Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-01-26T09:40:18Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Tâmera Nunes Vieira Almeida - 2011.pdf: 3539556 bytes, checksum: 0d3229ddfa2244e57c236faf04b328e8 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-01-26T09:41:12Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Tâmera Nunes Vieira Almeida - 2011.pdf: 3539556 bytes, checksum: 0d3229ddfa2244e57c236faf04b328e8 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-01-26T09:41:12Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Tâmera Nunes Vieira Almeida - 2011.pdf: 3539556 bytes, checksum: 0d3229ddfa2244e57c236faf04b328e8 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2011-04-16 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / The group A rotaviruses (RVA) are recognized as the main viral agents of acute childhood gastroenteritis, and due to the high morbidity-mortality rates vaccination has being considered the best alternative for prevention and control of RVA. In Brazil, in March, 2006 the Ministry of Health included the human rotavirus oral vaccine – VORH, which was developed from a monovalent attenuated strain G1P[8], in the National Immunization Program. In this context, the present study aimed at the investigation of the occurrence of RVA infections in the city of Goiânia after the implementation of the VORH, as well as the comparative analysis of the RVA circulating strains during the pre- and post-vaccination periods. For the RVA identification, 65 fecal samples obtained from children with acute gastroenteritis, in the period from 2008 to 2009, were tested by an immunoenzymatic assay and by polyacrilamide gel electrophoresis, with a total detection rate of 16.9% (11/65). After molecular characterization, the G2 genotype was identified in 10 samples, and four of those were considered as G2P[4] genotype. For the comparative analysis, the G2P[4] samples, as well as other 15 samples, obtained in the pre- and post-vaccination periods, were submitted to genomic sequencing of the coding regions for the proteins VP6, VP7 and NSP4. The molecular characterization of the VP7 gene showed that the G1 samples belonged to lineages I and II, sublineages d and b, respectively, and that all the G2 samples belonged to lineage II, with the differentiation of three sublineages, a, c and d, which were correlated with the collection periods. Regarding the VP6 genogroups and the NSP4 genotypes, a predominance of genogroup I and genotype A in postvaccination period was observed, whereas a predominance of genogroup II and genotype B was identified in the period before de vaccine implementation. The association between the G and P genotypes with VP6 genogroups and NSP4 genotypes revealed the predominance of the G1-P[8]-II-B combination in the pre-vaccination period, and the association G2-P[4]-I-A in the post-vaccination period, which suggests the substitution of these combinations after the implementation of the VORH. / Rotavírus do grupo A (RVA) são reconhecidos como os principais agentes virais da gastroenterite aguda infantil e, devido aos relevantes índices de morbi-mortalidade, a vacinação tem sido considerada a melhor alternativa para a prevenção e o controle de RVA. No Brasil, em março de 2006 o Ministério da Saúde adicionou ao Programa Nacional de Imunização a Vacina Oral de Rotavírus Humano (VORH), a qual foi desenvolvida a partir de uma amostra monovalente atenuada G1P[8]. Neste contexto, o presente estudo objetivou a investigação da ocorrência das infecções por RVA na cidade de Goiânia após a implantação da VORH, bem como proceder a uma análise comparativa das amostras de RVA circulantes nos períodos pré e pós-vacinal. Para identificação de RVA, 65 espécimes fecais coletados no período de 2008 a 2009 de crianças com gastroenterite aguda, foram submetidos ao Ensaio Imunoenzimático e Eletroforese em Gel de Poliacrilamida, sendo observado um índice total de detecção de 16,9% (11/65). Após caracterização molecular, o genótipo G2 foi identificado em 10 amostras, sendo que quatro destas foram definidas como G2P[4]. Para análise comparativa, as amostras G2P[4], bem como outras 15 amostras coletadas nos períodos pré e pós-vacinal, foram submetidas ao sequenciamento genômico para as regiões codificantes das proteínas VP6, VP7 e NSP4. A caracterização molecular do gene de VP7 mostrou que as amostras G1 pertenciam às linhagens I e II, sublinhagens d e b, respectivamente, e que todas as amostras G2 pertencem à linhagem II, com a diferenciação de três sublinhagens, a, c e d, as quais foram correlacionadas com os períodos de coleta. Considerando os genogrupos de VP6 e genótipos de NSP4 identificados, observou-se predominância para genogrupo I e genótipo A no período pós-vacinal, enquanto, genogrupo II e genótipo B foram identificados com maior frequência antes da implantação da vacina. A associação entre os genótipos G e P com genogrupos de VP6 e genótipos de NSP4 revelou predominância da combinação G1-P[8]II-B no período pré-vacinal e da associação G2-P[4]-I-A no período pós-vacinal o que sugere uma substituição destas combinações após a implantação da VORH.

Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-11-24T12:08:10Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_RotavirusGrupoAssociado.pdf: 2321435 bytes, checksum: 5d7f4e71d83f157a0d44069765101d96 (MD5) / Approved for entry into archive by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2017-12-01T14:57:13Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_RotavirusGrupoAssociado.pdf: 2321435 bytes, checksum: 5d7f4e71d83f157a0d44069765101d96 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-12-01T14:57:13Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_RotavirusGrupoAssociado.pdf: 2321435 bytes, checksum: 5d7f4e71d83f157a0d44069765101d96 (MD5) Previous issue date: 2014-07-30 / A gastrenterite aguda (GA) é uma das principais causas de morbidade e mortalidade, sendo o rotavírus um dos agentes causadores de GA, o qual é responsáveis por cerca de 38,3% dos casos de hospitalizações, resultando em 197.000 óbitos de crianças menores de cinco anos anualmente, principalmente nos países em desenvolvimento. O rotavírus pertence à família Reoviridae, gênero Rotavirus, possuem genoma dividido em 11 segmentos de RNA de fita dupla (dsRNA) e é classificado em oito grupos/espécies sorológicos distintos (A ao H). O mais comumente encontrado pertence ao grupo/espécie A (RVA), contudo o rotavírus do grupo/espécie C (RVC) vem assumindo importância nas gastrenterites e, geralmente, se relaciona a quadros de diarreia infantil de curso autolimitado, com possível transmissão de suínos. Este estudo visou detectar o RVC em crianças menores de três anos de idade hospitalizadas com gastrenterite aguda em Belém, Pará. Para tanto, de maio de 2008 a abril de 2011, uma vigilância intensiva para gastrenterite aguda (GA) foi realizada em um hospital pediátrico de Belém. Foram coletadas amostras de fezes de crianças com GA, das quais 279 amostras apresentavam resultados negativos para RVA e/ou norovírus (NoV). Nestas, o ácido nucléico foi extraído a partir da suspensão fecal pelo método de sílica sendo reversamente transcrito e amplificado por reação em cadeia da polimerase (PCR), utilizando os pares de iniciadores G8S/G8A para VP7; C1/C4 para VP6; T434/T435 para VP4; e NSP4(+)/(-) para NSP4. O Controle positivo (protótipo Cowden) e o negativo (água) foram utilizados em todos os testes. Foi realizado o sequenciamento automático e a análise filogenética subsequente. Os dados foram analisados através de testes estatísticos de qui-quadrado partição, exato de Fisher e regressão logística simples com valores de p ≤ 0,05. A positividade para o RVC foi de 2,1% (6/279) pelo EGPAe RT-PCR. Posteriormente, foram submetidas ao sequenciamento automático e classificadas nos genótipos I2, G4, P[2] e E2 para os genes VP6, VP7, VP4 e NSP4, respectivamente. A frequência de RVC foi maior na faixa etária de 24 a 36 meses (5,7%) com p estatisticamente significativo (p = 0,0493). O gênero mais acometido pelo RVC foi o masculino com frequência de 83,3%. Os sinais e/ou sintomas clínicos mais frequentes em crianças com RVC foi febre (80%), vômito (83,3%) e desidratação (100%). Portanto, neste estudo foi possível a caracterização e análise filogenética de VP6, VP7, VP4 e NSP4 desse vírus em crianças hospitalizadas com gastrenterite, fornecendo dados importantes quanto à circulação desses agentes em crianças hospitalizadas com gastrenterite na região metropolitana de Belém, Pará. / Acute gastroenteritis (AG) is a major cause of morbidity and mortality of children worldwide, being rotavirus one of the causative agents of AG, responsible for about 38.3% of the cases of hospitalization, resulting in 197,000 deaths of children under five years annually, mostly in developing countries. Rotavirus belongs to the family Reoviridae, genera Rotavirus, have genome composed by 11 segments of double-stranded RNA (dsRNA) and are classified into eight groups/different species (A to H).The most commonly found belongs to the group/species A (RVA), however rotavirus group/species C (RVC) has assumed importance in gastroenteritis and usually relate to self-limiting course of childhood diarrhea, with possible transmission from pigs. This study aims to detect the RVC in children