Orientador: Maria Isabel Nogueira Cano / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-04T02:11:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Conte_FabioFrangiotti_M.pdf: 8161172 bytes, checksum: ff9bc4f07d1c0552b0c3a7af62e238c2 (MD5) Previous issue date: 2004 / Resumo: Os telômeros são complexos de DNA e proteínas que protegem os cromossomos eucarióticos da degradação e fusão terminais, garantindo a estabilidade genômica. As seqüências teloméricas são ricas em guaninas e na maioria dos eucariotos terminam em uma protrusão 3' simples fita denominada de "3'G-overhang". As seqüências adjacentes aos telômeros constituem a região subtelomérica, a qual em Leishmania spp., diferentemente de Trypanosoma cruzi, T. brucei e Plasmodium falciparum, não contém genes que codificam antígenos de superfície. Fu & Barker (1998) caracterizaram essa região em diferentes espécies do gênero Leishmania e verificaram que a mesma possui blocos de uma sequência de 100 pb conhecida como "Leishmania Conserved Telomere Associated Sequences" (LCT AS), a qual aparece flanqueada por repetições teloméricas. Há dois blocos de seqüências conservadas (CSBl e CSB2) que fazem parte das LCTAS e que têm diferente organização e número de cópias na região subtelomérica (Fu & Barker, 1998). Devido ao alto grau de conservação das seqüências desses elementos, sugere-se que estes desempenhem função importante no processo de segregação dos cromossomos e que possam conter sítios para ligação de proteínas do complexo telomérico. O intuito principal deste projeto de Mestrado foi estudar a organização genômica de seqüências da região teloméricalsubtelomérica de Leishmania amazonensis. A partir dos resultados dos "Southem blottings" e dos ensaios de cinética de digestão com a exonuclease Bal31 foi possível estimar que os Fragmentos de Restrição Terminais (TRF "Terminal Restriction Fragments") de L. amazonensis possuem aproximadamente 3,3 kb e que o tamanho médio dos telômeros varia de 0,2 a 1,0 kb. Além disso, as hibridizações com as seqüências CSBl e CSB2 das LCTAS revelaram que esses domínios aparecem como blocos de 0,2 a 1,6 kb, flanqueados por sítios HaeIII, e que CSB 1 e CSB2 encontram-se em menor número de cópias em relação à seqüência telomérica. Demonstrou-se também que há sítios HinjI presentes nas regiões subteloméricas da maioria dos cromossomos, assim como sítios AfaI em posição distal e próximos ao término dos cromossomos. Utilizando-se "Southem blotting" não denaturante, estimou-se o tamanho e a seqüência da protrusão "3'G-overhang" dos cromossomos de L. amazonensis. Essa estrutura possui 2: 12 nucleotídeos e difere das outras espécies do gênero Leishmania por apenas três nucleotídeos na extremidade 3' . Para confirmar os resultados acima, realizou-se a hibridização com as seqüências telomérica e subteloméricas dos cromossomos de L. amazonensis separados por PFGE. Os cromossomos foram separados em 25 bandas coradas com brometo de etídeo com pesos moleculares variando de 0,35 2: 3,0 Mb. Todas as bandas hibridizaram com as seqüências telomérica e subtelomérica, indicando que as mesmas são moléculas lineares. Os experimentos de PFGE em segunda dimensão foram usados com o objetivo de se analisar a organização dessas seqüências nos cromossomos e demonstraram que a maioria dos telômeros de L. amazonensis são polimórficos em tamanho. Um modelo hipotético para essa organização foi proposto. Os ensaios de "Electrophoretic Mobility Shift Assay" (EMSA) e "UV cross-linking" foram utilizados para identificar proteínas formadoras de complexos com os elementos subteloméricos conservados e com a repetição telomérica na forma de dupla-fita. Resultados preliminares demonstraram a existência de três complexos DNA-proteína denominados LaCIF para "Leishmania CSB2 Interacting Factor" e LaTAFI-2 para "Leishmania Telomere Associated Factor 1 and 2". Todos os complexos foram formados com proteínas presentes em extratos S1OO e nuclear e com sondas na forma de dupla-fita. Nenhum complexo foi formado quando se utilizou a seqüência CSB 1 como sonda. Os resultados obtidos neste projeto, apesar de preliminares, poderão contribuir para uma maior compreensão sobre a organização estrutural e sobre a composição da cromatina na região teloméricalsubtelomérica de L. amazonensis, o principal agente etiológico da leishmaniose cutânea e cutâneo-difusa no Brasil / Abstract: Telomeres are protein-DNA complexes that protect eukaryotic chromosomes from degradation and end fusions, ensuring genomic stability. The telomeric sequences are guanine-rich and in most eukaryotes telomeres end as "3'G-overhangs". The subtelomeric region is adjacent to telomeres and in Leishmania spp., unlike Trypanosoma cruzi, T. brucei and Plasmodium falciparum, does not contain sequences encoding for surface antigens. Fu & Barker (1998) have characterized this region in different species ofthe genus Leishmania and verified that it is formed by blocks of 100 bp sequences named "Leishmania Conserved Telomere Associated Sequences" (LCTAS). LCTAS are flanqued by telomeric repeats and contain two conserved sequence elements, CSB 1 and CSB2, which differ in organization and distribution (Fu & Barker, 1998). Due to the high degree of sequence conservation between CSBl and CSB2 the authors sugested that these subtelomeric domains may play important role in the process of chromosome segregation and that they could harbor binding sites for telomeric proteins. The main goal of this project was to study the genomic organization of telomeric/subtelomeric sequences of Leishmania amazonensis. From the results obtained with Southem blottings and exonuclease Bal31 treatment it was possible to estimate that the length of Terminal Restriction Fragments (TRF) of L. amazonensis is about 3.3 kb and that telomeres range in size from 0.2 to 1.0 kb. Using the same approaches it was also possible to observe that CSB 1 and CSB2 subtelomeric elements are organized as segments of 0.2 to 1.6 kb, flanqued by HaeIlI sites, and that they are present in lower copy number than the telomeric sequence. It was also possible to demonstrated most of Leishmania amazonensis chromosomes contain HinjI and AfaI sites at subtelomeric positions and that AfaI sites are located at a more distal position in relation to the center of the chromosome. Using non-denaturing Southem blotting it was possible to estimate the sequence and size of the 3' G-overhang in L. amazonensis chromosomes. These structures are about _ 12 nucleotides long and differ from other species of Leishmania by only three nucleotides at the 3' end. To confirm the above results, L. amazonensis chromosomes were separated by Pulsed Field Gel Electrophoresis and hibridized with telomeric and subtelomeric sequences. The results showed that, under our standard conditions, all L. amazonensis chromosomes can be separated in a unique gel as 25 ethidium-bromide bands whose molecular weights vary from 0.35 - _ 3.0 Mb. All ofthese bands hybridized with the telomeric and subtelomeric sequences, indicating that they are linear molecules. PFGE in second dimension was used to analyse the organization of these sequences at the chromosome leveI and demonstrated that most of L. amazonensis telomeres are polimorfic in size. A hypothetical model for this organization was proposed. Electrophoretic Mobility Shift Assay (EMSA) and UV cross-linking were used to identify protein forming-complexes with the conserved subtelomeric elements and with the telomeric repeat in double-stranded formo Pre1iminary results demonstrated the existence of three protein-DNA complexes named LaCIF for "Leishmania CSB2 Interacting Factor" and LaTAFI-2 for "Leishmania Telomere Associated Factor 1 and 2". AlI complexes were formed with proteins present in S100 and nuclear extracts and with the oligoprobes in double-stranded form. No complex was formed when the assays were done with CSB 1 as the oligoprobe. The results obtained in the present work, although in part preliminary, will contribute to a better understand of the estructural organization of the chromosome terminus and the composition of the chromatin in the telomeric/subtelomeric region of L. amazonensis, the main ethiologic agent of cutaneous leishmaniasis in Brazil / Mestrado / Genetica de Microorganismos / Mestre em Genética e Biologia Molecular

