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Preferências sobre menus dinamicamente consistentes : o caso incompletoMoura, Fernanda Senra de 10 November 2011 (has links)
Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Programa de Pós-Graduação em Economia, 2011. / Submitted by Albânia Cézar de Melo (albania@bce.unb.br) on 2012-02-08T12:33:47Z
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2011_FernandaSenraMora.pdf: 303905 bytes, checksum: a519596915e2fa4a7c06d3e106f7e9b8 (MD5) / Approved for entry into archive by Marília Freitas(marilia@bce.unb.br) on 2012-02-15T11:21:20Z (GMT) No. of bitstreams: 1
2011_FernandaSenraMora.pdf: 303905 bytes, checksum: a519596915e2fa4a7c06d3e106f7e9b8 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-02-15T11:21:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1
2011_FernandaSenraMora.pdf: 303905 bytes, checksum: a519596915e2fa4a7c06d3e106f7e9b8 (MD5) / Kochov (2007) demonstra que preferências incompletas sobre menu de loterias admitem
uma representação baseada em um espaço de estados subjetivos único e um conjunto de
crenças. Esta é uma generalização da representação de preferências completas sobre
menus desenvolvida em Dekel, Lipman, and Rustichini (2001). Quando preferências
sobre menus são completas, Riella (2010) mostra que Flexibility Consistency é a versão
apropriada de Dynamic Consistency, a propriedade geralmente associada a
representações em que o espaço de estados é exógeno. Neste trabalho, procuramos por
uma versão apropriada para Flexibility Consistency quando as preferências não são
completas. Uma versão mais geral de Flexibility Consistency, chamada Flexibility
Consistency II, que também é relacionada com noções de preferência por flexibilidade,
quando satisfeita, garante que novas informações são usadas para atualizar as crenças na representação pela Regra de Bayes. ______________________________________________________________________________ ABSTRACT / Kochov (2007) shows that incomplete preferences over menus of lotteries admit a
representation based upon a unique subjective state space and a set of priors. This is a generalization of the representation for complete preferences over menus developed by Dekel, Lipman, and Rustichini (2001). When preferences over menus are complete Riella (2010) shows that Flexibility Consistency is the appropriate version of Dynamic Consistency, the property usually associated with exogenous space state representations. In this paper we look for an appropriate version of Flexibility Consistency when preferences are not complete. A more general version of Flexibility Consistency, deemed Flexibility Consistency II, which is also related to notions of preference for flexibility, if satisfied is enough to guarantee that new information will be used to update the priors by the Bayes’ Rule.
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Regressão ordinal BayesianaCella, Leonardo Oliveira Gois January 2013 (has links)
Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Exatas, Departamento de Estatística, 2013. / Submitted by Alaíde Gonçalves dos Santos (alaide@unb.br) on 2014-01-27T13:38:48Z
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2013_LeonardoOliveiraGoisCella.pdf: 783579 bytes, checksum: c7b0917eb8cf3bdcf8dfba759c5c0d04 (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2014-02-11T12:30:18Z (GMT) No. of bitstreams: 1
2013_LeonardoOliveiraGoisCella.pdf: 783579 bytes, checksum: c7b0917eb8cf3bdcf8dfba759c5c0d04 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-02-11T12:30:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1
2013_LeonardoOliveiraGoisCella.pdf: 783579 bytes, checksum: c7b0917eb8cf3bdcf8dfba759c5c0d04 (MD5) / Este trabalho apresenta a inferência do modelo de regressão ordinal, considerando
a ligação Logit e a abordagem da verossimilhança multinomial. Foi proposta uma
reparametrização do modelo de regressão. As inferências foram realizadas dentro de
um cenário bayesiano fazendo-se o uso das técnicas de MCMC (Markov Chain Monte
Carlo). São apresentadas estimativas pontuais dos parâmetros e seus respectivos intervalos
HPD, assim como um teste de significância genuinamente bayesiano FBST
(Full Bayesian Significance Test) para os parâmetros de regressão. A metodologia
adotada foi aplicada em dados simulados e ilustrada por um problema genético que
verificou a influência de um certo tipo de radiação na ocorrência de danos celulares.
