Orientador: Eduardo Bagagli / Resumo: Paracoccidioides spp. são fungos que vivem no ambiente (solo) e em associação com tecidos de hospedeiros mamíferos. Apresentam como característica de patogenicidade o termo-dimorfismo, em que, a 25º C apresenta a fase micelial e produz suas partículas infectantes (conídios) e a 35-37º C está sob forma de leveduras (forma parasitária). As características morfológicas e micromorfológicas são importantes, mas insuficientes para a diferenciação entre os genótipos. Contudo, o avanço no conhecimento da Biologia Molecular nos últimos anos permitiu uma grande compreensão da biologia e das relações filogenéticas de Paracoccidioides spp. A região de ITS1-5.8S-ITS2 (rDNA) tem sido largamente usada na identificação de diversos fungos, sendo muito útil para discriminar entre P. brasiliensis e P. lutzii, no entanto, ela não separa entre as genótipos do complexo P. brasiliensis (S1, PS2, PS3 e PS4), no qual, recentemente foi proposto um rearranjo taxonômico, em que foram descritas como novas espécies de Paracoccidioides: P. brasiliensis para S1, P. americana para PS2, P. restrepiensis para PS3 e P. venezuelensis para PS4. Além do seqüenciamento do ITS, é necessário incluir outras regiões gênicas mais ou menos polimórficas para estudos filogenéticos que visam identificar Paracoccidioides spp. como nesse estudo. Este trabalho teve como objetivo mapear áreas de ocorrência e isolar Paracoccidioides a partir de tatus (Dasypus novemcinctus), bem com detectar molecularmente por Nested-PCR o DNA do... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Doutor

Submitted by MARLUCE FRANCISCA HRYCYK null (marluce@unemat.br) on 2018-03-23T15:42:38Z No. of bitstreams: 1 Texto final 23 03 18.pdf: 2572888 bytes, checksum: 00a5717448a63a2138d8dbcd62ca9c06 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Pizzani null (luciana@btu.unesp.br) on 2018-03-26T17:45:23Z (GMT) No. of bitstreams: 1 hrycyk_mf_dr_bot.pdf: 2473289 bytes, checksum: 4273a8f7803f0e2dda1dadd73582c9a2 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-03-26T17:45:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 hrycyk_mf_dr_bot.pdf: 2473289 bytes, checksum: 4273a8f7803f0e2dda1dadd73582c9a2 (MD5) Previous issue date: 2018-03-01 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Mato Grosso (FAPEMAT) / Paracoccidioides spp. são fungos que vivem no ambiente (solo) e em associação com tecidos de hospedeiros mamíferos. Apresentam como característica de patogenicidade o termo-dimorfismo, em que, a 25º C apresenta a fase micelial e produz suas partículas infectantes (conídios) e a 35-37º C está sob forma de leveduras (forma parasitária). As características morfológicas e micromorfológicas são importantes, mas insuficientes para a diferenciação entre os genótipos. Contudo, o avanço no conhecimento da Biologia Molecular nos últimos anos permitiu uma grande compreensão da biologia e das relações filogenéticas de Paracoccidioides spp. A região de ITS1-5.8S-ITS2 (rDNA) tem sido largamente usada na identificação de diversos fungos, sendo muito útil para discriminar entre P. brasiliensis e P. lutzii, no entanto, ela não separa entre as genótipos do complexo P. brasiliensis (S1, PS2, PS3 e PS4), no qual, recentemente foi proposto um rearranjo taxonômico, em que foram descritas como novas espécies de Paracoccidioides: P. brasiliensis para S1, P. americana para PS2, P. restrepiensis para PS3 e P. venezuelensis para PS4. Além do seqüenciamento do ITS, é necessário incluir outras regiões gênicas mais ou menos polimórficas para estudos filogenéticos