A l’interface entre les milieux marins et continentaux, les lagunes côtières sont des écosystèmes très diversifiés et figurent parmi les milieux les plus productifs. Leur confinement les rend particulièrement vulnérables aux apports nutritifs qu’elles tendent à concentrer. En Languedoc-Roussillon, les lagunes ont été profondément dégradées par les pressions anthropiques, en particulier le complexe des étangs palavasiens qui a souffert d’un enrichissement nutritif intensif provenant des effluents de la station de traitement des eaux de l’agglomération montpelliéraine. Cet enrichissement a engendré un gradient d’eutrophisation dans ces huit lagunes, de la méso- à l’hypertrophie, altérant profondément la structure des producteurs primaires vers une dominance du compartiment phytoplanctonique.Le phytoplancton témoigne d’une réponse rapide à la variabilité environnementale, et son importante diversité spécifique et fonctionnelle reflète une grande diversité de processus écologiques et de fonctionnement écosystémiques. Grâce à ces caractéristiques, ce compartiment a été largement utilisé comme un indicateur du fonctionnement des écosystèmes aquatiques.Depuis décembre 2005, les effluents responsables de l’eutrophisation des lagunes palavasiennes ont été déviés en mer Méditerranée. Cette mesure a réduit de 70 à 83 % les apports en phosphore et azote inorganiques aux lagunes, initiant un processus de restauration écologique. Cette thèse vise à mieux comprendre les processus de restauration des lagunes méditerranéennes au travers de l’étude des trajectoires d’évolution des communautés phytoplanctoniques.L’analyse de 14 ans de données de 2000 à 2013 a permis de montrer que la restauration des lagunes a entrainé une amélioration de la qualité de l’eau principalement liée à la réduction drastique de la biomasse phytoplanctonique. Cette réduction a illustré la chute des abondances de Diatomées (3-5 µm), qui étaient particulièrement favorisées par les apports nutritifs diffus provenant des effluents. L’analyse des trajectoires des communautés phytoplanctoniques depuis la réduction des apports a mis en évidence une modification de leur composition exprimée par une hausse des abondances des Algues vertes et des Dinophytes. Cette modification reflète le changement de l’origine et de la forme des nutriments disponibles induit par la re-oligotrophisation. Elle traduit l’importance des flux d’ammonium et de phosphates sédimentaires dans les lagunes en voie de restauration, pour lesquels les Algues vertes sont très compétitives, et l’importance des stocks de matière organique favorisant les espèces mixotrophes. Le picophytoplancton qui dominait exclusivement les communautés est aujourd’hui transitoirement remplacé par le nano- et le microphytoplancton au cours des efflorescences saisonnières. La variabilité saisonnière de la diversité taxonomique et fonctionnelle (taille cellulaire, régime trophique, croissance) des communautés phytoplanctoniques de deux lagunes du complexe des étangs palavasiens aux niveaux trophiques contrastés a été approfondie, et comparée à celle d’une lagune oligotrophe. Cette analyse a mis en évidence des particularités des communautés, témoignant de fonctionnements écologiques distincts principalement liés à la dégradation des lagunes par l’eutrophisation. Les résultats de cette thèse indiquent que les processus de restauration restent inachevés. La biomasse phytoplanctonique tend à ré-augmenter depuis 2012 en réponse à des conditions climatiques favorables. Le phytoplancton des lagunes palavasiennes réponds toujours fortement à un pulse nutritif, illustrant la vulnérabilité de ces lagunes vis-à-vis de l’enrichissement d’origine anthropique. / Located at the interface between marine and continental systems, coastal lagoons are among the most diverse and productive ecosystems. These semi-enclosed ecosystems are very vulnerable to nutrient enrichment. In the Languedoc-Roussillon region, anthropogenic pressures have profoundly damaged the coastal lagoons, especially those belonging to the Palavasian complex close to Montpellier. The latter lagoons have been affected by high nutrient loadings from the sewage treatment plant of the Montpellier agglomeration. This resulted in a trophic gradient among the eight lagoons in the complex, from mesotrophy to hypertrophy, with altered primary producer communities by favoring the predominance of the phytoplankton compartment.The phytoplankton responds very fast to environmental variability. The high specific and functional diversity of the phytoplankton carries information regarding the different ecological processes and ecosystem functioning. Hence, phytoplankton has been widely used as an efficient indicator of aquatic ecosystems functioning.In December 2005, the effluents responsible of the eutrophication of the Palavasian lagoons were diverted into the Mediterranean Sea. This measure resulted in a reduction of the inorganic phosphorous and nitrogen loadings to the lagoons from 70 to 83 %, respectively, and initiated a process of ecological restoration. This thesis aimed to improve the understanding of the restoration process of Mediterranean coastal lagoons by studying phytoplankton communities’ trajectories.The analysis of a database comprising fourteen years of observations from 2000 to 2013 established that the restoration of coastal lagoons gave rise to an improvement of the water quality, linked to a drastic reduction of phytoplankton biomass. The time series showed a sharp drop of the Diatoms (3-5 µm), which before the diversion