Magíster en Bioquímica en el área de especialización de Bioquímica Toxicológica y Diagnóstico Molecular / Memoria para optar al Título de Bioquímica / El género Salmonella comprende dos especies, S. enterica y S. bongori, que en conjunto agrupan a más de 2.500 serovares. De éstos, los pertenecientes a S. enterica subespecie enterica son responsables de aproximadamente el 99% de los casos de salmonelosis en animales de sangre caliente. A nivel mundial se producen anualmente millones de casos de salmonelosis en el ser humano y miles de muertes, principalmente en países subdesarrollados. En esta tesis se propuso identificar un conjunto de genes requeridos para la colonización sistémica de un hospedero murino por tres serovares de Salmonella: S. Typhi, S. Typhimurium y S. Enteritidis. Este estudio se realizó mediante un análisis masivo de mutantes bajo selección negativa in vivo. La detección de aquellas mutantes con defectos en la colonización sistémica aguda de ratones BALB/c se realizó mediante hibridaciones comparativas utilizando un microarray genómico de Salmonella. El posterior análisis comparativo de las mutantes bajo selección negativa in vivo en los tres serovares, nos permitió identificar que mutantes en 131 genes serían atenuadas in vivo. Dentro de este grupo identificamos genes codificados en islas de patogenicidad conservadas del género Salmonella, genes necesarios para la biosíntesis de purinas y compuestos aromáticos (aro, pur y gua), genes relacionados con la biosíntesis y modificación del LPS (rfa, rfb) y genes que codifican reguladores globales asociados a patogenicidad (phoP, envZ, rpoN, dam y rsd). Otros genes identificados corresponden a los que codifican el sistema transportador de proteínas Twin-Arginine (tatABC), genes que codifican las diferentes subunidades de una NADH deshidrogenasa (genes nuo); un locus que corresponde a un transportador de péptidos del tipo ABC (sapBF). También pudimos detectar que mutantes en genes involucrados en el transporte de solutos se encuentran bajo selección, como trkH que codifica un transportador de potasio. El sistema de transporte Twin-Arginine corresponde a una de las dos vías de translocación de proteínas hacia el espacio periplasmático en bacterias Gram negativo. La participación de este sistema en la patogenicidad de Salmonella se confirmó mediante ensayos de competencia in vivo entre mutantes definidas del operón y la respectiva cepa silvestre en los tres serovares estudiados. El análisis global de mutantes en tres serovares nos permitió determinar un conjunto de genes comunes necesarios para establecer la colonización sistémica aguda en un hospedero murino. Posteriormente, se confirmó la participación del sistema de transporte de proteínas Tat en la patogenicidad de Salmonella. Los resultados de los ensayos de competencia nos permitieron confirmar la predicción obtenida en el análisis de masivo de mutantes bajo selección negativa in vivo. / The Salmonella genus comprises two species: S. bongori and S. enterica, which can be grouped into more than 2,500 serotypes. Serovars within S. enterica subspecies enterica account for ~99% of all salmonellosis in warm-blooded animals. Worldwide, these organisms are responsible for hundreds of millions of salmonellosis cases and hundreds of thousands of deaths, mainly in underdeveloped countries. In this thesis, we aimed to identify a group of genes required for systemic colonization of a murine host by three Salmonella serotypes: S. Typhi, S. Typhimurium and S. Enteritidis. We used a high-throughput microarray-based screening for mutants with defects in systemic colonization of BALB/c mice. Subsequent comparative analysis of mutants under negative selection in vivo allowed us to identify that mutants in 131 genes are attenuated in the three serotypes under study. Within this group we found genes encoded in some of the pathogenicity islands conserved in the Salmonella genus, genes required for biosynthesis of purines and aromatic compounds (aro, pur and gua), genes related to LPS biosynthesis (rfa and rfb) and genes encoding regulators previously associated with virulence (phoP, envZ, rpoN, dam