Quantitative fluorescence polymerase chain reaction (QF-PCR) is a molecular genetic method based on the amplification of microsatellites (Short tandem repeats, STR) and measurement of the peak heights of amplicons in the electropherogram. Currently, the QF- PCR deemed reliable, fast, and inexpensive method that is gradually replacing conventional cytogenetic analysis of aneuploidy (examination of long-term cultures of amniotic fluid). However, in certain cases it is impossible to determine the parental origin and meiotic aneuploidy by QF-PCR. The aim of this work was to verify the new dinucleotide STR markers on chromosomes 13, 16, 18, 21, and 22 and further increase the diagnostic efficiency of QF-PCR retaining other STR markers on chromosome 15, 16, 22 and to determine the population and the analytical characteristics of these markers. For all dinucleotide STR markers stutter occurred in high frequency and therefore there were found not to be suitable for routine diagnostics. STR markers for chromosomes 15, 16 and 22 were tested on 100 patients. We selected four informative markers for both chromosome 16 and 22, and three markers for chromosome 15. Thus, I expanded set of diagnostic STR markers in this thesis. Key words: QF-PCR, STR markers, prenatal diagnosis, trisomy.

Made available in DSpace on 2016-08-29T15:34:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_8966_Dissertação_Fernando Colnago20150826-123156.pdf: 3408650 bytes, checksum: 8e6f48a8678d513330c4dbecc0a5c9bb (MD5) Previous issue date: 2015-06-30 / Popularmente conhecida como maconha, a Cannabis sativa é a mais usada de todas as drogas ilícitas e seu comércio, em conjunto com outras drogas, é uma das atividades criminosas que mais consomem recursos públicos e está intimamente associado aos homicídios. No Estado do Espírito Santo (ES), 70% dos homicídios tem relação com o tráfico de entorpecentes, apresentando atualmente o segundo maior índice dos país. A despeito da atuação policial, não existem estudos detalhados sobre plantio, distribuição e consumo de Cannabis no Brasil, de uma forma geral, sabe-se apenas que a maior parte da droga é produzida no Paraguai ou cultivada dentro do próprio país e acredita-se que o Paraguai seja responsável pelo abastecimento das regiões sul, sudeste e centro-oeste do Brasil. A identificação genética de Cannabis apreendidas pela Polícia Civil pode auxiliar na determinação geográfica de plantios e possíveis rotas do tráfico, informação essencial para a ação da polícia no combate ao tráfico de drogas. Com objetivo de caracterizar as amostras de Cannabis apreendidas pela Polícia Civil do ES e verificar correlações que pudessem indicar origens comuns, foram analisados 18 loci STR de 165 amostras oriundas de 71 dos 78 municípios do Estado. Foram encontrados 89 alelos, variando de 2 (loci A501 e 9269) a 12 alelos (locus A301). Os loci H06 e A305 apresentaram 3 alelos cada e o locus B05 apresentou 4 alelos, similar ao encontrado em amostras do Paraguai. Os dados alélicos dos loci A305, B05 e H06 sugerem que a região sudeste do Brasil pode estar sendo abastecida por Cannabis de origem Paraguaia. Também foi verificado que 4 alelos apareceram apenas nas amostras 176 e 230. A amostra 230 era proveniente de uma apreensão realizada na cidade de Aracruz, onde a Polícia verificou a ligação do proprietário com o tráfico internacional de entorpecentes, e demonstrou ser geneticamente mais próxima de amostras da Alemanha, sugerindo que sua matriz tem origem no exterior podendo, dentre outras possibilidades, ter chegado ao ES através do tráfico pela internet. Os resultados obtidos fornecem mais informações a respeito da maconha comercializada no Brasil, podendo ser utilizados em estudos futuros para elaboração de um banco de dados baseado em STR para aplicação forense / Popularly known as marijuana, Cannabis sativa is the most used of all illicit drugs and, with other drugs, its trade is one of the criminal activities that most consume public resources and is closely related to homicides. In the Espírito Santo State (ES), 70% of homicides is related to drug trafficking, currently presenting the second highest rate in the country. Despite the police action, there is no detailed studies of planting, distribution and Cannabis consumption in Brazil, in general, we only know that most drug is produced in Paraguay or grown within the country and it is believed that Paraguay is responsible for supplying the Brazil’s south, southeast and centerwest region. Genetic analysis of Cannabis seized by the police can assist in determining, geographically, plantations and possible routes of trafficking, essential information for police’s action in drug trafficking combat. In order to characterize the Cannabis samples seized by the police at ES and verify correlations that could indicate common origins, we analyzed 18 STR loci in 165 samples from 71 of 78 municipalities in the State. We have found 89 alleles ranging from 2 (A501 loci and 9269) to 12 alleles (A301 locus). The loci H06 and A305 presented each, 3 alleles and the locus B05, 4 alleles, similar to that found in Paraguayan samples. The allelic data of loci A305, B05 and H06 suggest that Brazil 's southeast region can be being supplied by Paraguayan Cannabis. We also found four alleles that appeared only in samples 176 and 230. Sample 230 was seized in Aracruz city, where the police found owner's connection with international trafficking, and demonstrated to be genetically nearest to German samples, suggesting a foreign origin what could be explained by internet trafficking. The obtained results provide more information about marijuana’s market in Brazil and could be used in future studies to develop a STR database for forensic application.

