Submitted by Luiz Felipe Barbosa (luiz.fbabreu2@ufpe.br) on 2015-04-17T12:48:21Z No. of bitstreams: 2 Dissertação Ana Maria Felix.pdf: 1967506 bytes, checksum: 7df7f0db723450048879e801b4b93d80 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-04-17T12:48:21Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação Ana Maria Felix.pdf: 1967506 bytes, checksum: 7df7f0db723450048879e801b4b93d80 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2013 / FACEPE / Entre as plantas não comestíveis o pinhão-manso (Jatropha curcas L.) se apresenta como expressiva opção para a obtenção de óleo vegetal, muito demandado para finalidades industriais ou ainda como biocombustível. Apesar da importância de bancos genéticos eficientemente caracterizados para o estabelecimento de programas de melhoramento, os recursos disponíveis para o pinhão-manso ainda se encontram escassamente caracterizados. No presente trabalho foram testados e desenvolvidos marcadores moleculares para esta cultura, aplicados experimentalmente a acessos de pinhão-manso em comparação com espécies relacionadas. Os marcadores testados incluíram sete primers ISSR (Inter Simple Sequence Repeat) e treze iniciadores DAF (DNA Amplification Fingerprinting), além do sequenciamento de parte da região ITS-1 (Internal Transcribed Spacer 1). Após avaliação de uma subamostra com seis acessos de três espécies de Jatropha foram selecionados marcadores para aplicação a um número maior de acesso, sendo obtidos resultados para 12 deles. Os marcadores selecionados envolveram dois ISSR (UBC 808, UBC 809; polimorfismo médio de 78%)e dois DAF (OPL07, OPL11, com média de 44% polimórficos). Por sua vez, as regiões parcialmente sequenciadas de ITS-1 revelaram níveis de polimorfismo escassos entre 10 acessos de pinhão-manso, além de moderado polimorfismo interespecífico considerando outras espécies de Jatropha, indicando que tais marcadores são úteis apenas para comparações interespecíficas ou supragenéricas. Os marcadores desenvolvidos certamente serão úteis para análises de J. curcas envolvendo uma maior amostragem, podendo colaborar para a seleção de parentais contrastantes para análises de mapeamento genético, entre outras aplicações.

Orientador: Carlos Eduardo Steiner / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-23T05:21:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Baptista_MarcellaBergaminide_M.pdf: 1959777 bytes, checksum: 5e9549a5e21a411c116468e665693472 (MD5) Previous issue date: 2013 / Resumo: Gangliosidose GM1 é uma doença autossômica recessiva rara, classificada em três formas clínicas de acordo com a idade de apresentação dos sintomas e a gravidade, provocada pela deficiência da enzima lisossômica ?-galactosidase que leva ao acúmulo, principalmente, do gangliosídeo GM1. A forma juvenil geralmente apresenta início entre sete meses e três anos de idade, com progressão lenta dos sinais neurológicos, dimorfismos menos graves que na forma infantil e deformidades ósseas. A forma crônica é caracterizada por apresentações clínicas mais leves e sintomas extrapiramidais. O gene codificador da enzima é o GLB1, no qual mais de 130 mutações foram descritas. No presente estudo foi realizada a caracterização molecular de 10 indivíduos de nove famílias não relacionadas diagnosticados com gangliosidose GM1, nas formas juvenil e crônica. Todas as famílias são originárias do interior do estado de São Paulo ou do sul do estado de Minas Gerais. Para a análise realizada foi possível identificar a mutação anteriormente descrita p.T500A, em sete das nove famílias estudadas, a inserção c.1717- 1722insG e a mutação p.R59H foram encontradas em duas famílias (a última segregou juntamente com o polimorfismo descrito IVS12+8T>C). As demais mutações descritas (p.F107L, p.L173P, p.R201H, p.G311R) foram encontradas em uma família cada. Uma alteração neutra (p.P152P) e duas mutações (p.I354S e p.T384S) são inéditas. Foi possível identificar a ocorrência de uma mutação de novo em uma família. Todas as mutações foram encontradas em heterozigose / Abstract: GM1 gangliosidosis is a rare autosomal recessive, classified in three clinical types according to age of onset and severity. The disease is caused by the deficiency of lysosomal enzyme ?-galactosidase that leads to the accumulation of GM1 ganglioside. The juvenile form usually shows an onset between seven months and three years of age, with slowly progressive neurological signs, less severe dysmorphisms than the infantile form and skeletal changes. The adult form is specified by a milder clinical manifestations and extrapyramidal signs. The lysossomal enzyme is coded by the GLB1 gene which more than 130 mutations have been decribed. In the present study it was genotyped 10 individuals of nine unrelated families originated from the States of São Paulo and Minas Gerais diagnosed with the juvenile and chronic forms of the disease. It was possible to find the previously described mutations p.T500A in seven of the nine families, c.1717-1722insG and p.R59H in two alleles (the latter also segregating with IVS12+8T>C), and p.F107L, p.L173P, p.R201H, and p.G311R in one familie each. One neutral alteration (p.P152P) and two mutations (p.I354S and p.T384S) are described for the first time. The occurrence of a de novo mutation was seen in one family. All patients presented as heterozygous compound / Mestrado / Ciencias Biomedicas / Mestra em Ciências Médicas