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Ciências da Saúde, Programa de Pós-Graduação em Ciências da Saúde, 2016. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2017-02-07T16:08:01Z No. of bitstreams: 1 2016_EricaCarineCamposCaldasRosa_Parcial.pdf: 932018 bytes, checksum: 625ec7bdb4a4df4de8dbb895609240b0 (MD5) / Rejected by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br), reason: Boa noite, O corte do arquivo parcial não condiz com o especificado pelo autor. Atenciosamente. on 2017-03-20T21:53:27Z (GMT) / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2017-03-29T18:15:25Z No. of bitstreams: 1 2016_EricaCarineCamposCaldasRosa_Parcial.pdf: 1777588 bytes, checksum: 34f34df3e8651978bf884f3933e99911 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2017-04-12T19:56:10Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_EricaCarineCamposCaldasRosa_Parcial.pdf: 1777588 bytes, checksum: 34f34df3e8651978bf884f3933e99911 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-12T19:56:10Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_EricaCarineCamposCaldasRosa_Parcial.pdf: 1777588 bytes, checksum: 34f34df3e8651978bf884f3933e99911 (MD5) / Introdução: Os telômeros constituem seqüências repetitivas de DNA que protegem as extremidades dos cromossomos lineares mantêm a estabilidade genômica. Com o envelhecimento, observa-se seu encurtamento progressivo. Fatores adicionais podem acelerar o encurtamento dos telômeros, sobretudo aqueles relacionados a estresse oxidativo (EO) e resposta inflamatória. É possível, assim, que o comprimento dos telômeros represente potencial indicador de dano oxidativo e inflamatório e de senescência celular. O diabetes mellitus tipo 2 (DM2) associa-se a EO e resposta inflamatória e é possível que associe-se também a encurtamento dos telômeros. Este estudo investigou o comprimento de telômeros e marcadores de EO em diabéticos tipo 2, em Brasília, DF. Métodos: Foram determinados, no soro de diabéticos tipo 2 e de sujeitos com tolerância normal à glicose (controles), a concentração de TBARS (substâncias reativas ao ácido tiobarbitúrico) e a capacidade antioxidante total (FRAP). O comprimento relativo dos telômeros foi determinado por PCR quantitativa em tempo real, utilizando como normalizador o gene de cópia única 36B4. Resultados: Foram incluídos 165 sujeitos com DM2, com mediana de idade de 49 anos, predomínio do sexo feminino (75,8%), mediana do tempo de diagnóstico do DM2 de 2 anos, predominância de baixo nível de escolaridade e mediana do índice de massa corporal (IMC) de 30 kg/m2. Para avaliação de marcadores de EO, os diabéticos foram comparados a um grupo de 130 controles com mediana de idade de 46 anos, predominância do sexo masculino, maior nível de escolaridade e IMC mediano de 27 kg/m2. Os diabéticos tipo 2 apresentaram concentração sérica de TBARS significativamente maior que a dos controles e capacidade antioxidante total significativamente menor que a dos controles, independentemente do sexo ou IMC. Nos diabéticos tipo 2, a concentração sérica de TBARS foi correlacionada negativamente com a de colesterol LDL e a capacidade antioxidante total foi positivamente correlacionada como tempo de diagnóstico, hemoglobina glicada e concentração sérica de triglicerídeo. Para análise do comprimento relativo dos telômeros, os diabéticos foram comparados a 158 controles, com idade semelhante (mediana de 49 anos), predominância do sexo masculino, maior nível de escolaridade e mediana do IMC de 27 kg/m2. O comprimento relativo dos telômeros foi superior no grupo de diabéticos tipo 2 em relação ao controle, porém a diferença não mais foi observada após exclusão dos valores discrepantes (outliers). Não foi observada associação entre o comprimento relativo dos telômeros e o sexo ou estado nutricional, nos dois grupos, nem com retinopatia, entre os diabéticos. Nos diabéticos tipo 2, foi observada correlação negativa do comprimento relativo dos telômeros com o tempo de diagnóstico do DM2, glicemia de jejum, hemoglobina glicada e capacidade antioxidante total, e positiva com a concentração sérica de TBARS. Nos controles, foi observada correlação negativa do comprimento relativo dos telômeros com a idade. Conclusão: Os resultados do presente estudo sugerem que o DM2 está associado a aumento de marcador sérico de peroxidação lipídica e redução da capacidade antioxidante total no soro, porém não a encurtamento dos telômeros. O comprimento dos telômeros, no entanto, parece estar relacionado a indicadores metabólicos desfavoráveis no diabético tipo 2, incluindo glicemia de jejum e hemoglobina glicada. / Introduction: Telomeres are repetitive sequences of DNA that protect the ends of linear chromosomes and maintain genomic stability. They gradually shorten with aging, but additional factors may accelerate telomere shortening, especially those related to oxidative stress (OS) and the inflammatory response. It is possible, therefore, that telomere length may represent a potential indicator of oxidative and inflammatory damage. Type 2 diabetes (T2D) is associated with OS and inflammatory response and can also lead to telomere shortening. This study investigated the telomere length and OS markers in type 2 diabetics, in Brasilia, DF. Methods: Serum concentration of TBARS (thiobarbituric acid reactive substances) and total antioxidant capacity (FRAP) were measured in patients with T2D and control subjects with normal glucose tolerance. Relative telomere length was determined by quantitative real-time PCR using as the normalizer the single copy gene 36B4. Results: 165 subjects with T2D were included, with a median age of 49 years, female predominance (75.8%), median time of diagnosis of DM2 of 2 years, a high frequency of low educational attainment and median index body mass index (BMI) of 30 kg/m2. Serum levels of OS markers in T2D patients were compared to those of 130 controls with a median age of 46 years, who were predominantly male, had a higher level of education and a median BMI of 27 kg/m2. Serum levels of TBARS were significantly higher and total antioxidant capacity was significantly lower in T2D patients compared with controls, regardless of gender or BMI. In T2D patients, serum levels of TBARS were negatively correlated with serum LDL cholesterol levels; total antioxidant capacity was positively correlated to time since T2D diagnosis, glycated hemoglobin and serum triglyceride levels. Relative telomere length in T2D patients was compared to that of 158 age-matched controls (median age of 49 years), but who were predominantly male, had higher education level and a median BMI of 27 kg/m2. Relative telomere length was higher in T2D patients compared with controls, but this difference was not observed after exclusion of outliers. No association was found between relative telomere length and gender or nutritional status defined by BMI, either in T2D patients or controls. In T2D patients, relative telomere length was no associated with the presence of retinopathy. In these patients, relative telomere length was negatively correlated with time since diagnosis of T2D, fasting blood glucose, glycated hemoglobin and total antioxidant capacity. On the other hand, it was positively correlated with serum levels of TBARS. Among controls, relative telomere length was negatively correlated with age. Conclusion: The results suggest that T2D is associated with increased OS but not with telomere shortening. Reduced retive telomere length, however, seemed to be related to an unfavorable metabolic profile in T2D patients, including increased fasting blood glucose and glycated hemoglobin.

