La thèse a pour but d’étudier la possibilité et la faisabilité économique de démarches de diversification des produits et d’amélioration des caractéristiques qualitatives des aliments par les entreprises, dans un contexte dans lequel ces modifications sont soumises à des contraintes techniques induisent des coûts non négligeables, non nécessairement valorisés par le marché. Dans ce cadre, nous cherchons à comprendre dans quelle mesure il est possible pour les autorités publiques d’intervenir pour inciter les entreprises à consentir des efforts suffisants (en termes d’investissement en amont) de façon à favoriser la mise en marché de produits conformes à la qualité voulue par la société. Nous avons appliqué ces perspectives de recherches à deux problématiques sociétales importantes et d’actualité, à savoir la coexistence des filières OGM et non OGM et la question de la santé et de la nutrition à travers l’enjeu de l’entrée de gammes de produits plus acceptables d’un point de vue nutritionnel (moins de sucre, de gras, …). Ces problématiques qui occupent les deux parties de la thèse sont élaborées en mobilisant des outils de la Théorie de l’Organisation Industrielle. Les résultats montrent que les choix spontanés de gammes de produits par les firmes ne sont pas toujours socialement satisfaisant, ce qui implique dans certaines conditions une intervention publique. Dans le cas de la coexistence OGM/non-OGM, le produit non-OGM peut ne pas avoir la caractéristique souhaitée en absence de régulation. Pour ce qui est des enjeux nutritionnels, les firmes présentes sur le marché n’offrent pas systématiquement des aliments favorables sur le plan de la santé en l’absence d’intervention publique. La thèse aboutit à la conclusion générale qu’il est souvent nécessaire de combiner plusieurs instruments publics. Dans le cas de la coexistence OGM/non-OGM, les pouvoirs publics peuvent gérer de manière efficace la coexistence en agissant simultanément sur le seuil d’étiquetage, les conditions de réalisation des tests et contrôles et le niveau de la pénalité. Dans le cas de la question nutritionnelle, l’intervention par le biais d’une subvention à la R&D présente certaines faiblesses telles que le risque d’instrumentalisation de la subvention par la firme ou induit des distorsions au détriment de la santé publique. Ceci suggère de combiner la subvention à la R&D avec un autre instrument tel que la taxation. / Our research aims at analyzing the economic feasibility of approaches for product diversification and quality characteristics improvement by firms, in a context where these modifications are subject to technical constraints that induce high costs not necessarily valued by the market. In this context, we try to understand how it is possible for public authorities to intervene in order to encourage firms to make sufficient efforts (in terms of upstream investment) and facilitate the marketing of products in response to the needs of society. We apply these research perspectives to two important issues, namely the GM/non-GM coexistence and the health and nutrition issue through the development of product lines which are more acceptable from a nutritional point of view (for example, less sugar, fat, salt…). These two research issues are developed by mobilizing the tools of the Theory of Industrial Organization. The results show that the spontaneous choice of product lines by firms is not always socially satisfactory, which implies that in certain conditions, public intervention is desirable. In the case of GM/non-GM coexistence, non-GM products may not have the desired characteristics in the absence of regulation. In terms of health issues, companies in the market do not offer high nutritional value foods in the absence of public intervention. Overall, this thesis concludes that it is often necessary to combine several public instruments. In the first study, we show that the public authorities can effectively manage the GM/non-GM coexistence by acting simultaneously through the labelling threshold definition, the quality tests and controls, and the level of the penalty cost in case of non compliance. In the second study, we show that an intervention through Research and Development (R&D) subsidies has some weaknesses such as the risk of manipulation of the grant by firms, or the possibility of triggering distortions to the detriment of public health. This suggests combining the R&D subsidies with another instrument such as taxation