Clostridium difficile est le microorganisme le plus fréquemment identifié dans les pathologies entériques pour des patients souffrants de coliques pseudomembraneuses et de diarrhées associées aux antibiotiques. Les drogues les plus communément utilisées pour traiter les maladies associées à C. difficile sont limitées au métronidazole et à la vancomycine puisque de nombreuses souches isolées cliniquement de C. difficile sont résistantes à de nombreux antibiotiques couramment utilisés pour traiter des infections à bactéries Gram positif. La recherche de nouveaux traitements pour limiter l’incidence de C. difficile demeure une urgence pour le secteur de la santé. L’usage de probiotiques, particulièrement de bactéries lactiques métaboliquement actives, a récemment été proposé à la communauté médicale comme une alternative. Dans ce contexte, le but de cette étude est d’évaluer la capacité de la bactérie lactique Lactococcus lactis UL719 et la nisine à inhiber C. difficile dans les conditions intestinales. Dans un premier temps, l’activité antibactérienne de la nisine contre des souches cliniques de C. difficile a montré que la nisine était active à des concentrations minimales d’inhibition comprises entre 0,8 et 51,2 µg/mL dépendamment des souches. De plus, la nisine est capable d’inhiber la germination des spores de C. difficile. Suite à ces résultats, la survie de la souche productrice de nisine, L. lactis UL719 et la stabilité physicochimique de la nisine ont été évaluées à l’aide d’un simulateur du tractus gastro-intestinal. Les résultats ont démontré la capacité de la souche productrice de nisine à survivre au tractus gastro-intestinal avec un taux de survie de 0,5 % et, malgré les conditions de stress gastro-intestinal, à garder la capacité à produire sa bactériocine. Par contre, la nisine seule perdait son activité antimicrobienne suite à son passage dans le duodénum. Finalement, quand l’activité antimicrobienne a été évaluée dans un modèle in vitro de fermentation colique simulant les conditions physiologiques intestinales, L. lactis UL719 n’a pas d’effet sur C. difficile mais la nisine a montré une inhibition totale de ce pathogène. Il a aussi été observé que la nisine avait un léger effet inhibant sur la population bactérienne à Gram-positif dans le modèle colique in vitro humain mais l’effet est temporaire. / Clostridium difficile is the most frequently identified enteric pathogen in patients with nosocomial antibiotic-associated diarrhea and pseudomembranous colitis. The most common drugs used to treat diseases associated with C. difficile are limited to metronidazole and vancomycin since most clinically isolated C. difficile strains are resistant to many antibiotics currently used to treat Gram-positive bacterial infections. The search for new treatments to limit the impact of C. difficile becomes an urgent need for the health sector. The use of probiotics, particularly metabolically active lactic acid bacteria, was recently proposed as an alternative for the medical community. In this context, the aim of the study was to investigate the capacity of the lactic acid bacteria Lactococcus lactis UL719 and nisin to inhibit C. difficile in intestinal conditions. First, the antibacterial activity of nisin against clinical strains of C. difficile showed that it was active with minimum inhibitory concentrations between 0.8 and 51.2 µg/mL, depending on the strains. In addition, nisin was able to inhibit spore germination of C. difficile. Given these results, the survival of the nisin-producing strain, L. lactis UL719 and the physicochemical stability of nisin were evaluated using a simulator of the gastrointestinal tract. The results demonstrated the ability of the nisin producing strain to survive the gastrointestinal tract with a 0.5 % survival rate and, despite the conditions of gastrointestinal stress, to keep its ability to produce the bacteriocin. However, the nisin alone lost its antimicrobial activity after its passage through the duodenum. Finally, when the antimicrobial activity was evaluated in an in vitro model of colic fermentation simulating physiological intestinal conditions, L. lactis UL719 had no effect on C. difficile, but nisin showed a complete inhibition of this pathogen. It was also observed that nisin had a slight inhibitory effect on the Gram-positive bacterial population in the in vitro human colic model, but the effect was temporary.