Orientador: Maria Isabel Nogueira Cano / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-06T16:01:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Fernandez_MaribelFernandez_D.pdf: 2528780 bytes, checksum: f2c8b7a6e63a773b6160e0d483156743 (MD5) Previous issue date: 2004 / Resumo: Os terminais dos cromossomos de Leishmania (Leishmania) amazonensis contêm repetições teloméricas mantidas pela enzima telomerase da seqüência 5'-TTAGGG-3', a qual é conservada também em outros tripanosomatídeos e outros eucariotos. Utilizando-se frações protéicas purificadas a partir de extratos S100 e nuclear, foi possível se detectar atividade de telomerase e três complexos proteína-DNA que se associam in vitro com seqüências teloméricas ricas em G do parasita. A atividade de telomerase de L. (L.) amazonensis foi detectada por ensaio TRAP ("Telomeric Repeat Amplification Protocol") e apresenta características comuns às telomerases já descritas em outros tripanosomatídeos. Os complexos proteína-DNA foram identificados por EMSA ("Electrophoretic Mobility Shift Assays") e ensaios de "UV cross-linking" e denominados LaGT1-3 (Leishmania amazonensis G-strand telomeric protein 1-3). Eles não são formados: i) com DNA telomérico na forma de dupla fita e com fita rica em C, ii) em experimentos de competição específica usando oligonucleotídeos de seqüências de DNA telomérico, ou iii) após o tratamento enzimático com proteinase K. LaGT1 foi o complexo mais específico, o qual é formado com todas as seqüências de DNA telomérico (Tel1-6, Tel30 e Tel36) e não se associa à seqüência telomérica de Tetrahymena. As proteínas que formam os três complexos associam-se com uma seqüência de RNA telomérico rica em G e um complexo similar a LaGT1 é formado com DNA telomérico na forma de dupla fita contendo uma projeção 3' simples fita terminal. A estimativa das constantes de dissociação (Kd) do complexo LaGT1 associado a seqüência telomérica na forma de DNA e dos complexos LaGT2 e LaGT3 associados a seqüências teloméricas na forma de DNA ou RNA, demonstra que estes se encontram na ordem de nM, característica comum a proteínas que ligam DNA na forma de simples fita. Os componentes protéicos dos complexos LaGT2 e LaGT3 foram purificados por cromatografia de afinidade e identificados após renaturação, como bandas de ~35 kDa e ~52 kDa, respectivamente. O componente protéico de < 15 kDa de LaGT1 foi purificado em gel como um complexo irradiado com luz UV de ~18-20 kDa. Os componentes protéicos de LaGT2 e LaGT3 e o complexo irradiado LaGT1 foram digeridos em gel com tripsina e os peptídeos trípticos resultantes foram analisados por espectrometria de massa utilizando-se as técnicas: "Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization-Time of Flight" (MALDI-TOF) e "Liquid Chromatography Electrospray Ionization tandem Mass Spectrometry" (LC/ESIMS/MS), a análise dos espectros demonstrou que o componente protéico de ~35 kDa de LaGT2 é homólogo da proteína Rbp38 de Leishmania spp. enquanto, o componente protéico de ~52 kDa de LaGT3 é similar à subunidade 1 da proteína de replicação A (Rpa-1) de Leishmania spp. O componente protéico de < 15 kDa de LaGT1 provavelmente uma proteína de L. (L.) amazonensis que ainda não foi identificada. A identificação das proteínas por espectrometria de massa, possibilitou a clonagem dos genes que codificam às mesmas. Neste trabalho apresentamos a caracterização parcial do gene que codifica o componente protéico do complexo LaGT3: subunidade 1 da proteína de replicação A de L. (L.) amazonensis (LaRpa-1). A análise da sua organização genômica demonstrou que o mesmo encontra-se provavelmente em baixo número de cópias ou em cópia única no genoma do parasita e que ele se localiza em uma banda cromossômica de ~0,8 Mb. Foi realizada também a análise conformacional parcial da interação entre a proteína nativa renaturada LaRpa-1 e o DNA telomérico rico em G de L. (L.) amazonensis (oligonucleotídeo Tel6) por espectroscopia de fluorescência mostrando-se um aumento da intensidade da fluorescência quando ocorre essa interação / Abstract: The chromosomal ends of Leishmania (Leishmania) amazonensis contain conserved 5'- TTAGGG-3' telomeric repeats, that are maintained by telomerase. Using Telomeric Repeat Amplification Protocol (TR AP) we detected telomerase activity in protein fractions purified from S100 and nuclear extracts. Protein complexes that associate in vitro with telomeric DNA sequences, LaGT1-3 (Leishmania amazonensis G-strand telomeric protein), were identified and characterized by electrophoretic mobility shift assays (EMSA) and UV cross-linking using protein fractions purified from S100 and nuclear extracts. The three complexes did not form i) with double strand DNA (dsDNA) and the C-rich telomeric strand, ii) in competition assays using specific telomeric DNA oligonucleotides, or iii) after pre-treatment with proteinase K. LaGT1 was the most specific, it is formed with all DNA telomeric sequences (Tel1-6, Tel30 and Tel36) and did not bind a Tetrahymena telomeric sequence. All three LaGTs associated with an RNA sequence cognate to the telomeric G-rich strand and a complex similar to LaGT1 is formed with a dsDNA bearing a 3' G-overhang tail. The dissociation constants (Kd) for LaGT1 complexed with telomeric DNA sequence, and for LaGT2-3 complexed with telomeric DNA and RNA sequences were in the nM range. The protein components of LaGT2 and LaGT3 were purified by affinity chromatography and identified, after renaturation, as ~35 kDa and ~52 kDa bands, respectively. The < 15 kDa protein component of LaGT1 was gel-purified as a UV crosslinked complex of ~18-20 kDa. LaGT2 and LaGT3 protein bands and the irradiated LaGT1 complex were digested by trypsin and the resulting peptides were analysed by mass espectrometry techniques: Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization-Time of Flight (MALDI-TOF) and by Liquid Chromatography Electrospray Ionization tandem Mass Spectrometry (LC/ESI-MS/MS). The fingerprint analysis showed that the ~35 kDa protein component of LaGT2 was homologous to the Leishmania spp. Rbp38 protein, whereas the ~52 kDa component of LaGT3 was similar to the putative subunit 1 of replication protein A of Leishmania spp. and the < 15 kDa protein component of LaGT1 was probably a novel Leishmania protein. The gene encoding the protein-forming complexe LaGT3 (LaRpa-1) were cloning and parcially caracterized, the genomic organization analysis of LaRPA-1 gene showed that it is present probably in low copy number or a single copy and was mapped on a chromosome of ~0,8 Mb. The partial conformational analysis of the interaction between nativeLaRpa-1 and the telomeric G-rich DNA (Tel6) was performed using fluorescence spectroscopy, this analysis showed an increase of the fluorescence when the interaction occurs / Doutorado / Genetica de Microorganismos / Doutor em Genetica e Biologia Molecular