less than three years of age hospitalized with acute gastroenteritis in Belém city, Pará state, Amazon region, Brazil. From May 2008 to April 2011, an intensive surveillance for AG was performed in a pediatric hospital of Belém in children with AG, of which 279 samples had negative results for RVA and norovirus. Accordingly, the nucleic acid was extracted from the fecal suspension with silica by the method of reverse transcribed and amplified by polymerase chain reaction (PCR) using primer pairs specific for the VP7 gene G8S/G8A; C1/C4 for VP6; T434/T435 for VP4; and NSP4 (+)/(-) specific for NSP4 gene. The positive control (prototype Cowden) and negative control (water RNAse free) were used in all tests. Automatic sequencing and subsequent phylogenetic analysis were performed. Data were analyzed using statistical chi-square partition, Fisher's exact test and simple logistic regression with p values ≤ 0.05. The positive rate for RVC was 2.1% (6/279) by PAGE and RT-PCR and posteriorly, submitted to automated sequencing and classified in genotypes I2, G4, P[2] and E2 for VP6, VP7, VP4 and NSP4 genes, respectively. The frequency of RVC was higher in the age group between 24 to 36 months (5.7%) (p= 0.0493). Gender more affected by RVC was the male with a frequency of 83.3%. Signs and/or symptoms most frequent in children with RVC were fever (80%), vomiting (83.3%) and dehydration (100%). In summary, in this study it was possible the characterization and phylogenetic analysis of VP6, VP7, VP4 and NSP4 genes, providing important data regarding the presence of these agents in hospitalized children with gastroenteritis in the metropolitan region of Belém, Pará.

Submitted by Renata Lopes (renatasil82@gmail.com) on 2017-03-13T17:29:42Z No. of bitstreams: 1 andressasilvinoferreiraassis.pdf: 3364177 bytes, checksum: ff9c20080e11e36f28daf805d56ecc7e (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2017-03-13T19:33:58Z (GMT) No. of bitstreams: 1 andressasilvinoferreiraassis.pdf: 3364177 bytes, checksum: ff9c20080e11e36f28daf805d56ecc7e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-13T19:33:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 andressasilvinoferreiraassis.pdf: 3364177 bytes, checksum: ff9c20080e11e36f28daf805d56ecc7e (MD5) Previous issue date: 2016-12-19 / O tratamento de esgoto pode ser insuficiente para a completa eliminação de vírus entéricos, tais como adenovírus humanos (HAdV) e rotavírus do grupo A (RVA). Portanto, o retorno do lodo e do efluente tratado ao ambiente pode representar riscos à saúde pública. Este estudo foi conduzido para otimizar um protocolo de floculação orgânica para recuperação viral a partir de lodo de esgoto e efluente tratado, bem como realizar um monitoramento de HAdV e RVA na estação de tratamento de esgoto (ETE) de Juiz de Fora, MG. Nos estudos de otimização, foram propostas adaptações no protocolo de floculação com leite desnatado para lodo e efluente tratado, com modificações no tempo de agitação da amostra, na concentração final de leite desnatado e/ou na etapa de centrifugação. No estudo de monitoramento, esgoto bruto (P1), esgoto primário (P2), lodo (P3) e efluente tratado (P4) foram coletados bimensalmente em 2014 (durante as épocas seca e chuvosa), totalizando 96 amostras (simples e compostas). As cargas virais foram determinadas por PCR quantitativo e o bacteriófago PP7 foi usado como controle interno. Amostras de HAdV e RVA foram submetidas ao sequenciamento e a viabilidade das partículas de HAdV foi avaliada em amostras de P4. Os parâmetros físico-químicos e a contagem de coliformes termotolerantes (CT) foram determinados em cada ponto. Nos estudos de otimização, foram selecionadas duas condições que apresentaram as maiores taxas de recuperação viral no lodo (menor tempo de agitação e maior concentração de leite desnatado) e no efluente tratado (sem primeira etapa de centrifugação e com maior concentração de leite desnatado). Ambas provaram ser ferramentas úteis para pesquisa viral em amostras de campo, inclusive para a pesquisa de vírus gigantes. No monitoramento, o HAdV foi detectado em 85,4% (82/96) dos concentrados, com cargas virais variando de 3,27 x 102 a 2,42 x 