L’évolution récente des méthodes d’extraction de la tourbe laisse les tourbières dans un état près d’un stade historique de développement de type minérotrophe plutôt qu’ombrotrophe. Conséquemment, les tourbières industrielles post-exploitation sont fréquemment envahies de colonies monospécifiques de Scirpus cyperinus. Cette étude porte sur l’élaboration de nouvelles méthodes d’intervention visant l’intégration du S. cyperinus dans une biodiversité représentative d’un écosystème de référence. Pour ce faire, deux expériences en serre ont été réalisées. La première expérience évalue la performance de quatre couverts végétaux pour limiter la germination du Scirpus cyperinus en fonction des conditions hydrologiques. Deux couverts végétaux, le Sphagnum warnstorfii et les plants de graminées, ont efficacement limité la germination du Scirpus cyperinus. La seconde expérience évalue le potentiel de deux espèces cibles de restauration à s’implanter parmi le Scirpus cyperinus sous deux régimes hydriques. Une seule espèce, le Calamagrostis canadensis, a réussi à se maintenir en présence du Scirpus cyperinus. / Recent advances in peat extraction methods now leave the environment in a state closer to an historical development stage designated as minerotrophic (fen) rather than ombotrophic (bog). Consequently, industrial peatlands are commonly invaded monospecifically by Scirpus cyperinus soon after the end of operations. This study investigates new intervention techniques promoting biodiversity of the degraded ecosystem. In this context, two greenhouse experiments were carried out. The first one compared the performance of four plant covers to prevent S. cyperinus germination in relation to hydrologic conditions. Sphagnum warnstorfii and graminoid plants mats efficiently limited Scirpus cyperinus germination. The second experiment looked at the potential of two species targeted for reintroduction to grow and compete with Scirpus cyperinus under two hydrologic regimes. The biomass production of one of the two selected species (Calamagrostis canadensis) was able to maintain itself in presence of Scirpus cyperinus.

Le houblon (Humulus lupulus L.) est cultivé essentiellement pour ses inflorescences femelles appelées cônes et est utilisé dans les domaines brassicole et nutraceutique. Les principaux constituants des cônes sont les acides amers (acides α et β), connus comme agents d'amertume de la bière et ayant des propriétés anti-microbiennes, et le xanthohumol connu comme agent chimiopréventif du cancer. De plus, les cônes contiennent des composés phénoliques dont des proanthocyanidines connus pour leurs propriétés préventives contre les maladies chroniques. Bien que ces composés s'accumulent essentiellement dans les cônes, ils peuvent aussi s'accumuler sur la face inférieure des jeunes feuilles dans les poils glandulaires. Les feuilles et les tiges sont considérées comme des co-produits et sont très peu utilisées. Ce projet nous a permis d'étudier le potentiel agronomique et de quantifier les molécules reconnues pour leur action bénéfique sur la santé, de neuf cultivars de houblon cultivés pour la première fois au Québec. Nous avons étudié l'effet de la méthode de conservation sur le contenu en molécules bioactives des cônes et des feuilles après 12 mois d'entreposage. En plus, nous avons réussi à valoriser les co-produits du houblon et à produire des extraits de cônes, de feuilles et de tiges. Nos résultats ont montré que les feuilles et les tiges représentent plus de 50 % du poids sec total des plants et contiennent des quantités importantes de composés phénoliques dont des proanthocyanidines. Après 12 mois d'entreposage, des pertes importantes de xanthohumol et d'acides α et β ont été détectées dans les cônes secs. Par contre, la composition des cônes congelés est restée constante. La congélation n'est pas nécessaire pour conserver les feuilles puisque les concentrations de composés phénoliques totaux et de proanthocyanidines ne diminuent pas significativement dans les feuilles sèches. Les conditions optimales d'extraction ont été déterminées et sont de deux heures à 30 °C avec de l'éthanol 70 %, pour un ratio solide:liquide de 1:15 pour les cônes et les tiges et un ratio de 1:40 pour les feuilles. Les extraits ont été concentrés en utilisant une résine adsorbante et en utilisant l'huile comme co-solvant et trois extraits différents ont été obtenus. / Hops (Humulus lupulus L.) is grown primarily for its female inflorescences known as hop cones and is used for nutraceutical purposes and for brewing. Cones contain mainly hop bitter acids (α- and β- acids) and xanthohumol. Hop bitter acids are known for their bitter taste in beer and for their anti-microbial properties while xanthohumol is known for its chemopreventive properties. In addition, cones contain proanthocyanidins and polyphenols known for their preventive properties against chronic diseases. Although these compounds accumulate mainly in the cones, they can also accumulate on the underside of young leaves. Leaves and stems are considered as co-products and are rarely used. In this work, we studied the agronomic potential and we quantified the bioactive molecules present in cones, leaves and stems of nine hop cultivars, grown for the first time in Quebec. We also studied the effect of the storage method on cones and leaves bioactive content after 12 months of storage. In addition, we successfully valorized hop co-products and we produced cones, leaves and stems extracts. Our results showed that leaves and stems represent more than 50 % of the total dry weight of plants and contain substantial amounts of total polyphenols and proanthocyanidins. After 12 months of storage, significant losses of xanthohumol and α- and β- acids were detected in dried cones. In contrast, the composition of frozen cones remained constant. Freezing was not necessary to store leaves since the concentrations of total polyphenols and proanthocyanidins did not decrease, significantly, in dried leaves. The extraction parameters were optimized and the maximum extraction yield for the molecules of interest were obtained at 30 °C, 2 h of extraction, an ethanol concentration of 70 % and a solid: liquid ratio of 1:15 for cones and stem and 1:40 for the leaves. Extracts were concentrated by adsorbtion and by using oil as co-solvent and three different hop extracts were obtained.