had been particularly enhanced by the nutrient inputs from the effluents. The analysis of phytoplankton trajectories since the nutrient inputs reduction showed a modification of phytoplankton community composition characterized by an increase of the abundances of Green algae and Dinophytes. This modification reflects the change of the origin and the form of available nutrients caused by the re-oligotrophication. It especially emphasizes the importance of benthic fluxes of phosphate and ammonium, for which Green algae are the most competitive. In addition, the benthic stocks of organic matter may represent a resource for mixotrophic species. Picophytoplankton, which was exclusively dominant in the Palavasian lagoons before the diversion, is now temporarily replaced by nano- and microphytoplankton during seasonal blooms. This is related to their specific strategies to acquire and use nutrients. The seasonal variability of taxonomic and functional phytoplankton diversity (cell size, trophic regime, growth) of two lagoons from the Palavasian complex with contrasted trophic status was studied in more detail, and compared to that of an oligotrophic lagoon. This study showed some particularities of the phytoplankton communities to fit to distinct ecosystem functioning, which can be linked to the degradation caused by eutrophication. The restoration is still unfinished today. The phytoplankton biomass increases since 2012 in response to suitable climatic conditions. The phytoplankton of the Palavasian lagoons still quickly responds to a nutrient pulse, highlighting the lagoon vulnerability to an anthropogenic nutrient input.

L’activité érosive des badlands marneux des Alpes du Sud présente des conséquences négatives pour l’homme qui a ainsi cherché à restaurer ces terrains dès le XIXème siècle. Depuis une dizaine d’années, une stratégie d’ingénierie écologique y est développée et se concentre sur les lits de ravines, pierres angulaires de leur restauration. La question appliquée à la base de ce travail de thèse est d’identifier comment l’implantation d’ouvrages de génie écologique dans lelit de ravines marneuses érodées favorise leur restauration écologique sur le long terme.L’objectif de recherche associé à cette question est de mieux comprendre comment des communautés végétales interagissent avec la restauration des sols de lits de ravines érodées sur le long terme. Nous avons fait l’hypothèse que les traits végétaux des plantes à l’échelle de communautés constituent un point d’entrée pertinent pour étudier ces interactions. Dans la première partie, nous avons utilisé les traits comme un outil de compréhension de l’effet mécanique des plantes sur les dynamiques géomorphologiques des lits de ravines en cours de restauration. Nous avons notamment montré que les traits permettent d’expliquer la capacité de communautés végétales implantées à favoriser la formation d’amas sédimentaires dans le lit des ravines durant la première décennie post-travaux. Dans la deuxième partie, nous nous sommes intéressés à l’évolution potentielle sur le long terme (centaine d’années) des propriétés de ces amas, constituant des sols en devenir. Nous avons montré que la diversité ainsi que les valeurs dominantes des traits végétaux influencent les propriétés de ces sols, notamment la stabilité des agrégats et la fertilité des sols. En plus d’être un outil de compréhension, nous montrons que cette utilisation des traits constitue un outil pour guider les actions de restauration de badlands via l’implantation d’ouvrages de génie écologique, en apportant des éléments sur le devenir géomorphologique et écologique post-travaux des systèmes sol-plante de lits de ravines. / In the French Southern Alps, severe erosion in marly badlands shows negative consequencesfor human populations, who worked to restore these terrains since the XIXth century. For adecade, an ecological engineering strategy is developed and focuses on gully beds, cornerstonesof their restoration. The operational question at the root of this PhD project is to identify towhat extent ecological engineering structures implanted in marly gully beds can foster theirlong-term ecological restoration. The scientific objective related to this question is to betterunderstand how plant communities interact in the long-term with the restoration of soils ingully beds. We hypothesized that plant traits at the community scale is a relevant entry point tostudy these interactions. In the first part, we used traits as a tool to study the mechanical effectof plants on geomorphological dynamics in gully beds under restoration. In particular, weshowed that traits enable us to explain the capacity of plant communities to favor theaccumulation of sediment mounds in gully beds during the first decade after ecologicalengineering works. In the second part, we concentrated on the potential long-term (century)evolution of the properties of these sediment mounds, in the process of becoming real soils. Weshowed that both trait diversity and dominant values of traits interacted with the properties ofthese soils, such as soil aggregate stability and soil fertility. With a strong multidisciplinaryapproach, this work provides results and insights on the interactions between plant traits andecosystem functioning in the specific case of highly eroded semi-natural ecosystems. It alsocontribute to set tools to restore badlands via ecological engineering works, by providinginformation about the long-term geomorphological and ecological evolution of soil-plantsystems in restored gully beds.

