Orientador: Fernando Sebástian Baldi Rey / Coorientador: Maria Eugênia Zerlotti Mercadante / Banca: Nedenia Bonvino Stafuzza / Banca: Joslaine Noely dos Santos Gonçalves Cyrillo / Resumo: Com a necessidade de tornar a bovinocultura de corte mais rentável e ao mesmo tempo sustentável, as características associadas à eficiência alimentar ganham importância. O consumo alimentar residual (CAR), sugerido como parâmetro de eficiência tornou-se uma ferramenta para a seleção de animais mais eficientes. Atualmente ferramentas genômicas tornaram-se disponíveis devido ao avanço da tecnologia no uso de marcadores moleculares, como os SNPs. Diante disso, associar regiões genômicas com o CAR, ganho de peso e demais características relacionadas eficiência alimentar pode ter um futuro promissor. O objetivo do estudo foi associar dados genômicos a partir do uso de chips de alta densidade de SNPs para identificação de regiões QTL ligadas à características como eficiência alimentar, ganho de peso, consumo alimentar e CAR de 896 animais da raça Nelore. O modelo utilizado na predição dos valores genéticos para as características em estudo foi o ssGBLUP. Os efeitos e variâncias dos marcadores SNPs foram estimados pela metodologia ssGWAS, onde os efeitos dos SNPs são obtidos a partir dos valores genômicos estimados pelo modelo ssGBLUP. Os componentes variâncias e parâmetros genéticos foram estimados utilizando a inferência Bayesiana. Com os resultados obtidos dos estudos de associação genômica foi realizada a prospecção de genes para identificar os SNPs que apresentaram associação com os indicadores de eficiência alimentar e buscar genes que possam influenciar a expressão das características. Para determinar as possíveis regiões de QTL, foram selecionados os segmentos que explicassem valores iguais ou superiores a 1% da variância genética aditiva. No total foram encontradas 51 regiões genômicas distribuídas pelas características em análise. Para identificação e posicionamento dos SNPs no genoma bovino foi realizado um levantamento no banco de dados disponíveis no NCBI e Ensembl. A classificação... / Abstract: The need to turn the beef production more profitable and at the same time sustainable, the traits associated with feed efficiency are gaining importance. The residual feed intake (RFI), suggested as a parameter for feed efficiency and it has become a tool for the selection of more efficient animals. In recent years, a large number of genomic tools become available due to advancement of the technology of molecular markers, such as SNPs. Therefore, genomic regions associated with the SNP markers for residual feed intake (RFI), weight gain and other traits related to feed efficiency have a promising future, with selection of more efficient animals. This study aimed to associate genomic data from the use of highdensity chips to identify QTL regions linked to traits such as feed efficiency, weight gain, feed intake and CAR 896 Nelore cattle, from the Animal Science Institute, located in Sertãozinho. The model used for the prediction of breeding values of the traits was the ssGBLUP. This ssGBLUP model, besides using phenotypic and genotypic data, also use pedigree information. With the results of genomic association studies, it was performed the search for genes to identify SNPs that were associated with the feed efficiency indicators and seek genetic regions and genes that may, in fact, influence the expression of the traits. To determine the possible QTL regions, the segments that explain values greater than or equal to 1% of the additive genetic variance were selected. A total of 51 genomic regions for the studied traits were found. For identification and positioning of the SNPs in the bovine genome was conducted a survey on the database available in the NCBI and Ensembl. The classification of genes as biological function was performed by the website DAVID. The heritability estimate for feed efficiency was low (0.13), moderate for residual feed intake (0.18), and moderate to high magnitude for weight gain (0.43) and feed intake (0.47). A ... / Mestre