Ce mémoire s’intéresse au développement folliculaire chez la vache laitière et à l’effet du déficit énergétique sur le fonctionnement de cette structure ovarienne pendant la période post-partum. L’analyse des gènes exprimés dans les cellules folliculaires a permis l’identification de voies de signalisations et de molécules qui sont au cœur des changements observés dans le follicule. La première partie de ce projet porte sur la caractérisation des différents stades de croissance du follicule dominant chez le bovin. La seconde partie porte sur l’effet de l’ampleur du déficit énergétique sur le follicule à 60 jours post-partum, lors de la période critique du pic de lactation. Les résultats de ce projet sont d’un grand intérêt pour la recherche fondamentale sur la reproduction autant que pour la gestion pratique de la fertilité bovine, puisqu’ils éclaircissent certains aspects de la folliculogénèse et proposent des outils intéressants pour améliorer la fertilité de la vache laitière. / This master’s thesis focused on the follicular development in dairy cows and the effects of post-partum negative energy balance on the follicle. Analysis of genes’ transcription in follicular granulosa cells allowed the identification of several molecular pathways and upstream regulators having a great impact on follicular functions. The first part of this project aimed to characterise the different growth stages of dominant follicles in cattle (growth, plateau and atresia). The second part of this project evaluated the impact of the severity of negative energy balance on follicular functions at 60 days post-partum, during the lactation peak. The results provided are of great interest to fundamental reproduction science as well as to practical management of dairy cattle fertility. They shed light on several unknown aspects of folliculogenesis and offer interesting tools to improve post-partum fertility in dairy cattle.

Cette étude visait à suivre l’abondance relative d’une combinaison de quatre souches de Fusarium graminearum au cours du processus d’inoculation artificielle de parcelles d’orge. Trois amplicons présentant des polymorphismes (SSR, SNP) spécifiques ont été examinés par pyroséquençage 454 sur des échantillons récoltés à tous les stades (souches pures, mélange des souches, inoculum frais, inoculum au champ, grains d’orges infectés). Seuls les marqueurs SNP ont permis d’obtenir une signature unique à chaque souche et ont permis d’estimer l'abondance des souches dans chaque échantillon. Cette analyse a révélé qu’il était difficile d’obtenir des mélanges parfaitement égaux des souches et que les souches se développaient de manière inégale sur les grains de maïs servant de support à l’inoculum. Au champ, ces différences se sont largement maintenues, tandis que des profils d’abondance distinctifs sont apparus sur les trois sites d’essai chez les grains d’orge infectés, mais sans différences significatives entre les cultivars d’orge. / The aim of this study was to track the evolution of a combination of four Fusarium graminearum strains within a mixed inoculum and the ensuing stages of artificial inoculation on barley cultivars. Three amplicons containing specific polymorphisms (SSR, SNP) were examined by 454 pyrosequencing on samples collected at all stages of the process (pure strains, strain mixture, primary inoculum, inoculum in the field and infected barley kernels). Only SNP markers provided unique and accurate signatures for each strain. This analysis revealed that it was difficult to obtain perfectly equal mixtures of strains and that these strains differ in their development on corn kernels used as a growth medium for the inoculum. In the field, these differences remained, while distinctive abundance profiles were detected in infected barley kernels samples at the three nurseries; however, no significant differences between barley cultivars were observed.

Afin de tester l’impact de l’égrappage à la floraison et de la maturité sur les cépages hybrides Seyval blanc et Vandal-Cliche, un dispositif expérimental incluant trois niveaux de charge fruitière (100, 70, 40 %) et de maturité (prématurité, maturité, postmaturité), répété trois fois, a été mis en place en 2012 et 2013. Chez le Seyval blanc, malgré une réduction du rendement de 22%, l’égrappage a permis d’augmenter le ratio de la surface foliaire/kg fruits de 41% et d’augmenter de la teneur en solides solubles totaux des moûts de 8%. Chez le Vandal-Cliche, l’égrappage a permis d’augmenter le ratio de la surface foliaire/kg fruits (68%), mais a causé une augmentation des C6 herbacés. Chez les deux cépages, l’impact de la maturité a été similaire sur la composition chimique, mais différente sur les composés volatils. La résistance de la pellicule a été un descripteur sensoriel efficace pour évaluer la maturité.