A localização cromossômica do DNA ribossômico (rDNA) foi estudada em cromossomos politênicos e em tecidos diplóides de quatro espécies de sciarídeos: Trichosia pubescens; Rhynchosciara americana; R. milleri e Schwenkfeldina sp.. Resultados de hibridação em cromossomos mitóticos mostraram a existência de um único locus de rDNA; entretanto, sondas ribossomais hibridaram em mais de uma região dos cromossomos politênicos em todas as espécies analisadas devido à adesão de micronucléolos em regiões específicas dos cromossomos. Os micronucléolos são estruturas arredondadas que contêm, provavelmente, DNA extracromossômico transcricionalmente ativo. Em T. pubescens, o rDNA está predominantemente localizado nas secções cromossômicas X-10 e X-8. Em R. americana o rDNA está freqüentemente associado à heterocromatina centromérica dos cromossomos X, C, B e A, e também às secções X-1 e B-13. Sondas ribossômicas em R. milleri hibridaram, em alta freqüência, em regiões teloméricas e pericêntricas de cromossomos politênicos. Schwenkfeldina sp. apresenta uma distribuição incomum do rDNA em núcleos politênicos, caracterizada pela adesão de micronucléolos em muitas regiões cromossômicas. Os resultados mostraram que os micronucléolos estão preferencialmente associados à heterocromatina intercalar ou terminal de todos os sciarídeos analisados e, dependendo da espécie, estão aderidos a um número pequeno (Trichosia), moderado (Rhynchosciara) e grande (Schwenkfeldina sp.) de sítios em cromossomos politênicos. Este trabalho também descreve a caracterização de seqüências presentes nas extremidades cromossômicas de R. americana, que se iniciou através da triagem de uma microbiblioteca plasmidial, feita a partir de uma extremidade microdissecada B-1. Uma repetição do tipo satélite foi identificada e sua composição de bases, estrutura genômica e localização cromossômica são semelhantes às repetições teloméricas complexas de Nematocera que já foram descritas. Contudo, dados obtidos em outras espécies de Rhynchosciara, assim como a localização desse satélite e da transcriptase reversa, sugerem que o elemento repetitivo caracterizado neste trabalho não atinge as extremidades dos cromossomos. A caracterização de seqüências terminais e subterminais presentes nos cromossomos de R. americana foi continuada através da triagem de uma biblioteca de DNA desse díptero clonada em fagos Dash. Escolhemos como sonda para a triagem o clone pRaM47.33, representativo do elemento repetitivo M22, caracterizado em R. americana. Foram analisados cerca de 12kb de um único inserto de fago, que continha, alem das repetições M22, uma nova repetição de 16pb, organizada em tandem e que denominamos de M16. Resultados de hibridações in situ revelaram a presença da repetição M16 nas 5 extremidades cromossômicas não-telocêntricas de R. americana. Essa repetição também foi utilizada como sonda em uma outra triagem da mesma biblioteca genômica, o que permitiu a seleção e análise de aproximadamente 50kb de DNA cromossômico terminal de R. americana. Encontramos também, ao longo dessas 50kb de DNA analisado, repetições de 414pb anteriormente caracterizadas em R. americana; parte de seqüências do transposon Ramar1 e do retrotransposon RaTART . Além disso, foram observadas também seqüências que não apresentam semelhança significativa com seqüências depositadas no banco de dados GenBank, e que tampouco apresentam motivos repetitivos. Os resultados obtidos apontam para a possibilidade de que a região telomérica de R. americana seja composta por mais de um tipo de elemento repetitivo. / The chromosomal localization of ribosomal DNA (rDNA) was studied in polytene and diploid tissues of four sciarid species, Trichosia pubescens, Rhynchosciara americana, R. milleri and Schwenkfeldina sp. While hybridization to mitotic chromosomes showed the existence of a single rDNA locus, ribosomal probes hybridized to more than one polytene chromosome region in all the species analyzed as a result of micronucleolar attachment to specific chromosome sites. Micronucleoli are small, round bodies containing transcriptionally active, probably extrachromosomal rDNA. In T. pubescens the rDNA is predominantly localized in chromosome sections X-10 and X-8. In R. americana the rDNA is frequently found associated with centromeric heterochromatin of the chromosomes X, C, B and A, and also with sections X-1 and B-13. Ribosomal probes in R. milleri hybridized with high frequency to pericentric and telomeric regions of its polytene complement. Schwfenkfeldina sp. displays a remarkably unusual distribution of rDNA in polytene nuclei, characterized by the attachment of micronucleoli to many chromosome regions. The results showed that micronucleoli preferentially associate with intercalary or terminal heterochromatin of all sciarid flies analyzed and, depending on the species, are attached to a few (Trichosia), moderate (Rhynchosciara) or a large (Schwenkfeldina sp.) number of polytene chromosome sites. This work also describes the characterization of chromosome end sequences of Rhynchosciara americana, initiated with the screening of a plasmid microlibrary made from a microdissected polytene chromosome end. We report the identification and sequencing of an R. americana satellite displaying base composition, genomic structure and chromosomal localization similar to the complex telomeric repeats of Nematocera that have previously been characterized. However, data obtained in other Rhynchosciara species, as well as distinct chromosomal localization of satellite and reverse transcriptase loci in R. americana, suggest that the repetitive element characterized does not reach the very end of the chromosome. The characterization of chromosome end sequences of Rhynchosciara americana continued with the screening of a phage library made with its genomic DNA. We choose pRaM47.33, a clone whose insert is a repetitive microsatellite characterized in the subtelomeric region of R. americana chromosomes, as a probe for the screening. We analyzed 12kb of a single phage insert, composed of M22 tandem arrays and a new microsatellite which was 16pb long, arranged in tandem (named M16). In situ hybridization showed the presence of M16 repeats in the five telomeric termini of R. americana chromosomes. The M16 repeat was used as a probe in another screen of the same phage library, which allowed us to analyze approximately 50kb of terminal DNA. We find that repetitive sequences, such as the 414pb repeat previously characterized in R. americana and stretches of Ramar1 and RaTART mobile elements, also characterized in R. americana, compose the subtelomeric region of R. americana chromosomes. Additionally, we find sequences that do not match sequences in the GenBank database and do not present repetitive motifs. Our results suggest that the telomeric regions of R. americana chromosomes are composed of more than one type of repetitive sequence.

