Résumé : Chez le sportif, le franchissement de plusieurs fuseaux horaires avec décalage horaire s'accompagne d'une fatigue avec somnolence diurne, d'une diminution des performances cognitives, sportives et de la vigilance. Une sieste de courte durée pourrait être une solution adaptée pour prévenir les effets du jet lag. A notre connaissance, aucune étude n'a évalué les effets d'une sieste et/ou les effets combinés du décalage horaire et d'une sieste sur les performances des athlètes.C'est pourquoi, l'objectif de cette thèse est d'étudier chez des athlètes, les effets d'une avance de phase de 5 heures (simulant un voyage transméridien vers l'Est) et d'une sieste post-prandiale de 20 minutes sur les réponses à un exercice physique de courte durée et à des tâches psychomotrices ainsi que sur le sommeil subséquent. Seize sujets jeunes, sains, de sexe masculin et sportifs (âge : 22.2 ± 1.7 ans ; taille : 178.3 ± 5.6 cm, poids : 73,6 ± 7,9 kg ; VC>2 max : 55.5 ± 9,1 ml.min.kg"' ; siesteurs non habituels) ont participé à cette étude. Aucun ne présentait de pathologie du sommeil. Chaque sujet a passé en laboratoire une nuit d'habituation et 8 nuits expérimentales dont 4 en condition normale (23H-7H, 2 nuits pré-tests et 2 post-tests) et 4 en avance de phase de 5 h ( 18H-2H, 2 nuits pré et 2 post-tests) avec enregistrement EEG continu. Après un repas standardisé au laboratoire, les sujets ont été soumis, entre 13 et 14H (condition normale), et entre 08 et 09H (condition de décalage), soit à une sieste (20 min de sommeil), soit à une période de repos en décubitus sans sommeil. A l'issue, les sujets ont réalisé un test de performance attentionnelle, évaluant 6 champs de l'attention, un test de Handgrip et un test Wingate avec mesure de la lactatémie en fin d'exercice et lors de la récupération. Ces mêmes tests ont été reconduits 2 heures plus tard dans le même ordre. La température rectale a été enregistrée par holter tout au long de la période expérimentale.Les résultats montrent que le décalage horaire modifie l'architecture du sommeil de la nuit pré tests avec un déficit de sommeil d"lh20, se traduisant par une moindre efficacité de sommeil. En revanche, ce décalage améliore la qualité du sommeil de la nuit subséquente (post-tests) avec une augmentation de la quantité du N3 et du sommeil paradoxal. Une baisse significative de l'amplitude de la température interne témoigne d'un réajustement actif des sujets. L'architecture de la sieste (stades 2 et 3) est similaire qu'elle ait lieu après une nuit normale ou après décalage horaire avec toutefois une quantité de SP qui tend à augmenter après la nuit en avance de phase. Elle n'a pas d'effets sur la composition du sommeil qui suit (condition normale ou en décalage), en dehors d'une augmentation de la latence d'endormissement en condition de décalage... / Purpose T he aim of thé study vvas to examine thé effects of a post-prandial 20 min nap on a short-term physicalexercise and subséquent sleep in athlètes keeping their usual sleep schedules and in 5-h phase-advance condition.Methods Sixteen healthy young mâle athlètes (âge 22.2 ± 1.7 years. non-habitual nappers) participated in thé study.After a baseline 8-h time in bed in normal and 5-h advanced sleep schedules, a standardized moming and lunch in alaboratory enviromnent, subjects undervvent either a nap (20 min of sleep elapsed from 3 epochs of stage 1 or 1 epochof stage 2), or a rest without sleep by lying in a bed, between 13:00 and 14:00 hours in non-shifted condition or 08:00and 09:00 hours in shifted condition, after vvhich anaerobic exercises were perforrned tvvice 2 h apart. Core bodytempérature vvas recorded throughout thé study period.Resuhs The nap extended sleep onset latency from6.72 ± 3.83 to 11.84 ± 13.44 min, after shifted condition but did not modify sleep architecture of thé post-trial nightamong athlètes, vvhether shifted or not. Moreover, napping did not improve physical performance but it delayedacrophase and batyphase of core body température rhythm pararneters.Conclusion N apping showed no reliable benefit on short-term performances of athlètes exercising at local time or aftera simulated jet lag.