O presente exercício reflexivo visa fazer uma análise do papel político desempenhado por César Augusto durante a construção, a consolidação e a legitimação do sistema político do Principado romano. Tomaremos como base analítica os discursos e as ações de Augusto na cena política romana em prol da restauração da República. Para tanto, propomo-nos abordar o modo como o príncipe se apropriou da artimanha de construção dos estereótipos de seus rivais, Marco Antônio e Cleópatra, no intuito de elevar sua própria posição na cena política romana. A forma como ele se utilizou de discursos do eu e do outro permeia nosso olhar, sobretudo com relação ao mundo oriental que serviu como elemento num plano discursivo e prático de difamação de seus rivais e de apresentação deles como uma ameaça à República romana, a qual ele pretendia salvaguardar e elevar aos melhores tempos. / This reflective exercise aims to analyze the political role performed by Caesar Augustus during the construction, consolidation and the legitimacy of the political system of the Roman Principality. We will take as analytical basis the discourses and actions of Augustus in the Roman political scene on behalf of restoration of the Republic. Therefore, we propose to board the way how the Prince appropriated the trick of construction of stereotypes of his rivals, Marc Antony and Cleopatra, in order to raise his own position in the Roman political scene. The way he used speeches of me and other permeates our gaze, especially concerning the Eastern world that served as an element in a discursive and practical plan to defamation his rivals and their presentation as a threat to the Roman Republic, which he intended to safeguard and raise the best times.

Este trabalho teve como objetivo, analisar os processos utilizados na coleta de sementes e produção de mudas florestais de viveiros da região da bacia do rio Piracicaba do Estado de São Paulo e adjacentes, e o grau de conservação da biodiversidade existente destas práticas. Esta análise foi realizada a partir de levantamentos à campo, com a aplicação de questionário semi-estruturado, em 22 viveiros da região da bacia do rio Piracicaba, principalmente com ênfase no número de matrizes coletadas por espécies, formas de obtenção de sementes, espécies utilizadas, dificuldades encontradas no setor e alternativas visando aumento da biodiversidade. A maioria dos viveiros executa a coleta e compra de sementes e aproximadamente metade também troca sementes, sendo que esta troca é esporádica e apenas com outros viveiros da região. O número médio de espécies florestais produzidas entre os viveiros em 2009 foi de 149 espécies, sendo que 94% dos viveiros produzem mais de 80 espécies. Do total de 516 espécies produzidas pelos viveiros, 19% são espécies exóticas do Brasil. Da lista de espécies recomendada pela Secretaria do Meio Ambiente de São Paulo para plantios heterogêneos, 416 das 701 espécies listadas não foram produzidas por nenhum viveiro em 2009, porém, foram produzidas outras 135 espécies nativas do Brasil. Dos viveiros que coletam sementes, 48% possuem marcação e banco de dados de matrizes, 90% afirmam coletar apenas de fragmentos da região, 95% coletam em áreas restauradas e 86% coletam em áreas urbanas. Metade dos entrevistados tem conhecimento sobre a importância de se coletar sementes de um grande número de matrizes como é recomendado pela literatura, mas apenas 19% afirmaram ser para aumento da diversidade genética das espécies. Quanto à média de matrizes que são coletadas para cada espécie, apenas um viveiro afirmou coletar mais de 12 matrizes por espécie. Nas análises de correlação, a variável média de matrizes coletadas para cada espécie por viveiro apresentou moderada correlação positiva entre a variável marcação e banco de dados de matrizes e de moderada correlação negativa com a variável dos viveiros coletam em área urbana. Também foi encontrada uma moderada correlação positiva entre os viveiros que possuem marcação e banco de dados de matrizes e a quantidade de mudas produzidas. A maioria dos entrevistados (91%) afirmou que participariam de um programa de troca e mistura de sementes, visando aumentar a diversidade na produção de mudas, sendo que destes, 40% aceitariam pagar por este tipo de serviço. Para se contornar o baixo uso da diversidade intra específica nos viveiros entrevistados, torna-se necessário um maior esforço para conscientização e educação dos envolvidos na coleta de sementes e produção de mudas nativas, ressaltando-se a importância da diversidade inter e intra específica das espécies e as conseqüências do uso da baixa diversidade, além da importância do uso de espécies nativas regionais na restauração florestal. Já quanto ao uso da diversidade inter específica, foi observada uma alta diversidade de espécies nos viveiros, reflexo da demanda por alta diversidade nos plantios, que é estimulada pela legislação estadual. / The goal of this work was to assess the main process associated with tree seed collection and seedling production in nurseries within and in the adjacencies of the Piracicaba river basin in the state of Sao Paulo. The degree of