigues Schmaltz - 2011.pdf: 9277998 bytes, checksum: bdfa8d45ce0965166b22acba02729a7a (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-12-22T10:29:13Z (GMT). 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The pre-therapy genotypic tests identified 8/97 patients with transmitted resistance, 5/8 were men who have sex with men. According to WHO criteria similar clinical stage of the disease was observed in patients with and without resistant viruses. Among patients with wild virus 15/89 abandoned therapy, 4/89 were considered lost to follow up because they’ve been transferred to other clinics and 4/89 died, 3 due to AIDS causes, resulting in 66 patients followed up. Among 8 patients with transmitted resistance, one death not related to AIDS and 2 gave up therapy, resulting in 5 patients followed up. Upon therapy, patients with transmitted resistance presented an increase in the median of CD4+ cell counts of 215% whereas a 225% increase was observed in patients harboring wild virus. In both groups around 70% of patients had undetectable viremia following ARV treatment. The most common opportunistic infection was oral moniliasis. In conclusion, a wide variety of clinical outcomes was observed during short term follow up of patients genotyped pre-therapy. These outcomes ranged from therapeutic success represented by increase in CD4+ cell counts/undetectable viremia to death related or not to AIDS causes. A significant number of patients abandoned therapy. During follow up, there was no statistically significant difference in the clinical, virological and immunological outcomes of patients harboring wild or resistant virus. Altogether these results highlight the importance of pre-therapy genotypic tests for the adequate choice of ARV treatment preventing therapeutic failure and its immunological and clinical consequences, such as opportunistic infections and infections not related to AIDS. Moreover, the adequate prescription of ARV treatment avoids more complex drug regimens necessary for salvage therapy, which come at higher costs for the Brazilian public health system. / A aids é responsável por cerca de 2 milhões de mortes por ano, entretanto a introdução da terapia altamente eficaz em 1996 promoveu melhora significativa da sobrevida e qualidade de vida dos pacientes. No Brasil o Ministério da Saúde oferece gratuitamente medicação antirretroviral (ARV) há 15 anos. Porém a baixa adesão e o uso difundido de ARVs por longo prazo podem promover a seleção e transmissão de cepas virais resistentes a drogas ARV. Este estudo analisou resposta clínica, virológica e imunológica de 97 pacientes submetidos a genotipagem pré-terapia ARV do estado de Goiás entre os anos de 2007-2008. Revisões sistemáticas dos prontuários médicos foram realizadas por um período médio de dois anos pós a genotipagem. Resultados da genotipagem pré-tratamento indicaram 8/97 pacientes com resistência transmitida, sendo 5/8 homens que fazem sexo com homens. Segundo critérios da OMS o estadiamento clínico inicial dos pacientes com e sem resistência transmitida foi semelhante. Entre os pacientes com vírus selvagem, 15/89 abandonaram tratamento, 4/89 foram transferidos, 4/89 foram a óbito, dos quais 3 relacionados a aids, resultando em 66 pacientes acompanhados. Entre os 8 pacientes com vírus resistentes, ocorreu um óbito não relacionado a aids e dois pacientes abandonaram a terapia, resultando no acompanhamento de 5 pacientes. A terapia ARV nos pacientes com resistência transmitida levou a incremento na mediana das contagens de células CD4 + de 215% versus incremento de 225% em pacientes com vírus selvagens. Sob TARV em torno de 70% dos pacientes de ambos grupos apresentou carga viral indetectável. A infecção oportunista mais importante foi a monilíase oral em ambos os grupos. Em conclusão uma grande diversidade de desfechos clínicos foi observada em curto prazo após genotipagem para resistência. Estes desfechos variaram de sucesso terapêutico representado por incremento nas células CD4 + / viremia indetectável, a óbito por causa relacionada ou não à aids. Um número significativo dos pacientes abandonou tratamento ARV. Durante o acompanhamento não foi observada diferença estatisticamente significativa na evolução clínica, virológica e imunológica de pacientes com vírus resistente ou selvagem. Estes resultados destacam a importância da genotipagem pré-tratamento para escolha da terapia adequada, prevenindo falha terapêutica e suas repercussões imunológicas e clínicas, incluindo a instalação de doenças oportunistas e não relacionadas ao HIV. Além disso, a prescrição do esquema ARV adequado reduz a necessidade de esquemas terapêuticos mais complexos para terapia de resgate e de maior custo financeiro para o sistema de saúde pública brasileiro.