Les Interfaces Cerveau Machine (ICM) sont des dispositifs d'un type nouveau permettant la communication directe entre le cerveau d'un utilisateur et une machine. De tels dispositifs peuvent être réalisés grâce à la mesure non-invasive d'informations provenant du cortex par électroencéphalographie (EEG). Un des enjeux principaux du domaine est de réussir à extraire en temps réel, à partir d'une source d'information très limitée et bruitée, un signal de commande robuste et suffisamment complexe pour permettre le contrôle d'un programme ou d'un effecteur. Dans cette thèse nous avons contribué à l'amélioration des ICM sur trois points. Tout d'abord, nous avons exploré la possibilité d'augmenter la résolution spatiale de l'EEG en utilisant des méthodes permettant de construire l'activité corticale en temps réel. D'autre part, inspirés par une ICM utilisant l'imagination motrice des pieds pour envoyer une commande unique, nous nous sommes intéressés aux signaux produits par l'imagination de mouvements brefs. Cela nous a permis de développer un nouveau type d'ICM appelé bouton commandé par la pensée. Une telle ICM permet à l'utilisateur d'envoyer, de façon asynchrone, plusieurs commandes en imaginant différents mouvements. Finalement, nous avons développé une méthode, basée sur la théorie des bandits stochastiques, pour sélectionner automatiquement et efficacement le mouvement imaginé le plus discernable de l'état de repos et permettant ainsi le meilleur contrôle de l'ICM. En parallèle, nous avons développé une boîte à outils Matlab qui automatise l'ajustement des paramètres et la comparaison des différentes méthodes utilisées pour réaliser une ICM.

Situé dans le noyau suprachiasmatique (SCN) de l’hypothalamus, l'horloge principale contrôle les rythmes des processus comportementaux et métaboliques chez les mammifères. Par exemple, les rythmes quotidiens de veille-sommeil, d'alimentation-jeûne, de glycémie, de tolérance au glucose et de sensibilité à l'insuline sont régulés par l'horloge SCN. La lumière est le synchroniseur principal du SCN, même si de nombreux facteurs autres que la lumière, tels que l'éveil comportemental ou des facteurs métaboliques, peuvent également moduler la phase ou la période des SCN. L'objectif de cette thèse était d'étudier différents aspects des interactions entre l'éveil comportemental, les rythmes circadiens et le métabolisme du glucose. Dans la première partie, nous avons déterminé l'action centrale du Gastrin-Releasing Peptide (GRP), un neuropeptide synthétisé dans le SCN, sur le métabolisme du glucose. Nos résultats indiquent qu’une injection icv de GRP induit une hyperglycémie prolongée. Nous avons également montré qu’une privation de sommeil à court terme conduit à une détérioration de la tolérance au glucose. Dans la deuxième partie, nous avons démontré que l'éveil comportemental induit par la privation de sommeil ou une injection de caféine améliore l’entraînement photique de l'horloge SCN chez un rongeur diurne : le rat roussard du Soudan, Arvicanthis ansorgei. Ces réponses circadiennes chez une espèce diurne qui sont opposées à celles précédemment mises en évidence chez les rongeurs nocturnes pourraient avoir des applications biomédicales. / Located in the hypothalamic suprachiasmatic nucleus (SCN), the master clock generates rhythms of behavioural and metabolic processes in mammals. For example, daily rhythms of sleep-wake, fasting-feeding, plasma glucose concentration, glucose tolerance and insulin sensitivity are regulated by the SCN clock. Light is the primary synchronizer of SCN pacemaker though many light-independent factors such as behavioural arousal and metabolic cues also have phase and period resetting properties. The aim of thesis was to study different aspects of the interactions between behavioural arousal, circadian rhythms and glucose metabolism. In the first part, we extended the study of brain control of glucose metabolism by investigating the central action of gastrin-releasing peptide (GRP), a neuropeptide synthesized in the SCN, on glucose metabolism. Our result indicates that central GRP induces long-lasting hyperglycemia. We also showed that acute sleep deprivation leads to impaired glucose tolerance. In the second part, we demonstrated that behavioural arousal induced by sleep deprivation or caffeine treatment enhances photic-entrainment of the SCN clock in the diurnal Sudanian grass rat, Arvicanthis ansorgei. These circadian responses in a diurnal species are opposite to the earlier findings in nocturnal rodents and may have biomedical applications.

