Submitted by ANA CAROLINA BORSANELLI null (carol_borsanelli@yahoo.com.br) on 2017-03-02T16:23:55Z No. of bitstreams: 1 Tese_Ana_Carolina_Borsanelli.pdf: 2945411 bytes, checksum: b939ed8b82baac2521b2690292efb967 (MD5) / Approved for entry into archive by LUIZA DE MENEZES ROMANETTO (luizamenezes@reitoria.unesp.br) on 2017-03-08T14:03:55Z (GMT) No. of bitstreams: 1 borsanelli_ac_dr_jabo.pdf: 2945411 bytes, checksum: b939ed8b82baac2521b2690292efb967 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-08T14:03:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 borsanelli_ac_dr_jabo.pdf: 2945411 bytes, checksum: b939ed8b82baac2521b2690292efb967 (MD5) Previous issue date: 2017-02-07 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A periodontite bovina é um processo infeccioso purulento e progressivo associado com a presença de biofilme subgengival anaeróbio. De caráter sazonal e associada ao manejo do solo e à dieta, a doença tem variações na sua apresentação clínica, que inclui desde uma forma agressiva até manifestações crônicas. Os prejuízos econômicos são significativos e decorrem das dificuldades na preensão, mastigação e ruminação. O presente estudo teve como objetivo geral caracterizar a periodontite bovina e identificar por métodos moleculares os micro-organismos associados às lesões periodontais. Na avaliação da microbiota da bolsa periodontal (n=26) e do sulco subgengival (n=25) de bovinos, pela reação em cadeia da polimerase (PCR) e com o emprego de 35 iniciadores de espécies de patógenos potenciais, pôde-se associar a ocorrência de Actinobacillus naeslundii, Enterococcus faecium, Porphyromonas asaccharolytica, Porphyromonas endodontalis, Prevotella buccae, Prevotella intermedia, Prevotella melaninogenica, Prevotella nigrescens, Prevotella oralis, Treponema denticola e Treponema pectinovorum com a periodontite bovina. Em estudo complementar realizado na Escócia para verificar a ocorrência de lesões periodontais em animais abatidos, foram examinadas 200 arcadas dentárias, das quais 24 (12%) apresentaram lesões periodontais nos dentes incisivos ou mastigatórios. Este estudo inédito revela que a periodontite não é incomum em bovinos abatidos no oeste da Escócia e é claramente um problema sanitário negligenciado na produção e bem-estar animal. Na oportunidade, os fatores de risco associados à doença foram avaliados em um universo de 250 animais abatidos, dos quais 35 apresentavam lesões periodontais e 40 eram periodontalmente sadios. Pela análise de regressão logística foi avaliada a associação entre as variáveis independentes, sexo, idade e raça com periodontite. A idade dos animais foi significativamente associada à presença de lesões periodontais. Para cada ano de idade, um bovino tem 1,53 vezes chances de desenvolver periodontite (p<0,001). A variável sexo não se mostrou significativamente associada à periodontite (p=0,887), enquanto os animais de corte têm 0,36 a chance de desenvolver a doença quando comparados com os de aptidão leiteira. Na mesma ocasião, amostras de biofilme subgengival de 40 bovinos com periodontite e de 38 periodontalmente sadios foram coletadas e realizou-se o sequenciamento do gene 16S rRNA. No microbioma de animais sadios os gêneros mais prevalentes foram Gastranaerophilus, Planifilus, Burkholderia e Arcobacter. Já nos animais com periodontite, os filos mais prevalentes foram Elusimicrobia, Synergista e Fusobacteria e os gêneros Propionivibrio, Wolinella, Porphyromonas, Candidatus, Prevotella, Firmicutes (não cultivável), Bacteroides e Treponema. Em conclusão, os dois grupos de bovinos avaliados abrigaram perfis microbianos distintos, sendo que as amostras de bovinos com periodontite foram mais diversas em micro-organismos do que as de bovinos sadios. Nesse contexto inédito na microbiologia oral de bovinos, pode-se constatar os componentes principais na homeostase bacteriana do biofilme de sítios sadios e a disbiose nas lesões periodontais, fornecendo indicadores para e evolução do conhecimento sobre a periodontite bovina. / Bovine periodontitis is a progressive purulent infectious process associated with the presence of strict anaerobic subgingival biofilm. Seasonal and associated to soil and dietary management, the disease has variations in its clinical presentation, which includes since an aggressive form until chronic manifestations. The economic losses are significant and result from difficulties in gripping, chewing and rumination. The present study aimed to identify and characterize bovine periodontitis and identify the microorganisms associated with periodontal lesions by molecular methods. In the evaluation of the microbiota of the periodontal pocket (n=26) and gingival sulcus (n=25) of cattle, by polymerase chain reaction (PCR) and with the use of 35 primers of species of potential pathogens, it can be associate the occurrence of Actinobacillus naeslundii, Enterococcus faecium, Porphyromonas asaccharolytica, Porphyromonas endodontalis, Prevotella buccae, Prevotella intermedia, Prevotella melaninogenica, Prevotella nigrescens, Prevotella oralis, Treponema denticola and Treponema pectinovorum with bovine periodontitis. In a study carried out in Scotland to verify the occurrence of periodontal lesions in slaughtered animals, 200 dental