Submitted by Erika Demachki (erikademachki@gmail.com) on 2014-10-23T17:50:16Z No. of bitstreams: 5 Tese - Thais Cidália Vieira - 2013.pdf: 1996022 bytes, checksum: 437252ae67c575163ee228463ab65230 (MD5) Artigo - Thais Cidália Vieira - 01.pdf: 505776 bytes, checksum: a98ddeb01fb4364e324489157f0257d0 (MD5) Artigo - Thais Cidália Vieira - 02.pdf: 300553 bytes, checksum: 033e986406f011061388dda4c9c0af3f (MD5) Artigo - Thais Cidália Vieira - 03.pdf: 342266 bytes, checksum: e5f53faff63d586fd7df2a4ef3682d45 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Jaqueline Silva (jtas29@gmail.com) on 2014-10-30T20:47:54Z (GMT) No. of bitstreams: 5 Tese - Thais Cidália Vieira - 2013.pdf: 1996022 bytes, checksum: 437252ae67c575163ee228463ab65230 (MD5) Artigo - Thais Cidália Vieira - 01.pdf: 505776 bytes, checksum: a98ddeb01fb4364e324489157f0257d0 (MD5) Artigo - Thais Cidália Vieira - 02.pdf: 300553 bytes, checksum: 033e986406f011061388dda4c9c0af3f (MD5) Artigo - Thais Cidália Vieira - 03.pdf: 342266 bytes, checksum: e5f53faff63d586fd7df2a4ef3682d45 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-10-30T20:47:54Z (GMT). No. of bitstreams: 5 Tese - Thais Cidália Vieira - 2013.pdf: 1996022 bytes, checksum: 437252ae67c575163ee228463ab65230 (MD5) Artigo - Thais Cidália Vieira - 01.pdf: 505776 bytes, checksum: a98ddeb01fb4364e324489157f0257d0 (MD5) Artigo - Thais Cidália Vieira - 02.pdf: 300553 bytes, checksum: 033e986406f011061388dda4c9c0af3f (MD5) Artigo - Thais Cidália Vieira - 03.pdf: 342266 bytes, checksum: e5f53faff63d586fd7df2a4ef3682d45 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2013-12-17 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Goiás - FAPEG / (Sem resumo em outra língua) / Os marcadores STRs tem sido amplamente utilizados com diferentes propósitos incluindo estudos populacionais e identificação humana. Sendo assim, o presente estudo tem como objetivo determinar as frequências alélilas e outros parâmetros estatísticos de 27 loci STR na população do Estado de Goiás, região central do Brasil, consolidando um banco de dados genético-molecular para aplicações na área forense e em testes de paternidade. Foram incluídos no estudo 1339 indivíduos participantes de investigações de vínculo genético realizadas no Laboratório de Citogenética Humana e Genética Molecular da Secretaria de Estado da Saúde de Goiás (SES-GO) e Laboratório Biocroma, no período de julho de 2010 a janeiro de 2013. A extração e quantificação do DNA foi realizada com conjunto de reagentes comerciais de acordo com as orientações do fabricante. As regiões genômicas foram amplificadas por PCR através do sistema multiplex PowerPlex®BIO 16 (Promega Corporation, EUA) para os loci autossômicos, TPOX, D3S1358, D5S818, FGA, CSF1PO, D7S820, D8S1179, TH01, vWA, D13S317, D16S539, D18S51, D21S11, Penta D e Penta E, e pelo sistema Powerplex®Y (Promega Corporation, EUA), para 12 marcadores STR-Y, sendo dez tetranucleotídeos - DYS19, DYS385a/b, DYS389I, DYS389II, DYS390, DYS391,DYS393, DYS437, DYS439 - um trinucleotídeo - DYS392 - e um pentanucleotídeo-DYS438. Os produtos amplificados foram detectados em analisadores genéticos automáticos, MegaBace® 1000 (Amersham Biosciences, UK) e ABI 3500® (Life Technology Applied Biosystems, EUA). Posteriormente, as frequências alélicas, diversidade gênica e haplotípica foram obtidas com o auxílio dos programas Arlequin 3.5 e Genetix 4.05. Os valores encontrados para os parâmetros estatísticos, tais como heterozigosidade observada (Ho) e esperada (He), demonstraram que os marcadores STRs autossômicos analisados estão em equilíbrio de Hardy-Weinberg na população estudada, semelhante a outras populações de diferentes regiões do Brasil. O conteúdo de informação polimórfica (PIC), o poder de discriminação (PD) e o poder de exclusão (PE) obtidos para estes loci confirmam que estas regiões são bastante informativas para aplicações em identificação humana. As frequências alélicas e diversidade haplotípica obtidas dos STR-Y revelou 321 haplótipos únicos. O valor do Fst foi de 0,00951 demonstrando nenhuma diferença significativa entre as populações de Goiás e a amostra da população brasileira. Foi possível estimar uma taxa de mutação de 0,35x 10-4 a 0,63x 10-3 sendo a maioria de origem paterna e com ganho ou perda de apenas uma unidade de repetição. A caracterização genética-molecular da população do Estado de Goiás baseada nos marcadores STRs autossômicos e cromossomo Y demonstraram que este loci são altamente polimórficos e informativos, constituindo uma ferramenta útil para aplicações em identificação humana, reconstruções de perfis genéticos, bem como estudos populacionais e evolutivos.