La mémoire épisodique, notre capacité de se rappeler des épisodes particuliers de notre vie, a été initialement définie chez l'homme en termes de l'information qu'elle contient, quel événement a eu lieu, où et dans quel contexte /quand s'est-il produit? La démonstration de l'existence de cette forme de mémoire chez l'animal a été réalisée chez le geais buissonnier. En effet, cet oiseau cacheur est capable de former une représentation mentale complexe du type de nourriture qu'il a caché, où et quand. Cette forme de mémoire qualifiée d' « episodic-like » a depuis une dizaine d'année été établie chez le rongeur. Au cours de ma thèse, j'ai suivi deux objectifs: valider un nouveau paradigme de mémoire épisodique chez le rat et l'utiliser pour étudier les circuits neuronaux qui sous-tendent cette forme particulière de mémoire. La première partie du manuscrit présente le développement et la validation d'un protocole original destiné à l'étude de la mémoire épisodique chez le rat. Lors de la conception de cette tâche, nous avons essayé de réduire au minimum la procédure d'entrainement des animaux afin de préserver l'essence même de la mémoire épisodique qui est la mémoire d'épisodes uniques. Pendant la tâche les rats ont été exposés à deux épisodes différents, au cours desquels des combinaisons uniques odeurs-place (information « quoi et où ») ont été présentées dans des contextes différents enrichis et multi-sensoriels (information « dans quel contexte »). Nous avons démontré que certains rats («ww») étaient capables de former des associations de mémoire (« episodic-like ») qui leur permettent de se souvenir de l'intégralité de l'épisode présenté après des délais courts (24h) et longs (24 jours) et dans différentes situations de rappel, tandis que d'autres («rest») ne se souvenaient que partiellement des informations présentes lors de l'épisode. Une approche pharmacologique réalisée lors de la validation de la tâche nous a permis de confirmer que l'hippocampe dorsal était nécessaire au rappel épisodique complet. Dans une version étendue du protocole dans laquelle des rats ont été exposés à deux épisodes supplémentaires, nous avons trouvé que l'expérience des épisodes préalablement acquis par les rats facilite l'encodage de nouveaux épisodes et que la mémoire de ces épisodes est plus stable. La deuxième partie de la thèse présente une première approche de l'étude des circuits neuronaux sous tendant la formation et la récupération de la mémoire épisodique. L'approche méthodologique utilisée est l'enregistrement multi-site de potentiels de champs locaux chez l'animal vigile. Le réseau de structures enregistrées inclut les aires sensorielles olfactives, des régions du cortex préfrontal médian et latéral ainsi que les régions dorsales et ventrales de l'hippocampe. Après avoir extrait des signaux le contenu fréquentiel dans deux bandes de fréquences (béta et théta), nous avons analysé les variations de puissance de l'activité oscillatoire dans ces bandes en utilisant des analyses en transformées de Hilbert et ondelette de Morlet. La période d'analyse est centrée sur l'échantillonnage de l'odeur, dernière information traitée avant que l'animal produise sa réponse comportementale. Les changements de puissance dans les deux bandes en réponse à l'odeur ont été comparés dans les différentes situations expérimentales pour les rats «ww» et les rats «rest». Les résultats obtenus montrent que le réseau de structures activées dans la bande béta en réponse à l'odeur est différent en fonction du profil de rappel des animaux (les rats du profil «ww» versus les rats «rest») à la fois en encodage et en situation de rappel. L'activité dans le réseau est également différente en fonction du type de réponse (hit versus rejet correct) / Episodic memory, our capacity to recollect particular life episodes, has been initially defined in terms of the information it contains, what kind of event, where and in which context/when did it take place. Pioneering studies on food-caching birds have demonstrated that animals are also able to form such complex memories, referred to as episodic-like memories in animals, however its modelling in rodents has proved challenging. The aim of this thesis was twofold: further development and validation in rats of a new episodic-like memory paradigm and study of neural circuits involved in formation and retrieval of this particular memory. The first part of the thesis presents the original behavioral paradigm developed in our group. In our task we tried to minimize training procedure in order to preserve the nature of episodic memory which is the memory for unique life episodes. Hereby rats were exposed to two different episodes, during which unique odor-place combinations (“what and where” information) were presented in different enriched multisensory contexts (“in which context” information). We found that some rats (“ww” group) were indeed able to form episodic-like memory associations which can be recalled after short (24 h) and long delays (24 days) in different experimental situations, while other animals (“rest” group) remembered only parts of the information contained in the initial episodes. Using pharmacological inactivation of dorsal hippocampus we have demonstrated that hippocampus is required specifically for retrieval of associated episodic-like memory information, but not for retrieval of single elements of the presented episodes in our task. In an extended version of the protocol in which