the existing biodiversity conservation in these practices is also investigated. This analysis is based on a field survey where semi-structured questionnaires were applied to 22 nurseries in the Piracicaba river basin region, considering the main factors: number of mother trees collected, ways of obtaining seeds, species used, difficulties in the process, and alternatives in order to increase biodiversity. Most of the nurseries collect and buy seeds, and approximately half of the nurseries also exchange seeds; however, exchanging seeds is infrequent and only happen among local nurseries. The average number of species produced by the surveyed nurseries in 2009 was 149, and 94% of the nurseries produced more than 80 species. A total of 516 species were produced by the surveyed nurseries where 19% are exotic species from Brazil. Among the 701 species recommended by the state of Sao Paulo Secretary for the Environment, 416 were not produced by any of the surveyed nurseries; in spite of that, 135 Brazilian native species that were not listed were produced. Among the nurseries that collect seeds, 48% tag and keep a data basis of the mother trees, 90% collect only in forest fragments within the nurseries area, 95% also collect from restored areas, and 86% collect seeds from urban areas. Although half of the surveyed nurseries recognize that it is important to collect seeds from a large number of mother trees, as recommend by the literature, only 19% understand that a larger number of mother trees would increase genetic diversity. Regarding the average number of mother trees, only one nursery collects from more than 12 mother trees per specie. The correlation analyses show a moderate positive correlation between the average of mother trees collected in each nursery and whether the nursery tags and keeps a data basis of mother trees, and a moderate negative correlation between the average of mother trees collected and whether the nursery collect seeds from urban areas. In addition, tagging and keeping a data basis is highly correlated with the total number of tree seedlings that are produced. Most surveyed nurseries (91%) would agree to participate in a program to exchange and mix seeds in order to increase the tree seedling diversity, and 40% of these would also agree with paying for such program. To address the issues related to the use of few mother trees, it is necessary to work on awareness and education of the professionals that collect and produce native tree seedlings. More specifically, in addition to the recommendation of using regional native species, it is necessary to emphasize the importance of both inter and intra species diversity as well as on the negative consequences of poor diversity. Regarding the diversity of species produced, it was found that a large number of different species are produced by the surveyed nurseries, mostly due to the demand for diversity, stimulated by current state laws.

La perte d'habitat, les obstacles à la dispersion et les déclins de plusieurs populations animales soulignent le besoin de techniques d’intervention permettant le maintien et le rétablissement des populations en milieu naturel. Au cours du XXe siècle, la translocation, la libération intentionnelle d’animaux dans le but d’établir ou d’augmenter les effectifs d’une population, est devenue une technique importante dans la gestion des populations animales. Toutefois, les coûts qui y sont associés sont élevés et relativement peu d’études en ont examiné les conséquences comportementales, démographiques et génétiques en milieu naturel. Afin de mieux comprendre les déterminants du succès de cet outil et d’en améliorer les résultats, plusieurs experts ont souligné l’importance de réaliser des suivis post-translocations détaillés au niveau populationnel et individuel. Mon projet visait à contribuer à la conservation et à la gestion du mouflon d’Amérique (Ovis canadensis) et d’espèces similaires par une meilleure compréhension des processus relatifs à la translocation en milieu naturel. Les objectifs spécifiques de mon projet étaient de : i) quantifier les processus d’acclimatation et d’intégration sociale de mouflons d’Amérique déplacés lors de translocations; et de ii) déterminer l’efficacité de la translocation à des fins de rétablissement génétique et démographique d’une population affectée par un problème de consanguinité. Pour ce faire, j’ai utilisé les données du suivi à long terme de la population de mouflons d’Amérique de Ram Mountain, en Alberta. Cette population isolée a subi un déclin drastique à la fin du XXe siècle et a eu beaucoup de difficultés à récupérer par la suite. L’augmentation de la consanguinité dans la population et l’absence d’évidence suggérant un rétablissement sans intervention justifiaient l’utilisation de translocations. Ainsi, entre 2002 et 2015, 37 mouflons d’Amérique provenant d’une même population source ont été relocalisés à Ram Mountain. Utilisant une approche intégrée à l’aide de données sociales, comportementales et morphologiques, j’ai quantifié de manière efficace comment les mouflons relocalisés s’intègrent socialement dans leur