Orientador: Henrique de Oliveira / Coorientador: Rogério Abdallah Curi / Banca: Humberto Tonhati / Banca: Nedenia Bonvino Stafuzza / Banca: Simone Cristina Méo Niciura / Banca: Cláudia Cristina Paro de Paz / Resumo: Características reprodutivas, como a ocorrência de prenhez precoce, são mais importantes economicamente ao comparar-se com as características de crescimento. Desta forma, o aumento da taxa de fertilidade e emprego de animais geneticamente superiores é determinante no progresso da produtividade nas fazendas comerciais de produção de carne bovina. A seleção modifica as frequências alélicas de uma população ao transmitir as variantes gênicas mais interessantes. Considerando o desequilíbrio de ligação, alguns locos adjacentes às mutações favoráveis são transmitidos ao longo das gerações. Estes são conhecidos como assinaturas de seleção e podem ser identificados com o uso de "chips" de SNP e metodologias estatísticas adequadas. Com o objetivo de identificar assinaturas de seleção recentes em QTL previamente mapeados para características reprodutivas de fêmeas bovinas ligadas à precocidade sexual, foram genotipadas 2.035 fêmeas da raça Nelore (Bos taurus indicus) com o chip "Illumina BovineHD BeadChip". Posteriormente foi inferida a fase de ligação dos SNPs e a reconstrução dos haplótipos. A detecção de assinaturas de seleção foi realizada por meio da aplicação da metodologia "Relative Extended Haplotype Homozygosity" (REHH). A identificação de genes que contribuem para a importância da característica nestas regiões foi feita com a ferramenta Map Viewer do "National Center for Biotechnology Information"- NCBI e GBrowse carregada com o genoma bovino versão UMD 3.1. Foram detectadas ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Some reproductive traits such as early pregnancy are more profitable than those related to growth. Increasing fertility rate and using genetically superior animals are crucial in productivity of meat commercial farms. Artificial selection modifies allele frequencies of a cattle population by transmitting the most significant gene variants. Considering linkage disequilibrium, some loci adjacent to favorable mutations are transmitted across generations. Known as signatures of selection, such locations can be identified by the SNP chips, and appropriate statistical methods. To determine recent selection signature in quantitative trait loci (QTL) previously mapped for reproductive cow features linked to sexual precocity, 2,035 Nelore (Bos taurus indicus) females were genotyped by Illumina Bovine chip. After, inferring the connection phase of SNPs allowed haplotype reconstruction. Selection signatures were detected by Relative Extended Haplotype Homozygosity (REHH) method. Genes supposedly important were recognized by Map Viewer from the National Center for Biotechnology Information (NCBI), and also through a loaded GBrowse with bovine genome UMD, version 3.1. A total of 2,756 core regions were detected, with an average size of 27.6 ± 29.1 Kb, covering 70.1 Mb of 25 chromosomes. 17,312 SNPs are involved in the formation of core regions with at least 10 on BTA27, and a maximum of 20 SNPs on 1, 3-7, 9-15, 18-21, and 23-24 chromosomes. We identify 40 possible recent selection signatu... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Fernando Sebastián Baldi Rey / Coorientador: Angélica Simone Cravo Pereira / Coorientador: Gregório Miguel Ferreira de Camargo / Banca: Ana Fabrícia Braga Magahães / Banca: Rodrigo Pelicioni Savegnago / Banca: Raysildo Barbosa Lobo / Banca: Aline Silva Mello Cesar / Resumo: Objetivou-se identificar regiões no genôma de bovinos da raça Nelore que apresentam variações no número de cópias (CNV) e, associar estes CNV com o perfil de ácidos graxos da carne. Além disso, objetivou-se realizar associação genica ampla utilizando os método de single step (GWASss) a fim de detectar regiões genômicas associadas aos ácidos graxos dos grupos saturados, mono e poliinsaturados, assim como os omegas 3, 6 e sua relação. O estudo de caracterização e distribuição dos CNVs ao longo do genoma de bovinos Nelore, foi realizado através do software PennCNV utizando dados genotípicos de 3.794 aniamais, resultando em 399.361 CNVs identificados. Após controle de qualidade, 2.902 foram mantidos nas analises, resultando em 195.873 CNVs, com tamanho medio de 54,744 pb, maximo de 8.7 Mb e minimo 3 kb. As regiões de CNV foram geradas pela sobreposição dos CNVs através do software CNVRuler. Os cromossomos que mostraram maior incidencia de CNVR foram BTA19 (24,26%), BTA23 (18,68%) e BTA25 (18,05%). Ja os que mostraram menor incidencia foram BTA29 (1,63%), BTA13 (9,72%) and BTA8 (9,72%). As 9.805 regiões da CNV estimadas no presente estudo cobrem aproximadamente 13.05% do genoma bovino e sobrepõem-se a 5.495 genes conhecidos que envolvem processos biológicos que poderiam estar envolvidos na adaptação ambiental da subespécie a áreas tropicais. O estudo de GWASss identificou 115 janelas que explicaram mais de 1% da variação genética aditiva para os 22 ácidos graxos estudados. A ident... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The objective of this study was to identify genomic regions of Nellore cattle that present variations in the number of copies (CNV) and to associate these CNV with the fatty acid profile of the meat. In addition, the objective of this study was to carry out a genome-wid association using the single step method (GWASss) to detect genomic regions associated with saturated, mono and polyunsaturated fatty acids, as well as omega 3, 6 and their relationship. The study of the characterization and distribution of CNVs along the Nellore genome was performed by PennCNV software using genotypic data of 3,794 animals, resulting in 399,361 CNVs identified. After quality control, 2,902 were maintained in the analyzes, resulting in 195,873 CNVs, with an average size of 54,744 pb, maximum of 8.7 Mb and minimum 3 kb. The CNV regions were generated by the overlap of the CNVs by CNVRuler software. The chromosomes that showed the highest incidence of CNVR were BTA19 (24.26%), BTA23 (18.68%) and BTA25 (18.05%). Those with the lowest incidence were BTA29 (1.63%), BTA13 (9.72%) and BTA8 (9.72%). The 9,805 CNV regions estimated in the present study covered approximately 13.05% of the bovine genome and overlaped 5,495 genes known to envolve in biological processes that could be involved in the environmental adaptation of the subspecies to tropical areas. The GWASss study showed 115 windows that explained more than 1% of the additive genetic variation for the 22 fatty acids studied. The identification of these regions and their genes, such as ELOVL5, ESRRG, PCYT1A and the ABC group genes (ABCA5, ABCA6 and ABCA10) are genes directly and indirectly related to lipid metabolism. The GWAS between AG phenotypes and CNVs resulted in a total of 186 CNVRs that were significant for the saturated (43), monosaturated (42), poly... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Roberto Carvalheiro / Coorientador: Marina Rufino Salinas Fortes / Coorientador: Lucia Galvão de Albuquerque / Banca: Ricardo Vieira Ventura / Banca: Yuri Tani Utsunomiya / Banca: Henrique Nunes de Oliveira / Banca: Gerardo Alves Fernandes Júnior / Resumo: O poder estatístico de um único estudo de associação genômica ampla (GWAS) para detectar loci de características quantitativas (QTL) é esperado ser menor do que combinando resultados de GWAS independentes de múltiplas raças, isto é, de diferentes raças, especialmente para características complexas, como as de puberdade. Utilizar populações independentes e métodos para detectar novas regiões genômicas e validar regiões previamente conhecidas como associadas com a característica de interesse em populações independentes é uma estratégia viável para identificar QTLs mais acuradamente. O objetivo deste estudo foi detectar regiões genômicas controlando características de precocidade sexual em três raças de gado de corte tropical (Nelore, Brahman e Composto Tropical - CT), utilizando duas estratégias, meta-analise utilizando diferentes raças e validação cruzada de QTL entre raças. No estudo de meta-análise as características incluídas foram idade ao primeiro parto (IPP), prenhez precoce (PP), e circunferência escrotal (CEN) medida aos 18 meses de idade no Nelore, e a idade ao surgimento do primeiro corpo lúteo (IPCL), intervalo do primeiro anestro pós-parto (IPAPP) e circunferência escrotal medida aos 18 meses de idade (CE18B) para o Brahman. A meta-análise foi realizada utilizando um método multi-característica. Um total de 108 polimorfismos de nucleotídeo único (SNP) significativos a um P-valor empírico de 1.39 × 10−5 (FDR < 0.05), foram encontrados neste estudo. Tais SNP signific... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The statistical power of an individual genome-wide association study (GWAS) to detect quantitative trait loci (QTL) is expected to be lower than combining independent GWAS results from multi-breed, i.e., from different breeds, especially for complex traits, as puberty traits. Using independent populations and methods to detect new genomic regions and validate in independent populations known regions associated with the trait of interest is a feasible strategy to identify QTLs more accurately. The aim with this study was to detect genomic regions controlling sexual precocity traits across three tropical beef cattle breeds (Nellore, Brahman and Tropical Composite - TC) by using two approaches, meta-analysis using different breeds and QTL validation across different breeds. In the meta-analysis study the traits included were age at first calving (AFC), early pregnancy (EP), and scrotal circumference (SCN) measured at 18 months of age for Nellore, and age at first corpus luteum (AGECL), first postpartum anoestrus interval (PPAI), and scrotal circumference measured at 18 months of age (SC18B) for Brahman cattle. The meta-analysis was performed using a multi-trait method. A total of 108 significant single-nucleotide polymorphisms (SNPs), at an empirical threshold P-value of 1.39 × 10−5 (FDR < 0.05), were found in this study. Those significant SNP were distributed over 19 out of 29 autosomes, and the major of them were located on BTA14. In the meta-analysis study we identified five association regions harbouring the majority of the significant SNP (76%), namely: BTA2 (5.55%) from 95 to 96 Mb, BTA4 (5.55%) from 94.1 to 94.8 Mb, BTA14 (59.26%) from 24 to 25 Mb and 29 to 30 Mb, and BTA21 (5.55%) from 6.7 Mb to 11.4 Mb. In the acr... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

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The relatively low cost of Next-Generation Sequencing (NGS) has enabled researchers to generate large amounts of sequencing data in order to identify disease-causing mutations and to assemble simple genomes. However, NGS has inherent limitations due to the short DNA read lengths and high error rate associated with the technique. The short read lengths of NGS prevent the assembly of genomes with long stretches of repetitive DNA, and the high error rate prevents the accurate detection of rare mutations in heterogeneous populations such as tumors and microbiomes. I have co-developed new NGS methods to overcome these challenges. In order to increase the effective read length of NGS reads, local de novo assembly of short reads into long contigs can be achieved through the use of Paired-End Restriction-site Associated DNA Sequencing (RAD-PE-Seq). With the RAD-PE method, I sequenced a stickleback fosmid and generated contigs with an N50 length of 480 nucleotides. In order to eliminate false-positive mutations caused by the high error rate of NGS, the Paired-End Low Error Sequencing (PELE-Seq) method was developed, which uses numerous quality control measures during the sequencing library preparation and data analysis steps in order to effectively eliminate sequencing errors. Control testing of the PELE-Seq demonstrates that the method completely eliminates false-positive mutations at sequencing read depths below 20,000X coverage, compared to a ~20% false-positive rate obtained with previous methods. The high accuracy of the PELE-Seq method allows for the detection of ultra-rare mutations in a genome, which was previously impossible with NGS. This dissertation includes previously published and unpublished co-authored material.

Orientador: Humberto Tonhati / Coorientador: Gregório Miguel Ferreira de Camargo / Coorientador: Naudin Alejandro Hurtado Lugo / Banca: Lenira El Faro Zadra / Banca: Henrique Nunes de Oliveira / Resumo: Considerando a importância das doenças que afetam o desempenho produtivo dos animais na indústria leiteira em todo o mundo é necessário implementar ferramentas moleculares que auxiliem na identificação e controle destas doenças. Quando ocorre alguma infecção em um organismo superior, existe aumento do número de células de defesa e o sistema imune inato proporciona uma linha de defesa contra os patógenos. Os "Toll Like Receptors" (TLR) são proteínas da membrana que desempenham um papel chave na imunidade, reconhecendo patógenos e, posteriormente, ativando as respostas. O presente estudo foi realizado para identificar SNPs no gene TLR4 bubalino e analisar suas associações com características de importância produtiva, incluindo a contagem de células somáticas (CCS). Foram utilizadas amostras de DNA de 130 búfalas da raça Murrah. A região codificante do gene TLR4 foi amplificada através de reações de PCR e posteriormente sequenciada. Os polimorfismos encontrados tiveram suas frequências alélicas e genotípicas calculadas e verificadas quanto ao equilíbrio de Hardy-Weinberg, além de serem utilizados para os estudos de associação. Foram identificados 13 polimorfismos do tipo SNP para as regiões sequenciadas do gene TLR4, sendo que a maioria encontra-se em região codificante. Encontrou-se associação significativa, com porcentagem de gordura dos Snps g514>C/T (P=0,0040) e g536>A/T (P=0,0035). As associações para CCS demostrou-se altamente significantes (p=<0,001) para todos os Snps (g... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Molecular markers might be developed to investigate genetic variants associated to the disease and assist selection process in order to identify resistant animals. When the mammary gland is infected, there is an increase in the defense cells, also called somatic cells. It is a defense line of the immune system against pathogens. The "tool like receptors" TLR are membrane proteins that have an important role in the immunity, recognizing pathogens and activating adequate responses. The present study aimed to investigate the association of TLR4 gene SNPs with productive characteristics and SCC in buffaloes. The DNA was extracted from hair follicules of 130 Murrah buffaloes. The fragments were amplified by Polymerase Chain Reaction (PCR) and sequenced. Thirteen SNPs were found. Allelic and genotypic frequencies