rats were exposed to two additional episodes we found that previously acquired experience of the rats facilitates the encoding of new episodes and that the memory of these new episodes is more stable. The second part of the manuscript presents the first approach to study neural circuits involved in episodic-like memory encoding and retrieval in our task. Electrophysiological methodology was based on local field potential recordings obtained in parallel in several brain regions in behaving animals. The network of structures investigated included olfactory neocortical brain areas, brain regions in lateral and medial prefrontal cortex and the dorsal and ventral part of the hippocampus. The analysis was based on the estimation of magnitude of the oscillatory activity (described as power changes) in theta and beta frequency bands using Hilbert and Morlet wavelet transform for the analyses. The power analysis evolved around odor sampling event which constituted the last piece of information required for recollection of the whole episodic-like memory association. The odor-induced changes in power were compared between “ww” and “rest” animals in different experimental situations. We found that the network of activated brain regions in beta frequency band differed as a function of the memory profile of the rats (complete episodic-like memory recollection versus remembering partial information of the episodes) during both memory encoding as well as retrieval. We have also demonstrated that this active network changes when memory becomes consolidated (recent versus remote memory). Additionally we have shown that the activity in the network depends on the type of the response (hit versus correct rejection) given by the rat during memory encoding and retrieval. The network of brain regions that showed changes in theta power during memory formation and retrieval differed strongly from beta band network. In contrast to beta, the memory profile effect was much less prominent for theta band. However similarly to beta, there were also significant changes in network depending on the encoding session and the age of memory at test

Le processus du traitement de la parole est latéralisé au niveau cortical. En effet la théorie de l’échantillonnage asymétrique suggère que le signal acoustique est segmenté sous forme d’unités discrètes, et ensuite traité par les deux cortex auditifs non primaires en utilisant des fenêtres d’intégrations respectivement adaptées aux traitements des modulations lentes et rapides du signal de la parole. L’objectif de cette thèse était d’étudier les concepts de cette théorie au moyen de deux approches (psychophysique et neurophysiologique), en s’intéressant à l’activation corticale dans les deux hémisphères en fonction de la nature du signal auditif présenté. Les résultats révèlent que les scores d’intelligibilité de ces stimuli sont plus importants quand les modulations rapides arrivent au cortex auditif gauche et les modulations lentes arrivent au cortex auditif droit. Les résultats de l’IRMf démontrent une interaction entre l’enveloppe des stimuli présentés et les rythmes corticaux. Les deux cortex auditifs présentaient des asymétries inter-hémisphériques en réponse à ces stimuli. En outre, l’activité neuronale augmente avec les performances. Dans l'ensemble, les résultats de nos études vont dans le sens des prédictions de la théorie d’échantillonnage asymétrique. Nous supposons que, l’application des effets de la théorie de la latéralisation auditive dans le traitement du signal auditif pourrait améliorer la perception de la parole chez les personnes sourdes profonds en développant les stratégies de codage des Implants cochléaire de manière à les alignées sur les propriétés corticales d’échantillonnages intrinsèques / Speech perception consists of a set of bilateral computations that take continuously varying acoustic waveforms as input and generate discrete representations. Hypothesis of ‘asymmetric sampling in time’, suggests that auditory functional asymmetries can be explained by differences in temporal sampling between the two auditory cortices. We suggest that asymmetry in auditory cortical oscillations could play a role in speech perception by fostering hemispheric triage of information across the two hemispheres. Due to this asymmetry, fast speech temporal modulations, could be best perceived by the left auditory cortex, while slower modulations would be better captured by the right one. The aim of this thesis was to study and to test the validity of the predictions of the AST theory by investigating psychophysical and neurophysiological approach. They focus on the cortical activation in both hemispheres according to the nature of the auditory signal presented to both ears. Our results show that when we provide a different part of the speech envelope to each ear, word recognition is facilitated when the temporal properties of speech match the rhythmic properties of auditory cortices. We further show that the interaction between speech envelope and auditory cortices rhythms translates in their level of neural activity (as measured with fMRI). In the left auditory cortex, the neural activity level related to stimulus/brain rhythm interaction predicts speech perception facilitation. This interaction impacts speech perception performance. We propose that this lateralization effect could have practical implications in the framework of bilateral cochlear implants