and rsd). Other genes identified are those encoding the Twin-Arginine transport system (tatABC), genes coding the different subunits of a NADH dehydrogenase (nuo genes) and a locus encoding an ABC peptide transporter (sapBF). We also identified that mutants in genes involved in solute transport (i.e: trkH, that encodes a potassium transporter) are under negative selection in vivo. The Twin-Arginine transport system corresponds to one of the two pathways used by Gram-negative bacteria to translocate proteins to the periplasmatic space. Participation of this system in Salmonella pathogenicity was confirmed in the three serotypes under study by means of in vivo competition assays between targeted mutants of the operon and the corresponding wild-type strains. Overall, the global analysis of mutants under negative selection in vivo in three serotypes of Salmonella allowed us to identify a common group of genes required to establish acute systemic colonization of a murine host. We confirmed the participation of the Tat transport system in the pathogenicity of Salmonella using in vivo competition assays. These results further support the predictions obtained in our global analysis. / Fondecyt

Memoria para optar al Título Profesional de Médico Veterinario / Salmonella spp. es uno de los principales agentes causantes de gastroenteritis en la población humana. Las fuentes de infección las constituyen alimentos y agua contaminada con este agente, siendo los de origen animal los más frecuentemente contaminados. El objetivo del presente estudio fue describir la situación de la problemática de salmonelosis humana y animal en Chile en el periodo 2000-2006 y comparar la aplicación de buenas prácticas con la incidencia de salmonelosis humana. Se recopilaron antecedentes sobre el agente en diversas instituciones de salud pública y de salud animal comparando así los datos de prevalencia. Al mismo tiempo, se realizó un cuestionario Delphi de 33 preguntas a expertos en el tema. Los casos de salmonelosis humana mostraron un constante aumento según los registros del Instituto de Salud Pública (ISP). Los alimentos de origen cárneo toman una gran importancia frente al resto de los alimentos en el contagio de esta bacteria. En los meses de altas temperaturas existe un mayor número de toxiinfecciones. Los casos de salmonelosis en mataderos de aves también mostraron un aumento en los años de estudio, no existiendo relación con los casos humanos. Los expertos plantean que la salmonelosis es un problema grave tanto en el ámbito nacional como internacional, cuya principal fuente de contagio se produce al interior del hogar. Se concluye que los casos de salmonelosis humana y animal son crecientes, lo cual hace notar que a pesar de los esfuerzos desplegados, Salmonella spp. sigue siendo un agente de preocupación. Salmonella Enteritidis es el principal serotipo responsable de toxiinfecciones alimentarias humanas en Chile, pero ahora los productos de origen cárnicos desplazaron a los derivados del huevo como principal fuente de contagio. Se concluye finalmente que es fundamental implementar esfuerzos en conjunto aplicando buenas prácticas en toda la cadena de producción y mejores programas de educación al consumidor.

Memoria para optar al Título Profesional de Médico Veterinario / Salmonella Enteritidis (S.E.) es una de las principales causas de toxiinfecciones alimentarias en el mundo, además de causar importantes pérdidas económicas a la industria avícola. Dentro de los alimentos implicados en los brotes de salmonelosis humana, el huevo cumple un rol fundamental en la transmisión de este enteropatógeno bacteriano. Debido al surgimiento de multiresistencia a los antimicrobianos, y a que ninguna de las medidas de control aplicadas por la industria avícola ha logrado eliminar esta bacteria del contenido de los huevos, es que nace la idea de utilizar bacteriófagos para el biocontrol de S.E. en huevos. El objetivo del presente estudio fue determinar la capacidad biocontroladora de una mezcla de tres bacteriófagos líticos, sobre S.E. contenida en huevos permeabilizados. Se analizaron las efectividades tanto de dos vías de