que visam identificar Paracoccidioides spp. como nesse estudo. Este trabalho teve como objetivo mapear áreas de ocorrência e isolar Paracoccidioides a partir de tatus (Dasypus novemcinctus), bem com detectar molecularmente por Nested-PCR o DNA do fungo em amostras de solo e nos órgãos (baço, fígado e linfonodos mesentéricos) de tatus. Nós isolamos o fungo de tatus do Sudeste (Botucatu/SP) e Centro-Oeste (Alta Floresta/MT). Todos os isolados foram caracterizados molecularmente pelo seqüenciamento ITS-rDNA e gp43 exon 2 e por PCR-RFLP de alfa tubulina (tub1) como P. brasiliensis e P. americana. A reação de Nested-PCR foi sensível e permitiu detectar o DNA de Paracoccidioides nas amostras de tecido (baço, fígado e linfonodos mesentéricos) de D. novemcinctus e também no solo dos Estados de São Paulo e Mato Grosso. A construção filogenética com os amplicons ambientais de solo mostrou que P. lutzii está amplamente presente nessas regiões (Sudeste e Centro-Oeste), além do que, amplicons de P. lutzii de Alta Floresta/MT clusterizaram em um clado separadamente, sugerindo que espécies crípticas podem existir, dentro de P. lutzii. / Paracoccidioides spp. are fungi that live in the environment (soil) and in association with tissues of mammalian hosts. They present as a characteristic of pathogenicity the thermo - dimorphism, in which, at 25º C it presents the m ycelial phase and produces its infective particles (conidia) and at 35 - 37º C it is in the form of yeasts (parasitic form). The morphological and micromorphological characteristics are important, but insufficient for the differentiation between the genotype s. However, the advance in the knowledge of Molecular Biology in recent years has allowed a great understanding of the biology and phylogenetic relationships of Paracoccidioides spp. The region of ITS1 - 5.8S - ITS2 (rDNA) has been widely used in the identific ation of several fungi, in which it is very useful in the discrimination between P. brasiliensis and P. lutzii , however, it does not separate between genotypes of the complex P. brasiliensis (S1, PS2, PS3 and PS4), in which recently a taxonomic rearrangeme nt was proposed, described as new species of Paracoccidioides : P. brasiliensis for S1, P. americana for PS2, P. restrepiensis for PS3 and P. venezuelensis for PS4 . In addition to the sequencing of ITS, it is necessary to include other more or less polymorp hic gene regions for phylogenetic studies aimed at identifying Paracoccidioides spp. as in this study . The objective of this work was to map out occurrence areas and isolate Paracoccidioides from armadillos ( Dasypus novemcinctus ), as well as molecularly de tect the DNA of the fungus in soil samples and organs (spleen, liver and mesenteric lymph nodes) by Nested - PCR . We isolated the armadillo fungus from the Southeast (Botucatu / SP) and Central West (Alta Floresta / MT). All isolates were molecularly charac terized by ITS - rDNA and gp43 exon 2 sequencing and by alpha tubulin (tub1) PCR - RFLP as P. brasiliensis and P. americana . The Nested - PCR reaction was sensitive and allowed to detect the DNA of Paracoccidioides in tissue samples (spleen, liver and mesenteric lymph nodes) of D. novemcinctus and also in the soil of the States of São Paulo and Mato Grosso. Phylogenetic construction with environmental soil amplicons showed that P. lutzii is widely present in these regions (Southeast and Center - West), in addition, P. lutzii amplicons from Alta Floresta / MT cluster in a clade separately, suggesting that species may exist within P. lutzii .