nouvelle population et s’acclimatent à leur nouvel environnement. Utilisant des données génétiques, démographiques et morphologiques, j’ai analysé le déclin et le rétablissement génétique dans une population suite à un important déclin démographique et à un programme de renforcement. De plus, j’ai testé l’hypothèse selon laquelle les croisements entre individus résidents et relocalisés auraient comme conséquence une augmentation de la valeur adaptative des agneaux dans une population touchée par un problème de consanguinité. J’ai détecté une assimilation progressive des mouflons relocalisés dans la population locale grâce à une augmentation graduelle de la centralité à l’intérieur des réseaux sociaux et à une diminution de l'évitement des résidents. Les mouflons déplacés ont passé plus de temps en vigilance et ont augmenté leur vigilance lorsqu’ils formaient des groupes avec un plus grand nombre de résidents locaux. Les mouflons déplacés ont accumulé significativement moins de masse que les résidents pendant le premier été suivant leur translocation. Mes résultats suggèrent que les mouflons relocalisés ont besoin d'au moins un an pour s'habituer à leur nouvel environnement et s'intégrer socialement à la population locale. Mes résultats présentent une rare description des processus sociaux et des coûts physiologiques relatifs à la libération d’animaux ainsi qu'une des premières utilisations des réseaux sociaux pour décrire l’intégration sociale d’individus relocalisés lors d’un programme de renforcement de population en nature. La chute drastique de la taille de la population à la fin du XXe siècle a entraîné une importante perte d'hétérozygotie et de diversité allélique sur deux générations. Après l’ajout de mouflons provenant d'une autre population, les agneaux descendants de mouflons relocalisés étaient significativement plus lourds au sevrage et avaient une survie plus élevée à l’âge d’un an par rapport aux agneaux non-hybrides. L’hétérozygotie et la diversité allélique à l'échelle de la population ont significativement augmenté après deux générations grâce à l'ajout d’allèles provenant d'individus relocalisés. Mes résultats appuient une littérature croissante en faveur de la translocation en tant qu'outil de conservation en milieu naturel. Dans l’ensemble, mon projet montre que le suivi post-translocation des individus relocalisés et des populations ciblées, autant au niveau comportemental que génétique, peut fournir des indices sur le succès ou l'échec des programmes de renforcement. L’utilisation d’une approche intégrée combinant différentes composantes de la translocation est une avenue prometteuse pour l’étude des translocations en milieu naturel.

La majorité des infections par le VIH de l’enfant sont acquises par transmission de la mère à l’enfant en période périnatale. Le fait que le système immunitaire des nourrissons soit « immature » par certains aspects et le fait que le virus transmis ait déjà échappé au contrôle de l’environnement immunitaire maternel, génétiquement proche de celui de l’enfant, sont probablement responsables du risque important que l’évolution naturelle soit extrêmement rapide lorsque l’infection est acquise en tout début de vie. En l’absence d’un traitement antirétroviral, la réplication virale va en effet se maintenir à un niveau très élevé pendant les premières années de vie chez tous les enfants et jusque 25% d’entre eux vont évoluer jusqu’au stade SIDA ou le décès durant leur 1ère année de vie. L'utilisation des traitements antirétroviraux puissants actuellement disponibles permet de réduire drastiquement la réplication virale et a profondément modifié le pronostic de l’infection par le VIH. D’une infection inéluctablement fatale, elle est devenue une affection chronique peu ou pas évolutive pour autant que le traitement antirétroviral soit pris de façon ininterrompue. Dans ce travail, nous présentons les résultats d’une étude prospective qui incluait les patients chez qui un traitement antirétroviral efficace était débuté pour la première fois. Nous avons pu démontrer que le nombre de lymphocytes CD4+ naïfs était d’autant plus rapidement reconstitué après l’initiation d’un traitement antiviral que celui-ci avait été débuté jeune. Non seulement les patients restauraient leurs nombres de cellules CD4+, et leurs cellules CD4+ naïves en particulier, mais des tests plus fonctionnels des lymphocytes (réponses lymphoprolifératives aux mitogènes) montraient également une nette amélioration sous traitement antirétroviral. Malgré cela, certaines anomalies, et en particulier l’activation des lymphocytes CD8+ persistaient après un an de traitement.Dans une étude cross-sectionnelle ayant inclus 46 patients, nous avons ensuite démontré qu’un traitement antirétroviral de longue durée débuté lorsque l’immunodépression est déjà sévère permet de récupérer des réponses lymphoprolifératives semblable à celles des progresseurs lents, y compris contre un antigène spécifique du VIH ce qui n’est généralement pas le cas chez les adultes. Toutefois, des altérations dans la sécrétion des cytokines en réponse à un mitogène (la phytohémagglutinine) persistent, et