Résumé : Chez le sportif, le franchissement de plusieurs fuseaux horaires avec décalage horaire s'accompagne d'une fatigue avec somnolence diurne, d'une diminution des performances cognitives, sportives et de la vigilance. Une sieste de courte durée pourrait être une solution adaptée pour prévenir les effets du jet lag. A notre connaissance, aucune étude n'a évalué les effets d'une sieste et/ou les effets combinés du décalage horaire et d'une sieste sur les performances des athlètes.C'est pourquoi, l'objectif de cette thèse est d'étudier chez des athlètes, les effets d'une avance de phase de 5 heures (simulant un voyage transméridien vers l'Est) et d'une sieste post-prandiale de 20 minutes sur les réponses à un exercice physique de courte durée et à des tâches psychomotrices ainsi que sur le sommeil subséquent. Seize sujets jeunes, sains, de sexe masculin et sportifs (âge : 22.2 ± 1.7 ans ; taille : 178.3 ± 5.6 cm, poids : 73,6 ± 7,9 kg ; VC>2 max : 55.5 ± 9,1 ml.min.kg"' ; siesteurs non habituels) ont participé à cette étude. Aucun ne présentait de pathologie du sommeil. Chaque sujet a passé en laboratoire une nuit d'habituation et 8 nuits expérimentales dont 4 en condition normale (23H-7H, 2 nuits pré-tests et 2 post-tests) et 4 en avance de phase de 5 h ( 18H-2H, 2 nuits pré et 2 post-tests) avec enregistrement EEG continu. Après un repas standardisé au laboratoire, les sujets ont été soumis, entre 13 et 14H (condition normale), et entre 08 et 09H (condition de décalage), soit à une sieste (20 min de sommeil), soit à une période de repos en décubitus sans sommeil. A l'issue, les sujets ont réalisé un test de performance attentionnelle, évaluant 6 champs de l'attention, un test de Handgrip et un test Wingate avec mesure de la lactatémie en fin d'exercice et lors de la récupération. Ces mêmes tests ont été reconduits 2 heures plus tard dans le même ordre. La température rectale a été enregistrée par holter tout au long de la période expérimentale.Les résultats montrent que le décalage horaire modifie l'architecture du sommeil de la nuit pré tests avec un déficit de sommeil d"lh20, se traduisant par une moindre efficacité de sommeil. En revanche, ce décalage améliore la qualité du sommeil de la nuit subséquente (post-tests) avec une augmentation de la quantité du N3 et du sommeil paradoxal. Une baisse significative de l'amplitude de la température interne témoigne d'un réajustement actif des sujets. L'architecture de la sieste (stades 2 et 3) est similaire qu'elle ait lieu après une nuit normale ou après décalage horaire avec toutefois une quantité de SP qui tend à augmenter après la nuit en avance de phase. Elle n'a pas d'effets sur la composition du sommeil qui suit (condition normale ou en décalage), en dehors d'une augmentation de la latence d'endormissement en condition de décalage... / Purpose T he aim of thé study vvas to examine thé effects of a post-prandial 20 min nap on a short-term physicalexercise and subséquent sleep in athlètes keeping their usual sleep schedules and in 5-h phase-advance condition.Methods Sixteen healthy young mâle athlètes (âge 22.2 ± 1.7 years. non-habitual nappers) participated in thé study.After a baseline 8-h time in bed in normal and 5-h advanced sleep schedules, a standardized moming and lunch in alaboratory enviromnent, subjects undervvent either a nap (20 min of sleep elapsed from 3 epochs of stage 1 or 1 epochof stage 2), or a rest without sleep by lying in a bed, between 13:00 and 14:00 hours in non-shifted condition or 08:00and 09:00 hours in shifted condition, after vvhich anaerobic exercises were perforrned tvvice 2 h apart. Core bodytempérature vvas recorded throughout thé study period.Resuhs The nap extended sleep onset latency from6.72 ± 3.83 to 11.84 ± 13.44 min, after shifted condition but did not modify sleep architecture of thé post-trial nightamong athlètes, vvhether shifted or not. Moreover, napping did not improve physical performance but it delayedacrophase and batyphase of core body température rhythm pararneters.Conclusion N apping showed no reliable benefit on short-term performances of athlètes exercising at local time or aftera simulated jet lag.

Les rythmes circadiens contrôlent de nombreux aspects de la physiologie chez les mammifères. Parmi ces processus physiologiques, les horloges circadiennes contrôlent entre autres la réponse immunitaire innée et adaptative. Depuis des décennies, de nombreuses études ont commencé à couvrir ce sujet. Cependant, le contrôle circadien de la réponse adaptative reste peu étudié. Dans le cadre de ce projet de recherche de doctorat, nous avons exploré le rôle des rythmes circadiens dans la réponse des lymphocytes T CD8 à la présentation antigénique par des cellules dendritiques. Des travaux du laboratoire publiés par Erin E. Fortier et al. ont mis en évidence une différence jour/nuit dans l’expansion des lymphocytes T CD8 dont le récepteur T (TCR) est spécifique au complexe KbOVA exprimé par les cellules dendritiques ainsi que dans le nombre de lymphocytes T CD8 CD44hi IFN+ spécifiques pour l’antigène de l’ovalbumine (OVA)1. En effet, la réponse des lymphocytes T CD8 est plus importante après une vaccination faite en milieu de jour (zeitgeber time (ZT) 6) par rapport à une vaccination faite en milieu de nuit (ZT18). Cependant, ces travaux de recherche n’ont pas démontré le rôle des horloges circadiennes dans le rythme de réponse des lymphocytes T CD8 à la présentation antigénique. Mes travaux de recherche de doctorat ont dans un