Submitted by Maicon Juliano Schmidt (maicons) on 2015-03-24T19:11:22Z No. of bitstreams: 1 Carlos Hiroshi Nitta.pdf: 684742 bytes, checksum: 0857f27947f3270ae0fa6aba1e59c2da (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-24T19:11:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Carlos Hiroshi Nitta.pdf: 684742 bytes, checksum: 0857f27947f3270ae0fa6aba1e59c2da (MD5) Previous issue date: 2008-01-31 / Nenhuma / Os tatus (Cingulata: Dasypodidae), apesar da diversidade de espécies, 21 espécies, e ampla distribuição, da Argentina até a metade sul dos EUA, passando pela América Central, as informações sobre a utilização dos ambientes por estes animais é escassa. A escavação e utilização de buracos no solo é uma característica ecológica relevante para o grupo, podendo estas estruturas serem consideradas indicadores conspícuos da presença desses animais. No presente estudo investiguei a densidade, direção, morfometria e microhabitat das tocas, em diferentes tipos de formação vegetal. O trabalho foi desenvolvido durante 13 meses (Out/06 a Nov/07) no Parque Estadual de Itapuã, na Grande Porto Alegre, RS, Brasil. O tatu-galinha (Dasypus novemcinctus) parece ser a espécie mais abundante neste local, onde ainda ocorre ao menos uma outra espécie, tatu-de-rabo-mole-grande (Cabassous tatouay). As características físicas e ambientais de 72 tocas, no campo (n = 31), mata (n = 22) e Restinga (n = 19), encontradas foram analisadas. A densidade de tocas não variou significativamente entre estes ambientes. Embora o tatu-galinha seja apontado como uma espécie de áreas florestadas no presente estudo, as áreas abertas foram utilizadas com a mesma intensidade que mata e restinga. Dentre as variáveis ambientais o número de árvores e porcentagem de cobertura de solo por arbustos tiveram influência no número de tocas encontradas em mata. A direção das tocas foram predominantemente sul nas áreas de floresta (mata e restinga) e significativamente diferentes das áreas de campo (campoXmata p = 0,002; campoXrestinga p = 0,001). Sugerindo que esta espécie possa mudar o comportamento e aumentar o nicho na ausência ou relaxamento de predadores e competidores. / Armadillos ( Cingulata : Dasypodidae ), despite the diversity of species , 21 species , and wide distribution , from Argentina to the southern half of the United States through Central America, information on the use of animals in these environments is scarce. The excavation and using holes in the ground is an important ecological nature of the group, these structures may be considered conspicuous indicators of the presence of these animals. In the present study I have investigated the density, direction, morphometric and microhabitat of the burrows in different types of plant formation. The study was conducted during 13 months (Oct/06 to Nov/07) in Itapuã State Park, in Porto Alegre , RS , Brazil . The nine-banded armadillo (Dasypus novemcinctus) seems to be the most abundant species at this site, which is still at least one other species, the greater naked-tailed armadillo (Cabassous tatouay). The physical and environmental characteristics of 72 holes, fields (n = 31), forest (n = 22) and Restinga (n = 19), found were analyzed. The density of burrows did not vary significantly between these environments. Although the nine-banded is touted as a kind of wooded areas in the present study, the open areas were used with the same intensity that forest and dunes. Among the environmental variables the number of trees and percentage of ground cover shrubs influenced the number of burrows found in the woods. The direction of the burrows were predominantly southern areas of forest (forest and Restinga) and significantly different from field areas (fieldXforest p = 0.002; fieldXrestinga p = 0.001). Suggesting that this species can change behavior and increase the niche or relaxation in the absence of predators and competitors.