Dans ce travail, nous avons utilisé le charbon actif (trois types) pour décolorer le sirop d'érable foncé, classé dans la catégorie ``Non retenu`` de la classification du Québec du sirop d’érable. Nous avons testé l'efficacité de la rétention des pigments colorés du sirop d'érable sur le charbon actif en grains et en poudre. Aussi, nous avons comparé les différentes efficacités de ces matériaux. La première étape de nos essais expérimentaux a eu pour but de suivre les cinétiques d'adsorption des pigments. Dans cette partie, plusieurs paramètres expérimentaux ont été optimisés par utilisation d'un plan factoriel complet; à savoir : le temps d'agitation (20,40, 60 min), la masse du charbon actif utilisée par 100 ml de sirop (0.1, 0.3, 0.5 g), le type du charbon actif (I, II, III), le diamètre moyen des particules du charbon (25, 50, 75 µm), la vitesse d'agitation (200, 400, 600 rpm) et la température (40,60, 80 °C). La variable dépendante que nous avons considérée dans ce projet est la transmittance de la lumière du sirop mesurée à 560 nm. La deuxième étape a été consacrée sur l'étude du pouvoir adsorbant des trois types de charbons actifs utilisés avec l’application des modèles de Langmuir, Freundlich et de Langmuir-Freundlich pour décrire les cinétiques d’adsorption. Les résultats obtenus ont montré que la décoloration du sirop d’érable foncé est optimale avec les paramètres suivants : temps d'agitation t = 40 min, masse du charbon actif ajouté m = 0.3 g et charbon actif de type III. Ces paramètres ont donné une valeur de la transmittance de la lumière à 560 nm de 83.7 ± 0.2 %; et qui classe le sirop dans la catégorie Extra claire. Ensuite, ce travail a montré que seul le charbon actif de type III vérifiait à la fois une cinétique d’adsorption qui se décrit par les isothermes de sorption de Langmuir, Freundlich et Langmuir-Freundlich. Finalement, un autre plan d'expérience avait complété dans ce travail et qui portait sur l'optimisation de la taille des particules du charbon et qui a montré qu’une granulométrie moyenne d = 25 µm (mésopores) était la plus optimale pour décolore le sirop d’érable avec une agitation de 200 rpm à une température T = 80°C. / Low grade dark maple syrup was successfully discolored on activated carbon. Several experimental parameters were tested, namely the mixing time (20, 40, 60 min), concentration of the activated carbon (0.1, 0.3, 0.5 g/100 mL), type of activated carbon (I, II, III), particle size (25, 50, 75 μm), stirring speed (200, 400, 600 rpm), and temperature (40, 60, 80°C). The obtained results showed that the discoloration is optimal by applying the parameters such as an agitation time of 40 min with an activated carbon of type III at a concentration of 0.3 g/100 mL. These parameters yielded a light transmittance of 83.70 ± 0.21%, which ranks the syrup in the extra clear class. The results showed that among the tested carbons, the adsorption on the type carbon of III followed the Langmuir, Freundlich and Langmuir-Freundlich isotherms. Regarding the effect of the particle size, the obtained results showed that a mean size of 25 µm with a stirring speed of 200 rpm and a working temperature of 80°C was the most effective. The optimized conditions showed a good adequacy with the Langmuir and Freundlich models. The discoloration process by using the activated carbon of type III followed pseudo-second order kinetics.

Une étude récente rapporte que le travail mental exigeant (TME) puisse induire une augmentation de la prise alimentaire spontanée en l’absence de faim, plus particulièrement chez les femmes, ce qui en fait un déterminant potentiel de l’obésité. Les mécanismes sous-jacents à cette relation sont toutefois partiellement connus. Ce mémoire s’appuie sur les données d’une étude expérimentale contrôlée-randomisée. L’objectif est d’explorer la relation entre l’effort cognitif, les caractéristiques psychologiques et la prise alimentaire selon la perspective de la théorie de l’autorégulation. Les résultats obtenus suggèrent que les variables de la restriction et les variables de la motivation ne semblent pas des facteurs explicatifs de l’augmentation de la prise alimentaire consécutive à un TME. La variable de motivation contrôlée montre néanmoins des associations significatives avec certaines caractéristiques susceptibles de nuire à la régulation de la prise alimentaire (restriction flexible, restriction rigide et désinhibition alimentaire), ce qui justifie la poursuite des travaux dans ce domaine. / Knowledge-based work (KBW) has been recently identified as a potential factor that might induce overeating, especially for women, which may contribute to the epidemic obesity. However, the reasons underlying this association are partially known. This master’s thesis further investigates the results of a randomized controlled study on KBW. Based on self-regulation theory, the objective is to explore the relationships between mental effort, psychological characteristics and food intake in order to explain overeating. The results show that motivation variables and restraint variables are not significant factors mediating the relationship between KBW and food intake. Nevertheless, the controlled form of motivation is associated to eating behaviour traits related to overeating. Additional studies are needed to understand the complex interactions between psychological characteristics, KBW and ad libitum food intake.