Orientador: Maria Isabel Nogueira Cano / Banca: Agnes Alessandra Sekijima Takeda / Banca: Lisandra Marques Gava / Resumo: A leishmaniose é um espectro de doenças causadas por parasitas do gênero Leishmania, afligindo mais de 15 milhões de pessoas e expondo outras 350 milhões que vivem em regiões de risco. Para manter a integridade de seu genoma, os parasitas dispõem de diversos mecanismos, dentre os quais estão a manutenção dos telômeros. As proteínas da família TRF ("TTAGGG telomere repeat-binding factor") fazem parte de complexos multiproteicos responsáveis pela manutenção dos telômeros de alguns eucariotos, incluindo os tripanossomatídeos. Elas apresentam um domínio de interação com DNA telomérico na forma de dupla fita, um domínio de homodimerização e possíveis regiões de interação com outras proteínas teloméricas ou da maquinaria de reparo. O intuito deste projeto foi confirmar a existência nos telômeros de Leishmania amazonensis de possíveis proteínas parceiras da proteína LaTRF, já que resultados preliminares de nosso grupo revelaram uma possível interação entre a LaTRF e as proteínas LaRPA-1 e LaRbp38. No intuito de se obter a proteína telomérica LaTRF recombinante pura e em quantidade desejável, foi solicitada a síntese com códons otimizados, do gene que codifica a LaTRF e a subclonagem do mesmo na mesma fase de leitura do vetor de expressão pQE-2 (QIAGEN). A proteína recombinante gerada a partir desta construção foi expressa de forma solúvel, e em baixíssima concentração e a análise de sua estrutura secundária por espectroscopia de dicroísmo circular confirmou que a proteína foi expressa de forma enovelada. A LaTRF recombinante foi utilizada em ensaios in vitro de interação proteína:proteína com suas possíveis parceiras: LaRbp38 e LaRPA-1. Ensaios de imunoprecipitação, imunofluorescência e pull-down revelaram que LaTRF interage com LaRbp38 e que esta interação se dá via um motivo TRFH-docking like, presente na LaRbp38. Parece que a LaRbp38 atua como ... / Abstract: Leishmaniasis is a spectrum of diseases caused by parasites of the genus Leishmania, affecting about 15 million people and exposing other 350 million that live in risk areas. Parasites have various mechanisms to maintain the integrity of its genome, among which is the maintenance of telomeres. Proteins belonging to the TRF ("TTAGGG telomere repeat-binding factor") family form part of a multiprotein complex responsible for telomere maintenance in eukaryotes, including trypanosomatids. TRFs present a DNA binding domain, a homodimerization domain and regions that allow the protein to interact with other proteins. The aim of this project was to confirm the existence in Leishmania amazonensis telomeres of LaTRF protein partners, since preliminary results from our group revealed a possible complex formed with LaTRF, LaRPA-1 and LaRbp38. In order to obtain the LaTRF recombinant protein, we ordered the optimized gene sequence and its subcloning in the bacterial expression vector pQE-2 (QIAGEN). Recombinant LaTRF was expressed in low amount, but in soluble form. Circular dichroism spectroscopy analysis showed that the recombinant LaTRF was in its folded state and able to be used in vitro protein:protein interaction assays with its potential partners: LaRbp38 and LaRPA-1. Immunoprecipitation, indirect immunofluorescence and pull-down assays revealed that LaTRF physically interacts with LaRbp38 using a TRFH-docking like motif present in proteins that interact with the TRFs, such as TIN2 (TRF interacting factor 2). This suggests that LaRbp38, similarly to TIN2, may play a role of stabilizing LaTRF in double strand and promote the interaction of this complex with for example LaRPA-1, previously described as a protein that binds to the single stranded telomeric DNA. This possibly explains why LaTRF physically interact with LaRbp38 but not with LaRPA-1, although they all co-immunoprecipitated in the same complex. Here we describe ... / Mestre

Made available in DSpace on 2014-08-13T14:50:43Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-05-03Bitstream added on 2014-08-13T18:00:52Z : No. of bitstreams: 1 000752946.pdf: 2447677 bytes, checksum: f962e39879f7351ff2d9671cc54e0e43 (MD5) / A leishmaniose é um espectro de doenças causadas por parasitas do gênero Leishmania, afligindo mais de 15 milhões de pessoas e expondo outras 350 milhões que vivem em regiões de risco. Para manter a integridade de seu genoma, os parasitas dispõem de diversos mecanismos, dentre os quais estão a manutenção dos telômeros. As proteínas da família TRF (“TTAGGG telomere repeat-binding factor”) fazem parte de complexos multiproteicos responsáveis pela manutenção dos telômeros de alguns eucariotos, incluindo os tripanossomatídeos. Elas apresentam um domínio de interação com DNA telomérico na forma de dupla fita, um domínio de homodimerização e possíveis regiões de interação com outras proteínas teloméricas ou da maquinaria de reparo. O intuito deste projeto foi confirmar a existência nos telômeros de Leishmania amazonensis de possíveis proteínas parceiras da proteína LaTRF, já que resultados preliminares de nosso grupo revelaram uma possível interação entre a LaTRF e as proteínas LaRPA-1 e LaRbp38. No intuito de se obter a proteína telomérica LaTRF recombinante pura e em quantidade desejável, foi solicitada a síntese com códons otimizados, do gene que codifica a LaTRF e a subclonagem do mesmo na mesma fase de leitura do vetor de expressão pQE-2 (QIAGEN). A proteína recombinante gerada a partir desta construção foi expressa de forma solúvel, e em baixíssima concentração e a análise de sua estrutura secundária por espectroscopia de dicroísmo circular confirmou que a proteína foi expressa de forma enovelada. A LaTRF recombinante foi utilizada em ensaios in vitro de interação proteína:proteína com suas possíveis parceiras: LaRbp38 e LaRPA-1. Ensaios de imunoprecipitação, imunofluorescência e pull-down revelaram que LaTRF interage com LaRbp38 e que esta interação se dá via um motivo TRFH-docking like, presente na LaRbp38. Parece que a LaRbp38 atua como ... / Leishmaniasis is a spectrum of diseases caused by parasites of the genus Leishmania, affecting about 15 million people and exposing other 350 million that live in risk areas. Parasites have various mechanisms to maintain the integrity of its genome, among which is the maintenance of telomeres. Proteins belonging to the TRF (TTAGGG telomere repeat-binding factor) family form part of a multiprotein complex responsible for telomere maintenance in eukaryotes, including trypanosomatids. TRFs present a DNA binding domain, a homodimerization domain and regions that allow the protein to interact with other proteins. The aim of this project was to confirm the existence in Leishmania amazonensis telomeres of LaTRF protein partners, since preliminary results from our group revealed a possible complex formed with LaTRF, LaRPA-1 and LaRbp38. In order to obtain the LaTRF recombinant protein, we ordered the optimized gene sequence and its subcloning in the bacterial expression vector pQE-2 (QIAGEN). Recombinant LaTRF was expressed in low amount, but in soluble form. Circular dichroism spectroscopy analysis showed that the recombinant LaTRF was in its folded state and able to be used in vitro protein:protein interaction assays with its potential partners: LaRbp38 and LaRPA-1. Immunoprecipitation, indirect immunofluorescence and pull-down assays revealed that LaTRF physically interacts with LaRbp38 using a TRFH-docking like motif present in proteins that interact with the TRFs, such as TIN2 (TRF interacting factor 2). This suggests that LaRbp38, similarly to TIN2, may play a role of stabilizing LaTRF in double strand and promote the interaction of this complex with for example LaRPA-1, previously described as a protein that binds to the single stranded telomeric DNA. This possibly explains why LaTRF physically interact with LaRbp38 but not with LaRPA-1, although they all co-immunoprecipitated in the same complex. Here we describe ...