premier temps confirmé l’implication des horloges circadiennes dans le rythme de réponse des lymphocytes T CD8 à la présentation antigénique. Nous avons ensuite démontré la contribution des horloges circadiennes des cellules dendritiques ainsi que le rôle essentiel des horloges circadiennes des lymphocytes T CD8 dans ce rythme de réponse. De plus, nous avons montré que ce rythme avait un impact sur la capacité des lymphocytes T CD8 à contrôler une infection bactérienne (Listeria monocytogenes). En effet, les variations jour/nuit de la charge bactérienne dans la rate et le foie des souris de type sauvage étaient abolies dans les souris déficientes pour le gène des horloges circadiennes Bmal1 dans les lymphocytes T CD8. Dans un second temps, nous avons mis en évidence suite à l’analyse du transcriptome des lymphocytes T CD8 de souris naïves collectés toutes les 4 heures sur 48 heures que ces cellules sont plus enclines à être activées le jour et à l’opposé plus enclines à être inhibées la nuit. Ces résultats corrèlent avec le rythme de réponse des lymphocytes T CD8 à la vaccination. Dans un dernier temps, nous avons confirmé que le rythme de réponse des lymphocytes T CD8 à la présentation antigénique agissait de manière précoce dans l’activation de ces cellules. Pour cela nous avons irradié des souris de type sauvage et nous les avons ensuite reconstituées avec une moelle osseuse contenant 1% de précurseurs de cellules OT-I (lymphocytes T CD8 spécifiques au complexe KbOVA, exprimant la chaîne du TCR V5. Après vaccination de ces souris en milieu de jour subjectif (circadian time (CT) 6) ou en milieu de nuit subjective (CT18), nous avons observé un rythme de la réponse des lymphocytes CD8 pour différents marqueurs impliqués dans la réponse précoce des lymphocytes T CD8, telles que CD69, CD5, IRF4, et la phosphorylation de S6 (marqueur de l’activité de mTOR) et de AKT. L’ensemble des recherches de mon doctorat ont permis de mettre en évidence un tout nouveau mécanisme impliquant les horloges circadiennes dans la réponse des lymphocytes T CD8 en réponse à une vaccination. Une meilleure compréhension du fonctionnement des horloges circadiennes dans la réponse immunitaire permettra de mettre en place des nouveaux traitements personnalisés en fonction du type d’infection et du type de maladie, délivré à un certain moment de la journée dans le but d’améliorer l’efficacité tout en réduisant les effets secondaires. / Circadian rhythms control various aspects of the physiology in mammals. Among these processes, circadian clocks control the innate and the adaptive immune responses. Since few decades, numerous studies started to uncover the role of the circadian system in the immune response. However, the circadian control of the adaptive immune response remains poorly studied. My PhD work focused on the circadian control of the CD8 T cell response to vaccination by dendritic cells. Erin E. Fortier et al. published in The Journal of Immunology that wild type mice vaccinated with antigen presenting cells loaded with the OVA peptide present a day/night variation of the CD8 T cell response after a vaccination done during the middle of the day (zeitgeber time (ZT) 6) compared to a vaccination done during the middle of the night (ZT18)1. Indeed, the proportion of CD8 KbOVA+ cells and the proportion of CD8 CD44hi IFN+ T cells were higher during the middle of the day than the middle of the night. However, this work showed a diurnal but not a circadian rhythm, that remained to be confirmed. The first part of my PhD research confirmed a role of the circadian system in the rhythm of the CD8 T cell response to vaccination. We showed a contribution of the dendritic cell clock as well as an essential role of the CD8 T cell clock. Moreover, this rhythm impacts the ability to control an infectious challenge as shown by a circadian variation in bacterial load (Listeria monocytogenes) in wild type but not in mice lacking clock in mature CD8 T cells. The second part of my research focused on the analysis of the transcriptome of CD8 T cells from naive mice collected every 4 hours over 48 hours. We showed that CD8 T cells are more prone to be activated during the day and at the opposite are more prone to be inhibited during the night. These results are correlated with the rhythm of the CD8 T cell response to vaccination. Finally, during the third part of my PhD, we confirmed that the rhythm of the CD8 T cell response to antigen presentation was acting at the early stage of the CD8 T cell activation. We used wild type mice reconstituted with bone marrow cells containing 1% of OT-I precursor cells (CD8 T cells restricted for the KbOVA complex, expressing the receptor chain of the TCR for the OVA peptide, V5) and vaccinate these mice during the middle of the subjective day (CT6) or during the middle of the subjective night (CT18). At the early stage of the CD8 T cell response to vaccination, we showed a higher expression of several activation markers after a vaccination done during the middle of the day than during the middle of the night, such as CD5, CD69, IRF4 and the phosphorylation of S6 (marker of the mTOR activity) and AKT. Altogether, my PhD work highlights a new mechanism involving the circadian system in the control of the immune response. A better understanding of how circadian clocks act on the immune response will allow implementing new treatment strategies in order to increase their efficacy as well as to decrease side effects.