Submitted by Israel Vieira Neto (israel.vieiraneto@ufpe.br) on 2015-03-05T18:31:18Z No. of bitstreams: 2 Dissertação sergio ferreira.pdf: 495221 bytes, checksum: 34587eb69a01f6ac2b83ff92569f588d (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-05T18:31:18Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação sergio ferreira.pdf: 495221 bytes, checksum: 34587eb69a01f6ac2b83ff92569f588d (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2012 / CAPES, CNPq / O câncer cervical (CC) é o segundo tipo de câncer mais comum a afetar mulheres em todo mundo. O Papillomavírus humano (HPV) é encontrado em 99% dos casos de CC e a infecção por esse vírus é considerado um fator de risco para o desenvolvimento do câncer. Muitos estudos tem demonstrado uma relação entre polimorfismos nos genes de citocinas e doenças infecciosas. Polimorfismos nos genes da Interleucina-6 (IL-6) e o Fator de Crescimento Transformador (TGF) β1, importantes mediadores do sistema imunológico, tem sido associados com níveis séricos elevados destas citocinas e no desenvolvimento de muitas doenças e tipos de cânceres. O objetivo desse estudo foi verificar se o SNP -174G/C do gene da IL-6 e T869C e G915C do gene do TGF-β1 estão relacionados com o desenvolvimento de Neoplasias Intraepiteliais Cervicais (NIC). 115 amostras de pacientes saudáveis e 115 de pacientes com lesões foram analisadas. As análises dos SNP foram realizadas através do sequenciamento automático de DNA utilizando o “MEGABACE 1000”. Os genótipos do polimorfismo -174G/C da IL-6 que possuem pelo menos um alelo C parecem estar envolvidos no desenvolvimento de NIC induzida pelo HPV (p=0.05232). Nenhuma diferença significativa foi encontrada entre as frequências alélicas e genotípicas dos polimorfismos da TGF-β1 nos dois grupos analisados. Além disso, polimorfismos nos genes da IL-6 e TGF-β1 não estão envolvidos na progressão do CIN. Este estudo sugere que o polimorfismo -174G/C do gene da IL-6 pode ser usado como um gene marcador da susceptibilidade a infecção pelo HPV, mas não como um marcador de progressão de NIC na população Pernambucana.

Camarea St.-Hil. (Malpighiaceae) é um gênero endêmico da América do Sul, constituído por nove espécies. O objetivo do trabalho foi a reconstrução da filogenia do gênero, por meio de evidências químicas e moleculares. Foram avaliados nove terminais, sete dos quais são espécies correntemente reconhecidas, um é uma espécie que entrou em sinonímia (C. triphylla = C. axillaris) e outro é um suposto híbrido. Como grupos externos, foram utilizadas as espécies Peixotoa reticulata e Janusia guaranitica. Foram analisados os n-alcanos das ceras epicuticulares e os flavonóides de todas as espécies. Os n-alcanos principais foram C29, C31 e C33, todos da série normal. Como flavonóides característicos de Camarea, foram identificados glicosídeos de apigenina, luteolina, crisoeriol, campferol e quercetina. A análise de agrupamentos baseada na distribuição de alcanos, usando UPGMA e distâncias euclideanas, resultou em dois grupos principais, um com C29 como homólogo principal, constituído por C. hirsuta, C. affinis x C. hirsuta, C. affinis e C. ericoides. O outro grupo caracteriza-se por homólogos principais C31 ou C33, e é formado por C. elongata, C. humifusa, C. sericea, C. axillaris e C. triphylla (= C. axillaris). Esses dois principais agrupamentos contêm grupos internos menores. Uma análise de UPGMA usando coeficiente de DICE e baseada na distribuição de agliconas de flavonóides forneceu um dendrograma com alguns agrupamentos coerentes com as afinidades reveladas pela distribuição de alcanos, como as associações: 1) C. hirsuta, C. affinis e C. affinis x hirsuta; 2) C. elongata e C. axillaris; 3) C. sericea e C. humifusa. Uma inferência filogenética molecular foi obtida com seqüências de duas regiões do cloroplasto (trnL-F e rps16) e uma nuclear (ITS). Dentre as análises com um só marcador, resultados mais consistentes foram conseguidos com ITS, que forneceu 49 caracteres filogeneticamente informativos, enquanto trnL-F e rps16 forneceram 10 e 18 caracteres informativos, respectivamente. A análise de consenso estrito de quatro árvores mais parcimoniosas de uma análise combinando-se as três seqüências resultou