Orientador: Maria Isabel Nogueira Cano / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-10T10:53:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 SiqueiraNeto_JairLagede_D.pdf: 2960762 bytes, checksum: 91f4b8aed472a4d4c93cf040e8c534e7 (MD5) Previous issue date: 2007 / Resumo: A leishmaniose é uma parasitose humana emergente e ainda não controlada, causada por protozoários pertencentes ao gênero Leishmania. Atualmente, a doença atinge mais de 12 milhões de pessoas, não existindo ainda métodos eficientes para seu controle e erradicação. Por estas razões a Organização Mundial da Saúde classifica a leishmaniose como doença de categoria I e incentiva o desenvolvimento de novos métodos para controlar a doença para buscar novos alvos para drogas contra parasita. No presente trabalho, estudou-se as proteínas LaRBP38 e LaRPA-1 previamente identificadas por se associarem in vitro com a simples-fita telomérica rica em ¿G¿ de L. amazonensis. Os telomeros são extremidades físicas dos cromossomos de eucariotos, formados por complexos nucleoproteicos. São responsáveis por conferir estabilidade aos cromossomos, envitando a degradação pela maquina de reparo celular e a fusão entre extremidades cromossomais. Instabilidades no telômero causam normalmente danos irreparáveis à célula podendo levar à senescência e morte celular. As proteínas que se mantém complexadas ao telômero são responsáveis por mantê-lo funcioal. Cada proteína desempenha um papel importante, seja na proteção, processo replicativo ou manutenção da estabilidade estrutural do telômero, sendo portanto, alvos potenciais para o desenvolvimento de terapias antiparasitárias. A proteína RPA é conservada em toda escala evolutiva e cumpre importantes papéis nas maquinarias de replicação, recombinação e reparo do DNA genômico ...Observação: O resumo, na íntegra, poderá ser visualizado no texto completo da tese digital / Abstract: Leishmaniasis is an emerging and non-controlled human disease, caused by protozoan belonging to the Leishmania genera. More than 12 million people are infected and there are no efficient methods for the controlling or eradication of the disease. For those reasons, the World Health Organization classifies leishmaniasis as category I disease and encourages the development of new methods to control the disease and to find new targets for drugs against the parasite. In the present work, we studied the proteins LaRBP38 and LaRPA-1, prior identifield by in vitro assays as proteins that associates with the Leishmania amazonensis G-rich single-stranded telomeric DNA. Telomeres are the physical ends of eukaryote chromosomes formed by proteins and DNA complexes. They are responsible for the chromosome stability, avoiding degradation by the rapair machinery end-to-end fusion. Telomere instability may cause irreversible damage in the cell, leading to senescence and cell death. The proteins that interact with the telomeres are responsible for the functional dynamics of theses structures. Each protein has an important role in the protection, replication process or in the stability maintenance. Therefore, telomeric protein could be considered good targets for the development of new therapies. RPA is an evolutionary conserved protein and plays important roles in replication, recombination and repair machineries. At the telomeres, RPA recruits telomerase, the protein responsible for telomeric elengation ...Note: The complete abstract is available with the full electronic digital thesis or dissertations / Doutorado / Genetica de Microorganismos / Doutor em Genetica e Biologia Molecular

A localização cromossômica do DNA ribossômico (rDNA) foi estudada em cromossomos politênicos e em tecidos diplóides de quatro espécies de sciarídeos: Trichosia pubescens; Rhynchosciara americana; R. milleri e Schwenkfeldina sp.. Resultados de hibridação em cromossomos mitóticos mostraram a existência de um único locus de rDNA; entretanto, sondas ribossomais hibridaram em mais de uma região dos cromossomos politênicos em todas as espécies analisadas devido à adesão de micronucléolos em regiões específicas dos cromossomos. Os micronucléolos são estruturas arredondadas que contêm, provavelmente, DNA extracromossômico transcricionalmente ativo. Em T. pubescens, o rDNA está predominantemente localizado nas secções cromossômicas X-10 e X-8. Em R. americana o rDNA está freqüentemente associado à heterocromatina centromérica dos cromossomos X, C, B e A, e também às secções X-1 e B-13. Sondas ribossômicas em R. milleri hibridaram, em alta freqüência, em regiões teloméricas e pericêntricas de cromossomos politênicos. Schwenkfeldina sp. apresenta uma distribuição incomum do rDNA em núcleos politênicos, caracterizada pela adesão de micronucléolos em muitas regiões cromossômicas. Os resultados mostraram que os micronucléolos estão preferencialmente associados à heterocromatina intercalar ou terminal de todos os sciarídeos analisados e, dependendo da espécie, estão aderidos a um número pequeno (Trichosia), moderado (Rhynchosciara) e grande (Schwenkfeldina sp.) de sítios em cromossomos politênicos. Este trabalho também descreve a caracterização de seqüências presentes nas extremidades cromossômicas de R. americana, que se iniciou através da triagem de uma microbiblioteca plasmidial, feita a partir de uma extremidade microdissecada B-1. Uma repetição do tipo satélite foi identificada e sua composição de bases, estrutura genômica e localização cromossômica são semelhantes às repetições teloméricas complexas de Nematocera que já foram descritas. Contudo, dados obtidos em outras espécies de Rhynchosciara, assim como a localização desse satélite e da transcriptase reversa, sugerem que o elemento repetitivo caracterizado neste trabalho não atinge as extremidades dos cromossomos. A caracterização de seqüências terminais e subterminais presentes nos cromossomos de R. americana foi continuada através da triagem de uma biblioteca de DNA desse díptero clonada em fagos Dash. Escolhemos como sonda para a triagem o clone pRaM47.33, representativo do elemento repetitivo M22, caracterizado em R. americana. Foram analisados cerca de 12kb de um único inserto de fago, que continha, alem das repetições M22, uma nova repetição de 16pb, organizada em tandem e que denominamos de M16. Resultados de hibridações in situ revelaram a presença da repetição M16 nas 5 extremidades cromossômicas não-telocêntricas de R. americana. Essa repetição também foi utilizada como sonda em uma outra triagem da mesma biblioteca genômica, o que permitiu a seleção e análise de aproximadamente 50kb de DNA cromossômico terminal de R. americana. Encontramos também, ao longo dessas 50kb de DNA analisado, repetições de 414pb anteriormente caracterizadas em R. americana; parte de seqüências do transposon Ramar1 e do retrotransposon RaTART . Além disso, foram observadas também seqüências que não apresentam semelhança significativa com seqüências depositadas no banco de dados GenBank, e que tampouco apresentam motivos repetitivos. Os resultados obtidos apontam para a possibilidade de que a região telomérica de R. americana seja composta por mais de um tipo de elemento repetitivo. / The chromosomal localization of ribosomal DNA (rDNA) was studied in polytene and diploid tissues of four sciarid species, Trichosia pubescens, Rhynchosciara americana, R. milleri and Schwenkfeldina sp. While hybridization to mitotic chromosomes showed the existence of a single rDNA locus, ribosomal probes hybridized to more than one polytene chromosome region in all the species analyzed as a result of micronucleolar attachment to specific chromosome sites. Micronucleoli are small, round bodies containing transcriptionally active, probably extrachromosomal rDNA. In T. pubescens the rDNA is predominantly localized in chromosome sections X-10 and X-8. In R. americana the rDNA is frequently found associated with centromeric heterochromatin of the chromosomes X, C, B and A, and also with sections X-1 and B-13. Ribosomal probes in R. milleri hybridized with high frequency to pericentric and telomeric regions of its polytene complement. Schwfenkfeldina sp. displays a remarkably unusual distribution of rDNA in polytene nuclei, characterized by the attachment of micronucleoli to many chromosome regions. The results showed that micronucleoli preferentially associate with intercalary or terminal heterochromatin of all sciarid flies analyzed and, depending on the species, are attached to a few (Trichosia), moderate (Rhynchosciara) or a large (Schwenkfeldina sp.) number of polytene chromosome sites. This work also describes the characterization of chromosome end sequences of Rhynchosciara americana, initiated with the screening of a plasmid microlibrary made from a microdissected polytene chromosome end. We report the identification and sequencing of an R. americana satellite displaying base composition, genomic structure and chromosomal localization similar to the complex telomeric repeats of Nematocera that have previously been characterized. However, data obtained in other Rhynchosciara species, as well as distinct chromosomal localization of satellite and reverse transcriptase loci in R. americana, suggest that the repetitive element characterized does not reach the very end of the chromosome. The characterization of chromosome end sequences of Rhynchosciara americana continued with the screening of a phage library made with its genomic DNA. We choose pRaM47.33, a clone whose insert is a repetitive microsatellite characterized in the subtelomeric region of R. americana chromosomes, as a probe for the screening. We analyzed 12kb of a single phage insert, composed of M22 tandem arrays and a new microsatellite which was 16pb long, arranged in tandem (named M16). In situ hybridization showed the presence of M16 repeats in the five telomeric termini of R. americana chromosomes. The M16 repeat was used as a probe in another screen of the same phage library, which allowed us to analyze approximately 50kb of terminal DNA. We find that repetitive sequences, such as the 414pb repeat previously characterized in R. americana and stretches of Ramar1 and RaTART mobile elements, also characterized in R. americana, compose the subtelomeric region of R. americana chromosomes. Additionally, we find sequences that do not match sequences in the GenBank database and do not present repetitive motifs. Our results suggest that the telomeric regions of R. americana chromosomes are composed of more than one type of repetitive sequence.

Pneumonia intersticial familiar (PIF) é definida como a ocorrência de pelo menos dois casos de pneumonia intersticial fibrosante em uma mesma família biológica. Apesar do avanço sobre o tema em anos recentes, ainda não há estudos brasileiros nessa área. O objetivo deste estudo foi caracterizar uma amostra de pacientes brasileiros com PIF quanto aos aspectos clínicos, radiológicos, anatomopatológicos e genéticos, bem como analisar os respectivos comprimentos teloméricos (CT). Entre março de 2014 e novembro de 2017 foi realizada uma busca ativa por casos de PIF. Os pacientes identificados foram submetidos a testes de função pulmonar; tomografia computadorizada de alta resolução (TCAR) de tórax e a coleta de amostras de sangue. Ainda foram realizadas avaliações empregando ficha clínica padronizada. Amostras de tecido pulmonar foram obtidas e revisadas em seis casos. Empregando-se um kit apropriado, DNA genômico foi extraído de células brancas do sangue periférico. A avaliação do CT foi feita pelo método de Southern blot. Um painel envolvendo 154 genes de interesse foi desenvolvido pelo grupo de pesquisa e construído pela empresa Agilent Technologies. A pesquisa desses genes foi realizada empregando-se técnicas de sequenciamento de nova geração (NGS-Illumina). Foram selecionados 35 pacientes, com idade mediana de 66 (35,5-89,3) anos. Tabagismo e outras exposições ambientais estiveram presentes em 45,7% e 80% dos casos, respectivamente. Estertores finos foram identificados em 91,4% dos pacientes e baqueteamento digital em 20%. Os testes de função pulmonar foram classificados como restritivos em 20 (57,1%), normais em 10 (28,6%), inespecíficos em 4 (11,45) e obstrutivo leve em 1 (2,9%). A DCO esteve reduzida nos 30 pacientes em que foi possível pesquisá-la. Padrão típico de PIU na TCAR foi detectado em 6 (17,1%) pacientes e padrão indeterminado para PIU em outros 4 (11,4%). A maioria dos casos, 25 (71,4%), exibiu padrão tomográficoinconsistente com PIU. A revisão do material anatomopatológico revelou pneumonite intersticial com acentuação bronquiolocêntrica em quatro indivíduos. A grande maioria (85,7%) mostrou CTs inferiores ao percentil 50%. Quatro indivíduos exibiram CTs curtos e um muito curto. Foram identificadas variantes genéticas comuns no promotor do gene MUC5B (rs35705950), nos genes TOLLIP (rs111521887, rs5743894 e rs5743890) ou TERT (rs2736100) em 90% dos casos. Detectaram-se ainda sete variantes raras distintas. As alterações c.2594G>A e c.2146G>A do gene TERT, e c.394C>T do gene RTEL1, previamente descritas e associadas a telomeropatias. Uma anormalidade de TERT (c.1730G>A) e outra de RTEL1 (c.2299C>T) inéditas. Duas outras variantes raras encontradas já conhecidas, ainda não haviam sido associadas a doenças pulmonares: gene SHQ1 (c.828_831del) e gene WRAP53 (c.1558dupG). Em conclusão, pacientes brasileiros com PIF demonstram acentuada heterogeneidade fenotípica e genotípica. Este estudo identificou ainda duas novas variantes genéticas raras associadas a PIF e dois possíveis novos genes implicados na patogênese dessa doença. / Familial interstitial pneumonia (FIP) is defined as the occurrence of at least two cases of interstitial fibrosing pneumonias in the same biological family. Despite advances in the field in recent years, there are no Brazilian studies in this area. The aim of this study was to characterize a sample of Brazilian patients with PIF regarding clinical, radiological, histological and genetic aspects, as well as to analyze the respective telomeric lengths (TL). Between March 2014 and November 2017 an