administración de estos como de diferentes tiempos, sobre el biocontrol de S.E. en huevos experimentalmente contaminados. Para ésto, huevos SPF fueron contaminados, a través de la cámara de aire, con una suspensión de S.E. (1,28 x 101 UFC/mL); dos horas después se adicionaron los fagos (107 UFP/mL), mediante dos formas de administración: inmersión o aspersión de gota gruesa. Los huevos así tratados fueron mantenidos a temperatura ambiente hasta por cinco días, divididos según vía de administración en cinco grupos paralelos, se analizaron por bacteriologías cualitativa y cuantitativa (UFC/mL) cada 24 horas (D1 a D5). El diseño experimental incluyó, además, un grupo control de infección, inoculado sólo con S.E. y dos grupos controles de fagos que sólo recibieron la mezcla de fagos en estudio, uno por inmersión y el otro por aspersión. Los resultados de la bacteriología cualitativa mostraron que los grupos de huevos que recibieron terapia con fagos, tanto por inmersión como por aspersión, en ningún día de los análisis de las muestras (D1 a D5) tuvieron reducciones significativas (p > 0,05) en la incidencia de contaminación. Sin embargo, la bacteriología cuantitativa mostró que los fagos fueron capaces de lograr disminuciones significativas (p < 0,05) en los recuentos de S.E. de aproximadamente 3 log, independiente de las vías de administración y de los tiempos. Estos resultados sugieren que los bacteriófagos pueden ser una alternativa efectiva para el control de Salmonella Enteritidis en huevos, dosificados tanto por inmersión como por aspersión. Además, se comprobó que la actividad lítica de los bacteriófagos se mantuvo en el tiempo, por hasta 5 días

O vírus da imunodeficiência humana (HIV) é o responsável pela pandemia mundial da síndrome da imunodeficiência adquirida (AIDS). Uma vez infectado pelo HIV, o hospedeiro apresenta a forma aguda da doença, caracterizada por aumento da carga viral circulante, rápido declínio das células TCD4+ e ativação da resposta imune inata. Quando o HIV se estabelece no organismo, induz latência em algumas células e leva à cronicidade da infecção e nessa fase o principal alvo do HIV são as células T CD4+, observa-se então constante diminuição desta população, que tem como consequência a imunodeficiência, com desativação de outras células imunes, como os monócitos, macrófagos, células Natural Killer e neutrófilos. Portanto, há o favorecimento das infecções oportunistas por fungos, bactérias, parasitas e outros vírus, além do surgimento de neoplasias principais responsáveis pela morbidade e mortalidade relacionadas à AIDS. Para conter a destruição do sistema imune pelo vírus, inicia-se a terapia antirretroviral (TARV), sendo que o parâmetro disponível na clínica para início da terapia é a carga viral e contagem de células TCD4+. Neste sentido, investigamos se fatores relacionados à função e fenótipo de monócitos de pacientes HIV+ poderiam servir como biomarcadores da progressão da infecção. Para tanto, monócitos provenientes do sangue periférico de indivíduos HIV+, virgens ou não de tratamento e de indivíduos controle foram ou não infectadas in vitro com Salmonella Enteritidis. A capacidade fagocítica, a atividade microbicida, a produção de óxido nítrico (NO) e de citocinas foi avaliada e para avaliar a produção de espécies reativas do oxigênio (EROs), os monócitos foram ainda estimulados ou não com PMA. Concluímos que a infecção pelo HIV leva ao aumento da capacidade fagocítica de monócitos de homens quando comparados à mulheres nas mesmas condições, entretanto a infecção não altera funções como a atividade microbicida, produção de EROs ou NO, entretanto, o perfil de citocinas entre os grupos foi muito diferente, entretanto o uso de TARV é capaz de recuperar parcialmente as correlações formadas entre citocinas comparadas ao grupo controle. Desta forma uma bioassinatura funcional poderia ser descrita, tendo como base a produção diferencial de citocinas e quimiocinas, como IL-1?, IL-6 e IL-12p70. / The human immunodeficiency virus (HIV) is the responsible for the acquired immunodeficiency syndrome (AIDS) global pandemic. Once infected with HIV, the host has an acute