Ao longo dos anos, a humanidade contribuiu para o surgimento de diversos patógenos, tornando-se vítimas de doenças transmitidas dos animais para o homem, as chamadas antropozoonoses. Dentre os animais, os tatus, mamíferos selvagens primitivos, apresentam características anatômicas e fisiológicas peculiares, que os tornam mais susceptíveis à diversas doenças e potenciais reservatórios de patógenos zoonóticos, relevantes para a saúde pública. O objetivo deste estudo foi avaliar a prevalência de cinco patógenos zoonóticos (Toxoplasma gondii, Trypanosoma cruzi, Leishmania spp, Mycobacterium leprae e Paracoccidioides brasiliensis) em quatro espécies de tatus; P. maximus, E. sexcinctus, D. novemcinctus e C. unicinctus do Pantanal e Cerrado do Mato-Grosso-do-Sul. Um total de 50 tatus foram analisados. Sendo, 43 amostras de soros de indivíduos de vida livre (16 Priodontes maximus; 17 Euphractus sexcinctus; 02 Dasypus novemcinctus e 08 Cabassous unicinctus) provenientes do Pantanal e 07 conjuntos de fragmentos de tecidos (pulmão, fígado e baço), de 06 E. sexcinctus e 01 (D. novemcinctus) atropelados em três rodovias do Cerrado do Mato-Grosso-do-Sul. Dos 43 indivíduos amostrados no Pantanal, 13/43 ou 30,23% apresentaram anticorpos anti-T. gondii; 01/43 ou 2,32% anti-T. cruzi e 4/43 ou 9,30% anti-Leishmania (L.) infantum chagasi. Amostras de fragmentos de orelha dos 43 indivíduos do Pantanal, e fragmentos de tecido (pulmão, fígado e baço) dos tatus do Cerrado, também foram analisadas para M. leprae e Leishmania spp através de biologia molecular, nas quais foram negativas. Dos tatus provenientes do Cerrado, analisados para P. brasiliensis, 07 ou 100% dos indivíduos foram positivos. Baseado nestes resultados, pode-se afirmar que os tatus apresentam uma relação e histórico de exposição a estes patógenos, seja através do contato com outras espécies, seres humanos ou condições ambientais onde ocorrem. Contudo, confirma-se a importância destas espécies para o entendimento dos ciclos de transmissão de patógenos e de forma estratégica, como indicadoras da saúde de um ecossistema em programas de investigação e monitoramento de doenças, especialmente as zoonoses. / Over the years mankind has contributed to the emergence of several diseases, while becoming victims of those passed among humans and other animals, known as zoonosis. Armadillos are primitive wild mammals who present peculiar anatomical and physiological characteristics which make them susceptible and potential reservoirs of zoonotic pathogens relevant to public health. The goal of the present study was to evaluate the prevalence of five zoonotic pathogens (Toxoplasma gondii, Trypanosoma cruzi, Leishmania spp., Mycobacterium leprae and Paracoccidioides brasiliensis) in four armadillo species (Priodontes maximus, Euphractus sexcinctus, Dasypus novemcinctus and Cabassous unicinctus) found in Pantanal and Mato-Grosso-do-Sul tropical savanna ecoregion, the Cerrado. A total of 50 armadillos were sampled: 43 free living individuals from Pantanal (16 P. maximus; 17 E. sexcinctus; 02 D. novemcinctus and 08 C. unicinctus) and 07 individuals found dead in three different roads of the Cerrado. Of the 43 individuals sampled in Pantanal, 13 (30.23%) presented T. gondii antibodies; 01 (2.32%) showed antibodies anti-T. cruzi; and 04 (9.30%) showed anti-Leishmania (L.) infantum chagasi antibodies. All 50 samples were also analyzed by molecular biology based on the polymerase chain reaction (PCR). None of the samples tested positive for M. leprae and Leishmania spp. And all seven or (100%) individuals from the Cerrado were tested positive for P. brasiliensis. The results suggest that the armadillos have been exposed to these pathogens, either by contact with other species, including humans or by their own environmental conditions in certain ecosystems. The armadillo species studied may have a greater susceptibility to these pathogens in the natural environment where they occur. Armadillos are key species in understanding diseases transmission cycle, especially regarding zoonotic pathogens and they can strategically act as an indicator of ecosystem health for research programs and zoonotic diseases monitoring.