arches were examined, of which 24 (12%) presented periodontal lesions in the incisors or masticatory teeth. This unpublished study reveals that periodontitis is not uncommon in cattle slaughtered in West of Scotland and is clearly a neglected health problem in animal production and welfare. At the opportunity, the risk factors associated with the disease were evaluated in a universe of 250 slaughtered animals, of which 35 had periodontal lesions and 40 were periodontally healthy. By the logistic regression analysis was evaluated the association between the independent variables, sex, age and race with periodontitis. The age of the animals was significantly associated with the presence of periodontal lesions. For each extra year in age, a cow is 1.53 times more likely to develop periodontitis (p<0.001). Gender was not significantly associated with periodontitis (p=0.887). Regarding the variable breed type, beef cattle were 0.36 times as likely to have periodontitis compared to dairy cattle. At the same occasion, samples of subgengival biofilm of 40 bovines with periodontitis and 38 periodontally healthy were submitted to high- throughput sequencing. In the bovine microbiome the most discriminative taxa in the samples of healthy animals were Gastranaerophilus, Planifilus, Burkholderia and Arcobacter. In animals with periodontitis, the most prevalent microorganisms were Elusimicrobia, Synergista, Propionivibrio, Fusobacteria, Wolinella, Porphyromonas, Candidatus, Prevotella, Firmicutes (uncultivable), Bacteroides and Treponema. In conclusion, the two groups of bovines evaluated harboured distinct microbial profiles, and the samples of bovines with periodontitis were more diverse in microorganisms than those of healthy cattle. In this unprecedented context, in the oral microbiology of bovines we can verify the main components in the bacterial homeostasis of the biofilm of healthy sites and the dysbiosis in the periodontal lesions, providing indicators for and evolution of the knowledge on bovine periodontitis. / FAPESP: 2015/06917-9 / FAPESP: 2013/13701-7

Orientador: Célio Fernando Baptista Haddad / Resumo: Nesta tese exploramos a diversificação de espécies de anuros da Tribo Lophyohylini distribuídas na Mata Atlântica (MA) e Caatinga, biomas do Brasil. Para tanto, utilizamos dados genômicos e métodos de filogeografia estatística para analisá-los, uma abordagem robusta e até então ainda escassa na filogeografia dos organismos sul-americanos. Através do sequenciamento Sanger amostramos trechos de DNA mitocondrial (mtDNA) e através do sequenciamento de alto rendimento obtivemos polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) do DNA nuclear (nDNA). No primeiro capítulo, reunimos 82 amostras da espécie Aparasphenodon brunoi que apresenta distribuição nas terras baixas e costeiras do bioma MA, sendo considerada ideal para investigar o papel da instabilidade climática do Pleistoceno em seu processo de diversificação. Ainda no primeiro capítulo, para avaliar a influência do comportamento filopátrico, associado às diferenças no modo reprodutivo, na dispersão e consequentemente, no fluxo gênico entre populações, reunimos 72 amostras de A. arapapa e A. aff. brunoi. Estas tratam-se de espécies simpátricas, de distribuição mais restrita e com modos reprodutivos contrastantes o que as tornam ideais para esse tipo de comparação. De acordo com a inferência baseada em modelos demográficos, por volta do último máximo glacial (UMG) a população norte de A. brunoi se manteve estável enquanto que a do sul experimentou um gargalo seguido de expansão recente. Além disso, a população norte de A. brunoi apres... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: In this dissertation we explored the diversification of anuran species of the Lophyohylini Tribe distributed in the Atlantic Forest (AF) and Caatinga biomes of Brazil. To do so, we used genomic data and methods of statistical phylogeography to analyze them, a robust and until then still scarce approach in the phylogeography of South American organisms. Through the Sanger sequencing we sampled mitochondrial DNA (mtDNA) and through high-throughput sequencing we obtained single nucleotide polymorphisms (SNPs) from nuclear DNA (nDNA). In the first chapter, we collected 82 samples of the species Aparasphenodon brunoi that is distributed in the low and coastal lands of the AF biome, being considered ideal to investigate the role of Pleistocene climatic instability in its diversification process. In the first chapter, to evaluate the influence of philopatric behavior, associated with differences in reproductive mode, dispersion and consequent gene flow among populations, we also collected 72 samples of A. arapapa and A. aff. brunoi species. These are sympatric species with a narrower distribution and with contrasting reproductive modes, making them ideal for this type of comparison. According to the inference based on demographic models, around the last glacial maximum (LGM) the northern population of A. brunoi remained stable while the southern one experienced a bottleneck followed by recent expansion. In addition, the northern population of A. brunoi exhibits greater nuclear diver... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor