Submitted by Sandra Pereira (srpereira@ufrrj.br) on 2017-01-17T16:12:27Z No. of bitstreams: 1 2016 - Kelly Cristina da Silva Goncalves.pdf: 8978579 bytes, checksum: 967d7d009f51a3bbc8ce5255976e502f (MD5) / Made available in DSpace on 2017-01-17T16:12:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016 - Kelly Cristina da Silva Goncalves.pdf: 8978579 bytes, checksum: 967d7d009f51a3bbc8ce5255976e502f (MD5) Previous issue date: 2016-02-22 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior - CAPES / Over the past decades, several authors have tried to explain the altitudinal distribution patterns and the factors that influence the distribution of species over the elevation gradients. In general, studies show that the richness distribution curve has the shape of a "hump", with intermediate altitudes with higher rates of diversity. Few are those who relate the Melastomataceae with elevation gradient and none addresses the family distribution in Brazil and, consequently, in the Atlantic Forest. The present study had two main objectives: (a) increase the knowledge of the taxonomic diversity of Melastomataceae in the study areas, providing an identification key for the genera, descriptions and evaluating the richness and peculiarities of the taxa, as well as the conservation status (Chapter I); and (b) to analyze the distribution pattern of the diversity of Melastomataceae along the altitudinal variation of a wooded stretch of Serra dos ?rg?os, in the mountainous region of the state of Rio de Janeiro (Chapter II). A floristic survey was done in contiguous protected areas, belonging to Central Fluminense Conservation Units Mosaic: Guapia?? Ecological Reserve (REGUA), Tr?s Picos State Park (PETP) and Serra dos ?rg?os National Park (PARNASO). Periodic collections in the study areas were made using methods of fixed installments and traversal, traversing up primary and secondary trails. In 11 altitudinal allotments distributed between 0-2000 m, were performed a 290 m transect per allotment, following the level curve, where 15 plots of 10 x 10 m were placed, totaling 165 plots placed and 1,65 ha sampled. Moreover, fields located above altitude of 2,100 m were also exploited for a better sampling of the species. The collected material was herborized and identified in laboratory using morphological analysis of vegetative and reproductive parts, subsequently deposited in the RBR Herbarium, with duplicates in RB. Species richness of Melastomataceae raised for the studied area is represented by 152 species belonging to 22 genera. Eight species are cited as vulnerable on the list of endangered species for the city of Rio de Janeiro, one species (Bertolonia leuzeana (Bonpl.) Cogn.) is considered Endangered on the Red Book of Brazil?s Flora and 22 endemic species of Rio de Janeiro are with some degree of threat, by the evaluation of the National Center for Conservation of Flora-CNCFlora. In all altitudinal installments Melastomataceae species were collected, with the highest richness being registered in the 1000m altitudinal installment (57 spp.). The species' altitudinal distribution curve presented a pattern shaped like a ?hump?. REGUA, PETP and PARNASO are located in a region with the largest forest remnants preserved from state of Rio de Janeiro and, because they are legally protected, they have high biological diversity under custody. Despite that in all altitudinal installments Melastomataceae species were collected, it is possible that with increased sampling effort in areas not yet visited or little explored, the number of species of Melastomataceae cited for localities may increase as well as the registration of new species and/or occurrences / Ao longo das ?ltimas d?cadas, v?rios autores t?m procurado explicar os padr?es de distribui??o altitudinal e os fatores que influenciam na distribui??o das esp?cies ao longo dos gradientes de eleva??o. Em geral, os estudos apontam que a curva de distribui??o da riqueza possui o formato de ?corcova?, com as altitudes intermedi?rias apresentando os maiores valores de diversidade. Poucos s?o os que relacionam as Melastomataceae com gradiente de eleva??o e nenhum aborda a distribui??o da fam?lia no Brasil e, consequentemente, na Floresta Atl?ntica. O presente estudo teve dois objetivos principais: (a) ampliar o conhecimento sobre a diversidade taxon?mica das Melastomataceae na ?rea de estudo, fornecendo uma chave de identifica??o para os g?neros, descri??es e avaliando a riqueza e peculiaridades dos t?xons, bem como o estado de conserva??o das esp?cies (Cap?tulo I); e (b) analisar o padr?o de distribui??o da diversidade das Melastomataceae ao longo da varia??o altitudinal de um trecho florestal da Serra dos ?rg?os, na Regi?o Serrana do estado do Rio de Janeiro (Cap?tulo II). Realizou-se o levantamento flor?stico em Unidades de Conserva??o cont?guas, pertencentes ao Mosaico de Unidades de Conserva??o Central Fluminense: Reserva Ecol?gica de Guapia?? (REGUA), Parque Estadual dos Tr?s Picos (PETP) e Parque Nacional da Serra dos ?rg?os (PARNASO). Realizaram-se coletas de campo peri?dicas na ?rea de estudo, por m?todos de parcelas fixas e do caminhamento, percorrendo-se trilhas prim?rias e secund?rias. Em 11 cotas altitudinais, distribu?das entre 0-2000 m de altitude, efetuou-se uma transec??o de 290 m por cota, acompanhando-se a curva de n?vel, onde foram alocadas 15 parcelas de 10 x 10 m, totalizando 165 parcelas alocadas e 1,65 ha amostrados. Al?m disso, os Campos de Altitude localizados acima de 2100 m tamb?m foram explorados, para uma melhor amostragem das esp?cies. O material coletado foi herborizado e identificado em laborat?rio atrav?s de an?lise morfol?gica das partes vegetativas e reprodutivas, sendo posteriormente depositado no Herb?rio RBR, com duplicata no RB. A riqueza de esp?cies de Melastomataceae levantada para a ?rea de estudo est? representada por 152 esp?cies pertencentes a 22 g?neros. Oito esp?cies s?o citadas como vulner?vel na lista das esp?cies amea?adas de extin??o para o munic?pio do Rio de Janeiro, uma esp?cie (Bertolonia leuzeana (Bonpl.) Cogn.) ? citada como Em Perigo, no Livro Vermelho da Flora do Brasil e 22 esp?cies end?micas do Rio de Janeiro encontram-se com algum grau de amea?a, pela avalia??o do Centro Nacional de Conserva??o da Flora - CNCFlora. Em todas as cotas altitudinais foram coletadas esp?cies de Melastomataceae, sendo a maior riqueza registrada na cota 1000 m altitude (57 spp). A curva de distribui??o altitudinal das esp?cies apresentou o padr?o em forma de "corcova". A REGUA, o PETP e o PARNASO est?o localizados numa regi?o que apresenta os maiores remanescentes florestais conservados do estado fluminense e, por serem legalmente protegidos, tem sob a guarda elevada diversidade biol?gica. Apesar de em todas as cotas altitudinais terem sido coletadas esp?cies de Melastomataceae, ? poss?vel que com o aumento do esfor?o amostral em ?reas ainda n?o visitadas, de dif?cil acesso e/ou pouco exploradas, o n?mero de esp?cies seja ampliado, bem como o registro de novas esp?cies e/ou ocorr?ncias.

<p>Sexual conflict can lead to antagonistic coevolution between the sexes, but empirical examples are few. In this thesis secondary sexual characters in diving beetles are interpreted in the light of sexual conflict theory. Whether the male tarsal suction cups and female dorsal modifications are involved in a coevolutionary arms race is tested in two ways. First eight populations of a species with dimorphic females that varied in frequency of the morphs were investigated and male tarsal characteristics quantified. The frequency of female morphs is shown to be significantly correlated to the average number and size of male tarsal suction cups in the population, a prediction of the arms race hypothesis. Second, the hypothesis is tested in a phylogenetic perspective by optimizing the secondary sexual characters on a phylogeny. A full taxonomic revision of the genus <i>Acilius</i> is presented, including new synonyms, lectotype designations, geographic distributions based on more than five thousand examined museum specimens and the description of a new species from northeastern USA. Specimens of all species (except one possibly extinct that failed to be found in Yunnan, China 2000), were field collected between 2000 and 2003 in Sardinia, Sweden, Russia, Honshu and Hokkaido in Japan, New York, Maryland, California and Alberta. Three genes (CO1, H3 and Wingless) were sequenced from the fresh material as well as scoring a morphological character matrix all of which was used to derive a robust and complete hypothesis of the phylogenetic relationship in the group. The phylogeny was derived using Bayesian phylogenetics with Markov Chain Monte Carlo techniques and received a posterior probability of 0.85. Changes in male and female characters turned out to be perfectly correlated across the phylogeny, providing one of the best empirical examples to date of an antagonistic arms race between the sexes in a group of organisms. Finally, a review of a pitfall to phylogenetic analysis known under the name long-branch attraction (LBA), is provided. The problem is well known theoretically but has been questioned to occur in real data, and LBA has been in the core center of the hard debate between parsimony and likelihood advocates since different inference methods vary in sensitivity to the phenomenon. Most important conclusions from the review are; LBA is very common in real data, and is most often introduced with the inclusion of outgroups that almost always provide long branches, pulling down long terminal ingroup branches towards the root. Therefore it is recommended to always run analyses with and without outgroups. Taxon sampling is very important to avoid the pitfall as well as including different kind of data, especially morphological data, i.e. many LBA-affected conclusions have recently been reached by analyses of few taxa with complete genomes. Long-branch extraction (incl. outgroup exclusion), methodological disconcordance (parsimony vs modelbased), separate partition analyses (morphology vs molecules, codon positions, genes, etc), parametric simulation (incl. random outgroups), and split graphs are available relevant methods for the detection of LBA that should be used in combinations, because none alone is enough to stipulate LBA.</p>

Sexual conflict can lead to antagonistic coevolution between the sexes, but empirical examples are few. In this thesis secondary sexual characters in diving beetles are interpreted in the light of sexual conflict theory. Whether the male tarsal suction cups and female dorsal modifications are involved in a coevolutionary arms race is tested in two ways. First eight populations of a species with dimorphic females that varied in frequency of the morphs were investigated and male tarsal characteristics quantified. The frequency of female morphs is shown to be significantly correlated to the average number and size of male tarsal suction cups in the population, a prediction of the arms race hypothesis. Second, the hypothesis is tested in a phylogenetic perspective by optimizing the secondary sexual characters on a phylogeny. A full taxonomic revision of the genus Acilius is presented, including new synonyms, lectotype designations, geographic distributions based on more than five thousand examined museum specimens and the description of a new species from northeastern USA. Specimens of all species (except one possibly extinct that failed to be found in Yunnan, China 2000), were field collected between 2000 and 2003 in Sardinia, Sweden, Russia, Honshu and Hokkaido in Japan, New York, Maryland, California and Alberta. Three genes (CO1, H3 and Wingless) were sequenced from the fresh material as well as scoring a morphological character matrix all of which was used to derive a robust and complete hypothesis of the phylogenetic relationship in the group. The phylogeny was derived using Bayesian phylogenetics with Markov Chain Monte Carlo techniques and received a posterior probability of 0.85. Changes in male and female characters turned out to be perfectly correlated across the phylogeny, providing one of the best empirical examples to date of an antagonistic arms race between the sexes in a group of organisms. Finally, a review of a pitfall to phylogenetic analysis known under the name long-branch attraction (LBA), is provided. The problem is well known theoretically but has been questioned to occur in real data, and LBA has been in the core center of the hard debate between parsimony and likelihood advocates since different inference methods vary in sensitivity to the phenomenon. Most important conclusions from the review are; LBA is very common in real data, and is most often introduced with the inclusion of outgroups that almost always provide long branches, pulling down long terminal ingroup branches towards the root. Therefore it is recommended to always run analyses with and without outgroups. Taxon sampling is very important to avoid the pitfall as well as including different kind of data, especially morphological data, i.e. many LBA-affected conclusions have recently been reached by analyses of few taxa with complete genomes. Long-branch extraction (incl. outgroup exclusion), methodological disconcordance (parsimony vs modelbased), separate partition analyses (morphology vs molecules, codon positions, genes, etc), parametric simulation (incl. random outgroups), and split graphs are available relevant methods for the detection of LBA that should be used in combinations, because none alone is enough to stipulate LBA.

Thèse numérisée par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Contexte: L’importance écologique des fourmis dans les écosystèmes terrestres justifie qu’elles soient considérées comme groupe cible pour des actions de conservation. De plus, de par leur abondance, leur facilité de récolte et leur réponse à des perturbations, elles présentent un potentiel intéressant comme groupe indicateur précoce de l’état de santé des écosystèmes. Par contre, pour le choix d’aires à protéger, leur utilité comme intégrateur des conditions de milieu par rapport à des indicateurs classiques tels que les assemblages de plantes n’est pas clairement établie. En d’autres termes, répondent-elles plus finement que les plantes à différentes conditions de milieu et dans ce cas doit-on s’attendre à trouver au sein de formations végétales comparables plusieurs types d’assemblages de foumis? Si tel est le cas, la méthode utilisant les assemblages de végétaux pour sélectionner les sites à protéger peut ne pas permettre une conservation efficace de la diversité des fourmis. Ce type de problématique s’aborde bien le long de gradients environnementaux. Pour faciliter l’interprétation des résultats en terme de réponse aux facteurs abiotiques il est préférable de limiter le nombre de facteurs qui varient en même temps. Dans ce sens, le Chaco sec paraguayen représente un système très favorable: faible déclivité, faibles variations de températures moyennes mais gamme très étendue de conditions de pluviométrie (350mm à 1000mm de précipitations moyennes annuelles) et des sols variables (texture limoneuse à sableuse). L’aridité est l’un des principaux facteurs pouvant limiter la diversité des fourmis soit directement en exerçant un stress physiologique sur les espèces, soit indirectement en limitant la productivité primaire de l’habitat. Les conditions édaphiques peuvent également avoir une influence en affectant par exemple la survie des colonies qui nidifient dans le sol. Objectifs: Les principaux buts de la thèse sont (1) de déterminer l’influence de l’aridité et des conditions édaphiques sur la distribution et la structure des assemblages de fourmis terricoles du sol en forêts tropicales sèches, (2) mettre en évidence les mécanismes qui facilitent la coexistence des espèces de fourmis à l’échelle locale, (3) déterminer si à l’échelle régionale les fourmis et les plantes répondent de façon similaire aux conditions du milieu. Méthode: Onze localités ont été échantillonnées le long d’un transect régional long de 400km. Au niveau de chaque localité, trois transects élémentaires longs de 200m et séparés les uns des autres par 200m ont été effectués. La myrmécofaune a été échantillonnée à l’aide de 20 pièges à fosse et de 20 Winkler par transect élémentaire. La végétation de chaque site a été caractérisée sur base de l’abondance de 45 espèces d’arbres ou d’arbustes caractéristiques de la flore chaquéenne. Les propriétés physico-chimiques du sol ont également été mesurées. A fine échelle, l’organisation spatio-temporelle d’un assemblage a été étudié dans une localité de référence. Résultats: Au total, plus de 50.000 spécimens correspondant à 206 espèces de fourmis ont été collectés avec en moyenne (± SD) 62 ± 10 espèces par localité. Pour un même effort d’échantillonnage, le nombre d’espèces de fourmis récoltées à l’aide des pièges à fosse augmente avec l’aridité et une tendance inverse est observée pour les Winkler. Puisque les Winkler peuvent entraîner une sévère sous-estimation de la diversité des fourmis d’un habitat, seules les données des pièges à fosse sont utilisées pour la suite des analyses. La diversité locale  des assemblages de fourmis n’apparaît corrélée ni à l’aridité, ni aux conditions édaphiques. En revanche, ces facteurs, et spécialement la texture du sol, influencent la composition des assemblages. Trois complexes myrmécofauniques sont mis en évidence: le premier dans la localité la plus sèche (350mm) et la plus sableuse (>90% de sable dans la fraction minérale du sol), le second dans la localité la plus humide (1000mm, sol argilo-limoneux) et le dernier dans des localités présentant de larges conditions de pluviométrie (350-850mm) et de sol (limoneux à sablo-limoneux). Les plantes répondent encore plus finement à ces facteurs abiotiques. A l’échelle locale, l’établissement d’une ségrégation spatio-temporelle fine des espèces de fourmis lors de l’exploitation des ressources alimentaires facilite la coexistence interspécifique. Cette ségrégation est engendrée par l’existence de deux compromis: l’un entre les capacités des espèces à dominer et à découvrir les ressources et l’autre entre la capacité de dominance et la tolérance aux températures élevées. Conclusions: Nos résultats contredisent l’hypothèse selon laquelle les fourmis répondent plus finement que les plantes aux conditions du milieu. A l’échelle du gradient étudié, une augmentation de l’aridité n’affecte pas la diversité des fourmis. La productivité de l’habitat ne semble pas déterminer la richesse des assemblages et la tolérance à l’aridité semble répandue au sein des Formicidae. La texture du sol apparaît être le facteur le plus déterminant des distributions spatiales observées. Dans le Chaco sec paraguayen, une sélection des sites à protéger sur base des assemblages végétaux est susceptible de maximiser la conservation de la diversité biologique des fourmis. Notre étude de la distribution de la myrmécofaune, basée sur la plus large gamme de pluviométrie envisagée à ce jour, pourra constituer le point de départ d'un suivi des assemblages de fourmis dominantes du Chaco sec paraguayen dans le but d'investiguer l'impact des changements climatiques globaux sur ces organismes.

No description available.

ANNOTATION Hana Beranová University of south Bohemia in České Budějovice {--} Faculty of education {--} department of biology Course: M7504 Teacher for grammar schools Fields of study: Teaching of biology, Teaching of chemistry Floristic research of catchment area of Pozdeň stream and Bílichov stream round Slaný Diploma thesis 2008 The study deals with a description of vegetation of catchment area of Bakov stream and Zlonice stream. In title of study are used the names Pozdeň stream and Bílichov stream, but it{\crq}s only local description. The search had been realised during the vegetation seasons of the years 2006 and 2007. There are characterised geological-petrographical, soil, climatic, hydrographic ratios and basic phytogeographical characteristics of this area in the form of a search. Selected genera of the observed plants are characterised and their incidence is figured in the schematic map of the area. There were found out 299 genera of plants, from which there are 48 stated in the Červený a černý seznam cévnatých rostlin České republiky (stav v roce 2000) (Procházka F. (ed.), 2001). There are described locations of important genera of plants. In discussion of the thesis are described factors, which influence the incidence of some genera of plants. In the annex there are attached schematic maps with places of occurence of the plant genera and photographic documentation. Head of the diploma thesis: Mgr. Rostislav Černý, CSc.

The master's thesis provides a comprehensive overview of resampling methods for testing the correctness topology of the phylogenetic trees which estimate the process of phylogeny on the bases of biological sequences similarity. We focused on the possibility of errors creation in this estimate and the possibility of their removal and detection. These methods were implemented in Matlab for Bootstrapping, jackknifing, OTU jackknifing and PTP test (Permutation tail probability). The work aims to test their applicability to various biological sequences and also to assess the impact of the choice of input analysis parameters on the results of these statistical tests.

No description available.

Contexte: L’importance écologique des fourmis dans les écosystèmes terrestres justifie qu’elles soient considérées comme groupe cible pour des actions de conservation. De plus, de par leur abondance, leur facilité de récolte et leur réponse à des perturbations, elles présentent un potentiel intéressant comme groupe indicateur précoce de l’état de santé des écosystèmes. Par contre, pour le choix d’aires à protéger, leur utilité comme intégrateur des conditions de milieu par rapport à des indicateurs classiques tels que les assemblages de plantes n’est pas clairement établie. En d’autres termes, répondent-elles plus finement que les plantes à différentes conditions de milieu et dans ce cas doit-on s’attendre à trouver au sein de formations végétales comparables plusieurs types d’assemblages de foumis? Si tel est le cas, la méthode utilisant les assemblages de végétaux pour sélectionner les sites à protéger peut ne pas permettre une conservation efficace de la diversité des fourmis. Ce type de problématique s’aborde bien le long de gradients environnementaux. Pour faciliter l’interprétation des résultats en terme de réponse aux facteurs abiotiques il est préférable de limiter le nombre de facteurs qui varient en même temps. Dans ce sens, le Chaco sec paraguayen représente un système très favorable: faible déclivité, faibles variations de températures moyennes mais gamme très étendue de conditions de pluviométrie (350mm à 1000mm de précipitations moyennes annuelles) et des sols variables (texture limoneuse à sableuse). L’aridité est l’un des principaux facteurs pouvant limiter la diversité des fourmis soit directement en exerçant un stress physiologique sur les espèces, soit indirectement en limitant la productivité primaire de l’habitat. Les conditions édaphiques peuvent également avoir une influence en affectant par exemple la survie des colonies qui nidifient dans le sol. <p>Objectifs: Les principaux buts de la thèse sont (1) de déterminer l’influence de l’aridité et des conditions édaphiques sur la distribution et la structure des assemblages de fourmis terricoles du sol en forêts tropicales sèches, (2) mettre en évidence les mécanismes qui facilitent la coexistence des espèces de fourmis à l’échelle locale, (3) déterminer si à l’échelle régionale les fourmis et les plantes répondent de façon similaire aux conditions du milieu. <p>Méthode: Onze localités ont été échantillonnées le long d’un transect régional long de 400km. Au niveau de chaque localité, trois transects élémentaires longs de 200m et séparés les uns des autres par 200m ont été effectués. La myrmécofaune a été échantillonnée à l’aide de 20 pièges à fosse et de 20 Winkler par transect élémentaire. La végétation de chaque site a été caractérisée sur base de l’abondance de 45 espèces d’arbres ou d’arbustes caractéristiques de la flore chaquéenne. Les propriétés physico-chimiques du sol ont également été mesurées. A fine échelle, l’organisation spatio-temporelle d’un assemblage a été étudié dans une localité de référence.<p>Résultats: Au total, plus de 50.000 spécimens correspondant à 206 espèces de fourmis ont été collectés avec en moyenne (± SD) 62 ± 10 espèces par localité. Pour un même effort d’échantillonnage, le nombre d’espèces de fourmis récoltées à l’aide des pièges à fosse augmente avec l’aridité et une tendance inverse est observée pour les Winkler. Puisque les Winkler peuvent entraîner une sévère sous-estimation de la diversité des fourmis d’un habitat, seules les données des pièges à fosse sont utilisées pour la suite des analyses. La diversité locale & / Doctorat en Sciences / info:eu-repo/semantics/nonPublished