Ao longo dos anos, a humanidade contribuiu para o surgimento de diversos patógenos, tornando-se vítimas de doenças transmitidas dos animais para o homem, as chamadas antropozoonoses. Dentre os animais, os tatus, mamíferos selvagens primitivos, apresentam características anatômicas e fisiológicas peculiares, que os tornam mais susceptíveis à diversas doenças e potenciais reservatórios de patógenos zoonóticos, relevantes para a saúde pública. O objetivo deste estudo foi avaliar a prevalência de cinco patógenos zoonóticos (Toxoplasma gondii, Trypanosoma cruzi, Leishmania spp, Mycobacterium leprae e Paracoccidioides brasiliensis) em quatro espécies de tatus; P. maximus, E. sexcinctus, D. novemcinctus e C. unicinctus do Pantanal e Cerrado do Mato-Grosso-do-Sul. Um total de 50 tatus foram analisados. Sendo, 43 amostras de soros de indivíduos de vida livre (16 Priodontes maximus; 17 Euphractus sexcinctus; 02 Dasypus novemcinctus e 08 Cabassous unicinctus) provenientes do Pantanal e 07 conjuntos de fragmentos de tecidos (pulmão, fígado e baço), de 06 E. sexcinctus e 01 (D. novemcinctus) atropelados em três rodovias do Cerrado do Mato-Grosso-do-Sul. Dos 43 indivíduos amostrados no Pantanal, 13/43 ou 30,23% apresentaram anticorpos anti-T. gondii; 01/43 ou 2,32% anti-T. cruzi e 4/43 ou 9,30% anti-Leishmania (L.) infantum chagasi. Amostras de fragmentos de orelha dos 43 indivíduos do Pantanal, e fragmentos de tecido (pulmão, fígado e baço) dos tatus do Cerrado, também foram analisadas para M. leprae e Leishmania spp através de biologia molecular, nas quais foram negativas. Dos tatus provenientes do Cerrado, analisados para P. brasiliensis, 07 ou 100% dos indivíduos foram positivos. Baseado nestes resultados, pode-se afirmar que os tatus apresentam uma relação e histórico de exposição a estes patógenos, seja através do contato com outras espécies, seres humanos ou condições ambientais onde ocorrem. Contudo, confirma-se a importância destas espécies para o entendimento dos ciclos de transmissão de patógenos e de forma estratégica, como indicadoras da saúde de um ecossistema em programas de investigação e monitoramento de doenças, especialmente as zoonoses. / Over the years mankind has contributed to the emergence of several diseases, while becoming victims of those passed among humans and other animals, known as zoonosis. Armadillos are primitive wild mammals who present peculiar anatomical and physiological characteristics which make them susceptible and potential reservoirs of zoonotic pathogens relevant to public health. The goal of the present study was to evaluate the prevalence of five zoonotic pathogens (Toxoplasma gondii, Trypanosoma cruzi, Leishmania spp., Mycobacterium leprae and Paracoccidioides brasiliensis) in four armadillo species (Priodontes maximus, Euphractus sexcinctus, Dasypus novemcinctus and Cabassous unicinctus) found in Pantanal and Mato-Grosso-do-Sul tropical savanna ecoregion, the Cerrado. A total of 50 armadillos were sampled: 43 free living individuals from Pantanal (16 P. maximus; 17 E. sexcinctus; 02 D. novemcinctus and 08 C. unicinctus) and 07 individuals found dead in three different roads of the Cerrado. Of the 43 individuals sampled in Pantanal, 13 (30.23%) presented T. gondii antibodies; 01 (2.32%) showed antibodies anti-T. cruzi; and 04 (9.30%) showed anti-Leishmania (L.) infantum chagasi antibodies. All 50 samples were also analyzed by molecular biology based on the polymerase chain reaction (PCR). None of the samples tested positive for M. leprae and Leishmania spp. And all seven or (100%) individuals from the Cerrado were tested positive for P. brasiliensis. The results suggest that the armadillos have been exposed to these pathogens, either by contact with other species, including humans or by their own environmental conditions in certain ecosystems. The armadillo species studied may have a greater susceptibility to these pathogens in the natural environment where they occur. Armadillos are key species in understanding diseases transmission cycle, especially regarding zoonotic pathogens and they can strategically act as an indicator of ecosystem health for research programs and zoonotic diseases monitoring.