A abordagem da verossimilhança multinomial combinada à reparametrização
do modelo é de fácil tratamento devido ao aumento da capacidade computacional e
do avanço dos métodos MCMC. Além disso, o FBST se mostrou um procedimento
simples e útil para testar a significância dos coeficientes de regressão, motivando
assim a utilização de uma abordagem bayesiana na modelagem de dados ordinais. _______________________________________________________________________________________ ABSTRACT / This work presents inferences of ordinal regression models considering the Logit
link functions and the multinomial likelihood approach. A new reparametrization
was proposed for the regression model. The inferences were performed in a bayesian
scenario, using the MCMC (Markov Chain Monte Carlo) technics. Point estimates
of the parameters and their respective HPD credibility intervals are presented, as
well a Full Bayesian Significance Test (FBST) for the regression parameters. This
methodology was applied on simulated data and illustrated in a genetic problem
which was to verify the inuence of certain radiation on the occurrence of cellular
damage. The multinomial likelihood approach combined with the model reparametrization
is easy to treat due the increasing computing power and the advancement
of MCMC methods. Moreover, the FBST proved being a simple and useful procedure
for testing the significance of regression coeficients, thus motivating the use of
a bayesian approach in ordinal data modeling.
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Modelos de escolha discreta para dados de areaTakeyama, Ricardo Tadashi 03 August 2018 (has links)
Orientador : Emanuel Pimentel Barbosa / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Matematica, Estatistica e Computação Cientifica / Made available in DSpace on 2018-08-03T22:34:50Z (GMT). No. of bitstreams: 1
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Previous issue date: 2004 / Mestrado / Mestre em Estatística
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Interação genótipo x ambiente, adaptabilidade e estabilidade em genótipos de cana-de-açúcar /Arantes, Flávio Cese. January 2013 (has links)
Orientador: Dilermando Perecin / Coorientador: Marcos Guimarães de Andrade Landell / Banca: Euclides Braga Malheiros / Banca: Rinaldo Cesar de Paula / Banca: Maximiliano Salles Scarpari / Banca: Ivana Marino Bárbaro / Resumo: A cana-de-açúcar (Saccharum spp.) é a cultura mais aplicada para a produção de açúcar tanto para consumo interno quanto para exportação, além da produção de etanol e biomassa. A área de cultivo vem crescendo expressivamente, fato que leva melhoristas a buscar genótipos mais produtivos às diferentes áreas de plantio. Experimentos em multi ambientes são comumente conduzidos em programas de melhoramento de plantas principalmente para avaliação de genótipos potenciais para produção. Este estudo incluiu 16 genótipos de cana-de-açúcar em 14 locais e avaliados por quatro anos, ou seja, quatro cortes (cana planta, primeira, segunda e terceira soca). O objetivo foi investigar a adaptabilidade e estabilidade dos genótipos de cana-de-açúcar para o atributo Tonelada de Pol por Hectare (TPH) em experimentos multi ambientais a partir de três metodologias estatísticas: Regressão linear fenotípica conjunta (E-R), Norma de reação (NR) e Média harmônica da performance relativa do valor genotípico (MHPRVG). Os valores da herdabilidade média genotípica estimados via MHPRVG apresentaram-se altos, o que leva a altas acurácias na seleção genotípica (superiores a 90%). Os genótipos IACSP963076, IACSP963048 e IACSP985024, primeiro corte, IACSP963048, IACSP963076, IACSP962073 e IACSP985024, segundo corte, IACSP962073, IACSP962008 e IACSP963076, terceiro corte e IACSP963076, IACSP985024, IACSP962073 e IACSP962008, quarto corte, foram os selecionados quando se considera os atributos de estabilidade, adaptabilidade e produtividade (TPH), simultaneamente e, portanto, são os genótipos recomendados para o plantio nesta macro região estudada quando analisadas via MHPRVG. Em termos de valores médios, os genótipos recomendados pela seleção simultânea baseada na MHPRVG são os