la sécrétion de cytokines après stimulation par un antigène spécifique du VIH est biaisée vers une réponse de type Th2, montrant encore une fois que si les capacités d’immunorestauration des enfants sont très importantes, des anomalies immunitaires persistent même après un traitement de longue durée lorsque le traitement est débuté à un stade avancé dans l’évolution de la maladie.Dans le contexte de l’absence d'espoir d'atteindre l'éradication du virus par la seule utilisation des drogues antirétrovirales, la caractérisation du phénotype des patients « non progresseurs » prend tout son sens. Nous avons donc axé notre travail suivant sur la caractérisation des patients chez qui la maladie progresse lentement et qui gardent une réplication virale basse sans prendre de traitement antirétroviral. Ces patients ont une faible activation et une faible différentiation de leurs lymphocytes CD4+ et un profil particulier de réponses CD4 vis-à-vis de la protéine Gag du VIH.Enfin, la dernière partie du travail décrit les bénéfices de ces traitements lorsqu’ils sont administrés très précocement (dans les 2 mois après la naissance) et le devenir à long terme de ces enfants en se basant sur la cohorte suivie au sein du CHU Saint-Pierre. L’histoire naturelle de l’infection par le VIH de l’enfant contaminé par sa mère est en effet caractérisée par une évolution bi-modale. Trois quarts des enfants infectés vont avoir une évolution comparable aux patients infectés à l’âge adultes, mais le dernier quart aura une évolution beaucoup plus rapide menant au développement d’une affection classant l’enfant au stade SIDA ou au décès dans la première année de vie. De plus, à cet âge, il y a un large recouvrement entre les valeurs des taux de lymphocytes CD4+ des enfants qui vont évoluer rapidement ou plus lentement. Nous avons participé activement à la démonstration qu’un traitement antirétroviral très précoce est très bien supporté par les nourrissons, est capable d’empêcher la réplication virale de façon durable et réduit la quantité de DNA proviral intracellulaire prévenant de ce fait les manifestations cliniques ou biologiques de l’infection. Alors que les adultes infectés par le VIH expriment quasi toujours des anticorps contre le VIH, même lorsqu’ils sont traités très précocement par une trithérapie, les enfants traités précocement deviennent souvent séronégatifs. Ils perdent les anticorps spécifiques contre le VIH transmis durant la grossesse mais n’en sécrètent pas par la suite, alors qu’ils peuvent les synthétiser dès que le traitement antirétroviral est interrompu. Ces patients traités très précocement ont un profil particulier caractérisé par un système immunitaire non altéré par l’infection par le VIH mais aussi par l’absence de défenses spécifiques contre ce virus et un réservoir viral très faible. / Doctorat en Sciences médicales (Médecine) / info:eu-repo/semantics/nonPublished

L’information visuelle est transmise de la rétine au cerveau par les cellules ganglionnaires. Il existe plusieurs types de cellules ganglionnaires, chaque type formant une mosaïque qui couvre l’intégralité de la scène visuelle. Comprendre la manière dont ces neurones encodent collectivement la scène visuelle est essentiel pour au moins deux raisons: - La manière dont une population de neurones encodent collectivement une information sensorielle reste jusqu’à aujourd’hui mystérieuse. La rétine est un système idéal pour étudier cette question: elle a en effet une structure en couches 2D qui se prête idéalement à l’enregistrement d’une population complète de neurones à grande échelle, et elle opère une transformation complexe de la scène visuelle. - Certaines maladies qui mènent à la cécité ne connaissent aujourd’hui pas de traitement. Plusieurs stratégies de restauration visuelle basées sur la stimulation directe de cellules ganglionnaires sont le sujet de recherches actives. Il pourrait être nécessaire de reproduire en imitant le code neural produit par la rétine pour optimiser les résultats de ces stratégies thérapeutiques. Au cours de ma thèse, j’ai travaillé sur deux questions complémentaires, qui sont liées à ces deux sujets respectivement. / Visual information is conveyed from the retina to the brain through ganglion cells. Ganglion cells are divided in different cell types, and each of them form a mosaic sampling the entire visual scene. Understanding how these neurons encode the visual scene is essential for at least two reasons: -It is still unclear how a population of neurons collectively code sensory information. The retina is an ideal system to study this issue: while it performs complex processing on the visual stimulus, its 2-D structure makes it suitable for large-scale recordings of complete populations of neurons. -Some diseases leading to blindness have currently no cure. Several visual restoration strategies based on the direct stimulation of ganglion cells are currently being investigated. Emulating the retinal code may be necessary to optimize the results of these therapeutic approaches. In my thesis I have worked on two complementary questions, that are related to these two topics.