Made available in DSpace on 2016-12-23T13:56:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese Final JM PDF.pdf: 1085003 bytes, checksum: 2192e6e7be6853aaf003ec8f29976338 (MD5) Previous issue date: 2007-11-05 / Introdução: Mycobacterium leprae foi a primeira bactéria a ser indicada como agente etiológico de uma doença infecciosa. A hanseníase permanece até os dias de hoje uma doença enigmática e que não é completamente entendida. A identificação do M. leprae é difícil, particularmente por sua inabilidade de cultivo in vitro. Pacientes multibacilares são as principais fontes do bacilo. A transmissão natural da hanseníase entre tatus foi descrita pela primeira vez em 1975, no sudeste dos EUA. Esta descoberta sugeriu a possibilidade do tatu-galinha desenvolver uma função na transmissão da hanseníase em humanos. A procura dos reservatórios da hanseníase é a principal estratégia para eliminação da doença, tal como os pacientes multibacilares e as fontes ambientais. Então, realizou-se um estudo de prevalência em 69 tatus selvagens da espécie Dasypus novemcinctus, capturados no estado do Espírito Santo, no período de julho de 2004 a julho de 2005. Objetivos: Procurou-se avaliar a presença do M. leprae nos tatus da espécie D. novemcinctus no estado do Espírito Santo, através de achados de sinais clínicos de infecção na necropsia e na técnica de PCR, utilizando dois pares de primers: 18 kDa e ML1/ML2, bem como avaliar e comparar os dois pares de primers utilizados para a detecção da infecção. Métodos: Após anestesiados, os tatus foram pesados, definidos os sexos, submetidos ao exame clínico e coleta de fragmento de tecidos para a técnica de PCR. Sessenta e cinco tatus foram necropsiados e fragmentos de fígado, baço, cérebro e linfonodos foram analizados pela técnica de PCR. Resultados e Conclusões: Em 95% dos animais estudados foi evidenciado pelo menos um sinal clínico da hanseníase. Através da técnica de PCR foi detectada 6% (4 animais) de positividade na pesquisa de DNA de M. leprae, utilizando os primers ML1/ML2. Dos 4 animais positivos no PCR convencional, somente dois permaneceram positivos pela técnica de Real Time PCR e confirmados pelo seqüenciamento. O método diagnóstico mais sensível para detecção de M. leprae foi o PCR, utilizando os pares de primers ML1/ML2. Estes resultados sugerem a infecção adquirida naturalmente nos tatus da espécie D. novemcinctus no estado do Espírito Santo, Brasil. / Introduction: Mycobacterium leprae, was the first agent to be linked to an infectious disease, and leprosy still today an enigmatic disease which is not fully understood. Multibacillary patients are thought to be the main source of M. leprae. Identification of M. leprae is difficult, partly due to the inability of the bacillus to grow in vitro. The natural transmission among nine-banded armadillos in the southern parts of the United States has been described since 1975. This discovery suggested the possibility that the nine-banded armadillo plays a role in the transmission of human leprosy. The search of M. leprae sources is the main point of strategy for leprosy elimination, such as multibacillary patients and environmental sources. It was realized a prevalence study in 69 nine-banded armadillos, Dasypus novemcinctus, from state of Espírito Santo, Brazil, during 2004 to 2005. Objectives: Assess the M. leprae infection in armadillos from D. novemcinctus from state of Espírito Santo through the clinical signs of leprosy found in the necropsy and PCR technique using two set of primers, ML1/ML2 and 18 kDa, such as compare the set of primers. Methods: After anesthesia, the armadillos were weighed, sex was determined, clinical exam was made and samples were collected for PCR. Tissue samples (liver, spleen, brain and lymph nodes) from 65 nine-banded armadillos were collected to looking for natural infection of M. leprae by PCR technique. Results and Conclusion: 95% of the armadillos had at least one clinical sign for leprosy in wild armadillos. Four (6%) animals were positive in conventional PCR. Two animals that were positive in conventional PCR remained positive in Real Time PCR, and confirmed by sequencing. The best method to detect M. leprae was the PCR using the ML1/ML2 set of primers. These results suggest the infection acquired naturally in D. novemcinctus from state of Espírito Santo, Brazil.