genótipos IACSP963076, IACSP962073, IACSP985024 e IACSP962008, alcançando um valor médio de 2,8% acima ... / Abstract: The sugarcane (Saccharum spp.) is the most applied crop in the sugar yielding as much as internal consumption as exportation, besides its application in yielding alcohol and biomass production. The crop area has been increased expressively leading breeders to search more yielding genotypes to the different planted areas. Multi-environment trials are commonly conducted in plant breeding programs to evaluate potential genotypes mainly to yield. This study included 16 sugarcane genotypes at 14 locations evaluated in four years, that is, four harvests (sugarcane plant, first, second and third ratoon). The objective was to investigate the sugarcane's genotype adaptability and stability to Ton of Pol per Hectare (TPH) attribute in multi-environments trials from three statistical methodologies: Joint phenotypic linear regression (E-R), Reaction norm (NR) and Harmonic average performance relative breeding values (MHPRVG). The estimated genotypic average heritabilities values via MHPRVG showed themselves as high, what lead to high accuracy in the genotypic selection ( higher than 90%). The genotypes IACSP963076, IACSP963048 and IACSP985024, first harvest, IACSP963048, IACSP963076, IACSP962073 and IACSP985024, second harvest, IACSP962073, IACSP962008 and IACSP963076, third harvest and IACSP963076, IACSP985024, IACSP962073 and IACSP962008, fourth harvest, were the selected when one considers simultaneously the stability, adaptability and productivity (TPH) attributes and thereby them are the recommended genotypes to be planted in this studied macro region when analyzed via MHPRVG. In a mean expression, the recommended genotypes by simultaneous selection based in MHPRVG are the IACSP963076, IACSP962073, IACSP985024 and IACSP962008 genotypes, reaching a average value of 2.8% higher than the four harvests overall mean. The percentage of selection ranking from both approach was 31, 44, 50 and 56% at the ... / Doutor
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Associação genética entre características indicadoras de temperamento e de precocidade sexual em fêmeas da raça Nelore /Valente, Tiago da Silva. January 2012 (has links)
Orientador: Mateus José Rodrigues Paranhos da Costa / Coorientador: Fernando Sebastián Baldi Rey / Coorientador: Lucia Galvão de Albuquerque / Banca: Maria Eugênia Zerlotti Mercadante / Banca: Roberto Carvalheiro / Resumo: Este trabalho foi desenvolvido com o objetivo de estudar a associação genética entre características indicadoras de temperamento e de precocidade sexual de fêmeas bovinas da raça Nelore. Foram utilizados dados de temperamento de 7.500 bovinos machos e fêmeas com 18 meses de idade (sobreano) das safras de 2008 e 2009 da Agropecuária Jacarezinho Ltda. (AJ). As características indicadoras de precocidade sexual das fêmeas foram obtidas a partir do arquivo zootécnico da fazenda, para animais nascidos entre os anos de 1984 e 2009. O temperamento foi avaliado durante o manejo de pesagem ao sobreano por meio do teste de movimentação na balança (MOV), atribuindo-se escores de 1 (nenhum movimento) a 5 (animal salta, elevando os membros superiores pelo menos 2,5 centímetros do solo), teste de velocidade de fuga (VF), com uso de um dispositivo de células fotoelétricas que registra o tempo (em segundos) para percorrer uma distância determinada ao sair do tronco de contenção após o manejo de pesagem e o escore de temperamento (ET) realizado pela AJ, atribuindo-se escores 1 (animal calmo) a 5 (animal muito reativo - comportamento agressivo ao observador). Como características indicadoras de precocidade sexual foram utilizadas: a idade ao primeiro parto, em dias (IPP) e a ocorrência de prenhez precoce (PRECO), característica binária, com escore 2 para as novilhas que pariram até 30 meses de idade e escore 1 para as que falharam. Para a estimação dos componentes de (co)variância e parâmetros genéticos para as características estudadas foi utilizada a Inferência Bayesiana. Para VF e IPP foi utilizado um modelo linear e para MOV, ET e PRECO um modelo não-linear (threshold). As estimativas de herdabilidade a posteriori para VF, MOV, ET, IPP e PRECO foram 0,27, 0,11, 0,16, 0,09 e 0,44, respectivamente. As correlações... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The aim of this study was to estimate genetic associations between temperament and female sexual precocity traits in Nellore beef cattle. The temperament was assessed for 7,500 male and female cattle, at 18 months of age (yearling) and born in 2008 and 2009, from the herd of Agropecuária Jacarezinho Ltda. (AJ). The female sexual precocity traits were obtained from the files of the farm for animals born between 1990 and 2009. Temperament was evaluated during the handling for weight determination using a movement score (MOV), assigning scores from 1 (no movement) to 5 (animal jumps, raising the forelegs at least 2.5 cm of the soil); the flight speed (VF), using an electronic device that records the speed at which the animals exit the crush (in m/s) and; temperament score (ET), already in use by AJ, assigning a score from 1 (animal calm) to 5 (animal very reactive - aggressive behavior toward the observer). The female sexual precocity traits used were: age at first calving, in days (IPP) and; occurrence of precocious pregnancy (PRECO), a binary trait in scores of 2 for heifers that calved until 30 months of age and, 1 for the heifers that failed. Bayesian Inference was used for estimation of (co)variance components and genetic parameters. For VF and IPP, a linear model was applied and for MOV, PRECO and ET, a threshold model. The heritability estimates for VF, MOV, ET, IPP and PRECO were 0.27, 0.11, 0.16, 0.09 and 0.44, respectively. The genetic correlations of IPP with VF (0.14), MOV (0.13) and ET (0.09) were all low, as well as for PRECO with VF (-0.19), MOV (-0.03) and ET (-0.03). Although low, all correlations were in a favorable direction, indicating that the temperament is positively associated with sexual precocity. These results suggest that to improve the beef cattle temperament and the sexual precocity, these traits... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre
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Métodos para avaliação do temperamento de bovinos : estimação de parâmetros genéticos e relações com o desempenho /Sant'Anna, Aline Cristina. January 2013 (has links)
Orientador: Mateus José Rodrigues Paranhos da Costa / Coorientador: Fernando Sebástian Baldi Rey / Coorientador: Lucia Galvão de Albuquerque / Banca: Roberto Carvalheiro / Banca: Evaldo Antonio Lencioni Titto / Banca: Mauricio Mello de Alencar / Banca: Andrea Roberto Bueno Ribeiro / Resumo: O objetivo deste estudo foi identificar, dentre diferentes medidas de temperamento, a mais adequada para avaliação do temperamento de bovinos de corte, tendo em conta a praticidade de sua aplicação e possibilidade de utilização em programas de melhoramento genético. Como objetivos específicos buscamos: 1) avaliar a associação entre as escalas qualitativas de classificação do temperamento com quatro métodos tradicionalmente utilizados e, avaliar a possibilidade de uso deste método como indicador do temperamento de bovinos; 2) estimar parâmetros genéticos para diferentes indicadores do temperamento e avaliar a possibilidade de aplicação destes como critérios de seleção; 3) estimar a associação genética entre temperamento e características de crescimento na raça Nelore. O temperamento foi avaliado para 23.420 animais machos e fêmeas ao sobreano, em idade próxima aos 550 dias, nascidos entre 2002 e 2009 com uso de um escore de temperamento (TS), baseado em uma escala de 1 a 5 que considera a reação do animal, após sair do tronco de contenção. Além disso, 9.150 indivíduos nascidos em 2008 e 2009 foram avaliados para as seguintes características: escore de movimentação (MOV), em escala de 1 a 5 de acordo com a sua movimentação no tronco de contenção; escore de tronco (CS), em que são atribuídas notas de 1 a 4 para a reatividade geral do animal dentro do tronco de contenção; e velocidade de fuga (VF), que é um registro da velocidade (em m/s) com que os animais saem do tronco de contenção após a pesagem. As características de crescimento avaliadas foram peso à desmama (PD) e ganho de peso médio diário pós-desmama (GMD). Foi utilizada Inferência Bayesiana com Amostragem de Gibbs para estimar os componentes de (co) variância e valores genéticos dos animais. As estimativas de herdabilidade para VF, TS, CS e MOV foram... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The aim of this study was to identify, among several indicators, the most adequate method to assess beef cattle temperament on farms, considering its feasibility and possibility of use in breeding programs. The specific objectives were: 1) to access the relationship of observer temperament ratings, the qualitative behavior assessment methos (QBA) with four others traditional methods, and to evaluate the possibility of using QBA as an indicator of cattle temperament; 2) to estimate genetic parameters of four temperament indicator traits for Nellore cattle, and to evaluate the possibility of using such traits as selection criteria in breeding programs; and 3) to estimate the genetic association between four temperament indicators and growth traits in Nellore cattle. Temperament was assessed for 23,420 male and female animals at yearling age, approximately 550 days, which were born between 2002 and 2009. A temperament score (TS) was used, which is based on a scale from 1 to 5 and considers the animal's reaction after exiting the crush. Moreover, 9,150 individuals born between 2008 and 2009 were measured for the following traits: Movement Score (MOV), where animals were scored from 1 to 5 according to their movement inside the crush; Crush Score (CS), which assigns scores from 1 to 4 for an animal's general reactivity inside the crush; and Flight Speed (FS), which is a recording of the speed (in m/s) at which the animals exit the crush after being weighed. The growth traits evaluated were weaning weight (WW) and post weaning average daily gain (ADG), for male and female animals born between 1990 and 2009. Bayesian Inference using Gibbs Sampling was applied to estimate (co)variance components and breeding values of the animals. Heritability estimates for FS, TS, CS, and MOV were 0.35, 0.15, 0.19, and 0.18, respectively. The genetic correlation estimates of FS with TS (0.85), CS (0.85)... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor
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Parâmetros genéticos de escore de temperamento em bovinos da raça Nelore /Silva, Carolina Rosa. January 2013 (has links)
Orientador: Sandra Aidar de Queiroz / Banca: Danísio Prado Munari / Banca: Patrícia Tholon / Resumo: O temperamento bovino é uma característica que influencia o potencial produtivo de rebanhos por estar correlacionada com o desempenho dos animais e ter relação com aspectos facilitadores das atividades de manejo, bem-estar e segurança dos animais e funcionários. Deste modo, é importante a compreensão de fatores ambientais e genéticos que influenciam essa característica, a fim de estabelecer métodos de seleção para animais com temperamento mais adequado. Esse estudo teve o objetivo de estimar parâmetros genéticos para escore de temperamento de bovinos da raça Nelore, entre os quais a correlação genética desta característica com o peso à desmama, utilizando-se diferentes modelos estatísticos. Foram utilizados 285.020 registros de escore de temperamento (TEMP) e peso a desmama (PDES) de animais da raça Nelore controlados pelo Programa de Melhoramento Genético da CRV Lagoa Ltda. Os dados foram analisados utilizando-se 5 modelos estatísticos: análise uni-catacterística de PDES (modelo linear 1), TEMP (modelo linear 2) e bi-característica considerando PDES e TEMP (modelo linear-linear 3), pelo método de máxima verossimilhança restrita, análise uni-característica para TEMP (modelo limiar 4) e bi-característica considerando PDES e TEMP (modelo linear-limiar 5), por meio de inferência bayesiana. O peso a desmama (PDES) foi considerado na análise bi-característica com temperamento visando investigar eventuais efeitos de seleção sequencial, também possibilitando estimar a correlação genética entre estes dois critérios de seleção. As herdabilidades estimadas de TEMP