active search was conducted for FIP cases. The patients identified were submitted to pulmonary function tests, high resolution computed tomography (HRCT) of the chest and the collection of blood samples. In addition, a standardized clinical file was also fulfilled. Pulmonary tissue samples were obtained and reviewed in six cases. Using a suitable kit, genomic DNA was extracted from white peripheral blood cells. The TL measurements were done by Southern blot method. A panel of 154 genes of interest was developed by the research group and built by Agilent Technologies. Research on these genes was carried out using next generation sequencing techniques (NGSIllumina). Thirty-five patients were selected, with a median age of 66 (35.5-89.3) years. Smoking and other environmental exposures were present in, respectively, 45.7% and 80% of the cases. Fine crackles were identified in 91.4% of patients and digital clubbing in 20%. Pulmonary function tests were classified as restrictive in 20 (57.1%), normal in 10 (28.6%), non-specific in 4 (11.45) and mild obstructive in 1 (2.9%). The DLCO was reduced in the 30 patients in whom it was possible to investigate it. Typical pattern of UIP in HRCT was detected in 6 (17.1%) patients and undetermined pattern for UIP in another 4 (11.4%). The majority of cases, 25 (71.4%), showed a tomographic pattern inconsistent with UIP. The review of histological material revealed interstitial pneumonitis with bronchiolocentric accentuation in four individuals. The vast majority (85.7%) showed TL lower than the 50th percentile. Four individuals had short TL and one a very short TL. Commongenetic variants were identified in the MUC5B gene promoter (rs35705950), in the TOLLIP genes (rs111521887, rs5743894 and rs5743890) or TERT (rs2736100) in 90% of the cases. Seven different rare variants were also detected: the changes c.2594G> A and c.2146G> A of the TERT gene, and c.394C> T of the RTEL1 gene, previously described and associated with telomeropathy; one previously unknown abnormality of TERT (c.1730G> A) and another of RTEL1 (c.2299C> T); two additional rare genetic variants, had not yet been associated with pulmonary diseases: SHQ1 gene (c.828_831del) and WRAP53 gene (c.1558dupG). In conclusion, FIP Brazilian patients demonstrate marked phenotypic and genotypic heterogeneity. This study also identified two new rare genetic variants associated with FIP and two other possible new genes implicated in the pathogenesis of this disease.

A anemia aplástica (AA) é uma doença hematológica rara caracterizada pela hipocelularidade da medula óssea, o que provoca pancitopenia. Esta pode ser de origem genética (associada a encurtamento telomérico) ou adquirida (não-associada a desgaste excessivo dos telômeros). Na forma adquirida, a ativação anormal de linfócitos T provoca a destruição das células hematopoéticas. O mecanismo que leva a essa destruição ainda não foi elucidado. Um dos tratamentos mais eficazes para repovoar a medula óssea hipocelular é o transplante com célulastronco hematopoéticas (CTHs). Porém, uma grande porcentagem de pacientes não se beneficia de nenhum tratamento, fazendo-se necessário o desenvolvimento de novas alternativas para terapia. A geração de células-tronco pluripotentes induzidas (iPSCs) a partir de células somáticas (reprogramação) representa uma ferramenta promissora para o estudo de doenças e para o desenvolvimento de possíveis terapias paciente-especificas, como transplantes autólogos. Neste trabalho, avaliamos a capacidade de reprogramação de fibroblastos e eritroblastos de pacientes com AA adquirida. Metodologias de reprogramação utilizando lentivírus ou plasmídeos epissomais não integrativos foram testadas em células de quatro pacientes e de um controle saudável. Eritroblastos dos quatro pacientes e do controle foram reprogramados utilizando os plasmídeos não integrativos. As iPSCs geradas apresentaram-se similares a células-tronco embrionárias quanto à morfologia, expressão dos marcadores de pluripotência OCT4, SOX2, NANOG, SSEA-4, Tra-1-60 e Tra-1-81, e capacidade de diferenciação in vitro em corpos embrioides (EBs). A dinâmica telomérica das células pré- e pós-reprogramação foi avaliada em diferentes passagens utilizando a técnica de flow-FISH. O comprimento telomérico foi aumentado nas iPSCs quando comparado às células parentais o que indica que a célula foi completamente reprogramada. No presente trabalho, células de pacientes com AA adquirida foram reprogramadas a um estado de pluripotência por meio de um método não integrativo. As iPSCs geradas serão essenciais para futuros ensaios de diferenciação hematopoética, o que poderá contribuir para o entendimento dos mecanismos envolvidos no desenvolvimento dessa doença. Além disso, a diferenciação dessas células livres de transgenes poderá servir como uma alternativa terapêutica para os pacientes com AA como, por exemplo, em transplantes autólogos / Aplastic anemia (AA) is a rare hematological disease characterized by bone marrow hypocellularity that leads to pancytopenia. Its origin can be genetic (associated with telomere shortening) or acquired (non-associated with telomere shortening). The acquired form exhibit T lymphocytes abnormal activation, which leads to hematopoietic cells destruction. The mechanisms behind this phenomenon are still unclear. One of the most effective treatments for hypocelullar bone marrow repopulation is hematopoietic stem cell (HSCs) transplantation. However, a large percentage of patients do not benefit from any of the available treatments. This highlights the need to develop new therapeutic strategies. The generation of induced pluripotent stem cells (iPSCs) from somatic cells (reprogramming) represents a powerful tool for disease modeling and for the development of patient-specific therapies such as autologous transplants. In this study, we evaluate the capacity of reprogramming acquired AA patients\' fibroblasts and erythroblasts. Reprogramming methods using lentivirus or non-integrative episomal plasmids were tested in four patients\' cells and in cells from one healthy donor. Erythroblasts from these four patients and healthy donor were reprogrammed using non-integrative plasmids. The iPSCs resembled human embryonic stem cells in morphology, in the expression of pluripotent markers such as OCT4, SOX2, NANOG, SSEA-4, Tra-1-60 and Tra-1-81, and in in vitro differentiation (capacity to form embryoid bodies). The telomere dynamics of the cells before and after reprogramming was assessed along passaging using flow-FISH. The telomere length in the iPSCs was increased when compared to the parental cells. Thus, acquire AA patients\' cells could be reprogrammed to a pluripotent state by a nonintegrative method. The iPSCs will be essential for future hematopoietic differentiation assays that could contribute to the understanding of the mechanisms involved in the disease development. Furthermore, the differentiation of transgene-free cells may serve as an alternative therapy for patients with AA such as autologous transplants