106 cópias do genoma por mililitro (cg/mL), ao longo do ano. A presença de RVA foi observada em 52,1% (50/96) dos concentrados (1,38 x 103 a 3,65 x 105 cg/mL), com maior detecção na época seca. A carga viral não foi influenciada pelo tipo de amostra, sendo detectada tanto em amostras simples, quanto em amostras compostas. Todas as amostras de HAdV sequenciadas pertenciam à espécie F tipo 41 e as amostras de RVA pertenciam ao genótipo I1. O tratamento de esgoto reduziu a quantidade de matéria orgânica e sólidos, bem como a contagem de CT e as cargas virais. No entanto, a presença de HAdV e RVA foi observada mesmo após o tratamento, inclusive em amostras de efluente tratado consideradas adequadas pelas legislações atuais, com detecção de partículas infecciosas de HAdV. Foram observadas correlações positivas entre a carga viral e a demanda bioquímica de oxigênio, os sólidos sedimentáveis e sólidos suspensos totais. Os dois protocolos otimizados neste estudo podem ser facilmente adequados para uso em laboratório de rotina, podendo impulsionar o monitoramento viral nos subprodutos gerados na ETE. A carga viral detectada na ETE salienta a disseminação ambiental de RVA e HAdV e aponta o potencial do HAdV como um marcador viral de contaminação em ambientes aquáticos. / Sewage treatment may be insufficient for the complete elimination of enteric viruses such as human adenoviruses (HAdV) and group A rotaviruses (RVA). Thus, the return of sewage sludge and treated effluent to the environment poses concerns potential for public health. This study was conducted to optimize an organic flocculation procedure for viral recovery from sludge and treated effluent, and carry out a surveillance of HAdV and RVA in a wastewater treatment plant (WWTP) at Juiz de Fora, MG. In optimization studies, conditions were proposed for sludge and treated effluent with changes in the stirring time, in the final concentration of skimmed-milk and/or in the centrifugation step. In surveillance study, raw sewage (P1), primary sewage (P2), sludge (P3) and treated effluent (P4) were collected bimonthly in 2014 (during the dry and the rainy season), totaling 96 samples (simple and composite). Quantitative PCR determined viral loads and PP7 bacteriophage was used as internal control. HAdV and RVA strains were selected for sequencing, and the HAdV viability was evaluated in P4 samples. Physicochemical parameters and thermotolerant coliforms (TC) counting were determined at each point. After the optimization studies, two conditions were selected: the ones that showed the highest viral recovery rates in sludge (lower stirring time and higher concentration of skimmed-milk) and treated effluent (without the first centrifugation step and with a higher concentration of skimmed-milk). These conditions proved to be a useful tool for viral search in the field samples, including for the research of giant virus. In surveillance study, HAdV was detected in 85.4% (82/96) of the concentrated, with viral loads ranging from 3.27 x 102 to 2.42 x 106 genome copies per milliliter (gc/mL), throughout the year. RVA presence was observed in 52.1% (50/96) of the samples (1.38 x 103 to 3.65 x 105 gc/mL) with detection greater in the dry season. Viral load was not influenced by the type of sample being detected both in single samples, as in composite samples. All the sequenced HAdV strains belonged to species F type 41, and RVA strains belonged to genotype I1. Sewage treatment reduced the content of organic matter and solids, as well as the TC counts and the viral loads. However, the presence of HAdV and RVA was observed after treatment, even in samples considered adequate by current laws with detection of infectious HAdV particles. Positive correlations were observed between viral load and biochemical oxygen demand, sedimented solids and total suspended solids. Two optimized protocols in this study are easily suitable for routine laboratory use and can boost viral monitoring in by-products generated in the WWTP. Viral load detected in WWTP stress the environmental dissemination of HAdV and RVA and addressed the potential of HAdV as a virological marker of contamination in aquatic environments.