L'exposition à la chaleur, notamment lors d'incendies est particulièrement dévastatrice et dans le cas d'objets du patrimoine elle entraine la destruction de tout ou partie de ces témoins du passé. Notre étude porte sur les effets de la chaleur sur le cuir, matériau largement présent dans les collections patrimoniales.A ce jour, aucune méthode de restauration permettant d'inverser les effets de la chaleur n'a été développée. Le premier objectif de notre étude est d'évaluer les effets d'une exposition à une chaleur sèche par une caractérisation systématique d'échantillons avant et après exposition à la chaleur. Des échantillons modèles, issus d'une même peau de veau de tannage végétal connu, ont été utilisés et caractérisés à différentes échelles structurales par un large ensemble de techniques physico-chimiques et biochimiques avant et après chauffage.Au-delà du brunissement et de la rétraction visible du cuir, la chaleur induit de nombreuses altérations au niveau de la structure du matériau, notamment, une perte de masse, une fonte des structures cristallines, une augmentation de l'hydrophobie ainsi qu'une rigidification. Une partie de ces changements sont attribués à l'agrégation protéique mise en évidence par cette recherche.Le second objectif était de développer une méthode de restauration innovante basée sur l'utilisation de molécules biologiques afin de respecter la nature de l'objet. Des enzymes de type protéase, capables de rompre les agrégats protéiques ont été utilisées. Un des défis est d'apporter suffisamment d'eau, nécessaire pour l'activité de l'enzyme, sans mouiller le cuir pour éviter tout dommage supplémentaire. Plusieurs supports d'application de la protéase ont été testés. Avec une émulsion enzymatique les résultats obtenus ne mettent en évidence ni coloration, ni rétraction et dans certains cas un gain de souplesse est observé. Des résultats encourageants ont également été obtenus dans le cas d'un cuir de veau historique (XIXe siècle). Des mesures complémentaires ont fait attribuer ces propriétés principalement à l'émulsion elle-même, cependant des mesures à plus long terme semblent mettre en évidence un effet positif de l'enzyme sur le gain de souplesse. Sous réserve de nouvelles caractérisations à des temps plus longs, le traitement élaboré pourrait constituer un nouveau support de restauration par voie biologique.Mots clefs : cuir - dénaturation thermique – agrégation protéique – bio-restauration – protéases / Heat, induced by fire, is particularly devastating for cultural heritage objects as it causes the destruction of all or part of these witnesses of the past. In this study, we focused on leather, a material largely present in heritage collections. Until now, no restoration method has been developed to treat the damaging effects of heat.The first aim of our study was to evaluate the effects of dry heat on leather samples through a systematic characterization. Model samples from a calf skin vegetable tanned in known conditions were used and the consequences of heat exposure was characterized at different structural scales using a range of physical, chemical and biochemical methods.Besides the visible browning and shrinkage of leather, heat induces many changes including a loss of mass, the melt of the crystalline regions, an increase in both hydrophobicity and rigidity. Some of these changes result from the protein aggregation induced by exposure to heat and evidenced by our research.Our second goal was to develop an innovative restoration method based on the use of biological molecules in order to respect the nature of the object. Enzymes such as proteases, able to hydrolyze protein aggregates, were used. One of the challenges was to provide the water necessary for the enzyme activity without wetting the leather surface in order to avoid further damage of the leather. Several enzyme supports were tested. The use of an enzymatic emulsion reveals neither darkening nor retraction and in some cases a flexibility gain is observed. Encouraging results were also obtained in the case of an ancient book cover made from calfskin and dated from the nineteenth century. Additional measurements lead to attribute its effect mainly to the emulsion itself, however longer-term measurements appear to show a positive effect of the enzyme on the flexibility gain. Although further characterizations on the long term are required, the treatment may constitute a new support for leather bio-restoration.Keywords: leather – thermal denaturation – protein aggregation – bio-restoration - proteases