Haïti présente des potentialités de production du café de qualité que les marchés de spécialité recherchent. D’une grande importance dans la vie socio-économique et culturelle des Haïtiens, la caféiculture devient de moins en moins dominante dans l’économie haïtienne depuis des décennies. Face à cette situation, depuis 1999, les producteurs de la région Baptiste s’organisent en coopératives pour faire face aux différents défis de la filière café grâce à l’appui d’une organisation non gouvernementale locale. Ainsi, ce changement se fait dans un contexte de démarche qualité et s’accompagne d’un ensemble d’avantages sociaux, économiques et environnementaux, mais aussi d’inconvénients pour les producteurs de café. En recourant à une approche qualitative s’appuyant sur des observations directes et des entrevues individuelles, ce mémoire analyse ces avantages et inconvénients. Cependant, malgré les incidences positives des coopératives sur les producteurs dans l’organisation de la filière café de qualité, le développement de la filière café de qualité reste encore un défi pour les différents acteurs tant au niveau de la production, de la transformation que de la commercialisation du café. Mots clés : Filière café, coopératives, démarche qualité, marché de spécialité, avantages, inconvénients, producteurs, région Baptiste, Haïti. / Haiti has a great potential for quality coffee production and is therefore attractive for specialty markets. Of great importance in the socio-economic and cultural life of Haitians, coffee farming has however become less and less dominant in the Haitian economy for decades. Given this situation, the producers of the Baptist region are organized since 1999 in cooperatives in order to face the various challenges of the coffee sector with the support of a local non-governmental organization. This change has been made in the context of quality approach and is accompanied by a set of social, economic and environmental benefits, but also disadvantages for coffee producers. Using a quality approach based on individual interviews and observations, this document analyses these avantages and disadvantages. However, despite the positive impact of cooperatives on the producers in the organization of quality coffee chain, the development of quality coffee remains a challenge for the different actors in the production, processing and marketing of coffee. Keywords: Coffee chain, cooperatives, quality approach, specialty market, advantages, disadvantages, producers, Baptiste region, Haiti.

Provenant d’Europe, la culture hors-sol du fraisier débute au Canada et ses paramètres doivent être adaptés aux conditions régionales. Les objectifs étaient d’identifier les substrats locaux adaptés à cette culture, d’en déterminer la régie d’irrigation adéquate et de définir l’impact de la concentration de la solution nutritive sur la culture. Au terme de trois expériences, il s’est avéré que la fibre de coco et les écorces vieillies obtiennent des rendements similaires et que les mélanges sciures-tourbe présentent une problématique d’implantation, particulièrement ceux à forte proportion de sciures. Toutefois, le substrat sciures-tourbe contenant moins de sciures égale les rendements des substrats coco et écorces lorsque l’implantation est réussie. Cette dernière est facilitée par une gestion humide de l’irrigation, et ce, pour tous les substrats. Finalement, la fertilisation européenne recommandée est appropriée pour les conditions régionales. En augmenter la dose n’améliore pas les rendements, mais ne fait qu’accroître les coûts de production. / Introduced from Europe, the soilless culture of strawberry only begins in Canada and its parameters must be adapted to regional conditions. The objectives of this study were to find the best suited local substrates for this culture, to determine the appropriate irrigation management and to define the fertilizer concentration effects on the crop. After three experiments, it turned out that the coconut fiber and aged bark substrates obtain similar yields and peat-sawdust mixtures have plant establishment issues, especially when the proportion of sawdust is important. However, the peat-sawdust substrate with a low proportion of sawdust (volume/volume) reaches yields equivalent to coconut and bark substrates when implantation is successful. The latter is facilitated for all the substrates by a wetter irrigation management. Finally, the Europe recommended fertilization is appropriate to regional conditions, as a higher dose does not increase the yields and generates only higher costs related to fertilizers.