foram da ordem de 0,21 ± 0,003 (modelos lineares em análises uni e bi-característica) e 0,26 (modelo de limiar e modelo limiar-linear-intervalo de confiança a 95%, IC95%, compreendido entre 0,21 e 0,32). As correlações genéticas estimadas entre TEMP e PDES foram de baixa a moderada magnitude ... / Abstract: Temperament is a trait that influences the production potential of livestock because it is related to performance traits as well as the day by aspects of handling, welfare and of animals and employees safety. So, it is important to understand the environmental and genetic factors that influence temperament in order to establish methods of selection for animals with suitable temperament. The objectives of this study were to estimate genetic parameters for temperament score of Nelore cattle, among them the genetic correlation of temperament and weaning weight, using different statistical models. Records on 285,020 temperament score (TEMP) and weaning weight (PDES) of Nellore cattle controlled by the breeding program of CRV Lagoa Ltda were used. Data were analyzed using 5 statistical models: uni-trait model for PDES (linear model 1) and TEMP (linear model 2), two-trait model considering PDES and TEMP (linear-linear model 3), an uni-trait threshold model for TEMP (threshold model 4) and a bi-trait threshold model for PDES and TEMP (linear- threshold model 5), using Bayesian inference. The characteristic weaning weight (PDES) has been considered in the bi-trait analysis with temperament in order to investigate possible effects of sequential selection, and also to estimate the genetic correlation between these two selection criteria. Heritability estimates of TEMP were approximately 0.21 ± 0.003 (linear models for univariate and bi-trait models) and 0.26 (threshold model and linear-threshold model confidence interval of 95%, comprised between 0.21 and 0.32.) The genetic correlation between TEMP and PDES was low to moderate (-0.33 ± 0.01 (linear-linear model) and 0.34 (95% CI: -0.40, -0.28) (linear threshold model). The temperament is a moderately heritable trait and can respond to selection. The correlations between EBVs of animals obtained based on five models were quite high (> 0.92). The use ... / Mestre
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Prediction of genomic-enabled breeding values and genome-wide association study for feedlot average daily weight gain in Nelore cattle /Somavilla, Adriana Luiza. January 2015 (has links)
Orientador: Danísio Prado Munari / Coorientador: Luciana Correia de Almeida Regitano / Coorientador: Fabiana Barichello Mokry / Banca: Luiz Lehmann Coutinho / Banca: Rogério Abdallah Curi / Banca: Marcos Vinicius Gualberto Barbosa da Silva / Banca: Nedenia Bonvino Stafuzza / Resumo: A seleção para taxa de crescimento utilizando o número de dias para atingir determinado peso ou ganho de peso médio resultaria em menores ciclos de produção. Manter o aumento da produtividade exige, entre outros fatores, a utilização de animais melhorados, tanto nos sistemas de pastagem quanto de confinamento. Além disso, as informações genômicas podem ser usadas para predizer os valores genéticos genômicos (GEBVs) mais cedo na vida dos animais, o que reduziria os intervalos de geração e aumentaria os ganhos de produtividade. Inúmeros trabalhos tem sido conduzidos para identificar metodologias apropriadas à determinadas raças e características, o que irá resultar em GEBVs mais acurados. Os objetivos deste estudo foram comparar a acurácia de predição dos GEBVs e a habilidade de identificar regiões genômicas e genes relacionados ao ganho de peso médio diário em bovinos da raça Nelore, pela aplicação de diferentes modelos de regressão e densidades genotípicas. Informações genômica e fenotípica de 804 novilhos nascidos em três safras, filhos de 34 touros, foram utilizadas para predizer GEBVs por meio de três modelos (Bayesian GBLUP, BayesA e BayesC ), quatro densidades genotípicas (Illumina BovineHD BeadChip, TagSNPs, GeneSeek indicus de alta (HDi) e baixa (LDi) densidades) e dois fenótipos ajustados. A estrutura de família foi considerada por meio da análise de componentes principais. Os