em um cladograma em que Camarea é um grupo monofilético, com \"bootstrap\" (BS) 100, várias politomias e clados com baixa consistência. Foi realizada análise por AFLP utilizando quatro combinações de iniciadores seletivos, obtendo-se 217 fragmentos polimórficos. Uma análise combinando as evidências moleculares resultantes de seqüências de DNA e marcadores AFLP forneceu uma única árvore mais parcimoniosa com uma politomia agrupando C. affinis, C. ericoides, C. hirsuta e C. affinis x C. hirsuta, mas boa resolução e elevada sustentação em outros clados. A combinação de todas as evidências moleculares e químicas (estas compreendendo três caracteres derivados da análise de alcanos e cinco de flavonóides) resultou numa única árvore mais parcimoniosa completamente resolvida. Os resultados apóiam a fusão de C. triphylla em sinonímia com C. axillaris e indicam forte associação entre: 1) C. humifusa e C. sericea (BS 94); 2) C. affinis, C. affinis x hirsuta, C. hirsuta e C. ericoides (BS 83); 3) C. axillaris e C. elongata (BS 100). C. affinis, C. hirsuta e C. affinis x C. hirsuta compartilham a presença crisoeriol. C. affinis e C. affinis x C. hirsuta, compartilham também luteolina e formam um clado com BS 70. O presente trabalho demonstra a utilidade de caracteres químicos para melhorar a resolução de filogenias e elevar a sustentação de clados. / Camarea St.-Hil. (Malpighiaceae) is a genus with eight species endemic in South America. The purpose of the present work was the attainment of a phylogenetic inference of the genus by means of chemical and molecular evidences. Nine accessions were analyzed: seven correspond to currently recognized species; one is a species sunk into synonymy (C. triphylla = C. axillaris); and a last one is a hypothesized hybrid. Peixotoa reticulata and Janusia guaranitica were used as out-groups. n-Alkanes from epicuticular waxes and flavonoids were analyzed from all species. The main alkanes of all distributions were either C29 or C31 or C33, all from the normal series. The characteristic flavonoids of Camarea were shown to be apigenin, luteolin, chrysoeriol, kaempferol and quercetin. A cluster analysis based on the alkane distribution using UPGMA and Euclidean distances provided two main clusters. One cluster is characterized by C29 as main homologue and is formed by C. hirsuta, C. affinis, C. affinis x hirsuta and C. ericoides. The other cluster has species with either C31 or C33 as main homologue and is formed by C. elongata, C. humifusa, C. sericea, C. axillaris and C. triphylla (= C. axillaris). These two main clusters contain smaller inner clusters. An analysis using UPGMA and DICE coefficients and based on the distribution of flavonoid aglycones provided a dendrogram with clusters congruent with affinities revealed by the alkane evidence, such as the groupings: 1) C. hirsuta, C. affinis and C. affinis x hirsuta; 2) C. elongata and C. axillaris; 3) C. sericea and C. humifusa. A phylogenetic molecular inference was obtained with sequences from two chloroplast (trnL-F and rps16) and one nuclear (ITS) DNA regions. Among the analyses based on a single marker, more consistent results were obtained with ITS, which provided 49 informative phylogenetic characters, while trnL-F and rps16 provided 10 and 18 informative characters, respectively. A strict consensus analysis based on four more parsimonious trees from an analysis combining sequences of the three DNA regions gave a cladogram showing Camarea as a monophyletic group with bootstrap support (BS) 100. The cladogram contains several polytomies and clades with low support. An AFLP analysis, using four combinations of selective primers, provided 217 polymorphic fragments. Data from sequencing and AFLP were combined in a phylogenetic analysis. A sole more parsimonious tree was obtained, with most clades completely resolved with and high support. A polytomy remained, grouping C. affinis, C. ericoides, C. hirsuta and C. affinis x hirsuta. The combination of all molecular and chemical evidences (the latter comprising three alkane and five flavonoid characters) was used for a phylogenetic analysis. A sole more parsimonious tree was obtained, completely resolved and with clades highly supported. The results support sinking C. triphylla into synonymy of C. axillaris and indicate strong kinship: 1) between C. humifusa and C. sericea (BS 94); 2) among C. affinis, C. affinis x C. hirsuta, C. hirsuta and C. ericoides (BS 83); 3) between C. axillaris and C. elongata (BS 100). C. affinis, C. hirsuta and C. affinis x C. hirsuta share the possession of chrysoeriol. C. affinis and C. affinis x C. hirsuta share the possession also of luteolin and form a clade with BS 70. The present work reveals the utility of chemical characters to improve resolution of phylogenies and increment clade support.