Ce travail de thèse propose d’étudier les œuvres de Supervielle, Saint-John Perse et Char au prisme de la dynamique animale. Il confronte ces textes du XXe siècle à des problématiques plus récentes qui, dans le courant de la « zoopoétique » développée par Anne Simon, considèrent les bêtes littéraires dans leur aspect corporel, organique, mouvant, autant que symbolique. Au-delà de leur dimension métaphorique, les animaux innervent en effet les textes d’une force de création issue de leur qualité d’êtres vivants. Des insectes aux grands mammifères, l’éventail de la relation des bêtes au monde et à l’humain ouvre dans les textes de multiples problématiques sémantiques et stylistiques, appréhendées dans la première partie de ce travail, qui analyse l’influence des existences animales au cœur de l’écriture poétique et de ses rythmes particuliers. La faune apparaît, ainsi que l’approfondit la deuxième partie, comme vectrice d’une pensée élargie de l’environnement. S’appuyant sur des approches anthropologiques, ces analyses font ressortir un traitement particulier des notions de nature ou de paysage, montrant les animaux comme outils de modélisation de l’espace, mais aussi de la pensée. Par le surgissement constant de leur altérité, désirée ou perturbatrice, ils confrontent les poètes aux frontières floues de leur propre individualité. Dans une dernière partie, l’animalité concrète est étudiée en parallèle des facultés qu’a la poésie d’interroger son siècle et une langue élargie au contact des modalités de communication animale. Nous observons que le pistage d’une bête et l’appréhension d’une pensée poétique ressortissent à des herméneutiques proches, entre veille, émerveillement et distance, quittant parfois la rationalité du langage pour explorer les marges de la folie, dans une dynamique de l’oblicité. Est révélée dans ce rapprochement de la bête et du poème une constance de la faille, et une jouissance de l’échappée. / This thesis analyses the works of Supervielle, Saint-John Perse and Char through the prism of animal dynamics. It reads these twentieth-century texts in light of recent criticism, which, in the vein of "zoopoetics" developed by Anne Simon, considers the physical, organic, moving dimensions of literary animals as well as their symbolic significance. Beyond their metaphorical meanings, animals energize the texts with a creative force that stems from their quality as living beings. From insects to large mammals, the range of relationships that animals have to the world and to humans opens up multiple semantic and stylistic problems examined in the first part of this thesis, which analyses the influence of animal existence on poetic writing and poetic rhythm. Based on anthropological approaches, the second part argues that fauna serve as a vehicle for a broader thinking about the environment. This reading illuminates a particular treatment of nature and landscape that uses animals as tools for modelling space as well as thought : through the constant emergence of their desired or disruptive otherness, literary animals confront poets with the blurred boundaries of their own individuality. In the last part, concrete animality is studied alongside poetry’s power to question its own era and its language, which extends to the animalistic modes of communication. The tracking of a beast and the apprehension of a poetic thought emerge from similar hermeneutics, encompassing watchfulness, wonder, and distance, and sometimes leaving the rationality of language to explore the margins of madness in a dynamic of obliquity This kinship between poetry and animality is revealed in the persistence of gaps, and of the pleasures of escape.

Les urgences écologiques actuelles, résultant des dérives de l'industrialisation et de la mondialisation, mènent la recherche fondamentale à se préoccuper hâtivement de la biologie de certains organismes comme les dinoflagellés. Ces organismes sont à la base de la chaîne alimentaire, et certaines espèces sont impliquées dans la formation des récifs coralliens. De plus, la prolifération incontrôlée de certaines espèces de dinoflagellés engendrée par l'eutrophisation industrielle est responsable des marées rouges qui menacent d'une part la flore et la faune aquatiques. Certaines des toxines produites par ces efflorescences algales ont un effet sur la santé publique, car elles peuvent rendre dangereuse la consommation alimentaire de poissons ou de fruits de mer contaminés. Nous avons examiné le comportement de l’espèce Lingulodinium polyedra à travers des cycles diurnes. Dans un premier projet, le protéome dans des extraits d'algues récoltés sur un cycle de 24 heures en conditions de 12 heures de jour suivies de 12 heures de nuit (un cycle LD) a été examiné. Nous avons identifié treize protéines clés qui ont montré des variations quantitatives synchronisées avec les temps de réalisation des rythmes biologiques les impliquant. Deux protéines déjà connues de varier faisait partie de ce groupe, tandis que les autres protéines sont impliquées dans des processus rythmiques nouveaux. Nous avançons l’hypothèse qu’une augmentation quantitative des protéines clés permettrait à l'accomplissement des différents processus cellulaires à différents moments de la journée. Dans un second projet, nous avons examiné la vitesse de synthèse des protéines qui pourrait expliquer ces variations quantitatives protéiques. En appliquant la technique du profilage ribosomal ( « ribosome profiling ») sur des échantillons algaux collectés d’abord à trois temps, puis ensuite sur tout le cycle LD, nous avons confirmé des variations de vitesse de synthèse des protéines identifiées dans notre étude protéomique et des protéines dont la vitesse de synthèse a déjà été mesurée par l’incorporation de méthionine radioactive in vivo. De plus, nous avons identifié plusieurs milliers d’autres séquences dont la vitesse de synthèse varie. Une classification des séquences dans les catégories GO nous a permis d’identifier un rythme diurne dans la synthèse des acides aminés qui pourrait aider à comprendre le métabolisme du nitrate. Nous proposons que des variations de vitesse de synthèse entraînent des augmentations quantitatives des protéines aux niveaux inférieurs à ce que l’on a pu détecter par la spectroscopie de masse. La variation dans les niveaux de protéines clés pourrait aider l'accomplissement des rythmes diurnes chez le dinoflagellé Lingulodinium. Ces avancées dans la compréhension de la régulation des rythmes biologiques