form of the disease, characterized by a very high circulating level of virus and a rapid decline in CD4+ T cells, and then, the activation of innate immune response. The HIV is established in the body, inducing latency in some cells and leads to chronic infection, phase which the main target of HIV are the CD4+ T cells, and then what we observe is the constant decline of this population, which brings the immunodeficiency as a consequence, characterized by the deactivation of other immune cells, such as monocytes, macrophages, natural killer and neutrophils. In this way, opportunistic infections by fungal, bacteria, parasites and others viuses in adition to the neoplasm are established, being the main responsible for the morbidity and mortality related to AIDS. To contain the immune system destruction by the virus, the antiretroviral therapy (HAART) can be initiated, and the clinical parameter available considered to the onset of therapy to is the viral load and CD4+ T cell counts. In this sense, we have investigated if the factors related to the function and phenotype of monocytes from HIV+ patients could serve as biomarkers of the progression of infection. To this end, monocytes from the peripheral blood of HIV+ patients treated or not with HAART and control subjects were infected or not in vitro with Salmonella Enteritidis. The phagocytic capacity, microbicidal activity, the production of nitric oxide (NO) or cytokines were evaluated and when monocytes were stimulated or not with PMA, the production of reactive oxygen species (ROS) was evaluated. We conclude that HIV infection leads to increased phagocytic ability of monocytes of men compared to women in the same conditions, however, the infection does not alter functions such as microbicidal activity and ROS and NO production, however, the cytokine profile between groups was very different, however the use of HAART is able to partially recover the correlations formed between cytokines compared to the control group. Thus a functional biosignature could be described based on the differential production of cytokines and chemokines such as IL-1?, IL-6 and IL-12p70.

O objetivo deste estudo foi o de avaliar a eficiência da aderência de produtos de exclusão competitiva e de probiótico sobre a tonsila cecal de frangos SPF, com idade de um a doze dias. Através da microscopia eletrônica de varredura, verificou-se a ação destes produtos comerciais com relação a proteção ao epitélio, quando desafiados com Salmonella Enteritidis. O delineamento experimental foi dividido em cinco (05) grupos, sendo o grupo T1 o controle negativo, o grupo T2 recebeu o produto de exclusão competitiva Aviguard, o grupo T3 recebeu o produto de exclusão competitiva Broilact, o grupo T4 recebeu o probiótico Biotop e o grupo T5 o controle positivo. Após 12 horas do tratamento com os produtos de exclusão competitiva ou probiótico as aves foram infectadas, por via oral, com S. Enteritidis. Os resultados obtidos mostraram que os produtos de exclusão competitiva e probiótico apresentaram uma maior eficiência em estabelecer uma microbiota protetora contra S. Enteritidis, e que a adição destes pode produzir um efeito de melhor índice zootécnico, quando comparado com as aves que foram desafiadas com S. Enteritidis e que apresentaram um ganho de peso inferior. / The aim of this study was to evaluate the ultra structure of the cecal tonsil in SPF chicks using scanning electron microscopy, determining the efficacy of competitive exclusion products and probiotic and its protection in cecal epithelium against an oral challenge with Salmonella Enteritidis. The experimental design included five groups: T1 negative control, T2 chicks treated with Aviguard, T3 chicks treated with Broilact, T4 chicks treated with Biotop, and, T5 positive control. After 12 hours of treatment with competitive exclusion products or probiotic the chicks were infected orally with S. Enteritidis. Results showed that treated groups had a protective effect stimulating the establishment of the resident microflora against pathogenic bacteria. Treated chicks showed high weight gain when compared to chicks challenged.