Submitted by Maria Beatriz Vieira (mbeatriz.vieira@gmail.com) on 2017-10-18T11:53:11Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) tese_marcus_redu_eslabao.pdf: 2744083 bytes, checksum: 5950b0ffa159bbf193a91d88276a5e49 (MD5) / Approved for entry into archive by Aline Batista (alinehb.ufpel@gmail.com) on 2017-10-23T11:08:52Z (GMT) No. of bitstreams: 2 tese_marcus_redu_eslabao.pdf: 2744083 bytes, checksum: 5950b0ffa159bbf193a91d88276a5e49 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Aline Batista (alinehb.ufpel@gmail.com) on 2017-10-23T11:09:03Z (GMT) No. of bitstreams: 2 tese_marcus_redu_eslabao.pdf: 2744083 bytes, checksum: 5950b0ffa159bbf193a91d88276a5e49 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-10-23T11:09:12Z (GMT). No. of bitstreams: 2 tese_marcus_redu_eslabao.pdf: 2744083 bytes, checksum: 5950b0ffa159bbf193a91d88276a5e49 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2016-02-29 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / O sequenciamento de DNA é uma técnica que fornece uma fonte vasta de informações sobre diversos organismos. Atualmente, novas metodologias de sequenciamento conhecidas como Next-Generation Sequencing, estão fazendo com que esta técnica fique inúmeras vezes mais rápida, precisa e economicamente acessível, tornando-se popular e disseminada no meio científico. Com a popularização do sequenciamento de genomas, laboratórios que não possuem ênfase em sequenciamento de DNA, utilizam desta abordagem para complementar seus estudos. Porém, a facilidade em obter a sequência do DNA contrasta com a dificuldade em processar, analisar e anotar o genoma, para que então seja possível obter informações biológicas relevantes sobre aquele organismo. Para auxiliar os pesquisadores que se utilizam desta técnica, alguns softwares estão disponíveis, porém, geralmente são pagos, não realizam toda a tarefa ou são de difícil utilização, neste último caso, por serem em sua grande maioria executados através de terminais de comando, que não contam com um ambiente gráfico para guiar os usuários. Com base nesta problemática, o presente trabalho teve por objetivo criar um software de anotação de genomas de fácil utilização e com interface gráfica amigável, gratuito e que anote com as informações necessárias para submissão ao GenBank. Para implementação do software, denominado Square, as linguagens de programação Python e Object Pascal foram utilizadas. Os algoritmos Prodigal, NCBI BLAST e tRNAscan-SE também foram integrados no software. Ao final da etapa de desenvolvimento, o Square foi testado com três genomas e comparado com dois anotadores populares: o RAST e o BASys. O resultado mostrou que o Square possui maior precisão que os dois outros anotadores, por se aproximar mais do resultado depositado no NCBI, e mais rápido, por ser executado localmente com rapidez. O Square demonstrou-se uma boa alternativa para usuários que não estão acostumados com o terminal de comando Linux e está disponível no endereço http://sourceforge.net/projects/sqgenome/. / DNA sequencing is a technique that provides a vast source of information on various organisms. Currently, new sequencing methods known as Next-Generation Sequencing, are making this technique many times more rapid, accurate and affordable, making it popular and widespread in the scientific community. With the popularization of genome sequencing, laboratories that do not have an emphasis on DNA sequencing, are using this approach to complement their studies. However, the ease in obtaining a DNA sequence contrasts with the difficulty to process, analyze and annotate the genome, in order to obtain relevant biological information. To assist researchers who use this technique, several programs are available, however, they are generally not free, do not perform all the necessary analysis or are difficult to use, mainly because a considerable number of them make use of command line to be executed, which is not intuitive. The objective of this study was to create a genome annotation software easy to use, with a user friendly interface, free and able to provide all the necessary information for the annotated genome to be submitted to GenBank. For software implementation named Square, Python and Object Pascal programming languages were used. The Prodigal algorithms, NCBI BLAST and tRNAscan-SE were also integrated in the software. At the end of the development stage, Square was tested with three genomes and compared to two popular annotators: RAST and BASYS. The result showed that the Square has higher accuracy than the other two annotator programs, as the results are similar to what is deposited in NCBI, and produce the result in a shorter time, as it runs locally. The Square proved to be a good alternative for users not familiar with the Linux command terminal and is available in http://sourceforge.net/projects/sqgenome/ address.

Made available in DSpace on 2014-06-12T15:02:36Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo9594_1.pdf: 387191 bytes, checksum: 6e165c4c1d5b7a1de372a0305283d68c (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2012 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / O câncer cervical (CC) é o segundo tipo de câncer mais comum a afetar mulheres em todo mundo. O Papillomavírus humano (HPV) é encontrado em 99% dos casos de CC e a infecção por esse vírus é considerado um fator de risco para o desenvolvimento do câncer. Muitos estudos tem demonstrado uma relação entre polimorfismos nos genes de citocinas e doenças infecciosas. Polimorfismos nos genes da Interleucina-6 (IL-6) e o Fator de Crescimento Transformador (TGF) β1, importantes mediadores do sistema imunológico, tem sido associados com níveis séricos elevados destas citocinas e no desenvolvimento de muitas doenças e tipos de cânceres. O objetivo desse estudo foi verificar se o SNP -174G/C do gene da IL-6 e T869C e G915C do gene do TGF-β1 estão relacionados com o desenvolvimento de Neoplasias Intraepiteliais Cervicais (NIC). 115 amostras de pacientes saudáveis e 115 de pacientes com lesões foram analisadas. As análises dos SNP foram realizadas através do sequenciamento automático de DNA utilizando o MEGABACE 1000 . Os genótipos do polimorfismo -174G/C da IL-6 que possuem pelo menos um alelo C parecem estar envolvidos no desenvolvimento de NIC induzida pelo HPV (p=0.05232). Nenhuma diferença significativa foi encontrada entre as frequências alélicas e genotípicas dos polimorfismos da TGF-β1 nos dois grupos analisados. Além disso, polimorfismos nos genes da IL-6 e TGF-β1 não estão envolvidos na progressão do CIN. Este estudo sugere que o polimorfismo -174G/C do gene da IL-6 pode ser usado como um gene marcador da susceptibilidade a infecção pelo HPV, mas não como um marcador de progressão de NIC na população Pernambucana

Orientador: Vera Lúcia Gil da Silva Lopes / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-17T15:18:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Araujo_TaniaKawasakide_M.pdf: 2044257 bytes, checksum: 88ecc1c41da8ad27c2eef91360a2d656 (MD5) Previous issue date: 2011 / Resumo: A patogênese das fendas orais envolve tanto fatores genéticos como ambientais. Mutações que causam fenda labiopalatal (FL±P) em camundongos apontam diretamente para genes candidatos em humanos. Por exemplo, as FL±P foram descritas em modelos animais deficientes ou com mutações nos genes TFAP2A e BMP4, sendo que mutações neste último foram detectadas em casos de FL±P não sindrômica na população chinesa. Os dois genes citados também estão associados, em modelos animais, a alterações da morfogênese de outros órgãos. Objetivou-se investigar o envolvimento dos genes BMP4 e TFAP2A na etiologia da FL±P em uma amostra de pacientes brasileiros por meio de reação em cadeia da polimerase (PCR), digestão com enzima HphI (PCR-RFLP) e sequenciamento direto. A casuística foi composta por 45 indivíduos, classificada, clinicamente, de acordo com a International Clearinghouse for Birth Defects and Surveillance and Ressearch (ICBDSR 2007). Com a finalidade de comparar com a literatura, utilizou-se a divisão em dois grupos: FL±P sindrômica (20 casos), FL±P não sindrômica (25 casos). A análise estatística foi feita com o teste do qui-quadrado. A substituição 538T®C (rs17563) no gene BMP4, anteriormente descrita como associada à FLP na população chinesa e em alguns indivíduos com microforma de FLP, foi encontrada em 34 (75,5%) indivíduos. Utilizou-se grupo controle de 169 indivíduos normais, sem casos de fendas orofaciais em três gerações e sem ascendência oriental. Não houve diferença significativa na freqüência dos genótipos e alelos do polimorfismo rs17563 no gene BMP4 entre os casos com FL±P e o grupo controle (p=0,3347, OR=0,718255, 95%CI, 0,4-1,27). Entretanto, para que a análise estatística seja conclusiva, é necessário aumento do número amostral. Alterações de sequência no gene TFAP2A, descritas como polimorfismos em base de dados genômicos, foram identificadas em cinco casos. Deste modo, não existem evidências de que os genes TFAP2A e BMP4 estejam envolvidos na gênese de FL±P nesta amostra. / Abstract: Information regarding research throughout the years shows that the pathogenesis of cleft lip and palate (CL±P) involves genetic and environmental factors. Mutations that cause CL±P in mice point directly to candidate genes in humans, as TFAP2A and BMP4 gene. The phenotype of animal models with mutations in these genes included clefts. Mutations in BMP4 have also been detected in cases of nonsyndromic CL±P in the Chinese population. Considering this, the aim of our study is to investigate the involvement of BMP4 and TFAP2A genes in the etiology of CL±P in the Brazilian population. Mutation screening by direct sequence and enzyme digestion with HphI (PCR-RFLP) were applied. Casuistry was composed by 45 patients, clinically classified by International Clearinghouse for Birth Defects and Surveillance and Ressearch (ICBDSR 2007). To compare with the literature, they were divided in syndromic CL±P (20 cases) and nonsyndromic CL±P (25 cases). Statistical analysis was performed using the chi square. The sample included 45 individuals, separated into two groups: The substitution 538T ® C (rs17563) in the BMP4 gene, previously described as associated with CL±P in the Chinese population and in some individuals with microforms of CLP was found in 34 (75.5%) subjects. A control group of 169 normal subjects, which had no cases of orofacial clefts in three generations and no Oriental ascendancy, was used. There was no significant difference in frequency of genotypes and alleles of rs17563 polymorphism in the gene BMP4 between cases with CL ± P and the control group (p = 0.3347, OR = 0.718255, 95% CI, 0.4 to 1.27). However, further studies with larger samples are necessary to elucidate this aspect. At TFAP2A gene was detected two single nucleotide polymorphisms. Thus, there is no evidence of involvement of TFAP2A and BMP4 genes in the CL±P in this sample. / Mestrado / Ciencias Biomedicas / Mestre em Ciências Médicas