were calculated as well as the adhesion to Hardy-Weinberg equilibrium and the linkage disequilibrium (r2) and the association to the characteristic. For SCC was tested methodology linear generalized mixed model, assuming Poisson distribution. Bonferroni correction was applied for the number of SNPs. Thirteen SNP polymorphisms were identified in coding region of the TLR4 (g322>G/A, g514>C/T, g536>A/T, g8338>A/C, g8341>A/G, g8342>T/G, g8343>G/A, g8345>A/G, g8413>A/G, g8428>G/A, g8438>A/C, g8578>G/T, g8582>A/C). The SNPs g514>C/T and g536>A/T had significant association whit %G. All the SNPs were associated (p=0.001) whit the CCS. Other authors also reported the association of TRL4 SNPs to the trait. The results show that the SNPs of TLR4 gene can be used as molecular markers in buffaloes / Mestre

Orientador: José Fernando Garcia / Banca: Flávia Lombardi Lopes / Banca: Maricy Apparício Ferreira / Banca: Wagner Luis Ferreira / Banca: Silvana de Cássia Paulan / Resumo: Variante funcional (functional variant - FV) é um polimorfismo da sequência de DNA que possui efeitos sobre a função ou mesmo sobre o nível de expressão de um ou mais genes. Por apresentarem alta probabilidade de interferência em fenótipos celulares, teciduais ou mesmo sistêmicos, as FVs são alvos frequentes de pressão de seleção negativa ou positiva em uma população. Algumas FVs podem, inclusive, causar perda parcial ou total da função gênica, caso no qual estas recebem a denominação de loss-of-function variant (LoFV). Os cães domésticos (Canis lupus familiaris) possuem baixa variabilidade genética decorrente da intensa seleção artificial feita pelo homem para fenótipos extremos de características morfológicas e comportamentais. Os altos níveis de endogamia nas populações caninas favorecem a intensificação da ação da deriva genética e, por consequência, o aumento da prevalência de FVs e LoFVs que seriam mantidas em baixa frequência se estas populações apresentassem maior variabilidade genética. Assim, o cão doméstico é um modelo valioso para estudos de processos fisiológicos e de doenças genéticas humanas. O recente surgimento de ferramentas para análise genômica têm auxiliado na identificação de FVs e LoFVs de interesse zootécnico e biomédico em cães. Estas variantes podem ser mapeadas através de duas estratégias distintas, porém complementares, de varredura genômica. A primeira, denominada de estudo de associação genômica ampla (Genome-Wide Association Study - GWAS), consi... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Functional variant (FV) is a DNA sequence polymorphism that has effects on the function or even the level of expression of one or more genes. FVs are frequent targets of negative or positive selection in a population due to its high probability of interfering in cell, tissue or system phenotypes. Some FVs may even cause partial or total loss of gene function, in which case they are called loss-of-function variants (LoFVs). Domestic dogs (Canis lupus familiaris) have low genetic variability resulting from intense human-driven artificial selection for extreme phenotypes of morphological and behavioral traits. High levels of inbreeding in canine populations favor the intensification of genetic drift and, consequently, an increase in the prevalence of FVs and LoFVs that would be maintained at low frequencies if these populations presented higher genetic variability. Thus, the domestic dog is a valuable model for studying physiological processes and human genetic diseases. The recent emergence of tools for genomic analysis has assisted in the identification of FVs and LoFVs of zootechnical and biomedical interest in dogs. These variants can be mapped through two distinct but complementary genomic scanning strategies. The first, known as Genome-Wide Association Study (GWAS), involves testing of phenotype-genotype associations. The second consists in the search for allelic combinations, called haplotypes, that occur in high frequency, but that present deficiency of homozygosity. In ... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Em um cenário em que a qualidade da informação é essencial para a sustentação do processo de gestão do sistema ou do processo de seleção animal, corretas atribuições de paternidade se tornam importante para a manutenção das informações de pedigree e, consequentemente, para a estimativa dos valores genéticos dos animais em programas de seleção. Com o advento do uso de marcadores moleculares do tipo SNP na seleção genômica e em diferentes painéis de teste de parentesco, maiores estudos se fazem cada vez mais necessários. Dessa maneira esse estudo buscou analisar os ganhos em acurácia dos valores genéticos para características produtivas em um cenário de seleção real entre avaliações genéticas