O vírus da imunodeficiência humana (HIV) é o responsável pela pandemia mundial da síndrome da imunodeficiência adquirida (AIDS). Uma vez infectado pelo HIV, o hospedeiro apresenta a forma aguda da doença, caracterizada por aumento da carga viral circulante, rápido declínio das células TCD4+ e ativação da resposta imune inata. Quando o HIV se estabelece no organismo, induz latência em algumas células e leva à cronicidade da infecção e nessa fase o principal alvo do HIV são as células T CD4+, observa-se então constante diminuição desta população, que tem como consequência a imunodeficiência, com desativação de outras células imunes, como os monócitos, macrófagos, células Natural Killer e neutrófilos. Portanto, há o favorecimento das infecções oportunistas por fungos, bactérias, parasitas e outros vírus, além do surgimento de neoplasias principais responsáveis pela morbidade e mortalidade relacionadas à AIDS. Para conter a destruição do sistema imune pelo vírus, inicia-se a terapia antirretroviral (TARV), sendo que o parâmetro disponível na clínica para início da terapia é a carga viral e contagem de células TCD4+. Neste sentido, investigamos se fatores relacionados à função e fenótipo de monócitos de pacientes HIV+ poderiam servir como biomarcadores da progressão da infecção. Para tanto, monócitos provenientes do sangue periférico de indivíduos HIV+, virgens ou não de tratamento e de indivíduos controle foram ou não infectadas in vitro com Salmonella Enteritidis. A capacidade fagocítica, a atividade microbicida, a produção de óxido nítrico (NO) e de citocinas foi avaliada e para avaliar a produção de espécies reativas do oxigênio (EROs), os monócitos foram ainda estimulados ou não com PMA. Concluímos que a infecção pelo HIV leva ao aumento da capacidade fagocítica de monócitos de homens quando comparados à mulheres nas mesmas condições, entretanto a infecção não altera funções como a atividade microbicida, produção de EROs ou NO, entretanto, o perfil de citocinas entre os grupos foi muito diferente, entretanto o uso de TARV é capaz de recuperar parcialmente as correlações formadas entre citocinas comparadas ao grupo controle. Desta forma uma bioassinatura funcional poderia ser descrita, tendo como base a produção diferencial de citocinas e quimiocinas, como IL-1?, IL-6 e IL-12p70. / The human immunodeficiency virus (HIV) is the responsible for the acquired immunodeficiency syndrome (AIDS) global pandemic. Once infected with HIV, the host has an acute form of the disease, characterized by a very high circulating level of virus and a rapid decline in CD4+ T cells, and then, the activation of innate immune response. The HIV is established in the body, inducing latency in some cells and leads to chronic infection, phase which the main target of HIV are the CD4+ T cells, and then what we observe is the constant decline of this population, which brings the immunodeficiency as a consequence, characterized by the deactivation of other immune cells, such as monocytes, macrophages, natural killer and neutrophils. In this way, opportunistic infections by fungal, bacteria, parasites and others viuses in adition to the neoplasm are established, being the main responsible for the morbidity and mortality related to AIDS. To contain the immune system destruction by the virus, the antiretroviral therapy (HAART) can be initiated, and the clinical parameter available considered to the onset of therapy to is the viral load and CD4+ T cell counts. In this sense, we have investigated if the factors related to the function and phenotype of monocytes from HIV+ patients could serve as biomarkers of the progression of infection. To this end, monocytes from the peripheral blood of HIV+ patients treated or not with HAART and control subjects were infected or not in vitro with Salmonella Enteritidis. The phagocytic capacity, microbicidal activity, the production of nitric oxide (NO) or cytokines were evaluated and when monocytes were stimulated or not with PMA, the production of reactive oxygen species (ROS) was evaluated. We conclude that HIV infection leads to increased phagocytic ability of monocytes of men compared to women in the same conditions, however, the infection does not alter functions such as microbicidal activity and ROS and NO production, however, the cytokine profile between groups was very different, however the use of HAART is able to partially recover the correlations formed between cytokines compared to the control group. Thus a functional biosignature could be described based on the differential production of cytokines and chemokines such as IL-1?, IL-6 and IL-12p70.