Orientadores: Carlos Eduardo Steiner, Carmen Silvia Bertuzzo / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-17T18:18:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Carlin_MarceloPaschoalete_M.pdf: 1614647 bytes, checksum: 62e5b428719069b2b173ab2baf51970f (MD5) Previous issue date: 2011 / Resumo: A transformação de glicogênio em glicose acontece através de reações químicas realizadas por enzimas específicas e uma deficiência em uma delas leva ao acúmulo de glicogênio, resultando em distúrbios hereditários conhecidos como doenças de depósito de glicogênio (GSD, da sigla em inglês), ou glicogenoses. A glicogenose tipo I (GSDI), responsável por mais de 90% dos casos, é causada pela deficiência de G6Pase, enzima chave na homeostase da glicose sanguínea. Seu complexo enzimático é constituído por duas subunidades (catalítica e translocase) que determinam os subtipos Ia e Ib. A GSDIa, também conhecida como doença de von Gierke, é a mais comum das GSDI com 80 a 90% dos casos e corresponde a uma deficiência na sub-unidade catalítica da G6Pase. A GSDIb é a segunda forma mais prevalente e mais grave. É resultante da deficiência da glicose-6-fosfato translocase que transporta a glicose-6-fosfato para o lúmen do retículo endoplasmático, onde a unidade catalítica da G6Pase está situada. Em ambas, a deficiência enzimática é o resultado de mutações genéticas nos genes que codificam estas enzimas, conhecidos respectivamente como G6PC e G6PT1. O diagnóstico bioquímico é recomendável caso se queira desvendar e recomendar modalidades de tratamento, porém não fornece informação suficiente para a determinação do subtipo envolvido. Para essa diferenciação é necessário análise enzimática da G6Pase. Como essa enzima não é expressa em tecidos como fibroblastos ou linfócitos, sua aferição só é possível por procedimento cirúrgico, através de biópsia hepática. Nesse contexto, a clonagem do cDNA do G6PC e G6PT1 possibilitou o rastreamento de mutações responsáveis pelos subtipos Ia e Ib, o que permite a alternativa de um diagnóstico menos invasivo baseado em técnicas de biologia molecular através de amostras de sangue. No presente estudo, treze pacientes com sintomas clínicos sugestivos de GSDIa e Ib foram investigados através do sequenciamento genético. Foram detectadas para o gene G6PC cinco alterações, incluindo, três mutações de ponto (G68R, R83C e Q347X) e dois polimorfismos (c.511G>A e c.1176T>C), todos previamente descritos. Já para o gene G6PT1 foram encontradas quatro alterações: uma mutação de ponto conhecida (G149E), uma inserção do tipo frameshift inédita na literatura especializada (c.1338_1339insT) e dois polimorfismos (c.1287G>A e c.1076-28C>T). A frequência das mutações em nosso meio é semelhante à observada na literatura, na qual a mutação R83C também é a mais frequente. Além disso, o presente estudo acrescentou a descrição de uma nova mutação. A pesquisa de ambos os genes deve ser considerado na investigação dessa condição para definir os subtipos envolvidos, pois no caso de ausência de alterações no gene 6PC, sugere-se o rastreamento no gene G6PT1. O estudo molecular dessa condição abre a possibilidade do diagnóstico precoce que é importante para estabelecer um tratamento correto aos pacientes, evitando o surgimento de complicações tardias e melhorando a qualidade de vida. Além disso, contribui para o aconselhamento genético adequado do casal podendo confirmar a estimativa do isco entre os próximos filhos e, eventualmente, permitir diagnóstico pré-natal por nálise de mutação / Abstract: Glucose transformation into glycogen is mediated by specific enzymes and a deficiency in one of them may cause glycogen accumulation, resulting in hereditary disorders known as glycogen storage diseases (GSD), or glycogenosis. Glycogenosis type I (GSDI), responsible for more than 90% of cases, is caused by deficiency of the glucose-6-phosphatase (G6Pase), the key enzyme in blood glucose homeostasis. Its enzyme complex consists of two subunits (catalytic and transporter) that determine subtypes Ia and Ib. GSDla, also known as von Gierke disease, is the most common GSDI responsible for 80 to 90% of cases and corresponds to a deficiency in the catalytic subunit of G6Pase. GSDIb is the second most prevalent but also the most severe, resulting from deficiency of lucose-6- phosphate translocase that transports glucose-6-phosphate into the lumen of the endoplasmic reticulum, where the catalytic unit of G6Pase is located. In both types, enzymatic deficiency results from genetic mutations in the genes that codify these enzymes, known as G6PC and G6PT1. Biochemical essay for GSDI is useful to confirm the diagnosis and to recommend treatment, however it does not allow the determination of the disease subtype. For this differentiation, enzymatic analysis of G6Pase is necessary. Since this enzyme is not expressed in tissues such as fibroblasts or lymphocytes, activity determination is only possible by liver biopsy. In this context, the cDNA cloning of G6PC and G6PT1 allowed the screening of mutations responsible for subtypes Ia and Ib, which gives the alternative of a less invasive diagnosis based on molecular biology techniques, using blood samples. In this study, thirteen patients with clinical symptoms suggestive of GSDIa and Ib were investigated through genetic sequencing. Five changes were detected in G6PC, including three known point mutations (G68R, R83C and Q347X) and two polymorphisms (c.511G> A and c.1176T>C). Concerning the G6PT1 gene, four changes were found: a known point mutation (G149E), a novel frameshift insertion (c.1338_1339insT) and two polymorphisms (c.1287G>A and c.1076-28C>T). The frequency of mutations in this population is similar to that observed in the literature, in which R83C is also the most frequent. Additionally, this study added a description of a new mutation. As result of this study, molecular analysis of both genes should be considered in he investigation of individuals with this GSDI in order to define the subtypes involved. Molecular analysis of G6PC and G6PT1 genes enable the achievement of positive diagnosis of GSDIa and Ib, securely without the need for liver biopsy. It also allows the differentiation of types and subtypes, which is not possible by the biochemical diagnosis. Finally, the identification of the mutation provides an additional tool for the genetic counseling (and eventually prenatal diagnosis) of the parents and other family members / Mestrado / Ciencias Biomedicas / Mestre em Ciências Médicas