que continham ou não animais com atribuições de paternidade por teste de DNA e além disso, verificar os possíveis conflitos de seleção entre elas. Como resultados foram encontrados ganhos em acurácia principalmente em animais mais jovens, mas de maneira geral todos os animais foram beneficiados e apresentaram ganhos acima de 8% os animais diretamente submetidos ao teste. Conflitos de seleção variaram entre 14 a 52% quando considerada somatória das diferenças de seleção nas duas avaliações genéticas, mostrando também, que existiu uma alteração na ordem de classificação dos animais nas características analisadas. Como o fator custo é um ponto importante quando se fala em avaliação genética e tudo que envolve a nova fase dos marcadores moleculares, um painel de paternidade eficiente é aquele que apresenta o melhor desempenho na determinação da paternidade sob um menor custo. Dessa forma, foram comparados alguns grupos de marcadores e o painel de 195 SNP proposto pelo grupo ISAG se mostrou eficiente, assim como outros, na determinação de paternidade em um grupo especifico de animais. Os resultados deste trabalho indicam também que o teste de parentesco por DNA é uma ferramenta que pode aumentar a precisão do arquivo pedigree por aumentar a conexão dos animais, ou seja, por criar maiores ou mais laços genéticos entre os indivíduos. Assim, poder-se-ia melhorar o desempenho da avaliação genética em um programa de melhoramento genético bovino através de pequenos grupos de marcadores moleculares com um custo-benefício atrativo. / In a scenario where information quality is essential to support a process management system or an animal selection process, correct paternity assignments become important for maintaining pedigree information and hence to estimate animals genetic values in breeding programs. With the advent of the use of SNP molecular markers in genomic selection and different kinship test panels, larger studies are increasingly necessary. Thus, this study investigated the gains in accuracy of breeding values for production traits (in a real selection scenario) between the genetic evaluations of animals with or without parenting assignment by DNA testing. It also verified possible selection conflicts between them. The following results showed gains in accuracy, especially in younger animals. However, in general, all animals benefited having gains greater than 8% where animals were directly impacted. Checking conflicts ranged from 14-52% when the sum of the differences of selection in both genetic evaluations was considered. This also showed that there was a change in the ranking of animals in the analyzed characteristics. As cost is also an important factor in genetic evaluations using new molecular markers, an effective parenting panel would be one that had the best performance in the paternity determination under a lower cost. Therefore, we compared some small marker groups and the 195 SNP panel proposed by ISAG group and determined this was efficient in estimating paternity on a specific group of animals. These results also suggest that kinship testing by DNA is a tool that can increase the accuracy of the pedigree file to increase the animals\' connection, or to create larger or more genetic links between individuals. This study shows that testing with small groups of molecular markers improves the performance of genetic evaluation in a bovine genetic selection program with an attractive cost-benefit.

Thesis advisor: Gabor T. Marth / Thesis advisor: Eric F. Tsung / My work is part of an effort in Dr. Gabor Marth's population genetics lab to extend the work of Marth's 2004 Genetics paper "The allele frequency spectrum in genome-wide human variation data reveals signals of differential demographic history in three large world populations" by applying its methods to new datasets. My contribution toward this end has been to create computer code (in Perl and Bash) to quantify ascertainment bias and determine proxy ancestral alleles in human genome-wide polymorphic data for post-doctoral fellow Dr. Eric Tsung's use in the determination of human demographic history. The final results of my efforts will be part of a poster by Dr. Tsung (with myself as a second author) displayed at the 2007 Biology of Genomes Symposium at Cold Spring Harbor Laboratory in Cold Spring Harbor, New York. Our goal is to turn that poster into a paper (on which I will be an author) for submission for publication in a major scientific research periodical and which will also be available in the future at http://bioinformatics.bc.edu/marthlab/ascertainmentancestral/. / Thesis (BS) — Boston College, 2007. / Submitted to: Boston College. College of Arts and Sciences. / Discipline: Biology. / Discipline: College Honors Program.