Salmonella Gallinarum (SG) et Salmonella Enteritidis (SE) sont deux sérotypes génétiquement proches. Pourtant, chez la volaille, SG induit une infection systémique létale tandis que SE est responsable d’une infection systémique transitoire et d’un portage intestinal asymptomatique. De plus, SE est un sérotype ubiquiste tandis que SG est spécifique d’hôte. Outre ces différences in vivo, ces deux sérotypes présentent des différences in vitro. Nous avons montré que SG est in vitro moins invasif que SE. Ce phénotype est indépendant de l’origine aviaire ou non-aviaire des cellules en dépit du tropisme de SG pour la volaille. LeT3SS-1, le facteur d’invasion majeur chez Salmonella, est composé d’un appareil de sécrétion et des effecteurs transloqués par celui-ci. Nous avons montré que les composants du T3SS-1 sont autant exprimés chez SG que chez SE et que tous deux possèdent un appareil de sécrétion fonctionnel. Pourtant, l’étude des capacités d’invasion dépendantes du T3SS-1 suggère que ce facteur est impliqué dans le défaut d’invasion de S. Gallinarum. L’analyse des gènes codant les effecteurs transloqués par le T3SS-1 a montré qu’il existe des mutations chez SG pouvant être à l’origine de ce défaut d’invasion. / Salmonella Gallinarum and Salmonella Enteritidis are genetically closed. However, whereas SG induces lethal systemic infection in poultry, SE is responsible for transient systemic infection and asymptomatic intestinal carriage. Moreover, SE is ubiquitous whereas SG is poultry specific. These serotypes also present in vitro differences. We have shown that SG is in vitro less invasive than SE whatever the avian or non-avian cell origin, in spite of SG’s tropism for avian species. T3SS-1, the main invasion factor in Salmonella, is composed of a secretion apparatus and its translocated effectors. We have shown that T3SS-1 components a expressed in a similar way by SE and SG and both harbor a functional secretion apparatus. However, study of T3SS-1 dependent invasion abilities suggested that T3SS-1 is involved in SG’s invasion defect. Sequence analysis has revealed that SG possesses several mutations in genes encoding main T3SS-1 effectors, that could explain the low invasive phenotype.

Com a expansão da avicultura, ocorreu um aumento no número de aves alojadas, concentrando as produções e, consequentemente, facilitando a disseminação de doenças. Entre as doenças transmitidas pelo consumo dos produtos avícolas, a salmonelose tem especial importância. Nos últimos anos tem ocorrido um aumento na prevalência do sorovar Salmonella Enteritidis em todo o mundo, sendo o mais isolado. A patogenia da Salmonella e a forma como ela interage com seu hospedeiro são fenômenos multifatoriais e complexos. Entre os principais fatores de virulência da Salmonella estão os genes de virulência. O objetivo deste trabalho foi a pesquisa de genes associados à virulência em cepas de S. Enteritidis oriundas de diferentes origens avícolas. Realizou-se a pesquisa de nove genes de virulência (lpfA, agfA, sefA, invA, hilA, avrA, sopE, sivH, spvC) em 84 amostras de S. Enteritidis. Os genes invA, hilA, sivH, sefA e avrA estiveram presentes em 100% das amostras (84/84); lpfA e sopE em 99% (83/84); agfA em 96% (81/84); e o gene spvC em 92% (77/84). Foi possível caracterizar as amostras em quatro diferentes perfis genéticos, sendo P1 positivo para todos os genes, P2 negativo apenas para spvC, P3 negativo apenas para agfA e P4 negativo para lpfA, spvC e sopE, sendo o grupo P1 o mais prevalente. Apesar de todas as cepas pertencerem a um mesmo sorovar, observou-se uma variação na presença dos genes de virulência. Os perfis estabelecidos e as frequências obtidas podem servir para a escolha de cepas a serem utilizadas para realização da PFGE e em futuros estudos in vivo. / The poultry industry has been characterized by an increase in the number of housed animals in recent years, concentrating the production and facilitating the spread of many diseases. Among all illness transmitted by food, including meat and eggs, salmonellosis is of particular importance. Currently, there has been an increase in prevalence of islament of Salmonella Enteritidis all around the world. The pathogenesis of Salmonella and how it interacts with the host are a complex and multifactorial phenomenon. Among virulence factors of Salmonella, the virulence genes are the most important. The aim of this survey was to search for genes associated with virulence in strains of S. Enteritidis isolated from different origins, all from poultry. We conducted a search of nine virulence genes (lpfA, agfA, sefA, invA, hilA, avrA, sopE, sivH, spvC) in 84 samples of S. Enteritidis. The genes invA, hilA, sivH, sefA e avrA were present in 100% of samples (84/84); lpfA and sopE in 99% (83/84); agfA in 96% (81/84); and spvC in 92% (77/84) of them. It was possible to characterize the samples in four different genetic profiles, P1 being positive for all genes, P2 negative only for spvC, P3 negative only for agfA and P4 negative for lpfA, sopE and spvC. The P1 was the most prevalent. Despite all the strains belong to the same serovar, it is possible to observe a variation in the presence of virulence genes. These established profiles and gene frequencies obtained are useful to select strains to be used in PFGE and in future in vivo studies.