Bâtiments partiellement détruits mais dont les vestiges n’ont pas disparu, les ruines étaient une réalité présente dans les villes du monde romain. Ce travail de recherche se propose d’étudier la manière dont les populations de l’empire, les autorités municipales ou le pouvoir romain percevaient et géraient les édifices vétustes aussi bien que les amas de décombres résultant des destructions. On s’intéressera au quotidien des villes confrontées au délabrement du bâti ainsi qu’aux dévastations exceptionnelles entraînées par des catastrophes, de l’époque augustéenne jusqu’à la fin du IVe siècle. À travers un examen approfondi des sources littéraires et de la documentation juridique et épigraphique, l’objectif est d’analyser les pratiques liées aux ruines, les normes qui les encadraient et les représentations qui permettent de les comprendre. On montrera que les ruines n’ont pas leur place dans la cité : les démolitions doivent toujours être évitées tandis que les bâtiments dégradés doivent être restaurés. L’esthétique des ruines mais aussi leur valorisation comme objet de mémoire sont absentes des textes littéraires et documentaires latins. Au contraire, les bâtiments délabrés et les villes détruites sont associés à la laideur et à la mort et donnent l’image d’un temps de troubles. Les ruines forment alors un contre-modèle, qui permet de révéler, par contraste, l’idéal d’une architecture qui participe à l’ornementation de la cité et contribue à l’âge d’or garanti par l’empereur. / : Partially destroyed buildings, the remains of which persist in time, ruins were part of the reality of Ancient Rome. This research aims at investigating the way the populations of the Empire, the local magistrates or the Roman central power perceived and managed dilapidated buildings as well as the piles of debris resulting from destructions. This study will focus on the everyday life of cities faced with the dilapidation of buildings as well as with exceptional devastations caused by catastrophes, from the Augustinian age to the end of the fourth century A.D. Through a thorough study of literary, legal and epigraphic sources, the purpose is to analyze how ruins were dealt with, taking into account the rules and norms which applied to them, as well as the mental representations which enabled their understanding. We shall demonstrate that ruins have no place in the city. Demolitions should always be avoided, and dilapidated building should be restored. Any aesthetic aspect of the ruins, or their use as places of memory, are absent from Latin texts. On the contrary, dilapidated buildings and destroyed cities are associated with death and unsightliness and reflect a troubled era. Ruins constitute a counter-model which enables the revelation, by contrast, of an ideal architecture which contributes to the ornamentation of the city and to the elaboration of the Golden Age announced by the Emperor.

La restauration est un outil de géologie structurale qui a prouvé son utilité dans divers domaines, tels que la compréhension des mécanismes de déformation, la prédiction de fractures, la validation de modèles structuraux, etc. En 3D, l'approche géomécanique est particulièrement prometteuse, puisqu'elle permet non seulement de connaître la déformation en tout point du modèle, mais aussi de prendre en compte les contrastes de propriété des matériaux. Cependant, elle nécessite un maillage tétraédrique du modèle dont la génération est à ce jour très difficile dans le cas de modèles à géométrie complexe (réseaux de failles interconnectés ou à faible rejet, discordances ou amincissements de couche). La modélisation implicite consiste à représenter les horizons stratigraphiques par des isovaleurs de propriété, ce qui permet de s'affranchir de la plupart des contraintes de maillage. Dans une première partie, une méthode de restauration géomécanique 3D applicable à des modèles implicites est présentée. La deuxième partie de ce travail s'intéresse à l'application de celle-ci à des cas complexes. Dans ce cadre, de nouvelles lois de comportement géomécaniques et conditions aux limites ont été développées, et des études de sensibilité à ces paramètres ont été menées. Ces travaux sont illustrés sur un bassin pétrolier complexe situé dans le delta du Niger où la restauration permet de définir une chronologie de déformation. Enfin, la troisième partie présente l'intégration d'une méthode de décompaction isostatique en volume au sein du processus de restauration 3D. Appliquée au synclinal des grès d'Annot (SE de la France), cette méthode permet de caractériser l'histoire de déformation et d'enfouissement du bassin / Restoration is a structural geology tool which usefulness has been shown in various fields, such as the understanding of deformation mechanisms, fracture forecasting, or structural models validation. In 3D, the geomechanical approach is particularly promising as it allows the deformation at any point in the model to be infered, but also to account for material property contrasts. However, it requires to generate a tetrahedral mesh, a step that may be, so far, extremely difficult, particularly when the geometry of the model is complex (interconnected faults, faults with small throws, unconformities or layer pinch-out).Implicit modeling consists in representing stratigraphic horizons by property isovalues, allowing most meshing issues to be overcame. In a first part, a geomechanical restoration method suitable for implicit models is presented. The second part of this work focuses on the application of this method to complex cases. New behavioral laws and boundary conditions have been developed, and sensitivity studies to these parameters have been performed. This work is applied to a petroleum basin located in the Niger delta toe where the restoration allows the structural evolution of the system to be constrained. The last part presents the integration of a 3D isostatic decompaction method into the 3D restoration process. Applied to the Annot Sandstones syncline (SE France), this method allows to characterize the deformation and burial history of the basin