animais foram distribuídos em subconjunto de treinamento (safras 1 e 2) ou validação (safra 3) para realização da análise de validação cruzada. Estimativas de correlação de Pearson, coeficientes de regressão e erro quadrado médio foram usados para avaliar acurácia, inflação e viés dos GEBVs estimados, respectivamente. O estudo de associação ampla do genoma (GWAS) também foi realizado nos mesmos conjuntos de dados, entretanto, os resultados foram comparados com... / Abstract: Selection for fast growth rates using number of days to achieve specific weights or average weight gain would result in shorter production periods. Maintaining the rate of productivity increasing will demand, among other factors, genetically improved animals in both pasture and feedlot systems. Besides, genomic information could be used to predict genomic-enabled breeding values (GEBVs) earlier in animals' life, which would reduce generation intervals and increase productivity gains. Numerous studies have been conducted in order to identify appropriate methodologies to specific breeds and traits, which will result in more accurate GEBVs. The aim of this study was to compare the prediction accuracy of GEBVs and the ability to identify genomic regions and genes related to average weight daily gain in Nelore cattle, by applying different regression models and genotypes densities datasets. Genomic and phenotypic information of 804 steers born in three season, offspring of 34 bulls, were used to predict GEBVs through three models (Bayesian GBLUP, BayesA and BayesC ), four genotypic densities (Illumina BovineHD BeadChip, TagSNPs, GeneSeek Genomic Profiler High (HDi) and Low (LDi) density indicus) and two adjusted phenotypes. Family structure was accounted by using principal component analysis. Animals were assigned either to training (seasons 1 and 2) or testing (season 3) subsets to perform the cross-validation analysis. Estimates of Pearson correlation, regression coefficients and mean squared errors were used to access accuracy, inflation and bias of the estimated GEBVs, respectively. Genome-wide association study (GWAS) was also performed on above datasets, however, results were compared based on ... / Doutor
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Uso de informação genômica para estimação de parâmetros genéticos para características de crescimento e carcaça em bovinos Nelore /Costa, Rebeka Magalhães da January 2019 (has links)
Orientador: Danísio Prado Munari / Coorientador: Tatiane Cristina Seleguim Chud / Banca: Lenira El Faro Zadra / Banca: Henrique Nunes de Oliveira / Resumo: A seleção tradicional para características quantitativas de importância econômica é realizada geralmente com base nos valores genéticos preditos a partir de registros fenotípicos de um indivíduo e de seus parentes. Com a disponibilidade da informação genômica, a predição do valor genético para características complexas tem sido amplamente aperfeiçoada. A utilização da predição genômica poderá levar a um ganho genético mais rápido do que o alcançado com métodos tradicionais de seleção, com base apenas em dados de pedigree e fenotípicos. O objetivo deste trabalho foi avaliar a influência da inclusão da informação genômica nas estimativas dos parâmetros genéticos e tendências genéticas para ganho de peso diário do nascimento aos 120 dias de idade (GP1), dos 120 aos 210 dias de idade (GP2), dos 210 aos 365 dias de idade (GP3), dos 365 aos 450 dias de idade (GP4), área de olho de lombo (AOL), espessura de gordura subcutânea (EGS) e espessura de gordura subcutânea na garupa (EGP8) em bovinos da raça Nelore. Além disso, avaliou-se a associação genética entre as características estudadas e, por meio das análises de agrupamento não-hierárquicas, verificou-se quais os grupos de animais mais indicados para atender aos objetivos de seleção, visando contribuir para o processo de seleção do programa de melhoramento da raça Nelore. As estimativas de parâmetros genéticos foram obtidas com base em registros de pedigree de 192.483 animais, nascidos entre 1934 e 2016, registros fenotípicos de 8... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Traditional selection for economically important quantitative traits is generally performed on the basis of breeding values predicted from phenotypic records of an individual and their relatives. With the availability of genomic information, the prediction of breeding values for complex traits has been vastly improved. The use of genomic prediction may lead to a faster genetic gain compared to that achieved by traditional pedigree-based selection methods. The aim of this study was to evaluate the influence of the inclusion of genomic information on the genetic parameters estimates and the genetic trends for daily weight gain from birth to 120 days of age (GP1), from 120 to 210 days of age (GP2), from 210 to 365 days of age (GP3), from 365 to 450 days of age (GP4), ribeye area (AOL), subcutaneous backfat thickness (EGS) and rump fat (EGP8) in Nelore cattle. Further, the genetic associations between the studied traits were evaluated and, by using non-hierarchical clustering analyses it was verified which groups of animals were most suitable for meeting the selection objectives, in order to contribute to the selection process of the breeding program of the Nelore breed. The genetic parameters estimates were obtained based on the pedigree records of 192,483 animals born between 1934 and 2016, phenotypic records of 80,114 animals and genotypes of 8,652 animals, which were provided by the "Associação Nacional de Criadores e Pesquisadores" (ANCP). The (co) variance components were o... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre
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Posteriori exata e aproximada da Confiabilidade via Aproximação de Laplace das distribuições Gama Exponenciada e Weibull /Jorge, Luís Fernando. January 2019 (has links)
Orientador: Fernando Antonio Moala / Banca: Carlos Aparecido dos Santos / Banca: Manoel Ivanildo Silvestre Bezerra / Resumo: A Análise de Confiabilidade é uma área bem consolidada da estatística. Antes do surgimento dos métodos de Monte Carlo via Cadeia de Markov (MCMC), a aproximação de Laplace era muito utilizada para estimação dos parâmetros, porém após isso o MCMC passou a ser mais usado. Ao afinal deste trabalho, deseja-se realizar a comparação entre ambos os métodos de estimação buscando assim um método que produza bons resultados e com excelentes propriedades. Uma característica importante fornecida pela aproximação de Laplace é fato de obter uma forma fechada para distribuição a posteriori da confiabilidade, tanto no caso da Weibull como para Gama Exponenciada (GE). Também foi desenvolvido prioris conjugadas para o parâmetro e a confiabilidade para ambas distribuições. Esta propriedade facilita a obtenção dos momentos amostrais assim como o cálculo de intervalos. A distribuição Weibull é muito utilizada na análise de confiabilidade e outras áreas, assim como: climatologia, medicina, entre outras. A distribuição GE não é tão utilizada, mas apresenta diferentes comportamentos para o risco, além de possuir apenas um parâmetro para ser estimado. / Abstract: Reliability Analysis is a well-established area of statistics. Before the method Monte Carlo via Markov Chain (MCMC), the Laplace approximation was widely used for parameter estimation, but after that the MCMC became more used. At the end of this work, it is desired to carry out the comparison between both estimation methods, thus seeking a method that produces good results and excellent properties. An important feature provided by the Laplace approximation is that it obtains a closed form for posterior distribution of reliability, both in the case of Weibull and the Exponential Gamma (EG). We also developed conjugated priori for the parameter and the reliability for both distributions. This property makes it easier to obtain sample moments as well as the calculation of intervals. The Weibull distribution is widely used in the analysis of reliability and other areas, as well as: climatology, medicine, among others. The EG distribution is not so widely used, but presents different risk behaviors, besides having only one parameter to be estimated. / Mestre
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