Com a expansão da avicultura, ocorreu um aumento no número de aves alojadas, concentrando as produções e, consequentemente, facilitando a disseminação de doenças. Entre as doenças transmitidas pelo consumo dos produtos avícolas, a salmonelose tem especial importância. Nos últimos anos tem ocorrido um aumento na prevalência do sorovar Salmonella Enteritidis em todo o mundo, sendo o mais isolado. A patogenia da Salmonella e a forma como ela interage com seu hospedeiro são fenômenos multifatoriais e complexos. Entre os principais fatores de virulência da Salmonella estão os genes de virulência. O objetivo deste trabalho foi a pesquisa de genes associados à virulência em cepas de S. Enteritidis oriundas de diferentes origens avícolas. Realizou-se a pesquisa de nove genes de virulência (lpfA, agfA, sefA, invA, hilA, avrA, sopE, sivH, spvC) em 84 amostras de S. Enteritidis. Os genes invA, hilA, sivH, sefA e avrA estiveram presentes em 100% das amostras (84/84); lpfA e sopE em 99% (83/84); agfA em 96% (81/84); e o gene spvC em 92% (77/84). Foi possível caracterizar as amostras em quatro diferentes perfis genéticos, sendo P1 positivo para todos os genes, P2 negativo apenas para spvC, P3 negativo apenas para agfA e P4 negativo para lpfA, spvC e sopE, sendo o grupo P1 o mais prevalente. Apesar de todas as cepas pertencerem a um mesmo sorovar, observou-se uma variação na presença dos genes de virulência. Os perfis estabelecidos e as frequências obtidas podem servir para a escolha de cepas a serem utilizadas para realização da PFGE e em futuros estudos in vivo. / The poultry industry has been characterized by an increase in the number of housed animals in recent years, concentrating the production and facilitating the spread of many diseases. Among all illness transmitted by food, including meat and eggs, salmonellosis is of particular importance. Currently, there has been an increase in prevalence of islament of Salmonella Enteritidis all around the world. The pathogenesis of Salmonella and how it interacts with the host are a complex and multifactorial phenomenon. Among virulence factors of Salmonella, the virulence genes are the most important. The aim of this survey was to search for genes associated with virulence in strains of S. Enteritidis isolated from different origins, all from poultry. We conducted a search of nine virulence genes (lpfA, agfA, sefA, invA, hilA, avrA, sopE, sivH, spvC) in 84 samples of S. Enteritidis. The genes invA, hilA, sivH, sefA e avrA were present in 100% of samples (84/84); lpfA and sopE in 99% (83/84); agfA in 96% (81/84); and spvC in 92% (77/84) of them. It was possible to characterize the samples in four different genetic profiles, P1 being positive for all genes, P2 negative only for spvC, P3 negative only for agfA and P4 negative for lpfA, sopE and spvC. The P1 was the most prevalent. Despite all the strains belong to the same serovar, it is possible to observe a variation in the presence of virulence genes. These established profiles and gene frequencies obtained are useful to select strains to be used in PFGE and in future in vivo studies.