Submitted by Marlene Santos (marlene.bc.ufg@gmail.com) on 2016-08-05T19:55:42Z No. of bitstreams: 2 Dissertação- Luciana Oliveira Bento - 2016.pdf: 3533613 bytes, checksum: f67fe73c6af12700e4cba39192ea7c95 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-08-08T14:23:27Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação- Luciana Oliveira Bento - 2016.pdf: 3533613 bytes, checksum: f67fe73c6af12700e4cba39192ea7c95 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-08T14:23:27Z (GMT). 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From January 2015 to January 2016, 57 patients not exposed to ARVs were recruited and whole blood samples were collected. The protease (PR) and about 2/3 of the reverse transcriptase (RT) regions were amplified in 46 samples by "nested"-PCR and sequenced. Resistance mutations to ARVs were determined by Calibrated Population Resistance Tool from Stanford University and HIV-1 subtypes were identified by REGA and phylogenetic inference. In this study, the prevalence of HIV-1 resistant was more frequent among young male population, heterosexual, especially in the reproductive age group and brown race. Among 46 HIV-1 isolates sequenced, 5 had primary resistance mutations to ARVs, giving a prevalence of 10.9%. The mutations were detected both non-nucleoside RT inhibitors-NNRTIs (K103N, E138K/A and V179E) and for PR inhibitors-IP (M46L and T74S). As the K103N mutation confers resistance to high profile ARV composing the first line of treatment (EFV), it was introduced into the second line with IP for this patient. The E138K mutation confers resistance to an ARV not used in Brazil (RPV), allowing the introduction of the first line of treatment with the fixed-dose combination (formulation 3 in 1). Two isolates of HIV-1 were IP resistance mutations (M46L and T74S) but not yet started therapy. In this case, the introduction of the treatment with the formulation 3 to 1 is possible, since the first line has no IP in its formulation. HIV-1 subtype B was the prevalent isolates and three recombinants involving subtypes B and F1 were observed. The subtype C and recombinant forms were first reported in Goiás southwestern region. The moderate prevalence of primary resistance of HIV-1 isolates among patients from southwestern Goiás state and co-circulation of “pure” HIV-1 subtypes and recombinant forms, it is evident the importance of monitoring of newly diagnosed patients to optimize initial therapy, improving clinical management and control of transmission of HIV-1. / A prevalência de isolados do HIV-1 com mutações de resistência aos antirretrovirais deve ser monitorada continuamente nas diferentes regiões geográficas e grupos populacionais brasileiros, visto que o Brasil disponibiliza acesso universal ao tratamento para todas as pessoas vivendo com HIV e aids. Devido à escassez de estudos relacionados em cidades do interior do Brasil, este trabalho teve como objetivo identificar a diversidade genética do HIV-1 e avaliar o perfil e a prevalência de isolados do HIV-1 com mutações, em pacientes não expostos aos antirretrovirais (ARVs) atendidos no Serviço de Atendimento Especializado em DST/aids do município de Jataí, no sudoeste goiano. De janeiro de 2015 a janeiro de 2016, foram recrutados 57 pacientes não expostos aos ARVs e amostras de sangue total foram coletadas. Os genes da protease (PR) e cerca de 2/3 da transcriptase reversa (TR) foram amplificados em 46 amostras pela “nested”-PCR e sequenciados. As mutações de resistência aos ARVs foram determinadas mediante a ferramenta Calibrated Population Resistance Tool da Universidade de Stanford e os subtipos do HIV-1 foram identificados pela análise por REGA e inferência filogenética. Neste estudo, a prevalência da resistência aos antirretrovirais foi mais frequente na população jovem não exposta do sexo masculino, heterossexual, na cor parda, e especialmente nas faixas etárias de 30 a 34 anos, e de 40 a 49 anos de idade. Entre os 46 isolados de HIV-1 sequenciados, 5 apresentaram mutações de resistência primária aos ARVs, conferindo uma prevalência de 10,9%. Foram detectadas mutações tanto para inibidores da TR não nucleosídicos-NNRTI (K103N, E138K/A e V179E) quanto para inibidores da PR-IP (M46L e T74S). Como a mutação K103N confere alto perfil de resistência ao ARV que compõe o esquema de primeira linha de tratamento (EFV), foi introduzida a segunda linha com IP (LPV/r) para este paciente. A mutação E138K confere resistência a um ARV ainda não utilizado no Brasil (RPV), o que permitiu a introdução da primeira linha de tratamento constituída pela dose fixa combinada com TDF+3TC+EFV (formulação 3 em 1). Dois isolados do HIV-1 apresentaram mutações de resistência (M46L e T74S) que conferem resistência ao IP (NFV), mas ainda não iniciaram a terapia. Nesse caso, a introdução do tratamento com a formulação 3 em 1 será possível, já que a primeira linha não tem o IP (NFV) em sua formulação. O subtipo B do HIV-1 foi o prevalente e três isolados recombinantes foram observados, envolvendo os subtipos B e F1. O subtipo C e as formas recombinantes foram relatados pela primeira vez na região do sudoeste goiano. Com a identificação de uma prevalência moderada de isolados de HIV-1 com resistência primária entre pacientes do sudoeste goiano e a co-circulação de subtipos “puros” e mosaicos do HIV-1, fica evidente a importância do monitoramento dos pacientes recém-diagnosticados para a otimização da terapia inicial, melhorando a conduta clínica e o controle da transmissão do HIV-1.