Orientador: Domingos da Silva Leite / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-14T15:47:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tiba_MoniqueRibeiro_D.pdf: 3934673 bytes, checksum: 211302f7129afd8376ba9096064a21c4 (MD5) Previous issue date: 2009 / Resumo: Escherichia coli tem sido isolada, com certa freqüência, apresentando antígenos flagelares (H) que não são reconhecidos por nenhum dos anti-soros disponibilizado pelo mais importante centro de referência de E. coli, The International Escherichia and Klebsiella Centre (WHO) do Statens Serum Institut, Copenhague, Dinamarca. Atualmente são reconhecidos 53 antígenos "H" e, nos últimos 29 anos, nenhuma modificação ocorreu na lista dos antígenos flagelares associados à Escherichia coli. Isto posto, os objetivos deste trabalho foram identificar os antígenos flagelares das cepas de E. coli que expressam H não tipável (HNT) e que apresentam fatores de virulência associados à diferentes enteropatias. Esta identificação foi realizada inicialmente, pela reação em cadeia da polimerase (PCR) do gene fliC, responsável pela proteína flagelina, das 53 amostras padrões para os antígenos H e das 20 amostras HNT (H não-tipável). Em seguida, os amplicons foram digeridos por enzimas de restrição e daquelas amostras que apresentaram perfis de restrições distintos daqueles observados para as amostras padrões de antígeno H, foram produzidos soros em coelhos. Foram realizados testes de titulação frente aos 53 antígenos padrões, frente ao antígeno homólogo e frente aos antígenos das amostras HNT. As seqüência gênicas das amostras HNT, obtidas na reação de sequenciamento, foram comparadas aos diferentes genes de fliC armazenados no banco de dados do "National Center for Biotecnology Information" (NCBI) através do sistema BLAST, e o programa ClustalW foi utilizado para alinhamento das seqüências. Os resultados demonstraram que estas amostras apresentaram similaridade com antígenos padrões, entretanto, elas não possuem a mesma seqüência nucleotídica e também não reagiram fenotipicamente com o anti-soro esperado. Os dados obtidos permitem concluir que no conjunto de amostras estudado, treze amostras apresentaram antígeno flagelar diferente daqueles já descritos na literatura, quando utilizado as técnicas de PCR e/ou sorologia. / Abstract: Escherichia coli has been isolated frequently, showing flagellar antigens that are not recognized by any of the antisera, provided by the most important reference center of E. coli, The International Escherichia and Klebsiella Centre (WHO) of the Statens Serum Institute, Copenhagen, Denmark. Are currently recognized 53 H antigens and in the last 29 years, no change occurred in the list of flagellar antigens associated with Escherichia coli. The objectives of this study were to identify the flagellar antigens of E. coli that do not express non-typeable H antigens and presenting the virulence factors associated with different diseases. This identification was performed initially by gene amplification of the fliC, (flagellin protein) by the polymerase chain reaction (PCR) in all 53 standards E. coli strains for the H antigens and 20 non-typeable H-antigens E. coli strains, being then, the amplicons were digested by restriction enzymes. Anti-sera were produced in rabbits, those strains that showed different restriction profiles of these patterns observed for the nontypeable H antigens E. coli strains. Agglutination testes were carried out against the 53 antigens standards, against the homologous antigen and H antigens of the non-typeable strains. DNA sequences were compared to different fliC genes stored in the database of the National Center for Biotecnology Information (NCBI) through the BLAST, and ClustalW program was used to align the sequences. The results showed that although these strains have homology with a standard H-antigen, they do not have the same nucleotide sequence and did not phenotypically reacted with the antiserum expected. The data obtained showed that thirteen strains had a different H antigen those already described in the literature when used the techniques of PCR-RFLP and/or serology. / Doutorado / Microbiologia / Doutor em Genetica e Biologia Molecular

Camarea St.-Hil. (Malpighiaceae) é um gênero endêmico da América do Sul, constituído por nove espécies. O objetivo do trabalho foi a reconstrução da filogenia do gênero, por meio de evidências químicas e moleculares. Foram avaliados nove terminais, sete dos quais são espécies correntemente reconhecidas, um é uma espécie que entrou em sinonímia (C. triphylla = C. axillaris) e outro é um suposto híbrido. Como grupos externos, foram utilizadas as espécies Peixotoa reticulata e Janusia guaranitica. Foram analisados os n-alcanos das ceras epicuticulares e os flavonóides de todas as espécies. Os n-alcanos principais foram C29, C31 e C33, todos da série normal. Como flavonóides característicos de Camarea, foram identificados glicosídeos de apigenina, luteolina, crisoeriol, campferol e quercetina. A análise de agrupamentos baseada na distribuição de alcanos, usando UPGMA e distâncias euclideanas, resultou em dois grupos principais, um com C29 como homólogo principal, constituído por C. hirsuta, C. affinis x C. hirsuta, C. affinis e C. ericoides. O outro grupo caracteriza-se por homólogos principais C31 ou C33, e é formado por C. elongata, C. humifusa, C. sericea, C. axillaris e C. triphylla (= C. axillaris). Esses dois principais agrupamentos contêm grupos internos menores. Uma análise de UPGMA usando coeficiente de DICE e baseada na distribuição de agliconas de flavonóides forneceu um dendrograma com alguns agrupamentos coerentes com as afinidades reveladas pela distribuição de alcanos, como as associações: 1) C. hirsuta, C. affinis e C. affinis x hirsuta; 2) C. elongata e C. axillaris; 3) C. sericea e C. humifusa. Uma inferência filogenética molecular foi obtida com seqüências de duas regiões do cloroplasto (trnL-F e rps16) e uma nuclear (ITS). Dentre as análises com um só marcador, resultados mais consistentes foram conseguidos com ITS, que forneceu 49 caracteres filogeneticamente informativos, enquanto trnL-F e rps16 forneceram 10 e 18 caracteres informativos, respectivamente. A análise de consenso estrito de quatro árvores mais parcimoniosas de uma análise combinando-se as três seqüências resultou em um cladograma em que Camarea é um grupo monofilético, com \"bootstrap\" (BS) 100, várias politomias e clados com baixa consistência. Foi realizada análise por AFLP utilizando quatro combinações de iniciadores seletivos, obtendo-se 217 fragmentos polimórficos. Uma análise combinando as evidências moleculares resultantes de seqüências de DNA e marcadores AFLP forneceu uma única árvore mais parcimoniosa com uma politomia agrupando C. affinis, C. ericoides, C. hirsuta e C. affinis x C. hirsuta, mas boa resolução e elevada sustentação em outros clados. A combinação de todas as evidências moleculares e químicas (estas compreendendo três caracteres derivados da análise de alcanos e cinco de flavonóides) resultou numa única árvore mais parcimoniosa completamente resolvida. Os resultados apóiam a fusão de C. triphylla em sinonímia com C. axillaris e indicam forte associação entre: 1) C. humifusa e C. sericea (BS 94); 2) C. affinis, C. affinis x hirsuta, C. hirsuta e C. ericoides (BS 83); 3) C. axillaris e C. elongata (BS 100). C. affinis, C. hirsuta e C. affinis x C. hirsuta compartilham a presença crisoeriol. C. affinis e C. affinis x C. hirsuta, compartilham também luteolina e formam um clado com BS 70. O presente trabalho demonstra a utilidade de caracteres químicos para melhorar a resolução de filogenias e elevar a sustentação de clados. / Camarea St.-Hil. (Malpighiaceae) is a genus with eight species endemic in South America. The purpose of the present work was the attainment of a phylogenetic inference of the genus by means of chemical and molecular evidences. Nine accessions were analyzed: seven correspond to currently recognized species; one is a species sunk into synonymy (C. triphylla = C. axillaris); and a last one is a hypothesized hybrid. Peixotoa reticulata and Janusia guaranitica were used as out-groups. n-Alkanes from epicuticular waxes and flavonoids were analyzed from all species. The main alkanes of all distributions were either C29 or C31 or C33, all from the normal series. The characteristic flavonoids of Camarea were shown to be apigenin, luteolin, chrysoeriol, kaempferol and quercetin. A cluster analysis based on the alkane distribution using UPGMA and Euclidean distances provided two main clusters. One cluster is characterized by C29 as main homologue and is formed by C. hirsuta, C. affinis, C. affinis x hirsuta and C. ericoides. The other cluster has species with either C31 or C33 as main homologue and is formed by C. elongata, C. humifusa, C. sericea, C. axillaris and C. triphylla (= C. axillaris). These two main clusters contain smaller inner clusters. An analysis using UPGMA and DICE coefficients and based on the distribution of flavonoid aglycones provided a dendrogram with clusters congruent with affinities revealed by the alkane evidence, such as the groupings: 1) C. hirsuta, C. affinis and C. affinis x hirsuta; 2) C. elongata and C. axillaris; 3) C. sericea and C. humifusa. A phylogenetic molecular inference was obtained with sequences from two chloroplast (trnL-F and rps16) and one nuclear (ITS) DNA regions. Among the analyses based on a single marker, more consistent results were obtained with ITS, which provided 49 informative phylogenetic characters, while trnL-F and rps16 provided 10 and 18 informative characters, respectively. A strict consensus analysis based on four more parsimonious trees from an analysis combining sequences of the three DNA regions gave a cladogram showing Camarea as a monophyletic group with bootstrap support (BS) 100. The cladogram contains several polytomies and clades with low support. An AFLP analysis, using four combinations of selective primers, provided 217 polymorphic fragments. Data from sequencing and AFLP were combined in a phylogenetic analysis. A sole more parsimonious tree was obtained, with most clades completely resolved with and high support. A polytomy remained, grouping C. affinis, C. ericoides, C. hirsuta and C. affinis x hirsuta. The combination of all molecular and chemical evidences (the latter comprising three alkane and five flavonoid characters) was used for a phylogenetic analysis. A sole more parsimonious tree was obtained, completely resolved and with clades highly supported. The results support sinking C. triphylla into synonymy of C. axillaris and indicate strong kinship: 1) between C. humifusa and C. sericea (BS 94); 2) among C. affinis, C. affinis x C. hirsuta, C. hirsuta and C. ericoides (BS 83); 3) between C. axillaris and C. elongata (BS 100). C. affinis, C. hirsuta and C. affinis x C. hirsuta share the possession of chrysoeriol. C. affinis and C. affinis x C. hirsuta share the possession also of luteolin and form a clade with BS 70. The present work reveals the utility of chemical characters to improve resolution of phylogenies and increment clade support.