Orientador: Paulo Eduardo Martins Ribolla / Coorientador: Alexandre Secorun Borges / Banca: Vera Lúcia Mores Rall / Banca: João Pessoa Araújo Junior / Banca: Aline Maria da Silva / Banca: Mario Henrique de Barros / Resumo: Salmonella Enteritidis é um patógeno pertencente à Família Enterobacteriaceae que frequentemente está relacionada a infecções alimentares em humanos, principalmente em crianças, idosos e pacientes imunossuprimidos. A importância deste micro-organismo se dá pela sua prevalência significativa, com distribuição mundial, nos lotes de frangos de corte e de postura de ovos, levando a sérias implicações na saúde pública e ao mercado avícola. O controle eficaz da salmonelose é um desafio, pois envolve um complexo manejo dos animais e tratamento com uso de antibióticos que não garantem a eliminação da infecção. O uso de bacteriófagos líticos contra infecções bacterianas (fagoterapia) vem atender uma demanda crescente por alternativas ao tratamento antimicrobiano convencional. Todavia, a literatura tem relatado o surgimento de certa resistência bacteriana a alguns bacteriófagos líticos, como por exemplo, em Salmonella sp. Diversos são os mecanismos bacterianos de resistência aos fagos, tais como a prevenção de adsorção, o bloqueio da injeção do DNA do fago, restrição-modificação, infecção abortiva e o sistema CRISPR ("clustered regularly interspaced short palindromic repeats") /Cas ("CRISPR associated proteins") de imunidade adquirida. Assim sendo, o presente trabalho objetivou a caracterização molecular da resistência bacteriana de fagos líticos isolados contra cepas de Salmonella enterica subsp. enterica serovar Enteritidis (SE). Para tal, os mecanismos-alvos escolhidos foram o sistema CRISPR/Cas e o bloqueio da adsorção de fagos, via lipopolissacarídeo (LPS). Nas 22 cepas de estudo, um total de 72 CRISPRs foi identificado, com 14 diferentes domínios repetitivos (DR), apresentando um total de 551 sequências de espaçadores e os genes associados cas1, cas2 e cas3. Cas 9 e cas 10 não foram identificados. Foi observado que as cepas resistentes aos fagos líticos possuíam um maior número total... / Abstract: Salmonella Enteritidis is a pathogen that belongs to the Enterobacteriaceae family and is often related to infections transmitted by food in humans, especially in children, elderly and immunosuppressed patients. The importance of this microorganism is because it's significant prevalence with worldwide distribution in lots of poultry, leading to serious implications for public health and poultry industry. Effective control of salmonellosis is a challenging because involves a complex animal handling and treatment with antibiotics that do not guarantee the elimination of infection. The use of lytic bacteriophages against bacterial infections (phage therapy) meets a demand for alternatives to the conventional antimicrobial treatment. However, the literature has reported the emergence of bacterial resistance to some lytic bacteriophages, such as in Salmonella sp. There are several mechanisms of bacterial resistance to phages, such as prevention of adsorption, blocking the injection of phage DNA, restriction-modification, abortive infection and the CRISPR/Cas System acquired immunity. Thus, this research aims to study in a molecular level the bacterial resistance of lytic phages isolated from pathogenic strains of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Enteritidis (SE). Two mechanisms have been chosen: the CRISPR/Cas system and blocking of phage adsorption via LPS. From 22 SE strains, a total of 72 CRISPRs was identified with 14 different repetitive domains (DR), presenting a total of 551 spacers' sequences and cas1, cas2 and cas3 CRISPR associated genes. Cas 9 and cas 10 genes weren't identified. It was observed that phage lytic resistant strains have a higher total number of spacers in the CRISPR locus in relation to sensitive strains, and this difference was statistically significant. Phylogenetic analysis of cas genes from CRISPR/Cas system, of rfaC, rfaH, cpsG, manB, manc, lpxA, lpxB and lpxC genes (related to LPS) and of... / Doutor