du dinoflagellé Lingulodinium d'une part permettront de mieux penser la recherche concernant la lutte écologique contre les marées rouges et d'autre part ouvriront de nouvelles perspectives dans l'entendement de la régulation des rythmes biologiques des autres organismes y compris ceux de l'Homme dont les troubles impliquent de nombreuses maladies. / Industrialization and globalization has led to industrial eutrophication in many regions of the oceans resulting in different types of ecological emergencies. One of these is the uncontrolled proliferation of dinoflagellates which are responsible for the harmful algal blooms called “red tides”. Certain species release toxins which can harm aquatic flora and fauna and, through consumption of contaminated fish or seafood, can affect public health. Dinoflagellates are also at the base of the food chain in the marine environment, and certain species form symbioses with anthozoans thus allowing growth of coral reefs. There is thus a strong need for fundamental research on dinoflagellate biology. Using the dinoflagellate Lingulodinium polyedra as a model, we have examined how cells adapt to the daily changes in light and dark. In particular we have examined changes in protein amounts as well as changes in protein synthesis rates to gain insight into how cells differ during the day and night. In a first project, the daily proteome was examined by mass spectrometry using algae extracts harvested over a 24 hour cycle in conditions of 12 hours of day followed by 12 hours of night. Key proteins involved in biological rhythms have shown quantitative variations synchronized with the times of the biological rhythms involving them, ie a quantitative increase in key proteins is necessary for the accomplishment of the various cellular processes. Thirteen proteins were identified, of which two were previously documented to change in amount over the daily cycle. In a second project we addressed the origin of these quantitative protein variations. By applying the technique of ribosome profiling on algal samples, first collected in triplicate at three times and then at two hour intervals throughout the 24 h cycle, we have identified iv variations in the synthesis rate of thousands of proteins. These include the proteins found in the proteomic analysis as well as four proteins whose synthesis rate variations had already been observed using in vivo metabolic labeling. Interestingly, classification of the regulated proteins into GO categories also revealed a late night increase in the synthesis of many amino acid biosynthetic enzymes, potentially linking amino acid synthesis associated with the daily metabolism of nitrate. These advances in our understanding of the regulation of the daily rhythms of the dinoflagellate Lingulodinium will provide new tools in the ecological fight against red tides. They may also open new perspectives in understanding the daily rhythms of other organisms.

J'ai obtenu les autorisations de la part des trois maisons d'édition Points, le Castor Astral et White Pine Press pour la reproduction d'extraits de quelques poèmes qui figurent dans les recueils suivants: L'invention des désirades (Daniel Maximin), A little bird told me, Un pipiri m'a dit (Olive Senior) et With eyes and soul: Images of Cuba (Nancy Morejon). Il s'agit des trois œuvres qui composent mon corpus littéraire principal. / Dans ma thèse qui s’intitule, Poétiques des passerelles caribéennes et transcaribéennes : Résonances entre les musiques et les littératures, je crée un paysage de réflexion à travers une dynamique transdisciplinaire, à la croisée de l’histoire, de la musicologie, de l’économie et des enjeux écologiques de ces régions. À travers la mise en relation des poétiques littéraires et musicales du jazz caribéen et du latin jazz, je me demande dans quelle mesure les artistes articulent des sentiers communautaires pour envisager à travers une perspective à la fois caribéenne et transcaribéenne, des horizons communs de vivre-ensemble et d’engagement interreliant la diversité des vitalités écologico-culturelles et sociales. Par la même occasion, je réfléchis aux façons dont on peut déceler à partir de ces poétiques, l’expression des sensibilités méditatives des artistes qui se forment à travers un réseau de vibrations, composé des chants, rythmes poétiques, naturels et musicaux émis par ces communautés pour tisser une nouvelle partition de présence et de poté mannèv communautaire dans la Caraïbe et dans le monde. De la Martinique en passant par la Guadeloupe, la Dominique, Haïti, Cuba, la Jamaïque et Trinidad et Tobago, c’est avec ma conceptualisation des passerelles que je propose à travers les socles de l’intermédialité, de l’interculturalisme et des communautés écologico-culturelles de mettre en lumière les visions et contributions des artistes telles des sèves qui ne demandent qu’à éclore dans l’esprit des lecteurs et du public pour penser, imaginer et méditer à des façons d’habiter et de résister en conscience et en créativité dans les îles caribéennes et à plus large échelle relationnelle, dans le monde. / In my doctoral research, Poetics of Caribbean and transcaribbean bridges: Resonances between literature and music, I aim to create a reflexive and transdisciplinary landscape, intertwining history, musicology, economic and ecological challenges of those insular areas. Enlacing literary and musical poetics (particularly in Caribbean jazz and Latin-jazz), I reflect on the ways in which artists create new community paths to build through a Caribbean and transcaribbean prospective, common horizons of living together that unify ecological-cultural and social beings. Besides, with those artistic pieces, I stress the expression of meditative sensitivities which articulate themselves through a vibrant network composed of songs, poetic, natural and musical rhythms, coming from those communities to forge a new partition of presence and poté mannèv in the Caribbean and in the world. From Martinique, moving to Guadeloupe, Dominica, Haiti, Cuba, Jamaica, Trinidad and Tobago, I propose with my intermedial and intercultural concepts of bridges and ecological-cultural communities to envision the artistic visions and contributions like seeds that could potentially blossom in the spirit of the readers and listeners, leading them to imagine, think and meditate upon alternative ways of living and resisting with awareness and creativity in the Caribbean archipelago and through a wider scale, in the world.