Made available in DSpace on 2016-08-10T10:38:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Lindomar Valentin Ferreira.pdf: 1215853 bytes, checksum: 2cb0836a827c452d5ca06c97f0d59f35 (MD5) Previous issue date: 2011-05-13 / The population genetics aims to study the allelic and genotypic frequencies in populations and the mechanisms that these frequencies change over generations. This study aims to estimate and compare the allele frequencies of 15 autosomal STR markers, sheets of 501 tests the genetic link in 986 individuals in the population of Goiânia-Goiás. The markers that showed higher numbers of alleles were D18S51 and Penta E with 20 to 19. The marker that had allele frequency was higher for the TPOX 8 allele. Other statistical parameters analyzed demonstrated high PIC, PD and PE for the marker Penta E. Analysis of allele frequencies obtained in this study were statistically compared with populations of five regions of Brazil, by Student's t test, not intra-population differences were observed (p> 0.05). In this context, the genetic database based on the values of the allele frequencies of the population of Goiânia, can be used in testing the genetic link, as well as in studies of human identification, due to the similarities observed in other Brazilian populations. / A genética de populações visa o estudo das frequências alélicas e genotípicas em populações e os mecanismos capazes de mudar estas frequências ao longo das gerações. Essa pesquisa tem como objetivo estimar e comparar as frequências alélicas de 15 marcadores autossômicos STR, de 501 planilhas de exames de vínculo genético em 986 indivíduos da população de Goiânia-Goiás. Os marcadores que apresentaram maiores números de alelos foram o D18S51 com 20 e o Penta E com 19. O marcador que teve maior frequência alélica foi o TPOX para o alelo 8. Outros parâmetros estatísticos analisados caracterizaram elevados PIC, PD e PE para o marcador Penta E. As análises das frequências alélicas obtidas neste estudo foram comparadas estatisticamente com populações de cinco regiões brasileiras, pelo teste t Student, e não foram verificadas diferenças intra populacionais significativas (p>0,05). Neste contexto, o banco de dados genéticos baseado nos valores das frequências alélicas da população de Goiânia, pode ser utilizado em testes de vínculo genético, assim como em estudos de identificação humana, devido às semelhanças verificadas com outras populações brasileiras.

The aim of this diploma thesis was the initial genetic analysis of early mediaeval burial site from Mlekojedy polycultural locality (Litoměřice District, Czech Republic). Autosomal STR markers were chosen because of the following reasons. The high degree of polymorphism of these markers and the high extent of heterozygosity favor the use of STRs instead of mitochondrial DNA for the structural analysis of small populations. Usefulness of STR typing for validation purposes was demonstrated many times before. We used primers for miniSTRs to obtain the fullest results. Nuclear DNA was extracted from 35 % of bone samples and 91 % of teeth. We detected lower PCR amplification success rate of fragments longer than 150 bp and very high rate of allele drop-out which is sign of degraded DNA. Twelve reliable genotypes were determined for TH01 marker. Observed allele frequency and genetic diversity values were discussed in comparison with recent populations and other aDNA studies of burial sites. Keywords: ancient DNA, STR markers, miniSTR, early medieval burial site, Czech population